4YCKA

Endothiapepsin in complex with fragment 211
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yckA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yckA01
3CYXA 3HAUA 5P3YA 4Y51A 1BIMA 3EKTA 4GB2A 1AVFA 2P3DA 1YM4A 4YD7A 4I0HA 5P17A 3L5DA 5P3WA 1TW7A 2FDEA 5KR0A 3OY4A 5P1IA 5AH6A 2B60A 3OGPA 3INDA 1MSMA 1AZ5A 4Y3GA 2R38A 5P6SA 4R92A 4CPUA 3L3AA 4GJBA 4YD4A 2B8LA 4L6BA 5P8IA 2AZCA 4F74A 3EL1A 5P1DA 5KR1A 3LZUA 4OBKA 1VIJA 5P0IA 5HE4A 5P0HA 1D4HA 3SAAA 1HXWA 5P27A 4I0ZA 4R95A 4ER1E 1SMRA 2NMYA 4HDBA 3IA9A 4JP9A 4I8WA 5P7EA 3CYWA 3FSMA 4DQBA 4Y38A 3O99A 5P1FA 4S1GA 3OU3A 1K2CA 3ZKGA 5P6MA 1U8GA 3KN0A 4K4PA 4CPWA 2QI3A 5P37A 5P3IA 5P3OA 5P2JA 1YM2A 3BGCA 1APVE 3OQFA 1BDLA 1K6VA 2V10C 2AOHA 5P7BA 5HU1A 4HZTA 5P4QA 1IVPA 1EBWA 1TCWA 3MSKA 2OHRA 5HDUA 1KJ4A 1N49A 3IXJA 2FDDA 4F75A 2P3BB 3I25A 2P4JA 2Q5KA 1XN2A 4RCFA 4D89A 2NXMA 5P38A 2G69A 5JFPA 5P8JA 4HDPA 5P05A 3UDKA 7UPJA 3KA2A 3UCBA 5OZ7A 3OXVA 1ZJ7A 5JFUA 5OYYA 1BAIA 2VJ6A 2R9BA 5P08A 5P45A 5OZYA 5P81A 4AZYA 5P2UA 1IBQA 1HPOA 4Y5NA 5P73A 5P8VA 2I4UA 5P11A 3QRSA 3QROA 4OD9A 4RCDA 4Y3DA 2ER0E 4LAPA 5P4TA 5P88A 3FNTA 1T7JA 3PRSA 5P4DA 5P0PA 5COPA 4AUCA 3BUHA 1IZDA 5P8HA 1HPSA 1EC3A 2BPXA 3OU1A 4D8CA 1ZPAA 5P82A 5P1UA 1LZQA 5DR7A 5DQ1A 1PSOE 3WZ8A 1W5XA 4EP2A 3O9AA 2ZJLA 5P3QA 3SQFA 2F3EA 3UQPA 5P0UA 2QI6A 3I6OA 4DQCA 1MTBA 2O4NA 5HDXA 1TCXA 4Y4TA 5P56A 1HXBA 3INFA 4FGXA 5OZOA 1IDAA 3URJA 5P0XA 3BRAA 5KQYA 2B7FA 1MRXA 5P6KA 5P6VA 4TVHA 4I0GA 1HIIA 4Y4WA 5P1HA 5FIVA 4RLDA 1YTHA 1XS7D 3QBHA 4Z22A 2G24A 1BDQA 5P06A 2EWYA 5P0DA 5P22A 4FIVA 3HD8A 5AGZA 4XKXA 4DI2A 4FCOA 5P1GA 3PWMA 5P76A 4Y36A 3O9CA 5AH8A 5P2NA 1B6JA 5P7CA 3SA9A 2OHNA 5KQFA 5P7RA 1ME6A 5P8AA 1E82E 4RRNA 1T6GA 4APEA 3IAWA 4RVIA 5P1LA 5P8TA 3ZKQA 1HTGA 4QJ9A 4YDGA 3DV1A 2JXRA 3OOZA 2FNTA 5P50A 2J9JA 5OZGA 4Y4ZA 4B1EA 1XN3A 3U71A 4OBGA 1A30A 1A94A 2V11C 1YT9A 4J55A 3OUCA 1BXOA 4ZLSA 5P0NA 3TPLA 4ZPGA 2I4QA 3DCKA 5P0WA 1C6ZA 