4YKGA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nad+ from escherichia coli
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
521
structure length
520
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k12
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus 158
structure length 520
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykgA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykgA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykgA03
4J2WA 3P4QA 1ELIA 5JCLA 2B9WA 2XVJA 3QVPA 1SEZA 4WCTA 1LJ1A 4N9XA 4EMIA 2QA1A 1FOHA 3CGEA 3P4PA 3NK2X 1CJCA 3FPZA 1N4VA 1QO8A 4Z2TA 4BK3A 4YTPA 4KPRA 1COYA 2BK4A 3DK4A 4GF7A 4H4VA 2X8HA 3DJDA 4ZN0A 4AOSA 2XFOA 3NLCA 4B66A 4C3XA 5KXJA 1ZYPA 1ZYNA 1B4VA 1PBDA 2GR2A 2XLSA 1E6EA 2WETA 1VG0A 2BK5A 2BXRA 2RGJA 3BNMA 3K30A 3C4NA 4CRTA 3EAOA 2OAMA 1H7XA 1BWCA 3CPJG 3C96A 3UOXA 1EL9A 4GCMA 2OALA 2R4EA 2XVFA 4YSYA 4IVOB 3H8LA 2R45A 3F8RA 1ZK7A 2OLNA 2E5VA 2WBAA 5EB5A 1OJ9A 2XCGA 4HB9A 2ZZCA 3REDA 4K5SA 1E1NA 5FMHA 1CF3A 1PJ6A 2OA1A 1E1MA 4Z26A 1GOSA 2B76A 4H4RA 1PN0A 1LQTA 2FJDA 2YG4A 3AE6A 4KX6A 2E4GA 2VQ7A 1ZP0A 3GWDA 1NENA 2WDQA 3ICTA 2A89A 3ISHA 3UCLA 4B67A 1OJCA 4DNAA 2J3NA 4CY6A 1GV4A 1ZOVA 3P9UA 2YLSA 3P4SA 1V59A 2YLXA 3F8PA 2JB1A 4I58A 4LU6A 2C76A 1PHHA 3UKHA 4Z43A 3AEBA 1PBBA 1NDAA 3RHAA 1JNRA 3O0HA 4D03A 1PBCA 1GTHA 2GV8A 2XYOA 5J7XA 1YQ4A 3AD7B 4Z44A 3SM8A 2B7SA 1JRZA 1ZMCA 2CVJA 2V5ZA 2WEUA 2JK6A 1ZDLA 3EANA 3GDNA 3UTGA 2GH5A 3CN8A 2C64A 2A87A 2C65A 3SQPA 3QSEA 4ICYA 5JCKA 3LZXA 3NTDA 1NEKA 1H83A 5KRQA 2DKHA 3LZWA 2ZBWA 1BKWA 1PBFA 1PXAA 1F3PA 3CPIG 4OPCA 1RP0A 5IQ4A 2GAGB 2YR4A 3G5RA 3K7MX 4J31A 4A7AA 2XFPA 3UOZA 2GQFA 3NTAA 2BXSA 1KNRA 3KPFA 1DOEA 1DXLA 4O5QA 4K22A 3UP5A 3NIXA 3AYJA 1BF3A 3AB1A 4H4ZA 4YSXA 4UP3A 4OCGA 3C4AA 2QA2A 4YTMA 2WQYA 1L0VA 1CJ4A 2VRLA 3NK1X 4LA1A 3GYJA 5EOWA 3GD4A 4NEVA 5EB4A 4BJZA 3DJGX 2BC0A 