4YBIA

Crystal structure of bace with amino thiazine inhibitor ly2811376
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
389
structure length
388
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVASQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Robust central reduction of amyloid-beta in humans with an orally available, non-peptidic beta-secretase inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 388
sequence length 389
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ybiA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ybiA02
4J1CA 5OZ6A 3VLBA 1GVXA 1HPOA 3UDMA 1ZAPA 3O9GA 5P65A 4Y4JA 2AQUA 3NUJA 5P0YA 5P75A 1Z1HA 4RRSA 5P69A 3PI0A 2QZKA 2NR6A 5P5UA 2I4QA 1ZPKA 5P54A 5P1QA 5P56A 1EBZA 4GJ6A 2FGVA 3I8WA 4Y3PA 2P3BA 1HTEA 5J25A 3NU4A 2CEJA 1EPLE 3M9FA 3ZKMA 5P2YA 5F00A 3S54A 2FS4A 3PSYA 4I8ZA 5P19A 3CYWA 3L5BA 1G0VA 2ER6E 3OXVA 3K5FA 2AOHA 4R93A 5P3ZA 4OBFA 4GJ8A 5DGUA 5P71A 3VLAA 2FXDA 2VIEA 1B11A 1OHRA 1CZIE 2WJOA 5P4UA 4A4QA 1HVSA 2Z4OA 3ECGA 5OZ2A 5DR4A 1MERA 3HLOA 5P6NA 1NSOA 3EKXA 2AVOA 3OUDB 4LXMA 5P1PA 5P15A 1SIPA 2WF3A 3SM2A 1K6TA 3DUYA 3QROA 1QRPE 2OHQA 4RCFA 4FAEA 3F9QA 1Z8CA 2I4DA 2G24A 3OU1B 2B7FA 4K4RA 1MT8A 1TZSA 5P8VA 4OBHA 5P05A 2I4WA 2JE4A 4YD3A 3VG1A 2VKMA 5P3AA 3EXOA 4S1GA 5KR2A 1HIIA 1W50A 5P3RA 5OZKA 5P04A 4RVXA 1BV7A 2WEBA 2HM1A 1GNMA 1EPOE 4GJ5A 3MSKA 2AOJA 3PCZA 1TCWA 4CPTA 3N4LA 1ODYA 3LPKA 4Y4ZA 3ZKNA 5HE7A 3OAGB 4WY6A 3L58A 1D4LA 5P4EA 4PPHA 3ZKSA 2ZJJA 5HVPA 4EP2A 3FX5A 5P35A 3BC4A 1ZLFA 1T7KA 1EPME 2WHHA 5P6UA 3SACA 2I4XA 4FLGA 5P5RA 2APRA 5P8EA 2IDWA 3EM4A 4M8YA 5OZHA 5P08A 5P6PA 2WF1A 3SPKA 2VA7A 5ENKA 3OQKA 5P3MA 3EL4A 4Y57A 1FG8C 3I2LA 3SABA 7HVPA 1BXOA 5P2ZA 5P63A 3UQWA 5HE4A 3FNTA 5P0OA 3S85A 4ZSPA 3LINA 3LITA 1OEXA 4H3IA 4GJAA 5P42A 5P0KA 4I0DA 