4YKGA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nad+ from escherichia coli
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
521
structure length
520
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k12
molecule tags Oxidoreductase
total genus 158
structure length 520
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykgA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykgA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykgA03
4JDRA 3NYFA 4Y4MA 2YLXA 2YVJA 4D04A 2FJDA 3ALJA 2GVCA 2B9YA 3AE1A 3CGCA 3G5SA 2BK4A 1RYIA 2QCUA 5KWFA 4U8MA 3UCLA 1FECA 4A6NB 3CGBA 2YG5A 1N4UA 3H8LA 4FK1C 1QO8A 2JB1A 4EQSA 1S3BA 2ZZ0A 1CBOA 3EANA 2Q0KA 4OPTA 2JK6A 4H2RA 3D8XA 1H86A 3UTHA 3NG7X 4OPCA 1GEUA 4CBQA 2V61A 5J60A 4CNKA 4IVOB 2B76A 4C3YA 2EQ9A 2R46A 4RSLA 4EMIA 1GRAA 4AOSA 2FBWA 1JRYA 3AE3A 2YLWA 4A9WA 3F8PA 5U25A 1L9EA 4K5SA 1M6IA 1VDCA 2WQYA 4B63A 1OJCA 3AWIA 4GDPA 4FDCB 5JCNA 3DA1A 4BJYA 2GQWA 2WETA 4BK2A 4H4PA 1PBCA 3BHFA 5FS6A 1D5TA 3GD3A 3GSIA 3DGZA 3AXBA 5LV9A 1YQ4A 3D1CA 3AYIA 2OLNA 1GERA 4B64A 4EQXA 4H4RA 3KKJA 2RGHA 2ZZBA 3AEDA 4ZN0A 3CIRA 3IWAA 5HYMA 4YXDA 3QVRA 2ZBWA 3AEFA 3G5RA 4JQ9A 2A87A 1B37A 4MJWA 5KVIA 2R4EA 3C4AA 4KX6A 2BABA 4AOXA 5JCKA 3KU9A 4REKA 3AEAA 1KDGA 2XFNA 1CC4A 5BRTA 1ZMDA 3BI5A 1E6EA 2Y6RA 1YY5A 1E39A 3DH9A 4K7ZA 3URHA 4A65A 1FEBA 1BF3A 3GDNA 4EQWA 5U63A 3I6DA 4EMWA 2B9XA 4H50A 1BGJA 1D7YA 5U1OA 1PJ5A 4ECHA 3UOVA 3AE4A 5BULA 1VG9A 2W0HA 3AEBA 1YQ3A 3CNJA 3QJ4A 4Y4NA 2BA9A 4OPLA 4U8NA 1XPQA 1NHQA 2WS3A 2OLOA 2WESA 3H8IA 3HZLA 5FMHA 3QSEA 4USQA 4YKFA 4UDPA 3CGEA 3ITJA 1Y56A 3CN8A 4B65A 2C70A 2C7GA 1PS9A 3CPIG 1QLBA 3AE7A 1E1KA 1Z6LA 1LV0A 2NVKX 3F8DA 3M12A 2B7SA 4H4TA 4GRTA 2WP9A 3SQPA 1SEZA 2AR8A 2ACZA 1B4VA 2C75A 5J7XA 2GMHA 2X8GA 2Z5XA 3LXDA 3CPJG 2B7RA 3QVPA 3GRSA 1PBBA 1S3EA 4YTPA 1Q1WA 4EMJA 1LVLA 3UKLA 4U2LA 1DOCA 3AB1A 1X31B 2BCPA 1CL0A 2CDUA 1D4DA 1M64A 3UTFA 2YLTA 1CJ4A 2A89A 2EQ8A 4OVIA 3V76A 4H4WA 4GCMA 3P4QA 1PBEA 3FPZA 1TDKA 3AE2A 4YSYA 5JCMA 3C4NA 3AYJA 2H89A 1OJ9A 2RGJA 1O5WA 3T37A 5GSNA 2XVFA 3UOZA 3LZXA 3GMCA 3EF6A 2C65A 3BNUA 1GTEA 3K7TA 1L9DA 2F5ZA 4IA6A 1O94A 4BURA 2VVMA 