4YKGA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nad+ from escherichia coli
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
521
structure length
520
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k12
total genus 158
structure length 520
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykgA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykgA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykgA03
4GDPA 4TM1A 2YVGA 1JU2A 2OALA 3M13A 4LIIA 1GOSA 1H7XA 1XPQA 4JNAA 4IV9A 2IVDA 1EL8A 3AB1A 3UTEA 4YSHA 1DOCA 3DJEA 1PXAA 4Z24A 2XFNA 3DK8A 1VG9A 2IIDA 3AEFA 4REKA 4UDPA 4X9NA 1COYA 4Z25A 2X3NA 4OPIA 4EQSA 2JAEA 4YWOA 2WOIA 4K2XA 2QAEA 3AE2A 3NHOX 3B3RA 1PJ5A 2RGJA 3I3LA 4NEWA 1K4QA 4ICYA 1H7WA 2Q0KA 3AE5A 4X4JA 2OLOA 3VQRA 1RSGA 4A9WA 2BS3A 1S2YA 2BS2A 4BJZA 3AEDA 3CNDA 1FOHA 2BXSA 4OPUA 3VR8A 3WE0A 3DGZA 3DK9A 3CNSA 2CFYA 5C3JA 4U2LA 1ZMDA 1N4UA 3II4A 3UOXA 5JCLA 1IJHA 4TM3A 1KDGA 4AOXA 4BV6A 4CNKA 2E5VA 3FBSA 3QSMA 4YKFA 1DNCA 4AT2A 4ECHA 1O94A 1GSNA 2UZZA 2Q0LA 3C4AA 1CC2A 3CIRA 3NGCX 2V6OA 4U8LA 3ICSA 1D4EA 2WDVA 1JNRA 2FJDA 1UKVG 2YM2A 4YXDA 3CGDA 4JDRA 1N4VA 2XCGA 2V3AA 3NH3X 2OA1A 4CNJA 2B9YA 3P9UA 2ACZA 1NHRA 2XDOA 4H4UA 4D03A 1CC6A 4EMWA 2XVEA 1GRHA 1LPFA 1PN0A 4UDRA 1H81A 1P2EA 1B8SA 3FPZA 4CY8A 3GMCA 4I58A 3P4RA 5C2TA 1QLBA 3BI4A 1CF3A 3NYEA 3BI2A 4J33A 4YSZA 4K5RA 1Q1WA 2BK3A 3DK4A 5GSNA 3GSIA 2R45A 2ARDA 3P4SA 2R46A 2VVMA 3SFDA 4EQRA 1NDAA 4Z2UA 1GT8A 1IUSA 1JRYA 2GMHA 1CJ3A 2YLWA 2APGA 4O5QA 1GESA 2JBVA 5FS8A 5KVIA 5JCKA 3BI5A 3CNTA 3ITJA 4JQ9A 1ZYNA 3ATRA 1H6VA 2YR5A 1D5TA 4NTCA 4DNAA 4YTPA 1H82A 2V60A 2WU2A 4H2QA 1FECA 2YLRA 3BHFA 4APNA 3NN6X 1ELIA 5FMHA 5DBJA 4A7AA 4OPTA 2VQ7A 5U1OA 3R9UA 3M0OA 2DKHA 3AWIA 3V3OA 2YG3A 4YSYA 2WOVA 2GAGB 2NPXA 1VG0A 5HHFA 2YG6A 4NZHA 1PJ7A 3P1WA 3QVPA 3VRAA 4JN9A 2W0HA 2B9XA 2A87A 5FS6A 4B66A 1BGJA 1BWCA 1LVLA 2PHHA 2RABA 