4YD7A

Endothiapepsin in complex with fragment 255
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yd7A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yd7A01
5P8QA 1GNMA 2RMPA 1T3RA 3TKGA 3AIDA 1BIMA 3I2LA 1ZP8A 2VKMA 3DV1A 4YHQA 3EKQA 3Q3TA 5HU0A 3WZ8A 5ER1E 4ER1E 4RVIA 5P23A 2QHZA 5P0IA 1FQXA 5P8SA 2G21A 4Y3EA 5HTZA 3K5FA 1AZ5A 5P48A 3NSHA 2V11C 3RTNA 2PSGA 5P4XA 3D1XA 5P75A 5P86A 4M8XA 5OZ5A 5P6LA 3O9BA 1W5XA 1YT9A 3PWRA 1QBSA 3F9QA 3NYGA 1LS5A 3EKTA 1PFZA 5P09A 2APRA 4J54A 3BRAA 5OZ7A 1HRNA 1A94A 5P2EA 3NWXA 4ZSQA 5P2TA 4Y41A 4DJXA 3EL4A 2FNSA 5JFUA 1AJXA 3QI1A 3OU1B 2BKTA 4RRSA 2OHNA 4ZSPA 5OZEA 5P3UA 2VIYA 4GYEA 3MSJA 3EC0A 4LP9A 1BVGA 1M4HA 3UDJA 3O9HA 2QD8A 5SZ9A 4BELA 3CICA 5OZ2A 5AHCA 1W5VA 5P10A 5P5NA 4APEA 5P02A 3OU1A 4QLHA 3KF0A 2ZJLA 5P3TA 1FGCC 4CPXA 5HCTA 5OZGA 3INHA 4DJRA 5P5HA 2V13A 2HB3A 5OYXA 1GVXA 6APRE 3KN0A 1E80E 5P0CA 5OZXA 3FX5A 4GJ9A 4FS4A 3BGCA 5P08A 3G70A 1FQ7A 1EPNE 1SDVA 3BC4A 4YOAA 1EC0A 4GZFA 4DV9A 5P8UA 5P3JA 5AH8A 3RVIA 3KMYA 1PPKE 1XDHA 3S56A 5P0OA 2FGVA 3SABA 2PK5A 4FM8A 3S8IA 5P1WA 5P63A 5P2JA 4XX3A 1RQ9A 2NMYA 3WB5A 2P4JA 5P25A 1T7JA 1A30A 2NR6A 4HDBA 2G20A 1HHPA 5P13A 1TCWA 1XN3A 5P3CA 5P3WA 5OZMA 4Y50A 3LIXA 4NKKA 4ER4E 3KDBA 4PHVA 4F76A 1SIVA 4GJAA 4DJPA 1IDAA 4KE0A 5DQ5A 1GVVA 5P3PA 1MTBA 5P0XA 4Y3FA 2QNNA 1RV7A 4Y4BA 3OU4B 3ZLQA 1HPVA 1G35A 5P8RA 4BFDA 3T7QA 1HIIA 2AOCA 5DR7A 5P31A 5P8CA 5P5WA 5AH7A 4K4RA 5OYZA 2WHHA 2QI5A 5DGUA 5P4DA 3VFBA 5PEPA 5IVTA 4EJKA 2OF0A 3OU4A 3QPJA 8HVPA 5P6SA 4ZSRA 1LYAB 4ACXA 3L5DA 5OZ8A 5P3OA 1EPRE 3MSLA 4OBGA 5I3WA 1MUIA 1MT9A 2R5QA 5P11A 2Q11A 2Q54A 3URJA 3N4LA 3O9LB 4IVTA 1ME6A 1LYAA 4YBIA 1T7IA 2PC0A 5P73A 2RKFA 4DJUA 4R8YA 5P6UA 4FRSA 4Y5BA 4LXKA 3EKWA 1APUE 5P41A 3QVIA 5P3EA 2HM1A 3O9LA 4M8YA 4Z4XA 3SPKA 4DI2A 2P3CA 3QRSA 2QNPA 4I0FA 5P0WA 5P56A 1ZPAA 4PZWA 5P30A 5P76A 3T6IA 4DPIA 4QJ2A 5P4IA 5P3KA 5P38A 1ENTE 4AZYA 1LF4A 5P67A 5TOLA 4Y3SA 