4Y38A

Endothiapepsin in complex with fragment b29
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
330
structure length
329
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Structures of endothiapepsin-fragment complexes from crystallographic fragment screening using a novel, diverse and affordable 96-compound fragment library.
pubmed doi rcsb
total genus 81
structure length 329
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y38A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y38A01
3PWWA 5P2NA 5P10A 5P49A 5I3VA 5P3QA 3I6OA 5P5KA 2F80A 5P8GA 3HZCA 5P00A 1PROA 4YHQA 4RZ1A 5P8RA 5P5XA 3NU9A 3JVYA 3TOFA 3EKVA 3I7EA 4L6BA 3TNEA 4GJ6A 4HA5A 1ZSFA 2I4UA 5OZVA 1B5FB 3DOXA 4J1KA 4M8YA 1UH7A 2R5QA 3TPRA 3KDDA 5IE1A 3UPJA 4Z4XA 2WJOA 5J25A 3DV5A 2R38A 1PPLE 5BS4A 3LZVA 2OHRA 1MRXA 5P37A 2PWRA 4J1HA 3TL9A 2IKUA 1EEDP 5P2CA 3SACA 1ZPKA 3HLOA 1FF0C 5OZGA 4EQ0A 3CIDA 3OQAA 5DR8A 4DPIA 4PEPA 1MERA 1IDBA 3GI6A 1LYWA 1MTRA 4Y5CA 4ZSPA 2BBBA 2NNPA 5P45A 2P3BA 5P3WA 2ZDZA 4NPTA 2NMZA 4MC2A 5P0PA 3LINA 5P3OA 3RSXA 1YX9A 4FSLA 1MSMA 3APRE 5P1WA 5KR8A 5P0DA 4TRYA 1W51A 3OQ7A 1E80E 3VYFA 3SKGA 2VKMA 2BB9A 1ZJ7A 2OAHA 2Q54A 3VG1A 3K4VA 5F00A 4Y3RA 3DK1A 5C9BA 2HC0A 1GVUA 1HPSA 2G1NA 3KM4A 5HU1A 1HOSA 1ZLFA 1MEUA 1LYBB 1BV7A 4ZEAA 5P8FA 2XFIA 1FIVA 5P4HA 5P59A 3WB5A 5P6TA 5SY3A 1A8GA 1CZIE 2FLEA 2A1EA 3CKRA 4YCTA 3LNKA 3NDTA 4B78A 1ZSRA 4RROA 5OZWA 4RCEA 3QROA 3O9EA 4FIVA 4RVIA 5OZJA 4ZE6A 5OZ3A 1YG9A 1SMRA 3TOGA 2V11C 1HVHA 3UDHA 5SXNA 3APPA 2G1SA 3EKXA 5OZ1A 5HE7A 3ZLQA 5P24A 3Q4BA 5P6DA 2QD6A 2HPFA 5P2XA 5IS4A 5P4ZA 5DR7A 3OUDA 4Y4EA 1DP5A 5OZSA 2RENA 5P13A 1EPQE 5P7JA 3WZ7A 5P2BA 5P6XA 5AH9A 4H1EA 3I25A 1XS7D 3MSJA 3N3IA 5P8JA 3U71A 4RRSA 3TOHA 2QZLA 1IZDA 4YA8A 4I0HA 4LC7A 2QI1A 5P6CA 5E5JA 4Y5BA 5P3IA 3HAWA 4CPUA 3SKFA 4Y3LA 3BGBA 5P0NA 2BKSA 1HTEA 4FM8A 4TVHA 2FXDA 2G1YA 1DMPA 1AXAA 3TKGA 5P3CA 3DM6A 3N4LA 2QNPA 3BXSA 5P7MA 3OXCA 3ZKSA 3QS1A 5P5IA 3UCBA 5P50A 2QP8A 2G27A 5P0IA 2QI7A 5P2GA 2CEMA 