4YF2A

Crystal structure of mouse sperm c-type lysozyme-like protein 1
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
AKVFSRCELAKEMHDFGLDGYRGYNLADWVCLAYYTSGFNTNAVDHEADGSTNNGIFQISSRRWCRTLASNGPNLCRIYCTDLLNNDLKDSIVCAMKIVQEPLGLGYWEAWRHHCQGRDLSDWVDGCDFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Cell adhesion, sugar binding protein
molecule keywords Sperm acrosome membrane-associated protein 3
publication title Sperm Lysozyme-Like Protein 1 (SLLP1), an intra-acrosomal oolemmal-binding sperm protein, reveals filamentous organization in protein crystal form.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 44
structure length 130
sequence length 130
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4yf2A00
1REZA 1VFBC 1IP4A 4HTKA 1LZGA 3CT1A 133LA 2Z39A 1XGRC 4N8ZA 5I54A 4DD9A 5IHGA 5KY1A 4YENA 1CNSA 2Y8PA 3FI7A 1W6ZA 5APDA 4CGEA 4M6DA 4UWVA 2XBSA 1GB5A 3CT0A 207LA 3QY4A 1LZ8A 4NEBA 2A7FA 3A95A 1LHIA 6LYTA 4HTNA 2XJWA 1CJ7A 1IWTA 4NHQA 1HFXA 5F9UA 1GF3A 1GFRA 4KL7A 1LKSA 2DQGY 1HHLA 1ZVYB 1HMLA 4LYZA 4TWSA 1LZ6A 4ETAA 4G9SA 1DPWA 3P4ZA 5L9JA 3FE0A 4ETBA 2MEBA 2YBIA 1AT5A 1IC7Y 1IO5A 1AM7A 1LHKA 4NIJA 1D9UA 1OUIA 3ZVQB 4GCEA 4N1EI 5I53A 5LVIA 4J1BA 1KIQC 3AJNA 1JSFA 1LSFA 3WUMA 3IJUA 5DM9A 1XSFA 4B4JA 4WM2A 4TSBA 5APFA 1AZFA 4G4CA 4R0FA 3SP3A 3WPKA 4B4EA 1KIRC 1LTMA 5B06A 5LVJA 1GHLA 134LA 1HEOA 2DQJY 1IC5Y 1F0WA 3WW5A 1UA6Y 3WUNA 1PS5A 1C08C 2YDGA 2W1MA 2G4PA 3KAMA 4LFXA 3EXDA 1YANA 5M1YA 3LYOA 3A92A 4H9EA 5B05A 1JIYA 1LSMA 3P66A 4B4IA 1DI3A 1FKQA 3WU7A 4IASA 1LMPA 1Z55A 1QQYA 1LJHA 1CJ6A 1JKBA 4J7VA 1HSXA 1JHLA 1KXYA 1LYZA 1GFKA 1YAOA 2MEEA 1QTEA 5HQ1A 2D4IA 4DWXA 1LJ4A 2F2NA 3LYMA 4DC4A 4ET8A 4NFVA 1D0KA 2I6ZA 1GF9A 2FYCA 1BWHA 4LT3A 3N9AA 1IR8A 3AGIA 5J7CA 1QTKA 2HU3A 4GCCA 1DI4A 4PPOA 2EPEA 1WVVA 1IP1A 5ILFA 1GB6A 1O23A 1XEKA 4P2EA 2DQCY 3A91A 4BS7A 3BKVA 2HEEA 5C6IA 1I20A 1LHMA 1UICA 1FN5A 3RZ4A 5KXRA 1LSYA 1YKYX 2W1LA 4HPEA 1VAUA 4XENA 1LHHA 2BQOA 4NWHA 3WU8A 1GF5A 1GEVA 5LA8A 1GWDA 1GXV2 1EQ5A 3A34A 4NSHA 1YIKA 5KXNA 1UIGA 4GCBA 4WO6A 2LYOA 4NHTA 5KXZA 7LYZA 5EBHA 1HEMA 2LZTA 1LSNA 1FBIX 1QIOA 