4Y3DA

Endothiapepsin in complex with fragment 321
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entrire Library
rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3dA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3dA01
1QBUA 4Y9WA 5KQZA 5P4HA 5APRE 3G72A 1PPME 3PI5A 2I4VA 5P12A 5P3RA 5P8AA 2PSVA 4JPEA 5OZVA 5P1AA 5P57A 3WZ6A 2V00A 5IS4A 1HSHA 2HM1A 4FL8A 4J5JA 2JJJA 1MSNA 1FQ7A 3HZCA 3HDKA 3CKTA 5P01A 3UDQA 3R0WA 5P6LA 1W5WA 2ZYEA 5P1XA 2ZJNA 3QAAA 4H1EA 3LZUA 4S1GA 3OY4A 4H3GA 5P4IA 5P5UA 2ZJMA 5P6RA 4I8ZA 1DMPA 1BXOA 3UDMA 5P60A 4TRYA 1XL2A 5P19A 5P3MA 5P79A 5P04A 4WTUA 5OYUA 3OHHA 5P3OA 4GJ6A 4TRZA 3ZL7A 5P8JA 2VIYA 1PFZA 3URLA 3FSMA 7UPJA 4WY1A 5KR8A 5P77A 1D4KA 5OZHA 5P2MA 4GJ7A 5P2YA 5P0NA 1ZBGA 5HDZA 3QRSA 2BPVA 5P02A 1SMEA 1QRPE 5HE5A 1AJXA 5HU1A 3VFAA 4Y3ZA 4D83A 2QP8A 2R3TA 4Y4WA 5P36A 3D3TA 4K4QA 1CMSA 1Z1RA 4L7JA 5OYQA 4Y51A 3HAUA 4Y5AA 5P1LA 5P4JA 1ZTZA 2ANLA 5OZDA 3VV8A 3OUCA 4Y5GA 1APTE 5OZMA 1FIVA 3OXCA 2JXRA 1OD1A 5OYSA 1MT9A 5F01A 5P1JA 1IBQA 5P7IA 5P3JA 4FM8A 4MC6A 5P5MA 2WEDA 2G69A 5P5OA 5P8VA 4EP3A 3O9DA 5JFPA 4Y4BA 5P6TA 2VS2A 5OZ7A 4K8SA 2JJIA 5P8LA 1SDVA 5P2NA 5P3UA 1FLHA 2B7ZA 1RL8A 1DP5A 4COEA 4LC7A 5AH9A 1APVE 5P4AA 2PC0A 3N3IA 1T7KA 5P76A 5P0QA 3UHLA 2RKFA 5P13A 3OUAA 3QVIA 3OU4A 5P64A 3UPJA 3ZKMA 4RYGA 4XX3A 4Y5PA 3R1GB 3UDPA 4LXKA 5P03A 1ZLFA 4A6BA 4YCYA 3L5EA 5OYVA 1LYWA 5OZ4A 5C9DA 2VKMA 2WL0A 4YOAA 5OZYA 5P3PA 5P31A 4F75A 3VF7A 5OZPA 1HXWA 5P5HA 3WB5A 3VCMA 1YM4A 5P0OA 3LZSA 5P35A 3UDKA 5P3FA 2O4KA 2QZLA 4L1AB 2WHHA 3DJKA 5TOLA 1XN2A 1HRNA 5C9BA 1D4YA 1UH9A 3FNSA 4TVGA 1OEXA 5P0GA 2I4XA 3S2OA 2FDDA 4DJUA 5KR1A 5P69A 5P1UA 5DQ2A 2QMFA 5P10A 5P1IA 4YD4A 3BHEA 4RVXA 5E5KA 5F00A 1XE5A 1K2BA 1IZHA 4OBHA 5P8EA 2ZHUA 1BDLA 4Y5BA 3ZKNA 1EPQE 1FQ5A 5P3NA 1YTGA 3OU1B 2FNSA 5P54A 4F73A 1IDAA 4ACUA 1C70A 5P2WA 4Y39A 1GVWA 1LYAB 4D89A 4J0TA 1F7AA 5P87A 1ME6A 3KFRA 5P3TA 4Q5MA 2AZCA 4HEGA 1EBKC 4IVTA 1Z8CA 