4XY9A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a 2-amine-9h-purine ligand
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
b'SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title 9H-Purine Scaffold Reveals Induced-Fit Pocket Plasticity of the BRD9 Bromodomain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4xy9A01
4QUUA 5E3GA 4YADA 5A85A 4OUFA 4A9NA 4TU6A 4BW2A 4N4HA 3IU6A 4IOQA 3LQJA 2I7KA 5JWMA 4KV4A 4CUUA 3GG3A 3HMHA 5A83A 5DW2A 5E9YA 4IORA 5FG6A 4CUSA 2YYNA 4YYGA 4MEOA 5D3NA 3D7CA 3QZSA 5E9MA 5DYUA 5EWHA 5D3LA 2R0SA 4PY6A 4TYLA 4AKNA 5EI4A 1EQFA 4WIVA 4NRBA 5LUUA 5F3AA 4TT4A 5FE1A 5F62A 5ACYA 4NXJA 4N4FA 3MB4A 5CZGA 5D3SA 5I29A 5C87A 5CQ8A 5G4RA 4UYDA 5KU3A 5DFDA 5HRWA 4Z6IA 4YYKA 4E96A 4O76A 5ENGA 3UVWA 5ENCA 5F63A 4A9OA 5C89A 3G0LA 4NR9A 4A9LA 5E7DA 3DWYA 5DFCA 2RO1A 5DLZA 5HENA 4YAXA 5HJCA 5EWWA 4HXSA 5J0DA 4HBXA 4UIYA 5EPSA 4QSTA 3P5OA 5F2PA 4NQNA 5FH6A 4YYNA 5HQ5A 2N9GA 5FDZA 3AADA 3SVGA 5EA1A 4NUEA 4WHWA 5E9KA 5HEMA 4LYSA 5HRXA 2D9EA 3RCWA 4ZW1A 4MR4A 4XYAA 5IIDA 2DKWA 4QSWA 4YABA 3AQAA 4FLPA 5CQ6A 5H1VA 5C7NA 5I80A 3UVDA 4PKLA 4LZRA 4OGJA 4CL9A 4QZSA 4NR4A 4Z6HA 4Z93A 5CP5A 5ENIA 3MQMA 5CUEA 5D3RA 3G0JA 4Z1QA 5C85A 4J0RA 1F68A 4O7BA 4LYIA 3SVFA 4MEPA 5I86A 4QBMA 5A5NA 5EQ1A 4TT6A 4ALGA 4DONA 3O34A 5E9VA 4IR6A 5ENJA 5FFYA 4NYXA 5E3DA 4N3WA 5LJ2A 4NYWA 4MEQA 4UIXA 4XY8A 5EISA 5II1A 4NYVA 5I89A 5C8GA 5EVAA 5A5RA 3TLPA 4UYFB 4KV1A 5CUBA 4QY4A 5LVRA 5ETBA 5EPBA 5L8UA 4QEWA 4YC9A 5CQTA 5KTXA 2DVVA 5EU1A 5ENEA 5BT5A 2LSPB 5FE5A 5I1QA 4XUBA 4QC1A 4IR5A 2E7OA 4A9HA 4A9IA 4TQNA 5CTLA 5D3TA 2OSSA 4YH3A 5HQ7A 5FE9A 4O78A 4UYHA 4QEUA 4Z1SA 2R0VA 4LC2A 4BW3A 5BT4A 3P1FA 4A9JA 5CQ7A 4UIWA 4LDFA 4NRCA 5HLSA 1N72A 3HMEA 4YBMA 5FB0A 5ENFA 4NUDA 4QR3A 5LKZA 