3CKTA 4KUPA 2NR6A 4Y5BA 5P3LA 5P8MA 4I8ZA 3QI1A 4ZSMA 2QNPA 1HOSA 3EKVA 3NDWA 3D1ZA 4DPIA 3NYGA 5OZEA 2XYEA 5P16A 5ENKA 2ZHTA 1QBRA 5P03A 3KFPA 1HVKA 5DR0A 2NPHA 4I12A 5IS4A 4Y44A 5P2XA 5P0ZA 5P6JA 4EJLA 5HTZA 3QRVA 3OTYA 5P79A 1AJXA 1IVQA 3D3TA 3GI6A 5PEPA 4B00A 4EQJA 5C9FA 5I3WA 3FKTA 2IENA 1RQ9A 3IXOA 5P5GA 3O9BA 4ZPFA 3RTMA 3ZPTA 1TSQA 1Q9PA 5IVRA 4ER2E 3I8WA 4DJXA 1W5YA 4DJRA 5P5VA 3VF7A 4Y9WA 2AOFA 3EMYA 4JPCA 1FQ5A 4DJWA 1NPVA 1HVIA 2AOCA 1XE5A 3CIBA 3LIVA 1PSNA 3PMUA 5HCOA 4ZSQA 1FQXA 2NTRA 1A8GA 3EKWA 3BGBA 4Y56A 5KR8A 4FS4A 3K5GA 4Y4XA 4B05A 5P0BA 3ST5A 2QI4A 3CKPA 1KJ7A 4EHCA 3SA3A 4AA8A 1GVTA 1D4SA 3OK9A 2WL0A 3KFSA 1EC1A 1HIVA 2NNKA 4J0TA 4Y5LA 2PYNA 5DR1A 4YBFA 1MT9A 3DV5A 2XFIA 1FIVA 5OZ0A 3QBFA 5P4YA 2O4LA 3HVPA 2BPVA 5OZSA 1W50A 3OHFA 1A8KA 4RRSA 3EM6A 5P2TA 4YCTA 5P7TA 4EYRA 2QAKA 4I11A 3U7SA 4UPJA 5P3AA 4Y4GA 2AZ9A 1BXQA 4Y4AA 3OQKA 1HTFA 3CICA 4I0DA 3EKXA 2F80A 4I1CA 3BHEA 3FIVA 5P3FA 4EXHA 1FFIC 2PSGA 2OHMA 3OWNA 3UDYA 2Q11A 4L1AB 4GZFA 1BVEA 3NU6A 4Z50A 3ZMGA 1EPNE 2RKGA 5P2LA 1SDTA 2QMGA 5OZBA 4U8WA 5P0LA 5P7UA 4Y3XA 3EM3A 3PBDA 4J1IA 4Y35A 3PSGA 4YD3A 5HDVA 5P5TA 1HSIA 1LV1A 5OZ8A 2ZGAA 3ECGA 1K6PA 2R43A 4Y3NA 1NPAA 4RZ1A 1QBSA 4OBZA 5P0CA 3TPRA 4Y57A 3UDMA 5OYXA 3L59A 5P7MA 4JPEA 4CPQA 4YA8A 3OQ7A 1EC2A 1OEWA 3VF3A 3A2OA 5P1VA 1GVXA 5P15A 2AOJA 1C70A 1ODYA 3NR6A 3TPPA 3SA6A 3NLSA 3S8IA 3UQXA 5I3YA 3HW1A 4APRE 3K1WA 3VLAA 1PFZA 5I3XA 1BV7A 2BPZA 5P7NA 4XX4A 3EKQA 3H0BA 5P2YA 5P6GA 1BILA 4Y3TA 4L7HA 4FSEA 4LC7A 3S45A 2P83A 3S7LA 2G26A 3NWXA 5P0FA 5C9BA 1FMBA 3OXWA 1FF0C 5ENMA 5P3VA 5OYSA 5P7IA 2O4KA 2I0AA 4E43A 3SA4A 5P5IA 1MERA 1LYBA 4HDFA 1IDBA 5P8GA 4NJVA 3D91A 5P3KA 5P7JA 3NU4A 1AIDA 2QU2A 4Y5GA 5OZHA 2ZHRA 5DGUA 1UH9A 5P2RA 1FQ7A 2PMAA 1ER8E 1NSOA 4Y3PA 5HE7A 2HS2A 4J1HA 4WY1A 2ZJHA 5P5HA 2HPFA 1ZSRA 2R5QA 5P1TA 4CPSA 2QMDA 5P55A 1CMSA 5P5BA 3L5EA 4H3FA 3K4VC 4Y4EA 2G21A 3EKYA 3G70A 2H6SA 2I4DA 4Y5EA 5UPJA 1BWAA 