4YKGA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nad+ from escherichia coli
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
521
structure length
520
Chain Sequence
b'MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
source organism Escherichia coli k12
molecule tags Oxidoreductase
total genus 158
structure length 520
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykgA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykgA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykgA03
2WP6A 5KVIA 1H84A 2UZZA 4YSYA 3UOZA 1BGJA 3LZWA 4Z2TA 2WQYA 3AEEA 1MOKA 2GEWA 3NK0X 1Y56A 4GDEA 4OPGA 3L8KA 5DBJA 3LADA 2BC0A 5KVHA 4FK1C 1ZX9A 1PBEA 2JB3A 4B65A 4H4UA 1L0VA 2XFQA 2B7SA 1OJTA 1D5TA 2OLOA 4YT0A 1CC2A 3DJGX 1UKVG 1NPXA 1DNCA 4OPDA 1ZK7A 3NN0X 4EQXA 2V3BA 2R4JA 1IUWA 2YAUA 5U25A 1CJ2A 2WEUA 1JU2A 4TM3A 3BNMA 3E1TA 4IA6A 3L1RA 3II4A 4K5RA 3CNTA 3NH3X 3QVPA 4IVMB 3DGZA 4DSHA 3ZYXA 1M64A 2R0PA 3UP5A 2JK6A 4AT2A 2CFYA 3CTYA 2OLNA 3AE9A 3AD7B 3P4PA 1ZYNA 5IQ1A 4XXGA 3SGLA 3S5WA 1Q9IA 1GTEA 1GRBA 3LJPA 4NZHA 4H4PA 2YR4A 3AYIA 4UDQA 3UKKA 5BULA 2XFUA 5BRTA 3Q6JA 4CCQA 4DGKA 4Z2UA 5KXJA 3M12A 3UTGA 4IA5A 4KPRA 3EANA 4AOSA 1ZMCA 4B69A 3EF6A 5JCKA 2OALA 3GRSA 4LIIA 3GSIA 1K0IA 4D03A 3C96A 1VRQB 2YG7A 3NK2X 3Q9TA 3O0HA 4EMWA 3DK8A 5M10A 3QSMA 4X9NA 4AP1A 1S3EA 2GR1A 3VRBA 1GREA 2WPEA 3M0OA 3CPIG 4Z26A 1CC6A 2BCPA 2R0CA 1PHHA 3B3RA 3GMCA 2X50A 4I59A 4H4YA 5FMHA 1JRYA 4A99A 1JEHA 1VDCA 4U2TA 1GERA 2BK4A 3ALJA 1FEBA 1LQTA 2YLRA 1NHRA 4JY3A 2R0GA 1TDEA 3KVEA 1PBFA 3K7TA 1X31B 3K7MX 3CNJA 4Z44A 2EQ7A 4CY6A 4XWZA 3V76A 1GOSA 5FS7A 2AR8A 3V3OA 1L9DA 2Z5XA 5BUKA 2EQ6A 2GVCA 5CQFA 3AEAA 3ICTA 4OVIA 5JCIA 3LB8A 1GXFA 4O5UA 1TDOA 1OJAA 1OJ9A 2WU5A 3H8IA 2WDRA 2YVGA 3LZXA 4Z24A 3VR9A 4UDPA 4EIPA 1B37A 1N4WA 2YR5A 3NNEA 2BA9A 2VQBA 2YG3A 4J56A 4USQA 1PBDA 4A79A 4GF7A 4GDPA 1F8RA 4H2PA 5KRQA 2YR6A 5U1OA 