4YEMA

Carboplatin binding to hewl in nabr crystallisation conditions studied at an x-ray wavelength of 0.9163a - new refinement
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Crystallography and chemistry should always go together: a cautionary tale of protein complexes with cisplatin and carboplatin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4yemA00
1REMA 4II8A 1LPIA 1LYZA 1A2YC 1NDMC 4GCCA 3WPKA 3EXDA 1HSWA 4DYGA 2BAAA 5KXTA 4W96A 2W1MA 1GE1A 2DQEY 4FJRA 1UIDA 4G4BA 3WYHA 1UIAA 3VWOA 2X0AA 1LZDA 1B7RA 4NFVA 2XTHA 1Z55A 4PPOA 1GB0A 2ZQ4A 4NGOA 4J1BA 2Z2EA 1GF3A 5I4YA 1IWXA 3CB7A 1YL0X 2FBDA 1YAMA 1LZAA 1LMAA 3W3EA 132LA 5C6JA 1AT5A 3P4ZA 1N4FA 1HNLA 7LYZA 1IP6A 1HEPA 5HMVA 4EOFA 1LSPA 1T3PA 1J1OY 1BQLY 1PS5A 3CT5A 2EPEA 4XADA 4NGKA 1BHZA 1IOTA 2HEAA 1IR8A 1LZCA 1MELL 1LJKA 1RI8B 4UWVA 1GWDA 2XJWA 5A3ZA 1I56A 2ZNXY 1B7OA 1HC0A 3KAMA 2MEEA 3HBEX 3LHMA 2H9KA 1IOQA 3LN2A 4NGLA 1XSFA 4B4IA 3AZ5A 1JSFA 1KIPC 1IEEA 2G4QA 1AZFA 2F4AA 1XEKA 4QEQA 4Z41A 2NWDX 2LYMA 4Z98A 1JSEA 3AGIA 1LYYA 5KXKA 5KXWA 1IC5Y 1NMMA 4WM2A 4NY5A 3FI7A 4DC4A 2BQNA 5KXLA 1OUEA 1GFGA 3A90A 1YROA 2DQDY 1YKZX 3TXFA 1FLUA 2MEBA 3P64A 3TMUA 4ET8A 1NBZC 4QY9A 5J7CA 5DN4A 4DDCA 5F16A 1B5XA 1JUGA 2MEGA 1CJ6A 1HEWA 5LA5A 3A92A 5I5QA 2DQFC 3RU5A 4I0CA 1RFPA 4B1AA 4ETEA 3B0IA 5L3IA 2BQJA 2XBSA 4TWSA 5LVHA 1ZVHL 1LYSA 2D91A 154LA 1EL1A 2Q0MX 1GAZA 1YILA 4KPMA 4YENA 134LA 2HU1A 4HTQA 1UIBA 3A95A 4KL7A 2LYOA 4YF2A 4CGEA 4WMGA 1PZYA 1JTOL 1OUFA 1UIEA 4NWHA 1JPOA 1JKBA 2WARA 4H9IA 3T6UA 3N9AA 2VB1A 5I4XA 2LZTA 1YANA 4N0JA 3WMKA 1LSCA 1REZA 3TXDA 4OWEA 8LYZA 1HEMA 4WLTA 1F6RA 6LYZA 5B07A 4UWNA 4GN3A 1B5UA 1DZBX 1NKHA 3A91A 3B6LA 3AZ4A 3RZ4A 4GCDA 2BQBA 3HBHA 4B49A 4GN5C 4HP0A 4WG7A 5D5FA 1J1XY 4J0LA 4XENA 4DDBA 1OUJA 1GF5A 1BGIA 1QDRA 1QSWA 2BQDA 2D6BA 9LYZA 1LJ3A 4LYOA 