4Y5EA

Endothiapepsin in complex with fragment 268
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5eA01
5P4CA 2NNKA 1IVPA 2WL0A 3CICA 3PI0A 3QRMA 3GGVA 4EP2A 3OADB 1FFIC 4DJVA 5I3YA 3L38A 4GJ5A 1KJFA 2QU3A 5P5WA 1CZIE 5P5UA 3UQXA 1B5FA 3I2LA 2BPXA 5P17A 2FGUA 2BKSA 5OZ0A 3GI4A 3L5FA 3G6ZA 1BBSA 4J1HA 2J9JA 3FX5A 4WY1A 4FS4A 1PROA 3GI0A 3S43A 1EBYA 4Y39A 3KT5A 5C9DA 1LYAA 4FAFA 4COEA 5OZ6A 5P8SA 4NJUA 3OUDA 3L5CA 3URIA 4I12A 3WB4A 3UHLA 3WZ8A 3K4VC 1FLHA 3T3CA 3S85A 3S8IA 5P5GA 5P7DA 4EP3A 1ER8E 2O4KA 1APWE 4ACUA 3UFNA 5P16A 3LZVA 4EHCA 3EKYA 1FFFC 3QN8A 1FQ7A 4Y3SA 5DQ5A 2NMZA 3SFCA 3SLZA 4ZPEA 5P3EA 5P0UA 5P6BA 3RVIA 3NU9A 1DW6C 4JOOA 2F3EA 1Q9PA 2ZHUA 1EPQE 3NU3A 3C9XA 4J0VA 1LZQA 1AM5A 1NH0A 3FNSA 5P6VA 1AAQA 3ZKXA 3KA2A 2QMFA 1G2KA 4RVJA 3QP0A 3OU4B 5SZ9A 5DQ4A 2VIZA 3D20A 5P32A 2QI0A 5P3WA 2BBBA 3NLSA 3QBHA 2R8NA 3G72A 2IDWA 4GB2A 4APRE 4DJWA 3OQFA 5P1SA 4DQHA 4K9HA 5P1QA 1HEGE 5P5TA 1YTIA 3UDHA 3INEA 5P89A 5P2XA 2QZKA 5P2ZA 1TSUA 5E5KA 1WBMA 2QMDA 5P3DA 5P8MA 5C9BA 1HVCA 3BVBA 5P1HA 4AUCA 4CPWA 5P2OA 5AH8A 3OK9A 3PJ6A 3KDBA 4FSLA 2VIYA 4DH6A 5J25A 1IBQA 1KJHA 5OZ5A 1W6HA 4CMSA 4HVPA 2VJ6A 2F3FA 4Y5MA 1LYBB 4JPEA 4Y5LA 5P1PA 1GVVA 2IRZA 1IZEA 1T7IA 3VCMA 5P7JA 5P7WA 4B00A 3SO9A 4Y36A 5P5ZA 5I3VA 4DUSA 5OZUA 5P1MA 1J71A 4Y51A 1HXWA 5OZPA 5AGZA 2I4QA 1AJVA 5P66A 3ZPSA 1G0VA 1N49A 1MRWA 5P2IA 3ZL7A 5OZ3A 4JPCA 1MT7A 1NPAA 5P6HA 5P1CA 1BV7A 1IDBA 3B7VA 1D4KA 3RTMA 5P0NA 2QD7A 5HE5A 3NWQA 5P7PA 5P3NA 4YA8A 4L7HA 3NDWA 5APRE 3Q4BA 1VIJA 4Y3AA 3OQ7A 3PBDA 5IVQA 2B8VA 3NDXA 1T3RA 3PLLA 5P5VA 1BXQA 5OZEA 4EQ0A 1UH9A 5E5JA 5DQ2A 1FF0C 2WF2A 3I7EA 4OBZB 3QVCA 3PMUA 4Y3JA 4A6CA 2VA6A 4RZ1A 2VA7A 4PHVA 5P8GA 2EWYA 3R0YA 2FNSA 5IVRA 5HTZA 5P7ZA 4GJ6A 1MT8A 5B18A 3ZMGA 2RMPA 1HEFE 4MC2A 1E5OE 5P8BA 3VF3A 2ER9E 3INDA 3SA9A 5OZGA 3TH9A 4L6BA 2BPWA 1HVHA 3UDRA 3G70A 2V12C 4YDFA 4D88A 3PSYA 4YD7A 3SKFA 2PK5A 2QCIA 4FM7A 5P76A 3LPJA 4BELA 