4YDFA

Crystal structure of compound 9 in complex with htlv-1 protease
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
PVIPLDPARRPVIKAQVDTQTSHPKTIEALLDTGADMTVIPIALFSSNTPLKNTSVLGAGGQTQDHFKLTSLPVLIRLPFRTTPIVLTSCLVDTKNNWAIIGRDALQQCQGVLYLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HTLV-1 Protease
publication title Privileged Structures Meet Human T-Cell Leukemia Virus-1 (HTLV-1): C2-Symmetric 3,4-Disubstituted Pyrrolidines as Nonpeptidic HTLV-1 Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human t-lymphotropic virus 1
total genus 20
structure length 116
sequence length 116
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ydfA00
4PHVA 3UFLA 1LYAA 2FDPA 3NU9A 1T7JA 3UPJA 3KA2A 3EL5A 4RLDA 4AA8A 3INEA 2NPHA 5OYYA 2OHQA 1HIHA 5P3DA 3ZPUA 5P5VA 2F81A 5P60A 5P1OA 3KF0A 4Y4JA 3IXOA 5P7LA 5P4XA 4HDPA 3NWXA 3CYWA 1AM5A 1UH9A 2ASIA 1EBWA 9HVPA 1MUIA 2WECA 5P38A 1FG6C 4EWOA 5P1EA 3OUBA 3EC0A 5P5IA 1AJXA 2AOEA 1FB7A 5P5EA 2SAMA 5JG1A 5P61A 5P5TA 2P83A 3OOTA 4IVSA 4GJDA 1K2BA 3K5DA 3LIXA 4DQCA 3VF3A 3S53A 5P4CA 5P1BA 4I10A 3PBDA 5KQZA 4Y3LA 4OBDA 1ER8E 5OZVA 1MIQA 3EMYA 3LPIA 5DGUA 4YCKA 1W5VA 5KQFA 2VIZA 5P54A 5P31A 1MESA 1EAGA 5HU0A 5P71A 5P34A 2ZJNA 2WEBA 5DQ4A 1C70A 2F3EA 3OQKA 4L7JA 1IZEA 4H3IA 1HPSA 4ER2E 3L5CA 4Y4ZA 3DK1A 5JFPA 5P6YA 1CZIE 3N4LA 2NTRA 1SDVA 2PSUA 5P58A 4TVGA 5P5YA 5PEPA 5P2QA 2HB3A 5P2WA 5P66A 3KFRA 5P3NA 3I6OA 4U7VA 4F73A 5P7VA 2QHCA 3RTHA 5HDVA 4YE3A 5P1RA 3QAAA 8HVPA 3JVYA 2IS0A 4Z22A 1KJ7A 2I0DA 3GGUA 5P2OA 6APRE 3K5CA 4NJUA 3TL9A 5COKA 5P6JA 1LYAB 1FF0C 2UPJA 1K1TA 1SMEA 3T7PA 4NPUA 3OUCA 4GJ5A 2OHRA 4OBHA 1VIKA 5EZZA 2AVSA 5P22A 3QS1A 5P18A 5P2VA 1FQ7A 5P2EA 1XL5A 5P05A 3QP0A 2WEAA 1FG8C 2ZGAA 5E5KA 2JJJA 1FQ5A 3QROA 2I0AA 4YA8A 4ZPEA 4OC6A 4LP9A 3SA7A 2QZXA 5HE7A 4ZSPA 1UPJA 5P4LA 3RSVA 