3TTPA 1YTIA 1ZAPA 5UPJA 1MSNA 5P2SA 1JLDA 3O9CA 5P7FA 2QI4A 1F7AA 5P6VA 1EC1A 5P8VA 1META 2FMBA 4LL3A 4NJTA 1Z1HA 3LZYA 5P1HA 4J0ZA 1BDRA 3R0WA 4Y4ZA 2UY0A 5OZCA 2QHYA 2PSVA 3CYXA 3CIDA 3RSVA 3NDTA 1IZDA 2XYEA 4I8WA 3LHGA 2ER6E 4WY1A 1HVCA 1YTGA 3NU4A 5P6PA 5P5ZA 2WEDA 1IIQA 5P6QA 4DFGA 2AOHA 2NPHA 2BPXA 3UDMA 3PMUA 2OHQA 1HSIA 5P54A 5F00A 4Y4AA 5P00A 3NU9A 2PSUA 3VF7A 2Q64A 4YD3A 5DR0A 3BGBA 2VJ9A 2XFJA 1A9MA 1MT7A 2JJIA 3WSJA 1B11A 3DCKA 5P33A 5EZZA 1D4YA 1MIQA 3KFPA 3KA2A 3PSUA 5P5JA 3NU6A 3INDA 5P16A 5P0AA 3TOHA 5P42A 2PH6A 1FKNA 2WECA 3NU3A 1AJVA 1FMUA 4WY6A 1YG9A 3WZ6A 5OZPA 4RGHA 5P1TA 4I0ZA 4GMIA 5P8AA 5P4UA 1K6TA 4RROA 5P3RA 4GJ8A 1C70A 1FIVA 3EM6A 5P5UA 5KR2A 4B05A 5P55A 3JVWA 5P8MA 1SMRA 5P1BA 4TVHA 3D91A 2QI3A 4OD9B 1MT8A 4FSLA 5P72A 2PMAA 5P68A 5P7NA 1D4KA 3KT2A 5P3LA 2B60A 1BDLA 1HVHA 4F73A 3R2FA 4HDFA 3ECGA 1K1UA 4FM6A 5P1RA 5SY3A 5KR0A 5P5KA 5P1YA 2V00A 1LYBB 5P15A 1D4HA 1C6ZA 2G1RA 1HPOA 3OTYA 1HIVA 4OD9A 3K5DA 4Y45A 4EWOA 3VV7A 3UFLA 5P6EA 4J1CA 1LF3A 1N49A 4XKXA 5P4MA 5P7AA 4DQEA 5HDUA 5P79A 4EHCA 5P6BA 5C9FA 4B1CA 3PVKA 1LYBA 3DUYA 1DP5A 1ODXA 5P5CA 4Y3ZA 1QBRA 3UDQA 5OYWA 5OZ3A 3LINA 2V0ZC 5P6WA 4DQHA 3UQRA 5OYSA 4Y37A 2OHMA 4Y9WA 2IRZA 1E82E 1BAIA 1GNNA 2FDDA 4OBDA 4YD7A 5AH6A 4FSEA 1HIHA 5P4OA 4TVGA 2I1AA 1BWBA 3BXRA 4Y5MA 1GNOA 4J0TA 1FF0C 2AZ9A 2BPVA 4Y4UA 5P4TA 4I8ZA 5P7EA 1PSOE 3NXEA 5P2FA 3MXDA 3HD8A 5OZZA 4CPQA 3ZKSA 3K1WA 2G69A 2QAKA 2OHTA 5P4FA 2ZYEA 2EWYA 4XX4A 5C9DA 2QMGA 4YDGA 1F34A 3IAWA 5P3FA 3MXEA 4AMTA 4FLGA 4B1DA 5B18A 3GGVA 1GVTA 1HTGA 1MRXA 4PEPA 5P0YA 5P39A 3VCMA 3URLA 5I3YA 1T7KA 3OXVA 5P5IA 5P3BA 5DQ4A 3CKRA 1EC3A 3UDRA 4I0JA 2NTRA 3VEUA 1HXBA 5P6XA 1EAGA 5P7XA 1AXAA 2BQVA 3HVPA 4APRE 1EPPE 3UQPA 5KQFA 4Y3HA 5P0KA 3SKFA 5P5EA 1EPQE 1NPVA 3RTHA 3K5GA 3O9AA 3H5BA 5P7MA 5APRE 5AGZA 5P0JA 3OQ7A 4H1EA 5P5TA 3PMYA 5P2KA 1XL2A 4K9HA 1HTEA 4B0QA 3OUAA 4J1HA 2I4UA 5P7RA 4Z22A 4GJ6A 4D89A 2QMDA 