4Y5CA

Endothiapepsin in complex with fragment 267
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
rcsb
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5cA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5cA01
1GNOA 3K4VC 2G1SA 1B6JA 4BFDA 1GNNA 1YTHA 1EPQE 1SGZA 3D3TA 5P00A 5P7MA 1ODYA 5OZDA 2I0DA 1TSQA 3SAAA 1NPVA 1EC0A 5P1UA 4PZWA 3VFBA 4Q1XA 4B70A 5P0LA 1BWAA 5P19A 1NSOA 1SDUA 5AHAA 5P0DA 2FDPA 5EZXA 5P4BA 4EJ8A 2O4KA 1AVFA 5P7GA 1HRNA 2P3CA 4Y9WA 2BB9A 1MSMA 3QP0A 6APRE 5IVSA 5DR4A 5OZBA 1IVQA 3TPLA 2AVOA 5OZ6A 2QZKA 4FCOA 5P84A 5P8FA 4OBFA 1LYWA 4YD6A 3SPKA 1XE5A 5AHCA 3SA3A 5P4TA 1APUE 4U7VA 1XE6A 5P31A 1HTRB 3GGXA 3HW1A 4DQFA 4Y5EA 5OZ9A 3TOHA 4N00A 4RCFA 2OAHA 4Y38A 1EBYA 3VEUA 5P3TA 2ASIA 4X7IA 3KN0A 5OZHA 5P04A 2P83A 5OZ2A 4Q1YA 3EKYA 5P33A 2Q11A 4DQBA 4FRIA 5JODA 1ZPAA 5P6IA 5P65A 1FGCC 5P6JA 1HHPA 2Q55A 3IXJA 5P2KA 2PH8A 4EXHA 1CMSA 2AVQA 5P29A 2RMPA 5P30A 4I0GA 3OADA 5P8QA 3OQ7A 2BPXA 4YOAA 1OEWA 4J0TA 5P2RA 5P7TA 4Z4XA 3FSMA 1NPWA 5AH7A 5P1MA 2Q15A 4L6BA 3N3IA 1FEJC 3OGPA 5P1ZA 5P8VA 1SMRA 4H3IA 5P2SA 1D4KA 1C6XA 5P6NA 1IZIA 3OQFA 1GKTA 2EWYA 5P2EA 5KOSA 3O9HA 5P8SA 3NLSA 4APRE 4YCKA 4Y37A 1HXBA 3O9GA 4Y3AA 3AIDA 4Y4UA 5P1GA 4CP7A 3K4VA 4FSEA 3I2LA 5P64A 2JYSA 3LNKA 3OXVA 4F74A 4Y4ZA 2OHSA 4L7HA 5JFPA 4J55A 4Y3MA 2F3FA 3EM3A 1HVIA 2HB3A 3WB5A 3K5DA 4DV9A 1BDRA 1ODXA 4NPTA 1RL8A 2PYMA 1Z1RA 2BPYA 5P37A 3PI0A 2OHQA 5E5KA 4Y3QA 3CIDA 2MIPA 2B60A 5P4HA 1D4YA 3SFCA 5P2NA 2F81A 2G22A 4YD7A 4DJQA 4Y58A 3IN4A 2RKFA 3KFNA 1DMPA 4Y3TA 5P2GA 5P6LA 2G24A 2VIJA 1HTFA 3UQRA 3UF3A 4UPJA 1MVPA 2G1OA 4TVHA 2BJUA 3KT2A 2QMDA 5BWYA 5P4CA 5OYYA 1SIPA 2QHCA 3BXRA 4NJVA 3PCWA 2QI0A 5P69A 5DGUA 2V00A 1SP5A 4Z50A 2WF3A 3SLZA 3T7PA 4Y3FA 