4YF2A

Crystal structure of mouse sperm c-type lysozyme-like protein 1
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
AKVFSRCELAKEMHDFGLDGYRGYNLADWVCLAYYTSGFNTNAVDHEADGSTNNGIFQISSRRWCRTLASNGPNLCRIYCTDLLNNDLKDSIVCAMKIVQEPLGLGYWEAWRHHCQGRDLSDWVDGCDFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Cell adhesion, sugar binding protein
source organism Mus musculus
publication title Sperm Lysozyme-Like Protein 1 (SLLP1), an intra-acrosomal oolemmal-binding sperm protein, reveals filamentous organization in protein crystal form.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sperm acrosome membrane-associated protein 3
total genus 44
structure length 130
sequence length 130
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4yf2A00
1B7PA 4WMGA 2DQHY 5APCA 1CKGA 1GFEA 1YAOA 3VWOA 1LZ6A 1NBYC 2BLYA 2BQFA 5KXSA 1FN5A 4N8ZA 1DI5A 1LHLA 3TMXA 3CSQA 4XN6A 4Z98A 1WQNA 2YBMA 1CKHA 4LT3A 2ZILA 4LFXA 4N1CC 4LYZA 3CT5A 2FYDA 1TAYA 4HV2A 2Z19A 1JTTL 1GE2A 3QNGA 2YDGA 3A95A 4XJGA 4L41A 3A91A 3BKHA 2BQCA 2W1YA 1LZBA 4HJZA 4OWBA 4WOAA 1RI8B 2FBDA 4MSTA 5FEKA 5FDJA 1QDTA 5FSTA 5F81A 1IVMA 4Z41A 4H93A 1AT5A 1GB7A 1B5UA 4HSFA 4LFPA 1ZV5L 1FLUA 5I4XA 1VAUA 1XGTC 1GB2A 1B9OA 3HFMY 1BWHA 2BQJA 1GEZA 3ZVQA 1B0DA 1GEVA 1B7NA 1A2YC 1XGPC 4IJ4A 3WYHA 1IO5A 1CKDA 3M18B 5KKJA 4YENA 1YIKA 2EIZC 3RZ4A 1LZ5A 1KXYA 1HMKA 2MEGA 4TWSA 1BVKC 1DPXA 1GXV2 4DDAA 5KXNA 1GF3A 1GF6A 2LZTA 1GBXA 3OJPA 4XJIA 1H87A 1QUTA 1BWJA 5LVKA 1F0WA 3P65A 1UUZC 2X0AA 1I20A 1LZAA 2FBBA 3W6CA 1JJ1A 1AKIA 1B5VA 3TXEA 3A96A 4XJHA 4QDNA 1LJKA 3MGWA 2EQLA 4W94A 2Y8PA 2YBNA 4XJFA 1GF9A 1GE3A 3W6BA 4U3XB 1V7SA 4LGKA 4H91A 1HFXA 4NHIA 3AZ7A 4QY9A 1GFUA 1BB7A 1LZYA 1GB5A 5E4PA 5B1FA 4DD2A 5HMVA 1UICA 4TSCA 1LJEA 1DQJC 1UIFA 1IWUA 1XGUC 5II3A 4UWUA 3BKVA 5FCPA 1G7LC 2LYOA 1GFGA 4H1PA 2LZ2A 4NSJA 4ETCA 4PRUA 1LYYA 4HP0A 8LYZA 1KIQC 132LA 1VDPA 2XTHA 1JEFA 135LA 3ATNA 1BHZA 5ILCA 2BLXA 3AZ4A 208LA 4ETDA 4G49A 2LHMA 1OUEA 4X3BA 5A3EA 2MEIA 4H94A 3A90A 5F14A 4J0LA 2HTXA 1GBYA 4R6CA 5D5FA 3ULRA 1NDMC 4B4EA 1IP3A 1FBIX 4DDCA 1LZGA 1LYSA 4FJRA 4H9HA 5B07A 3AGGG 1JSEA 4ML7A 4B4IA 