4YAVA

Crystal structure of ligg in complex with b-glutathionyl-acetoveratrone (gs-av) from sphingobium sp. strain syk-6
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
262
structure length
260
Chain Sequence
b'PQELTIYHIPGPFSERVEIMLELKGLRMKDVEIDISKPRPDWLLAKTGGTTALPLLDVENGESLKESMVILRYLEQRYPEPAVAHPDPFHAVEGMLAELAGPFSGAGYRMILNREIGKREEMRAAVDAEFGKVDAFLKRYATGSDFLFDDRFGWAEVAFTPMFKRLWFLDYYEDYEVPANFDRVLRWRAACTAHPAAQYRSKEELLKLYYDYTQGGGNGRIPEGRSISSFSPDVDWRTRPMPPRDKWGHAATDAELGLTR'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural and Biochemical Characterization of the Early and Late Enzymes in the Lignin beta-Aryl Ether Cleavage Pathway from Sphingobium sp. SYK-6.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutathione S-transferase
source organism Sphingobium sp. syk-6
molecule tags Transferase
total genus 83
structure length 260
sequence length 262
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13417 GST_N_3 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A PF16865 GST_C_5 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1050.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 4yavA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4yavA01
1O85A 3HZ8A 3FEUA 1ZZYA 2F9SA 4KDXA 2DBCA 1MDIA 2OACA 3PH9A 2PPTA 4ZB9A 4HU7A 2ZUPA 3MAKA 4RQRA 1YY7A 2VL2A 1DE2A 2JSYA 1PA3A 3F8UA 3U6VA 3GFKA 4OCFA 2FUG2 2C0GA 5DALB 3HJMA 4XS1A 2G0FA 4RI6A 1X5CA 2K8SA 5G31A 1PX6A 4GWRA 2MMAA 1BYEA 4G9HA 2I4AA 1YEXA 1MDJA 3GN3A 2EIRA 5G2ZA 3DIEA 2LQQA 5INYA 6GSUA 1EGRA 3K8NA 1X9WB 5ECPB 4FYUA 5IOXA 4ZIJA 1OAZA 3O76A 3ZL5A 5ELAA 5H5QA 4IP1A 4WR5A 1M99A 3LYKA 1PD21 1U3IA 4GSNA 1G6WA 3DVWA 5JWRB 3ZFBA 1A23A 3F9UA 1VGLA 1FAAA 2HNLA 3TKRA 4K9ZA 3GV1A 4JR6A 4XTSA 3H4KA 4Q5NA 1JZDA 1SD9A 