4Y3YA 3DM6A 2QI6A 3K5DA 3BUFA 6UPJA 3S45A 4KE1A 5P2TA 5HE5A 1TW7A 5HDZA 1EAGA 4I10A 2RSPA 5P24A 3DV1A 1F7AA 3QI1A 4NJVA 5P0IA 3SLZA 4I12A 1APVE 2OHRA 2AVVA 2BPVA 1FQ8A 3KMXA 3T11A 5HD0A 5OZBA 5P4FA 5P5GA 1D4KA 4NJTA 5E5KA 1D4YA 1HBVA 3R4BA 2WEZA 1UH8A 3JVYA 3EM3A 5P2WA 2UXZA 1W5YA 4Y53A 3DV5A 5OZRA 2Q11A 5P03A 4EYRA 3BXRA 2BPYA 5P36A 5P6VA 3IGBA 5P7NA 5OYWA 2BPWA 3D3TA 5OZVA 3VEUA 5P1NA 5P2MA 2F3KA 2QHZA 1HWRA 2ZGAA 4R95A 2O4NA 5P5DA 1MSNA 2HPFA 2V00A 4EJDA 5P6TA 5OZIA 5OZ7A 5HCTA 4GMIA 2AOEA 5P2HA 5P29A 3CIBA 4B0QA 1EC3A 5P0PA 5P13A 4DJXA 2O4KA 1FQ7A 4JECA 1LZQA 2QI5A 1PFZA 1UPJA 2AZCA 4Y4DA 3R2FA 4TVHA 5JFUA 4DQHA 3CYXA 2PK5A 1YG9A 4I8WA 2PH8A 5P4IA 1LYBA 5P87A 3MXEA 2NXLA 2RENA 5P3FA 3FIVA 5P5PA 3TPJA 4J0YA 3NXEA 3KFNA 4QGIA 5OZMA 5DGWA 5P66A 4DJVA 5P01A 3NDWA 5BWYA 3PMYA 3D1ZA 1B6MA 3L59A 5P0JA 3JVWA 1W5XA 1HXWA 5P6BA 4YD6A 4PZWA 4Y3AA 3R0WA 5P7AA 2PQZA 2FLEA 2P3DA 3TNEA 4I11A 4YDGA 2FDEA 1G2KA 4J0TA 5P0FA 3OAGA 3QPJA 4CPSA 3VV6A 2JXRA 5P4MA 2H6SA 1MRXA 3PLDA 4EQJA 2VA5A 2UY0A 3G70A 2BQVA 1ZSFA 5P8LA 4EXHA 3TH9A 4AZYA 3UDYA 5P8HA 4FRIA 1MPPA 2XFJA 5P02A 1DIFA 4LXKA 4I0IA 4RCDA 4BFBA 5P4WA 5EZXA 3L5EA 5P14A 5P74A 4Y5AA 5OZGA 4YDFA 2PWCA 1DP5A 2AVMA 5OYVA 5P2FA 2I4VA 3LNKA 5P7EA 5P4PA 2P3BB 3NUOA 5P58A 1HTFA 4BFDA 1FGCC 1HIVA 2OHSA 1MSMA 4QJ6A 5P6WA 2FXEA 1BAIA 5P0TA 3KDBA 1MTRA 5P8CA 1J71A 5P3EA 2V12C 3R0YA 3K4VC 4QLHA 3UDKA 8HVPA 2QI3A 5T4SA 2NTRA 1HEGE 3VFAA 3R1GB 2I4UA 4EXGA 2V16C 3UQRA 5OZSA 5P7IA 3BRAA 5P6QA 5P4RA 5P1EA 1EPNE 2ZJNA 5P60A 1M4HA 3QVCA 4ZSQA 4NJUA 3RTMA 3KMYA 5P0WA 3LIZA 3O9IA 4H3GA 4D83A 1T6EX 2ER7E 2QD7A 2FDPA 5DQ2A 5C9DA 4MC9A 2IKUA 4DPIA 5P6FA 1PPKE 1LF3A 5P6OA 4RGHA 1AXAA 2QAKA 2OHLA 2VA6A 4DV9A 1NPWA 1OD1A 3OXXA 1HVIA 5P22A 4Y51A 2ZHVA 4Y5PA 5P4BA 5P8RA 4Y43A 4HEGA 3UFNA 1QBRA 3PCWA 