4YE3A

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20 with inhibitor grl-4410a
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLDTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Substituted Bis-THF Protease Inhibitors with Improved Potency against Highly Resistant Mature HIV-1 Protease PR20.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ye3A00
2G1YA 3K5DA 3N3IA 3OHHA 5OZTA 1ZSFA 4RCFA 3HDKA 4IVTA 4Y3XA 5P55A 5P5PA 2P3DA 4U8WA 1SDUA 1HVSA 3PGIA 5SXNA 4DQGA 5HDUA 1AXAA 1D4YA 5HU0A 5P29A 2VNMA 3D91A 5AHAA 3Q70A 4J17A 4RLDA 1B5FA 3I6OA 2WEBA 5P1AA 3L5FA 3DV5A 1MEUA 2VIEA 2HM1A 3L5CA 2OHMA 2JXRA 4L1AA 4ER1E 5P1ZA 2BQVA 1HXBA 4GJCA 5OZ1A 3QVCA 5F00A 5P2GA 4ZLSA 3L38A 4LP9A 2RSPA 3KM4A 1C6ZA 1Q9PA 1YX9A 5P74A 4HEGA 5P28A 3UPJA 5P51A 4Q1YA 1HIVA 5P40A 1ER8E 2ER9E 2P8HA 3SPKA 1HTEA 3HD8A 1GKTA 4I0FA 3HVPA 3RVIA 4I0ZA 1ZLFA 5P4SA 2H6SA 5P75A 1WKRA 2AOCA 3L5DA 2ER6E 4J0TA 4LXKA 4EHCA 1SIVA 1B6LA 5P0NA 2QCIA 4HA5A 1OEXA 3UDJA 3PCWA 6FIVA 4EWOA 1LYBA 5DQ2A 5P0XA 3L58A 1F34A 5P45A 1FF0C 3ER3E 3HLOA 5I3XA 8HVPA 3EL4A 1FKNA 3CICA 2HC0A 1YTJA 3D1XA 3DK1A 5P60A 2AVOA 3TPLA 3PHVA 4ZE6A 4FS4A 4R8YA 5DPZA 3LHGA 3NDWA 4D8CA 5P79A 1FIVA 3D20A 2F8GA 1DMPA 4J5JA 5P14A 4FAEA 4DV9A 1IIQA 5P5SA 3I25A 3EC0A 1HSGA 2QNPA 4H3JA 2NNPA 5P3KA 5P64A 5P0GA 2HB4A 1FQ5A 2B42A 4Y3MA 3TOFA 3HZCA 5P02A 4CPUA 2OHNA 1UH8A 3UDHA 5P10A 1TW7A 2AVSA 3S8IA 3O9IA 5P8PA 5P6IA 5P6EA 3OTSA 5P7LA 2O4PA 1A8GA 4H3GA 1EC2A 1META 4FCOA 3IVHA 1EEDP 4OBZB 4EJDA 4IVSA 1AM5A 3IA9A 3S56A 1IDBA 5P5BA 5OZXA 4FRKA 2QNNA 5I70A 2RKFA 5P68A 4YD7A 4E43A 3KMYA 3TNEA 5P76A 5P1JA 4FRJA 2Q64A 2IKUA 3DOXA 4B1EA 2I1AA 5HTZA 5P6NA 5HD0A 1HTFA 3VV6A 5P5UA 4Y3PA 2VIYA 5P3HA 3PBDA 4YDGA 2NXDA 1TSUA 2APRA 5P03A 4AUCA 2VA7A 1HPOA 