4Y3LA

Endothiapepsin in complex with fragment 205
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
rcsb
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3lA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3lA01
5P0FA 3HVPA 1AIDA 2ZJNA 3S56A 5P75A 1AAQA 1MT7A 3OU4B 2PK5A 5P2DA 4Y3SA 2QK5A 5OYRA 5P7TA 5P7EA 5P5ZA 5P1UA 4Y5PA 4DJUA 3OHFA 4EYRA 2XYEA 4FLGA 4GJBA 5P76A 3LIVA 2JJJA 5OZIA 2ZHRA 4J0ZA 3TTPA 1LYAB 3UCBA 2PWRA 5P17A 1D4IA 3JVWA 4OBDA 3OXVA 4Y4BA 5IS4A 2OHLA 5P36A 4FM8A 1KJFA 4KE0A 3Q4BA 4L7JA 4B77A 5P7VA 1MRWA 3I25A 2JYSA 3KFNA 5P8HA 2VJ6A 2ZHTA 4YOAA 5DPZA 1D4SA 5F00A 4QGIA 5P8FA 4UPJA 4YD7A 4A6BA 2ZE1A 4TRWA 4Y56A 1HXWA 2WECA 4J1IA 1D4HA 2AVOA 1C70A 1B5FA 3H5BA 2VA7A 3IVIA 4FS4A 1QBTA 5HD0A 3ZL7A 1ZSRA 3MSJA 3LIXA 5P2VA 5P2FA 4Y36A 5P10A 3FNSA 5P5NA 5P13A 3DJKA 2OHNA 1NSOA 4D8CA 3NSHA 4Y5NA 3IN4A 2P4JA 3UDHA 3SA4A 5P3WA 3UF3A 3OXXA 2I4QA 3O9EA 4YD4A 5ISKA 3OXWA 3VLBA 5P50A 4D89A 2P3AA 4OBGA 1HXBA 2QMPA 5P0WA 4Y4UA 4I12A 4K4PA 1B5FB 5HDZA 3BGBA 3INHA 2JJIA 4FM6A 5DR8A 4CPWA 1ZAPA 5P63A 5P71A 4YA8A 1W6IA 7HVPA 4DH6A 3OGPA 2F3FA 3IN3A 5P61A 5P6XA 5HE4A 5P3XA 1HHPA 2CEMA 3S54A 1K6TA 1EBKC 2Q63A 3NWXA 2WEDA 2H6SA 3QBFA 2APRA 3DK1A 5P2NA 5P8UA 2ZHUA 3N4LA 2B7FA 4DJQA 1G6LA 3HVGA 5OZ2A 1PSAA 2AOEA 3TH9A 5HU1A 2FXDA 3NU6A 4RRNA 1RPIA 5P5YA 3NUJA 4DI2A 3NDXA 1RL8A 2I0DA 2AZBA 3HZCA 5P09A 2OHSA 1SMEA 5P4DA 5JFPA 5P0IA 1EC2A 2QNQA 1ZP8A 4DVFA 4Y54A 5P1QA 1IZEA 2HB4A 3GI5A 5P7JA 4QLHA 3SPKA 3EKQA 3UHLA 1BILA 3SABA 5P2JA 4FRSA 1UH7A 3PSGA 3ZOVA 4Y3HA 2R9BA 2VJ7A 1MSMA 3UPJA 1QRPE 4DQEA 4Y45A 2P8HA 1SH9A 1IDAA 4FM7A 1HBVA 2H6TA 1RNEA 5P3NA 4BEKA 4Y5BA 5P1WA 1SMRA 4YBIA 1FKNA 3PJ6A 1HSIA 3NR6A 5P5OA 4Y3FA 1IVQA 3TOGA 4CP7A 4B05A 4EXHA 2Q64A 5P8CA 3WZ8A 4CPTA 3M9FA 1SGZA 5P01A 1N49A 4FAEA 2HAHA 1HWRA 3OY4A 3ZMGA 5P08A 4Y43A 2IGYA 4I0JA 3OUBA 3Q70A 3GW5A 4OD9A 3EL0A 5P8MA 3EC0A 2FIVA 3BUFA 1FEJC 3CIBA 5P8JA 4YDGA 3BUHA 1ENTE 1MTRA 2G94A 