4Y4UA

Endothiapepsin in complex with fragment 14
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4uA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4uA01
1HXBA 2AVVA 4KB9A 3PRSA 4EXHA 3VSXA 3T6IA 3BHEA 2ZJJA 5P6DA 4DI2A 3S45A 1DIFA 4R91A 5P1DA 3S43A 3K5CA 1GVXA 2P83A 2QMDA 5P3JA 3TTPA 4R5NA 3BC4A 5P1NA 1CPIA 4FM7A 2WKZA 4FE6A 1BVEA 1HBVA 5P3IA 2VIZA 3SA3A 3L38A 3D20A 2I1AA 5P3HA 5P27A 1TZSA 5OZKA 5HU1A 2MIPA 1NH0A 4Y3EA 2XFJA 4Q1XA 3SKGA 1VIJA 3OQFA 4J0PA 5P2VA 4APEA 5KR0A 2JE4A 3T7QA 3NDXA 3UFLA 5P7OA 5OZGA 5OZ7A 5P7JA 4I12A 3NU6A 4QJ6A 2QZLA 4ZPFA 5P8PA 1DW6C 4RVJA 3O9FA 3LIQA 4LL3A 3EKVA 5P51A 5P43A 1YTIA 5P5AA 3MSKA 1B6LA 3OU1A 3NUOA 4RZ1A 4Y5CA 1MTRA 5OZJA 4Y5MA 3OU4B 5P2OA 4BFDA 4JPEA 5P0YA 5OZNA 4Y3PA 5P5VA 3NDTA 3FIVA 1RQ9A 2XFIA 4FRSA 4RCDA 5HDZA 3L5FA 2I4XA 3OGQA 4FCOA 1HTGA 1EC3A 1UH9A 5COKA 1APWE 1D4JA 3TH9A 5P6EA 4F74A 4DJOA 5P8MA 4Y37A 1LYBB 3KMYA 4FS4A 1YTGA 5P07A 5P4XA 8HVPA 3Q70A 3GGAA 1XN3A 1T7IA 1T3RA 3KYRA 5OZTA 1QS8A 4OBFA 3WB5A 5OZ9A 3JW2A 1EPLE 1DP5A 5P5NA 1LF3A 3QBFA 1E5OE 5OYRA 4NKKA 5P4OA 3UDYA 4FM8A 3EL5A 5P7WA 3LITA 2G69A 3NDUA 4CMSA 4GYEA 4YD5A 4Y50A 5P6HA 3B7VA 2WF0A 3IVHA 5P4WA 1BDRA 5P1AA 5JODA 4YD7A 1TQFA 2O4KA 4N00A 5P03A 2RENA 4Y3AA 4FRJA 1E80E 5P7RA 4Y56A 5OZWA 3CYXA 5P5JA 2ZYEA 1Q9PA 1OHRA 3EL9A 5AGZA 4XKXA 3HVPA 5P5BA 2NTRA 5P5GA 9HVPA 2G22A 3PBDA 5P6QA 1SMRA 2NXMA 2QI1A 5P0UA 3ST5A 3UFNA 5P59A 2QI5A 1OEXA 4HVPA 5OYYA 1D4IA 2VIYA 3UF3A 3OXXA 3LHGA 1NPWA 2RSPA 3MSLA 5ENKA 2FS4A 3L5EA 4Y4AA 5P3FA 3JVYA 1MTBA 1OD1A 2QAKA 1FF0C 1EC2A 1IZDA 1EBKC 1SP5A 5P7DA 5P16A 1D4YA 5C9BA 5AHBA 5P2JA 4H3IA 1MSMA 5P8OA 5P0HA 5P00A 5P01A 4ER1E 1QBSA 4ZLSA 5P56A 4Y4GA 1GVTA 2OAHA 4DUSA 3PWWA 1GNMA 1ODWA 