1G6LA 2R3TA 4XXSA 5OZHA 3QROA 2MIPA 4Y3LA 5P81A 1EAGA 4N00A 1D4HA 3K5CA 3CYXA 4Y36A 2P3BB 5P3TA 5P05A 5P4QA 4Y4BA 5DQ5A 4B78A 1M0BA 1MRWA 3UFNA 5OZBA 2VJ7A 4RYCA 3FNUA 3SA5A 1K2CA 5P2SA 5P2TA 5KQZA 3CIDA 3OGPA 3S2OA 4Y3ZA 3MSJA 2QZWA 4U7QA 1K1TA 2QI0A 3OADA 4I0JA 3PSUA 2HB2A 1SGUA 3LPIA 2IS0A 3WB5A 3DV1A 3QRVA 3T3CA 5I3YA 2Q63A 1FQ4A 3TPJA 5P8GA 4D85A 1BWBA 2FDPA 2VJ6A 1EBWA 4HLAA 3K5GA 4APEA 4MC9A 5P6FA 5P4TA 5HDZA 4CKUA 3UQWA 2BPZA 4DQFA 5JFPA 2I4UA 2CEJA 4Y58A 3QP0A 1TCXA 1W5VA 2P3CA 3IXOA 1DIFA 3O9LB 2HIZA 1A9MA 4Y5BA 3EBZA 2B8LA 2ZJHA 4NJUA 1HVRA 1FMBA 2F3FA 3FKTA 4ZSRA 5P0CA 3MXEA 5EZZA 4DJQA 3N4LA 4L6BA 5OZOA 1GVXA 5AGZA 3I7EA 5P8RA 2IL2A 1G2KA 2ZJIA 5P2HA 4TRZA 5AHBA 2ZHTA 3OU1A 4QJ8A 1ZSRA 3FNTA 4TRWA 1FGCC 1HEFE 5P06A 4Y51A 1CPIA 3VG1A 2ZHRA 5P0IA 3OQDA 4Z2ZA 2HB3A 2G27A 4Y4DA 4RRNA 5P3YA 3IN3A 4J1HA 5P0KA 2V16C 5P1EA 5IS4A 5AH9A 2Q55A 5P2VA 1RNEA 1XS7D 4FAFA 5P0AA 3CYWA 2WECA 5ER2E 3LPKA 1SMRA 1BXOA 5OZ5A 3BVBA 1XL5A 5IVQA 2WF2A 5P6DA 3IAWA 1BDRA 1GVVA 4FM7A 3QIHA 4DJPA 4NPUA 4A4QA 5P17A 2WF3A 1LF3A 1Z1RA 2G69A 1FMXA 2IGXA 5P4CA 5P3OA 5P6MA 5P7OA 3IXJA 3G70A 5P49A 5P5HA 3PMYA 1E81E 3D1ZA 3GI4A 5OZ8A 2ZGAA 1HSIA 2PC0A 1LYAA 2Q11A 4J1CA 1PPLE 3APRE 5P1LA 3R4BA 2UY0A 3UF3A 5P3CA 5HDXA 4B1DA 3VFAA 2AOGA 3PVKA 1B6PA 2XFIA 3KT5A 4Y4AA 7UPJA 4FSLA 5DR7A 4PEPA 4EJLA 4LXMA 1MSNA 5P5FA 4YOAA 1W6HA 4Q1NA 4CPSA 2FGUA 4CPWA 2QI5A 4X7IA 5P3WA 6APRE 5OZYA 4H3IA 2AVMA 5HE4A 5P20A 5P4RA 2OHKA 3EM4A 5P4MA 1GVWA 4QJ7A 5P3MA 1KJ7A 1EPRE 2IDWA 2R5QA 3OQ7A 5P4YA 3S53A 1MRXA 5P2OA 1APWE 3SA8A 3ZPUA 5P00A 2O40A 5OZ3A 2ZHUA 2QU3A 4GJ6A 3OAGA 5JFUA 3PCZA 2QI1A 5P6UA 5P89A 5P4EA 1B5FB 4EXHA 3KFRA 3NXNA 3PM4A 5KOQA 2BJUA 3Q4BA 5P7UA 3UQPA 5P82A 2BKTA 5AH6A 2G20A 3O9HA 3DUYA 5P1PA 3EKPA 