4Y4ZA

Endothiapepsin in complex with fragment 73
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4zA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4zA01
2PMAA 5P4OA 7UPJA 2OHNA 5P2FA 3INFA 5P6GA 4Y3GA 5P68A 3ZKQA 1E82E 1HVLA 2ZHSA 5APRE 2OHQA 4K8SA 5P6KA 4CPQA 4H3FA 2R9BA 1T7KA 1ZLFA 5P8PA 5P12A 2QI4A 2VIZA 5OZSA 1EPRE 1QBTA 4EP2A 2G1RA 4Y5EA 4EXGA 1HOSA 4Y5MA 4NPTA 3MXEA 5T4SA 5OZNA 5HDZA 2G1YA 2NXLA 3QVCA 3UDNA 1A9MA 1K2BA 2Q3KA 4Y4TA 1HIHA 4TVGA 3OADB 2NPHA 1RL8A 3L5DA 3PEPA 5P66A 3JVWA 2BQVA 5OZ1A 4ZPGA 5P5RA 1HVJA 3OQDA 1B11A 1FMUA 2O4LA 4OD9A 2MIPA 5P5GA 1T6GA 1TQFA 4RLDA 5P3SA 3RVIA 4Z2ZA 2ZHRA 3TOGA 3NU4A 1ZPKA 2ASIA 1SP5A 5P3CA 3JW2A 5P2BA 3UDPA 5P18A 5P25A 3H5BA 2G1OA 2XYFA 4HZTA 5P7GA 4RVXA 1D4YA 4HDPA 5OZBA 4FM7A 5P38A 5P78A 3VCMA 1HRNA 5P07A 5P71A 4Y53A 2PQZA 5P3LA 5P4NA 5HDVA 3OHHA 4Y58A 4YCTA 5P6JA 5ISKA 5HE7A 4ZSRA 3CKPA 1M0BA 3WSJA 4MC9A 4RZ1A 2QD6A 2AOCA 3BUHA 5OZUA 3PWMA 3IAWA 4J1FA 3QS1A 5P8LA 2CEJA 2QI6A 1IVPA 3UPJA 4DJWA 5P42A 5P65A 5ER2E 5P35A 3EL4A 5ENKA 1ZAPA 3UDQA 2OHSA 1MESA 4B1EA 1C6XA 5P6DA 5P1PA 3UQUA 4B1DA 2AZBA 2QI0A 3OUDA 5I3WA 3S7MA 5P8JA 4Y38A 3KF0A 4M8XA 2QP8A 2CEMA 5F00A 3WB4A 1BDRA 1HTFA 4Y6MA 5P7LA 1E81E 1G35A 4J1EA 4Y9WA 5OZAA 1LYWB 1QS8A 1HEFE 4GZFA 5P86A 1CMSA 3ZKIA 3D1YA 3JVYA 2ZJJA 3TL9A 1DPJA 3UCBA 2HIZA 5IVTA 4OC6A 2QMGA 1LS5A 1MERA 4HLAA 1FG8C 4J1HA 3PMUA 4Y3EA 5P7QA 2P83A 4YD5A 3PCWA 2B7ZA 3DV1A 4Y44A 3HVPA 2V11C 5I3VA 5P6XA 5KAOA 5JODA 4JP9A 2O4PA 1EPOE 5P6PA 5P1FA 4B78A 3CKTA 4Y3ZA 1EBWA 1LYBB 2P3DA 4K4QA 3S54A 2AOGA 2OHTA 5OZHA 2G21A 5P3XA 1EPPE 4EJLA 1NPWA 2QHYA 2QI7A 5P3UA 5P2JA 5P40A 4I0IA 5P51A 3ECGA 5P5AA 4RVJA 2AZCA 4J0ZA 1BV9A 2O4NA 3ZPTA 5IVSA 2FGVA 1EAGA 3OU4B 5P3BA 2NXDA 3HAUA 2Q64A 5OZYA 4FS4A 1XN3A 6APRE 3K1WA 5P7AA 1HWRA 5OZKA 4JPEA 4FGXA 5P1WA 5P5MA 1EC0A 5P8OA 1AJXA 1DAZC 1A94A 3GGUA 5P62A 1SGUA 5HU1A 3MSJA 2WEDA 1APUE 5P53A 4U8WA 2G24A 1SMEA 3Q4BA 3QPJA 