3EBZA 2AOGA 3R0YA 2QI3A 5SXNA 2R5QA 3M9FA 5AH8A 5P33A 4TVHA 2FDDA 2PSUA 2PH6A 2PK5A 2HIZA 3ZKIA 3UQXA 1D4LA 5BS4A 3FSMA 5P84A 2F80A 3TKWA 4F75A 5P89A 5I3YA 5P7TA 4HLAA 1WKRA 5P5ZA 3CKRA 2WL0A 3NYGA 4YD4A 3U6AA 1M0BA 3PSGA 3UPJA 1TCXA 1RL8A 5ISKA 5P13A 5P6NA 4Y36A 3WB4A 3GI0A 2ER0E 2QMPA 1B5FA 3VFBA 5CLMA 5OZ0A 3LZSA 2FGVA 3Q6YA 1IDAA 3WZ8A 1HVSA 5P1XA 1A8GA 4DJVA 4ZPGA 1PPKE 5DR1A 3VYFA 3OGPA 2SAMA 2FMBA 1B6JA 2VIEA 1MT8A 4I0IA 5P2SA 3EL0A 2PK6A 5P7KA 3AUPA 3INHA 4YCTA 4YDGA 5P63A 5E5KA 2HB3A 5OZ4A 3MSJA 2ZJIA 4Y5KA 5P29A 4J17A 5OYSA 5P2ZA 3Q4BA 1FMUA 5HCOA 3ZPTA 4Y41A 5P17A 4MC6A 3SFCA 3UDNA 4Y5GA 3EKTA 3EC0A 4CPRA 2PWCA 4B05A 5P4BA 4J1FA 5APRE 3K5GA 4L7JA 4Y4XA 2P3AA 1OEWA 4PEPA 1C6ZA 4BFBA 5IE1A 3NWQA 5P0RA 3PCZA 4I0DA 3I25A 4Y3MA 5P32A 2QZWA 5P6PA 1F7AA 3L5BA 3EL1A 3ZKQA 4FIVA 5P3WA 3DJKA 3RVIA 5P06A 5OZQA 5P8UA 4EQJA 4ZE6A 2A4FA 5P1WA 5CONA 5P2GA 1MT9A 4R95A 5OZRA 3PLLA 4DQFA 3HVGA 1AVFA 5AH9A 2VIJA 5P5XA 5P78A 3NUJA 1PSAA 3BXSA 5P3NA 4APRE 3TKGA 3CKTA 1EPPE 2Q63A 4Y4BA 4GMIA 2ER9E 5P7EA 5P5KA 5P53A 5P2DA 4AA9A 2V13A 4Y3WA 2JXRA 5OZZA 1HWRA 3OU3A 2ER6E 5FIVA 3IA9A 5DQ4A 5P3KA 4DJWA 5P0EA 5OZCA 5P81A 5P4MA 1SGZA 3R0WA 3LZUA 5P4RA 4ER2E 4J1EA 2OHUA 1MEUA 1HXWA 4LXMA 1IZIA 2P3CA 5DQCA 4DV9A 5OZXA 1HPSA 5P72A 2QMFA 3G6ZA 1BVGA 3KF0A 3S43B 2P4JA 2OHQA 5P62A 1HHPA 4A6CA 5OYTA 4AZYA 5P70A 4Y3NA 2FIVA 3QRMA 5DR4A 4U7VA 1T6EX 5P24A 5P77A 3I6OA 3UDRA 2ER7E 4JPCA 4Y35A 1FKNA 2ZHTA 3NXNA 2WHHA 5P0MA 5P4LA 1ODYA 2AOFA 1APUE 2Q3KA 4WY1A 1ZPKA 5P1TA 3L59A 4Y4UA 5P0ZA 1HPXA 1HEFE 3VV8A 4B70A 5OZ6A 5P85A 1UH7A 3OK9A 4KE1A 4CPUA 5P79A 5P0CA 4Y47A 5OYZA 1LF2A 1B6KA 1YX9A 2WF1A 3HD8A 1ZPAA 3OU1B 3OXCA 5P8RA 3BXRA 4XX4A 1HVLA 4TRWA 2IDWA 1FMXA 5P66A 