4YKGA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nad+ from escherichia coli
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
521
structure length
520
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli k12
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus 158
structure length 520
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykgA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykgA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykgA03
1EBDA 1CJCA 2BK3A 3ISHA 4A6NB 3AE5A 2WU2A 4DSGA 4H7UA 4FX9A 3EF6A 4TM1A 4GDEA 4ADWA 1Y0PA 1BZLA 2WPFA 3O0HA 2GVCA 2PYXA 4RG3A 3AEAA 2C76A 3K7QX 4K5RA 1GSNA 1Y56A 4EQSA 3EANA 1N4VA 4C3YA 3AEBA 3VRBA 2YG5A 1NDAA 5GRTA 2GB0A 3UP5A 4MJWA 3UOVA 3ABVA 1JNRA 3AEGA 1JRXA 2C3CA 3SQPA 1E1KA 4NTCA 1S3BA 2V6OA 2X8HA 2DKHA 1BGJA 1ZYPA 3AE8A 3LOVA 4UDRA 4U8OA 3DJGX 3H8IA 1CC6A 1FEAA 1MXTA 5M0ZA 2ZZBA 3UKLA 1S2YA 3NH3X 2Y6RA 4EQXA 3NN0X 2WOWA 1IUXA 2GH5A 1DODA 1PXAA 1ZYNA 2XLSA 4K5SA 3GWDA 5KVIA 1NHQA 3DJEA 4YSYA 2ZZCA 4Y4MA 2BCPA 3I6DA 3KPFA 1JU2A 2R46A 4J33A 1BF3A 3P4QA 3ALMA 3UTGA 4A99A 2XCGA 2Q0KA 1PN0A 2E4GA 1K4QA 1KSUA 4D04A 2QCUA 2GR1A 2YLSA 2X3NA 3ICSA 2BK4A 3H4KA 1GPEA 2ZZ0A 5ER0A 2R0GA 2YVGA 2GF3A 1E7PA 4EM4A 3IWAA 1LVLA 3M0OA 1S2QA 4NEVA 2Q6UA 1D7LA 3CNSA 3NG7X 1IUVA 3NLCA 2XVEA 4JN9A 2BC1A 3KVEA 3SFEA 1IUSA 3AE6A 3F8RA 1LPFA 4CCRA 4HA6A 1QLBA 2WP5A 5BULA 2GMJA 3CGBA 2B9WA 3SGLA 2ARDA 4EQRA 2QAEA 5BUKA 3K30A 3P4RA 1GRAA 1PJ5A 4X9NA 1GTHA 1ELIA 4USRA 2GR2A 3OC4A 1PBBA 4JNAA 1UKVG 2QA2A 2XVIA 1BGNA 1N4UA 3DH9A 4JY2A 4TM0A 1X31B 1D4DA 2YLWA 2XVHA 2VRLA 4B69A 1COYA 1PBDA 1Q1WA 4YKFA 1TRBA 5HY5A 1H7WA 3CNJA 1N4WA 2CFYA 1LQTA 1RYIA 2ACZA 4U8JA 3RP8A 3CPIG 1CJ3A 2WDQA 3BNMA 3LXDA 1H86A 1GESA 2AQJA 1CJ4A 2R45A 2XFOA 1IJHA 3COXA 3G5SA 4NTEA 4AOXA 4BK3A 3GMBA 4A5LA 3Q9TA 4YTNA 2RGHA 1Y56B 2BS3A 2R0PA 1OJDA 2YM2A 2BK5A 2BS2A 1QJDA 4RSLA 