4YHQA

Crystal structure of multidrug resistant clinical isolate pr20 with grl-5010a
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLDTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Substituted Bis-THF Protease Inhibitors with Improved Potency against Highly Resistant Mature HIV-1 Protease PR20.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yhqA00
1DPJA 4CPTA 3UTLA 3LIZA 4RZ1A 1Q9PA 2ZJNA 4KB9A 3CYWA 5P3LA 5P63A 5HE7A 3WB5A 5P1CA 5P2WA 4EJLA 4Y3XA 4B72A 3EKPA 2NXDA 2APRA 5P0ZA 5P26A 1UH9A 2AVQA 3D1XA 3N4LA 1YM4A 3SAAA 3LZUA 4TRYA 1ODYA 3OXWA 1QBUA 5HDVA 2RKFA 4J1IA 1FQ6A 5P55A 1ER8E 3L5CA 2ER6E 4CPSA 1E82E 2B7FA 2QMDA 5HCTA 2QZKA 2IQGA 4YA8A 3ZKIA 5P0GA 3NDUA 3OOZA 5P85A 3R2FA 3EKTA 5P6XA 4Y48A 5OZ6A 3UDKA 4Q5MA 1TSUA 1Z8CA 1GVUA 5P73A 5P2DA 5C9FA 5P1XA 4I12A 5E5JA 1Z1HA 2AOIA 4BFDA 3L3AA 4Y4DA 5P4FA 2RMPA 1HVRA 4FM7A 4J55A 5P23A 5P6SA 3EXOA 1SGZA 3O9HA 3ZKNA 5P3NA 4Y4XA 1FEJC 2QU3A 3H0BA 4HDFA 5P0OA 1MRXA 4Y5BA 2WJOA 3TLHA 1HSIA 2QI4A 5JODA 5P0KA 3LNKA 5P7PA 5DR1A 2P4JA 1SDTA 3JVWA 1LF4A 1BILA 2ZJJA 5P02A 1KJHA 5P3YA 3NSHA 3H5BA 3QVCA 2VJ7A 3DJKA 2P3BA 1EPQE 4Q1NA 2BPVA 2OHRA 2BPWA 4RROA 5P54A 5P6QA 4I0DA 1FQ4A 1IDBA 3UQWA 3VSXA 4GJBA 2NR6A 1G2KA 3K1WA 2NMZA 5DQ4A 3ZOVA 4DQGA 2AOEA 3PBDA 3S54A 4F73A 5ISKA 5P0UA 2G1SA 5P69A 3GI0A 4EYRA 5OZFA 4XX4A 2CENA 4FM6A 3S7LA 5HVPA 5P7NA 1AIDA 1A30A 5P2CA 1HOSA 3VYFA 5P2MA 2F3EA 4JPEA 3OU1A 4PZWA 1D4LA 3F9QA 1W50A 2G94A 2VA6A 1GKTA 5P6GA 2QNNA 5P7VA 3PRSA 3NR6A 4E43A 5P8BA 1FQXA 2HB2A 2NTRA 2BPYA 3TOHA 2QZLA 2FXEA 3L5DA 3Q4BA 1NPWA 2O4KA 3QPJA 1HVKA 5AH8A 4Y4JA 1T7KA 4GJ5A 5P2XA 2BQVA 3QIHA 2I1AA 2V0ZC 5P6HA 4YCKA 3S85A 4R95A 5P6LA 4KE0A 4Y3YA 5P08A 3MWSA 3APPA 1SGUA 5P5AA 2AZ8A 5P7EA 2OHUA 4NPTA 3VEUA 3S45A 5C9BA 