4Y4ZA 1F34A 2XFJA 4DJPA 5P2IA 2RMPA 5P39A 3MWSA 4CPUA 2QI6A 3BXSA 3O9BA 5OYQA 2RKFA 5P7CA 3RVIA 5I3YA 4Y38A 4YDFA 4Q1YA 5P4JA 1MRXA 4OD9B 4IVSA 3LZUA 1RV7A 3RTMA 3VV7A 2UY0A 2V00A 5P57A 5P8LA 3G72A 2IEOA 2I4WA 3KA2A 5P1GA 3ZKGA 1HPXA 4ZSMA 5P1DA 3ER5E 5P3ZA 3U71A 1IDBA 1QBUA 2OHQA 5P1JA 5COOA 5OZTA 3G6ZA 5P05A 2HS2A 2A1EA 3ECGA 1LEEA 2VS2A 5P2AA 4X2LA 4L6BA 5P2KA 1K2BA 5P3SA 3NDUA 5P8BA 3EKTA 1YM4A 5P8KA 5P0LA 3UDYA 4NJTA 5P7UA 3UQWA 3NYGA 1AVFA 3NU3A 3URJA 5P29A 4J1KA 1HRNA 4RYCA 3TOHA 4Y41A 2VJ9A 5P48A 2HC0A 5HVPA 1YTIA 2BPXA 5P1PA 1APVE 1C6YA 5OZUA 5P52A 4J1CA 5P4GA 3I8WA 2QAKA 3EKVA 1Z1RA 3PSYA 4I0HA 3O9HA 3OQDA 2QHYA 5P89A 3I6OA 2G1YA 1HEFE 3R1GB 5P0SA 6FIVA 4EXGA 1GVTA 2VA5A 1B6PA 1FMBA 4FL8A 4TVHA 1B6JA 1RQ9A 4NJVA 3PBZA 2AZ8A 5OZ1A 1W6HA 2P3CA 4Y50A 5P7FA 3TKWA 1HTGA 5P1NA 2AZ9A 1HVSA 1HVHA 1MEUA 3K5GA 2FS4A 1YM2A 1GNNA 3BC4A 3NU5A 1BWAA 4ZE6A 3PVKA 5KR2A 5UPJA 5P47A 2XFIA 1XS7D 5SZ9A 5P5UA 3Q6YA 1AJVA 5AHBA 5P67A 5DQ5A 5P8SA 5P4EA 1QBSA 5P31A 1PSOE 5P7ZA 3KFRA 3EL9A 5P54A 2FGVA 5DR0A 4ZLSA 1MESA 3OOZA 1SDVA 5I3VA 4YCTA 1K6VA 5P0EA 1OEXA 5P73A 2AOFA 5P1KA 3IGBA 5P87A 3UDQA 3PRSA 4WY6A 1HIVA 5OZ0A 4Y3EA 2I4XA 4QJ2A 1T7KA 1HVLA 4D83A 4X7IA 4KB9A 5P1XA 2B8VA 3EL4A 2B7ZA 2PH8A 5SY2A 1SGUA 5P51A 3NU4A 4RRSA 1MUIA 1PROA 5P7OA 2UXZA 2QMDA 3EL1A 4Q1XA 4I0EA 5P2MA 5P0RA 4Y37A 2VIZA 4LHHA 5P6HA 1APTE 3L59A 3Q5HA 5P22A 5P5FA 1FG8C 4Z2ZA 5P64A 4PZXA 4J5JA 5P3HA 2PSGA 1FFIC 2AOIA 5F01A 5P25A 5P7GA 4DQHA 1BBSA 2RKGA 5P65A 4Y5MA 4Y57A 4L1AA 1TSUA 1FGCC 3SM2A 5ENMA 2ER9E 5P3KA 4Y3ZA 5AH6A 1A8KA 3ZKMA 3EKPA 4MC6A 3VF7A 3D1ZA 2O4PA 4I10A 5P1CA 1K1TA 3BXRA 3D3TA 5P46A 5OZYA 1C6ZA 4HDPA 5HDXA 4Y4AA 1ZTZA 5P7RA 2QZXA 5OZVA 3SKFA 2NXLA 4RROA 1FLHA 3LHGA 3WZ6A 3L58A 3OADA 1HSGA 1XN3A 5P8AA 1W51A 3VFBA 4NPTA 5P3AA 5P6PA 1FQXA 5OZ8A 2NNKA 4L1AB 1BVGA 2VA6A 2B60A 5P4OA 5C9FA 5P8QA 2QI3A 3OU3A 1YX9A 3LPIA 3OTSA 1NPAA 5P2YA 4JPCA 5P2BA 5P2UA 3SACA 1T6GA 3UFLA 