4RGHA 5P59A 5P8TA 2QP8A 5OZKA 5P62A 5OYSA 5P1JA 3T7QA 4FAEA 5SY2A 1NPAA 2RENA 3GI4A 5P0KA 5KR0A 1FFFC 3OXCA 3QVCA 3L5FA 1SDVA 5IS4A 2AQUA 1RNEA 1YM2A 5KQXA 4CPQA 1IZEA 1WBMA 3I8WA 5P4NA 4BFBA 5EZZA 3WZ6A 5OZ5A 5HE4A 3URLA 3O9BA 4Y53A 3EL4A 4GMIA 2IGXA 4Y4JA 3TOGA 1W5VA 5KQFA 1M0BA 5P4AA 2WF1A 2AOGA 2WF4A 5CLMA 2NTRA 4ZPFA 5P52A 5P87A 5P7ZA 5P8JA 4HE9A 3GGUA 4ZPGA 5P2BA 1ZJ7A 4NJSA 4D83A 4DI2A 3UQWA 1MERA 2BPVA 4K4PA 2HC0A 4Q1WA 2HB4A 3KFPA 7HVPA 4GJBA 5P2FA 4RYCA 2G27A 3VSWA 4RCEA 2HS1A 2ZYEA 4Y43A 5OZJA 3VV8A 5P6KA 2R3TA 3APPA 5P5QA 3K5CA 5P0QA 4GJ9A 4AMTA 3Q5HA 2NXLA 4A6CA 2IENA 5P40A 5DQ4A 5P0IA 3EKQA 5OZEA 5P7PA 5P7HA 1APTE 2R9BA 5APRE 5OZFA 1DAZC 5P5GA 5P51A 2NPHA 5P1YA 4WY1A 1A8GA 5HDUA 4RRNA 1D4SA 4LXMA 3ZKNA 3OUCA 4Y3LA 2HPEA 5AGZA 2AVVA 5P0NA 4DJXA 3TKGA 3VUCA 3U7SA 1EEDP 5P3VA 3VLAA 4Y4XA 3MSKA 5OYRA 4EYRA 5P7AA 4A6BA 3EL5A 5DR8A 5P71A 5P7SA 4YE3A 9HVPA 1UH9A 1C70A 1HPXA 3ZPSA 3VF5A 4H3JA 5P4MA 3NU6A 3DUYA 2B42A 4CMSA 1OEXA 4FRJA 4HLAA 2J9KA 4Y3ZA 5P4XA 1F7AA 4XKXA 1FQ4A 5OZUA 1KJGA 5P36A 4RROA 3S7LA 2UPJA 3RTHA 3NWQA 3JVWA 5P3NA 5P8LA 5P27A 4B72A 5P49A 3JVYA 1FF0C 4J1HA 1HEGE 5P0FA 3TL9A 1M4HA 4J0VA 4R95A 4KB9A 2OHUA 3DV1A 4I11A 2OHPA 2I4WA 5COKA 4JECA 4ER4E 5OZTA 1Z8CA 2IQGA 5P4PA 1K6TA 2Z4OA 1RPIA 4Y4AA 5P5MA 5COPA 1HEFE 1E5OE 4HZTA 5T4SA 1EBZA 1TCWA 3EKWA 1D4IA 1D4LA 3ER3E 2XYFA 1GNMA 4R92A 4J1EA 2HPFA 2HS2A 4FAFA 2ZJJA 4YOBA 4QGIA 4D8CA 5OZ1A 1T7KA 3ST5A 3APRE 5P2WA 3QPJA 1MRXA 2WEBA 1YT9A 3FKTA 3QN8A 5P4VA 5P6MA 2IKUA 2NNKA 5P38A 1ZP8A 1OHRA 5IE1A 3VG1A 2P8HA 5OYZA 1BWBA 5DR3A 5P7LA 3EKVA 3BUGA 5I3XA 5IVTA 1SH9A 3R0YA 5TOLA 3OK9A 3BGCA 1LF2A 2V11C 3SABA 3LINA 3L5CA 3BVAA 5P73A 3QS1A 2R43A 3OUAA 6UPJA 3VV7A 3PMUA 2V16C 3FNSA 5P1TA 