5IPYA 4JNQA 1ZK7A 4BJZA 4CY6A 4YSZA 2DKIA 1REOA 1ZP0A 2Z5YA 2B9WA 4JY2A 1P2HA 1O95A 3VRBA 1RSGA 3DMEA 3E1TA 4UDQA 4AT2A 4B68A 3ISHA 1MXTA 3KLJA 2JB3A 1DNCA 2JKCA 4K22A 1JRXA 1KF6A 1F8WA 2XVEA 2YG3A 3KPFA 3P1WA 3CNSA 1KSUA 1GOSA 3DGHA 4EIQA 3K30A 4IVMB 1ZYPA 3EPTA 4C74A 2VVLG 4P9SA 2WU2A 1ZMCA 1FCDA 1EBDA 3CNDA 1D4CA 3ZDNA 3P4RA 3P9UA 3C96A 3OC4A 2AAQA 1GRGA 1F6MA 1LQTA 3NH3X 4AT0A 2XLTA 1NAAA 3UKKA 3VR9A 2R0GA 4J57A 4TLZA 3IF9A 2WDRA 5M0ZA 3S5WA 4OPIA 1GRTA 4H4SA 4E0VA 2X8HA 4U8PA 4XWRA 2YWLA 1ZDLA 4I58A 4Z2UA 4YTNA 2VVLA 5GRTA 3G5QA 1LJ1A 3P4SA 3BI2A 1TYPA 1AOGA 4XXGA 5IQ4A 1DJQA 2J3NA 5FS9A 1CJ2A 1ZOYA 1KNRA 3AECA 3NKSA 1XANA 4O5QA 2XYOA 5KOWA 1TDEA 2H88A 1GNDA 1H84A 1UKVG 2Q6UA 3UKHA 2XFPA 3V3NA 3ALLA 2GR3A 4NZHA 2XVJA 1LPFA 3RHAA 3FBSA 1IUSA 3NK2X 3GWFA 2VRLA 2CVJA 2JBVA 4M52A 3NLCA 3O0HA 3EAOA 4A7AA 4B1BA 1MO9A 1GESA 3AD9B 3ICRA 2GAGB 2XLRA 2GR0A 4BK3A 3L8KA 2YLZA 2R45A 2VQBA 3CPHG 2CULA 1JRZA 3UOYA 5FS7A 4H4UA 2ZZCA 3PVCA 3DK9A 4TM3A 3R9UA 4APNA 1BZLA 1DOEA 3GMBA 2BK3A 1GETA 1NG4A 3AEGA 2R0CA 2WP6A 3AEEA 5HHFA 1H83A 5KOXA 4DSGA 3L1RA 2BS3A 2YG6A 3RP8A 3NHOX 5BUKA 1RP0A 2BYBA 3CNPA 4HA6A 4NEVA 1L0VA 1V59A 3K7MX 1N4WA 3NN6X 2WPFA 4FK1A 1ZKQA 3COXA 2IVEA 4BV6A 2GH5A 1PBDA 2VOUA 3LADA 5L46A 3QFAA 5HXIA 4IV9A 4ADWA 4Z24A 3SGLA 4C77A 1N1PA 1K4QA 3UKPA 3AD8B 2QAEA 3CGDA 2YG7A 2XLPA 1BWCA 1NHPA 3NYEA 4WCTA 3I3LA 5EB4A 1TDNA 1GALA 2BXSA 2C76A 4IA5A 1MOKA 4K5RA 4Y4LA 2IVDA 4EM4A 1ZY8A 3ADAB 3ICTA 2HQMA 2OA1A 3NN0X 4U8OA 3UP5A 5DBJA 4EM3A 5C3JA 2WHDA 1IJHA 4YSHA 1K0LA 3CTYA 4DSHA 5KVHA 3LB8A 3SFDA 1IUUA 3GRTA 3OZ2A 1ZYNA 1CJCA 3FG2P 4A99A 2YQUA 4OCGA 2GEWA 1NDAA 1Y56B 1H7XA 5M10A 2XDOA 1CHUA 3Q9TA 1ZOVA 3QSMA 5FS8A 4A79A 4AP3A 1GRBA 1ZX9A 2XFUA 2C72A 3DJGX 4DGKA 4C3XA 4LIIA 3UKQA 4B69A 1TRBA 2EQ7A 3VQRA 5JCLA 3NT6A 1K0JA 4U2SA 3M0OA 3PS9A 4YT0A 2GRTA 5KXJA 1KNPA 2OAMA 3KD9A 2WDVA 4YKGA 1GRHA 1PDHA 4Z2TA 2A8XA 3SFEA 4H4XA 3K7QX 2V5ZA 2GMJA 4U8KA 5HY5A 1EL7A 2C3DA 2YVFA 2E4GA 2GQFA 4K2XA 1NG3A 3LOVA 1H7WA 2OALA 2YAUA 4OPGA 5EOWA 2FJEA 1PXCA 1COYA 4NTCA 1CF3A 1L9CA 3FIMB 3JSKA 4U8LA 1LQUA 4CY8A 3F8RA 2APGA 4Z26A 4JY3A 4LA1A 3NNEA 3H4KA 