4FAEA 5P3TA 4EJKA 4BELA 1EBYA 5C9DA 5P6LA 2ZJNA 4HEGA 3VF7A 5JFUA 4RYCA 5P73A 1KJFA 4J55A 4EXGA 4Y4DA 4GIDA 5P8AA 5KQXA 5P1UA 5OZUA 1D4SA 1K2BA 4Y5NA 2IKUA 3ZOVA 1HVHA 5P1HA 5DR3A 2O4LA 4Y3TA 5P6UA 1TSUA 1KJ7A 5P5IA 5P0DA 4DQCA 4I10A 2G26A 2V12C 4DQGA 4Z22A 3VEUA 3PBZA 3R4BA 2VNMA 3GI5A 3R2FA 3H0BA 4Y4EA 4PPHA 5P49A 1T6GA 1IZHA 4QJAA 5P3YA 1FB7A 5P2MA 5P8GA 5P8QA 1TCWA 3OUBA 1GVUA 2Q5KA 2OHMA 3KDDA 5P23A 5P2IA 1A8KA 5P68A 2QD7A 1RV7A 4RCFA 3HZCA 4RVIA 3CIDA 4J1CA 4ACXA 3NU9A 1D4KA 3SM1A 1W5XA 2V0ZC 4OC6A 1SGUA 1FG8C 1W51A 3EM4A 1PPME 4Z4XA 5KQZA 3UHLA 1XE5A 2BBBA 4CKUA 5P1PA 3DCRA 5OZ1A 2OHTA 3OQAA 1ZLFA 1MRXA 5P4PA 5P1LA 4DPIA 5P6TA 2R5PA 3SACA 4OD9A 2J9KA 5HTZA 5P8IA 4DQHA 4B1EA 4HDPA 4CPQA 1FGCC 5P37A 3QVIA 1KZKA 2NR6A 3N4LA 3LIVA 1BILA 2JYSA 3DOXA 2ZE1A 5P74A 5P5TA 2R3TA 5JFPA 5P8JA 5P0BA 5P36A 3VYDA 4YOBA 1U8GA 4Q5MA 5T4SA 3OOZA 5P05A 3APPA 4EJLA 5P30A 4COEA 2Q55A 2VJ9A 5P47A 5P2EA 5P6SA 3K1WA 3PCWA 2ZHUA 1MERA 3KA2A 4YCKA 2PSVA 2VJ6A 5AHCA 1FEJC 5P4JA 5P34A 3BRAA 5P67A 4Y4WA 2ZJKA 5I3VA 1QDMA 2Z4OA 4JECA 4B00A 4QJ2A 3G70A 3U71A 2IQGA 1APVE 4I0ZA 1XDHA 5P3PA 3OXVA 1M4HA 1SDUA 1W6IA 4NJVA 1KJGA 5P4GA 3ZKMA 3DK1A 1WBMA 4F76A 1BDLA 3S7LA 2HC0A 4RRSA 1C70A 3NU3A 5P55A 2VJ7A 4QLHA 3EKQA 2QNQA 5P6GA 3LIXA 1K1UA 5P12A 3URLA 2OF0A 3PSYA 1B5FB 1PROA 4AUCA 5P7CA 4Y45A 2OHLA 4RYGA 4NJSA 1C6YA 4Y5BA 1NPVA 4ZPEA 1PPLE 2Q15A 3SA5A 3LZYA 5E5JA 1MIQA 5P04A 5KQYA 4Y9WA 2G1YA 4GJCA 4GJBA 3O9GA 1LS5A 2WEBA 3ECGA 5I3XA 2FGUA 2ZJMA 4Z2ZA 5P7FA 4E43A 5HE4A 3EXOA 5P41A 1QRPE 5P45A 4Y38A 2QHCA 3MXDA 5P4VA 3EM3A 2HM1A 3SKFA 1PSOE 4EJ8A 3T3CA 2B7ZA 5P54A 3DV1A 4HZTA 3TLHA 4YBFA 1MUIA 5J25A 3GI6A 3Q5HA 5P4KA 5COOA 5OYVA 4Y3GA 3WZ6A 3FNUA 5P5WA 5P3OA 