5P7RA 4B05A 4JOOA 5P2AA 5P4OA 3EBZA 2VIZA 4GJ6A 3SA5A 3PB5A 2AOCA 4J1KA 1VIKA 1B5FB 3VFAA 5HE5A 3IVHA 5AH9A 2AVSA 5HD0A 1BV7A 3UDMA 3KDCA 1A94A 2IS0A 2OHMA 2P3AA 3G6ZA 4FM7A 5ER1E 3S43B 2QK5A 5DR0A 2PH6A 4LAPA 5P8PA 2P3BB 5HDZA 2ZJHA 3KA2A 5DQCA 2ZHUA 3RVIA 4AUCA 1AIDA 2ZDZA 3LPKA 5OYXA 1C6YA 2P4JA 5P20A 5P0XA 1W5WA 1FG8C 2ZJLA 4DJRA 4B1EA 5P4EA 4ACXA 1HIVA 2BKSA 1XN2A 1YM4A 2ZJNA 5P4UA 4TRZA 4DQHA 4RVJA 5IVRA 4XX4A 4I0DA 5P2UA 5P2ZA 1APWE 1LEEA 5P07A 3GGAA 1HPSA 3OTYA 5P41A 1K1TA 2NR6A 3WB4A 2QZLA 5OZNA 5P5CA 3UFNA 4MC1A 4EWOA 4RYGA 4Y6MA 5KR2A 4K9HA 4Y4EA 3S85A 3NDTA 5P0EA 5P57A 4LXKA 5OZQA 1LYBA 5P2YA 4LC7A 4I0IA 1YG9A 7UPJA 5P77A 2PK6A 5P0CA 1MTRA 3PM4A 5P2DA 3PWMA 1B5FA 2NXDA 4HA5A 2FGUA 2B7ZA 4TVGA 5P6UA 3TPPA 3S56A 3TNEA 2PWRA 3OY4A 5HDXA 3S43A 5P2TA 4KE1A 2JJIA 2G94A 1A30A 2ZHSA 1XS7D 3C9XA 2P3BA 3T6IA 1FIVA 5OZ8A 1HXWA 2VS2A 5PEPA 5DR7A 4J1CA 5P5RA 3QIHA 3UTLA 5P6TA 3UDYA 1FQ8A 3GW5A 4FRSA 3EL9A 3UDRA 4Y5AA 1KJFA 3IVIA 4B1CA 4FRKA 4GJDA 5I3VA 5P5SA 5P3EA 5KAOA 2XYEA 1IZDA 3PLLA 3LZVA 5P7OA 3U6AA 1HBVA 5C9DA 4B77A 5P2XA 1ZTZA 5P3SA 3OXWA 1UPJA 2QZXA 3PCZA 5P5XA 3CKPA 2B7FA 5P0MA 4Y5GA 1G2KA 5F00A 1MT7A 5P55A 4Y5MA 3SA7A 3LPIA 1U8GA 1RV7A 1HSIA 2AOJA 2IGYA 3KM4A 5P8IA 2QNQA 2VA7A 5P0PA 2JXRA 5P3HA 4L1AA 1TSUA 3PVKA 5P1WA 1FMUA 1XL5A 4AA9A 2QHZA 5P66A 5OZPA 5P08A 5DR1A 3OOZA 1Z1HA 3TPJA 3EL0A 2ANLA 2APRA 2NMZA 3QRSA 5P5AA 3FX5A 4J5JA 5P4WA 5BS4A 4B78A 4GB2A 4YCYA 3BUHA 2V10C 1UH7A 5P61A 5OZRA 1KJ7A 5P1SA 2VNMA 5P5KA 3ZKIA 1AM5A 5P53A 1K6VA 4Y4BA 3SA8A 5P6XA 4J1FA 4OD9B 2Q3KA 3KFRA 5P09A 4S1GA 1BAIA 2F8GA 3SKGA 3R2FA 3VV6A 4YD4A 5P5NA 4FS4A 3FNTA 3UDNA 3PLDA 3UDHA 5P7NA 3I25A 4Y3HA 5OZCA 4Y4TA 2OHRA 3MXDA 1UH8A 2WJOA 1HIHA 1DW6C 5P43A 