4PUFC 1BX9A 2X99A 4DVCA 3I9V2 1WMJA 5J5NA 4Z7XA 3IK7A 2M80A 5KN2A 2IN3A 3GSSA 4WKWA 2VOCA 3R2QA 1O81A 3TJKA 4BL7B 6GSSA 3ED3A 1Y6EA 3G7IA 4KDYA 3GX8A 19GSA 2VD0A 4HOJA 3VPQA 3I6AA 3GH9A 2B5YA 4MJEA 1TRVA 1PMTA 1QGVA 1GLPA 4IELA 2H8LA 4PNFA 4XCSA 4MJCA 2HZFA 3ZRDA 4YQMA 5IO2A 3G7YA 3HVXA 2CAIA 3QR6A 1GULA 2E7PA 2LJRA 5DQYA 1MDKA 1XWCA 2HSMB 3CYNA 1S3CA 2H1DA 1J0FA 5CRGA 2N5FA 1KEBA 1XVQA 1QK8A 1TDIA 4DEJA 3EMPA 2XHFA 3IBHA 4IS0A 4I8BA 2LKUA 4POLA 2VCZA 1A0FA 5IIZA 1PKWA 3IC4A 4N30A 5EPFA 5HR3A 2F51A 2ON5A 5IO0A 4JZQA 2OBKA 3IAS2 1X9SB 2B7KA 3ZMLA 4KCEA 2JADA 4DSQA 1OYJA 1GSEA 3TDGA 3W8SA 2LJAA 3CXGA 3PINA 4G19A 2YJ7A 2M72A 3KGKA 5G5EA 4PQ1A 4HEA2 1ZGNA 2A4VA 4MMMA 4OO4A 3CBUA 4NPBA 3RPPA 5CAXA 3FK8A 4L0UA 3F6DA 3EURA 2VD1A 5AISA 1HQOA 3LSZA 3HKRA 5DCGA 3E9JB 4RI7A 1QXHA 3E0UA 1YQ1A 2X8GA 5J3RA 3C7MA 1G0TA 1PL2A 4GTUA 3APOA 2F8AA 3TCOA 5J4UA 1DBYA 1GSSA 2R4VA 2H1AA 3ERGA 1SYRA 1R26A 2D2ZA 3BJ5A 3N9JA 4MPGA 2WB9A 3FR3A 4F03A 4JBBA 1V98A 4PQIA 1ZYQB 1FO5A 2REMA 3QDNA 5F0GA 2DJ2A 4IKHA 3L78A 2GDRA 4MCUA 4EF0A 5G5FA 2FHEA 4L5LA 2CVBA 3ZIJA 3FR6A 1WP0A 4YAPA 1TXXA 5KN1A 4PQHA 3HVVA 3GSTA 1ERWA 1Z9HA 4ECBA 3L0HA 2CVKA 2VM1A 6GSVA 2OE1A 2YNXA 5JCWA 1AC1A 5D93A 1VRSD 1YDKA 5ECRB 5F05A 2FD3A 2E2MA 2JL4A 5J9CA 1I9DA 4TKYA 4JR4A 2V1MA 2WFCA 1K0AA 3UAPA 4MZCA 2NBSA 2GT6A 2O7KA 4L0WA 3IR4A 2P5RA 4GCIA 2DC5A 2AV4A 3TJFA 5A4WA 1GTBA 3VWUA 4WBJA 4LLRA 2HRKB 5JWQB 2E0QA 3I69A 3IAM2 3ZREA 4I97A 2R2JA 5LCZA 1V40A 4MABA 2GVPA 3M3MA 3A2WA 5D73A 3SWLA 4MDCA 3CTFA 4D73B 5IMCA 5DCHA 4KDUA 2MMOA 3D5JA 2DJ3A 1OC3A 3KJYA 3RBTA 4FYCA 1YF0A 1XW6A 5HFGA 4WXTA 5GSSA 2FWGA 1FVKA 4Q5RA 3FKFA 2B3SA 4MF6A 3SBCA 1EZKA 3RHCA 2XBIA 4KX4A 4ECIA 3QOUA 1ERVA 2GSTA 3KXOA 3GX0A 4JRRA 4WF5A 2YPMA 1X5EA 3TKSA 1ZCPA 1U6TA 4IP6A 