5P77A 5P3AA 1PSAA 3NDWA 1IZDA 4FAFA 3HVGA 3L38A 5P55A 5P23A 2J9KA 3L59A 3BUFA 1T7JA 5P8UA 4FL8A 3AIDA 4J5JA 1DMPA 3DUYA 2ZDZA 4J54A 2AODA 4Y47A 5P1KA 4ZPFA 5OZ0A 2IENA 4Y4UA 3PVKA 1K6PA 2R3TA 5P63A 1AIDA 3S85A 1RPIA 5P56A 3NDUA 5P0CA 5CONA 1G2KA 5DGUA 1W5XA 2B60A 5OZ3A 3KFSA 4FRJA 5P32A 5SXNA 4M8YA 4Y5KA 5DR8A 4OD9B 5P3NA 1FLHA 4TVHA 5P7TA 4GJCA 5IE1A 5P5WA 2PK6A 4RCEA 2WF0A 1D4JA 2QZKA 5COKA 1YTIA 5P01A 5P17A 5P3HA 5FIVA 1YM4A 4KB9A 4CPSA 2CENA 4Y35A 1HSGA 3I25A 5P41A 5P6MA 4OBHA 2PSVA 5DGWA 3OTYA 2I4WA 4A4QA 5P3VA 3BGCA 4LP9A 3UDKA 3UDHA 3SA5A 3L3AA 1HPXA 5P4DA 1IVQA 5OZEA 5P1SA 5P2YA 2QI1A 4EQJA 3PSUA 4Y3NA 3ZKSA 1BXQA 1D4KA 4NJSA 3DV5A 3OGQA 2AVQA 4Y4BA 3QRMA 4Y43A 2APRA 5P26A 5OYUA 5OYXA 3SA6A 5KR1A 4JOOA 5P2HA 2V10C 3A2OA 5P7HA 1VIJA 2ZJLA 3PSGA 5P44A 5P11A 3VLAA 5P0NA 2G20A 5DQ1A 5P73A 1PFZA 4QGIA 3OUDB 5P5FA 3OTSA 4GJ9A 2Q5KA 5P4CA 2OF0A 3T7QA 3TNEA 5P4QA 4APRE 2WF4A 5P4ZA 3ZKGA 4Y3LA 4DQFA 3KYRA 2F3FA 1ZBGA 5P8DA 2QU3A 2VS2A 4Z50A 3FX5A 5P30A 5P0TA 4Q1NA 5COOA 4ZEAA 1UH8A 4OC6B 5P13A 3OXXA 3U7SA 1BWAA 1YX9A 3OQKA 1MT9A 2UY0A 1APTE 2V00A 3R0YA 4Y50A 4ZSMA 1GKTA 2ZHUA 4Y3WA 4PZXA 4L7GA 2V16C 3SM1A 1HIIA 2VIJA 5P0MA 3KFPA 4Z22A 3D20A 3O9IA 5P5CA 4AMTA 5P7UA 2F8GA 5P3FA 1QBSA 5P0IA 3INHA 1OD1A 1XN2A 6UPJA 3F9QA 2QNPA 4Z4XA 5P2EA 3UQWA 3AUPA 1Z1RA 5P3GA 1K6VA 5P6ZA 2G22A 1C70A 5DPZA 2HC0A 5E5JA 4R92A 3GI5A 2Q54A 4J0YA 4ZE6A 1SIVA 3TPLA 6FIVA 1F34A 4HA5A 4NJTA 5P5ZA 3UTLA 5P6CA 1G6LA 3VEUA 5P7KA 2Q55A 2PH6A 3NYGA 2FNSA 2NNKA 3ZOVA 4FRKA 5OZIA 3DOXA 4RGHA 2WEZA 2HS2A 4Y41A 1Z1HA 3PBZA 5OZGA 5IS4A 3HAWA 4HDBA 1LF2A 2HM1A 3O9HA 5P49A 4U7VA 3NSHA 5P19A 3RTNA 4H1EA 4YBFA 3OOZA 5P0KA 5BWYA 5P7EA 1LYBA 5P04A 2PH8A 1ZPAA 3SA3A 4J1IA 1LV1A 9HVPA 5P8HA 5HCTA 5P46A 4Y36A 5P75A 5SY3A 4Y5BA 4CPWA 5P1UA 4J0VA 3T3CA 5HD0A 3NXEA 3O9CA 1FG6C 3S53A 1BIMA 3LIQA 3IXJA 4I0GA 4NKKA 2FDPA 5E5KA 4DJVA 4EPJA 3PBDA 5OZJA 3L5EA 4DQEA 1FB7A 2FMBA 4DFGA 