3RU1A 4DJVA 4LXMA 5P7UA 4Y48A 5BRYA 3O9EA 4U8WA 5P2BA 1APWE 5P2CA 5P6CA 4MC9A 1BBSA 6FIVA 2R5PA 4R5NA 3D20A 1NH0A 3SAAA 5KQYA 4Y57A 2HS1A 3CMSA 2XFKA 5P8DA 5P6AA 5SXNA 4QJ7A 1APVE 1SH9A 5P26A 1HVRA 3JVYA 3EBZA 3TPPA 4RCDA 3UQXA 4Y5PA 2IS0A 2QU3A 5P0ZA 2AOIA 1HBVA 4S1GA 1W5YA 2FXDA 5ENMA 5C9BA 1BV7A 3HLOA 5P0NA 5P7TA 5P4KA 5JODA 5HD0A 5P1NA 5KQZA 4Y3WA 5P5RA 3SA8A 3SKGA 5P7WA 1EBZA 1MSMA 1XL5A 2O4KA 2QNQA 5P3IA 3ZKGA 3TOGA 1ODYA 3NWQA 3NU5A 2I0AA 3PBZA 2CENA 5P0HA 4J17A 2R9BA 4EQ0A 5P7KA 4H3IA 5J25A 5P3QA 3TLHA 2PK6A 3DV5A 4YE3A 5OZFA 1B6MA 5P80A 5P2OA 4CMSA 3BHEA 3QBHA 3OUBA 3S45A 4A6BA 4I0HA 4DQCA 4B70A 5P0SA 5P36A 2BB9A 2QI1A 1QRPE 5P2MA 3QP0A 2JE4A 3CIBA 2HS2A 5SY2A 3EL5A 2JXRA 5P1FA 1K1TA 1MRWA 1U8GA 3ZOVA 3U6AA 1FQ8A 3OAGB 3PGIA 3FNSA 4Y3LA 3OHHA 3TPLA 5P6DA 1EBWA 5P51A 1MVPA 3L5FA 2ZJIA 4Y3JA 5P5QA 4TRWA 2IGXA 2Q5KA 3OAGA 3GGUA 3EM3A 1LV1A 2AVVA 5P71A 3O99A 1AVFA 4YCTA 3CKTA 5P46A 3BUGA 4GIDA 5DQ2A 3EL9A 2HPEA 3IA9A 5P8KA 2PWRA 3KDDA 3OQKA 1XE6A 4Q1YA 3MSKA 5P6ZA 5P69A 2ZDZA 1FMXA 2WEBA 3NR6A 4Y47A 2ANLA 4Y6MA 1G2KA 4A4QA 4Y3QA 5HVPA 5I70A 1LZQA 1IZIA 4LHHA 3TOFA 4YCYA 4Y3PA 4Y3GA 2HB4A 4Y3TA 4YD4A 3B80A 5OYTA 3OADB 1FEJC 2F8GA 5P17A 1B6KA 5KOSA 4UPJA 2A1EA 2AZ8A 2WF0A 4JPEA 5COPA 4I12A 4ZPEA 2CEMA 2VJ6A 2AOEA 4QJ6A 4D83A 5P2ZA 3TKWA 3OADA 2Z54A 5P4PA 2NXDA 5P87A 4EXGA 1SBGA 5KR1A 3U7SA 5P0VA 1TCXA 4Y4XA 1XE5A 3DOXA 5P7DA 4B00A 1VIKA 2WF4A 3VSXA 2UXZA 3LZUA 2WF1A 3ZKNA 2QP8A 5P6GA 1E5OE 1ZJ7A 3HAUA 4DQBA 2ER9E 3BUFA 4Y3NA 4ZE6A 2QZXA 5P0LA 1HVSA 5P5LA 1M0BA 2P3BB 5OZBA 3PJ6A 3VF5A 2AODA 2G1YA 1CPIA 2AZCA 5P3XA 3I8WA 5P5BA 1MPPA 5P01A 3PSYA 3OOTA 1Z1RA 5E5JA 4Z50A 4AUCA 4Y4EA 1A8GA 2P3BA 1LYWB 5P0UA 5P78A 1AAQA 2G24A 4CPUA 1FFFC 1SGUA 5P7PA 1GVWA 1RPIA 3PEPA 5IS4A 3I25A 2XYFA 2AIDA 2F80A 2OHLA 1EBYA 3L38A 4YD6A 1CMSA 1LYWA 5DQCA 3UFNA 1G6LA 1SDUA 2P3AA 2ZHRA 1FMBA 1PSNA 5P61A 3EMYA 2FDPA 1LF2A 3IN3A 4X7IA 3OXCA 2ZJHA 3OXWA 4LAPA 