4Y58A

Endothiapepsin in complex with fragment 260
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
329
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
rcsb
total genus 83
structure length 329
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y58A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y58A01
1DP5A 3SA9A 3QI1A 3RU1A 4CPXA 5P24A 1D4JA 2OHSA 4YD6A 1LEEA 1ZSRA 3QPJA 2FDDA 4OBJA 4NJUA 4FE6A 3NDXA 3CKTA 1A9MA 2HPFA 3OU3A 2ER0E 2AIDA 4Q1WA 1MUIA 1D4LA 5P1ZA 1F34A 3ZKMA 4I11A 4DJUA 1VIJA 3VYDA 2P3BB 4FM8A 4H3JA 1B6LA 3OGPA 2Q15A 4OBKA 3L5DA 1KJ4A 3BGCA 4YD5A 3S7MA 3PMYA 3EKVA 5PEPA 3L59A 5P0NA 3G6ZA 1BDLA 4FAEA 4RRNA 1HSGA 3URJA 5P4KA 2PH8A 2QD7A 4YD4A 1Z1HA 4L6BA 1PPLE 2Z54A 3LINA 3OUCA 1MSMA 4YBIA 4FLGA 3SO9A 1BWBA 2VJ9A 5P0OA 1XE6A 3UDJA 4CP7A 1QBTA 2NPHA 5P80A 4F73A 2OHQA 1E82E 4FSEA 5OZ2A 3NU9A 5P3LA 5OZ5A 4F74A 1SDUA 3BC4A 4Y51A 5P7LA 3ER5E 1BVEA 2QCIA 4XXSA 4Z4XA 2AOJA 5P6HA 3PCZA 5P2JA 3VSWA 2I1AA 2PC0A 3UQPA 3HVGA 2IKUA 1HTFA 4J1IA 4Y56A 2IGXA 5OYYA 5P2SA 1HHPA 5P2HA 4RVIA 5OZJA 1E5OE 4FSLA 3LHGA 3C9XA 3L58A 4Y3JA 2Q3KA 1HVCA 1HVHA 2Q55A 4Y5GA 2V10C 2H6SA 1QRPE 3K1WA 1SMRA 1PSAA 4UPJA 1LYAB 1FB7A 5P1JA 5P5AA 3VF5A 3NLSA 2QHYA 3INHA 5OZ4A 3TOHA 3BUFA 3D1YA 2QNPA 4WY1A 3SA7A 1ZAPA 1E80E 3SM2A 1LF2A 4HZTA 4Y35A 5P6WA 2P3DA 4HDFA 3AUPA 2FGUA 3INFA 2IQGA 5CONA 5P0WA 3QAAA 2RENA 5P2IA 5P0GA 1OD1A 5P46A 1LYWB 3HAUA 5P66A 5P2WA 2Q54A 2QZKA 2V00A 5SZ9A 5P50A 3PWRA 3BXRA 4EXHA 2WF3A 3OUBA 5P51A 3MSJA 3F9QA 4R95A 1BDRA 5DR3A 4YDFA 4YD3A 3SM1A 1TW7A 3AIDA 1HTEA 2AQUA 5AGZA 2R3WA 2AZCA 1EC2A 2QAKA 1ODXA 1HRNA 1HTRB 4R8YA 1J71A 2QNQA 5P4CA 1AM5A 1A8KA 3NUOA 3O9EA 1N49A 4KUPA 1K6VA 5P2LA 2VJ7A 3CIBA 4Z22A 4Y4UA 4EWOA 4J0TA 4GJCA 4DV9A 5P8HA 5P6UA 