3TXFA 1UIBA 3WPLA 2HUBA 1N4FA 3A93A 1WTMA 3AYQA 4TTDA 1D0MA 1DI5A 1IWUA 1JEFA 1HERA 4WM1A 2MEDA 1GPQC 2C8OA 2LHMA 1QUTA 2G4QA 1IX0A 1WQNA 2BQIA 2BQDA 2EIZC 1AKIA 4N1CC 4NGOA 2HEFA 4DD7A 1J1OY 3GXRA 3AGGG 5I4XA 1JTPL 1LJKA 4Z98A 1MLCE 3A3QA 4HV2A 4QDNA 3J6KA 3W6AA 4DD3A 4NHPA 2MEAA 4WG7A 1GFJA 1GFGA 4M4OA 5LVGA 1BVKC 4H1PA 1GFHA 2D4KA 4OOOA 4D9ZA 2I25L 4YF2A 1KXXA 1BB7A 4ZEEA 3TXKA 1LJNA 1IY4A 2MEFA 3T6UA 3WXUA 135LA 3TXGA 3A67Y 5LVKA 1EL1A 4XJHA 4II8A 3QNGA 5II3A 5B1FA 4EOFA 1G7HC 4HSFA 2IHLA 1LZAA 1VATA 3J4GA 2IFFY 5AMYA 1JWRA 1RJCB 2BQBA 3W6DA 1AT6A 1BGIA 1TBYA 1GF8A 3N9CA 4UWUA 4H90A 1E8LA 1UBZA 1JSEA 1HF4A 2BQNA 1ALCA 2ZIKA 4PJ2C 1BVXA 4H94A 2AUBA 3A94A 5FEKA 1BWIA 4HP0A 4KPMA 1LSPA 1XGPC 1LMTA 4H9IA 1B9OA 4HJVA 1W08A 4NSIA 1JUGA 1OUAA 1LMNA 1GE2A 1ZVHL 4YEOA 5I5QA 5I4YA 1LZRA 3B0KA 4WL6A 2LZ2A 1UACY 1BB3A 1J1XY 1YL1X 1CKDA 2ZQ3A 3WUAA 1IIZA 1GBYA 4NG1A 3G3AB 4NGJA 3EMSA 3M3UA 1BWJA 1ZV5L 1GF6A 2BQKA 2HEDA 4ZIXA 5E9RA 4WLXA 2I26L 4PRUA 1BQLY 1NDMC 2XTHA 4LYTA 3RNXA 1T3PA 2D91A 3AZ6A 2Q0MX 4NGZA 6LYZA 2DQEY 3LYZA 1LZEA 4WG1A 3GXKA 4I8SA 1IVMA 1HC0A 2A7DA 1CKHA 1IP7A 2YBHA 3CB7A 4HJZA 2BQJA 1LJEA 4CFOA 5KKJA 2Z37A 3TXHA 4WM6A 3A6CY 4OWAA 3CT5A 3QE8A 3WXTA 2B5ZA 1HEWA 2Z19A 3WVYA 1IOTA 1B2KA 1LKRA 1OUJA 3AZ4A 4HTQA 1GBWA 3D9AC 4OWCA 1C45A 4WL7A 1B7LA 2ZWBA 2DQDY 1SLYA 1GDWA 2DBTA 2CGIA 2FBBA 1RE2A 1OUEA 1UIHA 9LYZA 1DXJA 1B7RA 4HPIA 3RU5A 1HFYA 3WL2A 1G7IC 3ZVQA 4N9RA 1JKDA 3D3DA 1F6SA 1LZNA 1DQJC 4G4HA 1GE4A 1UCOA 2MECA 2FYDA 2HU1A 2F4AA 1IP5A 1B7OA 1B5VA 4OW1A 1GFUA 3WU9A 1GB3A 4GN3A 4NWEA 4XADA 2DQHY 3WVXA 1GFEA 5A3EA 4NG8A 5KXKA 1VDSA 1HEPA 5T3FA 3TXJA 5KXWA 5I4WA 1LSCA 2BAAA 1NHEA 1WTNA 4O34A 2BLXA 5KXXA 4XN6A 3CQLA 1LMCA 1GE0A 5LVHA 3TMWA 1OUBA 1B5ZA 3P68A 1HENA 5K7OA 4HJYA 194LA 1C10A 1H87A 3W6BA 3WPJA 1IOSA 2W1XA 3AB6A 4Z41A 1WQRA 3A3RX 4HV1A 3LYTA 1NBYC 2Z2EA 4YOPA 1REMA 4PGJB 4XJGA 5C6LA 1GEZA 1P2CC 5HLLA 3AZ5A 3CSZA 5LAGA 3OK0A 1LYSA 2Z2FA 1JISA 3TMXA 5KXMA 3LHMA 4YM8A 3A90A 1HELA 1CKFA 5LYZA 1OUDA 1UIEA 4EMNA 1HNLA 4LT0A 1GBXA 1LMOA 3RW8A 1VEDA 5LINA 2H9KA 2FBDA 2BQFA 193LA 1JJ0A 4GCFA 1CKGA 2N5ZA 3WH1A 