1E81E 5IVQA 3O9BA 1SIVA 3KYRA 1B11A 1LYBB 3LPKA 4ZE6A 5OZRA 5DQ1A 5OYTA 1EBWA 4OC6B 4Y9WA 2QI7A 1PPME 5P2TA 5F00A 3D91A 4Y3ZA 1MESA 1TZSA 3VSWA 2VS2A 5P0RA 4B1DA 4Y5LA 2RKGA 3T7XA 3UDPA 2BPZA 5I3XA 1AXAA 3EL4A 1HTFA 3SFCA 5P83A 4B70A 4B77A 5P74A 2VNNA 5P77A 4Y4TA 5FIVA 4K4QA 3CIDA 1XDHA 4DJWA 3GGAA 4WY6A 4FCOA 5DQ2A 4HDBA 5P6FA 1A9MA 4OBDA 5OZ9A 1AAQA 5P5HA 2ZGAA 3OHFA 1ZLFA 4QJ6A 3UDHA 4R93A 2AQUA 4MC6A 5P7YA 3OUDB 2MIPA 5KOSA 5P62A 4YCYA 2OHTA 5OZAA 2G26A 5P7ZA 2PWCA 4RCFA 3ZPTA 1LYAB 4QJAA 2PWRA 5P81A 1G0VA 2G1YA 2BPXA 4OBZB 2A1EA 1RNEA 1BWBA 2I0DA 3APRE 5OYRA 5P46A 3KFRA 4Y3NA 1LV1A 3LZYA 5P0FA 3PI5A 1HTEA 2NXMA 5P6NA 5P8DA 3S8IA 5P1ZA 3URJA 5ENMA 4EWOA 4KE1A 5P0XA 3UQXA 4DQFA 4HE9A 1SBGA 1EBKC 4J1HA 2PK6A 6FIVA 2IGYA 4L7JA 5P2OA 5P6WA 3SA7A 2UY0A 1B6KA 3T7QA 4UPJA 2WF2A 5DGWA 4H3GA 5OYSA 1ZPKA 5P0SA 3VFBA 1ZP8A 1BV9A 5P2SA 4I8WA 3NU6A 1BV7A 1C6XA 1QBTA 4Y5EA 5P1EA 1JLDA 3Q70A 1HVLA 2IKUA 1BVEA 4I10A 3OQ7A 2P3DA 3I2LA 4Y4WA 2FDPA 4EQ0A 2WEAA 4Y6MA 5OZ0A 2QNQA 4Y53A 1MTBA 4PYVA 1ZTZA 1C70A 1APVE 4YD6A 2I4UA 2G21A 5P58A 4U8WA 5IE1A 2G20A 2IS0A 5P1LA 3WSJA 3LIQA 5P3XA 5P7IA 5DQ5A 2B7ZA 5P7UA 1RPIA 3EL0A 2QI6A 2FNTA 2IENA 3ZL7A 1D4KA 2SAMA 2PK5A 1K6CA 5P7HA 5P8NA 3O9DA 4PHVA 5I70A 5P5EA 3DM6A 5P2ZA 2R3WA 5P4NA 3BGCA 4ZSQA 5HDZA 2QMFA 5P41A 4Y35A 3OU3A 4DJYA 5OZCA 3NDTA 3TH9A 2ZJHA 5P5CA 4GZFA 3L58A 5P5MA 4TRZA 3DOXA 4I0FA 1LF2A 4D89A 3KDDA 3PSYA 5P8OA 5P5OA 5P4ZA 5OZ4A 5P6TA 3T11A 4Y45A 4OBFA 1OHRA 3SM1A 4BEKA 5COOA 4LL3A 3DV1A 8HVPA 5P6DA 3K4VC 3CICA 5P6MA 3K4VA 1SP5A 3MXEA 4GYEA 4DQBA 4U7QA 1BAIA 2FDDA 5JFUA 5OZDA 3QP0A 4QJ2A 2B8LA 2OHSA 5P7QA 4RVXA 5P6PA 2ASIA 2AOCA 3UDMA 5OZTA 5P6AA 3OADA 4YBFA 5P8UA 4RYGA 2R38A 2A4FA 4X2LA 1BXOA 5P3WA 2O4LA 1WBKA 4CMSA 3UQPA 1GVXA 