4NGIA 4G9SA 1DXJA 2MEHA 5APDA 3OJPA 1E8LA 4W94A 1IP7A 3W6EA 1LHJA 1YAOA 4IASA 4N1EI 4LYMA 4E3UA 1XGTC 1JJ1A 1BB7A 4HTKA 4LYTA 4XJIA 3LYZA 1JKCA 5FDJA 3TXEA 2XBRA 1UCOA 5LINA 3WL2A 4CHXA 1BWIA 4XYYA 1GBXA 1LSBA 1QUTA 4LYBA 5LXWA 1W08A 4M4OA 2YBNA 1LMOA 1B0DA 1VFBC 4WM1A 2Z12A 1WTNA 1B5ZA 1KXYA 1UBZA 208LA 4WL7A 2YSSC 3ATNA 4BAPA 4DD3A 1GFUA 5B59A 1ZMYL 4HSFA 1OUHA 1JHLA 1LJIA 4N9RA 4DD7A 1LKRA 2D4JA 4XJDA 3WULA 2RSCA 1UACY 4NHTA 1D6QA 2D4KA 1WQRA 2BQHA 1DPXA 5C6IA 1C46A 1GFEA 1GB7A 3W6FA 5DM9A 4MSTA 4WLYA 1CKCA 2CWIA 1LHIA 4YOPA 1XEJA 1UC0A 3WPJA 3WVXA 2BQMA 1AM7A 1LHLA 1YIKA 1JEFA 1J1PY 1SLYA 5EBHA 4HTNA 4LT3A 1XGPC 1BB5A 1TDYA 2DQAA 4H9HA 1UIHA 1VEDA 1DKJA 3CQLA 4ETDA 3GXKA 1F6SA 1GBWA 1QSAA 1ALCA 1YL1X 2LHMA 1DKKA 1TBYA 1F0WA 4NSGA 2BQKA 3ZEKA 4ETBA 1LSAA 4DD2A 5DLAA 1DI3A 5B1GA 4H9EA 4XJGA 4OOTA 1LSGA 1IWTA 3W6AA 5B1FA 1XEIA 2Z39A 1LZRA 5I4WA 1VDPA 1G7LC 1BB3A 1D0KA 1HEQA 1W6ZA 2YBJA 1O23A 2AUBA 1LMPA 2HEEA 1GBYA 1IP1A 1REXA 3P66A 2ZIJA 4H9FA 4O34A 2HEFA 5APFA 5LYTA 4GCEA 1IY4A 1HFXA 4NWEA 4Z46A 2GV0A 3A8ZA 5IELA 1GB5A 1LZ9A 3QNGA 1TAYA 2C8PA 3HBDA 3N9EA 3TMWA 4TUNA 4NGJA 3WXTA 4P2EA 3WU7A 4LZTA 5KXOA 4GLAA 3P68A 2F2NA 1IORA 3TXGA 2DQIY 4TSCA 1JTPL 4DD1A 1G7MC 3EO5A 5LA8A 2A7DA 1EQ4A 3J4GA 4LFXA 3AYQA 5C6LA 1GHLA 2HTXA 4ZFPA 1C43A 4WM6A 4ET9A 3A3QA 3B0KA 3TXBA 3RW8A 3LZTA 4QGZA 1C08C 4BADA 1G7JC 1FDLY 1TEWA 1LZNA 1IY3A 2BQGA 1HF4A 2EIZC 1WTMA 4HJZA 1LZYA 4YM8A 2MECA 4TX7A 5KXNA 5LYZA 4N1CC 4PJ2C 1LZ8A 5ILCA 2H5ZA 1CNSA 3EBAB 1HFZA 1LMCA 2DQGY 1LJJA 3OK0A 1C45A 3A93A 2HECA 1LZSA 3QE8A 5F9XA 5FSTA 1JKAA 1KXWA 1T6VL 2BQFA 2IFFY 2CGIA 3ATOA 3AGHA 4H8YA 3LYMA 4H91A 4J7VA 4DD0A 3WU8A 1KIQC 4CJ2A 1LSEA 2BQIA 2N5ZA 4WM3A 1B7SA 2MEAA 4DT3A 1OP9B 1UUZC 3CSQA 1LZ5A 1UIFA 1ZVYB 2Z2FA 4NG8A 3RT5X 4OWBA 1IWZA 4H8XA 2ZIKA 4M6DA 1SQ2L 4TSBA 4HPEA 3A6BY 