1S2QA 2WOIA 4AP1A 3ICSA 4YTMA 3GYIA 4K8DA 2BC0A 3IHMA 4C5OA 2X50A 4USRA 4A6NA 2FJAA 5KRQA 1JNZA 3ALMA 1PJ7A 3CNTA 1CJ3A 4EQRA 1ELIA 4TM4A 4Z44A 1H81A 4GDEA 2C66A 4ZCCA 1K0IA 2VQ7A 4GR1A 4NEWA 1Y0PA 5TR3A 1XDIA 4YSXA 4X9NA 3UKFA 3AD7B 4ICYA 1TDOA 4N9XA 4YWOA 4NTEA 3VRAA 1XHCA 2Y6QA 2TPRA 3GWDA 4I59A 2JB2A 3QSSA 1KFYA 3DK4A 3ZYXA 2QA2A 2BCGG 3II4A 2XCGA 1JU2A 2WPCA 1PXBA 4J56A 2QA1A 1IUXA 3VRDB 1F8RA 2NPXA 2GV8A 2RGOA 3UP4A 4FX9A 4RG4A 2Q0LA 4D03A 3PO7A 3AE5A 2JAEA 1GT8A 4B66A 2ARDA 2GR2A 2C67A 1D7LA 4UDRA 1NENA 2XLSA 4O5UA 2I0ZA 4GF7A 5EB5A 4OPUA 2YR4A 1W4XA 3NTAA 4XWZA 1PJ6A 1PHHA 2C64A 1NPXA 3LZWA 2GAHB 1EL9A 1EL8A 2RABA 2YG4A 2BC1A 4CRTA 2WOWA 2IIDA 2WP5A 1GXFA 1P2EA 3FMWA 1TDFA 3B3RA 3SM8A 2C3CA 4PAAA 4CCRA 1F3PA 3REDA 3AE6A 4HB9A 5EBKA 1EL5A 1F8SA 1DJNA 5CQFA 1PN0A 2YVGA 2YLRA 1S2YA 3IC9A 4B67A 4LU6A 1IUWA 3BHKA 1OJAA 3QFBA 2BXRA 1YKJA 5C2TA 2YR6A 4J2WA 1Q1RA 2R9ZA 2TMDA 1BGNA 4NTDA 2XVHA 2XVIA 3UKAA 3VR8A 1JOAA 3NK1X 3RP6A 4H4VA 2GR1A 2WOVA 2VZ2A 2PHHA 2Q7VA 2YR5A 5BVAA 3DK8A 2WBAA 2R0PA 2EQ6A 3GYJA 3NYCA 1NHSA 3UTEA 1GPEA 2V60A 4J31A 3AE9A 1B5QA 4H4QA 1E1MA 3RNMA 1NEKA 1GSNA 3NK0X 1FEAA 4BK1A 4GUVA 4UP3A 2E5VA 1YQZA 2WDQA 2YLSA 3DJDA 3M13A 4CCQA 1Q9IA 4ZCDA 2X3NA 4X4JA 1CC6A 3NTDA 2YM1A 4H2PA 1JNRA 2GB0A 4A5LA 4Z43A 2YM2A 3ATRA 2BK5A 3ABVA 1NHRA 3DJEA 4RG3A 3P4PA 2O9ZA 4TM0A 1GRFA 3GDPA 2FJBA 1E1NA 1VQWA 4H7UA 4X9MA 1FL2A 1OJTA 2CFYA 1GV4A 4U8JA 2GF3A 2V6OA 4CNJA 1H82A 2BS2A 2XFQA 4JN9A 2E1MA 3NIXA 5IQ1A 1TYTA 4WX1A 3UTGA 3B6DA 2UZZA 1JEHA 3GD4A 1DXLA 3NRNA 1E1LA 1LTXR 2BACA 4H2NA 4J36A 4Z25A 3LJPA 5CKUA 4H2QA 4Z2RA 5JCIA 3AE8A 1PBFA 4J34A 4KPRA 1FOHA 1H6VA 1N4VA 1DODA 2V3BA 3V3OA 1KSSA 1QJDA 2VRMA 4OPDA 1PXAA 4JNAA 4U2TA 3WE0A 3BNMA 2X99A 3KVEA 4TM1A 2XFOA 1CC2A 4H4YA 4PABA 4U8IA 2C73A 2DKHA 1GTHA 2WPEA 2PYXA 4MNNA 1VRQB 2WEUA 4TLXA 3S61A 3IHGA 3ATQA 3NGCX 2AQJA 1B8SA 1HYUA 1E7PA 2XLUA 4EIPA 3DJJA 3AYLA 2X8CA 2V3AA 3BI4A 1OJDA 3UOXA 1DOBA 3RP7A 2R4JA 3KA7A 3Q6JA 2WU5A 1IUVA 1VG0A 1D4EA 2BS4A 4H4ZA 4J33A 4DNAA 1GREA 1ONFA 5ER0A 1IUTA 1BKWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5B6MA 3FZAA 2N5BA 3HYVA 4PURA 4PQ1A 4MK3A 