1Z8CA 1SP5A 5P1RA 5OZTA 3G70A 3O9HA 3KT5A 3N3IA 2SAMA 2O4NA 3VLAA 3G72A 5C9FA 2ZHSA 5P29A 3OOZA 1NPVA 4J55A 3SPKA 3QRSA 5TOLA 4Y45A 4I0ZA 4JOOA 1K6CA 3KM4A 2EWYA 1HXBA 3NDTA 5P1CA 3TNEA 2PSGA 5KR2A 1TQFA 1TZSA 5T4SA 5P1GA 5P36A 4FRIA 5P7OA 1ZP8A 5P7GA 2IRZA 3UHLA 4RCEA 4Y6MA 4Y5CA 1UH9A 5P7HA 5P8PA 3HBOA 4E43A 2VNNA 5P5KA 5P2ZA 4FIVA 1U8GA 3QS1A 3T7PA 1YM2A 3T3CA 5OYWA 1LF4A 3EL5A 5P8AA 3L5EA 5P77A 3HAWA 3R0YA 3FNTA 3BXSA 4D83A 2B7FA 4Y9WA 3PLLA 3OHHA 5P6FA 2OHPA 3VFBA 3NYGA 4AA8A 5ISJA 5P5GA 1MRWA 5DR0A 5HCOA 2FS4A 5P20A 2IEOA 2I4DA 2VIJA 4D85A 1C70A 1K2BA 4MC1A 1MPPA 3LZYA 4Y3SA 3LZSA 3NWXA 5KAOA 3S53A 5DPZA 5P62A 4YOBA 1AJVA 4X7IA 4YHQA 5OZHA 5P4EA 2G1YA 4MC2A 3D1ZA 1VIKA 4U7VA 5P1IA 1B5FB 5P0HA 3TPLA 5COOA 1C6XA 3SA4A 4GJ7A 3TOGA 2OHNA 1RNEA 1XN2A 4EP3A 3PLDA 5P15A 4DJXA 3OQFA 3DM6A 2V0ZC 3KN0A 2QK5A 5HDVA 2AVVA 3LIYA 5P73A 5KR1A 3GGAA 2WEDA 4Y4GA 5OZRA 4AUCA 2FXDA 3DOXA 3UDNA 5OZPA 3PB5A 5P1QA 1RQ9A 4Y3XA 5OZAA 1F7AA 2UPJA 2WL0A 1HEFE 3O9BA 4QJ9A 4DJPA 2J9JB 1A30A 5P7RA 1FIVA 1UH8A 5P3VA 3S8IA 5P8NA 4DQBA 5P08A 3UF3A 4QJ7A 5P2DA 1GNNA 1MT7A 3LIXA 1KJFA 1D4IA 1BBSA 1EPME 2IL2A 4L1AA 2QU3A 5P7NA 5P7WA 3WB4A 3QP0A 1LYWA 5EZXA 3VEUA 5P4PA 2G22A 1UPJA 3EKTA 1ER8E 1IBQA 2ZGAA 1EPRE 3HW1A 2ZHVA 2BKSA 3DUYA 1MTBA 4ZSQA 1LV1A 5C9DA 3BUGA 3KFSA 5P5FA 5IVQA 4EYRA 3SLZA 5P25A 4EJDA 3EM3A 3D20A 1YT9A 2P8HA 5P65A 3SA8A 5P3KA 5P06A 1WBKA 4YE3A 5P3NA 3EM4A 4Y54A 4RCFA 3FNSA 4Y3DA 4Y4JA 2V13A 2BQVA 7UPJA 3EL0A 5OZ0A 5P0SA 4Y3ZA 4Y3QA 5OYZA 5P33A 4J54A 2Q64A 3PJ6A 1W5VA 4D8CA 4Y5AA 3DK1A 5P88A 2G20A 4RYCA 3HLOA 2BPWA 5COPA 1YG9A 1EBYA 5P12A 5OZNA 3L5BA 3APPA 1OEWA 3IN3A 1BXQA 1IZHA 4NPTA 3K5GA 3GI0A 5P3UA 2QMFA 3PMUA 3S54A 1XS7D 2WECA 2WKZA 2ZYEA 9HVPA 2RMPA 2RSPA 1PROA 2PQZA 