4Y4AA

Endothiapepsin in complex with fragment 286
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4aA01
1LYBB 5P3ZA 1TSQA 5P6LA 2WEBA 4RRSA 1EBZA 4J0PA 2RMPA 4ER4E 3SQFA 1PPME 4RGHA 3SA5A 4K8SA 2QAKA 2QP8A 2QI4A 4DVFA 1MESA 2SAMA 4KUPA 2H6TA 4COEA 5P0VA 3T11A 4L1AB 5P3UA 5P7WA 4Y3AA 4H3GA 4Y5LA 4DFGA 2PK6A 3MXDA 2PWCA 3KA2A 1IZDA 1SIVA 4YD4A 3S45A 3PHVA 2RKGA 4K4QA 4YHQA 4M8XA 3TLHA 5P5DA 5J25A 4RVXA 3BHEA 2P83A 4MC9A 4EP3A 3NU5A 4FRIA 2QI5A 2QU2A 4DI2A 4I0IA 3UDKA 3HD8A 1ZSRA 5OYZA 3EKVA 4EPJA 5P7VA 3CKTA 3O9FA 4OD9B 1BAIA 3K5FA 1LYAA 5P25A 3EL9A 5P67A 3APPA 3EKTA 3QS1A 3UQRA 5P1PA 1B5FA 5P85A 3OXXA 4EHCA 5DR4A 3VSXA 4FLGA 4PPHA 4GYEA 3PBDA 5JFPA 1EBKC 2QI0A 5P6XA 5P0PA 4HDFA 4LHHA 4RLDA 4J0VA 5AH8A 5P2ZA 1SH9A 1MPPA 5P6KA 5KOSA 5HCOA 1HSHA 2O4SA 3SA8A 2IKOA 2JJJA 2OHMA 2R5QA 4LL3A 4GJDA 3Q70A 2NTRA 5P4JA 3ZKGA 3ST5A 2PSUA 5HCTA 4EWOA 3IAWA 4HA5A 4YDFA 5P1YA 1K1UA 5ER2E 3O9LA 5P88A 3KDBA 1AJXA 5P70A 5I3WA 4NJTA 3TKGA 5P7IA 3OUDB 5P72A 5P3BA 4FSEA 2QMPA 4TVGA 5AHAA 4L7HA 4Y58A 3UDPA 1HPVA 2NMZA 3GI6A 2Q54A 5P8QA 1BXQA 1XN2A 2ER7E 3GI4A 5HDUA 5P41A 3SA9A 5P29A 3EKPA 1RV7A 2R3TA 5P87A 2HS2A 3PSYA 3O9DA 5P6YA 1EC1A 2ZJNA 2Q55A 5P3OA 3UFLA 4Y35A 3UDYA 1HWRA 1C6ZA 5P03A 3QRSA 3EM6A 3OTSA 4DPFA 1YM2A 1ER8E 3UDNA 5P1UA 1ODXA 3ZOVA 5P7GA 5AH6A 4J55A 4DQHA 5P2CA 5P4BA 4Y3LA 3RSXA 5P2UA 2R8NA 2XYEA 4M8YA 5P6GA 3EBZA 3VUCA 1MEUA 1ENTE 3UTLA 3APRE 4NKKA 1EAGA 5P4QA 5P5PA 3U6AA 1APTE 5OZTA 1GVWA 2I4QA 1KJGA 3D3TA 4BELA 5SY3A 4EQ0A 5P4PA 1ZPAA 2O4NA 3KFPA 3L38A 4H3IA 5P2WA 2FXDA 1Z1RA 1E82E 2R5PA 2B8LA 4YD6A 1RL8A 1W51A 4GJ6A 4DJYA 4EJ8A 2HM1A 4Y3XA 3IN3A 4Z2ZA 1C6XA 4Y4ZA 1FMXA 2V11C 5P48A 1EC2A 2IKUA 2AOGA 2PYNA 1PSAA 3PI0A 5KQFA 2F80A 1LF4A 3NXNA 4QJ2A 2QZWA 2XFKA 4Y48A 5DR1A 3VG1A 3SKFA 1EBWA 1MIQA 2V10C 1ZJ7A 5UPJA 1W5VA 5P1RA 4RVJA 5P18A 1TSUA 3KN0A 5HDXA 4YE3A 2BBBA 1XDHA 5OYSA 4DQGA 4AA9A 4TVHA 2AOIA 5P1WA 5P6SA 3VSWA 