2HIZA 5OZHA 2FXDA 4I0ZA 3LINA 2R5PA 5P6BA 4NJSA 3AIDA 4S1GA 5P14A 1B5FB 1YT9A 5OZYA 3BUFA 3OQAA 2HPFA 4B0QA 2V11C 3O9GA 5ER1E 4ZPGA 1IZIA 1K2CA 2ER9E 5P3UA 5P3PA 5P2UA 1GVVA 3EKWA 4YDGA 3OTSA 5OYZA 3LIXA 4JP9A 1F34A 2NXLA 2OHKA 1EPME 2I4WA 4B05A 5P5UA 5P28A 3EMYA 5P3GA 2CEJA 5SXNA 4HA5A 3EKQA 2R3TA 3U6AA 5P0YA 4HEGA 2B60A 3SLZA 1UPJA 5P4VA 4EXHA 3TL9A 4Y5AA 4J0YA 1QDMA 5P29A 5HTZA 2NNPA 1AVFA 5P3IA 4J1FA 1W5YA 2IDWA 3PVKA 5DR7A 3S53A 3HLOA 3QBHA 4GJ6A 4ER4E 1APWE 3KT5A 2BB9A 3IN3A 3VV8A 4Z50A 1WBMA 6UPJA 5KQZA 5P8HA 4Y4BA 4LXMA 2G22A 5P7XA 3UDJA 4DPFA 1YTHA 5JFPA 1D4SA 1HIHA 4J1KA 3ZKMA 4Y54A 2EWYA 3KFSA 5P5ZA 3PGIA 4H3FA 3C9XA 5AHAA 5P10A 1HPXA 4AMTA 2G1RA 5OZPA 5OZGA 5P5NA 2V00A 4LP9A 1QBSA 4Y3TA 4B00A 5P50A 2OHLA 1E80E 4U7VA 4L7HA 1D4YA 1BWAA 5P2VA 3EL1A 3SKGA 5P2BA 2P83A 5P4RA 3NU4A 5P88A 1MT9A 3DV5A 3A2OA 1XL2A 4J0ZA 4NJTA 4Y3FA 5P7SA 2XFIA 1RQ9A 5P78A 5DR8A 1SDVA 3JVYA 5P4KA 4DQHA 3ECGA 3LIVA 4Y43A 4RCDA 3EBZA 3I7EA 5P3DA 5P7WA 4Y50A 5OZMA 3R0WA 1MT7A 5P5JA 2JYSA 1B6LA 1FFFC 3R4BA 5P4TA 1J71A 3KFPA 5P0WA 4GJAA 5P3AA 5P0HA 5OZBA 1NPAA 5P1AA 5BWYA 2Q5KA 5P0EA 2WECA 3B80A 2FLEA 5P05A 2WF0A 4DUSA 3UDQA 2PYMA 4FE6A 4Y3EA 5P3EA 5P6IA 2WL0A 5P2RA 4Y4UA 5P2QA 5P3SA 5P6EA 5P34A 5DPZA 1LYWA 4F76A 1FF0C 5EZZA 3TPJA 5P45A 1IZEA 4J1CA 4WTUA 1EAGA 1ENTE 4JECA 4H3JA 4ZSPA 4QJ9A 5P30A 2FDEA 4Q1XA 1LF3A 2J9JB 4ZIPA 3K5GA 5P1MA 3SA6A 3VG1A 1FLHA 5P12A 5AGZA 3O9LB 3NU9A 5P5GA 3R1GB 5P7JA 4J1EA 5P1VA 5P87A 3INHA 5ENKA 4K9HA 5KOQA 3JW2A 3VYDA 2FNSA 5P37A 1K6TA 3RVIA 5OYVA 3FIVA 3OK9A 5DGUA 2R9BA 1M0BA 4RYCA 2AOFA 5BRYA 5P19A 5P8QA 4Y58A 4H1EA 5P84A 3HAUA 1KZKA 1OEWA 5P16A 2Q55A 5P71A 4Y3DA 3UFNA 1YX9A 2NNKA 4R91A 3UPJA 2ZHVA 5P8CA 3CKRA 2Q64A 3QN8A 2R43A 3NU5A 3TOGA 5P25A 2R5QA 5AH7A 5I3YA 