3VV8A 5P0TA 3QVIA 5OZRA 4Y3WA 3MSKA 5P2LA 3G70A 5P4GA 1GVXA 2V00A 4RVXA 4YCTA 4M8XA 5P3SA 1MPPA 4ZSQA 1YTIA 1GNNA 5P0UA 5P5AA 1B5FB 5FIVA 5OZTA 5P47A 4Y3NA 2JJIA 5P6WA 4Y47A 2IENA 5I3YA 5OZBA 1NSOA 5OZ4A 1WBMA 4QGIA 1SP5A 5P8CA 4MC2A 3L5DA 4Y35A 2ZJKA 4WY1A 1HVLA 4Y5CA 5P2GA 2P3CA 1U8GA 3VFAA 5P7YA 4PZXA 3ECGA 4J1KA 3SA8A 3OXCA 2FDDA 1T3RA 4Y3SA 3UQXA 5P0CA 4A6CA 4YDFA 4I0EA 3SACA 3CKTA 5P6UA 2QK5A 3GGAA 1PSAA 2ZHRA 3NU5A 4MC6A 3O9AA 1OEWA 5OZEA 4Y39A 3SM2A 5P4EA 4DJOA 2G1NA 5P2NA 1DPJA 4X2LA 1D4SA 2AVOA 3O9DA 4DPIA 5P87A 5KOSA 5P8MA 2NNKA 3ER3E 4B00A 5P4NA 4I1CA 1LYBA 4I0ZA 4GJBA 4Y4DA 1HPXA 4RZ1A 4K4RA 4L7HA 3NYGA 1HXBA 1TQFA 3UDJA 5P8OA 3T7XA 4OBFA 2R3TA 1T7IA 4L6BA 3OHFA 3VYDA 1HSHA 1EBKC 2FGVA 3GI4A 5P8JA 4EXHA 3NDWA 2WF2A 5P30A 2Q54A 5P1VA 3UQUA 3ZKNA 1A9MA 5I3XA 3O9BA 1BXOA 2F3KA 4BFBA 1EPQE 4OC6B 2G94A 1W5YA 1W5XA 3MSJA 3VV7A 2QD8A 1G35A 1QRPE 5P7DA 3UHLA 1BV9A 2WL0A 2V12C 5P64A 4Z4XA 3CYXA 1MSNA 1F34A 3RTMA 3OU4B 6UPJA 5P2RA 1J71A 5P8EA 5P6CA 5P00A 2IGXA 3LIQA 3QBHA 4I8ZA 3TPLA 4DQEA 1EBZA 4CMSA 3EKXA 4ZIPA 3H0BA 5P4VA 2P4JA 4IVTA 3TOHA 3SAAA 2ZHTA 4YD5A 4FAEA 3EKQA 4Y44A 5SY3A 5P02A 1APVE 1HWRA 1EPRE 5OZUA 5P3BA 1APUE 1HTGA 3FKTA 3Q4BA 3R4BA 4GJCA 1AJVA 2O4KA 5HDZA 4J54A 5OZ1A 2BQVA 5DR1A 4Q1WA 3UDPA 1N49A 2F80A 4OD9A 1META 1B6LA 3L59A 5P5OA 5P6MA 2ER7E 3TKGA 4A4QA 5P5SA 2AZCA 1AXAA 2FGUA 1MT8A 4YBFA 6FIVA 3OAGA 2IDWA 1D4JA 3O9GA 5KR1A 1MRWA 1ZP8A 3PLLA 3LPJA 3CIBA 2R43A 2O4NA 3OXWA 5P81A 3Q6YA 2AVVA 5P3YA 5P7CA 2HIZA 4Z50A 5OYSA 3BRAA 3DOXA 4Y3JA 3C9XA 3PCWA 3RSXA 3R0YA 4RYGA 1TCXA 3GI5A 4ZE6A 3NWQA 1MVPA 5P3XA 1D4IA 1HSIA 3LPKA 5I3WA 4B70A 5DR7A 1IVPA 2WF3A 2Q63A 4Q5MA 5C9DA 5P5NA 5P7SA 2QP8A 3HD8A 5P5UA 2BB9A 5P8UA 5AH6A 2OHNA 1EC1A 4JOOA 5P8DA 5P5PA 1CMSA 2H6SA 2HS1A 5P4KA 2IRZA 1GVTA 3BXSA 4CKUA 1D4LA 5I3VA 5OYVA 