5IQ1A 1BF3A 2C65A 2YWLA 5JCMA 2BS4A 2BYBA 4TM0A 4WCTA 3CGCA 5U25A 3UOYA 1GTHA 1TDFA 4Z2TA 1GRTA 2R4JA 2Y6QA 5BVAA 2Y6RA 1MOKA 1EBDA 3NK1X 5ER0A 1ZDLA 3KPFA 2BABA 2XLPA 1PBCA 2WS3A 3VR9A 2RGOA 4H4ZA 2H88A 4H4SA 4U8NA 1EL5A 1RYIA 2R0PA 4Y4NA 2PYXA 3AECA 2ZBWA 2R9ZA 3GDNA 2YG7A 4A99A 3NKSA 4ADWA 2JB2A 3NTDA 4U8MA 2QA2A 1KFYA 3UP5A 1PBFA 3AE8A 3ICTA 3ICRA 3GWDA 1D7LA 2VRMA 2TPRA 3URHA 5KVHA 4GDEA 1Y56B 2R4EA 1LJ1A 2BCGG 2Q6UA 1CBOA 1ZX9A 2TMDA 5CQFA 5KRQA 4H4WA 3Q9TA 4P9SA 3S61A 1KF6A 1D4DA 1VQWA 2R0CA 5J60A 4FX9A 4J36A 3GYIA 3SM8A 3AE3A 3D1CA 1YQ3A 3KKJA 1DJNA 3KVEA 2WETA 3DJGX 3NRNA 3BNMA 4DGKA 1W4XA 3QVRA 3BHKA 4BURA 1IUVA 2YVJA 4JNQA 4CBQA 4U8IA 1P2HA 4J2WA 3D8XA 4CY6A 3GD4A 2YLXA 3I6DA 2B9WA 4IA5A 4EMJA 1F8RA 4U8OA 2WPCA 4A6NA 4BK2A 2GR2A 2YQUA 5HY5A 3UKFA 4GF7A 1GRAA 3H8LA 3ISHA 2AQJA 1MO9A 3GDPA 2WP5A 3DGHA 2C3DA 1TDEA 1GNDA 5EB5A 4CCRA 3NYFA 2YR6A 1PBEA 2FJEA 2XVFA 3AE9A 2CVJA 3NT6A 3S5WA 5KXJA 4H2RA 3ATQA 3B6DA 2CDUA 2XYOA 4OPCA 3UKQA 4AP3A 3O0HA 4TM4A 3RNMA 3UCLA 4USQA 3E1TA 1KSSA 3UKAA 3AYLA 4YKGA 1V59A 5FS9A 4Y4MA 1S3BA 2IVEA 4EM4A 5JCNA 1CL0A 2GV8A 1GRFA 3AEAA 4FK1C 4WX1A 1IUXA 2XLUA 2C3CA 4H50A 1KSUA 3AEEA 3QSSA 1N4WA 2HQMA 4AP1A 3DA1A 2JK6A 2YG4A 1VRQB 3SQPA 4C74A 2B7SA 1JNZA 1K0IA 1H83A 2B76A 4TLXA 4IVOB 3NG7X 4USRA 2YM1A 4NTEA 3UP4A 2Z5YA 2X8HA 3QFAA 1NEKA 2VVLA 3NN0X 1CHUA 4H4TA 4E0VA 2VRLA 3GWFA 3F8DA 1K0JA 3FMWA 3NIXA 1CJ2A 3GYJA 2WP6A 1GV4A 3GRSA 4C3XA 4O5UA 1Z6LA 2X8GA 4RSLA 1M6IA 1NPXA 3EPTA 4GUVA 1TDOA 3AYIA 5JCIA 1IUTA 1E1NA 3LB8A 1OJTA 1N1PA 3LZXA 3DMEA 2BK5A 4EQWA 3GRTA 5M0ZA 1GALA 1M64A 1E1KA 3PO7A 1GEUA 2GF3A 2OAMA 2YLZA 1GERA 4ZCCA 2XVJA 4ZCDA 2GB0A 3UKPA 3LADA 1DJQA 3KLJA 1FEBA 3G5SA 2ZZCA 3PS9A 1F3PA 2V61A 2XLTA 2JB1A 3NTAA 1L9CA 3AEBA 2OLNA 3Q6JA 3LJPA 3GMBA 3LOVA 4U8KA 2B7RA 1LTXR 2E4GA 2AAQA 3JSKA 4J31A 1D7YA 1PHHA 4OPDA 1ZP0A 2Z5XA 3K7MX 3UOVA 4Z2RA 4HA6A 4I59A 