4YXDA 3II4A 5J60A 3UKQA 2X8GA 4J34A 1ZY8A 2V6OA 4ECHA 3CPHG 1DJNA 1CC4A 2C73A 4RG3A 3ALJA 3GRTA 4B65A 2QCUA 4OPLA 1EL5A 1GRFA 1VDCA 5IQ1A 2IIDA 3V3OA 4PAAA 2V60A 2GR3A 3NHOX 1DODA 1D7LA 3RP7A 4J36A 5LV9A 2CULA 3I3LA 4TM3A 2XVIA 3B6DA 3NNEA 1EL7A 2BK3A 4IA6A 2WU2A 5HXIA 1CC2A 2WDVA 4Z2UA 4U8IA 5CQFA 3NRNA 1W4XA 3CGBA 3DGHA 4GDEA 4CCRA 3IF9A 3KD9A 2ACZA 2C7GA 3VRDB 5U1OA 1JRXA 3UP4A 3P4RA 3VR8A 3DA1A 3M0OA 1GSNA 1GETA 3ATRA 3S61A 2EQ9A 1L9DA 2YLRA 1YQZA 2YLWA 3AE3A 2YLTA 3GMBA 2TPRA 1RYIA 4EM3A 2Z5XA 5JCIA 3NH3X 2YM2A 1N4WA 4JNQA 1KSSA 1TYPA 1VQWA 2BS2A 3UKAA 2GF3A 2GRTA 1Q9IA 2Q0KA 4USRA 4USQA 5EBKA 1JOAA 1JEHA 2BYBA 2WESA 3AE8A 4U8KA 4IVMB 2C72A 4B64A 4CNJA 3QJ4A 3DMEA 2XFUA 4D04A 5TR3A 1Q1RA 3LOVA 1GPEA 1BGJA 1XANA 4Y4LA 1TDEA 1F8SA 3CNSA 4NTDA 5M10A 3H8IA 3AXBA 5FS8A 4OPUA 4YKFA 3UKFA 1E1LA 3UKLA 4H2PA 2Q7VA 3AE4A 1TRBA 3IWAA 4TM0A 4JN9A 1ZOYA 2WP5A 2YWLA 5GSNA 3T37A 2GMJA 4AT0A 4CY8A 3HZLA 4NTEA 4H2QA 3GMCA 3PO7A 3FIMB 4K2XA 2RGOA 3QSMA 1S3BA 3QFBA 3ALLA 1ZMDA 4X4JA 2C66A 2XLUA 4A9WA 4U8JA 1LVLA 5BRTA 1KNPA 1K4QA 1Y56A 3JSKA 1GT8A 1IJHA 4H4QA 1IUSA 5L46A 4TLZA 2B9YA 2X3NA 1YQ3A 4O5UA 1K0JA 3NYFA 4H2RA 3V3NA 4Y4MA 1IUXA 4ADWA 4EMWA 4EQRA 4ZCCA 2ARDA 2XFQA 1REOA 3GWFA 4GRTA 3BI2A 2Z5YA 5BUKA 3CGCA 1D7YA 2YR6A 4H4PA 2GEWA 1PJ5A 2GVCA 3KU9A 1PDHA 2GMHA 3L1RA 3AEGA 2JKCA 2JBVA 3AE7A 3VRBA 3IHMA 3AEEA 3S5WA 2R9ZA 5KOXA 4RSLA 1MOKA 3RNMA 3GYIA 3AEDA 1N1PA 2RABA 5ER0A 4I59A 2YG3A 4Z24A 3G5QA 3UTEA 5FS6A 2QAEA 2JAEA 2CDUA 2BABA 4TLXA 2R0PA 3CNPA 4U8PA 2ZZ0A 3SFEA 3KKJA 1CJ3A 3M13A 4U8NA 3GD3A 1MO9A 1DOCA 3QFAA 1PBEA 2VRMA 1N4UA 1EBDA 3DK8A 3AD9B 1LQUA 1O94A 2WOIA 3UOVA 4GDPA 4BK2A 1NHRA 2FBWA 4XXGA 4YT0A 2BA9A 1GESA 3G5SA 1UKVG 2GB0A 3LB8A 1BGNA 1FEAA 1YY5A 1Z6LA 1F8WA 1TDKA 3AEFA 2O9ZA 1DJQA 4U8LA 4EIQA 2YR5A 2WP9A 4JQ9A 4AOXA 2WDRA 4DSGA 4K5RA 1B8SA 3LJPA 1KF6A 4GR1A 1NPXA 4A6NB 1RSGA 1PJ7A 