4Y3HA

Endothiapepsin in complex with fragment 189
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
rcsb
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3hA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3hA01
5P2WA 1UH9A 5COOA 1EPRE 1LEEA 1E5OE 4YBIA 2RENA 4Y4ZA 5P4UA 5P2UA 5P43A 3ZKNA 4EWOA 3MSKA 4NPUA 5DR8A 1HEFE 2OHNA 5AH8A 4YD4A 5P0RA 4NJSA 1XL5A 1D4LA 4Y3MA 3GW5A 5HU0A 1RQ9A 3K5DA 3Q6YA 4MC2A 4J0ZA 3WZ6A 4FGXA 4U7QA 4H1EA 5P1QA 5P1TA 4B72A 5OYTA 3OOTA 5P38A 5P7JA 4ER4E 1LS5A 3UDNA 4J5JA 1A9MA 3S45A 1PSAA 5P1IA 3HD8A 3HLOA 5P0IA 3EBZA 4M8XA 2FLEA 1D4JA 2VNMA 4PHVA 1B6PA 1K6VA 4WTUA 5SZ9A 5OZJA 4GJ7A 5P0BA 3QAAA 5P0XA 1FMBA 5P1DA 4Y3EA 5P5TA 4ACXA 5P1YA 4B78A 5P4ZA 2QD7A 4WY6A 5P78A 3CKRA 2AOHA 4FSLA 4L1AB 3EXOA 4B1DA 5SXNA 4Y3AA 4R92A 1LYBA 4GYEA 1FMXA 1TZSA 5OYUA 3TPRA 2ER7E 1APWE 1AVFA 4BFBA 4Y37A 5P6XA 3ZKGA 4H3FA 3OU1A 1SH9A 5P15A 3OK9A 4APRE 3R0YA 2WEAA 4QLHA 2FXEA 1T3RA 2NMYA 4YOAA 1BV9A 5P71A 1EPME 4I10A 1K1TA 1D4HA 3SA8A 3F9QA 5P3UA 4GJCA 5P7GA 4RVJA 3WZ8A 1HHPA 3RSXA 1MT8A 2IKOA 4Y47A 2EWYA 4OBHA 2V12C 3EL4A 3KF0A 1FB7A 5P6PA 4CPWA 4R5NA 4EXHA 3NXNA 4Z2ZA 1M43A 3SABA 3HAWA 2AOCA 4Y3SA 1ZLFA 4OBJA 4Y56A 3TL9A 3PMUA 3S7MA 3RTNA 2UY0A 4PEPA 2B7FA 2PMAA 4YCKA 5P4QA 3QIHA 5P2CA 4FIVA 5P4AA 3SA6A 3KYRA 4I8WA 4HDPA 1W6IA 3PJ6A 5KAOA 5P7CA 4GJ8A 3RTHA 4EP3A 3CYWA 1KJGA 5P02A 2R8NA 5P2ZA 2G1OA 4OBKA 4I0IA 5I3YA 6UPJA 2IGYA 1HOSA 2XYFA 2P4JA 2PWRA 4MC9A 2HAHA 3EKPA 3PWRA 4X7IA 3OUAA 1XDHA 3LHGA 5P64A 4APEA 2AIDA 3VFBA 3URIA 5P13A 4DJPA 4Y3FA 3OXCA 4DI2A 5P6UA 1PSNA 5P6CA 5P5UA 4CP7A 1HIVA 2R5QA 1MSMA 5P2BA 5P8RA 3CKPA 2AVOA 2PSGA 2ZJNA 5I3VA 2QHZA 1HVHA 2VJ7A 4ZPGA 1EEDP 5P31A 2HPFA 1MESA 5OZKA 5DQ2A 5P04A 3TNEA 1FQ7A 3EL9A 1SDUA 5P2VA 4JPEA 3UCBA 2O40A 3R0WA 3EKYA 5DR7A 2ER9E 4I0JA 2VS2A 2J9JA 3ZOVA 1F34A 1VIJA 5P6FA 4XX4A 1YTJA 4QJ2A 1SIVA 2QU2A 1WKRA 4TVGA 3INDA 3S43B 5P89A 3VV7A 4Y50A 3OOZA 5P4HA 5P2MA 4Y6MA 5P2TA 5P7DA 