4Y53A

Endothiapepsin in complex with fragment 54
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 88
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y53A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y53A01
4TVGA 2PH6A 5P6OA 1A30A 1HIHA 3ER3E 2B8LA 1XE6A 1GVWA 2QMGA 2G1OA 4QLHA 3S45A 4PPHA 2WJOA 5P48A 2HB3A 4EXHA 4HA5A 2PYMA 5P4MA 2J9JA 3PLDA 4OD9A 4Y4XA 5P7IA 2NXDA 5P3JA 3HDKA 2FGUA 1B6LA 2RKGA 5ER1E 2QI6A 3UQXA 1FQ5A 1QBTA 1HEFE 4ACUA 2F80A 5IVRA 5P68A 5P8UA 4A4QA 2FLEA 4E43A 1D4SA 2HB2A 5P3EA 2BB9A 5P6UA 4Y5NA 4WTUA 4Y4ZA 5P12A 5P4AA 5P76A 3APPA 5OZ1A 2IKUA 5CLMA 3AUPA 3INDA 1GVXA 4RRSA 3IVIA 4WY1A 4Y44A 5OZPA 1NPAA 2B8VA 3R2FA 3TPLA 2XFIA 5FIVA 3N3IA 5P5CA 3FNUA 5P8FA 4YCYA 4AMTA 4QGIA 2NMYA 3IXOA 2G1NA 1HVCA 4ZPEA 3EM6A 4DJQA 4R8YA 1TCXA 5P8AA 4DJOA 5P19A 5P4RA 4BFBA 4PYVA 1PSOE 5P5HA 3INHA 2ZHTA 1AM5A 5P24A 5OZ0A 3PBDA 6APRE 4EJDA 4GJDA 5P4GA 5F01A 4QJ8A 4ZLSA 2OHKA 1NPWA 5DQ5A 1APUE 5P55A 2FNSA 3NSHA 5P6DA 4Y3AA 3KMYA 4ZPFA 5P2HA 3QI1A 1PPLE 5P23A 4YD5A 4OBJA 1HPXA 1FLHA 4LXAA 2RMPA 3DCRA 1LV1A 5P6GA 3GI6A 4Y5AA 2NNPA 4RZ1A 5BWYA 1EEDP 1SH9A 1HVRA 5P6IA 1K6VA 5P0XA 5P0SA 3HLOA 4Y4DA 3O9FA 1NH0A 2FIVA 5P7BA 5P7EA 4FRJA 5P44A 2SAMA 3DOXA 3LIVA 4ZIPA 5KOSA 3SA7A 1K1TA 4L1AA 4RVJA 3ZPTA 5BRYA 4B1DA 1N49A 1TQFA 3S56A 2P3CA 5P7GA 4CP7A 5P0AA 5HVPA 3Q6YA 5P0CA 5P3NA 4JPEA 5P42A 2VIZA 1YX9A 3UDKA 5P2UA 3L38A 5P6AA 1E80E 3TTPA 4Y5GA 3O9LB 5P1PA 3OXXA 2RENA 1G2KA 4I0IA 5P3QA 5P67A 4CPRA 5P4LA 5P1LA 2BPZA 1IIQA 5HE5A 1IDAA 5P72A 1ODXA 1OD1A 1QBUA 9HVPA 4DJWA 1HVLA 3N4LA 1HVSA 1SGZA 5AHAA 3UTLA 4JOOA 2QMPA 5P5TA 2VA6A 3QRMA 3APRE 4J1CA 2APRA 5P3YA 1IZHA 5P4VA 3OQAA 1SBGA 4HEGA 3IVHA 3CYXA 3NU6A 3OU1B 1QBRA 4GJBA 2PSGA 4I0EA 3I7EA 