4Y4TA

Endothiapepsin in complex with fragment 114
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4tA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4tA01
1HXWA 4EP3A 2SAMA 3UPJA 3I25A 5P6ZA 5P4AA 3S2OA 5P1KA 2QHYA 3BUFA 5P89A 5P1DA 4GIDA 2HM1A 3EL4A 2B60A 1GNNA 5P03A 1U8GA 5P1BA 4EXGA 1BAIA 1LYBB 1GVVA 4QJAA 3OU3A 5P8IA 2PQZA 5P0PA 5DR8A 2NXDA 3MSJA 4L1AB 5P4XA 4RYCA 5P4YA 4J0YA 5P5NA 5AGZA 4FCOA 5HDZA 2VJ9A 4FSLA 3OUDA 4Y5PA 5ENKA 4DQFA 1LEEA 1TSQA 3UDMA 1ZP8A 3LPKA 4Y54A 1ZPKA 1FFIC 5OZKA 1RQ9A 2FLEA 4RCEA 3ZOVA 2OHQA 3R0YA 4R95A 3TKWA 4HA5A 1GKTA 3OXWA 2QMGA 5P8BA 4GJBA 4YBIA 2P3BA 3D1ZA 4Q1NA 2ZJIA 2ZJHA 1D4LA 3OADB 2NNPA 3D1YA 2R3WA 5P2HA 2QU3A 5P4WA 3GGUA 4U8WA 4EPJA 5DQ1A 3K5FA 2ZJJA 3JVWA 5P3PA 4PZXA 3HW1A 3VLAA 2QI3A 5P5XA 5P7WA 5P5TA 5P4LA 4EP2A 4NPUA 4Y43A 4ZSRA 4B70A 3ZKGA 4KUPA 2RSPA 5P3IA 2QHCA 2WEDA 5P39A 3IN4A 5P01A 2QI1A 5P0OA 1HTRB 3NU5A 2ZJKA 1T6EX 2ER7E 3N3IA 2BKTA 5P59A 4Y4WA 5OZXA 3KFRA 2I4DA 2HIZA 4Y36A 4OBJA 2XYEA 1EC1A 5T4SA 3CIBA 3EKXA 2QNPA 1NSOA 5P09A 3M9FA 1SDTA 5JFPA 1ENTE 2WEZA 2O4KA 2BPXA 1APUE 4Y3XA 5P8MA 3EM4A 3G72A 1PPKE 1XL2A 5P61A 2G1OA 3ZL7A 3U71A 1ZJ7A 5P4HA 4FAFA 1HTEA 5KR0A 5P7LA 1LYWB 1C6XA 1ZSRA 5P4SA 1IVPA 5P1WA 3O9AA 3D3TA 3KDDA 5P1MA 3N4LA 4WTUA 4ZPEA 3TOGA 3HAUA 5C9FA 5COKA 4AUCA 4MC9A 4RRSA 1PSOE 5OZ4A 5OYZA 1E81E 6APRE 4TRYA 1RPIA 4OBGA 2ZJMA 1EBKC 5P7PA 3S7MA 3TPLA 5AH9A 1QS8A 1IZDA 2G1RA 4B00A 4KE1A 2WF1A 4J1FA 4DJPA 5P3HA 3SAAA 3OAGA 1FG6C 1NPWA 5P6GA 3O9BA 1PSAA 2QI0A 1NPVA 5P8TA 5SY2A 4LAPA 5P80A 3SA9A 2AOIA 1EPLE 1KJFA 1M0BA 5P8VA 5DQ5A 5P77A 5P0BA 3LPJA 4DPIA 4ZPFA 3QRSA 2O4NA 3NR6A 4Y48A 3UDPA 4AA9A 2QI7A 3NU4A 1FMBA 4X7IA 4Y47A 2FNSA 4Y53A 5P22A 4A4QA 4CPTA 3BVAA 