3LINA 3OTSA 4B05A 2QI6A 3UFNA 1BXOA 5P6RA 5OZCA 1MT9A 1E81E 3N4LA 5OZ6A 2PSUA 2CEJA 2F81A 2XFIA 3MXDA 2O4LA 3EKWA 5P3VA 4DJXA 1HTGA 5HCOA 4FAEA 1EC1A 1GKTA 3SAAA 1ER8E 5I70A 3DUYA 5P4GA 1ODWA 1FQ8A 4K8SA 5DR1A 5P51A 2I0AA 4AZYA 5P5EA 2Q11A 5P6VA 4OBZB 2AZ8A 3FKTA 5P0WA 2NNKA 5P2DA 4Y3NA 1BAIA 3BC4A 4S1GA 3I25A 1C6XA 5P79A 3IA9A 5P4NA 1HXBA 4CPRA 1G35A 4LL3A 1LF4A 3G72A 1FIVA 5IS4A 1B6LA 4DH6A 1MEUA 5KQFA 5P3YA 4DQGA 1B5FB 5P4RA 1HTFA 3U6AA 3OADA 2NR6A 2JE4A 3R4BA 3EKVA 5OYQA 1FQXA 2WJOA 5P0LA 4HEGA 4I0GA 5P5PA 3EL0A 3NUOA 1HRNA 1FQ6A 3LZSA 5P32A 5IVTA 3PCWA 5P14A 2PYMA 4GJDA 3APPA 3EM6A 5P0NA 2QHCA 3D1ZA 4FE6A 1YM4A 4H3JA 4JOOA 1TSUA 5P34A 5JFUA 1WBKA 3UDPA 4A6BA 1K2BA 1BVEA 2ZHSA 4I0HA 1MT7A 2AZ9A 5P0OA 1M0BA 5OZ4A 4ER1E 2WHHA 5P2JA 3L3AA 3NU4A 3CKTA 2QI4A 3OQKA 5P27A 3NSHA 2HPEA 3LITA 2F8GA 1RPIA 5P6GA 1BDQA 2NXDA 3H5BA 5P5JA 5P72A 2NMZA 4CPQA 2AVMA 4DJVA 3DM6A 2HS1A 5P8TA 5B18A 3KDBA 3SA9A 2NPHA 3KFNA 4DV9A 5P30A 2VIYA 1T7IA 5SY3A 1DMPA 2OHKA 3KDDA 4IVSA 4ZPEA 5C9DA 5P0YA 3HW1A 1HVJA 4B00A 3KMXA 4F76A 5P1KA 5P2YA 2FNSA 5P1ZA 1HPVA 4FRSA 2OF0A 3SA5A 5P8IA 2HB4A 4F73A 5DPZA 5P65A 2AOIA 1HPXA 4I0DA 5KR1A 3PBZA 2G1RA 2ANLA 5P7PA 2OHQA 2A4FA 2VA6A 4Y5GA 1A30A 5BWYA 2G94A 5P3CA 3I8WA 5P22A 4RGHA 4KE0A 1SMEA 4HVPA 2Q63A 2VNNA 1DP5A 3CYXA 3MSLA 4R91A 1PFZA 4Y9WA 5OZNA 3D1XA 3WB5A 9HVPA 5P4WA 5P2OA 3NDTA 5P35A 3ZPSA 1LF2A 5HDUA 2RMPA 2QZLA 4DQFA 4Y3LA 4FSEA 5P0HA 5OYSA 2BPWA 4Y3GA 4AA9A 1TW7A 4Y41A 1N49A 2G20A 1HTRB 3QRVA 4OBDA 5P8LA 3UDKA 1BV7A 4TRZA 1MIQA 4Z4XA 5EZZA 4QGIA 4Y54A 5P66A 2BPVA 2SAMA 1MERA 2IL2A 2JJIA 5P1FA 5P42A 2IEOA 5P4VA 3OHFA 4ZSPA 4Y53A 4Q1WA 5P7KA 3OU4B 2VJ6A 3O9LB 1YM2A 3O9IA 4J54A 3T6IA 2IGXA 3QN8A 3NYGA 4Y4EA 5HTZA 5OZ9A 2IKUA 2R38A 3CICA 2P3BA 4Y3JA 2QZXA 3OGPA 5P8HA 1PPKE 4J1HA 4ZEAA 3LZYA 4HZTA 1XE6A 3HBOA 3O99A 3OWNA 3CIDA 5DQCA 5CLMA 4QJAA 5KQXA 5OZOA 1D4SA 2QCIA 1PSOE 3ZLQA 3VYFA 5P7MA 5P2AA 3B80A 3PI0A 3PI5A 1IIQA 