1IZHA 1D4KA 2Q5KA 4R95A 4Y3DA 4KE1A 1T6GA 2QNQA 2J9JA 4YD3A 3ZOVA 1BWBA 4Q1NA 4GJ6A 4I0GA 1ZLFA 2R3WA 4H3FA 5P65A 4Y5AA 4Y3PA 4Y4BA 4D88A 1WBKA 2ZHUA 1BBSA 2CEJA 4Y51A 1SGZA 5P5LA 4AMTA 1SIVA 1BWAA 5P6SA 2UXZA 3L58A 1YM2A 4J1CA 5P2CA 5EZXA 3OXXA 3OOZA 2P8HA 1PROA 3HAUA 4XXSA 4TRWA 2NXLA 5P84A 3K5FA 5P8HA 2HM1A 4Y3MA 5KR8A 2F8GA 2RKFA 2PK5A 5P2XA 5P4BA 4LXMA 3IN3A 3NU4A 2FLEA 2B42A 5P6OA 1LEEA 5P35A 4I0IA 5P6RA 4ACXA 5P1KA 5DQ5A 1E81E 3LNKA 3KYRA 5P80A 5P6KA 4Y53A 1KZKA 2ZJMA 4EJLA 1D4HA 3OQFA 3FIVA 5P8QA 3MXDA 2G20A 3OQ7A 3ZKGA 5P3RA 2FXEA 5P0MA 5P4UA 5P5BA 4H3GA 5OZGA 2ER6E 3VG1A 4Y9WA 3PSUA 2QI5A 2OHPA 3QRSA 1ENTE 2IL2A 1EC2A 1K6VA 3GGXA 3KDBA 4I12A 3DCKA 5OZ7A 4H3JA 5P8AA 1QDMA 2B8LA 5P55A 5P6TA 1KJHA 1T6EX 3RTNA 3K1WA 4Y3XA 5P0IA 5P7IA 3KMYA 5P5DA 4B0QA 3O9EA 2A4FA 4I0DA 3FNTA 5P6PA 1A30A 4ZPFA 3WZ6A 4B77A 1LYWA 2R38A 4MC1A 1SDUA 2VA5A 4Y58A 5P1SA 5I70A 5P3PA 5P7MA 2J9JB 4LXAA 1YTHA 1TCWA 3Q3TA 4RROA 4FAFA 3WSJA 1WKRA 4RVJA 1BDRA 5P4RA 4PEPA 1TW7A 5OYQA 4EYRA 3LINA 1AVFA 1VIJA 1M43A 5ENMA 5ENKA 1FQXA 1TSQA 1FKNA 4Y5BA 5P13A 5P23A 3EBZA 5BRYA 5P1JA 4QJ9A 2VIYA 1YT9A 1C6YA 2NMZA 5P7XA 3PRSA 3EXOA 5P0WA 4Y41A 2UY0A 4K4PA 2XFIA 1HXWA 3FNSA 1BVGA 1PSNA 5P5GA 2QI0A 5HU1A 1K6PA 4TRYA 3PHVA 3TOGA 5P04A 1EPPE 1SGUA 3EKPA 5P6HA 5OYXA 3INDA 1XN3A 2QHYA 2I4VA 4HLAA 1GNMA 4EHCA 3QI1A 5P4TA 2FMBA 5P5CA 1YTJA 5HCTA 2IGYA 1BDLA 5P72A 1HTEA 3LZVA 5C9FA 1SDTA 3UCBA 3BGBA 1MEUA 5P7PA 4I8WA 3KT5A 1MERA 5P39A 2VJ9A 5P0FA 3ZLQA 3A2OA 1HEFE 3SM1A 2F3FA 1M0BA 4YDGA 5OZKA 1B6KA 3QRMA 2PC0A 2NXDA 3INHA 1IZIA 2A1EA 4FSLA 2P3BA 4F74A 3IVIA 4J55A 2QI1A 4Y36A 4Y3HA 5P5ZA 4Q1YA 4KE0A 5P1UA 5P82A 5OYRA 5P68A 4LL3A 3D1YA 3UQWA 5P3UA 4FM6A 3PM4A 4WTUA 1QBSA 3RVIA 5P62A 1NPAA 2QI6A 4Y38A 3CKRA 4EJKA 1HTFA 5P6GA 1B11A 1HOSA 5P7FA 5P89A 2OHSA 4GMIA 5P4AA 3AIDA 