4Y35A

Endothiapepsin in complex with fragment 290
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y35A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y35A01
3MWSA 2AZBA 2CEJA 4J54A 4HZTA 2V0ZC 1FQ8A 3LZVA 1UH7A 4FL8A 4Y3GA 5P0GA 1BIMA 5P3RA 2ZHTA 1T6EX 4Z2ZA 4K4RA 4NJVA 4L7JA 4Y3AA 3LINA 4YD6A 1W5YA 4LP9A 4EJDA 5P33A 5P6QA 1ME6A 3QI1A 2O4LA 1W5VA 2JJIA 5P3OA 3O9LB 3LPJA 3QN8A 1D4JA 3PI5A 1EBKC 6FIVA 3ZKXA 3R1GB 5IVTA 5P6AA 2CEMA 1E5OE 3UQUA 5OYWA 4KUPA 1FQ5A 2BPYA 1HVLA 5KQZA 4K4PA 4Y4UA 5AH7A 5IVRA 5P6SA 3U7SA 4XKXA 5DQ1A 4OBZB 4Y3RA 3SQFA 5P0OA 5P7PA 5P72A 5KOSA 2ZHRA 5P44A 5P5GA 5P4LA 1TCXA 3BXSA 1A94A 3S43B 1YTHA 1BDRA 2OHPA 4NKKA 5HD0A 2VIZA 5P0DA 1ZPKA 5P65A 5P0BA 3LHGA 2OHRA 3DCKA 1FMUA 1HPOA 1C70A 5PEPA 2AZ9A 3PSUA 3PVKA 5P57A 5P1VA 3VCMA 3OQDA 5P02A 4NPUA 2EWYA 2AVVA 3GGVA 5DGWA 2QU3A 2PSVA 4L1AB 1FG8C 4QJ8A 3PCWA 5OYXA 2QZLA 2QI3A 4FM6A 2I0DA 5KAOA 4ACXA 2BPZA 1LF4A 3EKVA 3VFBA 5P19A 2ZJMA 2ER6E 5HU0A 4JECA 3HVPA 5FIVA 5P2WA 1F34A 5P7GA 2QD8A 2QK5A 1ODWA 2FIVA 2VIJA 2BPXA 4COEA 3SKFA 2HB4A 5P1RA 5P54A 3TPJA 5OZ5A 1MESA 3LZUA 3VV8A 5P2MA 5P7DA 1HTEA 5P0LA 3OXXA 1YG9A 4Y5AA 5OZYA 5P7YA 5P62A 3I25A 2FGVA 5P8EA 2QD6A 1XN2A 2QHZA 4B77A 4B0QA 1Q9PA 4QGIA 4RCEA 5COPA 3OY4A 2IDWA 4I12A 5DR7A 2G21A 2IKUA 1HVKA 1A9MA 3CIDA 1BDLA 3BXRA 4D89A 5P7CA 3SA3A 1A8KA 5P5ZA 2AOEA 2I1AA 4ZSPA 5P0PA 3BVBA 1W50A 5P00A 5DPZA 5P7UA 5P4DA 5KR2A 2HS1A 1W51A 5P1TA 2G24A 3OAGA 1EC1A 3O9LA 5P0CA 4Y5MA 3QS1A 3VSXA 4Y3FA 4K9HA 4RRSA 1BDQA 4GJDA 3SKGA 1HVHA 1K6TA 5P5WA 3OQ7A 3EMYA 3Q6YA 4N00A 3IAWA 5P1PA 4XXSA 1IZHA 5P7HA 4EPJA 3N4LA 1E80E 4Y3ZA 5P3XA 2VNNA 3VF5A 4OBZA 4NJSA 1IZIA 1YM4A 4WY6A 4Y37A 3KT5A 4JPEA 2ER7E 3EL4A 2ZHUA 3T3CA 3L5BA 4I0JA 