2QU3A 4J1EA 2H6TA 4GJ9A 3OAGB 4DJOA 1IZDA 4YD3A 4TRYA 5HD0A 5P8PA 3VV8A 5P25A 2PK5A 1K2CA 5P5BA 5BS4A 2OHPA 2PH6A 4GMIA 3M9FA 4EJKA 2VJ9A 2BJUA 2OHRA 5P3WA 4Y4BA 5P3FA 5T4SA 5F01A 3PWWA 4A6CA 5P58A 2APRA 5P6BA 5P6SA 5DR4A 1LYBB 3C9XA 3K4VC 1QS8A 3BXRA 3FNTA 3L5DA 4Y3TA 5P24A 5P7QA 3TTPA 5P4LA 4FM7A 5OYYA 1EBYA 3TPPA 1CMSA 1BILA 5P3RA 2ZDZA 2ZHVA 5P4PA 4B0QA 5P8SA 3SO9A 4FRIA 1FEJC 5E5JA 5AHBA 5P4CA 2Z4OA 4DPFA 3FNUA 3GI5A 4QJ9A 3URLA 3AUPA 5KOQA 4Y5EA 5P53A 2QMGA 5P82A 3EM3A 2WF4A 3O9CA 4EQ0A 4XXSA 3DOXA 4R8YA 4Y57A 1IVQA 1MRWA 5DR3A 3LIZA 5P3JA 2QI5A 4FRKA 5P09A 3UHLA 3EL1A 5P3DA 2QI7A 2F80A 2VIEA 3VG1A 4AMTA 2MIPA 3TLHA 3ECGA 1QBUA 5P41A 4XKXA 5IVSA 3OQDA 3G70A 5P76A 4D8CA 5OZIA 3O9FA 1OEXA 2FS4A 1OD1A 1ODYA 3ER5E 5P1CA 5P0KA 5P29A 3NXEA 2ZJLA 5OYXA 4LP9A 4BFDA 1TCXA 5OZUA 1DIFA 5DQ4A 5KR0A 1LF3A 2OAHA 5KQZA 4CPUA 5P4EA 3ZKMA 2PC0A 3O9GA 4K4RA 5P06A 2I4XA 4L1AA 4Y36A 2AZBA 3BGBA 3LIYA 5P8QA 3RTMA 2QMPA 3BRAA 5P5KA 5J25A 3FSMA 4PPHA 1YG9A 3VEUA 5P5MA 1UPJA 1FQ5A 1K1UA 2VA5A 2O4SA 3ZKIA 1B6KA 1ZSFA 4LAPA 4NPTA 2WF1A 4B1EA 1MUIA 2BBBA 2Q54A 4I0FA 2Q55A 4K9HA 2G1SA 1C70A 2FNTA 4Y4JA 3NWQA 3S85A 1EC0A 2RKGA 2O4KA 4U7VA 5P55A 3SA3A 5P8OA 1GVTA 5P5GA 5P8GA 5ENKA 4Y35A 4LHHA 2ER0E 4DJQA 4Y3QA 5P6QA 4DVFA 5P3TA 5P2EA 1APTE 5P0TA 5P0CA 3INFA 2ZHTA 2HIZA 2ER6E 1SGZA 4EQJA 3L59A 2R3TA 4X2LA 2ZE1A 1CPIA 2AZCA 1M4HA 5AH9A 4TRWA 5P0AA 2HC0A 5P7BA 2P3DA 5P73A 3BGCA 5P8VA 3QVIA 1HVIA 4YDGA 4CPSA 4MC6A 2R9BA 1J71A 4K4QA 2H6SA 1APUE 2F3KA 3QBFA 2HM1A 5P3EA 5OZQA 5COKA 3FIVA 3FNSA 1UH7A 2PWCA 1FLHA 2WKZA 1MTRA 4JPCA 5ER1E 4EJLA 1ZBGA 1RL8A 4FL8A 4RCFA 5OZ0A 3NU6A 3T7QA 5P0PA 6FIVA 5P54A 5P8KA 1NSOA 1LYAA 3SPKA 3LPKA 2FDPA 2PYNA 3L58A 3D1YA 4Y3ZA 3CIBA 3IVHA 4D88A 3MXEA 4CKUA 3WSJA 5P5HA 2QD8A 4E43A 3JW2A 4Y3YA 5BRYA 2AVSA 2V11C 3GGXA 1IDAA 5P84A 1APVE 3K5CA 3KN0A 5P70A 4GB2A 5JFPA 3OY4A 3NU3A 3L5FA 4Y5MA 5P6OA 1FGCC 3S2OA 3ER3E 2J9KA 4CPXA 5P05A 1LZQA 4IVTA 