1BVGA 5OZ8A 2I4QA 3OQFA 1BDRA 2IENA 5P5LA 3SA7A 2IRZA 5P7YA 2AZ9A 2QAKA 3VYEA 2ER0E 5P74A 4MC9A 2Q55A 4I8WA 4AMTA 3T7QA 5P34A 1GVXA 4Y4AA 3T11A 1M0BA 2PYMA 3VV7A 1HVJA 1SIVA 1QBTA 4FS4A 5P1PA 3VLBA 1YX9A 5OZBA 5P43A 4I12A 5P1EA 4YE3A 3Q70A 5ENKA 1PSAA 1ZSFA 3GGVA 2AVSA 1T3RA 4DFGA 4Y57A 4Z50A 2WF1A 3QRVA 4Y48A 4NPUA 4Y3WA 3R2FA 3SA8A 2I0DA 3O9LA 5P4MA 1SH9A 5P1SA 4DVFA 3DK1A 3PRSA 5P84A 4ZSRA 3ZOVA 4Y3JA 5P2ZA 2B42A 5DR1A 2AZBA 2ER9E 3SABA 4Y4EA 3EKWA 1WBKA 2NNKA 4Y3GA 4B0QA 5P47A 3SM2A 2A4FA 5P8MA 3MSJA 4RGHA 5P2CA 2OHUA 5P5GA 3CKPA 5DGWA 3VFBA 2QZWA 2JYSA 2Q11A 2OAHA 3S45A 3INFA 3QVCA 2VA5A 4RZ1A 1YM2A 2AOIA 3H5BA 1IVQA 3EL1A 5P1VA 3D1YA 5P3IA 1QDMA 3DM6A 4OBZB 1MUIA 5P1ZA 1MRWA 3RTHA 1A9MA 3NDTA 5P2UA 5OYXA 4BEKA 3KDDA 5P8KA 3U7SA 1B6LA 2IGYA 3BGCA 1U8GA 3BXRA 1EC1A 3FKTA 4Y35A 2FNTA 1EBYA 3NU5A 3SM1A 3OUBA 5P0ZA 1FMUA 4JP9A 3VV6A 2QHZA 4H3IA 5P6CA 2AQUA 4ER2E 1SBGA 5P8TA 1EPNE 5P88A 1MSMA 1HVIA 2G1YA 4FIVA 4B78A 2FMBA 3GI4A 2QI0A 2Q54A 1LS5A 1YTHA 3NU3A 3PLLA 1M43A 2NXLA 4ZPEA 2QHYA 4DJPA 3TPRA 1BWAA 2MIPA 3TPPA 4HE9A 5P6DA 3RSVA 2ZJIA 4YCTA 3L5DA 5HDXA 5P09A 5P4ZA 3SAAA 5P7RA 4DQCA 3HLOA 3KFPA 4Y45A 5OZUA 1K6CA 5P0XA 4FM7A 4NKKA 3UDHA 1GNMA 3SA3A 1MTBA 2ZJKA 3RU1A 3I8WA 1UH8A 5P70A 4PPHA 3SQFA 4PYVA 1XDHA 1LZQA 5P6EA 5P82A 4B00A 1LF2A 5P58A 2QI5A 3TNEA 5OZGA 5SXNA 2RKGA 3FX5A 5P1MA 4QJ6A 1E82E 3OUDB 2CEJA 3TKWA 1MRXA 3VSWA 3AUPA 9HVPA 4J1EA 2IKOA 2UY0A 1B5FB 3PCWA 4J1CA 2AOJA 4TVHA 4NJSA 4RYCA 3VYDA 3S43B 3NU6A 4FRJA 2IEOA 5P71A 2AOGA 3NDXA 5P4GA 2VNNA 3O9GA 4EJKA 2QI4A 4Y3XA 2IGXA 3PCZA 4DJRA 4J1FA 3ZKGA 3L58A 3MXDA 4J1IA 2EWYA 3LIZA 3D20A 3AIDA 5P7MA 4CMSA 3DV5A 5P3QA 5P6SA 4NJTA 5P85A 5EZZA 5P4CA 1K6PA 2ASIA 4E43A 3HW1A 5I3YA 4FGXA 4YDFA 2AOEA 2XFIA 1KJ4A 3SACA 5P0AA 4B1EA 5P7QA 3QROA 3VF3A 2RMPA 2RENA 5P45A 3I7EA 4ER4E 5JFUA 2J9JA 5HD0A 2NNPA 3HAWA 3GI6A 5P40A 4Z2ZA 1XE6A 3OADA 2G20A 5KR0A 5P78A 1ZAPA 2PQZA 3PEPA 4Y5MA 2QNNA 5P2BA 5ER1E 