4YKGA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nad+ from escherichia coli
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
521
structure length
520
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k12
molecule tags Oxidoreductase
total genus 158
structure length 520
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykgA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykgA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykgA03
1YQ4A 4A99A 1FL2A 3AEFA 2R0GA 5BULA 2XVIA 3I3LA 4IA6A 1XANA 1TDNA 1CJCA 4Y4LA 3CNJA 5EOWA 4J57A 5L46A 3FIMB 3HZLA 3L8KA 4IV9A 4NEWA 4C3XA 4EM4A 4H4RA 2XVEA 3REDA 4J33A 5HXIA 1QJDA 1ZOVA 4HB9A 2JB2A 2XLTA 3K7TA 1MO9A 1OJ9A 2YLXA 1KDGA 4M52A 1LQTA 3DJDA 4A7AA 1F8SA 1BWCA 3GWFA 3ICRA 4H4TA 3AE2A 5KVIA 2BS2A 3CPIG 2CULA 1JRZA 2YR4A 4CNKA 3UTHA 2GR2A 1IJHA 3DMEA 4YKGA 1NHSA 4FK1C 1PS9A 2CDUA 4NEVA 3ATQA 3EF6A 2B9YA 4MNNA 1GRTA 5M10A 2Q6UA 3KPFA 1GT8A 3KU9A 3QSMA 1IUTA 1YQ3A 3G5QA 1S2YA 1H86A 1DOBA 2XLRA 4LA1A 4U8JA 3AE6A 4EQWA 1N4VA 2AAQA 2O9ZA 2R4EA 1LVLA 2Y6RA 3K7MX 1D7LA 2C64A 1X31B 3QFAA 2YR5A 2WQYA 1IUUA 5C2TA 3GDNA 3UTEA 4AOXA 4B66A 2C75A 4NTCA 1M64A 3RHAA 3VRBA 2XFUA 1E1NA 2GRTA 2A89A 5HHFA 1GRFA 4HA6A 4AP1A 4BK2A 3JSKA 3AE7A 2EQ6A 5FS6A 3ICSA 1LQUA 4H4UA 4J56A 1CHUA 2PHHA 1JNZA 5LV9A 2X8CA 2E5VA 3CNSA 4LIIA 4X4JA 3KKJA 4EM3A 5JCKA 2VRLA 1GRAA 1LV0A 2J3NA 2V3BA 4GDEA 4EIQA 3DK9A 3EANA 1PBFA 2GQFA 1ONFA 2QA1A 2B9XA 3KLJA 3EPTA 2C73A 2JAEA 2YLZA 2OLNA 3SGLA 3GWDA 1E6EA 1PJ6A 1YKJA 4AOSA 4EMWA 3GD3A 3CN8A 1GPEA 4CY8A 4AT2A 2JBVA 2BS4A 2A8XA 4U8OA 1NHPA 1PXBA 1VRQB 2GF3A 3IHGA 5FS9A 1JU2A 4YTPA 3LOVA 5JCLA 2VVLA 3ZDNA 4A6NB 3DGZA 1PBEA 4OCGA 5FS7A 3GRSA 2YG4A 3CIRA 2EQ7A 1JRYA 1GREA 1OJAA 3AE5A 4KPRA 5IQ4A 4Y4NA 1W4XA 4IA5A 2VOUA 2YLSA 2WP5A 2BK3A 4OPDA 2CFYA 1E1MA 1Q1WA 2WOWA 5KXJA 1D7YA 1NAAA 3M0OA 2BABA 2GV8A 2BC1A 3AE3A 1L9DA 3QVRA 