4HA5A 5P6ZA 1LYWA 1BVGA 2JYSA 4I0ZA 5P0QA 5AHCA 5P36A 1ZPAA 3NDXA 3OADB 1GVVA 1BIMA 5DQ1A 5KR8A 4EHCA 1GVUA 4J1FA 1W51A 2QZKA 3UFLA 5OZVA 4A4QA 5OZDA 5P08A 5P0MA 1W5WA 5F00A 4TVHA 3KT2A 5OYZA 2WL0A 5P57A 5OZXA 2QAKA 2XFKA 4I12A 5P4XA 4ZSQA 2P8HA 1YTIA 3R1GB 5P2NA 1A94A 3OUDA 3Q3TA 4B70A 2WEDA 1IZIA 3NDWA 1Q9PA 4Y44A 4Y5AA 5P1JA 3ZL7A 5P0ZA 5P63A 2F3FA 5P44A 1ZSRA 1UH8A 2G1NA 3TOGA 2FMBA 5P61A 5ER2E 5P7FA 5P4TA 4COEA 4EYRA 5P00A 1AM5A 5P75A 2G22A 4EP2A 5KQYA 3IVIA 4FAFA 3UDJA 3OUBA 3PLLA 5OZTA 4F75A 1B6JA 5OYWA 3VCMA 2VIJA 1KJ4A 5P40A 4N00A 1E82E 4NKKA 5CONA 5OZBA 3KA2A 3A2OA 5P2QA 5P8EA 2I0DA 1W5YA 1W5VA 4RROA 3QRSA 4Y3WA 4AA8A 1B5FA 3HVGA 3OQFA 2NXMA 5P7AA 2JXRA 2R43A 2G69A 3SQFA 5P3OA 3B7VA 5P62A 2BPYA 2G26A 2QI0A 4OD9A 5P5IA 4DQHA 1AAQA 5HDVA 4J55A 3EC0A 5P1UA 3GGVA 3GI0A 4OC6A 5P7OA 5P01A 1HXWA 3D91A 2ZJHA 4FCOA 1AZ5A 5P68A 3BHEA 1W6HA 1T7JA 1SP5A 1T6GA 3OQ7A 4JECA 5OZ2A 3EMYA 4RCDA 2OHSA 1YT9A 4Y5NA 3LZUA 3SA7A 3PWMA 5P2IA 5P6NA 4R93A 4Y3DA 2BKSA 5P5NA 4ZLSA 5P0DA 2I4QA 5OZZA 2G21A 4EPJA 4Y4TA 5P23A 1AJXA 3L5EA 5KOSA 5P39A 4Y5KA 3QI1A 4LXAA 1SDVA 1AXAA 1YTGA 5P83A 2QNPA 5OZSA 5P6EA 4AUCA 3VFAA 2BPXA 3TOHA 4J0PA 1W50A 4Q1XA 1SBGA 4Y4XA 2Q64A 3PRSA 5P4SA 3VF5A 1IZHA 3PGIA 2RKFA 5OZLA 5P03A 4WY1A 2IDWA 4OBGA 4JP9A 4DJRA 2HB2A 2V00A 5P1WA 3O9BA 1BWAA 4CPTA 1EPQE 2OHLA 3UTLA 5P8UA 4KB9A 1EAGA 4L7GA 3TOFA 3NLSA 4RVXA 3SM2A 7UPJA 1EBKC 1SDTA 2WF2A 3ZMGA 3N3IA 5OZHA 5HDXA 3O9EA 2G1YA 4Z50A 1K6TA 3T11A 4F74A 2HB3A 3VF7A 3O9DA 3LNKA 1C6YA 2O4NA 5OZGA 4J1CA 5P5XA 3H0BA 1PPME 3MSJA 4Y5LA 1Z1HA 5P3PA 5P6DA 5OZAA 3HZCA 3WB4A 2IENA 5AGZA 4U8WA 3HVPA 3QBHA 3LIQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2W A;  1UH9 A;  5COO A;  1EPR E;  1LEE A;  1E5O E;  4YBI A;  2REN A;  4Y4Z A;  5P4U A;  5P2U A;  5P43 A;  3ZKN A;  4EWO A;  3MSK A;  4NPU A;  5DR8 A;  1HEF E;  2OHN A;  5AH8 A;  4YD4 A;  5P0R A;  4NJS A;  1XL5 A;  1D4L A;  4Y3M A;  3GW5 A;  