3LIQA 5P0ZA 5JODA 2QAKA 3T6IA 4D83A 4ACXA 3INEA 4HE9A 2I4DA 3GGXA 5P04A 2AZBA 2AQUA 1LS5A 5P3ZA 2ANLA 4Y3QA 1QBTA 3OGQA 3OHFA 5P0FA 3S7LA 1BXQA 5P8DA 3NYGA 5P3UA 5P73A 1NH0A 3NXEA 5B18A 4DPIA 5IVRA 1ENTE 2PSVA 2QMFA 1IVPA 4Y6MA 4AMTA 5P3IA 4LC7A 1KJGA 5P1IA 5P2DA 3O9DA 4EPJA 1A30A 4LL3A 3UCBA 1A94A 1K6VA 3NUOA 5P26A 5P1BA 5P1FA 1B11A 3ZKIA 5I3VA 2FGVA 1MSMA 4M8YA 2R8NA 2WF0A 2G24A 3VSWA 4FRIA 1A8KA 2G22A 4B1CA 1IZDA 2G1SA 5P4AA 2EWYA 1HVJA 5P24A 2PYNA 3VCMA 3QBHA 5OZUA 1TQFA 3VSXA 4JPEA 4OD9A 3OU3A 1ME6A 5P3BA 3EMYA 3I2LA 3S54A 5P8SA 1AJVA 4ZSMA 1PPKE 2NR6A 4Y4UA 5P7RA 2WEAA 5P2RA 2IRZA 1KJ4A 1ZP8A 2ZDZA 3KDDA 5P69A 4AA9A 4EP2A 3PWRA 1K6PA 3TKWA 3TL9A 5P62A 2QI3A 4EP3A 3BC4A 4FL8A 2ZJJA 1EPLE 5P7HA 4EQJA 4RVXA 2OHLA 2G94A 5P43A 3KFPA 5P71A 5KQFA 2O4NA 5P4DA 1FLHA 5P4HA 5P1TA 5P5XA 5P48A 3KDBA 2IENA 3ZKMA 1PSAA 1HBVA 2Q15A 5CONA 3PEPA 5HE7A 5P3SA 2PSGA 5P6ZA 4Y37A 2IGYA 4GJ5A 3VEUA 5OYXA 4EJKA 2G1NA 1TZSA 5P18A 5P8LA 4GB2A 5OZ6A 1PROA 4Y5AA 2ZJMA 2G26A 3PI5A 2BKSA 3FV3A 5P2BA 3T7QA 3ZPSA 4B0QA 5P5WA 5P4UA 1XL2A 3LNKA 4KE0A 4BELA 3BRAA 1ZAPA 4DFGA 1FQ6A 3SM2A 3AUPA 5P3QA 2QI4A 3NWXA 3PLDA 3VYEA 5OZQA 4Y3YA 2B7FA 2Q5KA 4J0VA 1RL8A 5P6AA 3WZ7A 5P66A 3PLLA 5FIVA 3PSYA 5DQ4A 3TPRA 2ZE1A 3IGBA 5P8QA 5P4OA 3UDMA 5DGWA 4APRE 3SA6A 2FS4A 5DGUA 1HSHA 3L59A 1LF4A 5OYQA 1JLDA 2VNNA 3O99A 2QHCA 1DW6C 3PBZA 4R91A 1KJFA 5OYVA 3LZVA 2VA6A 4TVHA 1D4JA 3FX5A 3BHEA 5P2MA 2BPYA 3DCRA 3UDNA 3PSGA 3GGVA 1K1UA 3OU4A 5SY2A 2XYFA 1LYWA 1LV1A 4QJ2A 1QDMA 2I4QA 5P7ZA 4YCYA 5I3WA 5HCOA 5KAOA 3QS1A 2I4VA 5DR8A 3D1YA 1PPME 2QD7A 3ZLQA 3Q5HA 4B70A 5P4LA 4K4PA 2PH8A 5P1YA 4DUSA 3NSHA 4RRSA 3LPJA 5P36A 3M9FA 1GNMA 2V12C 4EQ0A 2WJOA 5P1HA 5P16A 4QJ6A 4Z50A 3I8WA 3JVYA 2PWCA 4YCKA 3SA3A 2PSUA 5OZPA 1BDLA 