5CS8A 4HBWA 5II2A 3UVYA 4QC3A 2E3KA 5EWCA 4QYLA 5CPEA 4CURA 5FG4A 4UIZA 5IGLA 4YYIA 2YEMA 4BW1A 5EM3A 4XY9A 4YYDA 5HM0A 5BT3A 3MULA 4F3IA 5EV9A 3MXFA 4BJXA 4ZC9A 4QYDA 5CRZA 5EICA 4NS5A 5G4SA 3ZYUA 4MR5A 3U5NA 4KCXA 4YYHA 5COIA 5D26A 5CY9A 5EK9A 5L99A 3MUKA 4YBSA 5L8TA 2RNYA 4NQMA 4QR4A 4TTEA 5KTWA 2L84A 4A9EA 4MR6A 4NRAA 2YW5A 4NR8A 4QEVA 5I7YA 5DKCA 3JVJA 2YQDA 4O75A 5TB6A 5FFWA 4UYEA 5LVQA 5E0RA 4YBTA 4Q0OA 4NUCA 2E7NA 4YY4A 5LKTA 3S91A 2L85A 2WP2A 5DKHA 4HXLA 4HXNA 5DY7A 3HMFA 4QSSA 4CUQA 4O7AA 5A82A 4QSQA 4A9KA 1JM4B 4QNSA 3JVMA 3LQIA 3UV2A 4HXRA 4HBVA 4HXPA 5LKUA 4TZ8A 4QSVA 3P1CA 4C67A 4IOOA 4LZ2A 5C4QA 4O71A 5E74A 5EGUA 2MJVB 4NR7A 4YYMA 5AD2A 3JVLA 5DKDA 5L98A 3U5KA 4GPJA 1WUMA 4IR3A 4CUPA 4WHUA 5IGMA 2YEKA 2DWWA 2OUOA 4QB3A 2H60A 4IR4A 4O77A 5A5QA 4ZQLA 5CQ5A 5D24A 5DYAA 5EP7A 2DVQA 5LKXA 3U5LA 4TT2A 4LR6A 5AMFA 5A5OA 5F36A 2OO1A 5HFRA 3QZTA 4PCEA 5IGKA 4CFLA 5HELA 4YH4A 4PTBA 3Q2EA 5F61A 4LZSA 5ENHA 5DYXA 4Q0NA 4O72A 2DATA 3FKMX 4UITA 5A5SA 4O7EA 5LJ1A 4OGIA 3IU5A 4BHWA 4UIUA 5ENBA 5H85A 5IG6A 5D7XA 4TZ2A 3P1DA 5CUGA 5E73A 5F1HA 2F6JA 4O7FA 4BW4A 5K29A 4A9MA 2WP1A 3LXJA 3NXBA 2DVRA 5LJ0A 3UW9A 5JI8A 1ZS5A 4CFKA 4XUAA 5FE2A 5IGNA 4QSPA 4RVRA 3O35A 4Y03A 5I7XA 5CQAA 5KTUA 5HQ6A 4MENA 4O7CA 3DAIA 4J1PA 3QZVA 4LYWA 5I83A 4X2IA 3Q2FA 3I3JA 2RS9B 5I88A 4UYGA 5F1LA 5D3HA 5D3JA 4CUTA 5A5PA 5KO4A 3U5JA 3SVHA 5CUDA 5HFQA 4LRGA 5L96A 2YELA 4O74A 1X0JA 5CQ4A 5HRVA 4QR5A 4J3IA 5L97A 3JVKA 5CFWA 5HCLA 2GRCA 5FE0A 5FG5A 4J0SA 4PS5A 3ONIA 5DW1A 3K2JA 5FE7A 5FE6A 1WUGA 3O33A 2YDWA 5D25A 2RFJA 4NR5A 5DBMA 2KTBB 4C66A 5FH7A 4TS8A 5H1UA 5D0CA 5A7CA 3U5PA 5CUAA 4QSUA 5E9LA 4UYFA 4PCIA 5FE3A 4HBYA 1E6IA 3UV5A 5E9IA 5FE8A 5TCMA 2RNWA 3UVXA 2F6NA 5F5ZA 5F25A 5F60A 5FBXA 4YATA 4HXKA 2FSAA 5FFVA 