4Y4DA

Endothiapepsin in complex with fragment b51
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Structures of endothiapepsin-fragment complexes from crystallographic fragment screening using a novel, diverse and affordable 96-compound fragment library.
pubmed doi rcsb
total genus 79
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4dA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4dA01
4Z22A 3NLSA 4B77A 1HPSA 3VSWA 3INFA 5P1YA 2AQUA 3EL4A 1SH9A 5EZZA 3OY4A 2AODA 1HXWA 1K6PA 1E5OE 3TOFA 1CZIE 5OZAA 5OZQA 1HWRA 5P2XA 3NU4A 4ER2E 3OTSA 3BRAA 5P7MA 4Y4XA 4DJQA 5P46A 3S53A 3KFPA 2AOJA 3KMXA 5P4YA 1G0VA 4DV9A 1JLDA 1AXAA 3PMUA 4YE3A 4GJCA 2HC0A 2HIZA 5P0OA 2QZWA 1MT9A 4FSLA 5P41A 4YD3A 5P2HA 5P4MA 4R5NA 1YTHA 4J55A 1G2KA 3N4LA 2Q3KA 1YT9A 1BV7A 3VV7A 1A8GA 1HOSA 3IXKA 5P4ZA 5P30A 1W5VA 4B00A 3SA6A 5P64A 1HBVA 1SGUA 1EBZA 3BXSA 4TVHA 3HD8A 3IA9A 5P6MA 4DJYA 4BEKA 5P8JA 5P13A 3O9AA 5OZMA 2R5PA 5ENKA 5P0EA 1MSNA 4QJ8A 1D4HA 3OUBA 5P66A 5BRYA 3SLZA 4J1EA 3TPJA 1T7JA 2R8NA 1T7KA 2ZYEA 1FFIC 3S43A 5JFUA 5P5RA 4B1EA 4GJ9A 5I3XA 1SIPA 2PH8A 3EKXA 3PCZA 2AOGA 4BFDA 1SP5A 5P0UA 4FAEA 1ODYA 5P11A 3TPPA 4EHCA 3EKPA 5P4BA 4EJDA 1GKTA 2G21A 5P15A 4GYEA 4J0ZA 5P7GA 1KJ4A 5P80A 3WB4A 3IAWA 2QNQA 5P2ZA 4RVIA 4PYVA 2J9JB 5AH6A 5P3BA 4HDBA 2O4NA 4CPTA 4YD5A 1AVFA 2OHUA 3OHHA 5P3SA 4FIVA 4Y4EA 3UDHA 1QBRA 5P1FA 4EPJA 2PWRA 5P07A 3OQ7A 3JW2A 5P8RA 2FNTA 4DJVA 4MC9A 5P56A 1RNEA 3NDTA 1HTFA 5P4GA 5P87A 5P7BA 2G1SA 1M0BA 2ZHVA 4Y3YA 4TRYA 1BIMA 2V0ZC 2I4VA 3QROA 5OZ4A 4Y56A 4CPSA 1J71A 5P7AA 1RQ9A 1HHPA 4YCTA 4NJVA 4FRKA 4X2LA 3NUOA 3K5CA 3QVCA 4JPEA 3L5FA 3CKPA 5HDVA 3L58A 3UDMA 2HPFA 2QD6A 2QU2A 1GNNA 3OAGB 5DGUA 5P8MA 1BV9A 3I2LA 5P6QA 3R1GB 5DR4A 4IVSA 3LZUA 3R2FA 4OBZA 1XE5A 4Y4GA 5IS4A 