3TLHA 2VNNA 4Y4DA 5P7YA 1BV9A 3DM6A 1ZAPA 3IVHA 3S43B 2WECA 1WKRA 2NXLA 3VSWA 2PK6A 1TQFA 5P2SA 4ZEAA 3PLLA 3KDCA 5P6OA 1PPME 3ER3E 2AOEA 2WKZA 5BS4A 3TPJA 3UQWA 1LYAB 1B6PA 3D20A 3S43A 3OAGA 2O4SA 2G1OA 5P7KA 5P83A 2QMFA 1MPPA 3Q4BA 2VS2A 3RSXA 3S53A 5P5XA 4J0YA 3PMYA 3CIDA 4Y53A 1M43A 1SIPA 3PBZA 3QVIA 5P09A 5OYTA 4Q5MA 8HVPA 2A4FA 2BPYA 5KQZA 5P6TA 1LYAA 2QMPA 3TOGA 3KM4A 2FXDA 4LXAA 5OZPA 5KAOA 1FLHA 5P67A 1G0VA 4D88A 4K4QA 3OGQA 3GGXA 3SFCA 5P4GA 1EPPE 3NXNA 3URLA 1HSGA 4MC9A 2WEZA 2XYFA 3UDJA 3O9EA 5P5QA 5DQ2A 2AOGA 3RVIA 4DJPA 3NDUA 5P5AA 5P7GA 3TTPA 2ER6E 1RL8A 2IDWA 3SABA 1LS5A 5P5JA 4DJYA 2H6TA 4JOOA 3WSJA 3INEA 1GNNA 4BFBA 5OZAA 1XE6A 5P4UA 3EL9A 5P2DA 2IKOA 3S56A 4Y5MA 3B7VA 3EM4A 2RENA 5OZLA 3T7XA 3NWQA 3TL9A 3L38A 2AOIA 3SLZA 5P5DA 5OZ5A 3I2LA 1AXAA 4Q1XA 5P41A 5OZ4A 3VYDA 5OZNA 2O40A 3T6IA 4LXKA 5P33A 4GIDA 4GYEA 5ISJA 4Y48A 5P7LA 5P6AA 2UY0A 4H1EA 3OU4B 3MSJA 5AH7A 4KE0A 2PQZA 5OZ2A 4M8YA 5P5RA 3JVYA 5P85A 2QZLA 1W5VA 3UQUA 3APPA 5P6ZA 4FL8A 4XXSA 2ZHVA 3Q3TA 3I7EA 2ZJMA 5P4LA 1FMUA 2PYMA 5JODA 2OHKA 4Y3LA 4I0EA 4Y3JA 4RGHA 3OU4A 4EWOA 3K5FA 3HVGA 5P1NA 5OZKA 4LBTA 3NSHA 5P39A 5P3JA 2WF1A 2P3BA 2ASIA 2IS0A 5P4RA 3O9HA 3TOHA 2ER7E 5P8FA 5P5EA 2QNQA 5P7VA 2VIEA 2IRZA 4B1DA 3SKFA 1PPKE 1FGCC 1MVPA 4NJSA 5P53A 5P4XA 3EL4A 1MT8A 1FQ6A 1XL2A 2QD7A 5P6NA 5P2VA 5P7AA 3OHHA 1HPXA 4WY6A 4Y4BA 3ZKNA 4WTUA 4Y47A 2UXZA 5P3PA 2Q63A 4Y3RA 4DQFA 4F73A 2AVVA 3JVWA 4Y3FA 4MC6A 5P8RA 5AH9A 1Z1RA 1G2KA 5P1RA 4RROA 1UH7A 3GI5A 1LF2A 4QJ2A 2UPJA 5E5JA 5P24A 4YD6A 5P42A 2ZYEA 5P7SA 4HA5A 5KOQA 4R91A 4FLGA 3KT2A 3EL0A 5P4HA 1SDVA 5P6FA 3ZL7A 4BEKA 5P3HA 2P3AA 4DUSA 5P4IA 1SIVA 2G20A 2WF0A 3WB5A 5P4OA 4J1FA 2G1YA 1HIHA 2OF0A 2NMZA 3LHGA 2Q54A 4YCYA 5P5ZA 4Y5PA 1HRNA 5P3UA 5P1PA 4Z2ZA 4LXMA 1D4JA 4J1CA 5P71A 2BB9A 3R0YA 1E5OE 3WZ6A 5P4EA 3IN4A 5P3RA 5P3ZA 4FM8A 4YOAA 5SY2A 5P8BA 5P6EA 4OBFA 5I3VA 3N3IA 1MESA 2RKFA 3UPJA 5C9DA 3S54A 5ISKA 5P1WA 5P4VA 