4JECA 1MESA 1YM4A 4HVPA 5OZKA 1GNOA 1FIVA 4U7VA 5SY3A 1YM2A 3K4VC 1K2BA 5P6FA 5P2BA 3HBOA 3S7MA 4J54A 4QJ9A 4DJRA 1ZAPA 5P4DA 3ER5E 2QNQA 3QN8A 3KFPA 4Z22A 2HIZA 5OZWA 2G69A 4AA8A 2G20A 2WF4A 2F8GA 5DQ2A 4A6CA 4FGXA 3LZUA 3S7LA 5HDZA 1DMPA 3UQUA 2WECA 3R4BA 2I4DA 4FAEA 1HOSA 2V13A 2BPWA 3L5DA 4RLDA 2UY0A 6UPJA 5P5OA 4YD6A 3O9CA 4Y57A 5P0JA 1BDQA 2QI5A 4Y53A 2FS4A 1GVVA 3DM6A 1EBWA 2AOHA 3BXRA 2G1YA 5AH6A 4GZFA 3SLZA 2BKSA 5P03A 3OHFA 4R5NA 3ZPSA 2VJ9A 5P2RA 5P0OA 5P3SA 5P88A 4OBKA 2R43A 4EHCA 2QHZA 3ZKGA 4HDBA 3PWRA 5KR2A 5ER2E 2G94A 3VV6A 5TOLA 1KJHA 5P5AA 3EKQA 4QJ7A 3HD8A 2PYNA 2ZHSA 5P0UA 1RNEA 5P4FA 4ER4E 5I70A 1D4JA 4YBIA 2QZKA 3R1GB 4LHHA 3CICA 5P7KA 1MERA 3URJA 3WB4A 4EJLA 5P8IA 3LPIA 4AZYA 1B6KA 1BWAA 3PMYA 3L5BA 1BVGA 2H6SA 5P08A 3VCMA 3LIYA 4DJXA 1FF0C 2R5PA 5P0PA 5P5KA 4Y9WA 1HTEA 4RCEA 3LZSA 5I3YA 3H0BA 3EBZA 3NUJA 3H5BA 3I25A 4DQHA 3KF0A 4DQBA 2CEMA 3OXCA 5P2SA 3TPRA 5P5BA 2WEAA 4Y4TA 1LF2A 5P1CA 4DFGA 3PSYA 5P6YA 4H3JA 2MIPA 4EWOA 4FRSA 3KN0A 2BPVA 2VIJA 1B5FB 5P83A 5P3RA 4M8XA 4H3GA 5DR3A 1HSGA 4I12A 1KJGA 1LYAA 2R8NA 3GGUA 4J1HA 4DQFA 3T3CA 1HPVA 3CKTA 3DV5A 4FRKA 4PZWA 5P7NA 4YD4A 1HVHA 5OZAA 5SY2A 3ZOVA 4KE0A 4J0VA 4ER1E 3C9XA 1SDUA 3VV8A 2AIDA 5P1UA 3SM2A 4ER2E 1AJVA 2XYFA 5P64A 3VF5A 3MXEA 5HE7A 5P78A 3GI4A 1QRPE 4RCFA 5HTZA 2CEJA 4L6BA 4Y37A 1HPOA 2AVOA 4K8SA 4NPTA 2NPHA 2NTRA 4DI2A 1HIIA 2ER9E 5P66A 5JFUA 5P52A 1MIQA 3PRSA 5P4QA 4B78A 1TZSA 4Y3LA 5P2YA 3NYGA 3O99A 5F00A 2HS1A 2PQZA 3PLLA 4Y35A 3OU4A 5P17A 1HXWA 1ZLFA 4Y5LA 1FKNA 2QI7A 5COPA 5OZ8A 2P3BA 2ZGAA 3SO9A 3FNSA 3OADA 1UH9A 3D20A 3S8IA 4Y3XA 5P1MA 5P6KA 3IA9A 3UDYA 3IXKA 2O4KA 1AXAA 1W51A 2Q54A 5P28A 5P5LA 5OZZA 1T6GA 1A8KA 2VS2A 5P0LA 4U7QA 5BS4A 1IVPA 3T7PA 3WSJA 