4Y5AA

Endothiapepsin in complex with fragment 206
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
rcsb
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5aA01
1GKTA 2PWRA 1PSOE 2F8GA 5P56A 5HVPA 2XFJA 3GGUA 2HPEA 5P74A 3FNTA 2OHTA 5SXNA 4DV9A 4DJYA 5P61A 2O4PA 1WBMA 3OUCA 2VA6A 3PI0A 3K4VA 2QMDA 3Q6YA 2QU3A 5P6HA 4DJWA 2O4SA 3OAGB 3QBHA 5IS4A 2V11C 4WY1A 4XX3A 5PEPA 3OTSA 5P4MA 3D1XA 5HE5A 2P3BB 5P0RA 5OZLA 3O9GA 5ER2E 3SA5A 5T4SA 5P2KA 4RRNA 5P05A 5E5JA 4EJDA 4Y53A 5P3NA 3DUYA 1IIQA 1EPPE 3CKRA 1PSAA 2WF2A 1MUIA 4H3JA 5P80A 4DQGA 3INFA 4FGXA 1M43A 3Q4BA 3OY4A 4AZYA 4ZLSA 2NMYA 4RVIA 2VJ7A 5P6SA 2VIJA 4CP7A 1PFZA 4Y39A 3NDXA 1FIVA 3GI6A 2P3DA 3BUHA 2G27A 3RSVA 5E5KA 5P4SA 4I0EA 3SABA 3F9QA 1BILA 2OHKA 2AVQA 3UQPA 5P2RA 5P01A 4J1KA 5OZEA 5P8SA 5P09A 5P6NA 3PB5A 5P5RA 4J1FA 3SA4A 1HEFE 5P2FA 5P3IA 3TOFA 1AJXA 1D4IA 5P7RA 4J0VA 5ENMA 5JG1A 5P42A 5P2SA 2FGUA 3VG1A 1B5FA 2ZE1A 5HCTA 2O4LA 4LAPA 5P0JA 4OD9B 5HDXA 4GZFA 2FLEA 3GW5A 3HDKA 4KE1A 5P3CA 5OZRA 5P3AA 3CYWA 2V10C 5P3FA 4QJ7A 1DPJA 5P13A 2QI0A 3DV5A 3EKVA 3VF3A 3L59A 5P6PA 5HDZA 1OHRA 3NUOA 3UQRA 2AZCA 3RVIA 4Y3EA 3TTPA 1B6LA 5C9DA 2B7FA 4DJRA 1APVE 5KQYA 2CEMA 3RTNA 5IVQA 2UPJA 4Y58A 1IZHA 3QRVA 1OD1A 4NPUA 4FM8A 5P7IA 5P5UA 5P58A 1ODYA 5OZJA 1LYBB 5COOA 5P6ZA 3GGVA 3VSXA 1AXAA 1ZLFA 4CPQA 4CMSA 2VA7A 3K5CA 4Y38A 3SPKA 5P71A 4Y3ZA 2ZJKA 1W5YA 1MT7A 2AOCA 3VLBA 1A30A 1BV7A 4J55A 3OK9A 5P16A 4EHCA 1YTJA 2BKSA 5P03A 4L7JA 1APTE 1RNEA 3HD8A 3LZUA 2OHUA 5OZXA 2QNPA 1ZBGA 5OZ4A 5P2VA 4Z4XA 1XL2A 1YX9A 4HDPA 1PPKE 5P6RA 1FQ5A 3KDDA 1D4LA 5UPJA 1W6IA 1D4HA 3LNKA 4R91A 5P7LA 3UQXA 4TVGA 5P6IA 5P0ZA 4PZXA 4XX4A 3KT2A 4A4QA 4Y3MA 7UPJA 1FG6C 5P3HA 3O99A 5P0BA 1KJFA 2QI5A 3HLOA 