4NEBA 1E8LA 4HTNA 2BQEA 5KXKA 1QTEA 4NGLA 4NGZA 2RSCA 1G7JC 1GFRA 2BQLA 5B1GA 1DI4A 1GD6A 2BQDA 1GBSA 5L3HA 1LJ3A 1IY4A 207LA 2MEAA 5LIOA 1LSYA 5A3ZA 3WPKA 1D0LA 5DM9A 4ET8A 1B7SA 5I4YA 3IJVA 1QQYA 2IFFY 1WTMA 1QIOA 1IC4Y 3ZVQB 2HU3A 4PJ2C 1GAYA 1HSXA 4W96A 1IOTA 5LYTA 1LZDA 4LT2A 5IELA 1ALCA 1IP6A 1HERA 5I54A 5C6JA 2CWIA 1LCNA 1IP5A 1LZEA 193LA 3A94A 4LYMA 1LMOA 4DYGA 4J7VA 5KY1A 3GXKA 1JISA 1LMQA 3W6AA 1LSMA 3B72A 2HU1A 5HMJA 1REZA 1INUA 3RNXA 1EQ5A 3AYQA 1WVUA 1LJFA 4H9IA 5C6IA 4DD1A 4NGIA 5LVIA 2BQAA 4M6DA 5KXRA 1B5YA 4UWNA 2MEBA 2YVBA 1IIZA 4GN4A 1CJ8A 4LZTA 4YEOA 1LSCA 3A6BY 3WU8A 1GB0A 4XENA 1KXWA 4DD3A 1IY3A 1LSBA 4DWXA 2DQFC 1BWIA 1LZCA 1JIYA 1LZ1A 1TBYA 2D4KA 2HECA 3TXKA 1C46A 5KXXA 4HTKA 1RCMA 5LVHA 5F16A 1GFTA 2AUBA 4OOOA 1DKKA 1NMMA 1GBWA 4NHQA 5LA5A 1OQMA 4PPOA 3P68A 3WXUA 3J6KA 4YOPA 1EQ4A 2G4NA 2HEAA 4ETEA 1LJ4A 1GE1A 4H8ZA 5FELA 4BAFA 1KIPC 1IOQA 1LPIA 2B5ZA 1UIEA 2BQHA 2BQIA 1MLCE 2H9KA 1OP9B 1LHMA 1GE4A 2ZNXY 3WUAA 4OWEA 1CKFA 5DN4A 4NSIA 3K3TA 1B2KA 1CKCA 2Z12A 1HEMA 4WG1A 5KXZA 1LHKA 1IP7A 1REMA 4LYTA 3N9EA 4B1AA 5DN5A 3WULA 4H9FA 4I0CA 3ATOA 1LSGA 5KXLA 1UC0A 1C7PA 5L3IA 1AT6A 2YBIA 5KXMA 1NWGA 1HEPA 4MR1A 5IDDA 1HEWA 4NFVA 1ZVYB 4GN5C 2EPEA 1IP2A 1MELL 5HQ1A 1GBOA 2Z37A 3HBEX 1TDYA 1IR8A 3OK0A 4WLXA 1HF4A 3M3UA 1LZNA 1KIRC 3AB6A 1J1OY 1J1PY 1IOSA 3WMKA 1LSAA 1LHIA 4NGOA 1REXA 5M1YA 1G7IC 1I56A 2BQKA 3LHMA 1JKDA 2DQIY 1WTNA 4M4OA 3LYOA 1VDQA 3WXTA 4E3UA 1XEKA 1KXXA 1LZ8A 4NSGA 1HMLA 4NHPA 3WL2A 4ETAA 1NQIA 2XBRA 1AM7A 1YILA 3W6FA 1QSAA 1LHHA 3AW6A 1GFHA 1F10A 1LJNA 1YROA 5B05A 1IOCA 1DZBX 1UACY 4FDYA 1VEDA 3CB7A 1IWWA 4NWEA 1A4VA 1NBZC 5T3FA 2A7FA 4NHTA 3CSRA 1B7QA 1GFJA 2BQGA 1LJGA 1LYZA 3HBHA 1NF5A 4N1EI 1CJ7A 3A67Y 3LYZA 1FDLY 4NY5A 1SLYA 2Z38A 3QE8A 4B4JA 4NGWA 4BS7A 3WW5A 1WQOA 1ZMYL 2D6BA 2D4IA 4WO9A 3TMWA 2F30A 1GF7A 1BB5A 1Z55A 1JTOL 3A34A 4XJBA 5C6LA 3KAMA 4G9SA 5HNCA 4BADA 1LMTA 1XGQC 5APEA 4KPMA 1UIBA 4LYBA 4WM1A 3SP3A 4B0DA 5B59A 3FE0A 5HLLA 1WQRA 1YQVY 4H9AA 4DD0A 2H9JA 9LYZA 2BQBA 3B6LA 2HEEA 1D0MA 4YM8A 2GV0A 2D91A 3WVXA 4ZFPA 2H5ZA 2C8PA 4NGVA 5JENB 4OW1A 4G4CA 4RLMA 1LZRA 1BB4A 1LSZA 