4Y37A

Endothiapepsin in complex with fragement 305
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y37A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y37A01
4EJDA 1ZTZA 5P4NA 5P71A 5P80A 1ER8E 1HTRB 2AOIA 1RQ9A 2BPXA 3NUJA 3VF7A 4ZE6A 1MPPA 2R3TA 1FMUA 2JJJA 3KF0A 3GI0A 2QMFA 5P2ZA 3MSKA 3ECGA 5P52A 4FIVA 2IENA 3T6IA 3KFPA 1EAGA 4Y48A 3U71A 5P06A 5OZLA 5BRYA 4HVPA 5P2QA 1NSOA 3GI6A 3G6ZA 5IVSA 3D1YA 3SM1A 1KJ7A 3NWXA 1G35A 3ZKQA 1B6PA 2OAHA 3VG1A 3F9QA 5T4SA 3FNUA 2QHZA 1HOSA 1SBGA 5P6WA 1EBYA 5P6MA 3KFSA 5P14A 3RU1A 4K9HA 4I12A 2QI4A 2FIVA 3OQKA 5OYVA 2ZE1A 4NPUA 1T6GA 2Z54A 3Q4BA 1HTFA 3APRE 5P3KA 5P4CA 4Y5CA 3ZPSA 1W5XA 3OUCA 3OGQA 4ZSQA 4D83A 5JODA 2J9JB 5OYRA 5OZDA 3S43B 3OU3A 5P0NA 1EPQE 2R5PA 3QROA 5P7VA 1KJGA 5P81A 3PBZA 5OZ3A 2VNNA 4IVSA 4J1KA 2H6TA 1APVE 3K5DA 3OAGA 4DJPA 3OK9A 5P3XA 2BB9A 3QAAA 3O9EA 3K5GA 2ER0E 3LIZA 1XE6A 3VF5A 1K2BA 3KT2A 4UPJA 3ZL7A 5P7MA 1EEDP 5P5DA 5P8NA 2HB4A 5P1KA 4YE3A 3L58A 1ODYA 5P0BA 4Y3ZA 2BPYA 2PMAA 1SDTA 5P7NA 4GJ7A 4QJAA 2FLEA 1G0VA 5P76A 5P3TA 3APPA 1M0BA 4Y5NA 5P26A 4F75A 2IL2A 1APWE 5P7CA 4FAEA 4ER1E 5AH9A 3BGCA 3FSMA 4Z4XA 3SQFA 5P8OA 5P8JA 5P44A 3UFLA 3EM4A 2P3AA 3CICA 4KE0A 2XYEA 4RGHA 3CKPA 4Y4GA 3UDKA 3UFNA 1EC0A 4MC2A 4GJ5A 5P15A 2RSPA 5KR1A 5P69A 3UDMA 3BVAA 5P0ZA 5P6XA 1B5FB 4EYRA 3GGAA 3FX5A 2ZHUA 4Y3LA 2V16C 4RYGA 4U7VA 5DQ2A 1D4YA 5P20A 3EKYA 3OUBA 1HPVA 3DUYA 5P1XA 3LPIA 5KR2A 4OBFA 2R9BA 3HLOA 4R5NA 2WECA 3NU4A 5F01A 2QK5A 2JXRA 4I0DA 2WJOA 1DAZC 5P63A 4IVTA 3QPJA 5P1BA 3VEUA 3KMXA 5DR7A 4K4PA 3HVPA 1YT9A 5P5QA 5P27A 4TRWA 5P8IA 3VLBA 1AZ5A 5P5UA 4CKUA 4RROA 3LZVA 4J55A 5JFPA 5P8TA 5P8GA 2VIJA 4K4RA 4Q1YA 3PM4A 4XX3A 5P2HA 5OZZA 1TW7A 5P89A 1LYBB 3PI5A 3Q6YA 1M4HA 4CMSA 3RTMA 4CPRA 3C9XA 2WKZA 5P2IA 4R91A 4ZPGA 5KR0A 4DQGA 4Y4ZA 3S54A 4YDGA 5P4ZA 1HIIA 5HDUA 1NPWA 4GYEA 5P1SA 1RNEA 2XFJA 3OQDA 3WZ8A 2WF0A 4FL8A 4DJWA 4LHHA 4Y4DA 4Y4EA 4ZSMA 5HE5A 3SA3A 2HPFA 