3OQ7A 3QBHA 4MC9A 4JP9A 5P26A 2ZHSA 1HSIA 1G6LA 5DR8A 1HTEA 5P0WA 3KDCA 4Y54A 2R9BA 2AIDA 1MRWA 4ZIPA 1IVQA 1GNOA 5OZPA 1MPPA 3BUFA 5P87A 2IRZA 5OZ5A 3OWNA 4R92A 2ZJHA 3O9EA 3ZPUA 4Y3QA 3INEA 2QI7A 2UXZA 3UCBA 4B72A 2I4DA 3VV6A 5P1OA 1BIMA 2RKGA 2IGYA 4LXKA 3TOFA 2PH8A 1A9MA 4Y3SA 3URIA 1HIHA 5P38A 3DCKA 5IVQA 2AZBA 5P48A 2RKFA 1HVIA 4FSLA 2OHRA 3KMXA 4CP7A 3PVKA 5P6IA 4Y3FA 4YA8A 2QI6A 2QP8A 3O9BA 4IVSA 3TPPA 5P7ZA 3KFRA 5P8NA 1K6PA 3PB5A 1EAGA 2AQUA 4FGXA 2G1NA 4WTUA 5P8BA 3TNEA 3TPJA 2OHSA 2QZKA 4A4QA 4Y3DA 5P1BA 5P42A 4EHCA 5OYQA 5F00A 5P4SA 1AXAA 3D91A 5P0VA 4CPSA 5P5CA 4Y5LA 3I8WA 4Y4ZA 5P0FA 1SMEA 2FNSA 5AH6A 5OZHA 4Y6MA 5OZYA 3QIHA 4I0EA 4I0JA 3O9CA 4K8SA 1HVKA 1HSGA 3GW5A 2I0AA 5HDVA 5F01A 1Z8CA 3OY4A 3WSJA 3BVAA 1YM2A 1AAQA 4Q1NA 1XS7D 1LYWA 4U7QA 2B8LA 5P7IA 1LF4A 5P86A 4ZSMA 3KN0A 4GB2A 1RPIA 3S8IA 1SIPA 3IN4A 3O9AA 5P3XA 4XXSA 2BPWA 3CIBA 1HRNA 2WF2A 3JVWA 3LIYA 5I3WA 4ZSPA 3Q3TA 4IVTA 2G1SA 1K6TA 4HDBA 5ER1E 1HPOA 2QK5A 5P2KA 3S54A 3DUYA 1HOSA 1ZP8A 5P0XA 5P5RA 5P69A 4DJUA 3NLSA 5OZDA 1B11A 3OXWA 2FDEA 5P76A 1APTE 2QHZA 2G20A 2NMZA 3IGBA 2AZ9A 3OUCA 4Q1WA 3KT2A 5SY3A 2I4UA 2IKOA 3FNTA 5ER2E 3QROA 4FL8A 3PI0A 4D88A 3O9DA 4TRZA 1K2CA 3NXEA 4GZFA 5P0OA 4YOAA 3EKYA 2HB4A 1A30A 3O99A 5P18A 3OAGA 5P1RA 2BQVA 1MSNA 1LYAB 2WECA 2QMGA 4LXAA 3UQUA 3LZVA 1GNNA 3UDHA 4CPTA 2QI4A 2R38A 2AZCA 5P2WA 3QRVA 1DPJA 1BV9A 4HDFA 5P82A 4HA5A 3SPKA 4QJ9A 5OZBA 2BKSA 5P1JA 2VA5A 1K1TA 4OBJA 4NJTA 5P4YA 1EPME 5P0NA 5P1KA 3EKWA 4OC6B 3HBOA 5P7XA 4B1CA 5P8KA 5P7PA 5EZZA 5P5YA 5P6RA 5P0LA 4OBZB 5KR2A 5AHAA 1ZSFA 3L5DA 3ZPSA 2B8VA 2VKMA 5HDUA 1ME6A 4FSEA 2F3EA 4ZSRA 1FQ5A 5P0TA 1G2KA 4A6BA 5P6VA 3LNKA 2ASIA 5P2QA 3SA6A 5P58A 4OD9B 4Y44A 1YTHA 4GJ6A 