1K6VA 4DVFA 5OZ1A 4RROA 3NDWA 5P41A 4R5NA 3KYRA 1QDMA 3VF7A 2AVSA 5P6CA 4ZSRA 1HOSA 1HSIA 1RPIA 1MUIA 3SFCA 3UFLA 5P6EA 1WBKA 5P2OA 4Q1YA 1NH0A 5P2JA 5P43A 4Y50A 1PROA 3UCBA 5P3VA 2OHQA 4Y3HA 1ZSFA 4Y51A 1HIHA 5P6VA 1PSNA 4L1AA 3LIXA 1DP5A 5P79A 3HAUA 5P4AA 3B7VA 5AHCA 3T11A 5OZ2A 5P1OA 6APRE 3C9XA 4TVGA 2QMFA 1AVFA 3MSKA 5P5QA 5P0JA 5OZ6A 3UF3A 5P0HA 3ER3E 3ZKGA 2NXMA 4EP3A 5P17A 4I8ZA 2QAKA 2VJ9A 5P70A 5P61A 5IE1A 3TPLA 2PC0A 2WF3A 5P3NA 2NXDA 2AOFA 1IBQA 4EJ8A 4MC1A 4YCYA 2G1YA 1PSOE 3RTMA 2Q54A 4Y3YA 2FXDA 1G0VA 5P4HA 4OBHA 5P7JA 5P22A 4Y3DA 3RTNA 4Y4GA 5P75A 5COKA 1OD1A 2IS0A 4Y3EA 5C9FA 4J0VA 5P4WA 4LXAA 4D8CA 1KZKA 1OHRA 2I4DA 3L59A 5BS4A 1IDBA 4R8YA 3L5EA 3ZOVA 3TKWA 3EL9A 5I3VA 3GGUA 1B6KA 1IVPA 5P4VA 3CIBA 4B05A 4U7QA 1LV1A 4R92A 4QLHA 3O9DA 1FIVA 5OYTA 5F01A 5P4JA 3FV3A 4CPWA 5P2KA 3DK1A 4Y3PA 1SBGA 2V12C 5P0ZA 5P37A 5P7LA 4LBTA 5P0EA 5P8OA 5P3IA 2WEAA 3DUYA 4BFBA 2AZCA 2G1SA 5P6LA 4Y44A 5OZTA 2AOGA 2AOIA 5P4GA 4D85A 3OTSA 3RSXA 3KN0A 2Z54A 5P2NA 4Y54A 4ER2E 4DQHA 1FQ4A 4FE6A 1LS5A 1WBMA 1HPVA 4B1CA 1GNOA 1LEEA 3OU1B 5P7WA 3KMYA 3Q3TA 5P32A 5HU1A 4GJ6A 4Y4BA 3FNSA 3NWXA 5P35A 1HVIA 3TOGA 3OXWA 4LC7A 4L7HA 4Q5MA 2G27A 1A8GA 1SMEA 5P7TA 5P4CA 3QPJA 4L6BA 1EBWA 5TOLA 5P67A 3QRMA 3CKTA 4DJYA 2FDDA 1SH9A 5P0AA 5JG1A 1EC2A 5P8LA 1AIDA 4H1EA 2FDEA 4BELA 3DV5A 3NLSA 4LXMA 3MSLA 2I4XA 3QBFA 1TSQA 3BVAA 1E81E 1D4KA 5P05A 5CLMA 3OOZA 4B00A 5P48A 9HVPA 2H6TA 3LPIA 3GGXA 5P4QA 4EXGA 2QI5A 3PB5A 5HE7A 2AODA 2AIDA 5OZVA 3G70A 3KT2A 4Y53A 3QVIA 2I4VA 3MXEA 5P8PA 1APWE 4CMSA 5P2TA 2WL0A 4YA8A 5P39A 1RV7A 1EPPE 5P04A 2UPJA 1FG6C 5E5JA 4I0ZA 1RQ9A 1GVVA 3OU4B 5OZCA 3R2FA 1AJXA 4Y3WA 4MC6A 5P07A 3BUHA 1ZSRA 5P4MA 3VEUA 4DQGA 2QCIA 2PSUA 