1D4IA 3BUHA 1YM4A 4H1EA 3LIXA 3INFA 1BDQA 5P4PA 5P6PA 5P0EA 5P45A 4Y5KA 4OBGA 3SA6A 3OHFA 4J0VA 3EXOA 5P1GA 4QJ7A 2P3CA 4J0YA 4FM8A 3O9LB 5DR4A 1BXOA 1W51A 2AVQA 5OZ5A 1GVTA 3HVGA 4TRYA 4D85A 1KJFA 3SPKA 4EJKA 5P3EA 3B7VA 5P4EA 5P1MA 3PGIA 2ZJJA 1DMPA 3JVYA 3KM4A 4GJ8A 3OU4B 1HHPA 5UPJA 2R8NA 3TOGA 3LNKA 3VV7A 5F00A 2J9JA 4HZTA 3S43A 3DCRA 4U7QA 4TVHA 3O9GA 1B6KA 1UH8A 5P4RA 4F74A 1MSNA 2Q11A 3S53A 3BRAA 5P58A 5IE1A 3VFAA 5P1HA 4ZLSA 1NH0A 1LF3A 3I7EA 4HA5A 4HDPA 5DQ5A 3HD8A 5IVTA 3OQAA 3BXSA 3VYDA 2F3FA 5P16A 3SAAA 4EPJA 1PROA 4AMTA 5P6YA 1PPLE 7UPJA 5KAOA 2IKUA 3O9DA 5P57A 5P0YA 5HE4A 1KJHA 5P38A 5SZ9A 5HU0A 5OZHA 1HVKA 4R8YA 3PB5A 2WF1A 1FKNA 4I0HA 4ACXA 3MXDA 5KOSA 3DJKA 2B60A 4B1EA 4YD7A 5P2XA 5P55A 3SO9A 5P4VA 2AZ8A 5P5WA 3LIQA 2JE4A 5P30A 1W50A 3PLLA 4Y5LA 2JJIA 4YD4A 1PSNA 5P7BA 4E43A 3QN8A 1GNMA 5B18A 3G70A 1QDMA 5P8BA 4EXGA 4K8SA 4Y45A 2ZHTA 2BQVA 2HS1A 3L38A 5P1JA 5P0KA 1B6LA 2I4DA 5P6EA 5P6ZA 5P2LA 5C9DA 1Z8CA 2AOGA 5ER2E 2AZ9A 2NPHA 5P59A 1PSAA 2A1EA 1MESA 5IVRA 5EZZA 3S7LA 5P3MA 3MXEA 5P72A 3O9IA 5P8RA 4HE9A 4Y3TA 4DQCA 5P2JA 4R93A 4Y3FA 4B1CA 3QVCA 2P3DA 1HTGA 4Y3GA 5P0QA 4J1CA 2B8LA 5HCOA 2J9KA 5P7PA 3NXEA 1EC1A 2PK5A 1W6HA 5P65A 1IIQA 4B0QA 2ER7E 3VSXA 4GB2A 1LYAB 1K1UA 1B11A 3PLDA 1HVCA 2QI1A 5OZWA 3EL4A 5P2VA 3BHEA 5HU1A 4J0ZA 1W5YA 2IDWA 2FDEA 4R95A 3PRSA 5P6GA 5P1EA 5P51A 1EPOE 4Y3AA 4Y4BA 2QZWA 3O9FA 1LYBA 2ZHSA 2IEOA 4B70A 3RTHA 3OWNA 4YCYA 5E5JA 2VKMA 4COEA 5P32A 3UF3A 3PSGA 2PH6A 5P3JA 3I8WA 1M43A 2ZJMA 5P43A 2WF4A 5OYZA 2AQUA 2QCIA 5P2AA 3NDUA 3URIA 5P1TA 5P02A 4PEPA 1MT8A 1TCWA 5JG1A 4MC9A 3BC4A 5P7QA 1HRNA 1ME6A 3ER5E 4RRNA 1J71A 3UHLA 5P6NA 3UDPA 3LIYA 4Q5MA 1WBMA 5P3LA 4YBFA 3PCWA 5P3QA 2P83A 4J0PA 4A6CA 2HIZA 5P6UA 3UDYA 1AXAA 5P7XA 3SABA 2PQZA 3AUPA 5DGWA 2ANLA 8HVPA 2V13A 2NNPA 1ZAPA 2ZJIA 3ZKNA 3L5DA 2ZGAA 1FQ8A 5P8MA 5P7JA 2NR6A 1ZPKA 5P1QA 1OHRA 3NLSA 4RLDA 4DFGA 5P7GA 1HXWA 5OZFA 4QGIA 3UDHA 