4Y5AA 4EJLA 1TW7A 5P5BA 2F81A 1HVRA 1KJHA 2QMDA 5P64A 2Q3KA 5P1QA 1Q9PA 3KFRA 3D20A 3OQDA 4D85A 4Q1XA 1HVJA 1XL5A 2BPYA 2WKZA 2QNQA 5P6MA 5P3BA 4Y5MA 5P4SA 5P7EA 5P5MA 5P73A 5P5AA 5P0QA 4L1AA 4FAEA 4EJKA 1W5VA 4GZFA 5P3PA 1EC2A 4E43A 1AVFA 3OGPA 4OBJA 5ISKA 5P6KA 4GJDA 1HEGE 2AVVA 3K5FA 4Q5MA 2I4XA 1IBQA 1HBVA 3OWNA 5P6RA 3IVIA 2ZE1A 2J9JB 4DH6A 5P25A 5JG1A 1KJ4A 3ST5A 2AOGA 4XXSA 1ME6A 5P7TA 3OXVA 4I11A 3TLHA 1OD1A 5P1ZA 1IVQA 4B70A 1NPWA 4Q1WA 3BUHA 5KQFA 5P2QA 5P3UA 4LXKA 1BILA 4OBFA 1FMBA 2AZCA 2AOHA 3CMSA 1WBKA 5P1IA 1LYWB 1WKRA 1BWBA 4Y3QA 3PCZA 5P7KA 4Q1NA 3HDKA 2AOIA 5P3LA 5P5PA 4DV9A 4L7JA 3IXOA 4K4QA 5P0EA 3OU1A 5F01A 3IXJA 5P0UA 4IVTA 1DIFA 4HZTA 1HXBA 1SP5A 5ER1E 5P66A 4B1DA 3NUJA 4DJPA 2I4VA 5P43A 5P68A 1FFFC 3IN4A 2RKFA 5P1KA 3T6IA 3GI5A 5P0SA 4K4PA 3A2OA 3QN8A 3IXKA 3QRSA 2PH6A 3O9AA 4RVJA 3BVAA 4Y43A 4CPTA 4B05A 4Y3WA 5P0KA 5P7GA 2R8NA 4X7IA 5P4DA 4J1IA 3EL9A 3EKPA 4QLHA 2ER6E 5P5OA 1HPXA 5P3JA 1EBZA 5P2JA 5P41A 4PZXA 5P5UA 5P84A 5P8MA 2XFJA 1BIMA 5COKA 2O4NA 5OYTA 1KJ7A 1ER8E 3BVBA 3JVWA 1GVVA 2ZJLA 1FQ7A 1LZQA 4U7VA 2XFKA 5P6UA 4I12A 4B72A 4F74A 1SBGA 5P2MA 3TPLA 1OHRA 4Y41A 2Q63A 5OZ6A 2R9BA 3PSUA 4K8SA 5P7CA 4DFGA 4I0DA 5P6SA 5P6VA 2QHYA 4DJRA 1RNEA 5P1UA 1EPOE 4Y47A 1C6YA 4J1CA 1B6KA 5P2AA 3EKYA 5P0TA 3VCMA 5OZ0A 2G1RA 3SLZA 4GMIA 4R92A 4DUSA 3EC0A 4KUPA 5P1YA 2VIEA 2QZWA 1GNNA 3Q5HA 5OZMA 4Y3SA 3GW5A 2V16C 4EWOA 1ZP8A 5OYQA 3HAUA 3RTMA 4TRWA 2AVQA 5DQCA 2B7FA 5P18A 5P0BA 3K5DA 2SAMA 1E81E 3NDXA 4RYGA 4OC6A 1DAZC 5P4MA 4J0TA 5KR1A 3CIBA 3G70A 1XE6A 5P8VA 3PJ6A 3FSMA 2ZJMA 1BDRA 3OOZA 2PK6A 2P8HA 5P8AA 4AZYA 1MSNA 5P31A 2QI5A 5OZAA 1BAIA 4Y44A 5P4NA 5P3KA 3O9LB 2I0AA 2I4QA 5P0AA 4DQBA 2UPJA 1FMXA 1A9MA 1W5WA 3T7PA 2FDEA 2AQUA 4DJVA 5P67A 1EAGA 5P3DA 3OGQA 3DV1A 5P7QA 1K6PA 5P2HA 3SQFA 2VA7A 3U6AA 4NJUA 4X2LA 2FGUA 4QJ9A 3KT2A 3CKTA 5P11A 5JFPA 1LF3A 4K9HA 5HDVA 1LF4A 3VLBA 1QRPE 4M8XA 5P2WA 4WY1A 1D4JA 1FG8C 4I8WA 5P8HA 3SA9A 4HVPA 2Q55A 2IRZA 2PSUA 5P82A 5T4SA 1UH9A 3FNTA 