4CPTA 5SZ9A 4I10A 1EPQE 5P0SA 3GI6A 4PHVA 3EL1A 1D4SA 5P0HA 5P07A 5P2KA 4GMIA 5P27A 5P6TA 5AH7A 5UPJA 4CPXA 1B6KA 3K4VA 4Y3WA 4WTUA 5P3RA 4HDPA 1YT9A 2BB9A 5P8MA 3S43B 5OZRA 4Y5GA 3BUFA 3KYRA 5J25A 4ZPEA 4GJBA 5P7VA 3UDYA 4GJ8A 4RZ1A 2JJJA 3SM1A 2OHTA 4Y45A 3ST5A 4OBGA 4NJVA 5P4VA 5P7AA 5P84A 5P2WA 2F3EA 1DPJA 1MIQA 1G35A 3NU4A 3CIBA 4Y5CA 4YA8A 3IN4A 5P3VA 5P6LA 3OXVA 3WSJA 1EC1A 5P3AA 1NPWA 5P3LA 4RCEA 1XE5A 5OZWA 5P3JA 1HEGE 4XX3A 3GGUA 5P8FA 1IZIA 4QGIA 4DJUA 1LYAB 5P1UA 5EZXA 5P47A 3NU3A 3QRSA 5P6PA 5P8OA 3EL0A 2I4XA 5P5QA 5DQCA 5P70A 3DJKA 1W50A 3PMUA 2ZHSA 3FSMA 4Y3TA 5P2ZA 3PRSA 4RROA 5P5JA 5OYTA 1IVQA 1EBKC 3KF0A 4J1KA 4BFDA 5P4JA 2AOIA 3O9BA 3ZKSA 2AOEA 3MSLA 2QK5A 3VYDA 2B8VA 1EBZA 5P6WA 4HZTA 2AZ8A 4I0EA 4ZIPA 2F3KA 2BPWA 5P7XA 1BILA 1T3RA 1FQ7A 2P4JA 3NR6A 1EPME 1FQ8A 4NJTA 1J71A 3WZ8A 1GNNA 5OZJA 4HDBA 1HIHA 5P7FA 3TLHA 4Y38A 5DR3A 3QAAA 4D88A 4Y5NA 3G6ZA 4YD6A 5OZMA 2NMZA 1BVGA 5P23A 3T7XA 5P15A 3OUAA 3MWSA 4OBZA 3O9CA 5P8BA 1VIJA 4Y54A 1AIDA 5P01A 2VIJA 5P42A 1HVIA 4Y39A 2NNKA 5P31A 5P5DA 4B77A 5ISJA 1ODYA 1XN3A 4F75A 4MC2A 1EPNE 2P83A 5BS4A 5OZFA 2R43A 1FG6C 2QHZA 2VA5A 4ZSQA 3G72A 1HVCA 5SY3A 2RMPA 1MT8A 4RVIA 4K8SA 3R2FA 5P0YA 3KDCA 1SDVA 1T7JA 2Z4OA 2I0DA 2ZJKA 3TPPA 4BEKA 3Q6YA 4Y35A 3LZUA 2A4FA 5P50A 5P39A 1EPOE 4KUPA 5P6HA 5P41A 2P3BA 2I4WA 2P3AA 3NWQA 5P32A 5P0JA 5TOLA 4ZPGA 5P0PA 5P0WA 2QHYA 4Y5LA 4M8XA 4MC1A 4FGXA 1K2BA 2CENA 1CZIE 4LBTA 5P5NA 3SQFA 3EL5A 4J0PA 2OHPA 1IZHA 2QU2A 3QN8A 4Y44A 2H6TA 1SDTA 2O4SA 5P6GA 5P2NA 2Q54A 3OWNA 5ENKA 4NPTA 3OTYA 3CKTA 3OUDB 4OD9B 4COEA 1APVE 1HWRA 4FM8A 4XX4A 1YG9A 4YD4A 3RTHA 5P8JA 2JE4A 4YD3A 3B80A 1MPPA 1TCWA 5P3PA 2XYEA 3R0YA 3KFSA 6UPJA 3HBOA 1UPJA 3DM6A 4U7VA 5P12A 5KR1A 1APUE 3WZ6A 1APTE 5P2QA 4BFBA 2WL0A 