4RSLA 1CF3A 1DOBA 1H81A 1FL2A 1GRAA 1NG3A 3AD8B 1KSSA 2Y6RA 2E1MA 4H4QA 4C3YA 4K8DA 1IUUA 2GMHA 3QJ4A 2BACA 1PXAA 5KWFA 2Y6QA 4NTDA 2IVDA 5KOWA 1D4DA 4TM4A 2WDQA 4REKA 4JNQA 2C66A 3CNPA 1H82A 1EBDA 1GRGA 4O5QA 4HA6A 4TM1A 4UP3A 4LU6A 2WBAA 4NTEA 4BK2A 5JCLA 3URHA 3WE0A 4H50A 4OPCA 4GRTA 4K2XA 1IJHA 3UOXA 2F5ZA 2H89A 3H8LA 2BYBA 3ATQA 3PS9A 3LOVA 3P4RA 2GRTA 2YVFA 3CPJG 1BF3A 1EL9A 3GDPA 1H6VA 4EMJA 4CNKA 3SFDA 2C65A 3ICSA 1D4CA 1Q1WA 2WP9A 1F8WA 1LJ1A 3GRTA 5EB5A 3P4QA 4JNAA 2GR0A 3ALMA 4H2QA 3JSKA 4H4TA 4EM3A 4YSHA 3KKJA 1FOHA 2WS3A 4B66A 1PXBA 3AECA 2A8XA 4A6NB 1N4UA 4M52A 1ZOVA 1YY5A 4U8NA 3QSEA 4H2NA 3UOYA 4YTMA 3COXA 2QCUA 2XVFA 5J7XA 4YKGA 1V59A 3CNDA 4Y4MA 4B1BA 3CPHG 1NDAA 2GF3A 4H4VA 3RP7A 4AT0A 2YVJA 4CNJA 5HY5A 3ICRA 4OPTA 2VOUA 4UDRA 2BS4A 1COYA 2Q0LA 1L9EA 2W0HA 2BS2A 3AYJA 4N9XA 4C5OA 5HYMA 5IPYA 4ICYA 1GT8A 1DODA 4H7UA 3NIXA 1F3PA 2YM1A 1PN0A 1IUSA 2C67A 2VRLA 1E1KA 2YG4A 3UOVA 1E1NA 1TYTA 2WOIA 2X8HA 3UTHA 2BS3A 2R46A 4Z2RA 2JAEA 4AP3A 1RYIA 1GTHA 1Y0PA 4BURA 3IWAA 2WP5A 1OJCA 2ZZCA 3FIMB 3LXDA 4U8LA 4WX1A 1P2EA 3RP6A 2VQ7A 3NYFA 1CJ3A 3AWIA 1PS9A 3IF9A 3KA7A 3NK1X 2AQJA 1GESA 1TYPA 4DSGA 1Y56B 1AOGA 5EB4A 5GRTA 2YLSA 4GR1A 1KDGA 4B68A 2V60A 3M13A 2X3NA 3PVCA 5BVAA 1TDFA 4BV6A 1JOAA 4A65A 2DKIA 4A9WA 2BXSA 2ZZ0A 3EPTA 3GD3A 1KNPA 4A7AA 3AE2A 4RG4A 1ONFA 2XDOA 1IUTA 1D7YA 2C64A 1DJNA 3DA1A 3IHMA 3KU9A 3NHOX 4ZCDA 1GPEA 4OPUA 4U2LA 2HQMA 2GMJA 3SQPA 1BZLA 2RGHA 2EQ8A 1H7WA 4X9MA 2V5ZA 2E5VA 4GUVA 4NTCA 2WU2A 4K22A 3AEGA 4J2WA 1TDKA 3C4AA 3VRAA 1D4EA 2QAEA 1Q1RA 3CGCA 3P9UA 1F8SA 2VRMA 1NENA 1DJQA 1PJ6A 1GRFA 3DGHA 3UKAA 4AOXA 4YXDA 4JDRA 3KD9A 3DJJA 4C3XA 3GDNA 4U8PA 3NN6X 4KX6A 1M6IA 1YQ4A 2WESA 4CBQA 2YG5A 2WHDA 4Z43A 4CY8A 3ATRA 2CDUA 3AE8A 1RP0A 2RGOA 1E1MA 3UKPA 1PDHA 1LVLA 1RSGA 1P2HA 1YQZA 3AXBA 3G5RA 4OCGA 2VVLA 3ISHA 1E6EA 2FBWA 2Z5YA 3KLJA 3IC9A 5C2TA 1BGNA 1GSNA 4FDCB 3D1CA 1KNRA 1L9CA 2A89A 2WPFA 4D04A 2FJAA 3QFAA 2YQUA 2ZBWA 4K7ZA 2GV8A 3K30A 5M0ZA 2ARDA 4U8KA 1GRTA 2XFNA 2JBVA 2XFOA 4X4JA 4U8MA 4Y4LA 4I58A 2O9ZA 2PHHA 3REDA 1N1PA 2GR2A 3RHAA 5CKUA 1NAAA 1B4VA 3B6DA 3UP4A 2BK5A 5EBKA 1REOA 1JNZA 1JRZA 1NEKA 1PJ7A 2B9XA 1JRXA 2AAQA 1BKWA 3NG7X 5JCMA 5U63A 1TRBA 2B9WA 4WCTA 3DMEA 5FS9A 1FECA 1B5QA 2GB0A 4CCRA 1S3BA 1SEZA 1IUXA 1GALA 2C3CA 2XLPA 2YWLA 3FG2P 3FBSA 5EOWA 4BJZA 3VQRA 4TLZA 1KFYA 2QA1A 4DNAA 4OPIA 1JNRA 1H86A 1LQUA 1LTXR 1XPQA 3AE7A 2QA2A 3G5SA 2XLUA 3GYIA 1GETA 3ABVA 3BI4A 3BNUA 3DK4A 3IHGA 2R9ZA 4K5SA 1ZYPA 3PO7A 4YWOA 2VVLG 3C4NA 4OPLA 2VVMA 4ECHA 1ELIA 2JB2A 1S2YA 4TLXA 2BK3A 2X8GA 2OAMA 4PAAA 3I3LA 2C3DA 4HB9A 3DJEA 4J31A 2V6OA 1GRHA 2Q6UA 2XVEA 2XVJA 4RG3A 1O95A 2V3AA 3GD4A 3OC4A 4ZCCA 4MNNA 1ZOYA 4YSXA 4USRA 3AE3A 3OZ2A 4H4ZA 2BABA 1E39A 2YLWA 2Q7VA 4NEVA 1XHCA 2IIDA 1QO8A 3SFEA 2FJBA 2NPXA 2YLXA 4YTPA 1PXCA 1VQWA 2GQFA 3KPFA 3NYEA 3QFBA 3UKLA 3V3NA 4APNA 2YLTA 3NGCX 3VRDB 5C3JA 3CNSA 1PJ5A 3GWDA 4TM0A 3UKQA 4BJYA 3DJDA 2ZZBA 4Z25A 1XANA 2PYXA 2YLZA 3F8PA 5ER0A 4U2SA 1OJDA 2BCGG 3GMBA 4J34A 5FS6A 3P4SA 2APGA 2WETA 5KOXA 5HXIA 1Z6LA 3T37A 3NTDA 4LA1A 4PABA 2X8CA 4GCMA 1XDIA 3AD9B 5TR3A 4EQWA 2GH5A 4H4XA 4U8OA 3UTFA 4EIQA 4YSZA 2BC1A 1VG0A 1E1LA 2YG6A 3QSSA 2WOWA 4H4SA 3S61A 1K0JA 1YKJA 2J3NA 2XLTA 3AEDA 3NRNA 1GEUA 2XCGA 3UTEA 2FJEA 3SM8A 3F8RA 4FK1A 1ZMDA 4C74A 3BI5A 4EMIA 1H7XA 4MJWA 2C73A 1CBOA 2IVEA 4FX9A 1CHUA 4XWRA 4B67A 2C72A 3BHKA 5IQ4A 1KF6A 3UCLA 1H83A 3FPZA 1NHQA 3CGEA 1LPFA 2C76A 2R45A 2X99A 4IVOB 3AE5A 4J57A 4P9SA 1YQ3A 1S2QA 2RABA 3FMWA 2GAHB 3CGDA 1CL0A 3DH9A 2GR3A 2BXRA 1DOCA 1BWCA 3ADAB 3EAOA 3NKSA 4H4WA 4JQ9A 3CGBA 2XLRA 1N4VA 2DKHA 1K4QA 4C77A 4ZN0A 5LV9A 2C7GA 3NYCA 2XLSA 3DK9A 1LV0A 1ZKQA 1IUVA 4H4RA 1CJ4A 1W4XA 1B8SA 4YKFA 1K0LA 1PBBA 2GAGB 1MO9A 2OA1A 2RGJA 4U8JA 3RNMA 5J60A 3AE1A 5GSNA 4EQSA 1NG4A 2H88A 2CULA 2CVJA 1TDNA 4EM4A 