5P79A 5JG1A 5P1JA 3OXVA 3UCBA 2R8NA 5P0PA 5P4YA 4DPIA 2G1NA 5P4AA 4DH6A 3T7PA 4I11A 5P2GA 5KQXA 5APRE 1FMBA 1FIVA 3SACA 5I3WA 1QRPE 4Y39A 5P0BA 4FM8A 4Z22A 3SO9A 2I4QA 4A6BA 1DMPA 3EKYA 5AH6A 3RU1A 3OWNA 5P33A 1AM5A 2G27A 3O9EA 2XYEA 2G24A 4IVSA 2O4PA 5P4PA 4B1EA 5P3CA 5P17A 3PMUA 2QI0A 1B6MA 4ZPEA 3EL5A 3K5CA 2AIDA 4A4QA 2Q63A 4PZXA 3S56A 4Y4ZA 5P04A 1BDQA 2O40A 1PPKE 5OYXA 4FSLA 4HDPA 2ZDZA 3BXRA 4LHHA 5P6YA 3EM6A 4MC9A 1K1TA 5P5TA 1SDUA 3TTPA 5P1FA 1HVCA 2QD8A 5EZXA 1FG8C 2XFKA 3OY4A 5P5WA 5P6RA 3TOFA 5P2NA 1TSQA 3EKXA 4I0HA 1IIQA 3PLDA 3NUOA 5P06A 4I0JA 5P7AA 5P67A 4QGIA 5HD0A 5AH9A 2Z54A 3EC0A 3TPLA 1NSOA 1DW6C 1HIIA 3RTNA 4OD9B 5OYYA 4OBGA 1MERA 2QZWA 3OAGA 5P2AA 5SY3A 4YD3A 1MVPA 3SPKA 2VIEA 3S7MA 4L1AA 5P1DA 4FAFA 2Q11A 3AUPA 1IVPA 2WEZA 4Z2ZA 4DJUA 3URLA 5P75A 5UPJA 1VIKA 4Y4EA 3IGBA 1FQ7A 4K4RA 3MSLA 4DV9A 1APTE 3I6OA 3HVPA 2HB4A 4Y3MA 3PLLA 1MSNA 3O9IA 3G6ZA 4XKXA 5P5BA 5P2HA 3GGVA 4HZTA 3INDA 2BKSA 4RVJA 5COPA 4YD4A 3KDCA 3OXXA 3S43B 2I0AA 4GJ9A 5P36A 1A8KA 5P4OA 2ZYEA 4Y3QA 2AZBA 1GVWA 5P15A 5P5SA 5P3TA 1YTGA 1APUE 1EC1A 5OZWA 3T3CA 3VLBA 5HU1A 5KAOA 5P4EA 4FRKA 5P40A 1SIPA 5HE4A 5AHBA 1W5WA 1HPOA 4J17A 4A6CA 4DI2A 2ZJKA 4D83A 3HAWA 5DR3A 2F8GA 1MTRA 4FRIA 1EPNE 4Y37A 4Y3SA 5HCOA 2Q54A 4N00A 4AUCA 3ER3E 1AJXA 2QAKA 1B6PA 3EM3A 3HD8A 1BIMA 4M8YA 1G35A 4H3IA 5P51A 1C6YA 2QHCA 2ZHUA 1VIJA 4BELA 3UDYA 1K1UA 1T3RA 3VF3A 1D4JA 3IVIA 5P31A 5P65A 2HC0A 3KF0A 1ZSRA 3S2OA 5P1SA 3SQFA 5P5IA 5P52A 1E5OE 4LBTA 4CKUA 3NWQA 1D4HA 3CKTA 4D8CA 1PFZA 5P09A 1HEFE 5P7MA 3WZ7A 3R0YA 3SA9A 4ZEAA 5P53A 4ZSRA 1EBZA 1G6LA 4GB2A 3NXEA 1SMRA 3KM4A 2PQZA 1UH7A 5P3OA 4EPJA 2I4DA 2IGXA 4Y47A 2AVSA 5IVSA 4ACXA 2PSVA 3WB4A 4EJ8A 4ER2E 3PWWA 1KJ4A 3GI4A 5P7OA 1EPLE 4JOOA 5P01A 2ANLA 3IXJA 