5HU0 A;  1RQ9 A;  3K5D A;  3Q6Y A;  4MC2 A;  4J0Z A;  3WZ6 A;  4FGX A;  4U7Q A;  4H1E A;  5P1Q A;  5P1T A;  4B72 A;  5OYT A;  3OOT A;  5P38 A;  5P7J A;  4ER4 E;  1LS5 A;  3UDN A;  4J5J A;  1A9M A;  3S45 A;  1PSA A;  5P1I A;  3HD8 A;  3HLO A;  5P0I A;  3EBZ A;  4M8X A;  2FLE A;  1D4J A;  2VNM A;  4PHV A;  1B6P A;  1K6V A;  4WTU A;  5SZ9 A;  5OZJ A;  4GJ7 A;  5P0B A;  3QAA A;  5P0X A;  1FMB A;  5P1D A;  4Y3E A;  5P5T A;  4ACX A;  5P1Y A;  4B78 A;  5P4Z A;  2QD7 A;  4WY6 A;  5P78 A;  3CKR A;  2AOH A;  4FSL A;  4L1A B;  3EXO A;  4B1D A;  5SXN A;  4Y3A A;  4R92 A;  1LYB A;  4GYE A;  1FMX A;  1TZS A;  5OYU A;  3TPR A;  2ER7 E;  1APW E;  1AVF A;  4BFB A;  4Y37 A;  5P6X A;  3ZKG A;  4H3F A;  3OU1 A;  1SH9 A;  5P15 A;  3OK9 A;  4APR E;  3R0Y A;  2WEA A;  4QLH A;  2FXE A;  1T3R A;  2NMY A;  4YOA A;  1BV9 A;  5P71 A;  1EPM E;  4I10 A;  1K1T A;  1D4H A;  3SA8 A;  3F9Q A;  5P3U A;  4GJC A;  5P7G A;  4RVJ A;  3WZ8 A;  1HHP A;  3RSX A;  1MT8 A;  2IKO A;  4Y47 A;  2EWY A;  4OBH A;  2V12 C;  3EL4 A;  3KF0 A;  1FB7 A;  5P6P A;  4CPW A;  4R5N A;  4EXH A;  3NXN A;  4Z2Z A;  1M43 A;  3SAB A;  3HAW A;  2AOC A;  4Y3S A;  1ZLF A;  4OBJ A;  4Y56 A;  3TL9 A;  3PMU A;  3S7M A;  3RTN A;  2UY0 A;  4PEP A;  2B7F A;  2PMA A;  4YCK A;  5P4Q A;  3QIH A;  5P2C A;  4FIV A;  5P4A A;  3SA6 A;  3KYR A;  4I8W A;  4HDP A;  1W6I A;  3PJ6 A;  5KAO A;  5P7C A;  4GJ8 A;  3RTH A;  4EP3 A;  3CYW A;  1KJG A;  5P02 A;  2R8N A;  5P2Z A;  2G1O A;  4OBK A;  4I0I A;  5I3Y A;  6UPJ A;  2IGY A;  1HOS A;  2XYF A;  2P4J A;  2PWR A;  4MC9 A;  2HAH A;  3EKP A;  3PWR A;  4X7I A;  3OUA A;  1XDH A;  3LHG A;  5P64 A;  4APE A;  2AID A;  3VFB A;  3URI A;  5P13 A;  4DJP A;  4Y3F A;  3OXC A;  4DI2 A;  5P6U A;  1PSN A;  5P6C A;  5P5U A;  4CP7 A;  1HIV A;  2R5Q A;  1MSM A;  5P2B A;  5P8R A;  3CKP A;  2AVO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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