2P3DA 4Y4GA 1ZSFA 4CPXA 1IZHA 2IKUA 4B1CA 4CPSA 5HE5A 5P7TA 5P47A 3LPIA 4Y58A 2P4JA 4X2LA 4F74A 5AHAA 2WL0A 3NDUA 1B11A 3PLLA 4PYVA 1FQ5A 2VS2A 3HD8A 3SM1A 5P3TA 5P2KA 5P49A 1J71A 1QBUA 1N49A 1YX9A 4E43A 3QN8A 1FG8C 5P71A 3VF3A 3ZKXA 1XN2A 4HZTA 2ZHUA 2UPJA 2G21A 2IQGA 2QU2A 4OC6B 5P8NA 5OZWA 1FFFC 1T7KA 3LNKA 4Y5NA 5IVTA 4U7VA 5P12A 4RZ1A 1FMUA 2QK5A 4YD4A 1A8KA 1YM4A 5P02A 5P27A 5P0MA 3GI5A 3GGXA 4YD6A 4LL3A 5P60A 4YDGA 4RYGA 1XN3A 1TW7A 4Y5CA 4YE3A 3OU1A 3MXDA 1LYAB 3O9CA 4PEPA 4I0ZA 1BWBA 3OK9A 3DCKA 5P3ZA 5P6PA 1YT9A 5P0ZA 4Y37A 4Y4EA 3VV6A 3TPJA 3OGPA 5FIVA 4D83A 5P3CA 5EZZA 1AXAA 2HS2A 5P08A 3F9QA 4RVIA 2MIPA 2P83A 5OZQA 3INFA 5P0HA 4Y3EA 2HS1A 5P19A 2I1AA 2PK5A 3SABA 1RNEA 3G6ZA 4FAEA 1XL5A 4EHCA 5P0KA 4YDFA 2Z4OA 1YTIA 2FIVA 1W5XA 5P4BA 5HDXA 4YCYA 5P4IA 3BHEA 3PLDA 5P1JA 5P7NA 4GYEA 5P6LA 3LINA 3URLA 1ME6A 5P7RA 4XXSA 3INHA 3QRVA 5P5LA 3IN3A 1B5FA 3NXEA 1HBVA 5P4TA 4EJLA 5P8DA 4FE6A 2VJ6A 1T7IA 5P48A 4Y3YA 1OD1A 2PSGA 5P04A 4FRJA 2FMBA 3L5CA 3UFNA 5P1YA 3O99A 4Y3QA 5DR3A 3L38A 4Y5KA 1APTE 5P7FA 2UXZA 3SA3A 1HSHA 5P6IA 3UF3A 1XE6A 3IAWA 1MESA 5P4QA 1EBZA 3TLHA 5P7HA 3WZ7A 5P52A 3NU6A 5P50A 5P4OA 4FM7A 2EWYA 4Y6MA 5P8GA 4J1IA 2AOGA 3NXNA 1BILA 1MSNA 3DV1A 5P0JA 4DI2A 5P5OA 3T3CA 1KJ7A 5OZYA 3PWMA 4QJ2A 4D88A 5OZZA 2IL2A 5P6TA 5P29A 5P38A 1AAQA 4I8ZA 3PSGA 3VLBA 2BJUA 1D4IA 5P0DA 1IZEA 5P7CA 1T3RA 3FX5A 5OZ1A 1FEJC 5P40A 2G1NA 2B8VA 3ER3E 3O9LA 5HU1A 5P5MA 4ER1E 1XE5A 1B6KA 2P3BB 4Z22A 5OYVA 4QJ6A 3PSUA 5P3BA 3DOXA 5P6DA 1MEUA 3OQ7A 2ANLA 3EC0A 2CEMA 4R92A 4ER2E 5P62A 1GNOA 5OZSA 5P64A 2O4PA 1SH9A 4DFGA 5P4CA 1AJXA 2FDDA 5P0XA 5OZPA 2ASIA 1W6IA 4DJRA 5P3DA 4Y56A 1KJ4A 5P8HA 1W5VA 5P2FA 2R38A 3ZKIA 3OUCA 4F73A 3ZPUA 2P8HA 1HPOA 