4XY9A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a 2-amine-9h-purine ligand
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
publication title 9H-Purine Scaffold Reveals Induced-Fit Pocket Plasticity of the BRD9 Bromodomain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4xy9A01
4XY8A 4BW4A 4MR4A 3LQHA 4NR5A 4UYGA 4MENA 4MEOA 5FFVA 5ENCA 5LJ1A 5CS8A 4UYFA 5EK9A 5DY7A 4O7BA 5A5SA 3JVKA 5I40A 3UVWA 3Q2FA 5D0CA 4TT4A 5ENEA 5ENGA 4QSSA 4A9JA 1JSPB 3JVMA 5EM3A 4N3WA 4ALHA 2YYNA 3UV4A 4NYXA 4BW2A 5I7YA 5FH6A 1WUMA 5EPRA 3HMEA 5DYUA 5CUBA 3U5MA 5ENFA 5CGPA 4A9MA 4HXOA 5FE0A 5IIDA 2E3KA 4Q0NA 4NR4A 5D24A 4UYEA 4GPJA 5I80A 5DKDA 5I83A 5EGUA 5L98A 4NUEA 5COIA 4A9FA 2YQDA 4CURA 4ZQLA 4QYLA 4Z6HA 4PKLA 4KV4A 4O77A 5A81A 5A7CA 4XUBA 2DVVA 5CQ5A 4NRAA 4NS5A 4MEQA 5IGKA 4YYHA 5FE8A 4HBWA 5E7DA 4QSTA 4WHWA 4HXNA 4N4FA 5AMFA 2MJVB 2YDWA 3D7CA 1F68A 3P1FA 4O7EA 5E9MA 3P1EA 5JWMA 5HQ5A 5A5NA 5C8GA 3IU5A 4QSWA 5FB0A 5I88A 5C87A 4MR5A 4J0SA 4PCIA 4QEVA 5DX4A 4CFKA 5FE4A 4HXSA 5F1HA 4QYDA 5F25A 4LC2A 4BW3A 5CQ8A 4QC3A 5EWWA 2DKWA 5CQ4A 4YH3A 1E6IA 3O34A 4TQNA 5TB6A 4MR6A 4O75A 5D7XA 4QNSA 5FE7A 5HEMA 4O71A 5BT4A 4LYSA 5CUDA 4QSXA 1ZS5A 4LR6A 4QBMA 3U5JA 5LKUA 4CUSA 4J0RA 3DAIA 4A9IA 4QEUA 4UIXA 4TTEA 4HBVA 4NR7A 4HXLA 5E3GA 4ZC9A 5FE5A 5KU3A 5CY9A 5F2PA 4Q0OA 5DKHA 3P1DA 3P5OA 5HLSA 4MR3A 4BJXA 4HBYA 3G0LA 5H1UA 5CU8A 5LJ2A 5FE3A 5L99A 5H1TA 4PTBA 5EPSA 4PCEA 5A5QA 5F60A 4E96A 4QC1A 5LUUA 2DATA 4O76A 3MULA 5FDZA 4XYAA 4LZSA 4QZSA 3UVYA 4C66A 5LJ0A 5BT5A 2R10A 4QR5A 4KCXA 4XY9A 2R0VA 2I8NA 3UVXA 5DW2A 2FSAA 4HXPA 5CRZA 5F1LA 4OUFA 5L97A 4YY4A 5AD2A 4Z1SA 3QZTA 2N9GA 3JVJA 4QEWA 4ALGA 2WP1A 4HXRA 5E3DA 2RFJA 5FE6A 4Z1QA 3AQAA 5L8UA 4HXKA 2GRCA 2RNXA 3QZSA 4QR4A 4UIWA 4A9KA 4IR6A 5LKZA 4UYFB 4N4GA 2F6NA 5E0RA 4BHWA 4N4IA 4PS5A 4IOOA 5FG5A 4J3IA 4NUCA 4A9LA 2R0SA 5E9YA 4F3IA 4UIVA 4CL9A 4A9HA 4QUTA 2WP2A 4X2IA 3LQJA 5EV9A 5JI8A 2RNWA 