5P0YA 3UPJA 3VV6A 2ZGAA 3LZVA 3U6AA 2OF0A 3HDKA 4ZIPA 5IVQA 1BDLA 3UQXA 1T3RA 3EKTA 3KFSA 4KE1A 1XDHA 4LP9A 4CKUA 4Y6MA 5P12A 2OHPA 3GGUA 1HRNA 4XKXA 3O9FA 5JG1A 4K8SA 4AZYA 2QNNA 2F81A 5P1ZA 5P62A 4Y3TA 1A94A 2NXMA 4Y5EA 1HPOA 2BPZA 5P06A 3EL0A 1W5YA 1HTRB 2P3BB 1HPVA 4KB9A 5E5KA 4MC2A 1OD1A 3UDPA 1LYWB 5P0PA 3WZ6A 2V13A 4RRSA 4U7VA 1ZSFA 5P2DA 5P5BA 4YD4A 5P5MA 3TOGA 1FLHA 3OWNA 5P8KA 5P16A 2QZXA 5P1OA 2NXDA 4Y50A 5DQ4A 1EC2A 2QMPA 3SKGA 4Y4BA 5OYUA 5P0CA 2Q15A 3T11A 4EWOA 2QI6A 5OZIA 4DQFA 4EP2A 5DR7A 1QBUA 2IENA 3NYGA 5SY3A 1HEFE 5P4HA 2FXEA 4GJBA 1DPJA 4IVTA 1EC3A 3L5BA 3PI0A 5P10A 4FM7A 5SY2A 5P4FA 4GJAA 3EM6A 4FRIA 5P65A 5P0ZA 5HCOA 5AGZA 3O99A 3SA4A 4FLGA 3D20A 3KDDA 4DJOA 4Y5AA 5P5WA 4L7HA 3R4BA 3NXEA 2QI0A 4YOAA 2G1NA 5P0IA 5OZLA 3ZKIA 4Y5BA 3S7LA 1ZTZA 2ZJKA 2NXLA 3OUCA 2WKZA 5P8BA 3S43B 2WF1A 5P5LA 3PRSA 5P4XA 5P68A 3ST5A 1ZJ7A 3FX5A 1TCWA 1FFFC 1MT8A 3EXOA 3UQPA 4COEA 1MPPA 3GW5A 4Y4TA 3OK9A 5P37A 2ZJMA 1MEUA 5ENMA 4BFBA 1W51A 3UFLA 1NPWA 4OBFA 3B80A 1DP5A 3AUPA 4D83A 3URJA 1LEEA 3UF3A 4XXSA 3R0YA 5DPZA 1SDUA 5P49A 2Z54A 1C6YA 5P2KA 2OHKA 1FQ8A 5B18A 5J25A 5ISKA 3G70A 3OU3A 3T3CA 3EL9A 1HSHA 4ZSQA 5P6XA 4Q1YA 3SO9A 5ER2E 3VLBA 4Z2ZA 5P6PA 3SQFA 5SZ9A 3IN3A 4FRJA 5P6IA 5HE5A 4OD9A 3JVWA 5OZRA 1K2CA 4Y4AA 3SFCA 3IVIA 5P6BA 3QBFA 5DR1A 3O9CA 5P6ZA 1B6KA 5OZKA 5P1NA 1MERA 3CYWA 2R5QA 4EQ0A 1GVWA 5OZSA 1SIVA 1D4YA 1MRXA 1W5WA 4EP3A 3QAAA 3OU4A 1EEDP 4ZEAA 4GJDA 4OBKA 2QZLA 1MUIA 3L5DA 4DPFA 3LHGA 4Y5LA 4WY1A 1DAZC 1HVJA 2VIJA 3GI6A 4PZWA 1QBSA 5OYVA 2BJUA 4ZPFA 2BBBA 5IVSA 5P4KA 3NDUA 3IXOA 4H3FA 4OBZB 4I0EA 2ER0E 2XYEA 4I0DA 5P79A 4J1KA 2QHYA 2PWCA 4ACXA 1Z8CA 4L1AB 3GI0A 1XN2A 2P83A 2O4LA 1EPNE 3BGCA 1OEWA 1BBSA 1PROA 3K5DA 3I25A 5HDZA 3PSUA 4Y4DA 3INEA 2NR6A 5P8OA 