5P3ZA 3CIDA 2I4XA 2ER0E 5P5AA 1K1TA 2Z4OA 5P66A 3QIHA 2JYSA 4GJ7A 3UTLA 3CYXA 3URLA 1MVPA 3EBZA 3MSKA 1E80E 4D89A 4AMTA 5HU1A 5P5MA 5DQ1A 1HVRA 5P0GA 4H1EA 2BQVA 2O4NA 5P4HA 4Y56A 4YHQA 1YT9A 2HPFA 3OU1A 3TPPA 4OBKA 4U8WA 3CIBA 5AHCA 3SLZA 4OBDA 2Q55A 4L7GA 3QN8A 5P4EA 4RCDA 4LXKA 4WTUA 5P4VA 5P8IA 2OHPA 3LITA 1FEJC 4Y50A 5P6EA 4J17A 5P5JA 3VFAA 1EPNE 2VJ9A 3OHFA 3R4BA 2WHHA 5P4AA 5P7KA 2I4VA 4JPCA 1BV9A 4Y5KA 1T7JA 5P0XA 3NU9A 1HVJA 1Z8CA 4L1AA 4RRSA 1ZSFA 3Q3TA 3NUJA 5F00A 4Y3NA 1IVPA 3PGIA 3I7EA 1VIJA 1GVTA 3SM1A 3UFLA 2HAHA 3OHHA 4Y3FA 3EM4A 3VYDA 2AOFA 5F01A 4XXSA 5P3RA 2Q63A 5P7UA 3VYEA 2RENA 2P4JA 3ZPTA 5P62A 5KQFA 5KR2A 3L5BA 3PWRA 4Y3TA 5P8NA 3DJKA 3I8WA 5P4WA 5P2GA 5HD0A 3LIZA 5P1UA 1ZAPA 2NTRA 4CPWA 4I0GA 1DP5A 5P1AA 4UPJA 4Y4BA 3R0YA 2P8HA 1EC2A 4APRE 1BWAA 4ZPGA 3HAUA 1QBSA 1SDTA 1EPOE 3NWXA 1EAGA 4BEKA 5P77A 1K6PA 3NU5A 2FNSA 1G35A 4I0DA 4Y3AA 4J1CA 5OYQA 4AUCA 2NPHA 4DFGA 4Y54A 2G1OA 2B42A 4B72A 3EXOA 3T3CA 2IEOA 1AZ5A 2HC0A 2AIDA 5P10A 1IDAA 3K5DA 4R93A 3TH9A 4QJ8A 1YTGA 5P3OA 2BB9A 1ODWA 3LIQA 3SA6A 3IVIA 5OYYA 5P7VA 5P31A 1IZDA 5P0AA 5P8DA 1B6JA 3BXSA 5P1OA 4J0ZA 4PPHA 3NU6A 5P3GA 5OZVA 5P2EA 2AVVA 4ZSMA 4YE3A 4FRIA 3LIXA 3NU4A 4ACXA 1DIFA 4JOOA 1PSNA 3ZKQA 1SIVA 3VF7A 5P49A 3R1GB 4A6CA 3L3AA 3O9LA 3OADA 2OHQA 3UDNA 2ZJMA 2JJIA 3WSJA 5P8KA 4LBTA 3TLHA 1FQ8A 5P5NA 3S45A 1BDQA 4RVXA 3EL4A 4I8WA 3ZMGA 3NXNA 4U7VA 4Q1XA 4FLGA 5P7HA 5P40A 4FSEA 4LC7A 1FFFC 3GI0A 2WF3A 3AUPA 3KA2A 1LF4A 1EPME 4EXGA 5P7OA 5P5SA 5P23A 3UQUA 5SY2A 5P41A 1BDLA 5C9BA 4OBHA 5HDVA 5P1BA 1FF0C 1YTIA 1EPLE 5P7FA 5P6TA 5P4GA 5P1SA 3D3TA 2AVOA 5P3JA 3UDPA 5P2ZA 5OZYA 2FDEA 1QS8A 2NNKA 5P83A 4GMIA 4EP2A 4IVSA 2V00A 4B1EA 4DQEA 1IZIA 4HDFA 4Y3SA 5P67A 