3OOZA 5P6UA 4XX3A 2FLEA 1BDRA 5P59A 3TOFA 5HU1A 4Z2ZA 5P15A 5DQ1A 4Y9WA 3VLAA 5P7HA 3O9EA 2VJ9A 1HOSA 4Y3TA 5OYXA 5P2BA 5P8CA 4ZEAA 5P2LA 3O9LB 3L5BA 4YCKA 1ME6A 2FNTA 3BUGA 1RQ9A 4FGXA 5P27A 2R3TA 4WY6A 4EPJA 3VUCA 5P02A 3VFBA 1MPPA 3SA5A 5P5SA 5P8KA 3L58A 3NU4A 5OZFA 5P77A 1ZSFA 4Y3WA 1W51A 5P3LA 3PWMA 4Y56A 3TOGA 3LITA 3LNKA 5P13A 5P2NA 3UQUA 5P55A 3L59A 1ZPAA 1BVEA 4FLGA 2VS2A 3IGBA 5COPA 5P6NA 2XYEA 4Y4WA 4DJUA 1K6CA 4Y4ZA 1UH8A 4L7JA 3PMYA 5P7LA 1GVTA 4Y4XA 1FMXA 4AA8A 5KQYA 2OHQA 5P2SA 1M4HA 4Y58A 5P4SA 4U7QA 2V10C 4K8SA 5P8DA 2VNNA 5OZXA 4EXGA 2Q5KA 5P6ZA 4Y5EA 4AMTA 3H0BA 5OYVA 4K4RA 5P1BA 5P3UA 4LXMA 5P50A 3OTSA 4R8YA 3MSLA 1DIFA 3FKTA 4QJ7A 1G6LA 1MSNA 5IE1A 5I3WA 3SM2A 2ZJJA 2QI4A 2OF0A 4CPRA 4GYEA 1QBSA 3GGXA 1HSGA 1A30A 3RTNA 4FRKA 5P0GA 4CPTA 4DQGA 4Y5NA 1SMEA 4CKUA 3OXWA 1LYWB 5P8FA 1W5WA 3O9GA 5P3RA 5P31A 4Y3HA 2HS1A 3HVGA 1SMRA 4Y5KA 1AIDA 3K5CA 5P48A 5P37A 4QJ8A 3EBZA 3OGQA 4J1EA 3SABA 3ZPTA 4OC6A 1SBGA 4Y41A 4R92A 5P73A 2CENA 5P62A 5P4AA 3NXNA 4DJRA 5OZBA 4Y3YA 4EJDA 1XN2A 3OAGB 4I0IA 5COKA 4Y3QA 2ZJNA 5P2DA 5P7FA 3BHEA 1QS8A 4R93A 2I4UA 2PSVA 3O9AA 4LL3A 2V0ZC 3HAWA 3SPKA 1ZBGA 5AH6A 3QRVA 5P4ZA 4QJ6A 3S7LA 2F8GA 2RKFA 4APEA 4BEKA 2QI1A 1HPSA 4H3JA 5DR4A 2O4SA 3HVPA 2P3BB 1B5FB 4Y3MA 5P0TA 3OTYA 3ST5A 3NUJA 3VLBA 5P18A 5P5HA 4PYVA 5P3JA 8HVPA 4ZPGA 2J9JB 3CYWA 4F73A 1QBRA 3CKPA 1D4HA 3S43B 5P8EA 5P6PA 5P47A 2V16C 2XFKA 3OU3A 5EZXA 3U71A 5P3BA 5P8TA 3QIHA 1ZTZA 5UPJA 1APUE 2P3CA 3JVWA 3LHGA 3PLDA 4Y5GA 3ZLQA 3TPLA 1F34A 1XS7D 2HM1A 3LZSA 2RENA 2JJIA 5P08A 5AHCA 5OZQA 2ZJIA 3IVIA 4Y48A 4XXSA 4Y35A 5P0VA 1MT9A 3BGCA 5P29A 3PRSA 5P1KA 1MTRA 5OZLA 2O4LA 4YOBA 2IKOA 5P7TA 5COOA 5P6IA 4Y4UA 5OZVA 3WZ6A 4RROA 2I4VA 5P7SA 4A4QA 3UDJA 3UQWA 5P6GA 3QAAA 4B1CA 5P3IA 3RU1A 3UF3A 5P0QA 5P8AA 4R91A 2FDDA 2JXRA 3GI5A 2HS2A 5P0IA 5P2FA 1HRNA 4FRIA 4Y5BA 1BWBA 4YE3A 2F3KA 2RKGA 4ER1E 3I25A 2UPJA 3NYGA 1IZDA 2G1YA 5P57A 2CEMA 