5P4OA 4I0EA 5P59A 3QIHA 3FSMA 1D4LA 5P51A 2OHTA 1ZBGA 1LYWA 3RTHA 2IDWA 3OGQA 2WEAA 1EPME 4I0ZA 5P4FA 1LYBA 5P2YA 2QHCA 4DJWA 4B1DA 3NYGA 3NUOA 4FSLA 4RROA 5FIVA 2O4PA 2VNNA 4F74A 2BJUA 2HS1A 1PSOE 2UY0A 3GI5A 4FGXA 5P4GA 5P0ZA 2QU3A 3AIDA 1FIVA 3SAAA 5P31A 6APRE 4A4QA 3UDJA 2VIYA 4CPQA 4QJAA 4ZLSA 5P11A 5DR7A 5P7NA 4I12A 2RENA 4L6BA 3UDMA 3CIDA 3NWQA 1QBRA 3B80A 3S43B 3QP0A 5P4ZA 3IXOA 5JODA 5DQ2A 4HE9A 5P6BA 2XFIA 2G69A 4RCFA 1K6CA 2G21A 5P5QA 3PB5A 4ZPGA 3UF3A 4DV9A 4H1EA 2V00A 1FQ8A 3QVIA 2UPJA 3DOXA 1PPLE 3N3IA 1CZIE 5P8PA 3WB4A 4OC6A 1EEDP 4OD9A 2PK5A 2FS4A 3JVYA 1SMEA 3TPRA 4R91A 4DJPA 5F00A 5OZSA 3ZPTA 1A9MA 2IRZA 5P4EA 2FGUA 2QHZA 1MSMA 3KMYA 2VA5A 3TKWA 5EZXA 4LBTA 2P3AA 1TCWA 5P42A 4YD5A 1SMRA 1T3RA 4Q1WA 5P0XA 5KOQA 3O9LB 4FRJA 2G1OA 4ZE6A 1SP5A 4YOAA 5P8IA 3BXRA 1A30A 3T6IA 2BB9A 4Y3PA 2OHPA 5P7QA 1RNEA 5P4YA 5P01A 5IE1A 4I1CA 4EQJA 5DQ1A 4DJXA 3OXCA 5P69A 1K6PA 4Y4TA 3WSJA 3S2OA 5OZ5A 1CPIA 3OUDA 5P7YA 5OZRA 5P3DA 3T3CA 1HIVA 2XYFA 3INEA 4FE6A 1DP5A 3NLSA 4ZPFA 2G94A 5I70A 1FMUA 5P3MA 5P56A 1LZQA 4IVSA 2QI1A 3L3AA 5AHCA 5OZ8A 5P1XA 5P19A 1K2CA 4R93A 5P0YA 1KJ4A 5P0HA 1BWAA 4Y36A 5COOA 5P8HA 1PFZA 4Y50A 3MWSA 2VS2A 5P2KA 5P8BA 5P1ZA 2ZDZA 3BUFA 5P5UA 4AMTA 3HAUA 3OHFA 1ODYA 3TL9A 5SZ9A 3BGBA 4YCTA 2Q11A 5P89A 1KJFA 2AZ8A 4B78A 1IVPA 4HDPA 4GMIA 1D4YA 3VLBA 2JJIA 4Q1NA 1OD1A 5P3GA 5OZHA 2RSPA 1B11A 4GJ5A 4Y56A 2R3WA 4D85A 4XKXA 2P3DA 5P4NA 2VJ6A 4B70A 3GW5A 5OZ7A 5P1DA 5AH9A 3SA6A 5P82A 7HVPA 5P4VA 3RU1A 1TCXA 4NJSA 3I2LA 1IZEA 1HEGE 3DUYA 2P3BB 5P4TA 5P0KA 3NWXA 4QJ9A 4NPUA 2AOCA 5APRE 2BPWA 1T6GA 3OADB 3QBHA 1SIPA 5E5KA 1E81E 3KFSA 3EC0A 2R38A 5P3TA 1UH7A 1D4IA 5P40A 4QLHA 2FIVA 4TRWA 1HVCA 2OHUA 5P5EA 4MC6A 3NUJA 5P8TA 4D83A 5HVPA 4XXSA 2A1EA 5DR0A 3VF5A 3JW2A 1BDLA 1FQ4A 4OBDA 1B6KA 2AIDA 4FRSA 2AOEA 5P62A 2A4FA 5DGWA 5P6UA 2ER0E 4Y3WA 5ISKA 4F75A 4B00A 4NJUA 1VIJA 1FQ5A 3B7VA 2ZYEA 3IVIA 3PRSA 4K4RA 