1LZSA 4RW1A 1XEJA 1J1XY 1XGRC 2G4PA 5LYZA 1QSWA 1G7MC 1AZFA 2DQEY 3D3DA 4WG7A 3W6DA 7LYZA 1EQEA 1JSFA 3W6EA 5K7OA 1B5WA 1I1ZA 1OUFA 2CJLA 153LA 4HPEA 1GB9A 4KT3A 5F9UA 4YF2A 2ZYPA 1JKAA 4II8A 4NHSA 1LMPA 4H8XA 1GDWA 4IASA 5E9RA 4WM6A 1B7LA 4DT3A 2MEFA 3WVYA 1IORA 3AJNA 4PHIA 1LMNA 1C10A 1FLYA 1D0KA 5DLAA 3LYMA 1GF0A 5KKIA 1IWZA 1FKVA 3J4GA 3QY4A 6LYZA 4CJ2A 4C3WA 2MEEA 2W1LA 1HHLA 1GF5A 5EBHA 5KJ9A 134LA 4HPIA 1CNSA 3A8ZA 3WPLA 1XEIA 2YBJA 3LZTA 3A3QA 4EOFA 1IWXA 3CSZA 1FLQA 3A92A 1LJHA 3AGHA 5LYMA 1EL1A 2PC2A 3LN2A 1GB3A 2ZQ4A 5LA8A 5J7CA 1BB6A 4H9CA 1JKCA 1HSWA 1ZVHL 4RW2A 4B49A 1HFZA 1LOZA 3EBAB 2G4QA 3B0KA 2Z2EA 2HEDA 4GN3A 5KXOA 2DQGY 4XADA 1SQ2L 5KXYA 4WM4A 1RFPA 4KXIA 4Z3MA 4H92A 4H9BA 4DC4A 2F4AA 5FHWA 5LAGA 1VDSA 1DI3A 1IWTA 1GWDA 1OUIA 2HUBA 1GAZA 4KL7A 4GCCA 4XYYA 1GFVA 2MEDA 2Q0MX 3A6CY 1LKRA 4N5RA 5LVJA 1YKZX 1B5XA 4D9ZA 1JWRA 2BQMA 3A93A 5KXWA 5HNLA 5KXTA 2I26L 1WQMA 3ZEKA 4OWCA 3D9AC 1QDRA 1UA6Y 4J1BA 1LSFA 1IEEA 1WQQA 3N9CA 1HFYA 2DQCY 4H90A 4QGZA 1IR7A 5F9XA 5B06A 4YEMA 4ZEEA 1C43A 1YANA 4LT0A 1OUJA 4N9RA 1GF8A 3E3DA 4NG1A 1BVXA 3EO5A 3IWRA 2C8OA 1LSDA 5LVGA 3RT5X 5I4WA 1GPQC 3WU7A 3WW6A 1IC5Y 2WARA 4WL6A 3P4ZA 1F6SA 194LA 4CFPA 2DBTA 1YKYX 2BQNA 1YL0X 1C45A 2ZIKA 4P2EA 3TXDA 2D4JA 3A3RX 4GLAA 1XSFA 4TTDA 4TUNA 4WLDA 4OWHA 1HNLA 1D6QA 1UBZA 2LYMA 3CQLA 2ZWBA 1B7OA 1V7TA 4CGEA 4PRQA 3WU9A 1C08C 4GCEA 4WM3A 1REYA 4NGKA 1W6ZA 4WO6A 2YBHA 4GCFA 4DD7A 4XJDA 3TXFA 4OWAA 1NKHA 1IX0A 2BPUA 1YKXX 3FI7A 1IP1A 133LA 1YAQA 1P2CC 2VB1A 2N5ZA 4OOTA 154LA 1JJ3A 2ZIJA 3LZ2A 1B7RA 1WQPA 2ZQ3A 4G4BA 1OUBA 4H8YA 5APDA 4BAPA 1HC0A 2CDSA 4DDBA 2F4GA 1RJCB 3TMVA 1VATA 4LYCA 4AGAA 1QTKA 2Z2FA 4NIJA 1LJIA 2A7DA 1UIDA 5I5QA 4Z46A 6LYTA 1B5ZA 3TXHA 4TSBA 2I6ZA 4R0FA 3LYTA 4WLYA 1LZ9A 1W08A 3RU5A 1LKSA 5D5CA 3G3BB 1OUCA 5IHGA 1DKJA 1RE2A 4MCKA 1HEQA 1LHJA 1GE0A 3IJUA 4NGJA 3WH1A 4O34A 4NG8A 4C5FA 1LZ4A 1DXJA 2DQAA 2MEHA 2W1MA 3EXDA 1T3PA 3HBDA 2YSSC 4ANRA 3TXIA 1N4FA 1YL1X 1LJJA 2DQJY 1T6VL 1D6PA 3CT1A 1JHLA 4HTQA 1F6RA 1JJ0A 1YAMA 4NGYA 4PGJB 1GB8A 4UWVA 3F6ZA 1WVVA 3AZ6A 5ILFA 2XJWA 3TXBA 1LYOA 4EMNA 4AXTA 1LSPA 1FLWA 1YAPA 3AW7A 