5HRWA 4OGJA 3G0JA 2DVRA 5HFRA 2H60A 4YABA 4UIZA 5EQ1A 5EP7A 4LDFA 5CQ3A 5DLXA 5HELA 4IORA 3S91A 3UW9A 4O74A 5A5RA 5DBMA 5EICA 5D3RA 5FB1A 5AD3A 3U5OA 4CUQA 1EQFA 3SVHA 5CQTA 4NUDA 5DLZA 5E74A 5ETDA 5E9LA 4QB3A 4YY6A 2R0YA 3MUKA 4NRBA 4CLBA 4NQMA 2F6JA 3LQIA 3K2JA 5J0DA 4BW1A 5A5PA 5L8TA 3O35A 4YYKA 5F5ZA 4NQNA 4UIYA 4C67A 1JM4B 3ONIA 5A85A 5HFQA 5KTWA 4MEPA 4LYWA 3U5PA 5FE1A 4IR5A 1X0JA 5ENBA 2E7NA 5D3PA 5HQ7A 3LJWA 2LSPB 5FH7A 5K29A 5I7XA 5IGMA 2L5EA 5LVRA 2RO1A 4ZW1A 5LKTA 5ETBA 5CUAA 5AMEA 2YEKA 5D3LA 3UV2A 3AADA 5KTUA 5A83A 3FKMX 4NXJA 4IOQA 5I89A 4LZRA 5ACYA 5E9KA 5D26A 4YBMA 3P1CA 2E7OA 5HM0A 4IR4A 3UVDA 4YYDA 4YBTA 4QUUA 2I7KA 5ENIA 5L96A 1WUGA 4J1PA 5D3NA 5EWVA 2OSSA 5F62A 4TU4A 3U5NA 5FFYA 5G4SA 4TT6A 3LXJA 5IGLA 5KTXA 5D3SA 5LVQA 4OGIA 4TZ2A 5E9IA 2D9EA 4CUUA 2KTBB 2OUOA 2YW5A 5IG6A 5FH8A 3HMHA 5I29A 4LRGA 5CRMA 5H1VA 4O70A 2G4AA 3GG3A 4QSPA 3U5LA 5HQ6A 5EISA 5D3TA 5DYXA 5TCMA 5E9VA 5CZGA 5FFWA 5CUCA 4AKNA 2DWWA 2RS9B 5II1A 3SVFA 3SVGA 5EVAA 5EWDA 5I86A 2RI7A 5CP5A 4UIUA 3MXFA 4LYIA 4Z6IA 4Y03A 4O7CA 3ZYUA 5FE9A 5EWHA 4O78A 5FE2A 3U5KA 5ENHA 4RVRA 4NYVA 3IU6A 2L85A 5F36A 4N4HA 5EWCA 5IBNA 5CQ6A 5E73A 4FLPA 5CPEA 5EA1A 5CUEA 5C7NA 5DFCA 3UV5A 3RCWA 4CUPA 5HCLA 4YYMA 3DWYA 5EU1A 4CUTA 3O36A 4YBSA 4TU6A 5HRXA 5FBXA 4KV1A 4UYHA 4O7AA 5F61A 4YYJA 5CQ7A 5EI4A 3Q2EA 4UYDA 5A5OA 4QY4A 2L84A 4PY6A 4TS8A 5DYAA 5H85A 3TLPA 3MQMA 3QZVA 4TT2A 4YAXA 5C89A 5G4RA 5DFDA 5D3JA 2DVQA 5C85A 5CQAA 3NXBA 4NR9A 5CTLA 3O33A 2YELA 5KHMA 3MB3A 3JVLA 4QSVA 4DONA 5LKXA 2OO1A 4O7FA 5CFWA 4A9NA 5CUGA 5D3HA 5KO4A 4CFLA 5ENJA 4Z93A 5FG6A 3HMFA 2NXBA 3S92A 5HENA 4A9OA 5A82A 4YC9A 4XUAA 3O37A 5C4QA 4HXMA 4O72A 2RNYA 4NRCA 4YK0A 4TYLA 3MB4A 4NR8A 4WHUA 5EPBA 4YH4A 5HRVA 4YATA 2DVSA 4QSRA 5IGNA 4QSQA 5FG4A 4QSUA 2D82A 4QR3A 5BT3A 4A9EA 5F3AA 4HBXA 4YADA 5D25A 5DW1A 5F63A 4IR3A 4YYIA 3I3JA 5DFBA 4YYNA 4NYWA 4NR6A 5II2A 4WIVA 4UITA 1N72A 5I1QA 5HJCA 