4Y3YA 4EYRA 1TZSA 1EPLE 5P3HA 3QAAA 4LP9A 3TOGA 3OUAA 3MXEA 4Y3SA 4YCKA 4DJQA 5P6RA 3LIVA 4MC2A 1HVKA 4QGIA 3OU4A 1K1TA 3HZCA 5P4CA 5P7EA 3VF3A 3OXVA 5AGZA 1FKNA 3VYFA 2F8GA 2G1NA 5P8JA 3QBFA 1ZAPA 1UH9A 3OQFA 1C70A 1J71A 3CKPA 4Y54A 5P2JA 3OGPA 5HDZA 5P1MA 5P2BA 4J0TA 4Y4JA 1D4JA 4B77A 1C6YA 4BFDA 5OYWA 1B6PA 1TW7A 5P1HA 4Y3FA 5IVTA 1HRNA 5F01A 3O9IA 3PWRA 5OZDA 4B05A 5HU0A 4RVIA 1EPRE 2ZE1A 3PCWA 4Q1XA 5JG1A 1IBQA 3NXEA 4JP9A 3S43A 5P75A 4IVTA 3LITA 3S7MA 4LXKA 3UPJA 2CEMA 1FG8C 4OC6B 4U7VA 5P5OA 5P0AA 1K2BA 4R8YA 2QMDA 1CMSA 4A6BA 4DJUA 5P0WA 3QROA 4YDGA 5PEPA 3A2OA 4JPCA 5P4MA 5P8AA 1AZ5A 2CEJA 1APVE 2APRA 5HDVA 2ZHUA 4J54A 1TQFA 1NSOA 2V0ZC 3MSKA 1HXWA 1APUE 4PZWA 4H3FA 4D8CA 1SDTA 5P6VA 4Y5EA 4GIDA 2ER6E 1HVLA 5P5WA 1DAZC 4R95A 5P07A 3FIVA 4RYGA 4YA8A 3VV8A 1HPOA 5P3JA 1LEEA 1XE5A 3NDWA 4FIVA 3T7QA 1LF2A 4ACXA 4OBGA 4KE1A 4Y5CA 1BV9A 3EL1A 5P64A 5I3YA 5OZYA 6FIVA 1U8GA 4Y53A 4ZSPA 4UPJA 3HLOA 1LF3A 2R43A 1HEFE 2AZ9A 1WBKA 5P24A 4FAEA 1WKRA 5SY2A 3SACA 4EJLA 5P5CA 5OZXA 4I8WA 3Q6YA 3LIZA 3RTMA 5P76A 3G6ZA 2QD8A 4J1IA 3LPKA 5P2RA 4RYCA 2ZJMA 2ZHRA 2ER9E 3NU9A 4J1KA 5P3PA 3BUHA 4HDBA 1D4HA 5P2TA 4L7GA 1HVSA 2OHSA 4N00A 5P6CA 1AVFA 1FB7A 5P7HA 4S1GA 1K6TA 4FCOA 2IGXA 1MUIA 2AVSA 3VFAA 4HZTA 5ENMA 3WB5A 1JLDA 2QD7A 5DPZA 5P04A 3QRMA 1QBTA 1GNOA 3IXJA 1HVHA 5OZQA 1T7JA 3D1XA 5COKA 5P6MA 5P3YA 1M0BA 5P61A 4Z50A 2NXMA 5DR3A 1IDBA 4D88A 3FNSA 3ZKMA 1HSIA 1W50A 3KM4A 3TOFA 4QJ7A 5P5RA 3S54A 2WEZA 2P3BA 4LC7A 2ZJIA 5P0QA 5P45A 2ZJHA 4APRE 1E80E 2ASIA 5P7CA 3VYDA 3OADA 4Y3RA 3S7LA 2H6SA 4J0YA 2HB4A 2PC0A 3L5BA 5P32A 4OBHA 2FGVA 5P3QA 5P8RA 5P2IA 3ZKIA 1XL2A 1QRPE 2OHKA 1B6MA 4QJ6A 2QMFA 5P84A 3EM4A 4HEGA 2WF0A 1BDRA 2HC0A 5OZBA 1FF0C 4CPXA 1ZLFA 1IZHA 1MTRA 4U8WA 5P5JA 5P5SA 3SPKA 4DJVA 4DQFA 5P6QA 5P66A 1HIHA 2FLEA 2FXEA 2IS0A 1MERA 2G24A 2WF1A 3EL5A 4Y3ZA 4CMSA 5ER1E 3MSLA 5OZIA 1MTBA 1T7KA 3OU4B 4YBIA 2XFJA 1F34A 5P3LA 5P4UA 