1K6CA 4Y3HA 1HTFA 5P75A 1HEGE 4ER2E 3BVAA 3TNEA 2WEAA 5AH6A 1SH9A 3PBZA 5P1GA 4Q1YA 1HVLA 1HVHA 2ZDZA 3HZCA 1AAQA 3RSXA 2G1YA 2PH6A 4XKXA 4FRSA 4K4RA 4L6BA 2QZXA 4F74A 2QP8A 5P22A 2G94A 3VFBA 3OU4A 3JVYA 4FRKA 5P52A 1NH0A 1PROA 1XDHA 4OC6B 5P85A 4Z50A 4M8XA 2Q5KA 3ZL7A 3IVHA 5P1XA 2G22A 5OZFA 5AH9A 1TW7A 4Y5AA 3PSUA 3OXCA 5P7PA 3T11A 2AQUA 1NPWA 2ZHTA 4I0HA 5P5IA 1EC3A 2CENA 4BFDA 1QBRA 2A1EA 3LZSA 4Y35A 3OOTA 5P5VA 4MC2A 5P6XA 2QAKA 3Q70A 4B0QA 1A9MA 1MTRA 4JECA 3IXOA 3UDRA 1KZKA 5P4TA 3S43B 4S1GA 5P3MA 3CKPA 1ZJ7A 4EP3A 5P7YA 2QMPA 2V16C 4B78A 5COPA 1IDBA 4DQCA 3K4VC 4RYGA 4ZSRA 1SDUA 4Y4TA 3KDBA 4HE9A 5P54A 2AOGA 1SBGA 2QI7A 2VNMA 2HB2A 1LS5A 3LIVA 5CLMA 5JFPA 3EM6A 1ZP8A 3U71A 4GIDA 1HPOA 3APRE 1HRNA 3OGQA 4NJUA 1J71A 3INHA 1EPRE 1C70A 5P8UA 3PBDA 1U8GA 1RPIA 4A6BA 4CPUA 2BPWA 2FXDA 3CMSA 5OZPA 1LYAA 3SA7A 3INDA 1HVKA 2BPZA 5P3SA 3OWNA 4OBZA 3ZPUA 3KDCA 3O9FA 5P4FA 4EQJA 4FIVA 1HSIA 3OUDB 2J9JB 4B00A 5EZXA 2RKGA 2BPYA 2JXRA 3UCBA 1RQ9A 2QNNA 4E43A 2ZJHA 4Y4EA 3OTYA 4J54A 4RLDA 4FS4A 3PWMA 5P8VA 1CZIE 4PYVA 2F3EA 3O9AA 4GJ9A 2OF0A 1FFIC 5OZZA 5P4IA 5P4PA 1PPME 5BRYA 5P78A 5ISKA 1UH8A 4FSLA 5P3BA 1B6MA 3VLAA 5IVRA 5P4XA 3SQFA 2PK5A 4F73A 5OZGA 5P69A 1F34A 2VNNA 4Y4XA 5P47A 1MIQA 3KT5A 3LPIA 3LIYA 4ZPFA 2VJ6A 3DCKA 1GNNA 2BKTA 4ZEAA 5P0FA 5P6YA 5HDUA 5P2YA 3URJA 2ZJJA 2IKUA 4KUPA 1XE6A 2A4FA 2Z54A 4Y37A 4Y4JA 4FM6A 5OYUA 1HTRB 5P37A 1NSOA 5P60A 1FMXA 5JFUA 2OHRA 4B05A 3ECGA 4LXAA 5P5WA 2VIZA 1SGZA 2ZHUA 5P2DA 5P6LA 1APWE 1DW6C 5P5DA 2I4UA 3L5EA 5P0TA 2Q15A 5P4CA 5P0HA 3OAGA 4Y4WA 3AIDA 3VV8A 1HSHA 5OZ1A 1FQ4A 5DQCA 3G72A 4NJTA 5P53A 1C6XA 1CMSA 2P3BA 5I3WA 2PSVA 5P8QA 5P0YA 3SA3A 5P6UA 1Z1HA 1K6TA 3NDWA 1MPPA 1TCWA 2I0AA 2QZLA 3VEUA 