4PPHA 5P7BA 2WF4A 3OU1B 2BPVA 5F00A 2A1EA 5P7UA 1XE6A 1EPOE 3DOXA 5P5RA 1HHPA 1EC3A 5P3XA 5P1GA 4MC1A 5P65A 3JVYA 3TPRA 3LINA 5OZRA 3SA7A 5P5LA 2AOIA 1E80E 4Y3FA 4DQEA 5P4RA 3APPA 3LZUA 3I6OA 2AIDA 4Y3NA 4FIVA 1LS5A 4ZE6A 2F80A 3SA6A 1RNEA 3KM4A 3FIVA 5P7NA 1CMSA 1MEUA 3JW2A 3SAAA 5P3SA 3S53A 5P78A 4M8XA 3UFLA 3QROA 1GKTA 1SDUA 5P3FA 5P8RA 4I10A 5IVSA 3UQRA 5OYRA 4J1FA 1ODXA 3OUCA 1HPXA 2OHKA 3PGIA 5P23A 2HIZA 5P74A 2RSPA 4YCTA 4Y53A 2PYMA 4YD4A 5P3PA 4PZXA 3D91A 2QI7A 3EXOA 4XX4A 4Y4JA 1RPIA 1MVPA 2I4DA 2ZE1A 5P30A 3O9HA 5P81A 1B6PA 4GJ9A 4HDBA 3BGBA 3KDCA 3Q6YA 1T6GA 5P5IA 2IENA 5KR0A 4Q1WA 3K5DA 4Y45A 2OHMA 1BWAA 3HBOA 1YG9A 2ER6E 2VIEA 5OYYA 5P2QA 5P3GA 4B05A 5P2RA 5P4DA 9HVPA 3SA4A 5P6YA 3CKTA 5P79A 5P7KA 5P5BA 4TVGA 5P5QA 1EAGA 1FQ8A 5P00A 2ER0E 4DFGA 5AH9A 1FGCC 5I3XA 4GJBA 3OXCA 2ZGAA 4Y47A 5P61A 5I70A 5P4IA 4QLHA 2QAKA 4X7IA 3SA8A 4RRSA 3KFPA 4FL8A 4Z4XA 5P2WA 6FIVA 2OAHA 2QD6A 4Q1NA 1CPIA 1FG6C 4Y54A 5P67A 2G26A 5DPZA 1EBWA 5P6CA 4ZLSA 1A9MA 5P4XA 5P3KA 1IIQA 1PPLE 5P7IA 5OZYA 5P20A 5P07A 4DQBA 1BAIA 5P5CA 4GJAA 1HXBA 1QRPE 2QP8A 3A2OA 1FQ4A 1Z1RA 4FSEA 4B0QA 5P4JA 2QMPA 5P60A 1HTFA 5P1EA 3HDKA 3UDPA 5OYWA 4TRZA 5P4GA 5P1UA 1HTRB 3F9QA 3DV5A 1LF4A 3RTHA 1HBVA 2AZBA 5P6LA 2BB9A 4CPSA 4H3GA 2ZJMA 2WKZA 5P3YA 3VF5A 2AODA 3HW1A 1ZLFA 3APRE 1K1TA 3WSJA 1HVSA 1ZAPA 5DQCA 3NU5A 1META 2R3WA 2HC0A 4L1AB 1QDMA 5P45A 5P03A 4J0YA 3O9CA 3QBFA 4DJOA 1SH9A 4NPUA 1FQ5A 3LPIA 2CEJA 1MUIA 1HVRA 3UDYA 1TZSA 5P7VA 1ZPKA 1YM4A 5P7GA 4EQJA 4B78A 3VEUA 1AVFA 2SAMA 3OU4A 4QJAA 4I0DA 2APRA 1SIPA 1BV9A 4J0TA 3ZKSA 1EPLE 4Y5PA 1GNMA 4I0JA 3EMYA 3FSMA 5P26A 3LZYA 2HAHA 4HDFA 5HDVA 1XL5A 5P0BA 1DP5A 5P8VA 2QNPA 2QHCA 4XKXA 4F75A 4YBFA 3RSVA 3GI6A 5P3TA 4IVTA 4ZPFA 5P43A 2QNNA 5P1AA 2WECA 3VYDA 3S54A 5T4SA 2B60A 5P7RA 5P8HA 1ODYA 5P2UA 2HPEA 5P0YA 4ZIPA 1LF2A 4CPUA 5P2TA 3I8WA 4PEPA 5HCOA 5AH7A 3MXEA 3R0WA 5P44A 4GIDA 5P10A 3L5DA 5OYQA 3PSUA 5P0HA 