3L5DA 4Y38A 5P55A 1BIMA 5P8MA 2VIZA 3DK1A 3OXWA 5P13A 5P4AA 3O9BA 2Z54A 3D1ZA 4RCEA 5P0JA 3OQDA 3GGXA 3BVBA 3EKXA 2WJOA 2HPEA 1HHPA 5P2OA 5OZPA 1HTEA 4Y4BA 3KYRA 3ZLQA 3OHHA 5P6JA 5P17A 2HIZA 3RTNA 3SFCA 2VA6A 4WTUA 5P6WA 4Y44A 3OWNA 1QBSA 3PLLA 3DV5A 5OYVA 5P36A 4ZPEA 3FNUA 4DJOA 4DPIA 5DQ5A 2OHLA 4MC1A 3R2FA 4I0GA 5P6EA 3BGCA 3S53A 1SDVA 2MIPA 3DJKA 5OZOA 5P8FA 5P7TA 2F81A 5P7FA 4Y41A 5OYYA 1PROA 4Q5MA 4YCYA 3I25A 3KT5A 1YTIA 5OZ0A 4YD7A 1GVTA 2QNQA 1SGUA 4CP7A 5KAOA 2I4DA 5OYUA 3OK9A 4ZSMA 5P06A 5P0EA 4DQCA 3DCKA 2VJ9A 1M4HA 2CENA 5HE5A 5P09A 5P52A 5P35A 5P1SA 2RKFA 1BILA 1HPXA 3IVHA 2Q63A 3KFNA 3CIBA 3PSUA 2ANLA 1IVQA 4JPEA 2Z4OA 1ZSFA 3BVAA 1RPIA 2G20A 3O9EA 5OZWA 3TH9A 5P3NA 4Y5NA 3EXOA 5P38A 2NR6A 2G1SA 1YM4A 1WBMA 2PMAA 4EP2A 4Y5AA 2BPVA 5P8UA 3WZ6A 2QK5A 5P0UA 1W6IA 2WF3A 3N4LA 4GJCA 3T7XA 2NMYA 5P68A 5CLMA 5P83A 3RVIA 1G2KA 5DR8A 5P2HA 4FM7A 2OF0A 4J1HA 5OZ2A 4GJ9A 3CYWA 2QCIA 5P3FA 3Q3TA 1G6LA 4Y4EA 5JFUA 2P4JA 3UDQA 4YBFA 1W5XA 2QZXA 3L5FA 3L5EA 5P7UA 2NXDA 5P8GA 3IN4A 4AA8A 5P7DA 3LZVA 5P1AA 1XE6A 2FDPA 5P0NA 3LNKA 5P46A 1DIFA 1YTJA 5P6HA 5CONA 5OZZA 2Q3KA 5OZJA 3INDA 3VV6A 1EPOE 2QNPA 3ER5E 5P1NA 5P0TA 2QZKA 4CPWA 3QRVA 1KZKA 2F3EA 3UQPA 1FMBA 4Y9WA 4Y3TA 4JECA 2PH6A 1GNNA 1MT8A 2WEDA 1BVEA 3ER3E 4J17A 5P6NA 3Q4BA 4GJAA 1LV1A 4J1EA 5P7XA 4FM6A 4HLAA 5P08A 3H5BA 4QJ8A 3OAGB 5P57A 1IZIA 3WZ7A 4D89A 2AVQA 4K4PA 3PWMA 3URLA 4Y3MA 4EXGA 4AZYA 4Y43A 1ZTZA 2I1AA 3SA4A 2IENA 1ZP8A 4I0DA 3PWWA 3K5DA 5P5AA 5OZMA 5P44A 5P8SA 4DQBA 1SBGA 2I0AA 4NPTA 3O99A 3G72A 2V12C 4B72A 4ZSQA 5OZFA 4Z4XA 2BPYA 5P7MA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LYB B;  5P3Z A;  1TSQ A;  5P6L A;  2WEB A;  4RRS A;  1EBZ A;  4J0P A;  2RMP A;  4ER4 E;  3SQF A;  1PPM E;  4RGH A;  3SA5 A;  4K8S A;  2QAK A;  2QP8 A;  2QI4 A;  4DVF A;  1MES A;  2SAM A;  4KUP A;  2H6T A;  4COE A;  5P0V A;  3T11 A;  4L1A B;  5P3U A;  5P7W A;  4Y3A