1ZBGA 4I0GA 1HTGA 1ZP8A 1A8GA 2Q15A 1ODWA 4YDFA 3LHGA 5OZUA 2F3KA 2JE4A 1IZIA 2Q3KA 3OTYA 5E5JA 3WZ7A 2HS2A 3ZKSA 5P7VA 5P8KA 5P8GA 3RU1A 4LP9A 4ZEAA 1F7AA 4I0JA 3OQKA 5P8CA 3RTNA 4Y3TA 5DR7A 5P5JA 1MT7A 3ECGA 3PI0A 5DR4A 1BV7A 3ZKQA 5P3PA 2PH8A 3I6OA 4DQEA 5P7XA 2BJUA 4Y47A 5P7WA 3B7VA 5OZ4A 3OQFA 4HDPA 2VIYA 4Y50A 5P29A 1MSMA 3EKVA 4JP9A 3TOGA 5P8QA 5P1OA 3O9EA 5P46A 5P8SA 1KZKA 5P2NA 2IGXA 5KOQA 4MC2A 5KR8A 1EC3A 5AH7A 5P6HA 3OOTA 5P6XA 4Y3JA 5P0QA 5P7OA 3TLHA 1MSNA 4Y3EA 4OBZB 5P4BA 3U6AA 5P5WA 3HZCA 1HVJA 4Y58A 2IKOA 4QJAA 5P26A 4GB2A 5P1XA 3NU9A 3TOHA 1YTHA 3ZKNA 1K2CA 2XFJA 4LXMA 2OHLA 4J0ZA 5P5NA 4F74A 3VSWA 1IDBA 4K4QA 3BVAA 2QU2A 2AOGA 2OHSA 2QHCA 1EBYA 1IZEA 2R38A 1M4HA 2IQGA 4ZPGA 4APEA 4S1GA 2B7FA 2A4FA 4Y3FA 2WEZA 5DQ1A 2ASIA 1D4LA 3LZVA 3GI5A 5P6RA 5P73A 5CONA 8HVPA 1T7IA 2G1SA 3F9QA 5OZNA 5P0DA 5P7SA 5P56A 2QI4A 3EL1A 4CPXA 5P1TA 2I4UA 2AZ8A 5P1QA 3MSLA 3SKFA 5IVSA 5P85A 5P37A 3VLBA 1E5OE 5P43A 1FQ8A 3BUGA 3O9DA 4Y36A 1AZ5A 2P8HA 2WF0A 2I1AA 2VKMA 4KB9A 5P8JA 2BPYA 2RKFA 3LITA 2AZCA 4RYCA 4Z50A 4ZSPA 5P1RA 1HPSA 3IN3A 2G24A 3PWMA 2VNNA 1T6EX 1QDMA 1TSQA 5P1ZA 2AOJA 5P34A 1FMUA 3LINA 1G35A 3QS1A 4J17A 4GJAA 5P4SA 2ZJKA 3OTSA 3HVPA 5OZ7A 1CMSA 5P3TA 3PWWA 5P3AA 4XX3A 5T4SA 5AH9A 5JG1A 3D1XA 1M0BA 5P7QA 4NJSA 1MT8A 4GIDA 4RVXA 4GJ8A 4B0QA 1SDTA 2AVQA 3EL4A 4DJYA 2ZJLA 3EL9A 1KJ4A 3RSXA 5P32A 4J0YA 1HVIA 4J0TA 4MC9A 1EPME 5P1GA 4Y5EA 5P0NA 4B1EA 3VSXA 3KM4A 4AUCA 5P33A 3EKTA 5P5IA 5P5YA 3PI5A 4OBGA 1ENTE 1ME6A 4QJ6A 2VA7A 3RTMA 4CPSA 3PM4A 3KDDA 4GJ6A 2QAKA 3OQ7A 4EYRA 5JODA 5OZSA 2P3DA 5P53A 5P3MA 3O9LA 1CZIE 3UHLA 2ZHVA 4LL3A 5P4NA 5OZ9A 1AJXA 2HPEA 4B72A 5B18A 1DIFA 2OAHA 4DJPA 2QU3A 3PMUA 1LEEA 3B80A 1RPIA 5P77A 2A1EA 4RVIA 