4Y4EA

Endothiapepsin in complex with fragment 131
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4eA01
1IDBA 3L5EA 2OHLA 5P3VA 5P1BA 5OYXA 2OHKA 5P6XA 4F73A 4MC2A 4FSLA 4KE1A 2F3EA 2HIZA 2QD8A 4Y5LA 1BV7A 4ER2E 2QHZA 1XN3A 2RKGA 5P3DA 2B7ZA 2G26A 3PWMA 3VSXA 1HIIA 2FGVA 3IA9A 3I7EA 3UQRA 2MIPA 3HAUA 3M9FA 2ZJKA 4RLDA 3QS1A 3WZ7A 1FMBA 3PBZA 3SA7A 1XDHA 1SDTA 1FEJC 5P6EA 3FV3A 3BC4A 2BPZA 3UDKA 5P0FA 5P7BA 1NH0A 4J0ZA 1NPVA 4Y3YA 1W50A 5P1FA 5P5GA 3UF3A 5P0ZA 5P12A 1IDAA 4GJ7A 3EKVA 5OZGA 5P0CA 5FIVA 2PK6A 2VKMA 4YDFA 5P4HA 2VNNA 4DQFA 1EC3A 3RTHA 2G1SA 1META 5P38A 5P00A 4XKXA 4Y5CA 3PMUA 3Q4BA 1ZSFA 2AQUA 1AJVA 1W5VA 3A2OA 3PCZA 3BUHA 5P4BA 1RNEA 1FQ6A 4X7IA 4Y57A 5P8BA 5P6LA 4XX4A 5P3XA 4I8ZA 3KM4A 2AVSA 4I0GA 5P55A 4B1DA 3S8IA 2VJ7A 3DUYA 3LZSA 2BPWA 4RYCA 2AOIA 2WF3A 3SPKA 1YTHA 5KAOA 3UQXA 5P7OA 3UHLA 5P1XA 3TH9A 5IS4A 4H3JA 4QJ9A 5P23A 2G1YA 2OHNA 4KE0A 3GI6A 2OHSA 5OYVA 3UQWA 6APRE 3CKPA 5P31A 1SMEA 3FNUA 4R8YA 5P61A 1YT9A 3CYWA 4EJKA 5DGWA 4Y43A 5P4OA 3OU3A 3UCBA 2G20A 2HC0A 4TVHA 3IAWA 3PVKA 5P5KA 3RVIA 5TOLA 4ZLSA 4RCFA 2IENA 4GJ8A 2PMAA 1JLDA 4Y37A 5P67A 1QBUA 4H3FA 4Y45A 3UDHA 1APUE 4J0VA 5P85A 4Y4GA 5CLMA 4ER4E 4FM8A 3INDA 1U8GA 3VF3A 5P43A 3PWWA 5P47A 4DJPA 4RVIA 5P2RA 1T7JA 5P6YA 2VIYA 3S2OA 1SH9A 3DOXA 5P1CA 3AUPA 3B7VA 1EC0A 3KMYA 4OBDA 2XYEA 2A1EA 5SXNA 1DP5A 4YDGA 1CZIE 5P2QA 4RVXA 5P4ZA 5P0EA 1B11A 5KR2A 4Y3FA 1BVGA 3OU1B 2NXDA 2AVOA 2V11C 1FG8C 2BBBA 2XFJA 2QI6A 3UDYA 5KOSA 1AVFA 5OYTA 1Q9PA 5OZ1A 2F3FA 5P8UA 4Y38A 2VJ6A 5P69A 1HVKA 1HWRA 4GIDA 5P5UA 5JFUA 5P30A 3K5DA 3VYFA 3KDDA 3PLDA 2B7FA 4JP9A 1EPME 2AOHA 5P6VA 5P3SA 3O9CA 1SBGA 5OYYA 1HEGE 3ZOVA 2B8VA 1EPLE 2AOFA 5IVQA 5P5FA 3GGVA 4FCOA 5P8FA 4FIVA 4GB2A 4Y3DA 5P4KA 3WB4A 5P1ZA 2P4JA 3URLA 1PFZA 1OHRA 4J0TA 5P65A 5P87A 1HPSA 1MT9A 3NWQA 5P5NA 5OZLA 4Y3AA 1LYAA 2AVQA 4K4RA 4YOBA 4J0PA 3OU1A 1IZHA 5P4VA 1EBKC 1HHPA 3EM3A 1AIDA 2NTRA 1HRNA 