2NNPA 3I8WA 4XX3A 5DR1A 5IVRA 3D1XA 4FGXA 2WF2A 3KT2A 5P3CA 4GJ5A 3T7XA 5P5LA 5P6EA 2AOIA 5P7VA 5P5OA 5P3ZA 3I7EA 4COEA 5EZZA 4EPJA 2FXEA 4HLAA 4A4QA 2O40A 4Y3YA 5P4SA 1FQ5A 4FL8A 3PI5A 5P48A 1FEJC 5OYTA 5P87A 3S85A 4Y4ZA 2J9KA 5OZ6A 5P4AA 1FQXA 4HA5A 4GB2A 1T6GA 5OZ8A 2ZHUA 5P3PA 3PI0A 3Q70A 2O4KA 5P6OA 1EPQE 4PPHA 4K8SA 5P41A 3DCKA 3UDPA 5P1UA 2QHZA 3ZKIA 4ACUA 4B77A 3ER3E 1LF3A 1LZQA 1EAGA 1XE5A 4AZYA 4Y37A 2Q11A 1MT8A 5P1SA 2VJ6A 1D4YA 2Q63A 2WEAA 4ZLSA 4DJWA 5P6ZA 2VA6A 5P55A 2HS1A 5P3GA 1EPPE 4M8YA 5ENMA 5OZGA 5P3OA 2AZBA 4CPQA 2HB2A 2G1OA 1LS5A 3MWSA 1APTE 1NPWA 5P4LA 5OZMA 3NU5A 5HDZA 3FNUA 2ANLA 2QMPA 2F3EA 4TRZA 5P1TA 3UDHA 4GJDA 5KQYA 4JP9A 5P4BA 2A1EA 4Q5MA 4J0YA 4QGIA 3UQWA 4OC6B 5OZQA 5P0AA 5P4GA 5OYXA 5P81A 2PWCA 5I3VA 4Z2ZA 5P4JA 1FG6C 2JXRA 2J9JA 3L5CA 1MT9A 3ZKGA 5P47A 2VIZA 5P0CA 5P8FA 4H3IA 4Y3MA 2AOCA 2OF0A 4OBFA 2RKGA 5P5HA 2F81A 3APRE 3UDMA 2QD8A 3NR6A 5P4FA 1YTHA 3INEA 3TL9A 3KDBA 3OQDA 3OWNA 2IGYA 5P0BA 2AOHA 1GKTA 4FAFA 5KQZA 4J1HA 5P1NA 3WZ6A 3A2OA 1MRXA 4ER1E 4DQFA 4GJ9A 4J1FA 3L38A 5P5NA 3OXCA 3TPPA 1LYBA 4DFGA 3OXXA 5P4QA 5ISKA 4R91A 3IN4A 2R9BA 5P17A 4RGHA 3Q6YA 1HVRA 2CENA 3B80A 5P69A 2ZHTA 5P23A 1K2CA 4Y3LA 5DGUA 3OTSA 1QS8A 3QRMA 5P0VA 3OU1A 3OK9A 5SY3A 5P1YA 2QI7A 2RKFA 5P8BA 4B78A 5P79A 5P72A 1YTJA 4X2LA 4YBFA 2B8VA 5OYUA 4Q1XA 4RRSA 4Y3FA 1M0BA 3CKPA 4U8WA 4R5NA 5P7MA 4Y4BA 5E5KA 5P22A 3PSGA 4IVTA 1MESA 5HE7A 5P49A 5B18A 5P14A 3ZKSA 2FIVA 2OHRA 5P3BA 1ME6A 3BVBA 3D3TA 3OQAA 5OZLA 4Y5NA 1MERA 5P2RA 1ODYA 3OOTA 3NDWA 4GJ6A 2HIZA 3PHVA 5IVSA 1T6EX 5P7FA 4Y47A 5OZZA 4KE1A 3ZPUA 6APRE 3EC0A 2AOGA 4L1AB 5KQFA 6FIVA 2AZ9A 5P5UA 2P3CA 4OBHA 1MVPA 3PBZA 5IE1A 2ZJIA 5P5SA 5P75A 3IVHA 1AAQA 2OHKA 2BB9A 3SABA 3MXDA 5P2YA 2CEMA 4PEPA 2ER9E 