A;  4H3G A;  4Y5L A;  4DFG A;  2PK6 A;  3MXD A;  2PWC A;  3KA2 A;  1IZD A;  1SIV A;  4YD4 A;  3S45 A;  3PHV A;  2RKG A;  4K4Q A;  4YHQ A;  4M8X A;  3TLH A;  5P5D A;  5J25 A;  4RVX A;  3BHE A;  2P83 A;  4MC9 A;  4EP3 A;  3NU5 A;  4FRI A;  2QI5 A;  2QU2 A;  4DI2 A;  4I0I A;  3UDK A;  3HD8 A;  1ZSR A;  5OYZ A;  3EKV A;  4EPJ A;  5P7V A;  3CKT A;  3O9F A;  4OD9 B;  1BAI A;  3K5F A;  1LYA A;  5P25 A;  3EL9 A;  5P67 A;  3APP A;  3EKT A;  3QS1 A;  3UQR A;  5P1P A;  1B5F A;  5P85 A;  3OXX A;  4EHC A;  5DR4 A;  3VSX A;  4FLG A;  4PPH A;  4GYE A;  3PBD A;  5JFP A;  1EBK C;  2QI0 A;  5P6X A;  5P0P A;  4HDF A;  4LHH A;  4RLD A;  4J0V A;  5AH8 A;  5P2Z A;  1SH9 A;  1MPP A;  5P6K A;  5KOS A;  5HCO A;  1HSH A;  2O4S A;  3SA8 A;  2IKO A;  2JJJ A;  2OHM A;  2R5Q A;  4LL3 A;  4GJD A;  3Q70 A;  2NTR A;  5P4J A;  3ZKG A;  3ST5 A;  2PSU A;  5HCT A;  4EWO A;  3IAW A;  4HA5 A;  4YDF A;  5P1Y A;  1K1U A;  5ER2 E;  3O9L A;  5P88 A;  3KDB A;  1AJX A;  5P70 A;  5I3W A;  4NJT A;  3TKG A;  5P7I A;  3OUD B;  5P72 A;  5P3B A;  4FSE A;  2QMP A;  4TVG A;  5AHA A;  4L7H A;  4Y58 A;  3UDP A;  1HPV A;  2NMZ A;  3GI6 A;  2Q54 A;  5P8Q A;  1BXQ A;  1XN2 A;  2ER7 E;  3GI4 A;  5HDU A;  5P41 A;  3SA9 A;  5P29 A;  3EKP A;  1RV7 A;  2R3T A;  5P87 A;  2HS2 A;  3PSY A;  3O9D A;  5P6Y A;  1EC1 A;  2ZJN A;  2Q55 A;  5P3O A;  3UFL A;  4Y35 A;  3UDY A;  1HWR A;  1C6Z A;  5P03 A;  3QRS A;  3EM6 A;  3OTS A;  4DPF A;  1YM2 A;  1ER8 E;  3UDN A;  5P1U A;  1ODX A;  3ZOV A;  5P7G A;  5AH6 A;  4J55 A;  4DQH A;  5P2C A;  5P4B A;  4Y3L A;  3RSX A;  5P2U A;  2R8N A;  2XYE A;  4M8Y A;  5P6G A;  3EBZ A;  3VUC A;  1MEU A;  1ENT E;  3UTL A;  3APR E;  4NKK A;  1EAG A;  5P4Q A;  5P5P A;  3U6A A;  1APT E;  5OZT A;  1GVW A;  2I4Q A;  1KJG A;  3D3T A;  4BEL A;  5SY3 A;  4EQ0 A;  5P4P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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