1WVVA 1V7TA 3ULRA 4RLMA 1I1ZA 1IP4A 1JWRA 1LCNA 1D9UA 2LZ2A 2ZYCA 5L3HA 2IHLA 4AXTA 4WOAA 1D0LA 1B2KA 4H90A 2ZWBA 1HMKA 2MEIA 1GPQC 5E4PA 4LT1A 1LJHA 1BWHA 5APCA 1LOZA 1RCMA 5KXSA 3ZVQB 5KY1A 1VDTA 2EKSC 5I53A 4ETAA 4NSHA 1QQYA 1LSFA 2G4PA 4YEOA 1LHHA 1IOSA 4B0DA 2DKVA 3FE0A 1OUBA 1LSMA 4DDAA 4H94A 4XJBA 4NGVA 1B5VA 2ZQ3A 4G4HA 1GE2A 5FELA 1LHKA 3M18B 1LSDA 2HEDA 1GE3A 1IWVA 1LZBA 2DQCY 5KXMA 4WO9A 4DWXA 4FDYA 1GF7A 1LZ4A 4PGJB 1GFTA 1B7QA 1F10A 1GBSA 1WQOA 4NHSA 1GE4A 2DQHY 1HERA 2ZNWY 1GB8A 4OWAA 4G4CA 4R6CA 4WLDA 4A7DA 133LA 1QUSA 1YAQA 1P2CC 4NSJA 3WUAA 1QDTA 2BLYA 4AGAA 4DD9A 1GEVA 1B9OA 1DPWA 1CKDA 1FBIX 1WQQA 1LYOA 4HPIA 4HV2A 4L41A 4PRUA 3WH1A 5ILFA 1LJ4A 3WUNA 1GFJA 5FEKA 1IP3A 4NSIA 1WVUA 3A67Y 1KXXA 5HNLA 5II3A 1IIZA 3AW7A 4H92A 1D0MA 1GAYA 1GFKA 1YAPA 2I25L 2FYDA 1C7PA 1CKFA 1GF6A 3W6DA 1DI4A 3TXIA 4WM5A 1B7LA 1LMQA 2Z18A 1AT6A 1XGUC 2YBLA 1GEZA 3MGWA 3A96A 2EQLA 1YQVY 1FLQA 193LA 2FBBA 1NF5A 5LAFA 1YKYX 2Z37A 4XJFA 4J1AA 4PRQA 1GFRA 1LTMA 2YBIA 1VAUA 4ML7A 1QTEA 4RW1A 1IP2A 1GFAA 3LYTA 2F4GA 2HU3A 5F9UA 3AGGG 4BS7A 4ETCA 5LVGA 1XGQC 2PC2A 2I26L 1EQEA 2DBTA 3A3RX 194LA 1XGRC 1LSYA 1TCYA 2YDGA 4H8ZA 2YBHA 4NGYA 4X3BA 5T3FA 3WU9A 4HJVA 5LAGA 1FKVA 2YBMA 3LZ2A 1NDGC 3IJVA 1EQ5A 1OUDA 207LA 2A7FA 5DL9A 3WPLA 5HLLA 1JIYA 5AMYA 1IP5A 1JISA 4H1PA 2I6ZA 4NIJA 4N8ZA 1LZ1A 3WUMA 1I20A 2W1YA 1LAAA 4WL6A 4QDNA 3D3DA 2ZYPA 3LYOA 5HMJA 5IDDA 1INUA 3TMVA 2FYCA 3W6CA 2Z19A 1GFVA 4ZIXA 1LMNA 3TXKA 2DQJY 4R0FA 4U3XB 1OUCA 1GDXA 5K7OA 3E3DA 1IVMA 3B72A 4I8SA 1LZ6A 4NEBA 4H9BA 1MLCE 5LVKA 3N9CA 1RE2A 4YEMA 1ZV5L 1GF8A 2CJLA 5B05A 1JJ0A 3IWRA 2BQOA 1LKSA 1B5YA 1LJEA 1UIGA 3AJNA 4OWHA 1V7SA 4WM4A 3TXJA 1IC7Y 1GDWA 2W1LA 5FCPA 2BQEA 3WXUA 2MEFA 3A6CY 1FKQA 3CSRA 1B7NA 1WQMA 2ZILA 1JKDA 4BAFA 3A34A 1LJGA 3CT0A 1AKIA 1BVKC 6LYTA 1VDQA 1LSZA 4OOOA 