4YYGA 4LZ2A 5DYCA 5DKCA 4TZ8A 2YEMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XY8A 4BW4A 4MR4A 3LQHA 4NR5A 4UYGA 4MENA 4MEOA 5FFVA 5ENCA 5LJ1A 5CS8A 4UYFA 5EK9A 5DY7A 4O7BA 5A5SA 3JVKA 5I40A 3UVWA 3Q2FA 5D0CA 4TT4A 5ENEA 5ENGA 4QSSA 4A9JA 1JSPB 3JVMA 5EM3A 4N3WA 4ALHA 2YYNA 3UV4A 4NYXA 4BW2A 5I7YA 5FH6A 1WUMA 5EPRA 3HMEA 5DYUA 5CUBA 3U5MA 5ENFA 5CGPA 4A9MA 4HXOA 5FE0A 5IIDA 2E3KA 3VKGA 4Q0NA 4NR4A 5D24A 4UYEA 4GPJA 5I80A 5DKDA 5I83A 5EGUA 5L98A 4NUEA 5COIA 4A9FA 2YQDA 4CURA 4ZQLA 4QYLA 4Z6HA 4PKLA 4KV4A 4O77A 5A81A 5A7CA 4XUBA 2DVVA 5CQ5A 4NRAA 4NS5A 4MEQA 5IGKA 4YYHA 5FE8A 4HBWA 5E7DA 4QSTA 4WHWA 4AKHA 4HXNA 4N4FA 5AMFA 2MJVB 2YDWA 3D7CA 1F68A 3P1FA 4O7EA 5E9MA 3P1EA 5JWMA 5HQ5A 5A5NA 5C8GA 3IU5A 4QSWA 5FB0A 5I88A 5C87A 4MR5A 4J0SA 4PCIA 4AKIA 4QEVA 5DX4A 4CFKA 5FE4A 4HXSA 5F1HA 4QYDA 5F25A 4LC2A 4BW3A 5CQ8A 4QC3A 5EWWA 2DKWA 5CQ4A 4YH3A 1E6IA 3O34A 4TQNA 5TB6A 4MR6A 4O75A 5D7XA 4QNSA 5FE7A 5HEMA 4O71A 5BT4A 4LYSA 5CUDA 4QSXA 1ZS5A 4LR6A 4QBMA 3U5JA 5LKUA 4CUSA 4J0RA 3DAIA 4A9IA 4QEUA 4UIXA 4TTEA 4HBVA 4NR7A 4HXLA 5E3GA 4ZC9A 5FE5A 5KU3A 5CY9A 5F2PA 4Q0OA 5DKHA 3P1DA 3P5OA 5HLSA 4MR3A 4BJXA 4HBYA 3G0LA 5H1UA 5CU8A 5LJ2A 5FE3A 5L99A 5H1TA 4PTBA 5EPSA 4PCEA 5A5QA 5F60A 4E96A 4QC1A 5LUUA 2DATA 4O76A 3MULA 5FDZA 4XYAA 4LZSA 4QZSA 3UVYA 4C66A 5LJ0A 5BT5A 2R10A 4QR5A 4KCXA 4XY9A 2R0VA 3D1BA 2I8NA 4AKGA 3UVXA 5DW2A 2FSAA 4HXPA 5CRZA 5F1LA 4OUFA 5L97A 4YY4A 5AD2A 4Z1SA 3QZTA 2N9GA 3JVJA 4QEWA 4ALGA 2WP1A 4HXRA 5E3DA 2RFJA 5FE6A 4Z1QA 3AQAA 5L8UA 4HXKA 2GRCA 2RNXA 3QZSA 4QR4A 4UIWA 4A9KA 4IR6A 5LKZA 3D1DA 4UYFB 4N4GA 2F6NA 5E0RA 4BHWA 4N4IA 4PS5A 4IOOA 5FG5A 4J3IA 4NUCA 4A9LA 2R0SA 5E9YA 4F3IA 4UIVA 4CL9A 4A9HA 4QUTA 2WP2A 4X2IA 3LQJA 5EV9A 5JI8A 2RNWA 5HRWA 4OGJA 3G0JA 2DVRA 5HFRA 2H60A 4YABA 4UIZA 5EQ1A 5EP7A 4LDFA 5CQ3A 5DLXA 5HELA 4IORA 3S91A 3UW9A 4O74A 5A5RA 5DBMA 5EICA 5D3RA 5FB1A 5AD3A 3U5OA 4CUQA 1EQFA 3SVHA 5CQTA 