2H88A 3UTHA 3AE7A 3CNPA 4EMJA 2XFPA 3AD9B 2TMDA 1B4VA 1DJQA 5C3JA 1OJAA 4KX6A 4B66A 1D5TA 3AD8B 3DJJA 3M13A 4J34A 4K22A 1GT8A 1FCDA 2CDUA 1PJ6A 2Z5XA 2YR5A 4AP1A 1CC2A 2WDVA 2I0ZA 1GRFA 1LQUA 4GRTA 2BYBA 2NVKX 2BXSA 2GQFA 2WU5A 3LB8A 5KWFA 1NEKA 4J31A 4U8LA 4XWZA 3CNDA 1PS9A 4B64A 2B7RA 4FDCB 2WHDA 2YVJA 5BVAA 3UKFA 1H7XA 2VOUA 1YQZA 3NGCX 4HB9A 3NT6A 5FS7A 2FJAA 2GR3A 2VVMA 2EQ6A 1H84A 3S5WA 3UTEA 5KXJA 3NYFA 1VQWA 1DNCA 3BI2A 2VQBA 3LZWA 3C96A 4AP3A 2XFUA 1PBEA 1GOSA 4YTMA 1QO8A 4YSZA 1E1MA 3LADA 3L8KA 3GDPA 2A87A 5HHFA 4J36A 4A7AA 4JNQA 2HQMA 4IVMB 4C77A 1O94A 4CNJA 2XFQA 2E1MA 3NK1X 4Z43A 2C70A 4EM3A 3DGHA 2WPEA 4EIQA 2Z5YA 3AD7B 4CRTA 2AAQA 1ZP0A 4H2QA 4H4QA 5U25A 1P2HA 2XLUA 2UZZA 4OVIA 2Q0LA 2BC0A 4WX1A 2GEWA 2V60A 3AYLA 4B67A 2WS3A 4BK1A 2X99A 2YVFA 1BKWA 1W4XA 2Y6QA 4J2WA 2GQWA 1D4EA 2FJBA 1FEBA 1NG4A 4BJZA 2FJEA 2YLZA 3IHMA 1H81A 1KNRA 1CBOA 3AEFA 2OLOA 1B8SA 1LTXR 1M6IA 1Z6LA 3UTFA 2VRMA 1VRQB 4NZHA 3AECA 3GMCA 3DK9A 4MNNA 4JQ9A 2JBVA 1GREA 3NK2X 3NRNA 3P4PA 4NEWA 3GDNA 4OPCA 2R0CA 3GWFA 2EQ7A 1ONFA 2C64A 4GR1A 1GETA 4K2XA 3ZDNA 4ECHA 5GSNA 1OJ9A 3UKHA 4WCTA 4LA1A 3UP4A 1GALA 2B9YA 3AE1A 3FMWA 4AOSA 3NTDA 1EL9A 3NNEA 4H4WA 5HXIA 2CVJA 1NHPA 4TM3A 1TDNA 3GRTA 4JDRA 5J60A 2WOIA 4Y4NA 3QVPA 1MO9A 1L0VA 4H2PA 2YLTA 2OALA 1TDKA 3JSKA 3V3NA 1OJTA 2YLXA 4IA5A 1EL8A 1OJCA 2WETA 1ZMCA 1HYUA 3DMEA 5M10A 2EQ8A 3VRAA 1P2EA 1LJ1A 2JB1A 1NHRA 4E0VA 4H4VA 3QVRA 4B63A 4EMWA 2R4JA 1IUUA 3VR9A 5IPYA 2E5VA 1PXCA 2GAHB 4ZCDA 2WPCA 4U8KA 3BI5A 4U8IA 4BJYA 2NPXA 3ZYXA 3PVCA 2JAEA 3BHFA 2XVJA 4FK1C 4GUVA 2VVLG 3AE2A 5EOWA 1TYPA 4CY8A 3UOZA 4AT2A 2YAUA 4OPUA 1AOGA 1ZX9A 1CJ2A 1F3PA 2YR4A 2OLNA 3KKJA 2DKIA 5DBJA 2XLTA 3GD4A 4ZN0A 4YWOA 3E1TA 3KU9A 4OPLA 4USQA 3P4SA 5FS6A 3NTAA 1DJNA 2R9ZA 4DNAA 2YR6A 4H4SA 4H4RA 2OA1A 3GRSA 1XHCA 1DOEA 3B6DA 3DGZA 1PXBA 5JCLA 4H2NA 3ADAB 2A8XA 1BWCA 1DOBA 1NG3A 1K0IA 