2FNSA 3JW2A 3EKXA 1MSMA 3S45A 1QBRA 4Y3NA 3KDBA 1W6IA 3SO9A 3EC0A 4J0PA 4EJKA 5P4XA 4J1IA 2G69A 2R5QA 1FKNA 4I8WA 1LF3A 4E43A 1DW6C 5P06A 3S7LA 5P27A 2RENA 2OHLA 4FIVA 4JOOA 5P14A 2ER0E 5P2FA 3EKTA 3OUBA 5KQXA 3K1WA 2ASIA 5P0YA 2OHKA 4QJ9A 1MPPA 2OHSA 5OZ8A 1QBSA 3INFA 4CP7A 3CICA 3IXOA 1XE5A 3LPKA 3NU4A 5P5VA 1AAQA 1BV7A 3QIHA 5P6OA 2F81A 2ZJKA 4RZ1A 5P5JA 5OZRA 4FRIA 5ER1E 3PMUA 3OU1A 3OGQA 3INHA 5P1YA 1BXOA 3UTLA 2VJ7A 5P3HA 4J1EA 2PWRA 4BEKA 1FGCC 5P2UA 4I10A 1B6JA 4OBJA 5OZEA 5OZGA 1N49A 2WF4A 5P84A 3URLA 1HBVA 3S54A 4Y43A 5P2GA 3MSJA 2ER9E 5P7EA 3OXCA 3TTPA 4Q1XA 1HIIA 3PM4A 3R4BA 4DPFA 1ZBGA 4DJRA 4QJ2A 1C6XA 3NWQA 4X7IA 4JP9A 5KQYA 3GI6A 1M4HA 1EPOE 2NTRA 2AOCA 3TNEA 2QI0A 3OHFA 2FLEA 3B80A 3NU9A 5P2RA 4RVXA 3O9GA 4I0HA 3OAGB 1BV9A 1FFFC 1Z8CA 4CPXA 4NJTA 2PWCA 3L5FA 1GVXA 3ZKNA 2PH8A 1GVTA 3I7EA 3IN4A 2A1EA 1DMPA 5P4TA 5P5IA 2BPWA 5P6MA 2RMPA 5P3GA 4F73A 2V11C 4ZPEA 4FSLA 4ZSMA 4DJPA 4F76A 2BBBA 5OYRA 1FF0C 2B42A 5P2QA 1EBZA 5OZKA 2VA7A 5P08A 5P5TA 3OQFA 5P8HA 5P47A 4J0TA 3SA6A 2HC0A 1T7IA 3OU4A 5P85A 1QBUA 4GJ9A 5P6WA 5P46A 4DQEA 3SA5A 3GI4A 3L5DA 4GB2A 3RTHA 1QS8A 3NUJA 3WZ6A 3GGAA 5SXNA 4Y4ZA 3VV6A 2RSPA 4CPRA 3EM4A 1ODYA 5P3TA 3PBDA 2RKFA 3OOTA 2F8GA 4YD4A 2NMYA 2HB3A 4OBGA 3PI0A 4GYEA 3OUDB 5P2AA 4AUCA 1DPJA 4J1CA 4ZPFA 3K5DA 2FXEA 1TW7A 4M8XA 2OHNA 4K8SA 5DQCA 2WECA 2F3FA 5P7BA 1SGUA 3R0WA 3PMYA 1YT9A 4TRYA 1W5WA 1B11A 5P8GA 5P4EA 4I0GA 5P3BA 3TH9A 4Y5PA 4TRWA 5OZUA 5P8IA 5P2HA 3TKGA 4RVIA 5P2SA 3L58A 2ZHVA 2QMPA 2IGXA 5P1EA 6UPJA 3BHEA 5P28A 4ZE6A 4FSEA 1MT9A 1TSUA 5OYUA 3HVGA 3WB4A 3D1XA 3EM6A 5P5CA 4R95A 2R8NA 7UPJA 4GJ5A 3RVIA 1BVGA 4Y38A 4YDFA 4Y9WA 5P7SA 1K1UA 4FAFA 3OHHA 3NR6A 2O40A 4OD9B 1KJFA 5OYZA 4WTUA 5COOA 