5OZNA 5AHCA 1A30A 1BVEA 5P5SA 3L3AA 2FXEA 5OZ9A 3PHVA 4YD5A 4YBIA 2HPEA 2VIEA 4Y51A 4B05A 4Y43A 5P2SA 5P7SA 2JYSA 1SMRA 5P4BA 3ZLQA 3L5CA 4FCOA 2IGXA 5P7TA 3A2OA 5P50A 5OZRA 5C9FA 5P7FA 1KJ4A 2V00A 5P8VA 3DM6A 5P40A 3QRMA 3GI4A 4CPTA 3UDQA 4FLGA 5P1FA 5P4KA 5P5KA 3DK1A 5P3SA 5P4GA 3EM6A 3TTPA 4FRKA 2QD8A 3D3TA 5OZKA 5P83A 5COKA 5P4IA 4HLAA 4Y4XA 1EBZA 4YA8A 4M8XA 1HVRA 2G1OA 5P7HA 4CPWA 5P6LA 4FE6A 4FRSA 5P13A 4Y4TA 5ISJA 3HAWA 5DR0A 4TRZA 3S2OA 1VIKA 5P35A 1T3RA 1BDRA 3SA4A 2RMPA 6FIVA 3LIVA 2XYFA 1T7JA 4AA8A 5P0PA 2R5QA 5P86A 2CENA 1HTEA 3LINA 2OF0A 3ZPUA 5P11A 2XFKA 5ENKA 4J1HA 5P7RA 5P0JA 4I1CA 4Y3RA 1DIFA 4N00A 2VJ6A 4AUCA 4YOBA 2AVOA 3TL9A 3KFRA 2FDPA 5P84A 5SY2A 1FQ6A 5P5RA 2AVVA 5HD0A 1BWAA 5HE7A 2PYNA 5P2FA 1LYAA 4DQFA 5P3YA 4Y57A 2QHYA 1MSMA 1MIQA 1HVHA 2R43A 5P3NA 3WZ7A 3SA7A 5P3GA 3ZMGA 3PVKA 5P0WA 4WTUA 1IZDA 3Q3TA 3TPRA 3VYEA 5IS4A 2VA5A 2QMGA 3S56A 5P0TA 4DVFA 5P3CA 3BUFA 4GJ6A 4X7IA 1N49A 1AM5A 5P73A 4EJ8A 5P2KA 5P6TA 3HBOA 5P42A 4ZPFA 4Y4UA 4OBDA 3I25A 4I0ZA 4H3JA 5P01A 4NJVA 5P0IA 2CEJA 5P6HA 3IN3A 3IXOA 2O4LA 1QBTA 1SIVA 4S1GA 5P6KA 3NWQA 5P6RA 2VA7A 2G94A 3OU1B 4L7HA 4JOOA 5P46A 5P0LA 5P7LA 1AIDA 1TCXA 2ER9E 4NJTA 2AODA 4EJLA 5JFUA 3HZCA 5DR8A 5P1VA 4Z50A 1FG6C 1MEUA 5OZ8A 5OYSA 1B6JA 1C6ZA 3GGXA 4GZFA 3SLZA 3QBHA 5P88A 1AJVA 3T7QA 2BJUA 5P4LA 2PSUA 5P2WA 1SIPA 2Q55A 3CIBA 2O40A 3OOTA 3GI5A 4Y3HA 2QZXA 1E5OE 4DJOA 3PCZA 5P5AA 2WEDA 4Y3QA 4GJBA 1BDLA 3EMYA 3UQRA 4RVXA 1LV1A 4WY1A 4CPXA 1MERA 4JPCA 4K4QA 1K2CA 4EP3A 4FM7A 2HB3A 3KDBA 1BBSA 3UQPA 2HAHA 4ACUA 3KDCA 3SKFA 4EP2A 4DV9A 5P4QA 4KE1A 5P6OA 1HEFE 3SA8A 2ZJHA 3OADB 2B42A 3TKWA 5P5CA 3K5FA 3OQFA 1FFFC 1YTJA 3L5FA 2QI0A 5COOA 3QRVA 3NXNA 2H6SA 1CPIA 5P6DA 2BPVA 3CKRA 5P5ZA 3FNSA 5OZPA 3JVWA 5P00A 5P0MA 2EWYA 4Y58A 3OOZA 5P0HA 3T3CA 4A6BA 2ZJLA 5OYTA 3QS1A 3LITA 1FB7A 1TSQA 5OZYA 4DJXA 4YCTA 4HEGA 4Y4WA 2I4WA 4Q1WA 2PH8A 3D1ZA 1TSUA 5P1CA 5P4OA 1SGUA 3ZKSA 5P05A 