2C70A 2FJDA 2WDVA 1CC4A 3AE4A 3UKFA 4BK3A 1GNDA 3K7QX 3AYLA 1FCDA 1NHPA 2XVIA 2B76A 2WOVA 3GYJA 1ZDLA 4ADWA 1GV4A 2WPCA 4IV9A 5HHFA 3NTAA 4YTNA 1ZY8A 2JKCA 4B63A 1QLBA 3VR8A 4EQRA 4NEWA 2XVHA 1EL7A 3HZLA 4JN9A 2EQ9A 4Y4NA 4A6NA 1MXTA 2Q0KA 2B7RA 3H4KA 4H2RA 4U8IA 4J36A 5JCNA 3G5QA 1O5WA 3AEFA 2XFPA 4JY2A 3BHFA 1HYUA 1D7LA 3CIRA 1QJDA 2C75A 1NHSA 1CJCA 2R4EA 1KSUA 2B9YA 1EL8A 3GWFA 2NVKX 3ZDNA 3D8XA 3I6DA 3AE6A 2XYOA 2E4GA 3AEBA 5FS8A 1DXLA 1DOEA 2YM2A 4A5LA 2VZ2A 3ALLA 2A87A 2JB1A 1E7PA 1FEAA 3NLCA 2TMDA 1PBCA 3R9UA 3QVRA 4B64A 2V61A 1O94A 4CRTA 4E0VA 3F8DA 3AB1A 2TPRA 2ACZA 3ITJA 3UKHA 2I0ZA 3BI2A 1EL5A 4J33A 1VG9A 3RP8A 2GQWA 1F6MA 1ZP0A 3NT6A 3P1WA 4BK1A 5L46A 3CN8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FUG2 2MMOA 4OMVA 2UZZA 4YSYA 3UOZA 1BGJA 3AEEA 1XBSA 5CRWA 3CSJA 3TOUA 4OPGA 4ULXA 3LADA 5KVHA 4FK1C 4IKHA 4AF2A 3L4NA 1ZX9A 3LXTA 2L4QA 2X4AA 2A4HA 2XFQA 2XHFA 1M7TA 3QR6A 1CC2A 4HOJA 4NNJA 1UKVG 2DSAA 1ZK7A 4OPDA 6GSWA 4EQXA 4G0IA 3MAKA 3TCOA 5U25A 1JU2A 4KX4A 1MD3A 1YQ1A 1AQWA 2V32A 4TM3A 4ZBBA 2H70A 5ID2A 4IA6A 5ECRB 3CBUA 4K7OA 3II4A 2C3TA 3CNTA 1OE7A 2FGXA 1LJRA 3ZLPA 5ECMB 3ZYXA 4QL9A 2R0PA 2N5BA 3BD2A 3AE9A 3TRXA 2P31A 1ZYNA 5HR3A 5IQ1A 5HFGA 2LSTA 2R6KA 3FHKA 5DJLA 1GTEA 1FW1A 2YR4A 3AYIA 1UN2A 1XIYA 1GLPA 4CCQA 5KXJA 4Z2UA 4BA7A 2C0DA 4IA5A 1Z3EA 5H5QA 4OWYA 3GRSA 3TOTA 4K6XA 4P3YB 4D03A 3Q9TA 2EC4A 4EMWA 4MP4A 4EO3A 3DK8A 4TRXA 1S3EA 2GR1A 1V2AA 4AJ7A 2B6MA 2PU9C 1KNGA 3B3RA 1Q98A 5CP1A 4BL7A 4H4YA 5F06A 4A99A 1A0FA 1VDCA 5KMSA 2VO4A 5DAKB 1TDEA 4MA9A 3CTFA 1SD9A 4HJ2A 5EY6A 3K7TA 1PD21 4Z44A 2CAQA 2DJ0A 1F6MC 2KP1A 4K9ZA 2AR8A 3V3OA 4BVYB 1KTEA 2HRNA 2H01A 3PINA 3AEAA 2JZTA 5JCIA 1GXFA 3E9JB 3HVXA 3EVIA 2WU5A 3EC3A 3F0IA 2YVGA 2VCWA 3VR9A 5EVOA 3ZRDA 4EIPA 1A8LA 1N4WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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