2O4PA 2WL0A 3QBFA 3CYXA 4DPFA 2IL2A 2RKGA 4ZPEA 4BELA 3BRAA 3PSYA 5P3DA 1LF3A 5P6QA 5SZ9A 5C9BA 1JLDA 3LIYA 2FNSA 4DJWA 5P5UA 1Q9PA 5OZGA 3RTMA 5P63A 4GIDA 4HDPA 1E82E 3SA4A 2IEOA 5P3PA 4Y5BA 2NNPA 5P3UA 1TW7A 1F34A 3KDDA 5P82A 1ME6A 5P4GA 3EMYA 1SBGA 3UCBA 1BXQA 2H6SA 2I1AA 3NU9A 1SIVA 4EXGA 5OYQA 4I8WA 1BXOA 3NXEA 3OU4B 1G35A 3I6OA 3NR6A 1HSGA 5OZLA 3HVGA 1ZSRA 1MTBA 1IVPA 5P2IA 2QMPA 4MC2A 1W5YA 5P15A 2BPZA 4LP9A 4Y5NA 2QD7A 2XFIA 4GJ7A 4Y3JA 2JE4A 3OQAA 4PYVA 4QJ9A 2WEAA 1QS8A 5P3CA 4K4QA 2ZJKA 5OZ7A 3EM6A 4NJUA 5P45A 4DJPA 3EKXA 4OD9A 2XFKA 4DQGA 1QBRA 4CPUA 4FLGA 5P3XA 1K2BA 2JJJA 4M8YA 4YD5A 2F3EA 3OUBA 3VF7A 4I10A 4FSLA 5SXNA 3O9CA 4GJCA 4PHVA 3TH9A 1DIFA 3TTPA 3G72A 4PEPA 5OZZA 3BHEA 5P22A 2PQZA 2Q5KA 5P6DA 4BEKA 5P1IA 5OZVA 2VIEA 2Q54A 3FIVA 2I0AA 3PEPA 1HSHA 5P0VA 2BKTA 3SA6A 5P1PA 2OHNA 1AJXA 5P24A 5P4YA 5P74A 5CONA 4Y3GA 2ZJIA 4GJ5A 3FV3A 5P1NA 4U7QA 2BBBA 3IN3A 4K4RA 5P3AA 1T7JA 5P5TA 5BRYA 2G1RA 1FQ5A 2AZCA 4RLDA 4F73A 3O9EA 4ZSQA 4IVTA 1W6IA 5P7FA 5OZXA 1MPPA 3AUPA 5OYTA 4DFGA 2AVMA 6FIVA 4ER2E 4Y50A 2UY0A 3EXOA 4DQEA 3OU4A 4D88A 5P6PA 5P8BA 2QI7A 3UDQA 5P47A 3K5FA 4APEA 2WECA 4ZIPA 5P4ZA 3HD8A 2F3KA 4OBHA 5KOQA 3SA9A 4Y3SA 2AODA 2F80A 3PBDA 5P13A 3KT5A 5P7WA 3ZPUA 4FIVA 4R91A 5OYWA 2HB2A 2ZE1A 4HVPA 4CKUA 3OOTA 5P7EA 3ZPTA 5P6CA 3D91A 1HVRA 3KF0A 2R38A 1T6EX 3NUOA 2AZBA 3HBOA 3B7VA 4Y41A 5P5IA 4Y48A 4GYEA 4DQCA 2H6TA 4R8YA 5P0WA 2VJ9A 2I4VA 2OHKA 3KYRA 4Y5KA 1BDLA 4CPXA 2QU3A 5P8NA 2QCIA 3O9LB 2WF0A 1TQFA 2A4FA 5P4JA 4CPSA 3ZKXA 5ISKA 3DCKA 5P4DA 3HAWA 3DK1A 1EPPE 4EP2A 3S2OA 5P50A 1FKNA 3H0BA 1HVJA 3KMXA 2HAHA 3NDUA 5OZYA 1RQ9A 1MUIA 4EJLA 3ZKQA 5P4KA 2O4SA 5OZMA 5P1KA 5P46A 4Y56A 3D1ZA 2QZWA 5DQ1A 4EPJA 5ENKA 2PSUA 4KE0A 2VNNA 