3QIHA 2WF2A 3OXXA 4ER2E 3C9XA 5P65A 5P4LA 3R1GB 2B42A 3GI4A 1T6EX 4AA8A 1HSGA 5P7YA 4H3FA 2BPYA 5P32A 5ISKA 3NDXA 1NSOA 4NPTA 3SA4A 2AOGA 3LZSA 3BVAA 1PROA 5P3SA 1FQ5A 5IVRA 5P4CA 3PI0A 4IVSA 4Y5NA 3OHFA 1W6HA 4Y3XA 5P2HA 2PWCA 4NPUA 4H3GA 2FLEA 4Y3YA 3SO9A 4U7QA 1XN2A 3LPKA 1SMEA 4EP2A 4RZ1A 3UDHA 5BS4A 2VNNA 5P8OA 1UPJA 1K2BA 4NJUA 1BDQA 1C6XA 4J1IA 1TQFA 4FGXA 3HAWA 5EZXA 1B5FB 2H6TA 2HPFA 5OZIA 4B1EA 5P3HA 1E81E 3KMXA 3NDUA 4QJAA 3DK1A 5P19A 5P1AA 5P29A 4FM7A 2R3WA 2WKZA 4LBTA 1B5FA 2AVMA 2I0DA 3EKYA 3FIVA 4FRKA 3VV6A 5P18A 5P8FA 1D4IA 4HE9A 3S43B 1EBKC 5OZUA 1YM4A 4HVPA 3D1ZA 5P49A 5OYRA 3ZMGA 5P0RA 1HVJA 1HEFE 3KFSA 1K6PA 2WF3A 1BV9A 2CEJA 1DMPA 2G1NA 5P7IA 3S7MA 3KM4A 2B8VA 3CYWA 5I3XA 4PPHA 4HDPA 5P4BA 2WEAA 4F74A 4Y4WA 5P8JA 3INFA 5P1SA 3S43A 4DQGA 1G0VA 5P1UA 5P8BA 4GJBA 5P3GA 1ER8E 3R4BA 5OZ1A 4LC7A 5P5PA 4U7VA 2BPWA 1WBMA 5P53A 4I0DA 2QZKA 2FS4A 3KT5A 4GJ5A 2G27A 5P57A 4Y5CA 5P4VA 3VYEA 4CKUA 3HBOA 4FE6A 3LIYA 4FRJA 2NXMA 5P4SA 1Z8CA 5P4WA 5P1OA 5AHAA 3INEA 3TPJA 5P7LA 4BEKA 4RVXA 3PRSA 4FL8A 1Q9PA 5OZOA 5P59A 3T7PA 5P52A 1MERA 5P7SA 5P03A 5P1QA 4J0VA 1MEUA 3LPIA 5P1JA 3VV8A 2Q63A 5P3ZA 3CKPA 3NLSA 2R38A 1RNEA 5P8NA 2IDWA 3SA9A 1TW7A 5P7ZA 4X2LA 5P8GA 3QVCA 1BXQA 4CPTA 5P1LA 3PSGA 5P4QA 2VA7A 4DJOA 2OHRA 5DR4A 2MIPA 1YM2A 4J1FA 4J5JA 2F3FA 4ZLSA 3EL1A 2VIJA 1QBUA 5IE1A 5HDXA 4Y5LA 1HXWA 1HVIA 4D88A 4TRZA 5P1CA 3DM6A 4YD5A 5P1MA 1AM5A 2ZHSA 1FG8C 2QZWA 1MTRA 5P0QA 5P24A 1BVEA 2V16C 4PYVA 2FIVA 2O4LA 2F81A 5T4SA 1YTHA 1ZBGA 3ZPSA 1BXOA 2QD6A 3NXNA 3LIQA 4EQJA 5P1GA 4TRYA 2AOFA 2V10C 1FQ4A 2IENA 3SM2A 3GI6A 5P2WA 5P0PA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8Q A;  1GNM A;  2RMP A;  1T3R A;  3TKG A;  3AID A;  1BIM A;  3I2L A;  1ZP8 A;  2VKM A;  3DV1 A;  4YHQ A;  3EKQ A;  3Q3T A;  5HU0 A;  3WZ8 A;  5ER1 E;  4ER1 E;  4RVI A;  5P23 A;  2QHZ A;  5P0I A;  1FQX A;  5P8S A;  2G21 A;  4Y3E A;  5HTZ A;  3K5F A;  1AZ5 