1LSGA 1NMMA 1INUA 1YILA 1JTTL 4H8ZA 1WQOA 2BQEA 1GFTA 1GB8A 1IOQA 1LZ9A 1V7SA 1ZMYL 1B7NA 1IC4Y 1B7QA 2C8PA 5C6JA 1GB0A 1EQ4A 3B0IA 1DZBX 4R6CA 4DD1A 4ETCA 1LYYA 5KJ9A 3TXDA 5KXYA 1GB2A 1HMKA 1LZ4A 2ZYCA 1LZYA 5FELA 2YBLA 4TSCA 1BB4A 2NWDX 3E3DA 3K3TA 4MSTA 5KXLA 2YBNA 4KT3A 1GAZA 1OUFA 2D4JA 4NGYA 1HEQA 4UWNA 1YAQA 4Z3MA 1GBSA 1LJFA 1NQIA 4N0JA 2CWIA 4H8YA 4BADA 1UC0A 5KKIA 5KXPA 3W3EA 2BPUA 2H9JA 1XEIA 4TUNA 4RW1A 4LZTA 4QGZA 2HEAA 3W6FA 4NGWA 5HMJA 1QDTA 1IR9A 1C7PA 2H5ZA 1LSBA 4H9FA 3W6CA 4C3WA 4DDAA 1D6QA 5HMVA 1NWGA 1GBOA 3F6ZA 1GD6A 1OP9B 3WULA 5DL9A 2ZNXY 1J1PY 3G3BB 5E4PA 1T6VL 1B7MA 3A96A 5IDDA 1JITA 1LOZA 3AW6A 4H9AA 5DLAA 132LA 4H92A 1VDPA 3LN2A 4NGLA 1IWZA 1LPIA 2CJLA 3CSQA 4OWBA 4N5RA 3BKHA 1JKAA 1LZDA 2HEBA 4RW2A 3RT5X 1LMQA 4GLVA 1GF4A 1HSWA 1RFPA 1DPXA 4NGIA 1IR7A 4Z46A 4AXTA 1OUCA 1DKJA 1GE3A 1LJ3A 2Z18A 4B49A 4LYBA 5LIOA 1LZ1A 2GV0A 1GFAA 1JJ1A 3ZEKA 2VB1A 4WM3A 1G7MC 1CJ8A 2YSSC 4ETDA 4XJIA 2ZIJA 2Z38A 3LZ2A 3OJPA 4G49A 1C43A 1YL0X 208LA 5LYMA 2BQGA 5LXWA 1YKXX 4XYYA 5KXTA 4LT2A 3M18B 1OUHA 3P65A 1B5WA 5D5FA 4I0CA 4QEQA 1GXXA 4GLAA 4RDSA 5FDJA 4U3XB 1CJ9A 3ATNA 4DT3A 3VWOA 5FHWA 1QSAA 1IORA 3WYHA 2BQHA 1LCNA 1BHZA 1B7SA 1FDLY 5IELA 2BQCA 1GBZA 3IWRA 4QY9A 2DQIY 1I56A 1LHJA 1JTOL 3TXEA 4CFPA 4NSGA 1F10A 1UIDA 1LZBA 1IP2A 3ATOA 1PZYA 1REXA 1LJJA 1LZSA 1IWXA 4XJFA 2BQAA 1F6RA 4X3BA 2F4GA 5FCPA 1LAAA 5HNCA 1YAMA 1GF0A 3A8ZA 4LFPA 4A7DA 1FKVA 4DYGA 1RCMA 1B0DA 1GDXA 4G4BA 1JJ3A 4H91A 2DKVA 2G4NA 1GB9A 1B7PA 1OQMA 3AZ7A 4NSJA 4C5FA 2YVBA 1GAYA 2HECA 4MCKA 4RLMA 1WVUA 8LYZA 2D6BA 3HBEX 1KIPC 4LYMA 3TMUA 4W94A 1UIFA 1VDQA 3WW6A 1XGQC 4DDCA 4TX7A 4WM4A 1RI8B 1VDTA 1JKCA 5ILCA 1LZCA 1TEWA 3CSRA 3LZTA 1YKZX 1FLUA 4H8XA 1TDYA 5JENB 4LGKA 2DQFC 5APEA 1G7LC 1WQMA 1FLQA 1NF5A 1YROA 3A6BY 4H9HA 4ML7A 4WOAA 4WLYA 2LYMA 1CKCA 3T36A 1B5XA 5KXOA 5A3ZA 1XFPL 1IY3A 2MEGA 3B0OA 5HNLA 4E3UA 1HFZA 4DD2A 2HTXA 5B1GA 4DDBA 4WO9A 4PRQA 1FLWA 1UUZC 5DN4A 2CDSA 1KXWA 1G7JC 2DQAA 4NHSA 3ULRA 3EO5A 2PC2A 4OOTA 4CHXA 4OWEA 3AGHA 1FLYA 1C46A 5KXSA 4ETEA 4ZFPA 4WM5A 3TXIA 1GE1A 2F30A 1YAPA 2ZQ4A 1BB6A 5F81A 1XEJA 4NHIA 1BB5A 1YQVY 2EKSC 