5P0QA 5P0SA 2NMZA 1HIIA 4Y3JA 3N3IA 2I4QA 3VEUA 4JP9A 4L7GA 3TNEA 4YBFA 5P26A 5OZGA 3PBDA 4Y4JA 3BUFA 5P7QA 1KZKA 2JJJA 3L3AA 4RROA 2ER9E 2Z4OA 3ZKXA 5I3YA 3IVHA 4Q1XA 4Y3ZA 1W6HA 5P69A 4JECA 2VKMA 3T6IA 5P0NA 4Y5MA 3HBOA 1EBWA 3T7XA 5P8VA 1GVVA 2ZJJA 2QZKA 4RVJA 2RENA 2R9BA 2G1OA 4U7QA 5F01A 2H6TA 1YM4A 3PB5A 5P7DA 5OZTA 4RLDA 3LZSA 5HE7A 4CMSA 3B7VA 2HPEA 4Y4UA 4RRNA 5P31A 5P6WA 2QHCA 3BVAA 5P0RA 3VLAA 3RTMA 3Q6YA 5OZHA 4L7JA 3DOXA 1RV7A 1LYAB 2NNPA 5OZPA 3SA3A 1MESA 4ZSPA 5P0MA 4EJLA 1EPOE 1FF0C 1FGCC 4CPWA 4GJ6A 2H6SA 4Y57A 1APUE 2OHTA 1IVQA 5P22A 1B6LA 1OHRA 3WZ8A 2R38A 2EWYA 5P36A 2QMDA 5P7EA 2ZHSA 5OYWA 2BKSA 5P75A 5P40A 4Y3WA 2P8HA 2JJIA 3VF5A 3NDWA 1SMRA 2QAKA 3G6ZA 2AOEA 4MC6A 5P8CA 2AVMA 4FM8A 5KR2A 5P14A 2WEBA 3LPIA 4YHQA 5P35A 3QBHA 5P3WA 2QI3A 3SM1A 2AIDA 3I6OA 1F34A 4HA5A 5P2VA 5P4SA 2IQGA 1ZP8A 5P74A 5P61A 5DQCA 5P6RA 3A2OA 5P2BA 2CEMA 4J0TA 4H3GA 2P3DA 5KR1A 1HVIA 5P3IA 3UDJA 5P1WA 5P3QA 2WF0A 1IZIA 5P5OA 1IIQA 4M8YA 4I12A 4Y3PA 5P3YA 5ISJA 5OYXA 3BUHA 4R91A 4I0HA 1K6TA 4XX4A 1LV1A 1LYBA 4FSEA 2Q63A 5P8FA 4A6CA 3TKGA 1IZHA 3BXRA 6APRE 1FQ4A 4OD9B 3QN8A 4Z4XA 2PSGA 5P8AA 4YD7A 2Q55A 1ENTE 3EC0A 4A4QA 2RKGA 2MIPA 5P55A 2WL0A 2BPYA 5P7YA 5T4SA 4MC1A 4D8CA 3H5BA 5UPJA 5OYSA 5P2TA 2IL2A 3ER5E 1U8GA 2F80A 3EKQA 4Y5CA 3OU4B 3OQFA 4Y51A 3UQRA 1HVHA 2FDPA 2VNNA 5P5QA 4B78A 5P5TA 3ZMGA 1EBYA 1TCXA 2NTRA 5E5JA 1BXQA 4NKKA 2I0DA 5P27A 5AHCA 5P3AA 3PLDA 2QI7A 1B6MA 1N49A 1D4SA 4CPRA 4QGIA 4BELA 5P5HA 4Y5KA 5P8UA 1HXBA 1DMPA 2IKOA 4RGHA 3D1YA 2QCIA 5AHBA 5P4NA 5P6KA 3JVYA 8HVPA 5I3VA 5P2CA 5P6NA 4FRSA 5P70A 4I1CA 4HE9A 2QU3A 4Y3AA 4D88A 3RTHA 4AMTA 4Y41A 2ZJHA 5OYQA 5OZ9A 5TOLA 1FB7A 3FV3A 1C6XA 5P5GA 1BDQA 4R95A 1B11A 2G22A 2VA6A 3DCKA 4LBTA 5P7IA 2O4PA 3DCRA 1ME6A 4DFGA 2B60A 