5EPRA 3U5MA 4YK0A 5CGPA 3UV4A 4A9FA 2R10A 3P1EA 2L5EA 4N4IA 4HXMA 5DX4A 5ETDA 5FH8A 3S92A 3LJWA 1JSPB 4O70A 4QSXA 4UIVA 4YY6A 5I40A 5EWVA 5AMEA 5CU8A 5CQ3A 2NXBA 5IBNA 3LQHA 3U5OA 5FB1A 2RNXA 5CRMA 2R0YA 4TU4A 4CLBA 4YYJA 4MR3A 5H1TA 4N4GA 5DYCA 4NR6A 2D82A 2RI7A 5KHMA 4QUTA 4HXOA 2I8NA 3MB3A 5EWDA 5D3PA 5DLXA 2G4AA 3O37A 5DFBA 5A81A 5FE4A 2DVSA 4ALHA 3O36A 5CUCA 5AD3A 4QSRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QUUA 5E3GA 4YADA 5A85A 4OUFA 4A9NA 4TU6A 4BW2A 4N4HA 3IU6A 4IOQA 3LQJA 2I7KA 5JWMA 4KV4A 4CUUA 3GG3A 3HMHA 5A83A 5DW2A 5E9YA 4IORA 5FG6A 4CUSA 2YYNA 4YYGA 4MEOA 5D3NA 3D7CA 3QZSA 5E9MA 5DYUA 5EWHA 5D3LA 2R0SA 4PY6A 4TYLA 4AKNA 5EI4A 1EQFA 4WIVA 4NRBA 5LUUA 5F3AA 4TT4A 5FE1A 5F62A 5ACYA 4NXJA 4N4FA 3MB4A 5CZGA 5D3SA 5I29A 5C87A 5CQ8A 5G4RA 4UYDA 5KU3A 5DFDA 5HRWA 4Z6IA 4YYKA 4E96A 4O76A 5ENGA 3UVWA 5ENCA 5F63A 4A9OA 5C89A 3G0LA 4NR9A 4A9LA 5E7DA 3DWYA 5DFCA 2RO1A 5DLZA 5HENA 4YAXA 5HJCA 5EWWA 4HXSA 5J0DA 4HBXA 4UIYA 5EPSA 4QSTA 3P5OA 5F2PA 4NQNA 5FH6A 4YYNA 5HQ5A 2N9GA 5FDZA 3AADA 3SVGA 5EA1A 4NUEA 4WHWA 5E9KA 5HEMA 4AI6A 4LYSA 5HRXA 2D9EA 3RCWA 4ZW1A 4MR4A 4XYAA 5IIDA 2DKWA 4QSWA 4YABA 3VKHA 3AQAA 4FLPA 5CQ6A 5H1VA 5C7NA 5I80A 3UVDA 3D1DA 4PKLA 4LZRA 4OGJA 4CL9A 4QZSA 4NR4A 4Z6HA 4Z93A 5CP5A 5ENIA 3MQMA 5CUEA 5D3RA 3G0JA 4Z1QA 5C85A 4J0RA 1F68A 4O7BA 4LYIA 3SVFA 4MEPA 5I86A 4QBMA 5A5NA 5EQ1A 4TT6A 4ALGA 4DONA 3O34A 5E9VA 4IR6A 5ENJA 5FFYA 4NYXA 5E3DA 4N3WA 5LJ2A 4NYWA 4MEQA 4UIXA 4XY8A 5EISA 5II1A 4NYVA 5I89A 5C8GA 5EVAA 5A5RA 3TLPA 4UYFB 4KV1A 5CUBA 4QY4A 5LVRA 5ETBA 5EPBA 5L8UA 4QEWA 4YC9A 5CQTA 5KTXA 2DVVA 5EU1A 5ENEA 5BT5A 2LSPB 5FE5A 5I1QA 4XUBA 2EJNA 4QC1A 4IR5A 2E7OA 4A9HA 4A9IA 4TQNA 5CTLA 5D3TA 2OSSA 4YH3A 5HQ7A 5FE9A 4O78A 4UYHA 4QEUA 4Z1SA 2R0VA 