1BAIA 4HEGA 1HVLA 1D4IA 4YCYA 3S53A 3DCKA 4CPUA 2AZ8A 6UPJA 5P6WA 1W5WA 3PMYA 1HSIA 3ZKMA 5P2WA 2QZLA 2AOEA 1ZPAA 2QMGA 1B6PA 3UFNA 4Q1XA 5P7GA 4LXKA 4Y4TA 5P5HA 2VJ9A 4UPJA 5OZHA 5OZDA 2BQVA 2ZYEA 5E5KA 5OYRA 2HS2A 3LIXA 4Y50A 3QVIA 5P5QA 4I8WA 4FRJA 1K2CA 5P2OA 1AXAA 5P0QA 4WY6A 2HB4A 5P4MA 4F76A 4OBKA 1HPVA 4CPWA 3L5DA 5IVSA 3VSWA 3FIVA 1FLHA 4Y4DA 4RYGA 2WF2A 3EM4A 1ZJ7A 1HVRA 4ZSRA 3NDUA 5P27A 1W5XA 1MT7A 2ER0E 2AVVA 5KOQA 1BILA 3KFNA 3OU4B 3SABA 3OXWA 1IVQA 5P5XA 5P0RA 4FE6A 3PRSA 1T3RA 5P6ZA 1ER8E 1ZSRA 4J1CA 4Q5MA 4XXSA 5P2JA 1D4SA 3VFAA 5P8NA 2FS4A 4LP9A 3K5GA 5P20A 5P5DA 5AHBA 5OZBA 2QI1A 3R1GB 2IKOA 5P59A 2ER7E 3SQFA 1BDRA 5P51A 1W6HA 2P3BB 3EL1A 3GI5A 3SA3A 4D89A 1F7AA 3APPA 3LZYA 1TW7A 4YHQA 2ZHVA 4MC1A 4LXMA 5P22A 3T7QA 3LINA 4CMSA 3RU1A 5JFPA 5SY2A 4HDPA 1LF2A 1SDUA 5P7FA 3PLLA 1ODXA 5P5LA 3VEUA 4NJTA 5HTZA 1K6TA 1WKRA 2PSUA 1PPKE 5P8DA 5P0WA 5P7HA 2V13A 4I1CA 3UDPA 4Y3JA 1CPIA 5I70A 3BVBA 3URIA 2G21A 3OU4A 5KR0A 1ZPKA 5P37A 4GJBA 3Q3TA 1Z1RA 1MIQA 4Y4BA 1LS5A 4KB9A 2G24A 4J1IA 5P8VA 4FM7A 1HVHA 5P76A 4B77A 3NU9A 4ACUA 4RROA 1EBZA 1GVWA 5P1PA 1A8GA 5SY3A 4DJYA 2I4DA 2O40A 3FX5A 1SIVA 4I12A 2QU2A 5EZZA 4BEKA 4K9HA 3VFBA 2F81A 1HIVA 3LHGA 4NPUA 4QJ8A 4HE9A 4EXGA 3O9GA 1FQ5A 3UQPA 5P7WA 2ZJNA 1XS7D 4Z4XA 1MESA 4J1EA 5P5OA 4OBHA 5DR7A 3VF5A 2I4VA 4Y9WA 5P7NA 5BWYA 4CPTA 3EBZA 3UPJA 5P4YA 5BS4A 2VA6A 4YD5A 4DJWA 2JE4A 1HSGA 2PH6A 4OBFA 1APTE 5P6FA 3EL9A 2BPVA 4DI2A 4L6BA 5OZTA 4AUCA 5P6IA 4Y3ZA 5OZNA 4Y5PA 3S85A 1BBSA 5P8IA 5P13A 4RVJA 2NNKA 2R5QA 3LZVA 3O9LA 5HE4A 2XFIA 5P16A 4QJAA 2OHMA 3AIDA 1N49A 3NU3A 5P3YA 5CONA 3T11A 2VA7A 2BKSA 3ZPSA 3PM4A 3D1YA 4OBGA 2O4PA 2FNTA 5P3AA 4DQHA 1A94A 5KR8A 4YCTA 2G94A 1APVE 5P2SA 3VV7A 3TPJA 2WECA 4Y3NA 3PSUA 5P7UA 1KJGA 5KQYA 3EKTA 2PWRA 4OC6B 4AMTA 4Y3LA 4J5JA 4DJVA 2AOGA 5P84A 4FSEA 4ER1E 3IVIA 2I4XA 2XFKA 3UDNA 1A9MA 4MC9A 3KF0A 2OF0A 1RV7A 3L5CA 1YG9A 4BFDA 2QK5A 