5P12A 3DM6A 5P2BA 3RU1A 5OZZA 5OZ8A 5OZSA 4HVPA 1YTGA 2B8VA 4R92A 3D20A 2VKMA 2XYFA 4DJPA 1FMBA 3O99A 5P0DA 1ZSRA 3EKVA 1IZDA 5P2KA 2PH8A 5P17A 4DH6A 4COEA 3DV1A 1F7AA 3G6ZA 2QNNA 5P0VA 4AA9A 1NH0A 5F01A 5P6BA 1ME6A 1W6IA 3PSGA 2VNNA 1Z1RA 5P70A 4DI2A 2HAHA 2NMYA 4RCFA 5P3ZA 1LF4A 3ZKSA 1A94A 3ZKXA 2HPEA 2PK6A 5P11A 5P1DA 5KOQA 4Y3GA 5P0AA 4LXKA 5P7AA 4K9HA 5P27A 1JLDA 5P0SA 3TPJA 5P85A 1PPLE 4Y3TA 3LIVA 4QLHA 2BPWA 4LHHA 2PSGA 2AOHA 1YG9A 2ZJLA 5P3WA 4GJ8A 1FIVA 3BVAA 4U7QA 5OZHA 5IVTA 4FM8A 5P1QA 4Y57A 4Q1XA 5P4ZA 3VUCA 2G1OA 4WY6A 4TRZA 4FS4A 2FNSA 5P3JA 4B78A 4D8CA 3PWMA 2VIEA 4R91A 5OZOA 4PZWA 5P2TA 2BPYA 2I4XA 5P6FA 3I7EA 5P8FA 2ER0E 4Y3AA 1M4HA 4JP9A 4QJ6A 1PPKE 4DJYA 3ZL7A 5P2FA 3IGBA 3BUHA 2P3BB 1E82E 2PMAA 2O4PA 1EBYA 5P69A 4YBIA 1OEXA 5DR0A 3VEUA 5P1ZA 5P48A 3SPKA 2AQUA 1HVRA 4I0HA 1EPNE 3PMYA 2RENA 4QJ8A 3KT2A 3KN0A 5P0PA 4Y37A 4EPJA 5AHCA 3FX5A 1Q9PA 2R5QA 3B80A 2JXRA 4D85A 4L1AA 3EL0A 1IDBA 2QZKA 5P3TA 2RKGA 1MTRA 4OBZA 3UDKA 3O9FA 2AZ9A 4HE9A 5P0KA 3T11A 4OBKA 2QNPA 3IA9A 5P1YA 3OXVA 5P8RA 1HSGA 2OHLA 3ZKMA 5IS4A 2CEMA 2ZJJA 3EL4A 3UQRA 2AZBA 4DJVA 5P1NA 3B7VA 2V10C 5P6EA 3MXEA 5P29A 5AH7A 5P52A 3SA6A 1IBQA 3L38A 5KQYA 4Y3FA 4Y6MA 4DVFA 3T3CA 7HVPA 4J0PA 2OHUA 2FIVA 4YD6A 3S54A 3BUFA 3R0WA 1G0VA 5P3OA 4GZFA 1HVKA 3BHEA 3FV3A 3URLA 5DQ2A 5P0BA 3HLOA 5CONA 5P6QA 2CENA 5P3GA 4EJDA 3AUPA 2PYMA 4B1EA 3VLBA 5P25A 2OHTA 1EC0A 3VSXA 5P43A 4J1EA 3TPRA 4QJAA 2AVQA 2H6TA 1B6PA 3U7SA 3LIYA 4ZLSA 5P0LA 2NNPA 1ZTZA 1IDAA 5DPZA 5OZXA 1YX9A 3NXEA 5OZCA 3DUYA 5P1AA 1AIDA 3GW5A 5P79A 4Y5GA 5P63A 3UDNA 5P49A 4EJ8A 3S45A 4UPJA 5P4JA 5P4QA 5OYTA 1FQ4A 5P0GA 3ZKIA 5P7ZA 4NKKA 4DQFA 2AOFA 4DQBA 1LYBB 5P88A 1XDHA 3OUDA 3IN4A 2AOJA 4D89A 5P0EA 2R9BA 4E43A 1FQ6A 5UPJA 3L5EA 5P0JA 1HVIA 1BV7A 2BPXA 5P4DA 1QS8A 3K4VA 3SA5A 5P3QA 2FDEA 5P2HA 