4K4QA 4ZIPA 5P0RA 5BS4A 5DQ5A 2AVSA 4GIDA 3ZPSA 2B7ZA 4DQHA 4TRWA 4DH6A 5AHAA 4I0EA 4H1EA 5P3WA 5P67A 2QZXA 4RROA 3VUCA 3PSUA 5P5CA 3R1GB 5P7EA 5ENKA 4Y3EA 4LBTA 4I8WA 5P6VA 5P1FA 5P58A 3UQRA 4QJ2A 4NJVA 5P1PA 3KA2A 4DQCA 1CZIE 3DV5A 1M43A 4BEKA 5P68A 5AHBA 1NH0A 5P32A 5P8TA 2I4UA 5P82A 4YCKA 5P2AA 3UDKA 5P2XA 1HSIA 3K4VC 1CPIA 4CPWA 1TSUA 5FIVA 1YX9A 1NSOA 5F00A 1OEXA 5P6CA 4OC6A 5I3XA 4Y58A 4DVFA 1EPNE 2QMDA 4RZ1A 4ZSPA 5P6PA 1K6TA 4DPFA 5P5YA 3S2OA 3KFNA 4CPUA 5P5MA 4B1EA 5P5JA 4FRSA 2O4PA 2R43A 5P2CA 3R4BA 5DQ4A 5P26A 1HBVA 5JFPA 2FDEA 3T6IA 3IXOA 2F3KA 3VV7A 5P8GA 2VIYA 4Q1YA 5OYVA 5P6LA 4Y3NA 2QP8A 2WHHA 2ZJLA 2QNNA 3CYWA 4J0VA 5P7IA 5P0ZA 4I0GA 1FQ4A 4YCTA 5OYRA 5P2QA 2G1SA 5P3HA 2PK5A 3HD8A 5P1EA 4BFBA 4FRJA 3UFLA 3OXWA 5KR0A 1HIVA 1NPAA 5HE4A 3MSKA 4H3FA 5OZOA 5P1VA 5P4RA 4J0ZA 5P1OA 3S56A 2VS2A 5DR7A 2IDWA 5P7XA 3HZCA 4Q1NA 5P86A 5P4ZA 5P5IA 5JFUA 1ZTZA 2O4LA 3S43A 2PSUA 5P2UA 3TOFA 4LXKA 3DCRA 3EKQA 4RCDA 5P02A 1IVPA 1HPXA 5OZYA 1HSHA 2A4FA 2NR6A 4I0HA 3IVIA 3KFPA 1IZDA 3UQXA 3PCWA 4Y4DA 3KF0A 5AH7A 5P4UA 2QMGA 5P85A 3OQ7A 4KB9A 4Z50A 1DPJA 5HDXA 1GVTA 2XFKA 3NXEA 3GGXA 5P5BA 2QI3A 2QI1A 2VA5A 5AH6A 5OZSA 3U7SA 1ZPAA 4Y3RA 1AVFA 1IDBA 1BDQA 5P2KA 1Z1RA 4I8ZA 1FMXA 5P0KA 5P70A 3IGBA 5OZCA 4EJLA 2I4QA 4ZSRA 5P3TA 5P4NA 3JVWA 4Y4WA 4HDPA 5P7CA 3SA6A 1FQ6A 5SXNA 3UDQA 5DQCA 2HB3A 5P1WA 5P61A 2HS2A 1FF0C 1AZ5A 3WZ8A 5IVTA 2R5PA 1SGUA 1SGZA 3BRAA 4H3GA 5DQ1A 2ER7E 4ER2E 2WEZA 5P35A 4CPSA 4F75A 5DQ2A 2VA7A 3S45A 2OAHA 1IIQA 2IS0A 5P8IA 2FGVA 5P03A 5HTZA 1K6PA 5P4HA 2QU2A 1SMEA 4DUSA 3KMXA 1EC0A 5P5XA 5P16A 5APRE 3VLBA 7HVPA 2QI5A 2AVMA 1HWRA 5P74A 4ZSMA 2BPXA 3QBHA 1HIIA 3PGIA 4RLDA 5P71A 3EM6A 1LYBB 2NXLA 3FKTA 4OBZA 3PWWA 2OHTA 5P4WA 4QJAA 3U6AA 3T11A 