5U25A 2YVJA 1REOA 4U8MA 2Q0LA 1XPQA 1FCDA 3WE0A 1Z6LA 2VZ2A 3NNEA 1O94A 1PXAA 1NPXA 1UKVG 3UKKA 4GDPA 4Z43A 4B69A 3DJJA 4ZN0A 3CTYA 3SQPA 4Z2RA 4K2XA 3LXDA 1JEHA 1YY5A 5BUKA 2E1MA 3OC4A 1L9CA 1DJNA 2YM1A 2GEWA 2UZZA 3NK1X 4U2SA 2BA9A 1KSUA 1D4EA 2XVFA 3M13A 2X8HA 3QJ4A 3BI4A 3P4SA 1PJ5A 2PYXA 3KD9A 4RG4A 1SEZA 1EL8A 1TYTA 3AD9B 2BXRA 1DOEA 2GR0A 2WPCA 3GD4A 2IVDA 1EBDA 3V3NA 3NYFA 1S3BA 2VQBA 4B1BA 3RNMA 1GETA 2R46A 2ACZA 2OALA 2OA1A 2VQ7A 3UP5A 3M12A 3PO7A 4OVIA 2WHDA 3ABVA 4H50A 1K0LA 3UKFA 2I0ZA 3NT6A 1CBOA 5BRTA 4JNAA 5M0ZA 3AWIA 2WDRA 3BHFA 4ECHA 2WP9A 4OPTA 2R0CA 4BJYA 2V61A 3NK2X 1COYA 4H4XA 1BGJA 3FPZA 4U2LA 1ZDLA 3BNMA 1GXFA 1GV4A 2R45A 3H8LA 3AD7B 3T37A 4UDPA 4A6NA 2CVJA 2B76A 4BJZA 2Z5YA 1IUXA 2RGJA 1NG4A 2EQ9A 2GAHB 1B5QA 1EL7A 1FECA 4LU6A 4UDQA 1Q1RA 4B63A 4U8NA 4XXGA 3AYLA 1BF3A 4TM0A 4CCRA 1ZYPA 4GUVA 2OAMA 2XFPA 2B7SA 1P2EA 4REKA 4Z25A 4DGKA 3II4A 4WCTA 4TM3A 3S61A 1GOSA 2DKHA 4H2PA 4JN9A 4NZHA 1VQWA 4C5OA 2WBAA 3H4KA 2GR3A 5TR3A 4BURA 3AE8A 4A65A 2JK6A 5IQ1A 1GRHA 4J34A 4A79A 1GNDA 1ZX9A 1NG3A 2F5ZA 3GYJA 3CNDA 3KA7A 1NHQA 1V59A 1CC2A 5KOXA 1JNRA 2WPEA 3Q9TA 4K7ZA 2GH5A 1PDHA 3AEBA 2XLSA 3LJPA 1TDEA 4EMJA 2GR1A 2GMJA 4B64A 3B3RA 3P4QA 1EL9A 4IVOB 4YSHA 4Y4MA 1DNCA 3B6DA 4CRTA 5JCIA 1CJ3A 1RSGA 4OPCA 4BK3A 2WP6A 2ZZCA 3D8XA 4RSLA 1K0IA 3F8PA 1MXTA 3IHMA 1ZMDA 1LJ1A 3AEAA 2IVEA 4J31A 1KSSA 1FOHA 4U8LA 3P4RA 2BCPA 1H6VA 3K7QX 3SFEA 2H88A 4J2WA 3URHA 3NLCA 4O5QA 4JY2A 1KF6A 4KX6A 2C3CA 4A9WA 1PBCA 4H4WA 2YWLA 3DH9A 1Y56B 3NYCA 3F8RA 2R0PA 1E7PA 4YT0A 2JB1A 4BV6A 2BXSA 3E1TA 3EAOA 4H4ZA 1TRBA 3NN6X 2XFOA 4AP3A 4Z26A 1D4CA 4XWRA 3VR8A 4EIPA 2WETA 1LTXR 3UOYA 3SFDA 2BYBA 1AOGA 3DGHA 2FBWA 3P1WA 3NG7X 4DSHA 4ICYA 3NTAA 2AQJA 3AEDA 3SM8A 3UTGA 1VG0A 3ALMA 4RG3A 2X8GA 3CPJG 1F8WA 1F6MA 1B37A 4MJWA 3GDPA 1GEUA 1BZLA 1EL5A 1TDKA 1L9EA 4H4SA 3AEGA 2WU5A 1MOKA 1NEKA 3QFBA 2BK5A 