4NUDA 5DLZA 5E74A 5ETDA 5E9LA 4QB3A 4YY6A 2R0YA 3MUKA 4NRBA 4CLBA 4NQMA 2F6JA 3LQIA 3K2JA 5J0DA 4BW1A 5A5PA 5L8TA 3O35A 4YYKA 4AI6A 5F5ZA 4NQNA 4UIYA 4C67A 1JM4B 3ONIA 5A85A 5HFQA 5KTWA 4MEPA 4LYWA 3U5PA 5FE1A 4IR5A 1X0JA 5ENBA 2E7NA 5D3PA 5HQ7A 3LJWA 2LSPB 5FH7A 5K29A 5I7XA 5IGMA 2L5EA 5LVRA 2RO1A 4ZW1A 5LKTA 5ETBA 5CUAA 5AMEA 2YEKA 5D3LA 3UV2A 3AADA 5KTUA 5A83A 3FKMX 4NXJA 4IOQA 5I89A 4LZRA 5ACYA 5E9KA 5D26A 4YBMA 3P1CA 2E7OA 5HM0A 4IR4A 3UVDA 4YYDA 4YBTA 4QUUA 2I7KA 5ENIA 5L96A 1WUGA 4J1PA 5D3NA 5EWVA 2OSSA 5F62A 4TU4A 3U5NA 5FFYA 5G4SA 4TT6A 3LXJA 5IGLA 5KTXA 5D3SA 5LVQA 4OGIA 4TZ2A 5E9IA 2D9EA 4CUUA 2KTBB 2OUOA 2YW5A 5IG6A 5FH8A 3HMHA 5I29A 4LRGA 5CRMA 5H1VA 4O70A 2G4AA 3GG3A 4QSPA 3U5LA 5HQ6A 5EISA 5D3TA 5DYXA 5TCMA 5E9VA 5CZGA 5FFWA 5CUCA 4AKNA 2DWWA 2RS9B 5II1A 3SVFA 3SVGA 5EVAA 5EWDA 5I86A 2RI7A 5CP5A 4UIUA 3MXFA 4LYIA 4Z6IA 4Y03A 4O7CA 3ZYUA 5FE9A 5EWHA 4O78A 5FE2A 3U5KA 5ENHA 4RVRA 4NYVA 3IU6A 2L85A 5F36A 4N4HA 5EWCA 5IBNA 5CQ6A 5E73A 4FLPA 5CPEA 5EA1A 5CUEA 5C7NA 5DFCA 3UV5A 3RCWA 4CUPA 5HCLA 1ZKRA 4YYMA 3DWYA 5EU1A 4CUTA 3O36A 4YBSA 4TU6A 5HRXA 5FBXA 4KV1A 4UYHA 4O7AA 5F61A 4YYJA 5CQ7A 5EI4A 3Q2EA 4UYDA 5A5OA 4QY4A 2L84A 4PY6A 4TS8A 5DYAA 5H85A 3TLPA 3MQMA 3QZVA 4TT2A 4YAXA 5C89A 3VKHA 5G4RA 5DFDA 5D3JA 2DVQA 5C85A 5CQAA 3NXBA 4NR9A 5CTLA 3O33A 2YELA 5KHMA 1PUOA 3MB3A 3JVLA 4QSVA 4DONA 5LKXA 2OO1A 4O7FA 5CFWA 4A9NA 5CUGA 5D3HA 5KO4A 4CFLA 5ENJA 4Z93A 5FG6A 3HMFA 2NXBA 3S92A 5HENA 4A9OA 2EJNA 5A82A 4YC9A 4XUAA 3O37A 5C4QA 4HXMA 4O72A 3ERRA 2RNYA 4NRCA 4YK0A 4TYLA 3MB4A 4NR8A 4WHUA 5EPBA 4YH4A 5HRVA 4YATA 2DVSA 4QSRA 5IGNA 4QSQA 5FG4A 4QSUA 2D82A 4QR3A 5BT3A 4A9EA 5F3AA 4HBXA 4YADA 5D25A 5DW1A 5F63A 4IR3A 4YYIA 3I3JA 5DFBA 4YYNA 4NYWA 4NR6A 5II2A 4WIVA 4UITA 1N72A 5I1QA 5HJCA 4YYGA 4LZ2A 5DYCA 5DKCA 4TZ8A 2YEMA
chains in the Genus database with same CATH topology
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