3BRAA 5P6UA 3PGIA 5ENMA 2I0AA 4KB9A 3K4VA 5KR0A 1MVPA 5P5BA 3L3AA 5OZ0A 3LIYA 4GIDA 1XL5A 2XYFA 5P5AA 1W6HA 3HBOA 5P1JA 5P6FA 4FRJA 3G72A 3IXKA 5AHAA 3O9FA 5P51A 3ST5A 5HVPA 5P8JA 1HEGE 4RCFA 5J25A 3PLDA 5OZPA 3WZ8A 2H6SA 1APVE 5P78A 5AHBA 3ZPTA 3WSJA 3SACA 2Q5KA 2O4KA 5I3XA 5P4YA 1HHPA 3SA8A 2R3WA 4Y3JA 5P8MA 4OBFA 5DR3A 4IVTA 2HPFA 2VA5A 2R3TA 5P2ZA 4QJAA 4Y4WA 3SLZA 4DJQA 1EC0A 4Y6MA 1MTBA 3DOXA 3MXDA 5BRYA 1OEWA 4H3IA 5P10A 2QI1A 5P3CA 3KMXA 3T6IA 4Y41A 4D83A 2PMAA 1HPXA 5P45A 5P3DA 2VIEA 2NXLA 3RU1A 3NU3A 4HLAA 2NNKA 5P5PA 5P6NA 4Y5GA 2ZJIA 4LL3A 5P7IA 4DQBA 4NJUA 4TRZA 5P09A 3DJKA 2XYEA 5P03A 5P20A 4JPCA 1ZP8A 4J5JA 4PHVA 4H3FA 4FS4A 3HAWA 2O4SA 1MIQA 3IVIA 3VSWA 5OYVA 3UHLA 3OUDA 1RNEA 4K4QA 5B18A 3TOFA 5P53A 4AMTA 4Y39A 5P3KA 4DV9A 3BGBA 5P81A 5EZZA 4DJVA 5KOQA 3PCZA 4RVJA 4U7VA 4I0EA 4EJLA 2ZHSA 5P7NA 5OYSA 5P4PA 3SM1A 2R9BA 2SAMA 5P2DA 3PEPA 1GNMA 5P69A 4I1CA 3EKQA 1SDUA 4YHQA 5F00A 3KFSA 4LAPA 5CONA 3KA2A 1EPME 5P59A 4FGXA 2NNPA 4PZWA 2R38A 4WY1A 2Q64A 5P1ZA 5DR4A 5IS4A 2OHTA 2WEDA 1BILA 2QU2A 2WEZA 2G26A 5P5FA 5ISJA 2QHCA 1FQ6A 4OD9A 5OZDA 5P5NA 4H3JA 3PWRA 1LZQA 2NMZA 5P1BA 3S7MA 2IRZA 4HDPA 5P5EA 2QZKA 4U8WA 2MIPA 2IQGA 3PSGA 5P6XA 5JODA 3LNKA 2P3CA 5P3AA 4RLDA 5P1NA 2B7ZA 1TCWA 2HS2A 5P3MA 5IVSA 4YOBA 1UPJA 2J9KA 3KFPA 1HTRB 4FM7A 4Y5CA 5P1CA 3DCRA 3UFNA 5P0RA 3DM6A 4HDFA 3IA9A 5P7ZA 4FAEA 3BGCA 1JLDA 1BVEA 5P2IA 5P56A 3DV1A 3ZKIA 3SAAA 1UH8A 4R93A 5AH8A 2G22A 2UXZA 4Z50A 5P6BA 2AQUA 5P2LA 4GJAA 4HDBA 5P3SA 5P77A 2R5PA 2ZE1A 5ISKA 4GJ8A 2IEOA 4GJ7A 5P15A 4XX3A 5P3QA 2Q15A 3UDHA 4Y3SA 5P8UA 2I4UA 7HVPA 3GI5A 2QZWA 5P7OA 5HDUA 3U6AA 1XS7D 4IVSA 3OK9A 2G94A 2P3BB 4GJBA 5HE4A 3OU3A 2P83A 3VV7A 4UPJA 3GI0A 5P0WA 5P8FA 