5I3YA 2QZWA 3SACA 3UDMA 1MSMA 2R3TA 5P1RA 5P84A 5P7GA 5HU0A 2AOIA 3KMYA 1PPLE 3HW1A 5P2NA 3H5BA 3VYFA 4Y3WA 3DK1A 6UPJA 2G1NA 1HVSA 1QBUA 1UPJA 3OQDA 3PSGA 4DH6A 1GNMA 3LPJA 3FSMA 3TPRA 3S54A 3VF5A 5P4ZA 4PZWA 5OZ5A 5DGWA 5AH8A 4I11A 5OZKA 2NXLA 1HBVA 4J1EA 1MSNA 1IZEA 5P1PA 2PMAA 2QK5A 5P5BA 2IDWA 2ZJNA 2G24A 2HB3A 5P7JA 5P12A 5P81A 1K1UA 5P0QA 5ER1E 1LEEA 4OD9A 1HOSA 2BJUA 5P0PA 4K8SA 3HAWA 5P6QA 1A94A 4DI2A 5P44A 2RKFA 4ZPEA 3OQFA 5P2TA 5P57A 1GVXA 4COEA 2JE4A 4FAFA 2ASIA 2ER6E 2OAHA 1G6LA 5P30A 5P7CA 3KFRA 3SA9A 1W51A 4NPTA 4Y48A 3GGXA 2ZYEA 4LHHA 4I0IA 5P8BA 2AOHA 2HIZA 2SAMA 2O40A 3PEPA 1XN2A 5KR0A 1D4JA 3EKXA 5KR8A 1QRPE 4J1IA 4QJ9A 1HIHA 3VCMA 4ER1E 5P1FA 1JLDA 2F81A 3S53A 2P83A 1LYBA 3JVWA 1LYWB 3VV6A 4I1CA 2PH8A 2B7ZA 3K5FA 4Y5CA 2ZJLA 1EPQE 5P4JA 4Y5MA 3RTHA 2WEZA 3UHLA 5P5HA 2WEDA 5P8OA 1QBTA 5P1WA 5P3WA 4Q1WA 3S2OA 2XYEA 1EC1A 3C9XA 5P0KA 3SKGA 4B77A 3OQKA 4Y5BA 5AHBA 4Y36A 3EL5A 5KAOA 4DJUA 1HTEA 4I0ZA 3URIA 3D91A 5P24A 3SM2A 4Y3QA 4N00A 5HCOA 4APEA 1WKRA 5DR3A 2ZHRA 5P2UA 4ER4E 1TSUA 4EYRA 3QI1A 5TOLA 5P25A 5P8RA 1ZPKA 4K9HA 2WF0A 2O4KA 4DVFA 3D1ZA 3ER3E 2QI3A 3PLDA 3IXKA 5KQXA 3OUAA 5P5EA 5P0OA 5HTZA 5I70A 2WECA 3OQAA 4R8YA 4I0FA 5P63A 5DR4A 4K4PA 5P27A 2QMFA 5P8PA 5P5LA 5P5ZA 5P0LA 4YCTA 4PHVA 1C6ZA 2FNTA 2AZ9A 5P59A 1HIIA 5P5QA 1SP5A 4CPRA 5P8MA 1HVCA 3R2FA 5P7SA 4FAEA 2QI6A 4B70A 5C9FA 4Z2ZA 4GJ6A 5BS4A 1EBYA 2WEBA 3DV1A 4RCFA 4J5JA 4Y5GA 2ZHVA 5OYXA 2PSGA 5OYTA 3BUGA 5P3PA 6FIVA 3S7MA 4RVJA 2V13A 4I10A 4BELA 5EZZA 5P0WA 3NYGA 3IXJA 3OXVA 4EPJA 4HEGA 5OYRA 5P6VA 3GI4A 5DQ4A 1KJGA 1B11A 2QD7A 1FQXA 4PEPA 5P4NA 5P6KA 2PYNA 1AM5A 1MERA 5P86A 4RROA 3KFSA 3SO9A 5P3TA 5FIVA 5OZWA 2NXDA 1VIKA 3NDTA 4ZIPA 3WB5A 3G70A 