5P51A 4OBZB 5P6YA 2OHPA 3OU4B 3IXKA 5DPZA 1HVJA 3VF5A 5P44A 1IBQA 5AH6A 5P2RA 5P5RA 4Y4XA 4B1DA 1SMEA 4Q5MA 4FLGA 2ZGAA 4I12A 5OZ2A 5KR2A 3IGBA 5P42A 1LV1A 2V16C 3RTNA 3LZYA 1G6LA 3EL1A 3S7LA 5OZ8A 5HVPA 1ODWA 4YCKA 1FQ6A 1BV9A 4NJSA 2NXLA 1ZBGA 3GGVA 2IENA 3APRE 3VG1A 2ER6E 3KFSA 2V11C 3K5CA 4GJCA 1A8GA 4YHQA 4ZLSA 5P6MA 3UDRA 3L3AA 5OZ7A 1GNMA 5P2GA 3L5FA 1FQXA 1GVUA 3OXXA 3I2LA 5I3WA 3SM2A 2QZWA 2OHTA 5P6OA 1K6PA 4HE9A 2QD7A 5P84A 1F7AA 5P88A 2JYSA 5P0TA 5P65A 1W6HA 3T7XA 3UQPA 4FRSA 1MT7A 3PI5A 5P1RA 4Y38A 2I4XA 3ST5A 1UH8A 4AZYA 2PH8A 3LZVA 5P5AA 3EKPA 5P7KA 1MT9A 3PI0A 5JFUA 1OHRA 4RGHA 2NPHA 1DP5A 3BVBA 2ZHTA 3S85A 2PH6A 5P85A 5P2XA 2AVSA 2O40A 5P1NA 1JLDA 3ZKSA 5P3RA 1ZTZA 2PMAA 5OZBA 1CPIA 5P57A 3LHGA 5P3XA 2QMPA 4Y3MA 5AHCA 3R2FA 1HTFA 3DK1A 3OXCA 3VFAA 3RTMA 5P7AA 5OYWA 1XDHA 3KT5A 2ER0E 1AJVA 5P54A 5DQCA 5BWYA 5P0IA 2XFKA 3FNSA 4Y3JA 5OZTA 5P2SA 3PWWA 5OYSA 2F81A 2HPFA 3Q6YA 4YOBA 2VKMA 5P2IA 3OGQA 3SO9A 5P43A 5I3YA 1MRXA 5P7YA 4EYRA 3L58A 5COPA 1D4JA 4QGIA 4Y3ZA 5OZCA 5OZ9A 2VA7A 4BEKA 2AOJA 2PWCA 5AH7A 1YM2A 3VCMA 1W50A 3INEA 3RSXA 5P5UA 5I70A 3NDXA 5P7VA 1ZPAA 3T11A 2WEAA 1LS5A 4K4RA 2UY0A 4YD7A 4BELA 3D20A 5P2DA 1EBYA 3OOTA 3MWSA 5P2UA 5P6VA 5P0CA 2JJIA 2VJ7A 4A6BA 2Q3KA 3VSWA 1TZSA 4GJ7A 5P4EA 1Q9PA 3PJ6A 3NDWA 5P1TA 5P45A 4NPTA 2AIDA 4J55A 3UDJA 7UPJA 2V10C 3IVHA 3FV3A 4LBTA 4ZEAA 1W51A 5P0WA 5P0FA 4Y35A 2O4SA 5OZUA 3FKTA 5HDUA 3BGCA 3UDNA 3CYXA 3S43B 2IGYA 5KQZA 2QI6A 1VIKA 5IE1A 3OXVA 5DQ2A 5P0VA 3MSKA 4BFDA 4DQGA 2WF3A 5P1PA 3VEUA 3TPRA 5OZGA 5P2MA 1D4HA 5E5KA 2I4QA 1IZIA 4TVHA 1T6GA 4Y4BA 3DJKA 2QI5A 5IVQA 4Y50A 4Q1YA 4DH6A 4APEA 2FNTA 1GVTA 2RKGA 4HVPA 4GJDA 3ZKNA 2AOHA 4EJKA 1DMPA 4XX3A 2BB9A 1MTBA 5P5GA 