2NMYA 3LIVA 4Y3RA 3SACA 3OOTA 1FKNA 1LF4A 3VF5A 4Y48A 4B1CA 5P4YA 5P7BA 5AH7A 5P3PA 2FDEA 2HB3A 3ST5A 1XL2A 5P3JA 2FGUA 2R43A 5IVQA 2QNQA 1M43A 2PYNA 4D83A 1RQ9A 3VV8A 4YOBA 5OYSA 4I0HA 2AOHA 1HVSA 5P2NA 5P82A 3FKTA 5P67A 3BC4A 3U6AA 3D91A 4Y5LA 4Y54A 2AZ9A 3OUCA 3TPRA 3EKVA 5KQYA 5OYZA 5HTZA 3TOFA 3VYEA 5P6UA 4H3IA 5P39A 4I0ZA 3EXOA 1D4LA 1MTRA 5OYVA 5P8BA 4Q1XA 1UH7A 4TRZA 4Y5GA 5P6SA 5JFPA 2RENA 2OHPA 2WEBA 1HSHA 2QZLA 3TH9A 2F80A 3NUJA 4J1CA 1QBRA 5P6YA 1IZIA 5P74A 3H0BA 2G1SA 3UQXA 2Q63A 2PC0A 4U7QA 5P8VA 5P3OA 1BDLA 2AVSA 2VJ9A 5P5TA 1IBQA 5OZZA 5P47A 2QHCA 2BKSA 5P69A 2AVVA 2HS1A 3VSWA 5P4MA 5P0DA 3HZCA 5P8EA 4ER4E 3CMSA 4QJ6A 5P7OA 5P4RA 5UPJA 3VSXA 3LNKA 1BBSA 2RMPA 3O9EA 5P1DA 4DI2A 1GNMA 3D3TA 2OHKA 1G0VA 4YD3A 5P2OA 5OZTA 1EPLE 1PPME 3PGIA 2IGXA 5BS4A 5P5DA 4OBJA 4Y3XA 2I0DA 5PEPA 2XFIA 5AH8A 5P7ZA 2WEAA 1HVCA 2NNPA 3O9BA 5P2GA 3SKGA 5HDXA 2WECA 1ZJ7A 1SMRA 4YDGA 5P0OA 5JFUA 2FNTA 3EM3A 4DJPA 2A1EA 1HVIA 2BB9A 5P6LA 5P5XA 3TPJA 4DJYA 5P2XA 3QRVA 1GVVA 5P3TA 2JJJA 5OYYA 2I4QA 3LIZA 5SY2A 4Y4WA 3SKFA 1MEUA 3WZ8A 3NU9A 2BPWA 3WZ7A 4TRWA 3L5FA 5P7SA 3PI5A 2ZYEA 5P4XA 4Y3MA 5P54A 4EP3A 3T6IA 5KR2A 5P02A 3S2OA 2ZJIA 5C9BA 5P1VA 5P1LA 3EKWA 3FNUA 1APWE 4L7HA 2O40A 1LYAA 1T6EX 3M9FA 4GB2A 4Y3AA 3R1GB 3LINA 5P1HA 3C9XA 5P61A 1A8GA 4HVPA 5P43A 4DJOA 3NR6A 3BHEA 4GJAA 2HPEA 3I2LA 3UDMA 5P2KA 4H3JA 4D8CA 1HXBA 3NLSA 5P7CA 3UHLA 5P57A 3TOHA 5P5SA 5C9FA 1AVFA 4I12A 3IN4A 5P6IA 5DQ2A 5P2MA 3WB5A 3VF7A 5JG1A 2WF1A 5DR0A 1K6TA 2VNNA 5P03A 3UDRA 1EPNE 4CP7A 2B42A 4QJAA 3WZ6A 4DJRA 3RSXA 4I0DA 4RCFA 3OGPA 5P3KA 5P08A 1EEDP 1IDBA 5AHBA 4I0EA 3IVHA 4ZSQA 2QD8A 4XKXA 4OBGA 5AH9A 4YDFA 5P4KA 1TSUA 4WY1A 5P2DA 5P8FA 5P1AA 5P5YA 2VNMA 3VYDA 3RTHA 2OHUA 3Q70A 4ZIPA 3ER3E 5DR4A 1OHRA 1GVUA 1YM2A 2BPZA 5OYRA 3R4BA 5KQFA 2VIEA 3UDYA 1SH9A 5P6FA 3TPPA 4Y4XA 3L58A 5P8SA 3N3IA 4QJ9A 3NXNA 5P7JA 2VIYA 3S8IA 1NPVA 1D4SA 4YE3A 3GW5A 5OZRA 3KFNA 5P6VA 