3PMYA 4I12A 5P36A 1META 5P7EA 3EKWA 1BXQA 5P7XA 5P8TA 1ENTE 1HXBA 5P4BA 5P1IA 4ZSPA 1BDRA 2VKMA 5P4QA 3SAAA 2UXZA 1KJ7A 1Q9PA 2P3AA 2R38A 1EEDP 4HVPA 2WF4A 4ZSQA 1NPAA 5P33A 3T7XA 5P7QA 1KJ4A 3KFPA 4EJKA 4Y47A 5P4RA 1NPVA 5P5XA 5CONA 2HB4A 4QJAA 4BFBA 2G26A 3OU3A 4Y3YA 2FS4A 1HPSA 4B1DA 4KE0A 1C6YA 3SA8A 4EJ8A 1BWBA 4YD3A 4QJ6A 1MTBA 1LZQA 1FKNA 3CICA 3K5GA 2PSUA 3PVKA 5P55A 5P48A 3L5CA 5I3VA 1QDMA 4AA8A 5B18A 1YTHA 5P1KA 5P3LA 3K1WA 1T3RA 4Y9WA 2FDDA 3U7SA 4OBJA 3B7VA 3R0WA 4DQFA 3MWSA 5P7NA 2BPXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GKT A;  2PWR A;  1PSO E;  2F8G A;  5P56 A;  5HVP A;  2XFJ A;  3GGU A;  2HPE A;  5P74 A;  3FNT A;  2OHT A;  5SXN A;  4DV9 A;  4DJY A;  5P61 A;  2O4P A;  1WBM A;  3OUC A;  2VA6 A;  3PI0 A;  3K4V A;  2QMD A;  3Q6Y A;  2QU3 A;  5P6H A;  4DJW A;  2O4S A;  3OAG B;  3QBH A;  5IS4 A;  2V11 C;  4WY1 A;  4XX3 A;  5PEP A;  3OTS A;  5P4M A;  3D1X A;  5HE5 A;  2P3B B;  5P0R A;  5OZL A;  3O9G A;  5ER2 E;  3SA5 A;  5T4S A;  5P2K A;  4RRN A;  5P05 A;  5E5J A;  4EJD A;  4Y53 A;  5P3N A;  3DUY A;  1IIQ A;  1EPP E;  3CKR A;  1PSA A;  2WF2 A;  1MUI A;  4H3J A;  5P80 A;  4DQG A;  3INF A;  4FGX A;  1M43 A;  3Q4B A;  3OY4 A;  4AZY A;  4ZLS A;  2NMY A;  4RVI A;  2VJ7 A;  5P6S A;  2VIJ A;  4CP7 A;  1PFZ A;  4Y39 A;  3NDX A;  1FIV A;  3GI6 A;  2P3D A;  3BUH A;  2G27 A;  3RSV A;  5E5K A;  5P4S A;  4I0E A;  3SAB A;  3F9Q A;  1BIL A;  2OHK A;  2AVQ A;  3UQP A;  5P2R A;  5P01 A;  4J1K A;  5OZE A;  5P8S A;  5P09 A;  5P6N A;  3PB5 A;  5P5R A;  4J1F A;  3SA4 A;  1HEF E;  5P2F A;  5P3I A;  3TOF A;  1AJX A;  1D4I A;  5P7R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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