5JG1A 1HVRA 5P66A 4APRE 3BGBA 4Z50A 3NUJA 5IVRA 4I1CA 3TL9A 5P4UA 5UPJA 2PWRA 3IVIA 3L5DA 1FIVA 4JECA 3Q5HA 1ODXA 5JODA 5P2ZA 2ZJLA 4Y4ZA 2IGXA 3KMXA 2NTRA 3L5BA 5HD0A 2G24A 2Q55A 5BS4A 1OEWA 3VSXA 1DPJA 3I8WA 3QVCA 5P2BA 5SZ9A 1EAGA 4YOAA 1Z8CA 2ZHRA 1G0VA 3TNEA 4FSEA 5P5JA 1AVFA 4FL8A 5P24A 4Y9WA 5P67A 3ZPSA 3NYGA 4KE0A 5DR1A 5P0NA 4F76A 5P7IA 1B6PA 5P3YA 3UDQA 3TKGA 1AM5A 4YD3A 5P3UA 3HBOA 1PPME 3GI6A 2QI4A 3UDKA 2OHUA 2FXEA 3R1GB 1YTHA 4GMIA 2J9JA 4Y5BA 3NDTA 2AQUA 2FGVA 3ECGA 1B6MA 3B7VA 2QP8A 3EKVA 5OZ3A 1MVPA 1OEXA 1EPME 1EPPE 4QJ9A 5P53A 3OQAA 2QNQA 2AOEA 3NU3A 4R91A 1HVCA 5OZOA 4HDBA 4FM8A 1K1TA 3KDBA 4OD9B 5P0GA 5KR1A 1G2KA 3FNUA 1UPJA 4D8CA 3OADA 3UTLA 1T7JA 3PHVA 5P1QA 1MRWA 3S53A 3NWXA 2R8NA 2VNNA 4ACXA 2WF0A 3CMSA 5P56A 5P5YA 5P11A 4LC7A 5P78A 2OHLA 1W5YA 3EKYA 5P2AA 2HPEA 1SIVA 3TTPA 2G22A 1F34A 4Z2ZA 3LIQA 3OY4A 4B1EA 4I0GA 2R9BA 1MSMA 2V00A 5P5ZA 3RU1A 6UPJA 3U7SA 5P5FA 1K6TA 1AZ5A 4R5NA 4DUSA 2G1YA 3O9EA 4HDPA 5KQYA 2IRZA 4K4QA 4DQCA 4MC1A 3VFBA 4OBDA 1GVXA 3HLOA 2PC0A 5SY3A 5P7BA 5OZJA 5P79A 3PRSA 5P4PA 3EKQA 5P28A 3LIVA 5P2CA 4DJQA 1LYWA 5P55A 4GJ8A 3Q3TA 5P7SA 5ISKA 3EM3A 2BPZA 4KB9A 1AIDA 5P4DA 3VUCA 5P3VA 5ENMA 4DJWA 4Y3GA 4Y3HA 4ZIPA 5P72A 1SDVA 4CPQA 5P58A 3QI1A 2WECA 1CMSA 3U6AA 1LZQA 2AVMA 5P7JA 3OUDB 3R0WA 2A1EA 3HAWA 4Y45A 3KYRA 4ZE6A 4Y3TA 4Y4JA 5P8OA 1BDRA 5AHBA 4M8XA 5IVSA 4RVJA 5ER2E 3C9XA 3LIZA 3UDHA 5P6HA 2XFIA 4K9HA 5APRE 5P0YA 3O9IA 1VIJA 5P17A 3TH9A 2WHHA 5KQFA 5P7DA 2RENA 2AVVA 1E5OE 5P8SA 1DAZC 3ZLQA 5P6SA 1BXOA 3S56A 4ER4E 1A9MA 3NWQA 4J5JA 5OZMA 2VA6A 3FSMA 1QDMA 3DM6A 4OBFA 3PEPA 2ZJNA 2RKFA 5P6NA 3T7PA 4UPJA 5PEPA 3LITA 5P3FA 4LXAA 5P8QA 4FIVA 3H0BA 5P87A 2I4UA 1SDUA 4GJAA 1K6CA 5OYRA 3O9GA 