1B6PA 5P6UA 5P86A 2B7FA 4Y56A 1RPIA 2APRA 4HDPA 4DJVA 1N49A 5AHCA 1PROA 3PHVA 2OHLA 1W6IA 5P6XA 4HLAA 1G6LA 1MPPA 1HBVA 4U7VA 5OZWA 1EC0A 5P14A 2HB3A 4GB2A 4U8WA 5OZCA 5KQXA 1SP5A 2IL2A 2CENA 5P3KA 4EP2A 4Y3LA 4Y4JA 5SZ9A 3IVIA 4OD9A 2G22A 2QMDA 3PSUA 1LV1A 3EM3A 4I0HA 1BBSA 4RROA 3TOGA 4GJBA 3IXOA 5OZNA 5P5JA 3BXSA 5OYZA 1FG6C 2I0AA 5P6BA 3KYRA 1TCWA 2QU3A 1MVPA 3OU3A 5P62A 1FQ4A 2RSPA 5P6OA 5P6HA 5P5DA 3NWQA 5P4VA 1B11A 5IVSA 4DPIA 3LIYA 2R3WA 3S7MA 4YOBA 2G1RA 4OBKA 2ER6E 3INDA 4Q1WA 2NXDA 4I11A 2AIDA 4J0PA 4Y3EA 5P1GA 5JODA 1ODYA 3INEA 2XYFA 5P7CA 5OZEA 4GJ9A 5P4FA 5ISKA 5P30A 1WBMA 5P17A 5P5PA 3D1XA 3DCKA 3IN3A 5P1QA 5DQ4A 5P46A 1FQ6A 4DJXA 2FLEA 4PZWA 2G27A 1QS8A 4LHHA 1FEJC 1W5YA 2NPHA 1ZSRA 5DQ1A 3S7LA 4H3JA 5HE7A 3GI5A 3L59A 3K1WA 3NUOA 3EKTA 2NR6A 3FNTA 5P7PA 5P3BA 5P59A 1HVLA 3HD8A 4Y36A 4ZSQA 3TOHA 1IZIA 3OGPA 5P06A 2WJOA 4DQHA 2I4WA 5P53A 1YG9A 2AOHA 5P33A 2I1AA 2VIEA 5P1FA 3K5FA 5P7AA 2BPWA 1CPIA 4Y47A 5P6GA 5P7GA 3QIHA 1AZ5A 4XXSA 5P6KA 1TZSA 4Y5CA 2AVMA 2HPFA 2FDPA 4Y3PA 5P6JA 5T4SA 5P6YA 5P6FA 2QI3A 2QI1A 4R5NA 5P8GA 2OHPA 4R92A 3U6AA 2F3KA 4LL3A 1XL5A 4M8XA 5P67A 1FMBA 3BRAA 5SY3A 3QBFA 2AVQA 4XKXA 1F34A 5JG1A 4Y4XA 1MT7A 1HTEA 2G24A 1FGCC 5P37A 1GNOA 5P8UA 1VIKA 4GJDA 2FGUA 2WF2A 3PSGA 2V0ZC 3APRE 5DQ5A 3KT2A 3DOXA 2R43A 4Y43A 1HVCA 3PWWA 2QI7A 1LYBB 4ZSPA 5P5WA 3NYGA 3ZKIA 5HTZA 5FIVA 1MTRA 3DV1A 5P2KA 3O9EA 1FQ8A 3UQRA 3INHA 1HEGE 3UCBA 4Z22A 3O99A 2P83A 2QNQA 1C6XA 5P81A 3UQPA 1D4SA 4RCEA 1NPWA 4B1DA 1SGZA 5P3XA 5OZRA 1DIFA 2NTRA 3PJ6A 2WEZA 5P2GA 5P2EA 3CYWA 1T6EX 5P5FA 5P73A 3HVPA 3PSYA 1T6GA 5P2HA 1SDUA 5P6NA 3LPKA 1FG8C 5COKA 5P2FA 5P4EA 4EJDA 1HPSA 2F3EA 5DQCA 1AM5A 3TPJA 1HIHA 3SA6A 5P0JA 4FAFA 2ER7E 4H3FA 3PWMA 3NU4A 4Y4UA 1SMRA 5P61A 1JLDA 5ISJA 3SO9A 2HS2A 4EYRA 4CPTA 4I10A 1C6YA 5EZXA 3LZYA 4Y58A 5P18A 5P7WA 2IS0A 5HCOA 5P00A 2HPEA 4AZYA 5P0TA 3OXWA 4CP7A 1BDQA 3KA2A 5P27A 1DPJA 1W5VA 3EBZA 5P5AA 3UFLA 4GMIA 