1K2CA 4Y47A 3ZMGA 2G27A 5P1BA 4HDPA 2G94A 3S56A 5P44A 1YM2A 2B8LA 3KF0A 4EJKA 3TKGA 4GJCA 4Y5NA 2V11C 1QBSA 1IZIA 4FSLA 5BRYA 3T7QA 5KQXA 5P30A 4B1DA 5P00A 2PYNA 4EJLA 4COEA 3VYDA 3OQAA 5P7QA 3PRSA 4F75A 1BDQA 5P6LA 2BBBA 1KJ4A 5HDUA 3EL9A 3BUGA 3NU3A 5P0HA 1FQ4A 3LPIA 2IL2A 1RL8A 4FL8A 4JPEA 3N3IA 4QJAA 2XFKA 3K5CA 1JLDA 5P39A 1ENTE 2NNPA 1K2BA 5OYZA 5P32A 1EEDP 2QU2A 3TKWA 5SY2A 1HSGA 2Q3KA 5P6RA 4YOAA 4R5NA 1ODXA 4AA9A 1FMBA 3DOXA 2AOIA 2F81A 4L6BA 3PJ6A 5P3IA 5P3LA 1B6JA 2QI4A 2QMGA 2ZJKA 2FNSA 3OUCA 1T7IA 1AM5A 5DR1A 7UPJA 4Y54A 3Q4BA 4YOBA 3GI6A 4EJ8A 3EM6A 1MUIA 5OZOA 1XN2A 3L3AA 4A6BA 4J0PA 5P8GA 5P2LA 4KB9A 4B1EA 1LS5A 1QBUA 1HPSA 5P4KA 2CEMA 4HVPA 3EL5A 1ME6A 4FRSA 4D85A 1Z1RA 5P5CA 5P8OA 3VV8A 5P0LA 3C9XA 4K4QA 3ST5A 4LL3A 3FV3A 3K5GA 3PWMA 4Y3SA 3S7LA 4J1EA 4X7IA 2O40A 3B7VA 5P0EA 3UDPA 5P7YA 4FE6A 5P1WA 3KT5A 4GIDA 5KQFA 3I6OA 1FB7A 3GGVA 4DVFA 5E5JA 4CPUA 4Y5KA 5OZDA 4I0ZA 3PMUA 5P31A 1HTRB 3UPJA 2BKTA 1U8GA 1E5OE 3AUPA 5P79A 5IS4A 5DR0A 3ZKXA 4Y3FA 5P7DA 3O99A 4F74A 3PBZA 4UPJA 5P3VA 4HZTA 3VF7A 3SA4A 1BVEA 5IE1A 5P1AA 5P7UA 3VF5A 4FRKA 3VYFA 3UDHA 5P89A 2AZ9A 1C6YA 4LC7A 5P1ZA 1TSUA 1K1TA 5P07A 3T7PA 1XDHA 1YT9A 1G35A 3NU9A 3QBFA 2I0AA 2XYFA 4J1FA 5P6GA 3TPPA 5HU0A 5P8JA 4LP9A 2Q55A 2J9JA 1M0BA 1LYBB 3PB5A 1ODWA 4Y39A 4Y5MA 3H5BA 2UPJA 3NU6A 5AHAA 2ZYEA 5P3CA 1TQFA 2BKSA 4Q1WA 3BVAA 1A8KA 4U8WA 1FEJC 1LF4A 3B80A 1HVKA 2VIJA 5P0ZA 5P5SA 3OTYA 4DJPA 4MC6A 1HRNA 2FGUA 3SAAA 1HVCA 3HD8A 1BIMA 1B6KA 3MSLA 3UCBA 5P33A 4J0VA 4MC2A 5P83A 2PYMA 1MIQA 3ER3E 3O9LA 5P7JA 3U71A 2VJ6A 4FM8A 3ZOVA 5P85A 4NKKA 5TOLA 3D1XA 4I0FA 1FQ6A 2JYSA 1AVFA 5P1VA 5P7PA 1SMRA 5OZAA 5P3HA 5P0QA 5I3WA 4XX4A 5P4AA 4DQEA 5I3XA 3L5CA 3ZPUA 5OZYA 5P52A 4ZSRA 2NPHA 5DPZA 5P5VA 2R8NA 4Y3ZA 3TLHA 3GW5A 1EC2A 1SDVA 4EWOA 5P1LA 