4Y5LA 1LYBB 1FMBA 1KJ7A 5C9DA 2UY0A 2ZDZA 1ZAPA 3PWMA 1CZIE 5OZHA 1SDVA 1WKRA 5SY3A 4Z22A 4Y3XA 5P73A 5P0XA 5P60A 4M8YA 4Y36A 2J9JA 5P5YA 3VF3A 4Z4XA 2RKGA 1XN3A 5P42A 4I0FA 5P8TA 4APRE 2HB2A 3QRSA 3FNUA 5DQ2A 5OZXA 5HCOA 3KDCA 2WKZA 4ZIPA 1EPRE 1HVJA 4Y4TA 3UDYA 1EAGA 1Z1HA 4LXKA 4Y47A 1M43A 1HVSA 3Q5HA 4X2LA 5DR1A 5P1LA 4Y4AA 5P0QA 3VLAA 3CKRA 1B6PA 5P7MA 1U8GA 3ZPSA 3R0YA 5OYQA 2I4QA 5P6PA 1GVUA 3H5BA 5P4BA 1EPLE 2F3EA 3FNTA 1ZLFA 5P50A 3K5FA 5P6GA 3PRSA 5OZJA 1BXQA 3S85A 4A6CA 4Y4DA 5P8CA 3WB5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MWS A;  2AZB A;  2CEJ A;  4J54 A;  4HZT A;  2V0Z C;  1FQ8 A;  3LZV A;  1UH7 A;  4FL8 A;  4Y3G A;  5P0G A;  1BIM A;  5P3R A;  2ZHT A;  1T6E X;  4Z2Z A;  4K4R A;  4NJV A;  4L7J A;  4Y3A A;  3LIN A;  4YD6 A;  1W5Y A;  4LP9 A;  4EJD A;  5P33 A;  5P6Q A;  1ME6 A;  3QI1 A;  2O4L A;  1W5V A;  2JJI A;  5P3O A;  3O9L B;  3LPJ A;  3QN8 A;  1D4J A;  3PI5 A;  1EBK C;  6FIV A;  3ZKX A;  3R1G B;  5IVT A;  5P6A A;  2CEM A;  1E5O E;  3UQU A;  5OYW A;  4KUP A;  1FQ5 A;  2BPY A;  1HVL A;  5KQZ A;  4K4P A;  4Y4U A;  5AH7 A;  5IVR A;  5P6S A;  3U7S A;  4XKX A;  5DQ1 A;  4OBZ B;  4Y3R A;  3SQF A;  5P0O A;  5P7P A;  5P72 A;  5KOS A;  2ZHR A;  5P44 A;  5P5G A;  5P4L A;  1TCX A;  3BXS A;  1A94 A;  3S43 B;  1YTH A;  1BDR A;  2OHP A;  4NKK A;  5HD0 A;  2VIZ A;  5P0D A;  1ZPK A;  5P65 A;  5P0B A;  3LHG A;  2OHR A;  3DCK A;  1FMU A;  1HPO A;  1C70 A;  5PEP A;  2AZ9 A;  3PSU A;  3PVK A;  5P57 A;  5P1V A;  3VCM A;  3OQD A;  5P02 A;  4NPU A;  2EWY A;  2AVV A;  3GGV A;  5DGW A;  2QU3 A;  2PSV A;  4L1A B;  1FG8 C;  4QJ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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