1BILA 5P6WA 1AJVA 5P5VA 5P51A 5AHBA 1EPRE 1PSNA 2WEAA 1ZPKA 5P2TA 5P0KA 4ZSMA 3WB4A 2QD7A 5P5RA 4L1AA 2HB2A 4PEPA 3NXNA 5P0FA 4QJ9A 2R5PA 3LIVA 5OZIA 5P7ZA 1OHRA 3GGXA 1IVPA 2OHQA 7HVPA 3EKYA 3K5GA 5P7UA 4JECA 2XFKA 2PK6A 5AH8A 5OZFA 5P5IA 5P6MA 5HDVA 3OQ7A 3Q5HA 5P4DA 4QJ8A 3CIBA 1DW6C 5P5ZA 4Y3FA 3OU1A 4Y3YA 4D8CA 4Y6MA 1HWRA 5P3CA 4Y3RA 5P8SA 3KF0A 1HHPA 4OBFA 4FRIA 4RRNA 2P3BB 4NJVA 2I4DA 2BKSA 3O9HA 4F74A 3S8IA 3QI1A 4Y3HA 5P15A 4J1HA 2QI6A 3G6ZA 4QGIA 2ZDZA 5P2QA 3MWSA 3A2OA 5P2VA 5P1CA 3RTMA 5I3XA 1PSOE 1HXBA 5OZ6A 5AGZA 4KE0A 4EXHA 3PMUA 4APRE 4UPJA 1GVTA 4L7GA 5P8OA 4PZXA 4Y38A 1XN3A 2ZJJA 5P39A 5P07A 3BUHA 1T7JA 5DR3A 1Q9PA 5P3YA 5IVQA 2R38A 3KDBA 4NJUA 5IVRA 3NSHA 3RVIA 1RV7A 3EL9A 2BB9A 4I0FA 4HDFA 4YD3A 5BRYA 2FS4A 2OF0A 3ZPTA 1LEEA 2G1SA 1EBWA 1IIQA 2NMYA 2VIZA 4OBDA 5P49A 4YHQA 5P1KA 1EEDP 5SY2A 1BVEA 4YA8A 3PGIA 5IVTA 2OHMA 1A8KA 3S53A 3JVYA 5P2RA 4CPRA 4EQJA 4HDBA 4F76A 1ZP8A 3QS1A 3URIA 1EPPE 2WF3A 4L7HA 3EM4A 5P6AA 3SLZA 3LPIA 5P0MA 5P3SA 5OZ9A 5P66A 5P1TA 5P0YA 3BGBA 4YCKA 4I0JA 5P7NA 1EC3A 4AA8A 2R5QA 2WF4A 4Y53A 1SDTA 2Q5KA 4OBZA 2FXDA 1GNNA 2QCIA 3OQAA 4I0IA 2UPJA 1GVUA 4YDGA 1MESA 5P20A 3T7XA 5P42A 4K4RA 4A6CA 3G70A 2QNPA 4GJ8A 3PVKA 4RCFA 3OAGB 3UDJA 4Y41A 2OHNA 3GGUA 1HSIA 2HIZA 4Y5EA 1EPME 2PH6A 2IDWA 5CLMA 2Q64A 4DQBA 2G1OA 4AUCA 3UQWA 3CMSA 4X7IA 4Q1XA 2AVVA 5P1BA 2BPZA 4I0EA 4HZTA 4LXMA 5P4OA 1MEUA 4Y4TA 5P0IA 1T7IA 3UDNA 5OZ5A 5P56A 5P6QA 1K6VA 4J1KA 5HCTA 5J25A 4LBTA 4OC6A 3K4VC 2HAHA 1BV7A 4ZPFA 4D85A 1YTJA 4KUPA 3ZLQA 4Y3TA 1W5XA 3BUFA 5P3LA 1META 2V10C 5P5SA 2F3FA 3O9IA 2J9JB 2Q15A 1M4HA 4EXGA 4YD5A 3APPA 1KJFA 1W50A 2F8GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QBU A;  4Y9W A;  5KQZ A;  5P4H A;  5APR E;  3G72 A;  1PPM E;  3PI5 A;  2I4V A;  5P12 A;  5P3R A;  5P8A A;  2PSV A;  4JPE A;  5OZV A;  5P1A A;  5P57 A;  3WZ6 A;  2V00 A;  5IS4 A;  1HSH A;  2HM1 A;  4FL8 A;  4J5J A;  2JJJ A;  1MSN A;  1FQ7 A;  