4B1DA 5P62A 5P5HA 4J17A 3OADB 4APEA 5P2SA 2WL0A 5HE7A 4BFDA 2ZHSA 3LPJA 1KJGA 4HLAA 3KF0A 2QCIA 1XE5A 5OYWA 3AUPA 4N00A 1NPWA 4EP2A 4NKKA 2R5QA 4Y3YA 4Y3LA 4Y4JA 4Y5KA 5KQYA 4J0TA 3VYFA 4R93A 5P41A 5OYYA 4GJ5A 1EC3A 5P6VA 5P3LA 3ZPUA 4OBJA 3R4BA 1PFZA 4J54A 5OZPA 5OZEA 2V11C 2RENA 1BDQA 3PHVA 4OBHA 2QP8A 2AVSA 2G27A 4EPJA 3FX5A 3S8IA 1ODYA 3SA5A 2HIZA 2ER7E 1EPQE 1ZJ7A 5P3RA 3TOFA 5KR8A 3O9LA 2EWYA 5P6WA 4DV9A 3VSXA 5P5PA 5P1RA 3HDKA 3UQXA 3VV6A 2NNPA 3DCRA 4NPUA 4DJYA 5P1TA 2O4KA 2WEZA 2FMBA 4HDBA 3GGXA 4EJ8A 2IS0A 3DOXA 5OZHA 5OZLA 3PEPA 4F73A 3WB4A 1KJ7A 1BAIA 5OZNA 1ZSFA 2PH6A 1ZBGA 5P5MA 2AODA 3PCWA 2B42A 1SIVA 4Z22A 5P3BA 5KR1A 3O9LB 1G2KA 3TNEA 1D4JA 1HTEA 1G0VA 4Y35A 4ZPEA 4Y5LA 5P45A 2QZKA 5P7BA 5OZKA 4Q5MA 5P0DA 3UDMA 1KJHA 4DJRA 4RGHA 2BQVA 3O9GA 5P7LA 3APPA 1MERA 5OZ6A 1BV9A 4DQGA 5P06A 4I0FA 1BDLA 5PEPA 1U8GA 3GI4A 3SFCA 2VIJA 6UPJA 5SXNA 1UH8A 2BKTA 2F81A 4LP9A 5P40A 5P1LA 2ZJMA 3L5BA 3O9FA 1T7IA 1HPOA 2I4DA 1LF3A 4PYVA 2Q55A 5P77A 3QPJA 5OZ7A 2O4LA 5P2OA 5P7YA 5DR4A 5P4YA 5KAOA 4E43A 3A2OA 1E80E 2R3TA 2ANLA 2F3KA 1PPLE 2FLEA 5P6GA 3CIDA 2ASIA 4L7GA 1M0BA 3QIHA 4DJXA 5P5EA 2J9KA 4EQJA 3K5DA 3MSLA 2G24A 2NTRA 3PMYA 1UPJA 1T3RA 5P35A 3D20A 5KOQA 1IZIA 5P4XA 4YOBA 4PEPA 2AOGA 3NDTA 4HVPA 1ODXA 5P5WA 1FB7A 4FSLA 4JPEA 2OHPA 2V13A 4AMTA 1T6EX 2HB2A 5P3DA 1YT9A 3K5CA 5P2LA 4I0IA 1APWE 3SA3A 5APRE 4Y4WA 4ZPGA 4ER4E 5P1IA 3PI5A 1META 5HU0A 5P72A 3G70A 3NDWA 2WEAA 2WEBA 4I0GA 5P44A 1HOSA 1Z1HA 5P0KA 3TPJA 2SAMA 3D1XA 5P2ZA 1GVXA 4NJSA 1KJ4A 4RZ1A 5P7HA 2VIEA 4ER2E 5P1EA 3O9DA 5P6UA 5I3WA 2PYMA 4Y3NA 5P4QA 1NPVA 4Y4EA 5P2EA 1CMSA 1PPME 3CKTA 2QD6A 2Q11A 1FFFC 4H3IA 5DR7A 4DQBA 5P1ZA 5P38A 5P5IA 5P0AA 4BFBA 5P5QA 4Y4GA 4FIVA 4YCYA 5P4UA 4M8YA 1EAGA 2V0ZC 1FIVA 5OZ4A 5P2TA 5P5AA 4JECA 4GJ9A 1BDRA 1SP5A 3CKRA 4B78A 3LPKA 1GNMA 4EJDA 2R43A 5J25A 2G26A 4H1EA 5P33A 3VFAA 3UDNA 4K8SA 3SA7A 4GYEA 3PWMA 5SY3A 3ZPTA 2QMGA 3NXNA 2G20A 4CMSA 5P15A 