3DKSA 4KCAA 4XS4A 2YV9A 1GNWA 1WWJA 4HQZA 2IMEA 1VF3A 1Z7PA 4OO5A 1DSBA 2IIYA 5DAKB 2OJLA 4ZXGA 1EV4A 2WGRA 1A0RP 2CZ3A 4USSA 3ZVJA 2LS5A 4JU5A 6GSYA 2DLXA 3H8QA 3APQA 5GAND 5AIVA 4NV5A 1AIUA 4TR1B 1OKDA 1AQXA 4GRFA 5FT3A 3R3EA 5G1KA 2HYXA 4MH2A 1M0UA 3Q6OA 4TXVA 3DGQA 3KEBA 4ZL8A 4BPYA 4KSMA 5GAPD 4X0XA 4LMVA 3GKMA 3HYPA 3TKPA 4YH2A 4POMA 2DSAA 5IPHA 1JZRA 4TOPA 4XHMA 3IE3A 1LBKA 5D96A 1WJKA 2V6KA 2DMMA 1Z5YE 1FB0A 2LNSA 5E4WA 2I81A 4WBRD 1GP1A 4FO5A 1B8XA 5HQPA 1GUHA 3LYPA 5IPGA 1T8EB 5AN1A 2MBTA 3QCPA 2GSRA 3G9BA 4LA1A 1EP7A 1Z3EA 5DJMA 2LTKA 2V2GA 2N5AA 1UN2A 3F4SA 3GMFA 4ZB6A 3M0FA 3VLNA 3P2AA 3EYTA 1OC9B 3ZFLA 3ZMKA 1WE0A 3TB2A 5GSTA 3G7JA 2CX3A 1WPIA 5KN3A 3VI5A 4N10A 3KMOA 1QUWA 1RK4A 2VCVA 2WCIA 1HNAA 1ZMAA 5EVOA 1BAYA 1PKZA 3NOFA 3UMAA 1O73A 3C1SA 3ZVJD 1PL1A 5C00A 1TRSA 1NHOA 2LEGA 4MF5A 5IMVA 3VURA 1M9BA 4J56E 2J9HA 4RUVA 3FZ9A 3HA9A 3PR8A 10GSA 4DSSB 4WR4A 3KZQA 4E8HA 4ZILA 3GTUA 1JLWA 3LEFA 2FCHA 1E6BA 1OE7A 3ERFA 2HRFA 1PGTA 2DJ1A 1F37A 3IDVA 4CW9A 1EGOA 1CQHA 1OKTA 2AB6A 2TRXA 1QMVA 2RM6A 5J9BA 4BVYA 1GNEA 2B7JA 1XW5A 1GUMA 3GNJA 3DWVA 3F6FA 1XWGA 3EE2A 5F07A 2I3YA 1U87A 3FRCA 2R6KA 3HY2A 2CX4A 1XFLA 5DVBA 5ECKB 1ON4A 2GS3A 5AIXA 2HE3A 4K7NA 3DXBA 4BWSA 4OFTA 3GKKA 2MMZA 3CSHA 1Q98A 3D21A 1F6MC 1MTCA 4TXOB 1N2AA 2PVQA 2P5QA 5HFIA 3FZ4A 3DRNA 1T7PB 2X8HA 2L6CA 4GSSA 4KA0A 3GKXA 1F3BA 2GZZA 3UVTA 2VL2C 2HT9A 2YCDA 1W89A 1XOBA 2P31A 4EVMA 1SYXA 4KAEA 1R5PA 1TW9A 2L5LA 2C0FA 5ID2A 4OWYA 4NHZA 2IWTA 3QAVA 4KW6A 3TRQA 2AHEA 2HZEA 1MD4A 1UVZA 3CMIA 4Q5QA 1H75A 1F9MA 1DE1A 3TRPA 3W8JA 2GZYA 2QC7A 6GSXA 1TK0B 2FA4A 3L4NA 1XWAA 1IYHA 3H93A 1R4WA 3IHQA 3C71A 2C0EA 1EEMA 3OR5A 5L71A 3FR9A 3AY8A 3IC8A 2C3QA 6GSWA 3LXZA 1THXA 3ME8A 3A5WA 2PN8A 4LMWA 2FNOA 4WETA 3GL3A 20GSA 1GH2A 