3HZC A;  3HDK A;  3CKT A;  5P01 A;  3UDQ A;  3R0W A;  5P6L A;  1W5W A;  2ZYE A;  5P1X A;  2ZJN A;  3QAA A;  4H1E A;  3LZU A;  4S1G A;  3OY4 A;  4H3G A;  5P4I A;  5P5U A;  2ZJM A;  5P6R A;  4I8Z A;  1DMP A;  1BXO A;  3UDM A;  5P60 A;  4TRY A;  1XL2 A;  5P19 A;  5P3M A;  5P79 A;  5P04 A;  4WTU A;  5OYU A;  3OHH A;  5P3O A;  4GJ6 A;  4TRZ A;  3ZL7 A;  5P8J A;  2VIY A;  1PFZ A;  3URL A;  3FSM A;  7UPJ A;  4WY1 A;  5KR8 A;  5P77 A;  1D4K A;  5OZH A;  5P2M A;  4GJ7 A;  5P2Y A;  5P0N A;  1ZBG A;  5HDZ A;  3QRS A;  2BPV A;  5P02 A;  1SME A;  1QRP E;  5HE5 A;  1AJX A;  5HU1 A;  3VFA A;  4Y3Z A;  4D83 A;  2QP8 A;  2R3T A;  4Y4W A;  5P36 A;  3D3T A;  4K4Q A;  1CMS A;  1Z1R A;  4L7J A;  5OYQ A;  4Y51 A;  3HAU A;  4Y5A A;  5P1L A;  5P4J A;  1ZTZ A;  2ANL A;  5OZD A;  3VV8 A;  3OUC A;  4Y5G A;  1APT E;  5OZM A;  1FIV A;  3OXC A;  2JXR A;  1OD1 A;  5OYS A;  1MT9 A;  5F01 A;  5P1J A;  1IBQ A;  5P7I A;  5P3J A;  4FM8 A;  4MC6 A;  5P5M A;  2WED A;  2G69 A;  5P5O A;  5P8V A;  4EP3 A;  3O9D A;  5JFP A;  4Y4B A;  5P6T A;  2VS2 A;  5OZ7 A;  4K8S A;  2JJI A;  5P8L A;  1SDV A;  5P2N A;  5P3U A;  1FLH A;  2B7Z A;  1RL8 A;  1DP5 A;  4COE A;  4LC7 A;  5AH9 A;  1APV E;  5P4A A;  2PC0 A;  3N3I A;  1T7K A;  5P76 A;  5P0Q A;  3UHL A;  2RKF A;  5P13 A;  3OUA A;  3QVI A;  3OU4 A;  5P64 A;  3UPJ A;  3ZKM A;  4RYG A;  4XX3 A;  4Y5P A;  3R1G B;  3UDP A;  4LXK A;  5P03 A;  1ZLF A;  4A6B A;  4YCY A;  3L5E A;  5OYV A;  1LYW A;  5OZ4 A;  5C9D A;  2VKM A;  2WL0 A;  4YOA A;  5OZY A;  5P3P A;  5P31 A;  4F75 A;  3VF7 A;  5OZP A;  1HXW A;  5P5H A;  3WB5 A;  3VCM A;  1YM4 A;  5P0O A;  3LZS A;  5P35 A;  3UDK A;  5P3F A;  2O4K A;  2QZL A;  4L1A B;  2WHH A;  3DJK A;  5TOL A;  1XN2 A;  1HRN A;  5C9B A;  1D4Y A;  1UH9 A;  3FNS A;  4TVG A;  1OEX A;  5P0G A;  2I4X A;  3S2O A;  2FDD A;  4DJU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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