1H6MA 5LVIA 5D5CA 5KXPA 4GN4A 153LA 4LT2A 4XJHA 1LZTA 1LHMA 5HNCA 1UA6Y 5LVJA 3T36A 4NHIA 4LGKA 1CKHA 1CJ7A 4C5FA 4IJ4A 5JENB 3K3TA 4KT3A 5F81A 1NBYC 1GFHA 4NHPA 3CT1A 1NHEA 3AZ7A 1NWGA 4HV1A 1B7MA 1DI5A 2BQAA 2HUBA 1WQPA 3WVYA 2YVBA 5HQ1A 1IWYA 2D4IA 3W6BA 1FLWA 1GF9A 5M1YA 1GBOA 1OQMA 4G49A 1GF4A 3A94A 1HELA 1LSNA 3TXHA 1BWJA 1B5WA 1KIRC 1JJ3A 1OUIA 3D9AC 5LYMA 3WW5A 1IOCA 1HENA 4N5RA 5KJ9A 1DQJC 4D9ZA 2Y8PA 4OWCA 4WLXA 4H9CA 1IR7A 1LJNA 4CFOA 4GLVA 2BQLA 1G7HC 2BQCA 1G7IC 4B4EA 4GCFA 5E9RA 4NGWA 4NGZA 3J6KA 3WW6A 2F30A 1H87A 1GD6A 3G3AB 5APEA 5L9JA 2MEDA 3AB6A 1REYA 2BPUA 1QTKA 4UWUA 4ZEEA 1LMTA 4ANRA 1HHLA 1JITA 1YKXX 4LYCA 1CKGA 3IJUA 1CJ8A 1GXV2 5F14A 1IX0A 5B06A 1VATA 4OW1A 1CJ9A 1OUGA 4WG1A 5A3EA 5KXXA 3AW6A 4NG1A 2BLXA 1FLYA 2C8OA 3B0OA 3BKVA 135LA 1IWWA 4LFPA 3RNXA 1BVXA 2B5ZA 2W1XA 3P65A 5I54A 1IC4Y 4C3WA 3EMSA 2LYZA 1C10A 1QIOA 1JTTL 3BKHA 1IWUA 1GBZA 1BB4A 4TTDA 3M3UA 1HSXA 4RDSA 4MR1A 3CSZA 2G4NA 4HJYA 4CFPA 4EMNA 1IO5A 1HFYA 1HMLA 4NHQA 1GE0A 1UICA 4RLNA 4H9AA 4XN6A 4Z3MA 5IHGA 5KKJA 4H93A 1GB9A 3TMXA 1RJCB 1LZEA 2CDSA 1BB6A 1FN5A 1GB3A 5KXRA 3GXRA 1GXXA 3ZVQA 5KKIA 1GB6A 2HEBA 4KXIA 1NQIA 3SP3A 1LJFA 4IATA 4RW2A 5KXYA 3F6ZA 1A4VA 2H9JA 5KXZA 4LYZA 3HFMY 4GCBA 1WQNA 3QY4A 1VDSA 4LT0A 4MCKA 4WO6A 4B4JA 1LZGA 1B7PA 4PHIA 1D6PA 1GB2A 2Z38A 1HEOA 5FHWA 3AZ6A 5DN5A 1GF0A 1IR9A 3G3BB 1XFPL 1OUAA 5LIOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LPIA 224LA 2B70A 2BAAA 3G3VA 2W1MA 1GE1A 3FI5A 3VWOA 4PPOA 4J1BA 2Z2EA 2OU0X 1IWXA 3CB7A 1AT5A 7LYZA 1HNLA 1LYGA 1L85A 4ARQB 4XADA 4LDOA 1IOTA 2HEAA 1GWDA 1CV6A 227LA 1HC0A 3KAMA 3LN2A 1LYEA 4W55A 1KIPC 1JSEA 4I7SA 3FI7A 1L32A 1YROA 2DQDY 1YKZX 3HH5A 2LCBA 4LDEA 4ET8A 1NBZC 1L18A 1SSYA 184LA 1OYUA 1B5XA 3PDSA 3A92A 3C81A 5I5QA 3RU5A 257LA 138LA 3B0IA 5L3IA 2BQJA 3NY8A 4IAPA 2RAYX 1CVKA 