5P8TA 4DJXA 3O9LA 5P87A 2ZYEA 2V10C 5OZAA 1QBUA 4DQBA 3ZOVA 4Y4GA 1T7KA 3BXSA 4GZFA 2PH6A 1F7AA 5OZDA 3UFLA 3VYFA 1HPSA 5P1KA 5P7DA 3OUCA 4I8WA 3HAUA 4L1AB 4Y3HA 3U6AA 5P1NA 4RYGA 3HW1A 3IVIA 4Y4ZA 5P77A 4Y5MA 3R0WA 4KB9A 5P5MA 4TRYA 2QP8A 4YD5A 5P7JA 3PWMA 5HCTA 1MT7A 3K5FA 3PI0A 5P7YA 3NDUA 5ISKA 4FLGA 4RVJA 5P7NA 2NMYA 2I0AA 5E5JA 1K6TA 3MXDA 5P37A 4L7GA 5COPA 1W51A 4ZPFA 3D3TA 5F01A 1FQXA 4Y3GA 4YOBA 1E82E 2J9JA 4Q1WA 5P5GA 1M4HA 1QBSA 4Y57A 4CMSA 5P57A 5P7PA 2BPVA 5OZ0A 2WHHA 4J1IA 1BV7A 1LYBB 2UPJA 2O4LA 5AHCA 2VS2A 4J0ZA 4Y4XA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G1Y A;  3K5D A;  3N3I A;  3OHH A;  5OZT A;  1ZSF A;  4RCF A;  3HDK A;  4IVT A;  4Y3X A;  5P55 A;  5P5P A;  2P3D A;  4U8W A;  1SDU A;  1HVS A;  3PGI A;  5SXN A;  4DQG A;  5HDU A;  1AXA A;  1D4Y A;  5HU0 A;  5P29 A;  2VNM A;  3D91 A;  5AHA A;  3Q70 A;  4J17 A;  4RLD A;  1B5F A;  3I6O A;  2WEB A;  5P1A A;  3L5F A;  3DV5 A;  1MEU A;  2VIE A;  2HM1 A;  3L5C A;  2OHM A;  2JXR A;  4L1A A;  4ER1 E;  5P1Z A;  2BQV A;  1HXB A;  4GJC A;  5OZ1 A;  3QVC A;  5F00 A;  5P2G A;  4ZLS A;  3L38 A;  4LP9 A;  2RSP A;  3KM4 A;  1C6Z A;  1Q9P A;  1YX9 A;  5P74 A;  4HEG A;  5P28 A;  3UPJ A;  5P51 A;  4Q1Y A;  1HIV A;  5P40 A;  1ER8 E;  2ER9 E;  2P8H A;  3SPK A;  1HTE A;  3HD8 A;  1GKT A;  4I0F A;  3HVP A;  3RVI A;  4I0Z A;  1ZLF A;  5P4S A;  2H6S A;  5P75 A;  1WKR A;  2AOC A;  3L5D A;  2ER6 E;  4J0T A;  4LXK A;  4EHC A;  1SIV A;  1B6L A;  5P0N A;  2QCI A;  4HA5 A;  1OEX A;  3UDJ A;  3PCW A;  6FIV A;  4EWO A;  1LYB A;  5DQ2 A;  5P0X A;  3L58 A;  1F34 A;  5P45 A;  1FF0 C;  3ER3 E;  3HLO A;  5I3X A;  8HVP A;  3EL4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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