4Y51A

Endothiapepsin in complex with fragment 52
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 88
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y51A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y51A01
4HA5A 4BFBA 5P7JA 4EJKA 2Q15A 2QHZA 1G0VA 3DK1A 4A6CA 1MTBA 4J1EA 5IE1A 2HPEA 3VV7A 3OUDB 5P0DA 3OGQA 5P2LA 3T7PA 2FLEA 3MWSA 1NSOA 1RV7A 2B7FA 3EM3A 5P1JA 2R43A 3EL4A 2VIZA 5I3YA 1EBKC 1LZQA 3PWMA 3RU1A 1LYBB 3QI1A 5UPJA 2PK6A 5P1OA 2ZJMA 1IDBA 3NDWA 2I4XA 2R8NA 5P0HA 1C70A 3I8WA 2FNSA 4HEGA 5P25A 2OHMA 4NJTA 1GVVA 1RPIA 5OZ7A 3S56A 5P3QA 4AUCA 5P2OA 3PSUA 3S85A 1EAGA 3LPKA 4L1AB 5P6PA 5P6GA 5P00A 4EYRA 5P4XA 3I2LA 5P4MA 2HS1A 1FF0C 5P65A 4B78A 2UXZA 5CONA 5P28A 3EXOA 2H6TA 3OWNA 3HVPA 5P86A 3VEUA 1HPVA 2BQVA 5P39A 4D85A 4YD7A 1TZSA 3URIA 1MEUA 2ZDZA 3TPPA 4Y3AA 4GJ6A 5P6OA 4H1EA 5P5KA 3D1ZA 1KJGA 5P30A 3D1YA 2ZHUA 5P1HA 1LYAB 1D4YA 3EKPA 4FAEA 3EBZA 4PPHA 2BKSA 5P05A 3Q5HA 5P6FA 1HOSA 5P0BA 2I4DA 2I0AA 4YOBA 1E80E 4XX3A 4H3FA 5P6LA 5P8JA 5P77A 4XX4A 4Y3FA 3OADB 2AZ8A 3OHHA 3VV8A 2R9BA 3PHVA 3U6AA 2BPVA 5DGUA 2V12C 3T11A 1HXWA 1VIKA 5P1PA 2H6SA 2O4PA 3RTMA 1PSOE 4QJ9A 4I8ZA 4ZSQA 4OC6A 2PYMA 1MRXA 4KE0A 3SM1A 3AUPA 5P50A 5P3SA 1BBSA 4NJSA 2PH8A 5HU0A 5P22A 5P6MA 1W5XA 3UDYA 3WZ6A 1APUE 3TLHA 3OUCA 1ZPAA 4R8YA 5P1QA 5P5LA 5P24A 2BB9A 5APRE 4Y53A 3T6IA 3URLA 5P35A 2VJ7A 3QAAA 4Z50A 2Q54A 2CEJA 1W50A 4BELA 4F75A 4I0FA 1G2KA 4YDFA 4Y58A 5OZUA 5P6WA 1K1UA 4HDFA 4L7GA 5OZ8A 5KR0A 5P12A 4Y3SA 4Q1XA 4CKUA 2HM1A 2XYEA 5P6NA 2ZHVA 3B80A 2RMPA 5HE5A 1IDAA 2WKZA 3PCWA 5P8EA 5P2NA 4FCOA 4XKXA 5AHCA 3L5DA 1MTRA 1HVRA 2WJOA 1AIDA 5P1SA 5P78A 4AA8A 1EPQE 3SKFA 4OBJA 3I25A 5OYSA 1HVCA 4I12A 5P82A 2OHSA 2IKOA 1UH7A 3EC0A 5P10A 5T4SA 3TNEA 3AIDA 4DQFA 2AOFA 2BPXA 4Y3WA 4FAFA 3A2OA 3CKPA 1HPSA 1RL8A 2FDDA 3O9BA 1HIHA 1J71A 3VF7A 3UDKA 2G1NA 5P7KA 4Y3TA 4MC2A 3PSGA 4WY1A 3C9XA 1SGUA 5P0SA 3UQUA 4S1GA 2PWRA 4Y3GA 2O40A 5P1NA 1META 3HLOA 5P14A 3BXRA 