134LA 3A95A 1PQOA 4WMGA 1PZYA 216LA 164LA 5I4XA 3VW7A 3WMKA 4W54A 3TXDA 8LYZA 244LA 1B5UA 1NKHA 4HP0A 4DDBA 4XENA 1OUJA 1GF5A 1L72A 1QSWA 3CDRA 4NGIA 1L74A 1DXJA 120LA 1YAOA 3OE8A 4LYTA 4XJIA 3LYZA 1JKCA 4W52A 1L75A 1L80A 1QUTA 2YBNA 165LA 1LPYA 1UBZA 1KXYA 4DDCA 3ATNA 5B59A 1GFUA 3DN1A 1OUHA 4DD7A 1L82A 2RSCA 4NHTA 1D6QA 2D4KA 1WQRA 1DPXA 1OV7A 5C6IA 1GFEA 242LA 3NY9A 4WLYA 1LWKA 4YOPA 1AM7A 1KW5A 1YIKA 4HTNA 4LT3A 3C8RA 2LHMA 1GBWA 148LE 1IWTA 2Z39A 1L70A 1LZRA 2YBJA 1O23A 1IP1A 3P66A 1L60A 1IY4A 1HFXA 4NWEA 1QT8A 217LA 1P2RA 3HBDA 4TUNA 3WXTA 250LA 4LZTA 1C6LA 3PBLA 2F2NA 107LA 3TXGA 1JTPL 3EO5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1REM A;  4II8 A;  1LPI A;  1LYZ A;  1A2Y C;  1NDM C;  4GCC A;  3WPK A;  3EXD A;  1HSW A;  4DYG A;  2BAA A;  5KXT A;  4W96 A;  2W1M A;  1GE1 A;  2DQE Y;  4FJR A;  1UID A;  4G4B A;  3WYH A;  1UIA A;  3VWO A;  2X0A A;  1LZD A;  1B7R A;  4NFV A;  2XTH A;  1Z55 A;  4PPO A;  1GB0 A;  2ZQ4 A;  4NGO A;  4J1B A;  2Z2E A;  1GF3 A;  5I4Y A;  1IWX A;  3CB7 A;  1YL0 X;  2FBD A;  1YAM A;  1LZA A;  1LMA A;  3W3E A;  132L A;  5C6J A;  1AT5 A;  3P4Z A;  1N4F A;  1HNL A;  7LYZ A;  1IP6 A;  1HEP A;  5HMV A;  4EOF A;  1LSP A;  1T3P A;  1J1O Y;  1BQL Y;  1PS5 A;  3CT5 A;  2EPE A;  4XAD A;  4NGK A;  1BHZ A;  1IOT A;  2HEA A;  1IR8 A;  1LZC A;  1MEL L;  1LJK A;  1RI8 B;  4UWV A;  1GWD A;  2XJW A;  5A3Z A;  1I56 A;  2ZNX Y;  1B7O A;  1HC0 A;  3KAM A;  2MEE A;  3HBE X;  3LHM A;  2H9K A;  1IOQ A;  3LN2 A;  4NGL A;  1XSF A;  4B4I A;  3AZ5 A;  1JSF A;  1KIP C;  1IEE A;  2G4Q A;  1AZF A;  2F4A A;  1XEK A;  4QEQ A;  4Z41 A;  2NWD X;  2LYM A;  4Z98 A;  1JSE A;  3AGI A;  1LYY A;  5KXK A;  5KXW A;  1IC5 Y;  1NMM A;  4WM2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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