3NDXA 1EEDP 5P7CA 4Y5GA 2CEMA 2XYFA 3OUCA 5P8EA 3RTMA 2P3BB 3PI0A 4D88A 5P1OA 5P72A 2B8VA 4EQJA 2I4VA 1LYBA 3IN4A 1T7IA 2OHPA 5P4DA 1Z1RA 2F80A 4OC6A 4Q1WA 4I0IA 5P07A 1MIQA 1FB7A 3Q3TA 4Y3LA 4WY1A 4LXKA 5HU0A 5OZKA 5P8MA 4F75A 4PPHA 5P0MA 1DAZC 4GIDA 5P2EA 5P3ZA 3GI6A 2FGVA 2V13A 5P82A 4COEA 5P0LA 2WHHA 5OZIA 1K6VA 4FLGA 4DVFA 4NPUA 2AOGA 4RCEA 1EBYA 1ME6A 1ZSFA 3FSMA 1HVIA 5OZLA 1XL5A 1T7JA 5P8AA 1K2BA 3NDWA 3OU1B 1HHPA 5P1TA 1OEXA 2AZ9A 3OU4A 3KDBA 5P8SA 5P0TA 2P8HA 1GNOA 2Q15A 3I25A 4TVHA 1MUIA 3ZPUA 2BBBA 1U8GA 3QRVA 4Z4XA 3OUDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DPJ A;  4CPT A;  3UTL A;  3LIZ A;  4RZ1 A;  1Q9P A;  2ZJN A;  4KB9 A;  3CYW A;  5P3L A;  5P63 A;  5HE7 A;  3WB5 A;  5P1C A;  5P2W A;  4EJL A;  4Y3X A;  4B72 A;  3EKP A;  2NXD A;  2APR A;  5P0Z A;  5P26 A;  1UH9 A;  2AVQ A;  3D1X A;  3N4L A;  1YM4 A;  3SAA A;  3LZU A;  4TRY A;  1ODY A;  3OXW A;  1QBU A;  5HDV A;  2RKF A;  4J1I A;  1FQ6 A;  5P55 A;  1ER8 E;  3L5C A;  2ER6 E;  4CPS A;  1E82 E;  2B7F A;  2QMD A;  5HCT A;  2QZK A;  2IQG A;  4YA8 A;  3ZKI A;  5P0G A;  3NDU A;  3OOZ A;  5P85 A;  3R2F A;  3EKT A;  5P6X A;  4Y48 A;  5OZ6 A;  3UDK A;  4Q5M A;  1TSU A;  1Z8C A;  1GVU A;  5P73 A;  5P2D A;  5C9F A;  5P1X A;  4I12 A;  5E5J A;  1Z1H A;  2AOI A;  4BFD A;  3L3A A;  4Y4D A;  5P4F A;  2RMP A;  1HVR A;  4FM7 A;  4J55 A;  5P23 A;  5P6S A;  3EXO A;  1SGZ A;  3O9H A;  3ZKN A;  5P3N A;  4Y4X A;  1FEJ C;  2QU3 A;  3H0B A;  4HDF A;  5P0O A;  1MRX A;  4Y5B A;  2WJO A;  3TLH A;  1HSI A;  2QI4 A;  5JOD A;  5P0K A;  3LNK A;  5P7P A;  5DR1 A;  2P4J A;  1SDT A;  3JVW A;  1LF4 A;  1BIL A;  2ZJJ A;  5P02 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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