2P8HA 3GGXA 3EL1A 4EWOA 1PPKE 5P7XA 3DCKA 2I1AA 4LXMA 5KOSA 5P7WA 3PSYA 2RKGA 1BVEA 3SM2A 1HPSA 3DJKA 4A6CA 3OHFA 5OZVA 3KMXA 2NTRA 2I4DA 1C6ZA 2FIVA 5P4TA 4RRNA 1B6JA 1BV7A 3O9AA 2IRZA 3RSVA 1JLDA 5DR1A 5P5HA 3EM4A 2AIDA 4ACUA 3B7VA 1AAQA 3R2FA 5P15A 4UPJA 5P6QA 4L1AA 4RYCA 3I6OA 4GJ8A 1FFFC 5OZOA 5OZPA 4GYEA 3UF3A 3SPKA 4J1KA 4Y45A 5OZ8A 4DQCA 3T7XA 1NSOA 3QP0A 4FM8A 2AOIA 5P79A 4Q5MA 1D4HA 2B8LA 3QVIA 3OU3A 3BUGA 2FDDA 3LHGA 5P6HA 3NDTA 1CPIA 3KDCA 4HEGA 1BAIA 2AOFA 4GJ5A 2I4XA 5P16A 2VA5A 2I0AA 5KR8A 1DP5A 1B5FA 4DQGA 4AA9A 4Y4DA 5OZWA 1FQ4A 5KQXA 4OBDA 5P84A 4R8YA 2HB2A 3KA2A 3QBFA 5I3XA 3L5BA 4RROA 3LZUA 4NJVA 1K6CA 4Y5AA 5P3QA 2IS0A 4PEPA 5P5IA 5P3YA 3PI0A 5P5KA 3T7PA 1EC3A 4YD6A 5P2WA 2PWCA 5P8CA 5P4PA 4I0JA 1ME6A 3IXKA 5P5NA 5P76A 4RYGA 2ZJHA 1GNNA 5OZXA 1ODYA 2ER7E 4BELA 3K4VA 3OXCA 2P4JA 2Q11A 4GJDA 5P1EA 1ZSFA 3LPKA 3K5FA 1SGZA 3S43A 1TCWA 4Y3FA 3S7LA 5P52A 4LC7A 2F81A 1DW6C 1EBZA 5ENMA 3L5CA 2QCIA 2Q15A 5P6TA 3OQ7A 2AQUA 3SA7A 5BRYA 3SA4A 3K4VC 4YBIA 1T3RA 3INEA 5P33A 2H6SA 1LYAB 5P5PA 4LXAA 2FLEA 4L7JA 2NMZA 5P0QA 3NWQA 5P1OA 3G6ZA 4DJUA 5TOLA 2UXZA 5P8NA 1EPQE 5P50A 3OAGA 5DQ5A 5P8QA 1N49A 1W50A 2RKFA 3KM4A 1KJFA 5KOQA 1SDUA 4YCKA 4DJQA 5P70A 5P1MA 5P6EA 3K5CA 5P1JA 5P4VA 1DIFA 3CIBA 5OZ9A 1C6YA 5EZXA 4I10A 5I3YA 3UFLA 4KUPA 2PYMA 2QD7A 4OBZA 2WL0A 5P4SA 5B18A 5DQCA 5P05A 3K5DA 4Y3PA 2G27A 1YTHA 2QU2A 5P5OA 1MRWA 3OY4A 5P28A 2OHRA 2XFJA 5P6NA 5P2ZA 3OQAA 1IZEA 3NU5A 5P8RA 5P0HA 5P0FA 3S45A 4GJBA 3PLDA 5OZLA 3HDKA 5P0EA 3I7EA 2VKMA 1W5WA 4FRSA 5P80A 1D4IA 2HPFA 5F01A 4ER1E 5P2TA 3LIYA 4A6BA 3QI1A 4Y4ZA 1YG9A 5P0YA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PMA A;  5P4O A;  7UPJ A;  2OHN A;  5P2F A;  3INF A;  5P6G A;  4Y3G A;  5P68 A;  3ZKQ A;  1E82 E;  1HVL A;  2ZHS A;  5APR E;  2OHQ A;  4K8S A;  5P6K A;  4CPQ A;  4H3F A;  2R9B A;  1T7K A;  1ZLF A;  5P8P A;  5P12 A;  2QI4 A;  2VIZ A;  5OZS A;  1EPR E;  1QBT