5P18A 1GKTA 4ACXA 3Q4BA 2PWRA 2QHYA 2O4NA 4CMSA 3IN4A 5OZDA 4NJVA 3NLSA 4A6BA 4D83A 2FXDA 3UCBA 3UDPA 4U8WA 4LBTA 2AOEA 3NUOA 1FQ7A 1BVEA 5P86A 1SGUA 2WL0A 1TW7A 4HE9A 4L7JA 5KR0A 4L7GA 1D4KA 5P13A 3FSMA 3EKXA 3OU1A 1ZSFA 3URLA 4BELA 2BPXA 4Y5MA 5P14A 1DPJA 3WZ8A 5P30A 5OZJA 4B05A 1M43A 1W5XA 2F3FA 3OY4A 3EKYA 4NKKA 5P75A 2QI3A 1BAIA 1RQ9A 4Y51A 4BEKA 3SA4A 5P7ZA 4Y4GA 3UQRA 1SP5A 2ZJHA 1YTGA 3BUHA 5I3XA 4HLAA 4XX4A 5P22A 2JJJA 4J1IA 4J1KA 1HHPA 4FL8A 3SA6A 3LNKA 3BVBA 4PHVA 3TPJA 5P1VA 3MXDA 2PSUA 1UH8A 5P4PA 2QD6A 5P4CA 4YD3A 5JFPA 4CPTA 3SKGA 1G6LA 5P59A 3KFNA 2P3AA 5P3IA 5OZRA 2IRZA 3JVWA 5P2CA 3PHVA 5P70A 2IGYA 3PSUA 4L7HA 2VIEA 4DH6A 3R0WA 5OYXA 4Y4WA 4YA8A 3GGVA 5C9BA 2OHTA 3QRSA 5UPJA 3UQPA 3O9AA 5P5PA 3OWNA 4EXGA 5OYVA 1LF3A 4ZSQA 2QZWA 5P62A 4COEA 2ZHUA 4Y3HA 5I3VA 4Y3GA 5KQZA 3SA9A 1ZSRA 3DV1A 4J1FA 3UFNA 5P1FA 4Y45A 2PK5A 2QK5A 3VF7A 2PC0A 1PSAA 5P1KA 4EP2A 5P65A 3LIXA 4Y3DA 4FS4A 2NXMA 3DCKA 5P7HA 4MC6A 5P3LA 3ZPUA 2AZ9A 3NU4A 3PCZA 4Y41A 4Y3QA 2I4WA 2QI1A 3VF3A 5DQ4A 1FMBA 1EPRE 3EM4A 2OHQA 2I4VA 5P61A 1W50A 2R5QA 2FNTA 1XS7D 5P2MA 4Y56A 5P8PA 5OZ2A 1DW6C 3VV7A 3ZMGA 5P2GA 3Q70A 2QP8A 5DR1A 1C70A 3CIBA 5P4WA 2AQUA 3BGCA 4MC1A 4DPIA 1B5FA 1EPNE 5P0VA 3EMYA 3OAGB 5P51A 3PBZA 5P5EA 2QD7A 4FCOA 5OZVA 4CKUA 4DQGA 1UPJA 5P09A 4HZTA 3IGBA 4YCKA 2UPJA 2B7ZA 5P0BA 3NXNA 3LPJA 2QZLA 2ZJIA 1BBSA 3NWQA 1T7KA 1WBKA 5HCTA 5P5UA 1MUIA 3R0YA 5OZMA 5P41A 3UDJA 2WHHA 4RROA 3LZYA 1PROA 3ZKIA 5P11A 1HBVA 5HDVA 5P80A 5P8EA 3DK1A 5P4UA 4IVSA 5P5FA 2FDEA 5ISKA 3NDTA 3O9IA 3S85A 4Y4AA 4OBFA 1ER8E 4Y4UA 4N00A 5AH8A 1B6MA 2Q11A 3UDQA 1META 4J0PA 5OYUA 3VYDA 2P83A 2NNKA 5P69A 3VEUA 4CPUA 4DUSA 3S43B 4TRZA 5P3XA 5P3VA 5P4XA 3TKWA 5P4TA 1A9MA 2HAHA 3EKPA 2QI0A 