4QJ6A 5OZMA 4YD6A 3EKWA 5ISKA 4B00A 5P7GA 4R92A 5P8SA 5P1LA 3KDDA 5OZWA 4WTUA 4MC9A 2QHCA 1GVWA 4ZSMA 1EBWA 5P2RA 2UY0A 5P1FA 5I3VA 3GI0A 1AXAA 3NYGA 1K6VA 3BVBA 1RQ9A 1SDUA 5CLMA 5P23A 5COOA 1YM2A 4RCFA 3Q4BA 3TL9A 5P4EA 5OZAA 1B6JA 1OEXA 4Y44A 4Y5PA 3LIZA 4EP3A 5P89A 3O9AA 5JODA 4GJ5A 5P4IA 3WSJA 3R4BA 4QGIA 3OHFA 3D20A 1EC1A 4I0DA 4LBTA 4RROA 3PB5A 2NMYA 4Y5EA 1HSGA 3ER3E 5P8DA 4Y4JA 3IVIA 2AZCA 2QI7A 3OU1A 5P29A 2PC0A 1HTEA 5OZFA 3L59A 1YTIA 2PSGA 4B72A 3SFCA 3DUYA 3T7XA 1AVFA 3IXKA 4Y3JA 2NNPA 2WF4A 5P0YA 1HRNA 5P55A 5P4HA 2G69A 1MESA 4KE1A 5P48A 4DV9A 1MVPA 3K4VA 4Y4ZA 2AOEA 1EEDP 3UTLA 5P4OA 2HB4A 2WEAA 4Y3QA 1FLHA 2AOJA 4CPXA 4Y3MA 5P6TA 1LF4A 7HVPA 2CEMA 4Y3XA 2QNQA 2WEBA 3VLAA 5I3XA 4CPSA 3LITA 3K5CA 1LYAA 1FMBA 2AQUA 2G21A 3QPJA 5P3VA 4I0EA 1F7AA 3CKRA 5P6UA 1FQ5A 4U7QA 1XL5A 1K6CA 1KJFA 2VS2A 1BWAA 3OQAA 1BIMA 4JP9A 3LIYA 3K5GA 4GIDA 5P2TA 5P38A 3U7SA 5P04A 3KFNA 4JPEA 3OADA 1BVGA 4EHCA 4GJ7A 2Q55A 3CICA 2OHNA 2VNMA 3TPJA 3D91A 1A8GA 4OBGA 4CPWA 2IKUA 1DW6C 4OBDA 5P13A 1GVXA 4RYGA 4J1FA 3EKVA 3JVYA 5P53A 5AGZA 4NJVA 4RRSA 3L58A 5P03A 4WY6A 2RKGA 5SXNA 1FFIC 2AZBA 2QI1A 4B1DA 4FM8A 2G1SA 5P1RA 4LXAA 2OHPA 2PH6A 1QBSA 1FG6C 2V10C 2ZHTA 1BAIA 3TPLA 2OHUA 1A30A 2P4JA 2ANLA 1E5OE 1PSNA 5P8TA 1YT9A 1QBRA 2QI6A 2XYFA 4FE6A 4R93A 1D4SA 3LIXA 3OGPA 4J5JA 5P8MA 5OZEA 3OXCA 4I0IA 5P52A 1FQ4A 4ZLSA 2O4KA 2OHTA 3UQWA 5P3NA 3S7MA 3INHA 4CPTA 1MT8A 3FSMA 4DI2A 5P6EA 5P31A 3LZYA 2QAKA 5P75A 1HEFE 5P2AA 5P1AA 3ZOVA 5P0VA 1LV1A 2IGXA 5P02A 5OZ5A 5BWYA 1ODWA 4ZPEA 2ZHRA 1IZHA 1ZJ7A 1FB7A 4Y45A 1K2BA 2JYSA 4FSLA 1HSIA 1KJ4A 2QP8A 3SAAA 1UH9A 2HS2A 1GKTA 1WKRA 2IDWA 4Y3LA 3UDMA 5P46A 3VF5A 5HDUA 3GI6A 3KFSA 4CPQA 3QVCA 3CMSA 4ZPGA 4Y3EA 5P1GA 1SIVA 5P18A 5P5CA 2V16C 1XN3A 5P6RA 4Y47A 1SH9A 2P3BA 3O9LB 3OAGB 4DVFA 3IXOA 3OXXA 4Y3YA 3PCZA 4GJ9A 5P4PA 5OZYA 5P33A 1IZEA 2QMDA 5P56A 4CPRA 3K1WA 4Z22A 1MSNA 3KMXA 3UDJA 2VKMA 3VF3A 1HPXA 1ZSFA 3FIVA 5P5IA 3EKQA 1T7KA 