A;  4EP2 A;  2G1R A;  4Y5E A;  4EXG A;  1HOS A;  4Y5M A;  4NPT A;  3MXE A;  5T4S A;  5OZN A;  5HDZ A;  2G1Y A;  2NXL A;  3QVC A;  3UDN A;  1A9M A;  1K2B A;  2Q3K A;  4Y4T A;  1HIH A;  4TVG A;  3OAD B;  2NPH A;  1RL8 A;  3L5D A;  3PEP A;  5P66 A;  3JVW A;  2BQV A;  5OZ1 A;  4ZPG A;  5P5R A;  1HVJ A;  3OQD A;  1B11 A;  1FMU A;  2O4L A;  4OD9 A;  2MIP A;  5P5G A;  1T6G A;  1TQF A;  4RLD A;  5P3S A;  3RVI A;  4Z2Z A;  2ZHR A;  3TOG A;  3NU4 A;  1ZPK A;  2ASI A;  1SP5 A;  5P3C A;  3JW2 A;  5P2B A;  3UDP A;  5P18 A;  5P25 A;  3H5B A;  2G1O A;  2XYF A;  4HZT A;  5P7G A;  4RVX A;  1D4Y A;  4HDP A;  5OZB A;  4FM7 A;  5P38 A;  5P78 A;  3VCM A;  1HRN A;  5P07 A;  5P71 A;  4Y53 A;  2PQZ A;  5P3L A;  5P4N A;  5HDV A;  3OHH A;  4Y58 A;  4YCT A;  5P6J A;  5ISK A;  5HE7 A;  4ZSR A;  3CKP A;  1M0B A;  3WSJ A;  4MC9 A;  4RZ1 A;  2QD6 A;  2AOC A;  3BUH A;  5OZU A;  3PWM A;  3IAW A;  4J1F A;  3QS1 A;  5P8L A;  2CEJ A;  2QI6 A;  1IVP A;  3UPJ A;  4DJW A;  5P42 A;  5P65 A;  5ER2 E;  5P35 A;  3EL4 A;  5ENK A;  1ZAP A;  3UDQ A;  2OHS A;  1MES A;  4B1E A;  1C6X A;  5P6D A;  5P1P A;  3UQU A;  4B1D A;  2AZB A;  2QI0 A;  3OUD A;  5I3W A;  3S7M A;  5P8J A;  4Y38 A;  3KF0 A;  4M8X A;  2QP8 A;  2CEM A;  5F00 A;  3WB4 A;  1BDR A;  1HTF A;  4Y6M A;  5P7L A;  1E81 E;  1G35 A;  4J1E A;  4Y9W A;  5OZA A;  1LYW B;  1QS8 A;  1HEF E;  4GZF A;  5P86 A;  1CMS A;  3ZKI A;  3D1Y A;  3JVY A;  2ZJJ A;  3TL9 A;  1DPJ A;  3UCB A;  2HIZ A;  5IVT A;  4OC6 A;  2QMG A;  1LS5 A;  1MER A;  4HLA A;  1FG8 C;  4J1H A;  3PMU A;  4Y3E A;  5P7Q A;  2P83 A;  4YD5 A;  3PCW A;  2B7Z A;  3DV1 A;  4Y44 A;  3HVP A;  2V11 C;  5I3V A;  5P6X A;  5KAO A;  5JOD A;  4JP9 A;  2O4P A;  1EPO E;  5P6P A;  5P1F A;  4B78 A;  3CKT A;  4Y3Z A;  1EBW A;  1LYB B;  2P3D A;  4K4Q A;  3S54 A;  2AOG A;  2OHT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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