2XLRA 4H4UA 3ICRA 4C5OA 5JCKA 1KDGA 1REOA 1ZOVA 4BV6A 1PHHA 5U1OA 3KD9A 4Z25A 3Q6JA 3DK8A 4ICYA 2WP9A 4EMIA 2V61A 4A65A 3QSEA 4U8NA 4P9SA 1E1LA 4TLZA 4UDQA 2QA1A 3ALJA 3IC9A 3AE3A 1H83A 1ZK7A 4LIIA 3BNUA 4Z2UA 1JEHA 4BK2A 3BHKA 3FBSA 3L1RA 2RGJA 4N9XA 4NTDA 3QJ4A 5CKUA 3R9UA 4DGKA 1GNDA 3FG2P 4REKA 1XDIA 3AXBA 1D7YA 1E1NA 3AE9A 3D8XA 3PS9A 3GSIA 1GV4A 3ATRA 4EIPA 4A9WA 4AT0A 1ZKQA 2YM1A 4J57A 4XXGA 4BURA 2JB3A 3VQRA 3UKKA 1FECA 2X8GA 4Z24A 4YSXA 3BI4A 3QSSA 3CGEA 3GYJA 3UCLA 1O5WA 2RGOA 4PABA 2BABA 4EQWA 1K0JA 1ZOYA 2YLRA 3DA1A 3M12A 4I59A 3V76A 2WOVA 2WP6A 4K8DA 4OPDA 4GCMA 5EB4A 3P1WA 4OPTA 3DJDA 3NHOX 3UKPA 4U8PA 4APNA 3KLJA 5EBKA 5FMHA 5FS9A 4U2SA 3GD3A 1XPQA 4FK1A 4H4YA 1GRGA 4M52A 1RSGA 2F5ZA 4I58A 3CIRA 4JY3A 3P9UA 2VZ2A 5IQ1A 3OZ2A 3SM8A 3CPJG 1DXLA 1M64A 4C74A 2GAGB 4Z26A 3QSMA 1EL7A 4X4JA 4OPGA 1KSSA 5J7XA 1CF3A 1SEZA 3FPZA 2TPRA 2A89A 3PO7A 2C73A 1JNZA 3WE0A 4B65A 4CY6A 2J3NA 2GR0A 5JCIA 2FBWA 2V3AA 3SFDA 3AEEA 1N1PA 3IHGA 5FS8A 1FL2A 1O95A 3RP7A 1ZY8A 2YG6A 4ZCCA 1PBCA 1B37A 1GTEA 5TR3A 2GV8A 4YSHA 2C72A 2WDRA 4J56A 4LU6A 1B5QA 1GRBA 3LZXA 3REDA 1EL5A 1V59A 1CHUA 4H4TA 2ZBWA 3QFBA 5CQFA 3RHAA 3F8DA 1GRTA 3S61A 1H6VA 1JOAA 3UKAA 1PDHA 2YWLA 2V5ZA 1GXFA 2APGA 3DK4A 1VDCA 2B76A 1JRZA 2XLPA 1KNPA 2YQUA 4C3XA 1YY5A 4H50A 1K0LA 1KF6A 5EB5A 3V3OA 5JCNA 1GERA 2WBAA 1PJ7A 3RP6A 4CCQA 5KOXA 3ATQA 1VG9A 1TDOA 2C66A 5U63A 1ZDLA 3CTYA 1NPXA 4Y4LA 1PBFA 4H4XA 4A6NA 4IV9A 1E39A 3AYJA 2C7GA 3B3RA 5BRTA 1CL0A 3G5QA 4H4ZA 1JRYA 1TDFA 4Z2TA 2JB2A 2R4EA 4YT0A 2H89A 3QFAA 4H4PA 4YTPA 2PHHA 2YG3A 4UDPA 2B7SA 2GRTA 3AYIA 3CN8A 1ZMDA 4OPIA 4YKGA 3VR8A 5LV9A 2CULA 2RABA 4U2TA 3AEDA 3I3LA 5JCMA 2X8CA 1LV0A 4PAAA 2YG4A 4TLXA 3LJPA 4GF7A 3AWIA 4DSHA 4B1BA 3CPHG 3K7MX 3ALLA 1E6EA 3C4NA 1L9EA 1S3EA 1TYTA 3F8PA 3ICTA 3UOYA 3H8LA 2EQ9A 2JK6A 3EPTA 4GDPA 4Z44A 4CBQA 3EAOA 1NAAA 2BACA 3RNMA 1FOHA 3D1CA 1F8WA 