3F9QA 5DQ1A 5P3IA 5OYYA 5P5YA 5P2GA 4F74A 3ZL7A 4NPTA 5P6ZA 1BDLA 3G72A 2AOCA 3PGIA 4NJUA 1PSAA 9HVPA 5IVQA 4Y57A 1FFFC 3FNUA 4I0GA 3RVIA 4U8WA 5P2DA 1KZKA 5OZBA 5J25A 1YTJA 2RENA 2PWCA 1PPME 2HB2A 2FGUA 3IVHA 1F34A 3GI5A 4UPJA 1QBTA 4HDPA 1YX9A 3PEPA 1PROA 1T6EX 4HZTA 2ASIA 3S45A 3L5FA 5OZLA 4EJ8A 4L7JA 4ZSRA 1QS8A 5P8QA 1LF3A 2P8HA 2WF2A 4CPUA 3BGCA 2HIZA 5P3YA 4I0ZA 5P5AA 5P7WA 3LHGA 2F8GA 4Y50A 5C9FA 3LIQA 3TOGA 1YM4A 1D4IA 3O9IA 5P66A 5P2WA 5P1BA 3OXWA 1XS7D 2QMPA 1T7IA 5P7QA 4DQEA 3DOXA 2OHQA 3UQRA 2R5QA 4ZEAA 4J17A 5PEPA 1IZIA 3PM4A 3NDXA 1A8KA 5P88A 3Q6YA 4M8XA 1K1TA 3PBZA 2ZJNA 1Z8CA 5OZDA 4DJPA 5P0EA 1K6PA 4Y39A 5ER2E 5P2CA 5OZOA 4Y5LA 4EQJA 5P3KA 3EKXA 2AVMA 1MRWA 3BRAA 5P1WA 5P3CA 1EPME 5HDXA 4H3IA 1FQXA 4JECA 3S7LA 1GNOA 1NPAA 5P36A 4LXMA 5P8KA 5P3FA 1D4HA 4Y4WA 5P0WA 1IIQA 5OYTA 5I70A 3UDPA 3D3TA 4H3GA 1W6IA 3MSJA 4D89A 1LYWB 3QRSA 1GNMA 3DCRA 1E82E 4CP7A 3QROA 5P0UA 3ZKSA 5P72A 4YBFA 3VG1A 2VIJA 1OHRA 3SQFA 2OHLA 2J9JB 4Q5MA 2F3FA 5P0AA 4PZWA 3CYWA 1TCWA 2FNTA 5P62A 3INEA 4FS4A 4YD4A 4RLDA 4EJLA 5F00A 1DIFA 3T3CA 4J0ZA 1MPPA 2ER7E 4LL3A 3ZLQA 5P4LA 2FDEA 4L6BA 4I0HA 5HCTA 2EWYA 2QMGA 1T6GA 3MXDA 1WBKA 4AA9A 2VIEA 1W6HA 1T3RA 2BJUA 1DP5A 5IVSA 1ZLFA 2WECA 4AMTA 2QD8A 5P20A 5P8LA 5P3BA 5JG1A 3OQKA 2Q3KA 4FIVA 2VA7A 5DQ5A 3WB4A 2QU2A 1B6KA 1EPLE 3UDRA 4I11A 3URJA 3BGBA 5OZZA 4LAPA 5P4DA 3INFA 4OD9B 4GJ8A 4B77A 2IQGA 2BPZA 5P4YA 4FM6A 5P27A 4YD3A 5ENKA 5P1ZA 3VYFA 3NU9A 1BVEA 3ZMGA 2AOIA 5P57A 3ZPTA 4EWOA 5P1KA 5P58A 3VCMA 3HAUA 2P83A 2I4QA 2Q64A 1TSQA 3KF0A 3TPRA 3TTPA 3VV6A 5P69A 1OD1A 5P5JA 2QZWA 2NXDA 1HXBA 4FL8A 5P7FA 5HDZA 1HIVA 3IAWA 5ER1E 5KQZA 2F3KA 4D8CA 4KUPA 3OAGA 5HU1A 4Y37A 5P71A 5P37A 1LEEA 4DJRA 4RGHA 4J55A 4MC6A 3R2FA 1HHPA 3KFRA 4Y5NA 5JFUA 3S2OA 5KQXA 5P3EA 5P5GA 2G20A 1FEJC 2G1OA 3IXJA 3OTSA 5P85A 4DJUA 5IVRA 3OUDA 4Q1NA 5P4SA 3NU3A 3HZCA 5P0LA 2HAHA 3GGAA 4RCEA 1FQ8A 2G1YA 2P3DA 3IN3A 1Z1HA 4FRKA 1LYBA 3QVIA 5P1IA 2B8LA 