5SXNA 4EXGA 2PK6A 3EKWA 4PHVA 5HD0A 3GI4A 2WF2A 5P6HA 1W6IA 5P7VA 1PPLE 3FIVA 3VV8A 4OBDA 1C70A 4GJ7A 5P3OA 5P34A 4EQJA 5JODA 2O40A 4QJ6A 4DQEA 2FS4A 1T6EX 3D1ZA 2V11C 5OZWA 3VSXA 3SPKA 5P88A 4A6BA 5DQ1A 5P3ZA 3CICA 3MWSA 5OZZA 3URLA 2G24A 2HB2A 3CYXA 1G35A 2QI1A 5P19A 1QRPE 2V12C 4NPTA 3SKFA 1UPJA 4FGXA 5OYTA 4DQCA 1EBKC 4LHHA 4Y3LA 2P3CA 5P4DA 1YM2A 5P1AA 3APRE 5P6CA 3KT2A 3OADA 1BVEA 2HAHA 2UPJA 5P1JA 5P51A 4EYRA 5P5SA 2I0AA 3PEPA 4Y3MA 4ZE6A 5P18A 5P47A 2IGYA 1APVE 5P3EA 5OZUA 5P3TA 2JXRA 2VIYA 1W5XA 5P7WA 3LIZA 5P1PA 1MRWA 3MSKA 5P5VA 1VIJA 3K5FA 2O4SA 4CPXA 4CPUA 1META 5PEPA 4I0FA 3DJKA 3U7SA 5P23A 5P3PA 1UH7A 4LXKA 4NJTA 3FSMA 4B70A 4OC6A 5CLMA 2PSVA 5P3UA 2VNMA 1XL2A 4I10A 4DH6A 5P7FA 5P8IA 3S45A 3L5EA 4GMIA 1ZAPA 1PPKE 1QDMA 3DUYA 3ZPUA 1Z1RA 2AVOA 2PYMA 4Y4WA 5P2EA 5P3LA 3SA9A 5P7XA 3ZKSA 1EC1A 4M8XA 4DJRA 2FLEA 5BWYA 3PI5A 3LIYA 4J0YA 3VUCA 3S8IA 1OEXA 4I0IA 5KQYA 5P7HA 1SGZA 2B42A 5P09A 1XS7D 2G1YA 5P4OA 4JOOA 4L6BA 2QHZA 5P6SA 2QNPA 5OZFA 5P8NA 3UTLA 3RVIA 3SM2A 1GVUA 5P2LA 3LITA 2WEZA 1LYBB 4DQHA 5P3MA 5P59A 3NXNA 4YBIA 2AZBA 2PC0A 3TL9A 1AJXA 4R93A 1KJGA 5P20A 1FQ6A 3D91A 5P6TA 1SMEA 1VIKA 5P4QA 5P4AA 4ACUA 5P1EA 2B8LA 2SAMA 4DQBA 5BS4A 2I4XA 4KE0A 5FIVA 4Y5NA 3Q3TA 3RU1A 2A4FA 5P3GA 5HE4A 1ODXA 2P3AA 3NU5A 3OQAA 4AUCA 5P17A 2FNSA 3TPLA 3NSHA 2Q5KA 1HTGA 1ZBGA 1B6JA 4K9HA 4R92A 4RZ1A 3O9GA 3OXVA 3URIA 2JE4A 3MSJA 5OZBA 5P4JA 5P1BA 5P0DA 5P0FA 3K5GA 2IRZA 3KDBA 3IGBA 5P44A 5OZ0A 5OZDA 5P02A 5P42A 3VCMA 5P2JA 1FKNA 1HVCA 3MXDA 1EPLE 5P7PA 5P1DA 5P1VA 5P3FA 1XL5A 4TRZA 1K2BA 1TSQA 4B05A 5IVTA 1APTE 5P5PA 3KM4A 1PSOE 5P57A 5P7SA 2BPWA 3PWMA 3CMSA 2OHRA 4PEPA 2B7ZA 2NPHA 2G94A 1E82E 1G6LA 4PPHA 5P2WA 3F9QA 1BDRA 4YDGA 3UCBA 3PVKA 5HCTA 2G20A 2I4DA 5P5YA 1PSAA 3SABA 2OHQA 