3KMXA 1EPME 3URJA 4Z22A 3EKTA 5P5TA 5P8KA 2PK5A 4ER2E 2ZJJA 3L5DA 5P36A 5P2DA 3RTNA 4JOOA 2B8LA 4NPUA 5P44A 4ACUA 5P72A 1JLDA 2FDPA 2QI6A 3NU6A 4U8WA 3K4VC 3RSVA 5P5NA 5IVTA 5P7LA 3UHLA 2B7ZA 5P0HA 1TZSA 4AUCA 3OU1B 5OZYA 5P5CA 3OXWA 3OUAA 4Y4GA 5P5JA 5I3YA 3RU1A 1XN2A 2J9JA 3HVGA 4FCOA 5P1FA 5P6IA 3RVIA 4U7QA 1D4HA 4Y45A 3DJKA 1MT9A 4LP9A 4Y4JA 5P5LA 5OYWA 1EBKC 3SA6A 4OD9A 4UPJA 5P7IA 3T7QA 2IGXA 3PSGA 4NKKA 5P2EA 2HB3A 4I8ZA 2I0DA 5P5QA 2PC0A 3SPKA 2IQGA 3VSXA 5P35A 4EPJA 3PHVA 5P0LA 1ODWA 4FRJA 1RL8A 2P3CA 2Z4OA 2FGVA 4Y4WA 5P3ZA 5HVPA 1GVTA 5P3VA 3R4BA 2FIVA 3S8IA 5P60A 3UFNA 3OTYA 2VNNA 3LIVA 5P07A 3OUBA 2HIZA 3EL5A 2PYMA 5P38A 2F3FA 3WSJA 5DQ1A 5P1MA 4DJQA 4BFBA 1PSAA 4YD7A 2WEDA 2WL0A 5P4JA 2VIJA 3K1WA 4Y35A 3SA8A 1D4IA 3O99A 4FGXA 1W50A 4J0PA 5COOA 2BPXA 5OYSA 1D4KA 2WEBA 5P86A 5P7OA 1HSGA 2R3WA 3EL1A 5P2VA 3BUGA 1FB7A 3H5BA 5P0OA 4PZWA 2AVOA 3GGUA 3DUYA 3CYXA 4EXGA 3UFLA 3VF3A 3PMYA 5HCOA 1Z1RA 5P6YA 3KDBA 3VEUA 1FFIC 5P20A 1FEJC 2Z54A 3D1YA 5P5VA 5P2ZA 1BXQA 2WHHA 1UH8A 2V10C 3UQPA 3S7LA 4MC1A 2RKGA 3VLAA 4CPXA 1FQ8A 4IVSA 5P0CA 1AZ5A 1W6HA 2QHZA 1FQ4A 3LITA 2PQZA 3PMUA 3KT5A 5BWYA 4BELA 1HEFE 4DPFA 4OC6B 3FV3A 5P5FA 2AOCA 2V12C 2VIZA 1A94A 1HVKA 1YT9A 2PSGA 5P0RA 1T7IA 2WF2A 3OHFA 4Y5EA 3NXEA 4I1CA 4Z50A 1FGCC 1FLHA 5HDUA 1D4LA 3K5GA 4LL3A 3MSKA 5P75A 3T7XA 3URLA 2QAKA 5OZDA 2NMYA 5P1NA 1N49A 4Y5LA 5P6WA 3NXNA 4YOAA 1EPPE 3L5BA 3PCWA 1AJXA 1TCXA 3OADA 1MTBA 4K4RA 3PWMA 2O4SA 4YBFA 1IDAA 2JXRA 3EL0A 5OYYA 5P04A 3FKTA 4DJXA 5P6NA 5P26A 4GJ7A 5P3SA 1MPPA 4XX3A 1QBUA 3PM4A 1EBYA 2IEOA 4Y4TA 4HLAA 5P2LA 1D4SA 3BRAA 5C9FA 3R1GB 2WF3A 4YCKA 5P4CA 5OZKA 4DJWA 5P46A 4J0YA 4I0FA 5P7WA 1Z1HA 3AUPA 5B18A 3IA9A 5SY2A 2NR6A 4YE3A 4Y39A 2B42A 5P12A 4BFDA 3OAGA 3OU4B 5P79A 2CENA 4Y3NA 2H6TA 4Y3YA 3LZYA 3ZKNA 2WF4A 4N00A 1SGUA 2G24A 4ZSMA 3ER3E 2XYFA 4XX4A 4OBZB 5P8DA 5P1PA 1PPME 5P1LA 2QU2A 1KZKA 5OZLA 4LXMA 1IIQA 4J0ZA 1G35A 3INHA 4A6CA 2G1OA 2FDDA 3NWQA 3H0BA 5P8SA 5P19A 3O9LA 1EC1A 2OHPA 5DQ4A 1APVE 