5P09A 5P3MA 4Y5LA 5P7UA 1MTRA 4APRE 5P7BA 3OQKA 4GMIA 1SIVA 5IS4A 1KJGA 4RYGA 3LIZA 4QLHA 3RTHA 4PYVA 3H5BA 5P28A 5JODA 3OADA 4DI2A 2V11C 3OU1B 1BILA 4I1CA 3OHFA 4DJRA 5KOQA 3IXKA 5OYQA 3PBDA 5P8KA 5P8JA 3PEPA 5P3FA 3ZOVA 5P7YA 4ZPFA 3OUAA 2F80A 5OYSA 4PZXA 1C6ZA 3VSXA 4BELA 3PWMA 2IENA 1PSNA 4XX4A 5P43A 5P0MA 4B70A 4DJYA 5I70A 2R38A 3LIVA 1D4KA 5P3YA 3QROA 1AXAA 5P4IA 3OU4B 3ZMGA 3O9DA 5P3XA 1BV7A 1XDHA 2BPYA 2ER6E 1G6LA 5P3JA 3UCBA 2R5QA 4J1EA 5P83A 2ZJJA 4FS4A 2NMYA 5P3SA 5P8DA 3LNKA 5OZUA 3N4LA 4I0JA 4DJQA 5P0PA 4HVPA 4TRYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DP5 A;  3SA9 A;  3QI1 A;  3RU1 A;  4CPX A;  5P24 A;  1D4J A;  2OHS A;  4YD6 A;  1LEE A;  1ZSR A;  3QPJ A;  2FDD A;  4OBJ A;  4NJU A;  4FE6 A;  3NDX A;  3CKT A;  1A9M A;  2HPF A;  3OU3 A;  2ER0 E;  2AID A;  4Q1W A;  1MUI A;  1D4L A;  5P1Z A;  1F34 A;  3ZKM A;  4I11 A;  4DJU A;  1VIJ A;  3VYD A;  2P3B B;  4FM8 A;  4H3J A;  1B6L A;  3OGP A;  2Q15 A;  4OBK A;  3L5D A;  1KJ4 A;  3BGC A;  4YD5 A;  3S7M A;  3PMY A;  3EKV A;  5PEP A;  3L59 A;  5P0N A;  3G6Z A;  1BDL A;  4FAE A;  4RRN A;  1HSG A;  3URJ A;  5P4K A;  2PH8 A;  2QD7 A;  4YD4 A;  1Z1H A;  4L6B A;  1PPL E;  2Z54 A;  3LIN A;  3OUC A;  1MSM A;  4YBI A;  4FLG A;  3SO9 A;  1BWB A;  2VJ9 A;  5P0O A;  1XE6 A;  3UDJ A;  4CP7 A;  1QBT A;  2NPH A;  5P80 A;  4F73 A;  2OHQ A;  1E82 E;  4FSE A;  5OZ2 A;  3NU9 A;  5P3L A;  5OZ5 A;  4F74 A;  1SDU A;  3BC4 A;  4Y51 A;  5P7L A;  3ER5 E;  1BVE A;  2QCI A;  4XXS A;  4Z4X A;  2AOJ A;  5P6H A;  3PCZ A;  5P2J A;  3VSW A;  2I1A A;  2PC0 A;  3UQP A;  3HVG A;  2IKU A;  1HTF A;  4J1I A;  4Y56 A;  2IGX A;  5OYY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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