1QBUA 4DVFA 3LITA 2PH6A 3SA7A 5P2GA 2ANLA 5P3DA 5P2OA 4NKKA 2PH8A 5OZCA 3O9GA 3KDBA 4MC1A 3C9XA 3KYRA 2ZJIA 1M4HA 2B42A 1KJGA 1IIQA 2FS4A 1FKNA 3IXKA 5P2ZA 1G35A 1EC0A 1E81E 5P1AA 2CEJA 5DQ5A 1DPJA 5P44A 4QLHA 4GJAA 1FQ4A 4J54A 2XFJA 5P6QA 2QI5A 5P8EA 3AIDA 5P5MA 3DCRA 5BRYA 1T3RA 2V12C 3IN3A 1Z1HA 5P4FA 3R2FA 4FAFA 3O9LB 5SXNA 4CMSA 3BUFA 5P8DA 5P26A 2HC0A 3VFBA 5P1ZA 3VG1A 3D1YA 1OHRA 2OHTA 3DK1A 5P5YA 5P2EA 2V16C 2Q55A 2FLEA 1HVSA 5HD0A 3Q5HA 1C6XA 3R0WA 5P6LA 5P0MA 2I0DA 5P7XA 5P2MA 5P0EA 1SH9A 4DH6A 3ZLQA 4TRWA 3KT5A 4Y3AA 2QZWA 1K6TA 1EAGA 2QZKA 1JLDA 2B8VA 2WF4A 3OADB 3EC0A 5P35A 5P5KA 5P62A 5P74A 2VNMA 3VYEA 1TSUA 2PSUA 1EBYA 4NJTA 3VV8A 3KF0A 5P10A 5OZWA 5OZMA 1CZIE 5DQ4A 3ZPUA 5P1KA 4Y3ZA 3EL5A 4H3JA 3KDDA 5P00A 4A6BA 1MRWA 5CONA 3OADA 3M9FA 2FXEA 4PPHA 4HLAA 1DMPA 3K5DA 1RNEA 3ER5E 5P5NA 1D4LA 2FNSA 5CLMA 5P4MA 3T7PA 4JECA 5P30A 5P8OA 1UPJA 4I0FA 5AHCA 1NPWA 1SGUA 1D4KA 5P51A 5TOLA 4MC2A 5P49A 5P84A 2WEBA 2O4PA 1K2BA 1FQ8A 2ZDZA 4DJUA 2AZ8A 4B77A 4J1EA 1SBGA 4PZXA 2OHSA 5P5PA 5P5SA 2RMPA 4U7QA 2OHLA 5P72A 1MTRA 3OQAA 5P4PA 4J5JA 3QVCA 5DPZA 2P8HA 3O9FA 1HSHA 3O9IA 5P59A 1OEXA 4FRSA 3ZKMA 2Q15A 4EXGA 4J17A 1HVJA 3L5FA 5P3TA 1PPLE 4Y54A 3R4BA 1EPOE 3N4LA 3INHA 5P2WA 1IZEA 2BPWA 2WHHA 4OBDA 3LPKA 1K6CA 1WBMA 5OZRA 4DJOA 3VYFA 4Y50A 1BDRA 1G6LA 4Y5CA 2QCIA 3GW5A 5P0AA 4YOBA 4L1AA 2V0ZC 5P43A 5P2CA 1HPVA 5P4JA 1D4YA 4TRYA 5ER1E 2NXDA 1T7KA 2B7ZA 1AM5A 4GJ8A 2MIPA 5P6WA 2QHYA 1MIQA 4FSLA 5P3CA 5SY3A 5P4SA 1FG8C 3WZ7A 4J0ZA 4ZE6A 2AQUA 3KMYA 5OZIA 3UDRA 4ER4E 2G1SA 5P6RA 3PI5A 5P87A 1FB7A 3UQRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CYX A;  3HAU A;  5P3Y A;  4Y51 A;  1BIM A;  3EKT A;  4GB2 A;  1AVF A;  2P3D A;  1YM4 A;  4YD7 A;  4I0H A;  5P17 A;  3L5D A;  5P3W A;  1TW7 A;  2FDE A;  5KR0 A;  3OY4 A;  5P1I A;  5AH6 A;  2B60 A;  3OGP A;  3IND A;  1MSM A;  1AZ5 A;  4Y3G A;  2R38 A;  5P6S A;  4R92 A;  4CPU A;  3L3A A;  4GJB