1EBZA 5DQCA 3OXWA 5P54A 5P7LA 2BQVA 5EZXA 5P6ZA 1LF4A 1D4HA 3ZLQA 5IS4A 4X2LA 5P6BA 3URIA 3VYFA 4GJ9A 3UQWA 3SQFA 2ZE1A 3CMSA 3OXVA 3INFA 5C9DA 4M8YA 5P25A 5KQYA 4F73A 1IVQA 2I4XA 1FFIC 1LYBB 5P87A 3BXSA 5OZTA 4Z2ZA 5P47A 4YE3A 5P49A 5P3KA 4PEPA 4K4PA 5P2EA 2G26A 2JXRA 4FRIA 5P6PA 3EL5A 2F81A 5J25A 1FG6C 3QBHA 3G72A 4K9HA 3PB5A 3KDBA 3TOFA 1HSHA 4GJ5A 3IXJA 1RV7A 1TSUA 1G0VA 4B1CA 2NMZA 3LPKA 1NSOA 2ZJJA 5P3OA 5OZ6A 2FGVA 1EPOE 5PEPA 3PJ6A 5P3GA 5P6SA 1AIDA 2HB4A 5P07A 4NPUA 5ENKA 1ZTZA 3K5DA 3U71A 5P06A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4TVG A;  2PH6 A;  5P6O A;  1A30 A;  1HIH A;  3ER3 E;  2B8L A;  1XE6 A;  1GVW A;  2QMG A;  2G1O A;  4QLH A;  3S45 A;  4PPH A;  2WJO A;  5P48 A;  2HB3 A;  4EXH A;  4HA5 A;  2PYM A;  5P4M A;  2J9J A;  3PLD A;  4OD9 A;  4Y4X A;  5P7I A;  2NXD A;  5P3J A;  3HDK A;  2FGU A;  1B6L A;  2RKG A;  5ER1 E;  2QI6 A;  3UQX A;  1FQ5 A;  1QBT A;  1HEF E;  4ACU A;  2F80 A;  5IVR A;  5P68 A;  5P8U A;  4A4Q A;  2FLE A;  4E43 A;  1D4S A;  2HB2 A;  5P3E A;  2BB9 A;  5P6U A;  4Y5N A;  4WTU A;  4Y4Z A;  5P12 A;  5P4A A;  5P76 A;  3APP A;  5OZ1 A;  2IKU A;  5CLM A;  3AUP A;  3IND A;  1GVX A;  4RRS A;  3IVI A;  4WY1 A;  4Y44 A;  5OZP A;  1NPA A;  2B8V A;  3R2F A;  3TPL A;  2XFI A;  5FIV A;  3N3I A;  5P5C A;  3FNU A;  5P8F A;  4YCY A;  4AMT A;  4QGI A;  2NMY A;  3IXO A;  2G1N A;  1HVC A;  4ZPE A;  3EM6 A;  4DJQ A;  4R8Y A;  1TCX A;  5P8A A;  4DJO A;  5P19 A;  5P4R A;  4BFB A;  4PYV A;  1PSO E;  5P5H A;  3INH A;  2ZHT A;  1AM5 A;  5P24 A;  5OZ0 A;  3PBD A;  6APR E;  4EJD A;  4GJD A;  5P4G A;  5F01 A;  4QJ8 A;  4ZLS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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