3EU3A 3WT1A 2H6XA 2DJ0A 3U5RE 3FW2A 4ID0A 1XBSA 1XXUA 1SKRB 2YWOA 4GQFA 4NV2A 3UJ1A 2IFQB 1AUCA 2FA8A 3LQ7A 4E8EA 2VAFA 2GQLA 2VL3A 4YQUA 2H19A 2C4JA 4ECJA 2R3XA 3IRAA 4EDZA 1TI3A 3QD9A 2LRCA 1SJZA 4PURA 4H86A 2VCTA 4IQ1A 5GZZB 2PUKC 1LU4A 4ML6A 18GSA 2O85A 3J7Yk 4YQVA 1OVNA 3GUSA 2QKEA 2HFDA 3C8EA 3ERWA 2EC4A 1K0BA 1URMA 4ACSA 5J41A 5F8BA 2GSSA 3GH6A 2K18A 4G0KA 4CDOA 4MA9A 4KB3A 1J08A 2L5OA 2CQ9A 4WEYA 4EUYA 4K1FA 2IMIA 5B7CA 1C72A 2H72A 2RUEA 2DMLA 3C73A 2YV7A 1KTEA 2R37A 2HSHA 3ME7A 3ZTLA 1GSQA 1U3AA 2H66A 1TJDA 5CYYA 3ZIVA 5BMUA 5LNKe 5IMAA 3HVSA 4IN0A 2VLTA 4L8EA 2O87A 3L9VA 2OBIA 3Q19A 3A2XA 4K0NA 2KP2A 3TUEA 4KF9A 4N0VA 1MEKA 1FVJA 1GSFA 3TJBA 4LL4B 5A5KA 14GSA 3I43A 4I6XA 3GHAA 5G1LA 3VFIA 3TGZA 4ZBDA 5HFKA 3KP9A 2AYTA 4MH3A 3UBLA 2H74A 4P3YB 1YKAA 2I9HA 4TR3A 2JZSA 2B5EA 2H0HA 2HSMA 2LUSA 1A2LA 5HR0A 1K0NA 2VM2A 4QQ7A 1SKWB 2FWFA 1UA5A 2XPEA 2EIOA 2H70A 3UL3A 4K8MA 5CO3A 3W6GA 5ECSA 1TK5B 3N5OA 5D8IA 5ENUA 4MZWA 4XRDA 2LV3A 1RW1A 3P8WA 3CRTA 1SL2B 3M1GA 3QMXA 4HZ2A 5HR2A 1T4YA 2DJKA 2MMNA 2H6ZA 3ISOA 2H01A 2ON7A 2HQTA 2O89A 4KNDA 5E59A 2YWMA 1B9XC 3LFLA 4TW5A 1SL1B 3TJJA 5COHA 22GSA 2C3TA 1S3AA 13GSA 2ALBA 4EDYA 3IXRA 1K3YA 4MJAA 1TRWA 4J57E 3PGTA 2CA8A 2CT6A 1VF4A 1N8JA 2OE3A 2ES7A 3ZZXA 1HD2A 4MF7A 4KGIA 2B5XA 2XC2A 3GURA 4F0BA 3M9KA 2I1UA 1NW2A 1GWCA 2P0GA 5AGYA 3EINA 2H0GA 3UOMA 2RLIA 1VF1A 1EV9A 2LSTA 4BVXA 2VL9A 2IPAA 2WZ9A 5F06A 5ECLB 1T1VA 1AW9A 2FWEA 5B8AA 1ABAA 5DBQA 3J7Yb 4TVEA 1B9YC 1JHBA 4G10A 1OE8A 2RUFA 4J2FA 2FY6A 5CREA 1A24A 4ILFA 2NTOA 1SK1A 2WRTA 1YKCA 1SKSB 1FOVA 1NHYA 2AAWA 3ZYWA 1GLQA 1TTZA 1K0DA 4CHSA 3F0IA 4X43A 3VK9A 1J9BA 2KHPA 3EWLA 4GLTA 3GA4A 1TRUA 1JFUA 2QSIA 2WS2A 3US3A 2F3MA 1LJRA 2NDOA 2V32A 1A2MA 3RAZA 1TKDB 3NZNA 1K3LA 1YF1A 4EL1A 3KH7A 