A;  4YD4 A;  2B8L A;  4L6B A;  5P8I A;  2AZC A;  4F74 A;  3EL1 A;  5P1D A;  5KR1 A;  3LZU A;  4OBK A;  1VIJ A;  5P0I A;  5HE4 A;  5P0H A;  1D4H A;  3SAA A;  1HXW A;  5P27 A;  4I0Z A;  4R95 A;  4ER1 E;  1SMR A;  2NMY A;  4HDB A;  3IA9 A;  4JP9 A;  4I8W A;  5P7E A;  3CYW A;  3FSM A;  4DQB A;  4Y38 A;  3O99 A;  5P1F A;  4S1G A;  3OU3 A;  1K2C A;  3ZKG A;  5P6M A;  1U8G A;  3KN0 A;  4K4P A;  4CPW A;  2QI3 A;  5P37 A;  5P3I A;  5P3O A;  5P2J A;  1YM2 A;  3BGC A;  1APV E;  3OQF A;  1BDL A;  1K6V A;  2V10 C;  2AOH A;  5P7B A;  5HU1 A;  4HZT A;  5P4Q A;  1IVP A;  1EBW A;  1TCW A;  3MSK A;  2OHR A;  5HDU A;  1KJ4 A;  1N49 A;  3IXJ A;  2FDD A;  4F75 A;  2P3B B;  3I25 A;  2P4J A;  2Q5K A;  1XN2 A;  4RCF A;  4D89 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5EZX A;  2WJO A;  3L58 A;  1QS8 A;  2IL2 A;  1B5F B;  1KZK A;  2F3K A;  2RSP A;  4OBZ B;  4Y3W A;  2ER9 E;  4GMI A;  1QDM A;  4BFD A;  2CEN A;  3HBO A;  5P2F A;  4Y43 A;  1DIF A;  2IGX A;  4DJQ A;  2FDP A;  4DV9 A;  2VIJ A;  1B5F A;  1J71 A;  4ZSP A;  2PSV A;  1EBK C;  2QHC A;  1ODX A;  5OZD A;  5OZF A;  2HB4 A;  1TZS A;  3QPJ A;  1B6K A;  3QAA A;  1ZTZ A;  1GNO A;  2HB2 A;  3ZOV A;  3G6Z A;  5P0T A;  5P8S A;  4XX3 A;  5P1O A;  2QI7 A;  1RV7 A;  5P34 A;  2G27 A;  4FRI A;  2AOD A;  5P8N A;  5P14 A;  5P31 A;  5OZT A;  2OHP A;  3HAW A;  5P63 A;  1CPI A;  1BBS A;  1SDU A;  3LIN A;  5P0Q A;  2VA6 A;  2FIV A;  1K1T A;  4GJ6 A;  4DPF A;  2VKM A;  1VIK A;  5P4W A;  1LYB B;  3LZY A;  1GKT A;  4B70 A;  2A1E A;  4RYC A;  4Y4U A;  3VV6 A;  4RYG A;  4H3G A;  5P7O A;  1EPM E;  5P6X A;  4IVT A;  4GJ7 A;  3PJ6 A;  1KJH A;  4Y4J A;  4BEL A;  5P5W A;  4Y3S A;  3SPK A;  1FEJ C;  5DGW A;  1SGZ A;  2JJI A;  4Y3E A;  4Y37 A;  5P77 A;  4LHH A;  5P0K A;  4CPT A;  3SO9 A;  4COE A;  1M0B A;  4I0I A;  1FG6 C;  5P8P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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