2C67A 3ZYXA 1XHCA 2BCPA 4U2TA 1Q1WA 5U63A 4B69A 3NKSA 4PABA 2JB2A 3AD8B 2X50A 3UKKA 3BHKA 4A6NA 3E1TA 4H4WA 1GRHA 2WS3A 1S2YA 3BNUA 4NEWA 1ZX9A 1O95A 3RP6A 2FJBA 3OZ2A 2Y6QA 1KDGA 5KWFA 2YLZA 2ZZBA 1ONFA 3GRSA 3M12A 4FK1A 4UDQA 3B3RA 4TM1A 2WHDA 1IUUA 1TDNA 3ALMA 5KVIA 1H6VA 1GXFA 4MJWA 4OVIA 1P2HA 2C70A 4X9MA 1F8RA 1F6MA 1Y0PA 2EQ6A 2YQUA 4WX1A 4Z25A 3P1WA 1CL0A 5KOWA 3ADAB 1TDOA 2WPEA 3AECA 2FJAA 2BS3A 3H4KA 4H7UA 1GRTA 3GDPA 3NYCA 1NG4A 2V3BA 4C5OA 2IVDA 4EM4A 3ICRA 1GRAA 4GUVA 4XWZA 2GR1A 3AYLA 1H7WA 3DH9A 3FMWA 1HYUA 4A79A 2A8XA 3CGDA 2VZ2A 2XLRA 3VRAA 1OJTA 3KLJA 3NK0X 5FS9A 3NYEA 4X9NA 2JB3A 1DNCA 2YVJA 3Q9TA 2CFYA 1FCDA 1BZLA 4FK1C 1VG9A 4J57A 2X8CA 5C2TA 2V61A 3EPTA 3QSSA 4C77A 5IPYA 1GALA 2YVFA 2XVHA 3VQRA 4H4SA 2VVLA 1CHUA 4YKGA 3AEAA 5KVHA 1E7PA 2H89A 2R0CA 2BACA 1CBOA 1M64A 3SFDA 3BI4A 3NN0X 2Q0LA 3FBSA 2B7RA 4OPDA 4A99A 1M6IA 2EQ7A 4A65A 3D1CA 1TDFA 4AP1A 2BCGG 4FX9A 3DJEA 1JRYA 1K0LA 2C3DA 1K0IA 4Z2RA 1H82A 2AQJA 2YG7A 2XVEA 1P2EA 2BC1A 4H50A 1EL8A 4OPIA 3AWIA 3SGLA 4BJYA 2C3CA 2XDOA 4B68A 4JDRA 2WU5A 1NAAA 2R4JA 3UOYA 4C74A 1LPFA 4EQSA 3L8KA 4NTCA 4EQXA 4K7ZA 5FS7A 4H4XA 2PYXA 1ZKQA 2XLPA 2X99A 3QVRA 3ATQA 1QLBA 1GERA 3KVEA 4H4TA 1FL2A 1GTEA 3F8DA 4U8OA 2WPCA 4IA5A 5C3JA 1NG3A 2GAHB 3KA7A 3Q6JA 4FDCB 4K8DA 5HYMA 4MNNA 1Y56B 2APGA 3R9UA 3UTHA 4H2NA 2I0ZA 4JY3A 2VQBA 2WOVA 4U2SA 4C3YA 3BHFA 1OJDA 3NGCX 4OPTA 2NPXA 5M0ZA 3CIRA 4HA6A 2RGHA 1TYTA 3AE2A 3NG7X 4BURA 1QJDA 4LIIA 1NHSA 1PXBA 2YM1A 3DGZA 4IV9A 3URHA 4EMJA 2Q6UA 2WOWA 1PS9A 1GEUA 5JCNA 1LTXR 4DSHA 1D4DA 1GRGA 3AE9A 4H4YA 3GSIA 1JNZA 1D4EA 2YVGA 1KFYA 3DJJA 4CBQA 3ABVA 4NZHA 4ZCDA 3CNDA 3VR9A 2UZZA 3IHGA 4EIPA 1B37A 2C75A 5HY5A 2VVLG 1IUWA 4TM4A 4BV6A 1PXCA 1XDIA 2R0GA 5HHFA 2W0HA 2YG5A 1B5QA 1CC6A 1E1KA 5BULA 2R46A 2DKIA 4J33A 4CNKA 3FG2P 3BI5A 3K7QX 2IVEA 1D5TA 4REKA 3AE5A 3CNJA 3EF6A 4YTNA 1H81A 3LXDA 4AT2A 4J56A 