2XFNA 1NDAA 5KWFA 3BI2A 2BCGG 2C70A 2FJAA 5U1OA 1FEBA 1BKWA 3QSSA 4J36A 4X9NA 4BK1A 3VQRA 1ZMCA 2YVFA 5EB5A 2B9WA 1H7WA 3AE9A 1H7XA 2JB3A 1YQZA 3GSIA 4FX9A 4EQRA 5DBJA 3FG2P 4K8DA 1PHHA 3ISHA 2C76A 4ADWA 4YKFA 2YQUA 4U8PA 5CQFA 3CGDA 1GSNA 5J7XA 3NYEA 5EBKA 1PBBA 3NN0X 4PABA 2YG5A 5GSNA 4EQSA 1F3PA 1XHCA 2APGA 4YTNA 4AT0A 1TYPA 3RP8A 1DODA 2ZZ0A 3BHKA 1BGNA 2Q0KA 2V6OA 1PXCA 3C4NA 1KNPA 1O95A 2WOIA 1B8SA 3S5WA 3UTFA 1Q9IA 2WU2A 1E1LA 5ER0A 3UKHA 4H4YA 3LB8A 2ZBWA 3ITJA 3UP4A 4H4QA 2GAGB 2E4GA 4E0VA 2VRMA 4USRA 4D04A 4K22A 1ZYNA 3ZYXA 3AYJA 2JKCA 3BI5A 3VRAA 1GRBA 2WOVA 3GYIA 3LADA 2VVMA 2A87A 3DK8A 3VRDB 2X3NA 4APNA 1ELIA 1CC6A 4JY3A 3IF9A 1NHRA 3AEEA 2Z5XA 2WDQA 3UKAA 3GMBA 1JOAA 1OJTA 3C4AA 3ALLA 4H4PA 5BVAA 1QLBA 4DNAA 3CGEA 4H7UA 3QSEA 4YSYA 1DJQA 1K0JA 3FMWA 3GRTA 3V76A 4OPGA 1TDOA 2R9ZA 3AE4A 4U2TA 3UOZA 2RABA 4TM4A 3NHOX 2C3DA 3COXA 1FEAA 4H2RA 4JNQA 4A5LA 4B68A 1DOCA 1GERA 2C67A 4Z24A 4TLXA 3UKQA 3PS9A 1GRGA 3NKSA 4UP3A 4USQA 4WX1A 2XFQA 3NIXA 3O0HA 2YR6A 2XLUA 3H8IA 4GCMA 4B65A 5IPYA 3NTDA 1PJ7A 1N4WA 1F8RA 1ZOYA 2ZZBA 1NENA 4NTEA 2BC0A 4X9MA 3VR9A 4D03A 2WESA 2YLRA 4C3YA 2IIDA 3AE1A 1RP0A 4IVMB 1P2HA 1CC4A 5KRQA 1S2QA 3ADAB 5CKUA 2V5ZA 4ZCCA 3C96A 2WEUA 4K5SA 1GTEA 5U63A 2BACA 2XVHA 2NPXA 2W0HA 1OJDA 3ICTA 3G5SA 1DXLA 2C65A 1H81A 3AD8B 1M6IA 2BK4A 4YWOA 1VG9A 1H84A 3NGCX 2V3AA 4H4VA 2NVKX 1L0VA 1PBDA 4NTDA 4I59A 5HY5A 3RP7A 3CNPA 3IC9A 4O5UA 3PVCA 4N9XA 3GMCA 1LPFA 1JRXA 4EQXA 2WS3A 1RYIA 4EMIA 1CF3A 1H82A 2Q7VA 4UDRA 2VVLG 3P4PA 2TPRA 2GMHA 4U8IA 5C3JA 3DJGX 4JQ9A 3LZWA 4YSZA 2OLOA 4Z2TA 2DKIA 4TM1A 2H89A 3UOVA 2YAUA 4GF7A 3AECA 1D4DA 3DA1A 4I58A 1O5WA 5FMHA 2XCGA 4Z44A 4C77A 3G5RA 1D5TA 4CBQA 2C66A 2V60A 4H2NA 2XVJA 3I6DA 4PAAA 5JCMA 1E1KA 2GQWA 4FK1A 2YG7A 3UOXA 4Z2UA 1IUVA 1S3EA 3NK0X 1ZK7A 2C7GA 3NRNA 3IWAA 4ZCDA 1PN0A 2QA2A 3ALJA 4B67A 2AR8A 2GVCA 3AXBA 3L1RA 2YVGA 3QVPA 