1IIQA 5P6IA 1LYAB 2OHTA 4BEKA 3FNSA 1MT7A 1APUE 2IENA 4HDBA 1IDBA 4Y3NA 5OZ1A 4DQFA 4Y56A 3BUHA 5P45A 5P5EA 1YX9A 4OBZB 4DJYA 1HVHA 3SA3A 4U7VA 1ZSRA 3LIYA 1FG6C 3VYEA 5P3WA 3PHVA 4QJ8A 5P26A 1IVQA 5COPA 4K9HA 3KFSA 3OK9A 2HS1A 3T6IA 2ZHSA 5FIVA 5DQ5A 5P8SA 3OGQA 5P8TA 4ACUA 3IVIA 3LZSA 4Y3EA 2R43A 1BILA 3QBHA 1VIKA 5P17A 1HSIA 5P1FA 3SKGA 5P4CA 2QI7A 4Y48A 4Y5LA 4YA8A 5P6XA 3UQPA 4FRJA 1IVPA 3ZKQA 5OYSA 3SKFA 3VSWA 2NMYA 5OZQA 5ISKA 1GVVA 3L5DA 3TPLA 5P8QA 4L7HA 1HXBA 5P4OA 1FLHA 5P82A 3KYRA 2IQGA 3CKPA 3CIDA 3OQDA 1N49A 4FM7A 5I3VA 5P4SA 5AHBA 1EBKC 2Q64A 3NDXA 2O4PA 5P1IA 3VF3A 3LZUA 2ZHRA 3BXSA 5P2QA 4Y4UA 1SBGA 4ZSMA 5DQCA 3DCRA 2ER9E 1FQXA 4Y3LA 5P7BA 2XYEA 3PSUA 1W5VA 5P4HA 1IBQA 5P3BA 1XS7D 1PSNA 4J54A 4CPRA 5P3SA 1QDMA 2QCIA 3D1YA 1YTJA 3O9CA 1BVGA 4YBFA 5OYRA 3MSJA 2F3FA 5P11A 5JG1A 5P8KA 2HAHA 3FKTA 3PSGA 1A8GA 1QBTA 2QZLA 5P7GA 3UDRA 5P1DA 3HAUA 5P0CA 3SFCA 4HA5A 2A1EA 5P4DA 5OZPA 3FSMA 3VSXA 3IVHA 4RRNA 2G22A 4CPQA 1BXQA 3PM4A 3I25A 5P2JA 5P25A 3NDUA 3JW2A 5P40A 3UDNA 1SIVA 4WTUA 5P5FA 2QMPA 5P2RA 5P49A 1IZHA 4GYEA 1NPVA 1HEFE 2QMFA 1B5FB 5P3OA 5P53A 4YD4A 4ER1E 3KA2A 3O9AA 5P80A 3O9FA 1HIHA 5HU1A 5P4LA 3FNUA 2QHYA 3IN4A 2NXDA 1CPIA 2AOFA 5P8DA 5P5ZA 4Y3TA 5P2EA 4Q1NA 3CMSA 4DPFA 3GI5A 1ZP8A 4LHHA 2AZBA 5P5JA 3MWSA 4GJ7A 1XE5A 4R91A 3KDDA 5P5XA 2G1SA 1D4SA 2Z54A 4B78A 4HDFA 2R38A 5ISJA 2P3AA 4J55A 2Q63A 5P46A 3OXWA 4ZE6A 3S2OA 3WZ8A 5P5TA 5P73A 4Y41A 5P7SA 1SGZA 4I0GA 2QZWA 3VV7A 1K6CA 2G1YA 5P76A 3CKRA 1AAQA 1WBMA 1LF2A 2I1AA 2HPEA 3SM1A 5P2DA 1LYAA 3ZKGA 2IS0A 3DK1A 5P0RA 5P77A 3Q70A 5COOA 4OBJA 3T7XA 4OBZA 2V0ZC 1WKRA 2P8HA 3HW1A 2QU3A 2ZHUA 5P0VA 1LV1A 1E82E 5P23A 4Z2ZA 5P37A 1B6PA 4QJ7A 1Q9PA 5SXNA 5C9BA 1A30A 1AJVA 2PMAA 1D4HA 5P8MA 1YM4A 4B70A 4U7QA 3PBDA 3UHLA 3INFA 4L1AB 2J9JB 4NPUA 4Y5EA 