1CMSA 5P0PA 1LYWB 3URJA 5P6RA 5P24A 1BIMA 2QCIA 3KMXA 1M43A 7UPJA 5P6HA 4YOAA 4A6BA 5OZ4A 3LIYA 3OQDA 4Y4AA 3PHVA 4FRKA 3TKGA 5OZ3A 3GGAA 1EPOE 2QU3A 3K5CA 5P7AA 5OYZA 2F80A 3ZKGA 3NWXA 2RKFA 5P6BA 5C9DA 3UFLA 3BUFA 3T3CA 5P3HA 4DJRA 4AZYA 4CPRA 1YM4A 5P0BA 4EQJA 1HIHA 5ER2E 5OZVA 4U8WA 4Q1NA 1K2BA 3VYDA 1FG6C 3BVAA 2I4WA 3QN8A 1BXQA 3VLBA 4QGIA 3LIZA 5P39A 2P3CA 3APRE 4Y47A 8HVPA 4JOOA 5DR8A 2QI7A 5IE1A 1YTIA 5I3VA 1LYWA 4ZPFA 4M8YA 4WY1A 5P1UA 2BKTA 5COOA 3SLZA 3ZKNA 3L3AA 2HPFA 2O4SA 3KFSA 5P29A 5P0DA 1PSAA 1BDLA 5P62A 1HBVA 2FMBA 5P7VA 2OAHA 4TRYA 2EWYA 4CPQA 4JECA 2I4QA 5T4SA 3OHFA 2G1OA 5P5JA 1BDQA 2CEMA 3S7MA 3BUGA 4JPEA 2PYNA 3QVCA 3ER5E 5P2HA 1C6YA 3K1WA 3K5FA 5C9BA 3LPIA 3DM6A 2F8GA 3LZUA 3MSJA 1IBQA 1LEEA 3IGBA 3NXNA 2V16C 2P8HA 5P56A 1ENTE 5P09A 3KDCA 5P7RA 1C70A 4R91A 4RGHA 4J0YA 4L1AB 1WBMA 5P08A 3HW1A 3LPJA 4Y53A 3FKTA 1C6ZA 2QD6A 3NR6A 7HVPA 1J71A 5KQXA 1MRWA 4COEA 5P0YA 1TQFA 5OZCA 5ER1E 2P3AA 4D88A 3SACA 1FQXA 3H0BA 5DQ4A 5P44A 2R5PA 2UY0A 5P8LA 4YA8A 4Y3PA 4J1FA 3SA8A 1F34A 3PJ6A 4L7GA 5P3WA 3ZPUA 2NNPA 5P5EA 1NPWA 4Y35A 4Y3QA 1ZTZA 5P8HA 4U7VA 2ER9E 5OZSA 5P5BA 5P83A 2IQGA 4HDFA 5P0KA 5B18A 4PZWA 1GNMA 2XYFA 1FGCC 2ANLA 3IN3A 4GYEA 4DJOA 3L58A 1K1UA 5DQ5A 3INEA 3LITA 5P4AA 2QZXA 2PSGA 5P5PA 5APRE 3ECGA 3NU6A 3R0YA 4I0ZA 3N4LA 3EKWA 3R0WA 5OZ9A 2AOJA 1D4KA 3HLOA 3OADB 5P2EA 4Y3RA 3RTNA 1T6EX 4DQBA 5COKA 1OEWA 5UPJA 5P3JA 4DJUA 2WF1A 2R8NA 5P7ZA 5P2IA 3HD8A 5P4TA 5P5MA 2ZHSA 4B00A 3SO9A 2QNQA 2QNPA 4OBZB 5P89A 1SGZA 3OY4A 1HVJA 1G6LA 2IL2A 1HTRB 5P1YA 2FDEA 5P3QA 1M4HA 5P5WA 2ZJLA 3BGBA 2FGUA 5P6SA 5P7TA 4Y58A 4YCKA 4Y48A 3ZL7A 4D8CA 5P2ZA 3OUDB 4S1GA 5P7MA 5C9FA 3T7XA 3TNEA 2CENA 3KDBA 4NJSA 4RRSA 3OOZA 3GGUA 1UPJA 5P1EA 5OZ6A 2OHRA 3QIHA 3VYEA 5P14A 2H6TA 3HBOA 2R9BA 4AA8A 5HD0A 5DQ2A 1RQ9A 4Q1YA 1IZIA 4PPHA 1IZDA 1HTEA 4GJ9A 5P68A 4CPXA 2FNSA 4AA9A 1NSOA 5P2UA 2ASIA 4H1EA 1HTGA 5P79A 2PSVA 4FS4A 4WTUA 