5P1VA 3EBZA 5P0ZA 2OHSA 3DCKA 3GI0A 3QRVA 3UDRA 4DQFA 1M4HA 2WEAA 1ODXA 5P8OA 3KDCA 5P6ZA 5P89A 5P09A 3NDWA 5AGZA 3VYEA 4GJBA 3QAAA 5P76A 2G21A 5KQXA 5OYUA 3T3CA 1PFZA 5OZ4A 4D83A 3L38A 4Y56A 1YM4A 5FIVA 1B6MA 3G6ZA 3D3TA 4OD9B 2P4JA 5P17A 5P1SA 5P5DA 4QJ8A 2QNNA 3SA3A 5P78A 4I0ZA 5HCTA 4D89A 5OZ7A 4Y4BA 4CKUA 3INDA 1RQ9A 4YD6A 1CMSA 1T6GA 1PSOE 1B6PA 2HB2A 5P03A 2Q11A 4J55A 2QI4A 2PWCA 3L5FA 3O9FA 1LV1A 5P1RA 4F73A 5P4KA 1T7KA 3PI5A 5P4UA 1BBSA 4RGHA 3CYWA 5P1GA 2AZBA 4ZSRA 5P69A 4R5NA 4JECA 4CPSA 1ENTE 2FXEA 5P0VA 1K1TA 4I0JA 4D88A 2P3DA 2UY0A 1XL2A 3KA2A 3LIXA 1HTFA 1K6TA 5P02A 4FM6A 4QJ7A 1YTGA 2VJ6A 3JW2A 4RRNA 6UPJA 2APRA 2FNSA 3EL4A 3SM2A 5OZNA 1E82E 1FQ5A 5BRYA 2JYSA 1ODYA 5P63A 1A30A 5P1CA 5P3FA 1K1UA 5P5YA 1K2CA 3BGCA 1SDUA 3QBFA 2QD7A 5P5EA 1VIKA 3I8WA 4Y3HA 4Y5PA 2BKTA 5P1EA 2PH8A 2FNTA 4NJSA 4GJ9A 4WTUA 2R3TA 3EKWA 4I0GA 4EP2A 4ER4E 5P51A 1GNOA 1EC0A 3PSYA 4DVFA 5OYXA 5IVSA 5P14A 3PWRA 5P1XA 1SMEA 2QK5A 3Q70A 5E5KA 2B60A 3ZPTA 2FS4A 4JPEA 5OYZA 1BDQA 2IDWA 4FRIA 2ZGAA 2UXZA 2ZJKA 2WF0A 5P58A 2VA6A 2ZHSA 5KOQA 4A6BA 5OZPA 3TPJA 4YD3A 8HVPA 1J71A 4Y9WA 1HPVA 1HSHA 3L59A 4YD4A 5KAOA 2G20A 3NSHA 2F3KA 4EJ8A 5OZOA 4TRZA 2O4KA 1PPKE 3OADB 1G0VA 3QPJA 3UDPA 3EXOA 3VFBA 4DQHA 2JJIA 5ENKA 4XKXA 5P0MA 3D1XA 4Y4ZA 3ZPSA 3MXEA 2P3AA 4DQCA 2ZJNA 5P83A 2F8GA 5IVQA 1AIDA 1LF2A 4OBDA 5P1TA 2OHNA 5P4WA 4Y4UA 4I0IA 4RCFA 5P2FA 3EMYA 5P5SA 1W5YA 5DR1A 3IVHA 3EM4A 1IZHA 3OAGB 2V13A 5P8CA 3ZKXA 5P7XA 2O4LA 3LZSA 5P4YA 4PHVA 2QMPA 1QBTA 3ZOVA 4YCYA 1EPRE 3L5CA 5P06A 5P8PA 4EYRA 3UDNA 4B1CA 4EQJA 3VV8A 4HDFA 5AHCA 4QJAA 4QJ6A 1KJFA 2NNKA 1NPAA 5P3HA 1LYAB 5P6QA 3IAWA 4KE1A 1G2KA 5P6HA 5P47A 3NWXA 3PGIA 4Y6MA 2IENA 5P5WA 5P53A 5P5RA 4Y54A 2HS2A 4A4QA 3QVIA 3PEPA 5P87A 4YD5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PWW A;  5P2N A;  5P10 A;  5P49 A;  5I3V A;  5P3Q A;  3I6O A;  5P5K A;  2F80 A;  5P8G A;  3HZC A;  5P00 A;  1PRO A;  4YHQ A;  4RZ1 A;  5P8R A;  5P5X A;  3NU9 A;  3JVY A;  3TOF A;  3EKV A;  