3TKSC 4AGSA 4MZBA 3KD0A 1M2BA 4G0LA 1K0OA 1THOA 2PBJA 1ZYEA 5JWOB 1XZOA 2HZEB 1O6JA 1V58A 1SJIA 1TOFA 3L9SA 4TRXA 2HRKA 5CNWA 5IM9A 3KIJA 2GT5A 1W4VA 3D0ZA 1XW9A 2IMKA 2HSNB 4O32A 3QAGA 4D73A 2IMDA 4IHUA 3MDKA 2HRAA 5IQYA 3KP8A 3TKQA 3EMXA 5IMDA 2OE0A 4HQSA 3EVIA 3V1WA 3RPNA 1AQWA 2BTOT 5CRHA 4HDEA 3HJPA 4IJIA 1K0CA 1UC7A 2YZUA 3FZ5A 4IQAA 1FW1A 4JE1A 4XS6A 2H76A 1U88A 4KH7A 2CV4A 2GQKA 4GQCA 2B1KA 1R5AA 1ACVA 4KSOA 4FIWA 1H4OA 4V1Ag 2L4CA 4V2LA 4XRAA 3UARA 5HR1A 3BOAA 1I5GA 3RHBA 3QFBC 4F0CA 2OKAA 3VWXA 4PNGA 1O8XA 1PX7A 5DAKA 1USBA 3LG6A 4ZL7A 2YWIA 1SD8A 4GF0A 1O8WA 3LJRA 4AJ8A 1YEPA 4I2UA 2HI7A 4F9ZA 3MNGA 2RM5A 2OADA 5CP1A 2IMFA 3WGDA 1Z6MA 1WIKA 4MLYA 4NMUA 2YP6A 2CZ2A 3WD6A 4G0IA 3S9FA 4EXJA 4PXOA 1Z6NA 4ZBAA 2VLVA 2JSZA 4NAXA 3CSJA 1PRXA 4TR1A 5ECNB 2VUPA 3HJOA 5D9WA 2DJJA 1X5DA 1YZXA 5B8BA 1VF2A 2EIQA 1A8LA 5A4UA 4NXIA 4NWYA 2KUCA 3QAWA 5IMFA 4MP4A 4XIHA 3CSIA 4HZ4A 4GXZA 3DYRA 4AJ7A 1JLVA 4YAVA 4AJ6A 2F8FA 3DD3A 5D9VA 3LXTA 1TK8B 5EY6A 3D6IA 1GSYA 3QPMA 1XVWA 2H71A 3NIVA 1FHEA 2PWJA 3O3TA 4MPFA 3KMNA 1EP8A 3L9UA 1YJ6A 2VCQA 5KEJA 3H79A 3CTGA 4EC0A 1HYUA 3VPTA 5H5RA 3FZAA 3TJGA 2JZRA 2HSYA 2AUVA 3GKNA 4JEDA 1F3AA 5DJLA 4HUAA 1OC9A 2MZCA 2K8VA 4EKZA 2TIRA 4OFNA 1S3DA 1EEJA 3D4TA 3F3RA 5KN0A 11GSA 1K3OA 2LQOA 4FH8A 3IPZA 4RQXA 2AJQB 3BCIA 1ZOFA 1ZL9A 2K6VA 2L6DA 2PERA 3EU4A 1T3BA 2JZTA 2LNTA 2YANA 4F82A 4I5QA 2MYGA 2H30A 4V2NA 2OA7A 5DQSA 3BCKA 3LWAA 1AAZA 3WGEA 4O92A 2FLSA 2H1BA 4TR0A 3UEMA 4DSSA 1SJ6A 5DALA 5ECHB 2WULA 3TOUA 1XCCA 1BEDA 1Q4JA 1GL8A 1R7HA 4IBPA 5LD0A 2QGVA 2LRNA 1X0RA 6GSTA 1O7UA 4PGTA 5A4VA 5CRWA 2X8CA 1AQVA 2R5GA 1EOHA 3HHVA 3M9JA 3F4RA 2FGXA 2L59A 1PSQA 4HJMA 1E2YA 1QFNA 4KUNA 4V1Ap 4XS4B 1SK2A 4ISDA 2LJKA 3F63A 2TRCP 3UIWA 1BJXA 1WOUA 2VCWA 5H5SA 2BMXA 