4LC2A 4BW3A 5BT4A 3P1FA 4A9JA 5CQ7A 4UIWA 4LDFA 4NRCA 5HLSA 1N72A 3HMEA 4YBMA 5FB0A 5ENFA 4NUDA 4QR3A 5LKZA 5CS8A 4HBWA 5II2A 3UVYA 4QC3A 2E3KA 5EWCA 4QYLA 5CPEA 4CURA 5FG4A 4UIZA 5IGLA 4YYIA 2YEMA 4BW1A 5EM3A 4XY9A 4YYDA 5HM0A 5BT3A 3MULA 4F3IA 5EV9A 3MXFA 1ZKRA 4BJXA 4ZC9A 4QYDA 5CRZA 5EICA 4NS5A 5G4SA 3ZYUA 4MR5A 3U5NA 4KCXA 4YYHA 5COIA 5D26A 5CY9A 5EK9A 5L99A 3MUKA 4YBSA 5L8TA 2RNYA 4NQMA 4QR4A 4TTEA 5KTWA 2L84A 4A9EA 4MR6A 4NRAA 2YW5A 4NR8A 4QEVA 3ERRA 5I7YA 5DKCA 3D1BA 3JVJA 2YQDA 4O75A 5TB6A 5FFWA 4UYEA 5LVQA 5E0RA 4YBTA 4Q0OA 4NUCA 2E7NA 4YY4A 5LKTA 3S91A 2L85A 2WP2A 5DKHA 4HXLA 4HXNA 5DY7A 3HMFA 4QSSA 4CUQA 4O7AA 5A82A 4QSQA 4A9KA 1JM4B 4QNSA 3JVMA 3LQIA 3UV2A 4HXRA 4HBVA 4HXPA 5LKUA 4AKGA 4TZ8A 4QSVA 3P1CA 4C67A 4IOOA 4LZ2A 5C4QA 4O71A 5E74A 5EGUA 2MJVB 4NR7A 4YYMA 5AD2A 3JVLA 5DKDA 5L98A 3U5KA 4GPJA 1WUMA 4IR3A 4CUPA 4WHUA 5IGMA 2YEKA 2DWWA 2OUOA 4QB3A 2H60A 4IR4A 4O77A 5A5QA 4ZQLA 5CQ5A 5D24A 5DYAA 5EP7A 2DVQA 5LKXA 3U5LA 4TT2A 4LR6A 5AMFA 5A5OA 5F36A 2OO1A 5HFRA 3QZTA 4PCEA 5IGKA 4CFLA 5HELA 4YH4A 4PTBA 3Q2EA 5F61A 4LZSA 5ENHA 5DYXA 4Q0NA 4O72A 2DATA 3FKMX 4UITA 5A5SA 4O7EA 5LJ1A 4OGIA 3IU5A 4BHWA 4UIUA 5ENBA 5H85A 5IG6A 4TZ2A 5D7XA 3P1DA 5CUGA 5E73A 5F1HA 2F6JA 4O7FA 4BW4A 5K29A 4A9MA 1PUOA 2WP1A 3LXJA 3NXBA 2DVRA 5LJ0A 3UW9A 5JI8A 1ZS5A 4CFKA 4XUAA 5FE2A 5IGNA 4QSPA 4RVRA 3O35A 4Y03A 5I7XA 5CQAA 5KTUA 5HQ6A 4MENA 4O7CA 3DAIA 4J1PA 3QZVA 4LYWA 5I83A 4X2IA 3Q2FA 3I3JA 2RS9B 5I88A 4UYGA 5F1LA 5D3HA 5D3JA 4CUTA 5A5PA 5KO4A 3U5JA 3SVHA 5CUDA 5HFQA 4LRGA 5L96A 2YELA 4O74A 1X0JA 5CQ4A 5HRVA 4QR5A 4J3IA 5L97A 3JVKA 5CFWA 4AKIA 5HCLA 2GRCA 5FE0A 5FG5A 4J0SA 4PS5A 3ONIA 5DW1A 3K2JA 5FE7A 5FE6A 1WUGA 3O33A 2YDWA 5D25A 2RFJA 4NR5A 5DBMA 2KTBB 4C66A 5FH7A 4TS8A 5H1UA 5D0CA 