1B5YA 153LA 1QUSA 1LJGA 1V7TA 1DKKA 4NGVA 2LYZA 1LSAA 4NY5A 4WMGA 1WQPA 5F16A 5LAFA 3N9EA 1IOCA 2Z12A 5APCA 2YBMA 1NDGC 2X0AA 4PHIA 1IP3A 2MEIA 1LSEA 4DD0A 1LZTA 4NGKA 3IJVA 1WQQA 2BQMA 1LSZA 1NBZC 3HBDA 4IJ4A 1JPOA 4MR1A 1UIAA 4H9CA 1GF7A 3B6LA 4LYOA 1TCYA 1IEEA 4GN5C 4B0DA 3B72A 1OUGA 4W96A 1A2YC 4XJBA 2MEHA 1I1ZA 1LJIA 1LHLA 1MELL 1QDRA 4H93A 4H9BA 4IATA 5DN5A 1QSWA 4GN4A 1LMAA 1GB7A 4L41A 3TMVA 2EQLA 4XJDA 2W1YA 3MGWA 1LYOA 1XGUC 4FJRA 4FDYA 4BAPA 1IWYA 1IWWA 2BQLA 5B59A 5L3IA 3EBAB 1H6MA 1B5UA 1GFVA 3W6EA 1TAYA 3TXBA 154LA 4CJ2A 4KXIA 5F9XA 1A4VA 1IWVA 4J0LA 3HFMY 4BAFA 3HBHA 4ANRA 3P64A 2WARA 3WMKA 1D6PA 5L3HA 1REYA 1NKHA 4YEMA 4J1AA 5F14A 5D5CA 1SQ2L 5LYTA 4AGAA 5LA5A 2ZYPA 4ET9A 1LZ5A 4B1AA 3AW7A 1LSDA 1XGTC 5FSTA 5B07A 4RLNA 4WLTA 2ZNWY 4OWHA 4WLDA 1IP6A 2XBRA 4LYCA 2ZILA 2BLYA 2YBJA 4GCDA 1EQEA 2RSCA 1D0LA 4LT1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1REZA 1VFBC 171LA 1LZGA 3CT1A 2Z39A 4YXAC 5LZMA 5KY1A 4YENA 261LA 1P3NA 207LA 1D3MA 4HTNA 5F9UA 114LA 1LKSA 1HHLA 4TWSA 103LA 3FE0A 2MEBA 1IC7Y 1IO5A 1AM7A 1LHKA 1L75A 4GCEA 3AJNA 1JSFA 1LSFA 3IJUA 1WTHA 1C63A 235LA 4B4JA 4WM2A 4TSBA 216LA 1AZFA 192LA 5B06A 221LA 188LA 2DQJY 3WW5A 4W59A 1UA6Y 1EPYA 2LZMA 3KAMA 3ODUA 1YANA 1P7SA 1L72A 1JIYA 1C6HA 4B4IA 1QQYA 1GFKA 5HQ1A 3C8RA 2D4IA 4DWXA 1LJ4A 3LYMA 198LA 2I6ZA 226LA 1C64A 4W53A 1BWHA 3N9AA 3AGIA 1DI4A 1L33A 2EPEA 1GB6A 2DQCY 3DN0A 3BKVA 1UICA 4HPEA 2W1LA 1L10A 2Z6BA 1C6GA 4NSHA 1L30A 1L60A 4GCBA 2LYOA 4NHTA 1JTNA 3WPLA 1L98A 1WTMA 4EJ4A 3AYQA 1D0MA 1HERA 2G4QA 1WQNA 2BQIA 213LA 4NGOA 2HEFA 4DD7A 3GXRA 4K5YA 1C6JA 3EMLA 5I4XA 206LA 3CDVA 4NHPA 4WG7A 1GFGA 4H1PA 1GFHA 4D9ZA 1LJNA 1IY4A 3C8SA 1L49A 2XQOA 1VATA 1JWRA 2RB1X 1AT6A 1TBYA 1UBZA 1JSEA 1HF4A 4YX7C 3SN6R 2ZIKA 4H94A 3F9LA 1C62A 1BWIA 5FEKA 4NSIA 1LMNA 255LA 1J1XY 158LA 1CKDA 2ZQ3A 3WUAA 1IIZA 3OE8A 1GBYA 1P64A 1BWJA 1P56A 1C6PA 166LA 228LA 231LA 1CV1A 1L08A 2XTHA 3RNXA 1T3PA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1REZ A;  1VFB C;  1IP4 A;  4HTK A;  1LZG A;  3CT1 A;  133L A;  2Z39 A;  1XGR C;  4N8Z A;  5I54 A;  4DD9 A;  5IHG A;  