3FY7A 4BVXB 3IA1A 4K6XA 3BD2A 9GSSA 1Y25A 4TXOA 1TP9A 5FHIA 4POKA 2RIIA 2VIMA 1TU8A 3E3EA 4F2IA 3WYWA 4I2TA 4ZBBA 4BL7A 2N5BA 3HZ4A 3VWVA 5B6NA 1RQMA 4MK3A 1F2EA 2LRTA 4PUAA 5ECOB 3C1RA 3IV4A 2JACA 1GTAA 2H0IA 1EWXA 2G2QA 4EE0A 1ST9A 3UBKA 4PX1A 4TR4A 17GSA 1QQ2A 5ELGA 3KH9A 3O6TA 5D9XA 5ECQB 1SENA 3KTLA 2YOIA 5ABRA 1DUGA 2UZ8A 1AXDA 3Q74A 3KCMA 3PPUA 1BQ7A 3TRXA 3KM6A 3QFAC 4BWQA 3GRXA 2K9FA 2C3NA 4HI7A 2O8VB 3APSA 2PGTA 3IK9A 1WRYA 1X9MB 2HLSA 2GGTA 4G2EA 5B6MA 2ZNMA 2WDUA 2IJYA 1FB6A 2C80A 2JU5A 2IL3A 1EOGA 2GTUA 1V2AA 1XOAA 3HCZA 4K7IA 3Q18A 2V6OA 1B48A 3FHKA 3VI7A 1A8YA 1M2AA 2BJXA 1M7TA 3TKSE 3P90A 4V2MA 2WJUA 1TI1A 2IFQA 4GSTA 4N0ZA 3GYKA 2YN1A 3CRUA 3HDCA 1SU9A 4OD7A 2KOKA 2PMTA 4HJ2A 2C1YA 2YJHA 2H1GA 2H73A 1IYIA 4ULXA 3A3TA 4FYBA 1PQNA 3FYGA 1SL0B 1CQGA 1T00A 4FQUA 1ERTA 4KE3A 2C0DA 3F4TA 4O5RA 2E2GA 3M8NA 3F3QA 2DIYA 4OFMA 4L5OA 5C04A 3JCML 3ZLPA 1GUKA 2CVDA 1M9AA 3GTUB 2XBQA 2MBSA 2NVLA 1GSUA 1B4QA 2YZHA 3DMLA 2XPDA 3GL5A 4BA7A 2C8UA 1T4ZA 2YWNA 1HNBA 2CAQA 1GRXA 1ERUA 2GZPA 3VWWA 4X1UA 7GSSA 2VO4A 1HNCA 8GSSA 1SK0A 2H6YA 4ML1A 1FG4A 1G7OA 4BVYB 1GTIA 1M2DA 1G7EA 16GSA 2PU9C 4QL7A 1PN9A 4ECCA 1XWBA 5CRDA 1V9WA 2A2RA 1JZOA 1KNGA 3EC3A 2GLRA 1K0MA 4LL1B 4ZB8A 3LGCA 1BG5A 2ZCTA 4HS1A 5IOWA 2Z9SA 2HRNA 4K7OA 1NSWA 4IGJA 3WGXA 1B4PA 2VLUA 2A2SA 4TN8A 5ECIB 1GTUA 1MD3A 3LORA 3KTBA 1XWKA 1OC8A 1NM3A 2H75A 1KBNA 1TU7A 5IMZA 3P7XA 3BBYA 5D9TA 2B6MA 3TOTA 1Z7RA 2M46A 4K2DA 3WT2A 4NHWA 4PTSA 3DVXA 3MWHA 2VCXA 2GSQA 4IJ3A 5ID2B 1ML6A 1XPVA 3A2VA 3D22A 4MJBA 4AF2A 4EO3A 4IW9A 3UVHA 3H1NA 12GSA 3HXSA 1JZWA 4Q5FA 4QL9A 1ILOA 2L57A 5EL8A 4N11A 4WF4A 1XIYA 3DEXA 5DDLA 2V41A 4O7HA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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