3TL9A 4B70A 1EC1A 5P54A 5P1LA 5P6XA 3KT2A 4Y3RA 5DGWA 5P0JA 5OZDA 1EEDP 4I1CA 3OXXA 3ZPUA 5OZ2A 1ZSRA 4M8YA 4NJVA 5P1JA 4EJKA 4L7GA 3PWRA 5SY2A 1GVWA 3PI5A 4D83A 3SACA 5OZ9A 5P19A 3KF0A 3FV3A 4FCOA 2G94A 3UDNA 4U7VA 3DM6A 5P4YA 3O9DA 4H3IA 5P0AA 2FXEA 5IVTA 3OHFA 2WJOA 4OC6B 6UPJA 3DV1A 5P5NA 5P4BA 2BJUA 2G1NA 1D4JA 2G27A 1MRXA 2PWRA 3KMXA 5P6SA 3IAWA 5P6OA 4EWOA 3H5BA 4Y3PA 5P4UA 4ACXA 3PVKA 1SDTA 3IN4A 1YTGA 3CYXA 3OQAA 3T7QA 4EJ8A 4K4PA 1IVQA 1EPNE 3PCWA 5P0RA 3INHA 3FNTA 2PC0A 1C6ZA 1LF3A 4LC7A 4R5NA 5HD0A 1B6MA 2JYSA 4CPQA 1K2CA 5P0SA 3R2FA 1QBUA 2FMBA 3QI1A 2ZJLA 3CIBA 2BQVA 3K1WA 3QS1A 4OBZA 4YDGA 1YM2A 4EYRA 2I0AA 4YD3A 5P7MA 4FAEA 1B11A 1M43A 4EJLA 3OQDA 3EKPA 5P6TA 1IDAA 3PEPA 4OD9A 5ER2E 1XN3A 5HU0A 5P6MA 5P1IA 2ER7E 3MSJA 2NPHA 4Y6MA 4B1DA 2AOGA 2QZLA 5P52A 5P49A 2G22A 4Y4GA 5P6WA 2AOCA 1BXOA 5P4EA 3PSGA 2IL2A 2UXZA 1OEWA 1E81E 2AOJA 1EBKC 5P40A 5P75A 4Z22A 1DMPA 4HE9A 2PQZA 1KZKA 2PMAA 1FKNA 1SGZA 2PSGA 3TKWA 1HWRA 1MSMA 4KE0A 4S1GA 4F74A 4AZYA 5P2EA 3PCZA 4F76A 5KR8A 3BUFA 1HVKA 1TW7A 2G20A 3RSXA 2OHLA 2ZHTA 1W5XA 3NUOA 5P04A 5OZ8A 4NJSA 2PH8A 3U7SA 5CONA 5OZCA 4CP7A 5P0XA 2P83A 1T6EX 1FQ6A 4DPFA 5OZJA 4R95A 2FDPA 1U8GA 2PWCA 1KJ4A 4YHQA 4WTUA 5P0OA 4ZSQA 5DGUA 5KR1A 2XFIA 2WEDA 3ZKIA 2V00A 3NDTA 4HEGA 2AQUA 1K6TA 4Y3GA 4Y5AA 3TLHA 4DJYA 1K6VA 3N3IA 2Q15A 4EXHA 3UDMA 2QZWA 5OZOA 5P4VA 2FIVA 5P5EA 2AVQA 3INFA 4A6BA 4Y4AA 2NNPA 5PEPA 5P25A 5P7YA 4Y38A 3NR6A 2B7FA 5P3MA 5P24A 3ER3E 5OZ1A 5P63A 3PHVA 2QK5A 3U6AA 3O9FA 5ER1E 5P69A 3KN0A 3EL0A 4Y4TA 1LYAB 5P6FA 4LHHA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4C A;  2NNK A;  1IVP A;  2WL0 A;  3CIC A;  3PI0 A;  3QRM A;  3GGV A;  4EP2 A;  3OAD B;  1FFI C;  4DJV A;  5I3Y A;  3L38 A;  4GJ5 A;  1KJF A;  2QU3 A;  5P5W A;  1CZI E;  5P5U A;  3UQX A;  1B5F A;  3I2L A;  2BPX A;  5P17 A;  2FGU A;  2BKS A;  5OZ0 A;  3GI4 A;  3L5F A;  3G6Z A;  1BBS A;  4J1H A;  2J9J A;  3FX5 