A;  5P48 A;  3NSH A;  2V11 C;  3RTN A;  2PSG A;  5P4X A;  3D1X A;  5P75 A;  5P86 A;  4M8X A;  5OZ5 A;  5P6L A;  3O9B A;  1W5X A;  1YT9 A;  3PWR A;  1QBS A;  3F9Q A;  3NYG A;  1LS5 A;  3EKT A;  1PFZ A;  5P09 A;  2APR A;  4J54 A;  3BRA A;  5OZ7 A;  1HRN A;  1A94 A;  5P2E A;  3NWX A;  4ZSQ A;  5P2T A;  4Y41 A;  4DJX A;  3EL4 A;  2FNS A;  5JFU A;  1AJX A;  3QI1 A;  3OU1 B;  2BKT A;  4RRS A;  2OHN A;  4ZSP A;  5OZE A;  5P3U A;  2VIY A;  4GYE A;  3MSJ A;  3EC0 A;  4LP9 A;  1BVG A;  1M4H A;  3UDJ A;  3O9H A;  2QD8 A;  5SZ9 A;  4BEL A;  3CIC A;  5OZ2 A;  5AHC A;  1W5V A;  5P10 A;  5P5N A;  4APE A;  5P02 A;  3OU1 A;  4QLH A;  3KF0 A;  2ZJL A;  5P3T A;  1FGC C;  4CPX A;  5HCT A;  5OZG A;  3INH A;  4DJR A;  5P5H A;  2V13 A;  2HB3 A;  5OYX A;  1GVX A;  6APR E;  3KN0 A;  1E80 E;  5P0C A;  5OZX A;  3FX5 A;  4GJ9 A;  4FS4 A;  3BGC A;  5P08 A;  3G70 A;  1FQ7 A;  1EPN E;  1SDV A;  3BC4 A;  4YOA A;  1EC0 A;  4GZF A;  4DV9 A;  5P8U A;  5P3J A;  5AH8 A;  3RVI A;  3KMY A;  1PPK E;  1XDH A;  3S56 A;  5P0O A;  2FGV A;  3SAB A;  2PK5 A;  4FM8 A;  3S8I A;  5P1W A;  5P63 A;  5P2J A;  4XX3 A;  1RQ9 A;  2NMY A;  3WB5 A;  2P4J A;  5P25 A;  1T7J A;  1A30 A;  2NR6 A;  4HDB A;  2G20 A;  1HHP A;  5P13 A;  1TCW A;  1XN3 A;  5P3C A;  5P3W A;  5OZM A;  4Y50 A;  3LIX A;  4NKK A;  4ER4 E;  3KDB A;  4PHV A;  4F76 A;  1SIV A;  4GJA A;  4DJP A;  1IDA A;  4KE0 A;  5DQ5 A;  1GVV A;  5P3P A;  1MTB A;  5P0X A;  4Y3F A;  2QNN A;  1RV7 A;  4Y4B A;  3OU4 B;  3ZLQ A;  1HPV A;  1G35 A;  5P8R A;  4BFD A;  3T7Q A;  1HII A;  2AOC A;  5DR7 A;  5P31 A;  5P8C A;  5P5W A;  5AH7 A;  4K4R A;  5OYZ A;  2WHH A;  2QI5 A;  5DGU A;  5P4D A;  3VFB A;  5PEP A;  5IVT A;  4EJK A;  2OF0 A;  3OU4 A;  3QPJ A;  8HVP A;  5P6S A;  4ZSR A;  1LYA B;  4ACX A;  3L5D A;  5OZ8 A;  5P3O A;  1EPR E;  3MSL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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