4U8KA 3RP6A 4CCQA 3UKLA 4GR1A 3AB1A 2Y6QA 1HYUA 2TMDA 2YG3A 2B7RA 2YLWA 3DJEA 3P9UA 4H2QA 1ZP0A 4OPLA 2YM2A 3K30A 2XLPA 1IUSA 1E39A 3NH3X 4C74A 2GB0A 2C72A 4XWZA 1K4QA 4DSGA 4P9SA 3CNTA 3ATRA 3CGBA 2YG6A 1OJCA 5HYMA 1CJ4A 3CGCA 1Y0PA 1N1PA 2BS3A 2EQ8A 3AYIA 5JCNA 4TLZA 3OZ2A 2YLTA 4JDRA 2XYOA 1CL0A 1N4UA 2QAEA 5FS8A 4YSXA 3V3OA 3KVEA 2QCUA 1ZKQA 3UCLA 2WPFA 5EB4A 4YXDA 2FJEA 4GRTA 1GALA 1CJ2A 2RGOA 4YTMA 2X50A 1H83A 3CPHG 2ARDA 2FJBA 1KNRA 1VDCA 2HQMA 2XDOA 1IUWA 2RGHA 3FBSA 2R4JA 4OPUA 3F8DA 4FDCB 3BNUA 4CY6A 1B4VA 1XDIA 2FJDA 1GESA 2WDVA 5KOWA 3R9UA 1Y56A 3DK4A 1QO8A 3D1CA 5KVHA 2X99A 5GRTA 3LZXA 1TDFA 1ZY8A 4K5RA 1GTHA 3UKPA 4CNJA 5J60A 3Q6JA 1KFYA 4OPIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GAPA 1SJ6A 3I3LA 5ECRB 4OO5A 4IN0A 4IA6A 1PX6A 4DEJA 5IPHA 1EOGA 2CA8A 2P5RA 1Q4JA 1OE7A 1SK2A 4J57A 1GUHA 2DLXA 3HZLA 2CX3A 8GSSA 4KH7A 4EM4A 3KH7A 3MIXA 2GT5A 4G9HA 5HXIA 1QJDA 2PU9C 4CW9A 1OJ9A 4M52A 4MJEA 2HSMA 2HRNA 3L9UA 4Q5NA 3Q19A 5KVIA 3QAWA 4GXZA 4L0UA 1O6JA 1OVNA 3LSZA 3UTHA 1TI1A 1IJHA 1NHSA 3A3TA 4NEVA 3ATQA 1QGVA 2B9YA 2IWTA 4MNNA 5M10A 5B6NA 3ZIJA 2AB6A 3GV1A 1GT8A 4IW9A 2KHPA 2H0GA 3KPFA 1S2YA 1H86A 12GSA 4LMVA 1DOBA 4LA1A 2XLRA 4EQWA 4O5RA 1AQWA 3K7MX 3T2YA 1N8JA 3UTEA 3MWHA 2C75A 3RHAA 3VRBA 3M1GA 2GRTA 5HHFA 9GSSA 3RDWA 3C8EA 3AE7A 2B6MA 4H4UA 3Q74A 2PHHA 2E5VA 3F6DA 2X49A 4X4JA 1GRAA 1LV0A 2J3NA 4EIQA 3GL3A 1TOFA 6GSYA 2QA1A 2B9XA 1HNCA 3EPTA 3SGLA 2H1BA 4AOSA 2QKEA 3F8UA 5KNLA 4OFMA 4LL4B 3GD3A 1T4YA 3ZFBA 3L4NA 4PNGA 1R7HA 1SL0B 2FA4A 1ERUA 2YWIA 2BS4A 2VD0A 5FS9A 4MPFA 2E0QA 2ES7A 3LXTA 3LOVA 4YTPA 1JLWA 4G19A 4IS0A 3VPQA 1GTIA 4XRDA 3CRTA 1OJAA 1FAAA 2LJAA 5GAND 3TJJA 5IQ4A 3G7IA 2BK3A 4P3YB 4OPDA 5KXJA 2IL3A 1MDJA 3M0OA 2BABA 3LG6A 1REOA 2E7PA 2B7KA 4ZBBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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