1GXXA 1PS5A 3TMUA 4DD9A 2F2NA 4QEQA 2XBSA 1O23A 1UIHA 4HJYA 3GXRA 4N0JA 1XFPL 3AZ5A 4A7DA 3WUNA 5AMYA 3N9AA 1FKQA 1JTPL 3AGIA 3P64A 1PZYA 3W3EA 3TXJA 4GLVA 3B0IA 4G4HA 1JITA 2HEFA 4GCBA 1NDGC 1IR9A 1IP4A 3T36A 4RDSA 1LTMA 2W1XA 1CJ9A 1H6MA 1UIGA 5LINA 1BGIA 2NWDX 4RLNA 1HENA 3TXGA 2EKSC 1GBZA 2Z18A 1LSEA 1LAAA 1IWYA 2LYZA 4LT1A 1VFBC 2ZYCA 1HELA 5APFA 1LMAA 1BQLY 1GHLA 4WLTA 4WM2A 4CHXA 4GCDA 4I8SA 1D9UA 1GB6A 1JPOA 1LSNA 2I25L 1NHEA 2YBLA 1HEOA 4IATA 4J1AA 5L9JA 4WM5A 4NSHA 3P66A 2BAAA 2BQOA 4WL7A 3WPJA 4ZIXA 1DPWA 1GFAA 5LAFA 2DKVA 1OUGA 3EMSA 5I53A 1GDXA 1IC7Y 1B7MA 3CT0A 3T6UA 4CFOA 2MECA 4ETBA 5DL9A 1QUSA 2FYCA 1OUHA 4LYOA 3G3AB 1GF4A 2ZNWY 1TEWA 2DQDY 4NWHA 3WUMA 1IWVA 1OUAA 1TCYA 2HEBA 2IHLA 3RW8A 4ET9A 5LXWA 1UIAA 1BB3A 1LMCA 5KXPA 1G7HC 4H9EA 4HV1A 1CJ6A 4TX7A 1JKBA 1LZTA 1OUDA 1UCOA 3B0OA 2Z39A 1GFKA 1VDTA 2CGIA 4HJVA 1JUGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B7PA 4WMGA 1LZ6A 1L73A 1NBYC 1FN5A 3CSQA 1CV0A 4LT3A 2ZILA 4N1CC 2FYDA 4LZMA 2Z19A 3QNGA 3A95A 3BKHA 1LGWA 191LA 4I7LA 6LZMA 157LA 4OO9A 4Z41A 1B5UA 1LI3A 5I4XA 1GB2A 4DQ5A 1B7NA 1A2YC 1NHBA 1CKDA 1G1WA 4YENA 3RZ4A 1LZ5A 2ANVA 1DPXA 1G0QA 1QUTA 1C66A 1L66A 3C81A 2X0AA 3ODUA 2RB0X 228LA 4QDNA 1L65A 188LA 3HTDA 1HFXA 3GUNA 1GFUA 1BB7A 1LZYA 150LA 1UICA 5II3A 4UWUA 3BKVA 1G7LC 1GFGA 4ETCA 1C60A 4PRUA 132LA 1VDPA 3ATNA 135LA 3C8SA 3AZ4A 4ETDA 2OU9A 4W55A 2MEIA 1L87A 3A90A 5F14A 1QTDA 1GBYA 2HUKA 4H9HA 2RBSA 4ML7A 4B4IA 1JTNA 4W58A 252LA 1QUGA 1LLHA 1QTEA 2RSCA 1GD6A 1LJ3A 2MEAA 1L94A 3WPKA 5DM9A 166LA 2ANXA 1L00A 1IC4Y 1L33A 1GAYA 3DN2A 5IELA 5I54A 1L55A 1LYDA 4DYGA 156LA 1L58A 1L12A 3G3VA 231LA 1WVUA 4H9IA 175LA 4DD1A 5KXRA 4UWNA 2MEBA 2YVBA 1L68A 2B70A 4GN4A 1L29A 1CJ8A 4LZTA 1L50A 1LSCA 3A6BY 1KXWA 1QSQA 2DQFC 1C69A 1LZ1A 2HECA 1L84A 3GUMA 5F16A 2Q9DA 3WXUA 4YOPA 151LA 4ETEA 4BAFA 2B5ZA 1LPIA 3W6AA 2BQIA 1L98A 2H9KA 1LHMA 1GE4A 2ZNXY 3WUAA 4OWEA 1CKFA 1LHKA 1LSGA 1L42A 1C7PA 140LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B7P A;  4WMG A;  2DQH Y;  5APC A;  1CKG A;  1GFE A;  1YAO A;  3VWO A;  1LZ6 A;  1NBY C;  2BLY A;  2BQF A;  5KXS