5P0XA 4CPXA 5P37A 2AZCA 1W5WA 3HBOA 4Y4DA 2V16C 2QI0A 3PLLA 2J9JA 1DMPA 3K4VA 5P18A 3NU9A 1LYWA 4FRKA 5IVSA 1LYBA 2XYFA 5P86A 5FIVA 4LXMA 5HCTA 5ER2E 3OQKA 3URIA 2IGXA 5P4VA 5P1BA 1A9MA 2BJUA 5P4RA 3PMUA 1ME6A 5C9DA 6APRE 5P26A 5P2XA 3LZYA 5P4WA 5P7WA 1HVCA 2FXEA 2J9JB 3VEUA 3S53A 5HCOA 2QZWA 5P4PA 2ZJHA 3SA9A 3UDPA 3O9AA 4GJ8A 1LYWB 1EPNE 3SQFA 5BS4A 1EEDP 5TOLA 4PZWA 2PWCA 4B0QA 1LYBB 2ZJJA 1APUE 2QU3A 4I0ZA 4HEGA 3TPRA 2WF2A 4U7VA 2I4VA 5P49A 4H3FA 4EJKA 5P5VA 4YHQA 3VCMA 1ZPKA 3QAAA 5OZFA 3LIYA 5P4AA 5OZAA 5P7QA 1OD1A 3KT5A 2P3DA 4R8YA 5P8IA 4B70A 1YG9A 1HVRA 2BBBA 1QS8A 3KMXA 5P1AA 1MPPA 5OYXA 4I8WA 4J0PA 2Z4OA 3MXEA 2HPFA 5P19A 5P3TA 5P8OA 4M8XA 5P6AA 5BWYA 5AH8A 3VF3A 2AVQA 4FGXA 4RLDA 4HDFA 5P3CA 5AHCA 3VF5A 3OQ7A 5P6ZA 4TRZA 5OYZA 3UFNA 3L3AA 1VIJA 2IL2A 1WKRA 4Y9WA 2QMFA 3NWQA 4FSEA 3O9IA 1E82E 5DQ1A 3VYDA 4CPQA 5COPA 1ZPAA 3PSUA 4Y3WA 4COEA 5P7AA 4J1FA 4KUPA 4MC9A 3ZLQA 1BXQA 1TCWA 1JLDA 3S85A 1W5YA 2OF0A 4R92A 2PQZA 4Y4TA 2Q54A 1C6XA 1GVUA 5E5JA 1DIFA 5P4MA 4L7HA 5P24A 5P42A 3TL9A 2O40A 2ZDZA 1EPRE 5P04A 4J1HA 3C9XA 5P5XA 3OUCA 3R2FA 3QI1A 4Y53A 3S2OA 1CZIE 4ZIPA 5P0NA 1CPIA 3L5EA 5P1YA 4EWOA 4TVGA 5P8PA 5P80A 1FQ6A 5OZ3A 5P5BA 5P6KA 3R0WA 5OZXA 1BWBA 1VIKA 3OAGA 1EPOE 1MT9A 4U7QA 2HM1A 3URLA 5OZCA 1HVKA 1LZQA 5DQ2A 5P3UA 4Y44A 5P4ZA 5JG1A 2PC0A 4Y3TA 1IZHA 2P3BA 3KM4A 1SIPA 2BKSA 5P02A 4DJVA 1LF4A 1MTBA 2PMAA 4U8WA 5OZSA 4GIDA 5P7KA 4APRE 3OAGB 4B72A 1XE6A 3RSVA 3RTHA 4JP9A 5P23A 5P7PA 2NXDA 3JVYA 2FNTA 3BVBA 5P78A 5P2CA 4K4RA 5P2RA 5P70A 2P3BB 4GMIA 1K6CA 2FGUA 1EC1A 5OZ9A 3UDKA 3QVCA 3FKTA 5P5DA 5P7IA 4D85A 3AIDA 4HZTA 3GI0A 3OTYA 1HTFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0F A;  3HVP A;  1AID A;  2ZJN A;  3S56 A;  5P75 A;  1AAQ A;  1MT7 A;  3OU4 B;  2PK5 A;  5P2D A;  4Y3S A;  2QK5 A;  5OYR A;  5P7T A;  5P7E A;  5P5Z A;  5P1U A;  4Y5P A;  4DJU A;  3OHF A;  4EYR A;  2XYE A;  4FLG A;  4GJB A;  5P76 A;  3LIV A;  