1J71A 2BJUA 3HAUA 1ZJ7A 1HVJA 1PFZA 4PZXA 3O9LA 3LPIA 5EZXA 5HD0A 1TW7A 3ZKSA 4J0VA 4J0YA 5P3LA 4I1CA 2WEDA 4PZWA 4Y58A 1LV1A 4QJ7A 3VLBA 1SBGA 2IENA 3K5DA 2I4QA 4LC7A 4Y5EA 3ZKGA 2CENA 5OZMA 5P5SA 3QRSA 4YHQA 5P8TA 1ZAPA 3PM4A 5P46A 2WF4A 3UDPA 5P88A 1ER8E 5P2NA 2JJIA 2H6SA 5P4CA 3I2LA 2A1EA 4K4QA 2PWRA 5P39A 5P1GA 5P7LA 3GGUA 3UDJA 5P4QA 2O4SA 2IGXA 4EWOA 1FIVA 1C6XA 4OBDA 3O9IA 5P40A 3EL4A 5DR0A 1BWAA 4Z50A 5OZFA 3QS1A 4GJ7A 2HS2A 1ZSRA 3UDQA 4RROA 2HB2A 4Y4TA 3IAWA 5P3BA 3IXKA 4GJ8A 3RU1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HXB A;  2AVV A;  4KB9 A;  3PRS A;  4EXH A;  3VSX A;  3T6I A;  3BHE A;  2ZJJ A;  5P6D A;  4DI2 A;  3S45 A;  1DIF A;  4R91 A;  5P1D A;  3S43 A;  3K5C A;  1GVX A;  2P83 A;  2QMD A;  5P3J A;  3TTP A;  4R5N A;  3BC4 A;  5P1N A;  1CPI A;  4FM7 A;  2WKZ A;  4FE6 A;  1BVE A;  1HBV A;  5P3I A;  2VIZ A;  3SA3 A;  3L38 A;  3D20 A;  2I1A A;  5P3H A;  5P27 A;  1TZS A;  5OZK A;  5HU1 A;  2MIP A;  1NH0 A;  4Y3E A;  2XFJ A;  4Q1X A;  3SKG A;  1VIJ A;  3OQF A;  4J0P A;  5P2V A;  4APE A;  5KR0 A;  2JE4 A;  3T7Q A;  3NDX A;  3UFL A;  5P7O A;  5OZG A;  5OZ7 A;  5P7J A;  4I12 A;  3NU6 A;  4QJ6 A;  2QZL A;  4ZPF A;  5P8P A;  1DW6 C;  4RVJ A;  3O9F A;  3LIQ A;  4LL3 A;  3EKV A;  5P51 A;  5P43 A;  1YTI A;  5P5A A;  3MSK A;  1B6L A;  3OU1 A;  3NUO A;  4RZ1 A;  4Y5C A;  1MTR A;  5OZJ A;  4Y5M A;  3OU4 B;  5P2O A;  4BFD A;  4JPE A;  5P0Y A;  5OZN A;  4Y3P A;  5P5V A;  3NDT A;  3FIV A;  1RQ9 A;  2XFI A;  4FRS A;  4RCD A;  5HDZ A;  3L5F A;  2I4X A;  3OGQ A;  4FCO A;  1HTG A;  1EC3 A;  1UH9 A;  5COK A;  1APW E;  1D4J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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