2HYXA 2CA8A 4U8MA 3GV1A 3CGBA 2RLIA 2WGRA 3HD5A 3QR6A 4TXVA 3WYWA 4YH2A 5DAKA 2JB1A 2E0QA 2A4VA 4H2RA 1DUGA 2L5LA 4C3YA 2B76A 3O6TA 5GZZB 2EQ9A 4IGJA 4EMIA 1I5GA 3G7YA 2IPAA 1OC9A 5U25A 1M6IA 1O81A 1ZMAA 5JCNA 4TR1A 3N5OA 5ABRA 4H4PA 4QL7A 1B8XA 5GAND 1YQ4A 3G9BA 3US3A 4B64A 3VWXA 4CHSA 3AEDA 4NNJA 3IWAA 5HYMA 4NMUA 3VPQA 2ZBWA 3AEFA 3G5RA 4JQ9A 2A87A 5KVIA 3Q6OA 3C4AA 5JCKA 1FG4A 1B48A 4REKA 3AEAA 1KDGA 4V1Ap 1I9DA 3KIJA 2H0HA 5G1KA 3W6GA 1E39A 1BF3A 3I9V2 3Q19A 3DGQA 4XRAA 4WXTA 1FAAA 2B9XA 3GSSA 1BGJA 4H50A 5U1OA 3QOUA 4ECHA 3FHKA 1S3RA 20GSA 4BIKA 1VG9A 3CNJA 3QJ4A 1YQ3A 4OPLA 4U8NA 1NHQA 2WS3A 2WESA 5ECIB 3QSEA 4USQA 2B7JA 3GKMA 4YKFA 3CGEA 3ITJA 2C7GA 3M12A 4G2EA 4G73A 5BMUA 4MZBA 3CYNA 2WP9A 3SQPA 2AR8A 2ACZA 1B4VA 1TP9A 4V2LA 7GSSA 4J56E 3CXGA 2B7RA 3QVPA 2D2ZA 2VCTA 4FIWA 3VI7A 3Q18A 1DOCA 3AB1A 2VLVA 2CDUA 1M64A 4V2MA 4POBA 1PBEA 3AY8A 1TDKA 2GS3A 5GSNA 1AIUA 1TTZA 2GT5A 3GMCA 2C0GA 3LG6A 2R5GA 3K7TA 1O94A 3SZFA 3V1WA 2EC4A 4BJZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 5B6M A;  3FZA A;  2N5B A;  3HYV A;  4PUR A;  4PQ1 A;  4MK3 A;  2HYX A;  2CA8 A;  4U8M A;  3GV1 A;  3CGB A;  2RLI A;  2WGR A;  3HD5 A;  3QR6 A;  4TXV A;  3WYW A;  4YH2 A;  5DAK A;  2JB1 A;  2E0Q A;  2A4V A;  4H2R A;  1DUG A;  2L5L A;  4C3Y A;  2B76 A;  3O6T A;  5GZZ B;  2EQ9 A;  4IGJ A;  4EMI A;  1I5G A;  3G7Y A;  2IPA A;  1OC9 A;  5U25 A;  1M6I A;  1O81 A;  1ZMA A;  5JCN A;  4TR1 A;  3N5O A;  5ABR A;  4H4P A;  4QL7 A;  1B8X A;  5GAN D;  1YQ4 A;  3G9B A;  3US3 A;  4B64 A;  3VWX A;  4CHS A;  3AED A;  4NNJ A;  3IWA A;  5HYM A;  4NMU A;  3VPQ A;  2ZBW A;  3AEF A;  3G5R A;  4JQ9 A;  2A87 A;  5KVI A;  3Q6O A;  3C4A A;  5JCK A;  1FG4 A;  1B48 A;  4REK A;  3AEA A;  1KDG A;  4V1A p;  1I9D A;  3KIJ A;  2H0H A;  5G1K A;  3W6G A;  1E39 A;  1BF3 A;  3I9V 2;  3Q19 A;  3DGQ A;  4XRA A;  4WXT A;  1FAA A;  2B9X A;  3GSS A;  1BGJ A;  4H50 A;  5U1O A;  3QOU A;  4ECH A;  3FHK A;  20GS A;  1VG9 A;  3CNJ A;  3QJ4 A;  1YQ3 A;  4OPL A;  4U8N A;  1NHQ A;  2WS3 A;  2WES A;  5ECI B;  3QSE A;  4USQ A;  2B7J A;  3GKM A; 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