A;  4WY1 A;  4FS4 A;  1PRO A;  3GI0 A;  3S43 A;  1EBY A;  4Y39 A;  3KT5 A;  5C9D A;  1LYA A;  4FAF A;  4COE A;  5OZ6 A;  5P8S A;  4NJU A;  3OUD A;  3L5C A;  3URI A;  4I12 A;  3WB4 A;  3UHL A;  3WZ8 A;  3K4V C;  1FLH A;  3T3C A;  3S85 A;  3S8I A;  5P5G A;  5P7D A;  4EP3 A;  1ER8 E;  2O4K A;  1APW E;  4ACU A;  3UFN A;  5P16 A;  3LZV A;  4EHC A;  3EKY A;  1FFF C;  3QN8 A;  1FQ7 A;  4Y3S A;  5DQ5 A;  2NMZ A;  3SFC A;  3SLZ A;  4ZPE A;  5P3E A;  5P0U A;  5P6B A;  3RVI A;  3NU9 A;  1DW6 C;  4JOO A;  2F3E A;  1Q9P A;  2ZHU A;  1EPQ E;  3NU3 A;  3C9X A;  4J0V A;  1LZQ A;  1AM5 A;  1NH0 A;  3FNS A;  5P6V A;  1AAQ A;  3ZKX A;  3KA2 A;  2QMF A;  1G2K A;  4RVJ A;  3QP0 A;  3OU4 B;  5SZ9 A;  5DQ4 A; 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 2RSP A;  4YCT A;  4Y53 A;  2PYM A;  4YD4 A;  5P3P A;  4PZX A;  3D91 A;  2QI7 A;  3EXO A;  4XX4 A;  4Y4J A;  1RPI A;  1MVP A;  2I4D A;  2ZE1 A;  5P30 A;  3O9H A;  5P81 A;  1B6P A;  4GJ9 A;  4HDB A;  3BGB A;  3KDC A;  3Q6Y A;  1T6G A;  5P5I A;  2IEN A;  5KR0 A;  4Q1W A;  3K5D A;  4Y45 A;  2OHM A;  1BWA A;  3HBO A;  1YG9 A;  2ER6 E;  2VIE A;  5OYY A;  5P2Q A;  5P3G A;  4B05 A;  5P2R A;  5P4D A;  9HVP A;  3SA4 A;  5P6Y A;  3CKT A;  5P79 A;  5P7K A;  5P5B A;  4TVG A;  5P5Q A;  1EAG A;  1FQ8 A;  5P00 A;  2ER0 E;  4DFG A;  5AH9 A;  1FGC C;  5I3X A;  4GJB A;  3OXC A;  2ZGA A;  4Y47 A;  5P61 A;  5I70 A;  5P4I A;  4QLH A;  2QAK A;  4X7I A;  3SA8 A;  4RRS A;  3KFP A;  4FL8 A;  4Z4X A;  5P2W A;  6FIV A;  2OAH A;  2QD6 A;  4Q1N A;  1CPI A;  1FG6 C;  4Y54 A;  5P67 A;  2G26 A;  5DPZ A;  1EBW A;  5P6C A;  4ZLS A;  1A9M A;  5P4X A;  5P3K A;  1IIQ A;  1PPL E;  5P7I A;  5OZY A;  5P20 A;  5P07 A;  4DQB A;  1BAI A;  5P5C A;  4GJA A;  1HXB A;  1QRP E;  2QP8 A;  3A2O A;  1FQ4 A;  1Z1R A;  4FSE A;  4B0Q A;  5P4J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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