5A7CA 3U5PA 5CUAA 4QSUA 5E9LA 4UYFA 4PCIA 5FE3A 4HBYA 1E6IA 3UV5A 5E9IA 5FE8A 5TCMA 2RNWA 3UVXA 2F6NA 5F5ZA 5F25A 5F60A 5FBXA 4YATA 4HXKA 2FSAA 5FFVA 5EPRA 3U5MA 4YK0A 5CGPA 3UV4A 4A9FA 2R10A 3P1EA 2L5EA 4N4IA 4HXMA 5DX4A 5ETDA 4AKHA 3VKGA 5FH8A 3S92A 3LJWA 1JSPB 4O70A 4QSXA 4UIVA 4YY6A 5I40A 5EWVA 5AMEA 5CU8A 5CQ3A 2NXBA 5IBNA 3LQHA 3U5OA 5FB1A 2RNXA 5CRMA 2R0YA 4TU4A 4CLBA 4YYJA 4MR3A 5H1TA 4N4GA 5DYCA 4NR6A 2D82A 2RI7A 5KHMA 4QUTA 4HXOA 2I8NA 3MB3A 5EWDA 5D3PA 5DLXA 2G4AA 3O37A 5DFBA 5A81A 5FE4A 2DVSA 4ALHA 3O36A 5CUCA 5AD3A 4QSRA
chains in the Genus database with same CATH topology
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 4QUU A;  5E3G A;  4YAD A;  5A85 A;  4OUF A;  4A9N A;  4TU6 A;  4BW2 A;  4N4H A;  3IU6 A;  4IOQ A;  3LQJ A;  2I7K A;  5JWM A;  4KV4 A;  4CUU A;  3GG3 A;  3HMH A;  5A83 A;  5DW2 A;  5E9Y A;  4IOR A;  5FG6 A;  4CUS A;  2YYN A;  4YYG A;  4MEO A;  5D3N A;  3D7C A;  3QZS A;  5E9M A;  5DYU A;  5EWH A;  5D3L A;  2R0S A;  4PY6 A;  4TYL A;  4AKN A;  5EI4 A;  1EQF A;  4WIV A;  4NRB A;  5LUU A;  5F3A A;  4TT4 A;  5FE1 A;  5F62 A;  5ACY A;  4NXJ A;  4N4F A;  3MB4 A;  5CZG A;  5D3S A;  5I29 A;  5C87 A;  5CQ8 A;  5G4R A;  4UYD A;  5KU3 A;  5DFD A;  5HRW A;  4Z6I A;  4YYK A;  4E96 A;  4O76 A;  5ENG A;  3UVW A;  5ENC A;  5F63 A;  4A9O A;  5C89 A;  3G0L A;  4NR9 A;  4A9L A;  5E7D A;  3DWY A;  5DFC A;  2RO1 A;  5DLZ A;  5HEN A;  4YAX A;  5HJC A;  5EWW A;  4HXS A;  5J0D A;  4HBX A;  4UIY A;  5EPS A;  4QST A;  3P5O A;  5F2P A;  4NQN A;  5FH6 A;  4YYN A;  5HQ5 A;  2N9G A;  5FDZ A;  3AAD A;  3SVG A;  5EA1 A;  4NUE A;  4WHW A;  5E9K A;  5HEM A;  4LYS A;  5HRX A;  2D9E A;  3RCW A;  4ZW1 A;  4MR4 A;  4XYA A;  5IID A; 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