3I7EA 2NPHA 2SAMA 5P59A 4K9HA 4FSEA 1EC2A 3ZKNA 8HVPA 4J0VA 4IVSA 4J0YA 3PI5A 5P5FA 2JJIA 2AVVA 4OBZB 3HBOA 5I3WA 5KQFA 1EPNE 5P83A 4FRSA 4L1AA 4PHVA 2QNPA 5P80A 2QZXA 4APEA 5P68A 3LZUA 5P4ZA 5OZNA 1ZTZA 5P2ZA 1BXQA 1T7JA 2QD6A 3DM6A 6UPJA 3ECGA 3OTYA 4TRZA 4Y4AA 5P4JA 1LF2A 1YTGA 5OZSA 5P7RA 3UF3A 1AAQA 1SMEA 3OK9A 5OZIA 2QU3A 4XXSA 1Z1RA 3PLLA 2Q11A 5P3DA 5P08A 3APPA 4CMSA 2QMFA 5P6DA 2ZJLA 5P7UA 4EXHA 5P6QA 5DR7A 3MXEA 1MSMA 1DMPA 4Y3DA 3O9EA 4GZFA 3SA4A 3OU3A 1HVJA 4YHQA 3PVKA 1ER8E 1LYWA 1SP5A 1YTHA 2AZ9A 4Y51A 2WF3A 5AH9A 3G70A 3HDKA 4IVTA 2RSPA 2ZJHA 5P7AA 1QRPE 3SABA 4Y41A 4Y3ZA 5SY3A 1A94A 1CPIA 4F76A 3HW1A 5DR4A 2ZJIA 3QRMA 4K4QA 5P49A 4Y5AA 5SY2A 5P1MA 3ZKIA 3L5EA 1ZP8A 5P87A 4GB2A 2QHYA 5OZ2A 1Q9PA 5OZ4A 2I1AA 5P40A 3RTNA 5P5RA 2CENA 3LPJA 2FGVA 2I4VA 5OZVA 5ENMA 5KR2A 3KT5A 3I6OA 3K5FA 2QZKA 1HVKA 3OU4B 3SA3A 1TQFA 1WBMA 1BV9A 2RKFA 4QJAA 4DJWA 5HE4A 4MC1A 2I0DA 2R3TA 5P5PA 5P2XA 5P5XA 1AZ5A 1EPRE 2O4SA 5OYUA 5BS4A 3LPIA 5P84A 5C9BA 3DV5A 1B6PA 2I4UA 5P7PA 3LZSA 4Y36A 5P5WA 4HE9A 4R5NA 4GYEA 5HDVA 5P4QA 5AH8A 4ER1E 3PSYA 4RYCA 1FMUA 1TCXA 3S43B 5P54A 3QP0A 5P7YA 1HVHA 4Y4UA 4DQCA 4B0QA 5P6XA 5P41A 5IS4A 5P4CA 1JLDA 5P2UA 4LC7A 5P7BA 3RTHA 5P5DA 2V0ZC 5P74A 3UQXA 5P6KA 1MT9A 2HB3A 4ZE6A 5P60A 3Q70A 4RCDA 5P11A 4KB9A 3MSKA 5P4UA 5OZ0A 3NUJA 5P4RA 2IGYA 1BILA 2A1EA 3RSVA 2Q63A 1U8GA 1HSHA 2VA6A 1N49A 5JFPA 4DJVA 3GGUA 5P2MA 4DH6A 3NDUA 1XN2A 4TVHA 1FKNA 3OY4A 3SKGA 4B1CA 5HVPA 4M8YA 3EL0A 1KJ7A 2MIPA 2R5PA 1BDRA 5COKA 4QLHA 1G6LA 2QI0A 3KYRA 5P6CA 5P06A 3UFNA 5P7XA 3O9DA 5P3MA 4DJQA 4GMIA 3EM6A 5IVTA 5P6YA 4K4PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HA5 A;  4BFB A;  5P7J A;  4EJK A;  2Q15 A;  2QHZ A;  1G0V A;  3DK1 A;  4A6C A;  1MTB A;  4J1E A;  5IE1 A;  2HPE A;  3VV7 A;  3OUD B;  5P0D A;  3OGQ A;  5P2L A;  3T7P A;  2FLE A;  3MWS A;  1NSO A;  1RV7 A;  2B7F A;  3EM3 A;  5P1J A;  2R43 A;  3EL4 A;  2VIZ A;  5I3Y A;  1EBK C;  1LZQ A;  3PWM A;  3RU1 A;  1LYB B;  3QI1 A;  5UPJ A;  2PK6 A;  5P1O A;  2ZJM A;  1IDB A;  3NDW A;  2I4X A;  2R8N A;  5P0H A;  1C70 A;  3I8W A;  2FNS A;  4HEG A;  5P25 A;  2OHM A;  4NJT A;  1GVV A;  1RPI A;  5OZ7 A;  3S56 A;  5P3Q A;  4AUC A;  5P2O A;  3PSU A;  3S85 A;  1EAG A;  3LPK A;  4L1A B;  5P6P A;  5P6G A;  5P00 A;  4EYR A;  5P4X A;  3I2L A;  5P4M A;  2HS1 A;  1FF0 C;  5P65 A;  4B78 A;  2UXZ A;  5CON A;  5P28 A;  3EXO A;  2H6T A;  3OWN A;  3HVP A;  5P86 A;  3VEU A;  1HPV A;  2BQV A;  5P39 A;  4D85 A;  4YD7 A;  1TZS A;  3URI A;  1MEU A;  2ZDZ A;  3TPP A;  4Y3A A;  4GJ6 A;  5P6O A;  4H1E A;  5P5K A;  3D1Z A;  1KJG A;  5P30 A;  3D1Y A;  2ZHU A;  5P1H A;  1LYA B;  1D4Y A;  3EKP A;  4FAE A;  3EBZ A;  4PPH A;  2BKS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2JXR A;  1FQ6 A;  5P47 A;  5P42 A;  3SA8 A;  3PI0 A;  4ACU A;  2QI3 A;  4OBH A;  2HC0 A;  1MER A;  1HWR A;  5OZG A;  5P01 A;  5P0M A;  5P6H A;  2NTR A;  5P0C A;  1APV E;  2VA5 A;  5P3O A;  5P3A A;  3KM4 A;  5AHB A;  4E43 A;  4DPF A;  2AVS A;  1MT7 A;  2IEN A;  3PWW A;  1M0B A;  4I1C A;  3PJ6 A;  4APR E;  4J54 A;  4NKK A;  4PEP A;  5E5K A;  4Y3H A;  2Q5K A;  2NNK A;  5P07 A;  2V11 C;  3OU1 B;  5P81 A;  2G94 A;  2B8V A;  3UDQ A;  1QBU A;  5P2H A;  6FIV A;  3KMY A;  4HLA A;  3UPJ A;  5P1X A;  2R3W A;  3HAW A;  3KA2 A;  3OXV A;  5DPZ A;  1ENT E;  3SA9 A;  5OZJ A;  5P7D A;  4I10 A;  1EC0 A;  1M43 A;  1YG9 A;  4Y56 A;  2R38 A;  3FNT A;  3O9H A;  2VIY A;  3FV3 A;  4Y35 A;  4LP9 A;  3L5C A;  3O9C A;  3PBD A;  4Y5M A;  4A6B A;  3TOH A;  3ZPS A;  4RRN A;  1K6T A;  1EBZ A;  3LIN A;  4Y5B A;  5F01 A;  1NPV A;  5P4T A;  3KT2 A;  5P64 A;  1C6Y A;  3OQD A;  2OAH A;  5P8F A;  4I0J A;  5P7C A;  2WEZ A;  1IZD A;  5P5O A;  3OU4 A;  4PZX A;  3VUC A;  5P7H A;  1HVS A;  1W5Y A;  1D4K A;  3QBH A;  5P1C A;  2QK5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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