1ODWA 5P3FA 3D20A 5KQYA 4CPWA 1PPME 5P6EA 3BGBA 5HCOA 5P1AA 3NXNA 5P7IA 5P0SA 5P3QA 2O4LA 4TRWA 1EBKC 3URIA 3ER5E 5I3YA 5P6OA 5HDVA 3OXXA 4DPIA 3OWNA 4Y5CA 5P1XA 3H5BA 2QMGA 3K1WA 5P5OA 5P4RA 4LHHA 5P3GA 1GVUA 5P2JA 1PSOE 5P2LA 2PWCA 1IIQA 1YX9A 4TRYA 4KUPA 3G70A 1YTGA 3NU4A 5DPZA 2G26A 3GI0A 5P2CA 5P1QA 1K2CA 2ER9E 5P86A 4ZSMA 2NMYA 4NKKA 4J54A 3CYWA 1TCXA 5P0UA 5J25A 3PGIA 3ECGA 4Y5LA 4YD3A 5P5WA 1EPOE 4IVSA 3LZSA 5JFUA 1PPLE 5P18A 4LXAA 3OUDB 4DUSA 3O9LA 5P2MA 3IGBA 1D4JA 3WSJA 2R8NA 1IZHA 3HZCA 3PI5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GNO A;  3K4V C;  2G1S A;  1B6J A;  4BFD A;  1GNN A;  1YTH A;  1EPQ E;  1SGZ A;  3D3T A;  5P00 A;  5P7M A;  1ODY A;  5OZD A;  2I0D A;  1TSQ A;  3SAA A;  1NPV A;  1EC0 A;  5P1U A;  4PZW A;  3VFB A;  4Q1X A;  4B70 A;  5P0L A;  1BWA A;  5P19 A;  1NSO A;  1SDU A;  5AHA A;  5P0D A;  2FDP A;  5EZX A;  5P4B A;  4EJ8 A;  2O4K A;  1AVF A;  5P7G A;  1HRN A;  2P3C A;  4Y9W A;  2BB9 A;  1MSM A;  3QP0 A;  6APR E;  5IVS A;  5DR4 A;  5OZB A;  1IVQ A;  3TPL A;  2AVO A;  5OZ6 A;  2QZK A;  4FCO A;  5P84 A;  5P8F A;  4OBF A;  1LYW A;  4YD6 A;  3SPK A;  1XE5 A;  5AHC A;  3SA3 A;  5P4T A;  1APU E;  4U7V A;  1XE6 A;  5P31 A;  1HTR B;  3GGX A;  3HW1 A;  4DQF A;  4Y5E A;  5OZ9 A;  3TOH A;  4N00 A;  4RCF A;  2OAH A;  4Y38 A;  1EBY A;  3VEU A;  5P3T A;  2ASI A;  4X7I A;  3KN0 A;  5OZH A;  5P04 A;  2P83 A;  5OZ2 A;  4Q1Y A;  3EKY A;  5P33 A;  2Q11 A;  4DQB A;  4FRI A;  5JOD A;  1ZPA A;  5P6I A;  5P65 A;  1FGC C;  5P6J A;  1HHP A;  2Q55 A;  3IXJ A;  5P2K A;  2PH8 A;  4EXH A;  1CMS A;  2AVQ A;  5P29 A;  2RMP A;  5P30 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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