2JJJ A;  5OZI A;  2ZHR A;  4J0Z A;  3TTP A;  1LYA B;  3UCB A;  2PWR A;  5P17 A;  1D4I A;  3JVW A;  4OBD A;  3OXV A;  4Y4B A;  5IS4 A;  2OHL A;  5P36 A;  4FM8 A;  1KJF A;  4KE0 A;  3Q4B A;  4L7J A;  4B77 A;  5P7V A;  1MRW A;  3I25 A;  2JYS A;  3KFN A;  5P8H A;  2VJ6 A;  2ZHT A;  4YOA A;  5DPZ A;  1D4S A;  5F00 A;  4QGI A;  5P8F A;  4UPJ A;  4YD7 A;  4A6B A;  2ZE1 A;  4TRW A;  4Y56 A;  1HXW A;  2WEC A;  4J1I A;  1D4H A;  2AVO A;  1C70 A;  1B5F A;  3H5B A;  2VA7 A;  3IVI A;  4FS4 A;  1QBT A;  5HD0 A;  3ZL7 A;  1ZSR A;  3MSJ A;  3LIX A;  5P2V A;  5P2F A;  4Y36 A;  5P10 A;  3FNS A;  5P5N A;  5P13 A;  3DJK A;  2OHN A;  1NSO A;  4D8C A;  3NSH A;  4Y5N A;  3IN4 A;  2P4J A;  3UDH A;  3SA4 A;  5P3W A;  3UF3 A;  3OXX A;  2I4Q A;  3O9E A;  4YD4 A;  5ISK A;  3OXW A;  3VLB A;  5P50 A;  4D89 A;  2P3A A;  4OBG A;  1HXB A;  2QMP A;  5P0W A;  4Y4U A;  4I12 A;  4K4P A;  1B5F B;  5HDZ A;  3BGB A;  3INH A;  2JJI A;  4FM6 A;  5DR8 A;  4CPW A;  1ZAP A;  5P63 A;  5P71 A;  4YA8 A;  1W6I A;  7HVP A;  4DH6 A;  3OGP A;  2F3F A;  3IN3 A;  5P61 A;  5P6X A;  5HE4 A;  5P3X A;  1HHP A;  2CEM A;  3S54 A;  1K6T A;  1EBK C;  2Q63 A;  3NWX A;  2WED A;  2H6S A;  3QBF A;  2APR A;  3DK1 A;  5P2N A;  5P8U A;  2ZHU A;  3N4L A;  2B7F A;  4DJQ A;  1G6L A;  3HVG A;  5OZ2 A;  1PSA A;  2AOE A;  3TH9 A;  5HU1 A;  2FXD A;  3NU6 A;  4RRN A;  1RPI A;  5P5Y A;  3NUJ A;  4DI2 A;  3NDX A;  1RL8 A;  2I0D A;  2AZB A;  3HZC A;  5P09 A;  2OHS A;  1SME A;  5P4D A;  5JFP A;  5P0I A;  1EC2 A;  2QNQ A;  1ZP8 A;  4DVF A;  4Y54 A;  5P1Q A;  1IZE A;  2HB4 A;  3GI5 A;  5P7J A;  4QLH A;  3SPK A;  3EKQ A;  3UHL A;  1BIL A;  3SAB A;  5P2J A;  4FRS A;  1UH7 A;  3PSG A;  3ZOV A;  4Y3H A;  2R9B A;  2VJ7 A;  1MSM A;  3UPJ A;  1QRP E;  4DQE A;  4Y45 A;  2P8H A;  1SH9 A;  1IDA A;  4FM7 A;  1HBV A;  2H6T A;  1RNE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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