4K4QA 4EP3A 3WB4A 3NR6A 4FRJA 3SA3A 5P8LA 2ZJIA 3OU1A 3SFCA 3SABA 5ER1E 3S43A 5ISJA 2AODA 5P46A 4FIVA 4APRE 5P2UA 2OHKA 2QD7A 2QZWA 1MRXA 4CPQA 4FRIA 5OZMA 2V11C 5F00A 3TOFA 2PH6A 4YOAA 2VNMA 4ZSMA 5P26A 3PMUA 1SMRA 3UDHA 3ZPSA 2QMDA 3DCRA 4DV9A 3SKFA 5OZ2A 3VSWA 5KQXA 1ODWA 5P1CA 4Y50A 5P8KA 4HA5A 2QD6A 3NU3A 1E5OE 2ZHSA 5OZ9A 2QMGA 3CIDA 5P56A 5P7WA 4Y4UA 4B72A 3S56A 4Y3RA 3O9LA 2V0ZC 5P4FA 1XS7D 5P78A 5P1PA 3QVCA 7UPJA 4EXGA 3SQFA 1CPIA 5OZ5A 5P0XA 1FEJC 4K8SA 3L5FA 5OZ6A 1ZBGA 2OAHA 4OD9B 5P44A 4DFGA 1W6HA 5DR4A 5P08A 4GJ9A 5P09A 2BPZA 5OZAA 2J9KA 1QBUA 3U6AA 2IQGA 1K6CA 5OZ0A 4HZTA 4JECA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PHV A;  3UFL A;  1LYA A;  2FDP A;  3NU9 A;  1T7J A;  3UPJ A;  3KA2 A;  3EL5 A;  4RLD A;  4AA8 A;  3INE A;  2NPH A;  5OYY A;  2OHQ A;  1HIH A;  5P3D A;  3ZPU A;  5P5V A;  2F81 A;  5P60 A;  5P1O A;  3KF0 A;  4Y4J A;  3IXO A;  5P7L A;  5P4X A;  4HDP A;  3NWX A;  3CYW A;  1AM5 A;  1UH9 A;  2ASI A;  1EBW A;  9HVP A;  1MUI A;  2WEC A;  5P38 A;  1FG6 C;  4EWO A;  5P1E A;  3OUB A;  3EC0 A;  5P5I A;  1AJX A;  2AOE A;  1FB7 A;  5P5E A;  2SAM A;  5JG1 A;  5P61 A;  5P5T A;  2P83 A;  3OOT A;  4IVS A;  4GJD A;  1K2B A;  3K5D A;  3LIX A;  4DQC A;  3VF3 A;  3S53 A;  5P4C A;  5P1B A;  4I10 A;  3PBD A;  5KQZ A;  4Y3L A;  4OBD A;  1ER8 E;  5OZV A;  1MIQ A;  3EMY A;  3LPI A;  5DGU A;  4YCK A;  1W5V A;  5KQF A;  2VIZ A;  5P54 A;  5P31 A;  1MES A;  1EAG A;  5HU0 A;  5P71 A;  5P34 A;  2ZJN A;  2WEB A;  5DQ4 A;  1C70 A;  2F3E A;  3OQK A;  4L7J A;  1IZE A;  4H3I A;  1HPS A;  4ER2 E;  3L5C A;  4Y4Z A;  3DK1 A;  5JFP A;  5P6Y A;  1CZI E;  3N4L A;  2NTR A;  1SDV A;  2PSU A;  5P58 A;  4TVG A;  5P5Y A;  5PEP A;  5P2Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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