1BWBA 3CIBA 2FGVA 5P52A 5OZNA 5KAOA 1PFZA 3EMYA 5P01A 5P6DA 5P7RA 3BVBA 3SA8A 6FIVA 5I3WA 3HAUA 3MSLA 3ZPTA 4J1HA 5P2OA 3RTNA 2ZHRA 5P4LA 3RSXA 1A8KA 4Y5PA 5P5KA 5OZ6A 3QRSA 4B0QA 4RYGA 2WF3A 3PJ6A 1SDTA 4K4RA 5IVRA 5P2UA 3EBZA 2PH6A 2V16C 2B7FA 5P0LA 3SAAA 3OADB 5P5XA 3BGBA 5DGWA 4B72A 5P04A 1AJVA 1BAIA 1NPAA 3T7QA 4ER4E 2F8GA 3NR6A 5P0WA 4Y35A 4FAFA 2ER6E 4J17A 5P85A 1HVSA 1CMSA 4APEA 3NWXA 5P1RA 5P8GA 4DQGA 1RL8A 3KT5A 3Q5HA 1BWAA 5P7TA 2XFKA 1AAQA 5P5NA 2O4KA 4APRE 4Y36A 1IZDA 2BKTA 2BPVA 5P03A 6UPJA 4AA8A 2IS0A 5P67A 4Y3GA 3PBZA 2ZHUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Z22 A;  3NLS A;  4B77 A;  1HPS A;  3VSW A;  3INF A;  5P1Y A;  2AQU A;  3EL4 A;  1SH9 A;  5EZZ A;  3OY4 A;  2AOD A;  1HXW A;  1K6P A;  1E5O E;  3TOF A;  1CZI E;  5OZA A;  5OZQ A;  1HWR A;  5P2X A;  3NU4 A;  4ER2 E;  3OTS A;  3BRA A;  5P7M A;  4Y4X A;  4DJQ A;  5P46 A;  3S53 A;  3KFP A;  2AOJ A;  3KMX A;  5P4Y A;  1G0V A;  4DV9 A;  1JLD A;  1AXA A;  3PMU A;  4YE3 A;  4GJC A;  2HC0 A;  2HIZ A;  5P0O A;  2QZW A;  1MT9 A;  4FSL A;  5P41 A;  4YD3 A;  5P2H A;  5P4M A;  4R5N A;  1YTH A;  4J55 A;  1G2K A;  3N4L A;  2Q3K A;  1YT9 A;  1BV7 A;  3VV7 A;  1A8G A;  1HOS A;  3IXK A;  5P4Z A;  5P30 A;  1W5V A;  4B00 A;  3SA6 A;  5P64 A;  1HBV A;  1SGU A;  1EBZ A;  3BXS A;  4TVH A;  3HD8 A;  3IA9 A;  5P6M A;  4DJY A;  4BEK A;  5P8J A;  5P13 A;  3O9A A;  5OZM A;  2R5P A;  5ENK A;  5P0E A;  1MSN A;  4QJ8 A;  1D4H A;  3OUB A;  5P66 A;  5BRY A;  3SLZ A;  4J1E A;  3TPJ A;  1T7J A;  2R8N A;  1T7K A;  2ZYE A;  1FFI C;  3S43 A;  5JFU A;  5P5R A;  4B1E A;  4GJ9 A;  5I3X A;  1SIP A;  2PH8 A;  3EKX A;  3PCZ A;  2AOG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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