5IQ4A 1F8SA 1MOKA 1DOCA 1CC4A 2Q7VA 1F8RA 2YG7A 1VG0A 3C4AA 3NN6X 5HYMA 1IUTA 4O5QA 3CGDA 2O9ZA 2WEUA 4K7ZA 4YXDA 3T37A 2WQYA 4TM4A 3URHA 2IVDA 1L9CA 3CGCA 3FIMB 2X50A 1NHSA 1H82A 2AR8A 2GMHA 2XDOA 4D03A 3NK0X 1YKJA 4H2RA 3UOXA 4Z2RA 5KOWA 5KRQA 3AB1A 2W0HA 4U2LA 3UKQA 4OCGA 2IVEA 2BS4A 4B68A 5C2TA 2IIDA 1GEUA 3HZLA 1RP0A 4U8MA 4UP3A 2XYOA 3NKSA 4KPRA 4A79A 2C65A 5KVHA 2BXRA 1Q1RA 1YQ4A 3NYEA 1TDEA 3AE4A 2XVFA 3G5RA 4X9MA 1GRHA 3NIXA 2JKCA 3IF9A 3ITJA 4O5UA 2V3BA 1D4CA 3K7TA 3GYIA 1KFYA 2BCGG 2XFNA 1Q9IA 2C67A 2WESA 1L9DA 2VVLA 3II4A 4XWRA 3VRDB 1F6MA 2OAMA 4CNKA 4IA6A 2B9XA 1YQ3A 4RG4A 5L46A 3KA7A 1XANA 2BA9A 1IUWA 2FJDA 3NYCA 1NENA 4IVOB 2VQ7A 2C75A 3CNTA 2C3DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CJCA 1S3RA 4TM1A 4OCFA 3HY2A 4BIKA 2RM5A 1BZLA 2GVCA 4MJEA 4I97A 2VIMA 4IBPA 3EANA 3L0HA 5ECIB 20GSA 3ABVA 1JRXA 2VOCA 4K1FA 2L6DA 2V6OA 1SJ6A 2X8HA 1DUGA 2DKHA 3G7IA 5CRDA 3AE8A 4UDRA 3KIJA 5HFGA 2C4CA 4EE0A 2ZZBA 1EP8A 2D2ZA 3VWXA 4G0IA 1PXAA 2XLSA 2F3MA 2YZHA 3GWDA 5KVIA 2N5BA 3T14A 2C4JA 1AQXA 1PX7A 3A2VA 4Y4MA 4O5RA 3GFKA 2R46A 1O85A 1FG4A 2Q0KA 2E4GA 5J5NA 1OKTA 1GPEA 3D6IA 3J7Yk 2GF3A 1GL8A 3GH6A 2HFDA 1JZOA 3F8RA 3ME8A 5B6NA 4IELA 4EQRA 1K0MA 4EKZA 4PNFA 1VF2A 5A4WA 3LORA 2PWJA 4G19A 1ELIA 3OC4A 1PBBA 2CZ2A 1UKVG 1BGNA 1N4UA 3DH9A 5B8AA 1WE0A 3QAWA 1X31B 2XVHA 2HRKA 1AIUA 1Q1WA 3A3TA 2PVOC 2H1DA 1PX6A 2J23A 1I5GA 4PX1A 4XS4A 4YAVA 1BX9A 5EPFA 1LQTA 1RYIA 2HSMA 2K8VA 1TP9A 3CPIG 3BNMA 3LXTA 1HNCA 1HNAA 5ELAA 2R45A 4BK3A 3WGDA 3E3EA 4AOXA 3Q9TA 3ERGA 1TTZA 4YAPA 3M0FA 2R0PA 3SBCA 1Y56B 2MMZA 3HYXA 3LJRA 1QJDA 2NDOA 3BBYA 3A5IA 4OFTA 4EMJA 2XFPA 1PKWA 2FGXA 3M13A 4KAEA 1FCDA 2VL3A 5ECQB 2GZZA 4MZBA 3ZREA 5BMUA 1GSFA 2WDVA 1LQUA 1LBKA 2BYBA 1K0BA 3Q18A 2WU5A 2CX3A 4XWZA 4J31A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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