2AVSA 3WZ6A 3IA9A 1HXBA 1GNNA 2OHSA 5P33A 5AGZA 1MUIA 3IVHA 1CZIE 1OEXA 4NJUA 5P39A 1T6EX 1LZQA 5P5IA 1SDVA 4J17A 4Y3DA 3R0YA 3S8IA 3G72A 1IVPA 4Z22A 1PPKE 5P09A 2OHTA 4LAPA 4Y3PA 2G1YA 1GVUA 1MRXA 3D91A 4Y3YA 3SFCA 5ENMA 4J0TA 5P2DA 5P5LA 2QD7A 5AHAA 1LS5A 2V12C 3K5CA 2G22A 5P0AA 5P66A 1EPRE 1PFZA 4L7JA 3TNEA 3CIDA 1D4SA 2Q3KA 2FNTA 3NUOA 3RTNA 3AIDA 4Y38A 5OYUA 2WEBA 1SP5A 2G1SA 4EWOA 2G1RA 4Y37A 3N4LA 2PWCA 4A4QA 3L59A 4Y3JA 5DPZA 1BV7A 4OBKA 3PSYA 1QBRA 9HVPA 3KFNA 4QJ6A 4ZEAA 4Y3XA 3VV6A 4J1EA 2G27A 4DJQA 5I3YA 1DPJA 5P4FA 2I4XA 5P4YA 1SDUA 2XFIA 4YD6A 5P1OA 3INDA 5KQZA 4F76A 5P6SA 5P1IA 4Y3NA 2B7FA 3TKGA 1A8KA 3UQUA 5P07A 3EKQA 2AZCA 1WBKA 1HVIA 3H5BA 4Y4JA 2QZKA 3OHHA 2PSGA 2Q54A 5P5OA 5HVPA 2Q15A 5P70A 3R0WA 2NXLA 2I4VA 1EPNE 3R4BA 2BBBA 3D20A 2WEAA 3O9BA 3TLHA 4DJUA 3NYGA 4RCFA 5P5YA 5P6BA 5P2GA 2HM1A 2UXZA 4FS4A 1IZEA 1D4HA 4XXSA 3LHGA 5E5KA 5DQ1A 5P1LA 3OU1A 5P74A 4DJVA 5P4XA 2ZHRA 5BS4A 4J5JA 4I8WA 3PMYA 5P5TA 4GJAA 4U8WA 4DQBA 5P2EA 2VJ7A 3EL1A 3KA2A 2FS4A 4B77A 5P0RA 5SXNA 4OC6B 3IAWA 3ER3E 5P8UA 4H3FA 3S85A 4I10A 5DQ4A 1LF2A 5P8LA 3OUDB 3K4VC 1ZSRA 1B6MA 2Z4OA 4MC6A 3RSXA 5C9BA 3QP0A 4DJRA 2QNPA 5P6JA 2F3KA 3QBFA 2AVMA 1WKRA 1MTRA 2P4JA 2G21A 3LZUA 5P6AA 2AOJA 1K1TA 1META 1XL2A 1NPAA 5P61A 3SM2A 1XE5A 2AIDA 5P3HA 1Q9PA 1MVPA 3OTSA 5P7AA 1FQXA 5P4UA 5P3RA 3OADA 1HIHA 5P4AA 5P5PA 2IKOA 5P5VA 1KZKA 4Y5MA 5P3UA 3T7PA 2G1NA 4BFBA 3IXKA 2QHCA 5P5BA 3ZKGA 5P1DA 3EKXA 5P28A 3R2FA 3PBDA 5P23A 3GW5A 2OHMA 5P77A 4LXMA 2APRA 5P3WA 3WB4A 4I0EA 3UDJA 3PWWA 5IVQA 5OZAA 1ZP8A 3QRSA 1C6YA 2RENA 2O4PA 5P0FA 3KN0A 5COPA 2VNMA 5P1YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4EJD A;  1ZTZ A;  5P4N A;  5P71 A;  5P80 A;  1ER8 E;  1HTR B;  2AOI A;  1RQ9 A;  2BPX A;  3NUJ A;  3VF7 A;  4ZE6 A;  1MPP A;  2R3T A;  1FMU A;  2JJJ A;  3KF0 A;  3GI0 A;  2QMF A;  5P2Z A;  3MSK A;  3ECG A;  5P52 A;  4FIV A;  2IEN A;  3T6I A;  3KFP A;  1EAG