2WP6A 3ITJA 1E39A 2XLTA 1OJAA 2E1MA 3PVCA 1VRQB 4YSHA 1FECA 1L9CA 1XPQA 2AR8A 2WPFA 4BK1A 3LADA 3PS9A 4B1BA 5BVAA 1IUVA 4JNAA 2H88A 4CCQA 3NN6X 3NT6A 1S3EA 3V76A 2YAUA 4A5LA 2B9XA 4U8MA 3ZDNA 4OPGA 2FJEA 2NVKX 2TMDA 4DGKA 1MXTA 1NHQA 4M52A 1GNDA 1DOBA 4YSZA 2Y6RA 4YWOA 1X31B 4P9SA 4U2LA 1LV0A 3ICSA 5U25A 1AOGA 1H84A 1IUTA 4EQWA 2VOUA 3CTYA 1JU2A 2HQMA 1CJ2A 2YG6A 3WE0A 1S2QA 4UDRA 3OC4A 5DBJA 1L9EA 1GRBA 1O5WA 5GRTA 3RP8A 2V3AA 2OLOA 5JCMA 3K7TA 3UTFA 3IC9A 4XWRA 2XFNA 3COXA 1GREA 4H4UA 3I6DA 4UDPA 2AAQA 2BS4A 3AE1A 3UKPA 1FEBA 3CNTA 2EQ8A 4APNA 3DK9A 4B63A 1NHPA 4RG4A 5CKUA 2GR0A 4AP3A 4E0VA 1D4CA 2F5ZA 2PHHA 2GQWA 3D8XA 1H86A 1YKJA 4Y4NA 3AYIA 1KSUA 4JY2A 2VVMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J2WA 5KN2A 2EIRA 4HQSA 2B9WA 1SEZA 4WCTA 4N9XA 1BAYA 3P4PA 2X64A 1V2AA 4Q5QA 4ZBBA 3NK2X 3QMXA 4CDOA 1QO8A 4YTPA 2BK4A 4GF7A 3IK7A 5E4WA 3DJDA 1XWKA 4AOSA 3ZIVA 3IC8A 4HSCX 3ZLPA 4B66A 4F03A 1ZYPA 1PBDA 2WETA 3VFIA 6GSXA 2N5AA 4TR4A 3K30A 2PUKC 4HJ2A 3EAOA 5A4VA 1EL9A 4GCMA 2QGVA 2R2JA 2R4EA 3W8JA 5KMQA 1TW9A 5ID2A 5C00A 1ZK7A 4LLRA 3RBTA 2OLNA 2RIIA 4NPBA 5EB5A 2KUCA 2BTOT 2ON5A 1FB6A 3FR3A 4K5SA 5FMHA 4XCSA 1H75A 1E1MA 2E0QA 1GOSA 2I3YA 2E2MA 2YWOA 2FJDA 3AE6A 2E4GA 2VQ7A 3GWDA 3ICTA 1SL2B 4CY6A 4POLA 3VK9A 3P4SA 3DMLA 4LMWA 3BCKA 4HU9A 5DQSA 3UKHA 2YOIA 4Z43A 3RHAA 5A4WA 1NDAA 5JWOB 2WRTA 1JNRA 1PBCA 1F6MC 4G19A 1GTHA 2GV8A 1YQ4A 3SM8A 1WWJA 3ZZXA 5D9VA 4I8BA 1ZMCA 3I6AA 2WEUA 1XVQA 2FY6A 3MNGA 2BRAA 2LRNA 2HLSA 4OO5A 3LZXA 2C0GA 5KRQA 2DKHA 3LZWA 3KTBA 1PBFA 2H72A 3SYIA 2HZFA 4OPCA 3BOAA 3IDVA 2GQFA 3CBUA 3U6VA 1KNRA 4CHSA 3KPFA 1DOEA 3ZITA 4DSSA 3E0UA 2DJ0A 1F9MA 4YSXA 4UP3A 4OCGA 1OAZA 3C4AA 2QA2A 4RQXA 4YTMA 1FG4A 1M0UA 3GD4A 4NEVA 4X43A 5EB4A 4K7IA 1OKTA 2AV4A 2BC0A 3II4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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