1OD1A 2IS0A 3TLHA 3VUCA 3K4VA 1HVSA 2Z4OA 1G0VA 2V00A 5P5AA 3SA5A 1GKTA 1MTBA 1B5FB 2ZHUA 3S7LA 5P50A 5P49A 3OK9A 3OUDA 5P05A 4EP3A 5P1HA 3U6AA 1FF0C 3QBFA 1UH7A 5P0TA 5P2TA 4GMIA 2WL0A 4Z50A 3OTSA 5P36A 5P7XA 3L5FA 4L7HA 1SMRA 9HVPA 2OHTA 4B72A 2QAKA 3TTPA 2QI3A 3D1XA 4GJCA 3Q5HA 5P10A 5P1QA 3PEPA 4Y5MA 5P04A 4U7QA 4EP2A 2VA5A 2Q5KA 1AAQA 4A4QA 4DFGA 5P6PA 5P2DA 4I0IA 5P25A 2IEOA 4Y4UA 5HDVA 3MXEA 3PI5A 5I3XA 2ZHRA 5P8CA 3OUAA 5P3TA 3NXEA 5HDUA 1K6VA 3KA2A 3ZLQA 3OWNA 4LBTA 3KN0A 5P70A 2WF0A 4EXHA 5SZ9A 3TPRA 2UPJA 4J55A 5P0IA 5OZPA 3ZKXA 4B78A 4K8SA 5OYQA 2JJIA 5P3FA 1EPNE 3QROA 4RZ1A 1B5FA 4Y4ZA 5P2NA 3O9FA 4HVPA 5OZ8A 5P07A 2ZGAA 5AGZA 5P6JA 3ZKQA 4LXAA 4FL8A 3R4BA 5OZXA 1ZP8A 2H6SA 5IVTA 1EC2A 5P4IA 4Y3EA 5F00A 2APRA 3GGXA 3OTYA 2HM1A 2Q64A 5P2FA 2WHHA 3OQ7A 5P1MA 5P8TA 3GW5A 3MSKA 5P3MA 1XE6A 3SA6A 3S45A 2ZHTA 4DQEA 2R43A 5P4CA 5P4XA 5P8JA 1GNNA 3IVHA 5P1VA 5P74A 1MT8A 2IRZA 5P2XA 3SKGA 4DJXA 5P35A 4KUPA 1T7KA 5P3CA 2ZJMA 5F01A 3MWSA 5DQ1A 4Y3WA 4DQGA 5P6TA 3IXJA 3CICA 4I0HA 5P3EA 5P02A 5P0SA 3KYRA 3I25A 4I0JA 5P1DA 1FMUA 3JVYA 5OZFA 3QRVA 2P3BA 2QI4A 3G70A 3HVGA 1FKNA 5AH9A 4Y36A 5P82A 5P7KA 1K1TA 3SM2A 5OZRA 1DW6C 2IGXA 3KFRA 4IVTA 4GJ6A 5P6DA 1PSOE 1B6KA 5OZMA 1E80E 3NU5A 2QMFA 2J9JB 5P0HA 4ZE6A 4PYVA 4YD3A 4EWOA 3SA9A 5P3LA 4R92A 4B70A 1QBSA 3NSHA 3TOHA 3HDKA 2ER6E 3WZ8A 3INFA 1KJ4A 4R5NA 4I11A 4Y5NA 5P1NA 2QHYA 2P83A 5P6AA 3CMSA 4RCEA 1TCXA 1SDVA 5ISJA 1D4JA 3UTLA 2Q3KA 1TSQA 5P7SA 1E82E 4ZPGA 1VIKA 4PZXA 4Y4JA 5OZYA 3DV5A 5P2VA 3HZCA 3EL0A 4OD9B 2VIZA 1EPQE 3WB5A 3U71A 4YE3A 1D4HA 2JJJA 5BRYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IDB A;  3L5E A;  2OHL A;  5P3V A;  5P1B A;  5OYX A;  2OHK A;  5P6X A;  4F73 A;  4MC2 A;  4FSL A;  4KE1 A;  2F3E A;  2HIZ A;  2QD8 A;  4Y5L A;  1BV7 A;  4ER2 E;  2QHZ A;  1XN3 A;  2RKG A;  5P3D A;  2B7Z A;  2G26 A;  3PWM A;  3VSX A;  1HII A;  2FGV A;  3IA9 A;  3I7E