3I7E A;  4L6B A;  3TNE A;  4GJ6 A;  4HA5 A;  1ZSF A;  2I4U A;  5OZV A;  1B5F B;  3DOX A;  4J1K A;  4M8Y A;  1UH7 A;  2R5Q A;  3TPR A;  3KDD A;  5IE1 A;  3UPJ A;  4Z4X A;  2WJO A;  5J25 A;  3DV5 A;  2R38 A;  1PPL E;  5BS4 A;  3LZV A;  2OHR A;  1MRX A;  5P37 A;  2PWR A;  4J1H A;  3TL9 A;  2IKU A;  1EED P;  5P2C A;  3SAC A;  1ZPK A;  3HLO A;  1FF0 C;  5OZG A;  4EQ0 A;  3CID A;  3OQA A;  5DR8 A;  4DPI A;  4PEP A;  1MER A;  1IDB A;  3GI6 A;  1LYW A;  1MTR A;  4Y5C A;  4ZSP A;  2BBB A;  2NNP A;  5P45 A;  2P3B A;  5P3W A;  2ZDZ A;  4NPT A;  2NMZ A;  4MC2 A;  5P0P A;  3LIN A;  5P3O A;  3RSX A;  1YX9 A;  4FSL A;  1MSM A;  3APR E;  5P1W A;  5KR8 A;  5P0D A;  4TRY A;  1W51 A;  3OQ7 A;  1E80 E;  3VYF A;  3SKG A;  2VKM A;  2BB9 A;  1ZJ7 A;  2OAH A;  2Q54 A;  3VG1 A;  3K4V A;  5F00 A;  4Y3R A;  3DK1 A;  5C9B A;  2HC0 A;  1GVU A;  1HPS A;  2G1N A;  3KM4 A;  5HU1 A;  1HOS A;  1ZLF A;  1MEU A;  1LYB B;  1BV7 A;  4ZEA A;  5P8F A;  2XFI A;  1FIV A;  5P4H A;  5P59 A;  3WB5 A;  5P6T A;  5SY3 A;  1A8G A;  1CZI E;  2FLE A;  2A1E A;  3CKR A;  4YCT A;  3LNK A;  3NDT A;  4B78 A;  1ZSR A;  4RRO A;  5OZW A;  4RCE A;  3QRO A;  3O9E A;  4FIV A;  4RVI A;  5OZJ A;  4ZE6 A;  5OZ3 A;  1YG9 A;  1SMR A;  3TOG A;  2V11 C;  1HVH A;  3UDH A;  5SXN A;  3APP A;  2G1S A;  3EKX A;  5OZ1 A;  5HE7 A;  3ZLQ A;  5P24 A;  3Q4B A;  5P6D A;  2QD6 A;  2HPF A;  5P2X A;  5IS4 A;  5P4Z A;  5DR7 A;  3OUD A;  4Y4E A;  1DP5 A;  5OZS A;  2REN A;  5P13 A;  1EPQ E;  5P7J A;  3WZ7 A;  5P2B A;  5P6X A;  5AH9 A;  4H1E A;  3I25 A;  1XS7 D;  3MSJ A;  3N3I A;  5P8J A;  3U71 A;  4RRS A;  3TOH A;  2QZL A;  1IZD A;  4YA8 A;  4I0H A;  4LC7 A;  2QI1 A;  5P6C A;  5E5J A;  4Y5B A;  5P3I A;  3HAW A;  4CPU A;  3SKF A;  4Y3L A;  3BGB A;  5P0N A;  2BKS A;  1HTE A;  4FM8 A;  4TVH A;  2FXD A;  2G1Y A;  1DMP A;  1AXA A;  3TKG A;  5P3C A;  3DM6 A;  3N4L A;  2QNP A;  3BXS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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