4HLAA 1UH7A 2R43A 5P6EA 4RCDA 2VNMA 5HDVA 2QCIA 4EJ8A 4J0VA 2G69A 3T6IA 5P3EA 5F01A 2OHRA 3PBZA 5P6CA 2V13A 4Y5EA 4OC6A 3PSYA 3SKGA 1FLHA 2BQVA 5P7QA 5P8KA 5P2OA 5P8LA 3B80A 4RLDA 5KAOA 4LXMA 4JOOA 4DJOA 2XYFA 1QBRA 3QBHA 5AH8A 1BXQA 5P34A 3HVPA 1TQFA 5P3NA 5HCOA 1PROA 4PZWA 1HEGE 4NKKA 3NSHA 1LYAA 1Z1HA 4Y4UA 5P2EA 5P32A 4XKXA 3EKTA 5P6QA 3NUOA 4CPUA 2HC0A 2HAHA 1ODYA 2AODA 5P6FA 3CICA 3UQWA 4NJVA 3SA7A 2F8GA 3APPA 1ZAPA 4ZPGA 4D89A 3QIHA 4A6CA 1C6YA 2IDWA 3GGAA 4EJDA 4Y3PA 3I6OA 2HB2A 1CZIE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HXW A;  4EP3 A;  2SAM A;  3UPJ A;  3I25 A;  5P6Z A;  5P4A A;  3S2O A;  5P1K A;  2QHY A;  3BUF A;  5P89 A;  5P1D A;  4GID A;  2HM1 A;  3EL4 A;  2B60 A;  1GNN A;  5P03 A;  1U8G A;  5P1B A;  4EXG A;  1BAI A;  1LYB B;  1GVV A;  4QJA A;  3OU3 A;  5P8I A;  2PQZ A;  5P0P A;  5DR8 A;  2NXD A;  3MSJ A;  4L1A B;  5P4X A;  4RYC A;  5P4Y A;  4J0Y A;  5P5N A;  5AGZ A;  4FCO A;  5HDZ A;  2VJ9 A;  4FSL A;  3OUD A;  4Y5P A;  5ENK A;  4DQF A;  1LEE A;  1TSQ A;  3UDM A;  1ZP8 A;  3LPK A;  4Y54 A;  1ZPK A;  1FFI C;  5OZK A;  1RQ9 A;  2FLE A;  4RCE A;  3ZOV A;  2OHQ A;  3R0Y A;  4R95 A;  3TKW A;  4HA5 A;  1GKT A;  3OXW A;  2QMG A;  5P8B A;  4GJB A;  4YBI A;  2P3B A;  3D1Z A;  4Q1N A;  2ZJI A;  2ZJH A;  1D4L A;  3OAD B;  2NNP A;  3D1Y A;  2R3W A;  5P2H A;  2QU3 A;  5P4W A;  3GGU A;  4U8W A;  4EPJ A;  5DQ1 A;  3K5F A;  2ZJJ A;  3JVW A;  5P3P A;  4PZX A;  3HW1 A;  3VLA A;  2QI3 A;  5P5X A;  5P7W A;  5P5T A;  5P4L A;  4EP2 A;  4NPU A;  4Y43 A;  4ZSR A;  4B70 A;  3ZKG A;  4KUP A;  2RSP A;  5P3I A;  2QHC A;  2WED A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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