A;  3UQR A;  2MIP A;  3HAU A;  3M9F A;  2ZJK A;  4RLD A;  3QS1 A;  3WZ7 A;  1FMB A;  3PBZ A;  3SA7 A;  1XDH A;  1SDT A;  1FEJ C;  5P6E A;  3FV3 A;  3BC4 A;  2BPZ A;  3UDK A;  5P0F A;  5P7B A;  1NH0 A;  4J0Z A;  1NPV A;  4Y3Y A;  1W50 A;  5P1F A;  5P5G A;  3UF3 A;  5P0Z A;  5P12 A;  1IDA A;  4GJ7 A;  3EKV A;  5OZG A;  5P0C A;  5FIV A;  2PK6 A;  2VKM A;  4YDF A;  5P4H A;  2VNN A;  4DQF A;  1EC3 A;  3RTH A;  2G1S A;  1MET A;  5P38 A;  5P00 A;  4XKX A;  4Y5C A;  3PMU A;  3Q4B A;  1ZSF A;  2AQU A;  1AJV A;  1W5V A;  3A2O A;  3PCZ A;  3BUH A;  5P4B A;  1RNE A;  1FQ6 A;  4X7I A;  4Y57 A;  5P8B A;  5P6L A;  4XX4 A;  5P3X A;  4I8Z A;  3KM4 A;  2AVS A;  4I0G A;  5P55 A;  4B1D A;  3S8I A;  2VJ7 A;  3DUY A;  3LZS A;  2BPW A;  4RYC A;  2AOI A;  2WF3 A;  3SPK A;  1YTH A;  5KAO A;  3UQX A;  5P7O A;  3UHL A;  5P1X A;  3TH9 A;  5IS4 A;  4H3J A;  4QJ9 A;  5P23 A;  2G1Y A;  2OHN A;  4KE0 A;  3GI6 A;  2OHS A;  5OYV A;  3UQW A;  6APR E;  3CKP A;  5P31 A;  1SME A;  3FNU A;  4R8Y A;  5P61 A;  1YT9 A;  3CYW A;  4EJK A;  5DGW A;  4Y43 A;  5P4O A;  3OU3 A;  3UCB A;  2G20 A;  2HC0 A;  4TVH A;  3IAW A;  3PVK A;  5P5K A;  3RVI A;  5TOL A;  4ZLS A;  4RCF A;  2IEN A;  4GJ8 A;  2PMA A;  1JLD A;  4Y37 A;  5P67 A;  1QBU A;  4H3F A;  4Y45 A;  3UDH A;  1APU E;  4J0V A;  5P85 A;  4Y4G A;  5CLM A;  4ER4 E;  4FM8 A;  3IND A;  1U8G A;  3VF3 A;  5P43 A;  3PWW A;  5P47 A;  4DJP A;  4RVI A;  5P2R A;  1T7J A;  5P6Y A;  2VIY A;  3S2O A;  1SH9 A;  3DOX A;  5P1C A;  3AUP A;  3B7V A;  1EC0 A;  3KMY A;  4OBD A;  2XYE A;  2A1E A;  5SXN A;  1DP5 A;  4YDG A;  1CZI E;  5P2Q A;  4RVX A;  5P4Z A;  5P0E A;  1B11 A;  5KR2 A;  4Y3F A;  1BVG A;  3OU1 B;  2NXD A;  2AVO A;  2V11 C;  1FG8 C;  2BBB A;  2XFJ A;  2QI6 A;  3UDY A;  5KOS A;  1AVF A;  5OYT A;  1Q9P A;  5OZ1 A;  2F3F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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