A;  4Y48 A;  3U71 A;  5P06 A;  5OZL A;  5BRY A;  4HVP A;  5P2Q A;  1NSO A;  3GI6 A;  3G6Z A;  5IVS A;  3D1Y A;  3SM1 A;  1KJ7 A;  3NWX A;  1G35 A;  3ZKQ A;  1B6P A;  2OAH A;  3VG1 A;  3F9Q A;  5T4S A;  3FNU A;  2QHZ A;  1HOS A;  1SBG A;  5P6W A;  1EBY A;  5P6M A;  3KFS A;  5P14 A;  3RU1 A;  4K9H A;  4I12 A;  2QI4 A;  2FIV A;  3OQK A;  5OYV A;  2ZE1 A;  4NPU A;  1T6G A;  2Z54 A;  3Q4B A;  1HTF A;  3APR E;  5P3K A;  5P4C A;  4Y5C A;  3ZPS A;  1W5X A;  3OUC A;  3OGQ A;  4ZSQ A;  4D83 A;  5JOD A;  2J9J B;  5OYR A;  5OZD A;  3S43 B;  3OU3 A;  5P0N A;  1EPQ E;  2R5P A;  3QRO A;  5P7V A;  1KJG A;  5P81 A;  3PBZ A;  5OZ3 A;  2VNN A;  4IVS A;  4J1K A;  2H6T A;  1APV E;  3K5D A;  3OAG A;  4DJP A;  3OK9 A;  5P3X A;  2BB9 A;  3QAA A;  3O9E A;  3K5G A;  2ER0 E;  3LIZ A;  1XE6 A;  3VF5 A;  1K2B A;  3KT2 A;  4UPJ A;  3ZL7 A;  5P7M A;  1EED P;  5P5D A;  5P8N A;  2HB4 A;  5P1K A;  4YE3 A;  3L58 A;  1ODY A;  5P0B A;  4Y3Z A;  2BPY A;  2PMA A;  1SDT A;  5P7N A;  4GJ7 A;  4QJA A;  2FLE A;  1G0V A;  5P76 A;  5P3T A;  3APP A;  1M0B A;  4Y5N A;  5P26 A;  4F75 A;  2IL2 A;  1APW E;  5P7C A;  4FAE A;  4ER1 E;  5AH9 A;  3BGC A;  3FSM A;  4Z4X A;  3SQF A;  5P8O A;  5P8J A;  5P44 A;  3UFL A;  3EM4 A;  2P3A A;  3CIC A;  4KE0 A;  2XYE A;  4RGH A;  3CKP A;  4Y4G A;  3UDK A;  3UFN A;  1EC0 A;  4MC2 A;  4GJ5 A;  5P15 A;  2RSP A;  5KR1 A;  5P69 A;  3UDM A;  3BVA A;  5P0Z A;  5P6X A;  1B5F B;  4EYR A;  3GGA A;  3FX5 A;  2ZHU A;  4Y3L A;  2V16 C;  4RYG A;  4U7V A;  5DQ2 A;  1D4Y A;  5P20 A;  3EKY A;  3OUB A;  1HPV A;  3DUY A;  5P1X A;  3LPI A;  5KR2 A;  4OBF A;  2R9B A;  3HLO A;  4R5N A;  2WEC A;  3NU4 A;  5F01 A;  2QK5 A;  2JXR A;  4I0D A;  2WJO A;  1DAZ C;  5P63 A;  4IVT A;  3QPJ A;  5P1B A;  3VEU A;  3KMX A;  5DR7 A;  4K4P A;  3HVP A;  1YT9 A;  5P5Q A;  5P27 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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