1BWBA 1ZJ7A 4Y3QA 1XN3A 3EBZA 2MIPA 4Y35A 2OHNA 1MT9A 5P62A 4XX3A 5P5MA 1HVJA 3AIDA 1IZDA 1SDTA 2IRZA 4YBIA 1UH9A 1MEUA 5P10A 5P81A 5SY3A 2VNNA 4Y50A 4OC6A 1K6PA 2OHMA 4Y9WA 3WB5A 2HB2A 5P7LA 3O9LB 2PSVA 5P67A 3EKWA 4NPTA 5OZNA 4RLDA 1W5WA 4Z50A 4RZ1A 3UDQA 5OYQA 2HS2A 4DH6A 4H1EA 4YD5A 3LZVA 5P18A 3LZYA 3WZ7A 3UF3A 4F76A 3EL1A 5AH9A 1BV9A 1HOSA 4YCTA 1BWAA 5P1MA 4J0ZA 3WZ6A 4AA8A 5P7OA 4DQCA 4Y3XA 2QNNA 2RMPA 3OU3A 5P6JA 5BS4A 5P3KA 5OZEA 1C6ZA 4Y5GA 1ZBGA 2VJ7A 2CENA 5P5IA 3RVIA 3EC0A 2VIYA 3IA9A 1KJHA 3OWNA 1KZKA 5P20A 3Q6YA 2G69A 1XE6A 1FMXA 4EPJA 3PWRA 2PSUA 5DR3A 3NR6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J1C A;  5OZ6 A;  3VLB A;  1GVX A;  1HPO A;  3UDM A;  1ZAP A;  3O9G A;  5P65 A;  4Y4J A;  2AQU A;  3NUJ A;  5P0Y A;  5P75 A;  1Z1H A;  4RRS A;  5P69 A;  3PI0 A;  2QZK A;  2NR6 A;  5P5U A;  2I4Q A;  1ZPK A;  5P54 A;  5P1Q A;  5P56 A;  1EBZ A;  4GJ6 A;  2FGV A;  3I8W A;  4Y3P A;  2P3B A;  1HTE A;  5J25 A;  3NU4 A;  2CEJ A;  1EPL E;  3M9F A;  3ZKM A;  5P2Y A;  5F00 A;  3S54 A;  2FS4 A;  3PSY A;  4I8Z A;  5P19 A;  3CYW A;  3L5B A;  1G0V A;  2ER6 E;  3OXV A;  3K5F A;  2AOH A;  4R93 A;  5P3Z A;  4OBF A;  4GJ8 A;  5DGU A;  5P71 A;  3VLA A;  2FXD A;  2VIE A;  1B11 A;  1OHR A;  1CZI E;  2WJO A;  5P4U A;  4A4Q A;  1HVS A;  2Z4O A;  3ECG A;  5OZ2 A;  5DR4 A;  1MER A;  3HLO A;  5P6N A;  1NSO A;  3EKX A;  2AVO A;  3OUD B;  4LXM A;  5P1P A;  5P15 A;  1SIP A;  2WF3 A;  3SM2 A;  1K6T A;  3DUY A;  3QRO A;  1QRP E;  2OHQ A;  4RCF A;  4FAE A;  3F9Q A;  1Z8C A;  2I4D A;  2G24 A;  3OU1 B;  2B7F A;  4K4R A;  1MT8 A;  1TZS A;  5P8V A;  4OBH A;  5P05 A;  2I4W A;  2JE4 A;  4YD3 A;  3VG1 A;  2VKM A;  5P3A A;  3EXO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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