A;  1FN5 A;  4N8Z A;  1DI5 A;  1LHL A;  3TMX A;  3CSQ A;  4XN6 A;  4Z98 A;  1WQN A;  2YBM A;  1CKH A;  4LT3 A;  2ZIL A;  4LFX A;  4N1C C;  4LYZ A;  3CT5 A;  2FYD A;  1TAY A;  4HV2 A;  2Z19 A;  1JTT L;  1GE2 A;  3QNG A;  2YDG A;  3A95 A;  4XJG A;  4L41 A;  3A91 A;  3BKH A;  2BQC A;  2W1Y A;  1LZB A;  4HJZ A;  4OWB A;  4WOA A;  1RI8 B;  2FBD A;  4MST A;  5FEK A;  5FDJ A;  1QDT A;  5FST A;  5F81 A;  1IVM A;  4Z41 A;  4H93 A;  1AT5 A;  1GB7 A;  1B5U A;  4HSF A;  4LFP A;  1ZV5 L;  1FLU A;  5I4X A;  1VAU A;  1XGT C;  1GB2 A;  1B9O A;  3HFM Y;  1BWH A;  2BQJ A;  1GEZ A;  3ZVQ A;  1B0D A;  1GEV A;  1B7N A;  1A2Y C;  1XGP C;  4IJ4 A;  3WYH A;  1IO5 A;  1CKD A;  3M18 B;  5KKJ A;  4YEN A;  1YIK A;  2EIZ C;  3RZ4 A;  1LZ5 A;  1KXY A;  1HMK A;  2MEG A;  4TWS A;  1BVK C;  1DPX A;  1GXV 2;  4DDA A;  5KXN A;  1GF3 A;  1GF6 A;  2LZT A;  1GBX A;  3OJP A;  4XJI A;  1H87 A;  1QUT A;  1BWJ A;  5LVK A; 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 1LYO A;  4EMN A;  4AXT A;  1LSP A;  1FLW A;  1YAP A;  3AW7 A;  1GXX A;  1PS5 A;  3TMU A;  4DD9 A;  2F2N A;  4QEQ A;  2XBS A;  1O23 A;  1UIH A;  4HJY A;  3GXR A;  4N0J A;  1XFP L;  3AZ5 A;  4A7D A;  3WUN A;  5AMY A;  3N9A A;  1FKQ A;  1JTP L;  3AGI A;  3P64 A;  1PZY A;  3W3E A;  3TXJ A;  4GLV A;  3B0I A;  4G4H A;  1JIT A;  2HEF A;  4GCB A;  1NDG C;  1IR9 A;  1IP4 A;  3T36 A;  4RDS A;  1LTM A;  2W1X A;  1CJ9 A;  1H6M A;  1UIG A;  5LIN A;  1BGI A;  2NWD X;  4RLN A;  1HEN A;  3TXG A;  2EKS C;  1GBZ A;  2Z18 A;  1LSE A;  1LAA A;  1IWY A;  2LYZ A;  4LT1 A;  1VFB C;  2ZYC A;  1HEL A;  5APF A;  1LMA A;  1BQL Y;  1GHL A;  4WLT A;  4WM2 A;  4CHX A;  4GCD A;  4I8S A;  1D9U A;  1GB6 A;  1JPO A;  1LSN A;  2I25 L;  1NHE A;  2YBL A;  1HEO A;  4IAT A;  4J1A A;  5L9J A;  4WM5 A;  4NSH A;  3P66 A;  2BAA A;  2BQO A;  4WL7 A;  3WPJ A;  4ZIX A;  1DPW A;  1GFA A;  5LAF A;  2DKV A;  1OUG A;  3EMS A;  5I53 A;  1GDX A;  1IC7 Y;  1B7M A;  3CT0 A;  3T6U A;  4CFO A;  2MEC A;  4ETB A;  5DL9 A;  1QUS A;  2FYC A;  1OUH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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