5KY1 A;  4YEN A;  1CNS A;  2Y8P A;  3FI7 A;  1W6Z A;  5APD A;  4CGE A;  4M6D A;  4UWV A;  2XBS A;  1GB5 A;  3CT0 A;  207L A;  3QY4 A;  1LZ8 A;  4NEB A;  2A7F A;  3A95 A;  1LHI A;  6LYT A;  4HTN A;  2XJW A;  1CJ7 A;  1IWT A;  4NHQ A;  1HFX A;  5F9U A;  1GF3 A;  1GFR A;  4KL7 A;  1LKS A;  2DQG Y;  1HHL A;  1ZVY B;  1HML A;  4LYZ A;  4TWS A;  1LZ6 A;  4ETA A;  4G9S A;  1DPW A;  3P4Z A;  5L9J A;  3FE0 A;  4ETB A;  2MEB A;  2YBI A;  1AT5 A;  1IC7 Y;  1IO5 A;  1AM7 A;  1LHK A;  4NIJ A;  1D9U A;  1OUI A;  3ZVQ B;  4GCE A;  4N1E I;  5I53 A;  5LVI A;  4J1B A;  1KIQ C;  3AJN A;  1JSF A;  1LSF A;  3WUM A;  3IJU A;  5DM9 A;  1XSF A;  4B4J A;  4WM2 A;  4TSB A;  5APF A;  1AZF A;  4G4C A;  4R0F A;  3SP3 A;  3WPK A;  4B4E A;  1KIR C;  1LTM A;  5B06 A;  5LVJ A;  1GHL A;  134L A;  1HEO A;  2DQJ Y;  1IC5 Y;  1F0W A;  3WW5 A;  1UA6 Y;  3WUN A;  1PS5 A;  1C08 C;  2YDG A;  2W1M A;  2G4P A;  3KAM A; 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 1YAP A;  2ZQ4 A;  1BB6 A;  5F81 A;  1XEJ A;  4NHI A;  1BB5 A;  1YQV Y;  2EKS C;  1B5Y A;  153L A;  1QUS A;  1LJG A;  1V7T A;  1DKK A;  4NGV A;  2LYZ A;  1LSA A;  4NY5 A;  4WMG A;  1WQP A;  5F16 A;  5LAF A;  3N9E A;  1IOC A;  2Z12 A;  5APC A;  2YBM A;  1NDG C;  2X0A A;  4PHI A;  1IP3 A;  2MEI A;  1LSE A;  4DD0 A;  1LZT A;  4NGK A;  3IJV A;  1WQQ A;  2BQM A;  1LSZ A;  1NBZ C;  3HBD A;  4IJ4 A;  1JPO A;  4MR1 A;  1UIA A;  4H9C A;  1GF7 A;  3B6L A;  4LYO A;  1TCY A;  1IEE A;  4GN5 C;  4B0D A;  3B72 A;  1OUG A;  4W96 A;  1A2Y C;  4XJB A;  2MEH A;  1I1Z A;  1LJI A;  1LHL A;  1MEL L;  1QDR A;  4H93 A;  4H9B A;  4IAT A;  5DN5 A;  1QSW A;  4GN4 A;  1LMA A;  1GB7 A;  4L41 A;  3TMV A;  2EQL A;  4XJD A;  2W1Y A;  3MGW A;  1LYO A;  1XGU C;  4FJR A;  4FDY A;  4BAP A;  1IWY A;  1IWW A;  2BQL A;  5B59 A;  5L3I A;  3EBA B;  1H6M A;  1B5U A;  1GFV A;  3W6E A;  1TAY A;  3TXB A;  154L A;  4CJ2 A;  4KXI A;  5F9X A;  1A4V A;  1IWV A;  4J0L A;  3HFM Y;  4BAF A;  3HBH A;  4ANR A;  3P64 A;  2WAR A;  3WMK A;  1D6P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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