3DJDA 3CPHG 2QCUA 4XXGA 4EQXA 1Q1RA 2V3BA 4GRTA 2FBWA 4ZN0A 4CCQA 3H8IA 2QA1A 3CGBA 5BUKA 1CJ4A 2YLTA 3NNEA 3C96A 2R0GA 1NHSA 4PABA 2BC1A 1BGNA 1NG4A 2WDRA 3ALJA 1BKWA 1QO8A 3IWAA 1XDIA 1B37A 1K0LA 1L0VA 1S3EA 1QJDA 2GAHB 2GR3A 2C73A 4B63A 3CN8A 4H2PA 3QSEA 3CGEA 3V76A 3BNUA 5HYMA 5M10A 1XHCA 1DODA 1OJDA 2XLRA 2X8CA 2YLSA 4AOSA 3RP6A 4B69A 5KWFA 4XWZA 3IC9A 5LV9A 3NYCA 2GMJA 3VRDB 3HZLA 1ZYPA 1FL2A 1PBDA 4C3YA 3COXA 4U2SA 3H4KA 5TR3A 4C77A 4J56A 2ZZ0A 3UKKA 1PXCA 4DSGA 5J7XA 4H4QA 3F8PA 3OC4A 3AD9B 2C66A 1MXTA 3CNPA 3AD8B 2J3NA 3P4PA 1AOGA 3QFBA 4JY3A 4D04A 5IQ4A 3CPJG 1REOA 1ONFA 4KPRA 3LZWA 4U2TA 4EIPA 4OCGA 3VRBA 2XFUA 3ABVA 1NHPA 4JY2A 2GR0A 4AT0A 2Q7VA 1LV0A 5IPYA 4H4PA 3AXBA 3NK2X 1GPEA 2GQWA 1E39A 2WESA 4OPGA 3REDA 2A89A 2BXRA 4H4RA 1YKJA 4H4XA 5EB4A 2DKIA 3EAOA 5BRTA 4YT0A 4YTMA 2GVCA 3AD7B 4H4YA 4U8JA 1EL9A 1PS9A 1YY5A 5L46A 5CKUA 1O95A 4H7UA 4PAAA 1GETA 4N9XA 2WOWA 1OJCA 4GR1A 3KD9A 4BK1A 1GREA 4CRTA 1IUUA 2GR1A 1PBBA 1JOAA 2C75A 1FEAA 4U8PA 2C7GA 1DXLA 1BZLA 1E1LA 2F5ZA 3AEGA 2C64A 3ADAB 4C5OA 1F8SA 4LA1A 2XVIA 1OJ9A 2JKCA 2V5ZA 3SGLA 1Y0PA 1YQZA 1GRBA 4M52A 1GXFA 1KNRA 4MJWA 1DOEA 3QJ4A 5GRTA 2GEWA 2X50A 4EM3A 3EANA 2BACA 1ZOYA 4XWRA 2VQBA 2WU5A 2C72A 2XVHA 4KX6A 3RP7A 2XFPA 3NK0X 4RG3A 3OZ2A 2YR4A 4NTDA 3LXDA 4Z44A 3ZYXA 4Z26A 1PJ6A 4K7ZA 1TYTA 3UOZA 2BCPA 3CTYA 2WPFA 1KNPA 2XFOA 4EIQA 1ZOVA 1S2QA 3UTHA 2EQ7A 3K7QX 1NG3A 1RP0A 4A79A 5HXIA 1TDNA 4YSXA 4EMIA 1NAAA 1CC4A 1X31B 2WPEA 3DJJA 1L9DA 3L1RA 2GH5A 1TRBA 4OPLA 4RG4A 5KOWA 2WHDA 1Y56A 1E7PA 1LQUA 1ZK7A 2ZZBA 1DOBA 2WP9A 2X99A 2XLSA 1ZY8A 3C4NA 2C70A 2WBAA 1NENA 4GCMA 2XFQA 1B4VA 4DSHA 4X9MA 4YTNA 2VOUA 3EF6A 1JEHA 3CPIG 3UKLA 3IHMA 4A6NB 2FJBA 3AE1A 1F6MA 4K22A 4Z43A 4IA6A 2A8XA 2BK4A 4J34A 3P4QA 3UTFA 3AYJA 1E6EA 1PDHA 2JB3A 1XANA 2EQ6A 1JRZA 3RHAA 1ZMCA 2I0ZA 4K5SA 1JRXA 5U63A 4FK1A 3V3NA 3ALLA 1H86A 2YAUA 3AE7A 2GQFA 3SFEA 3NLCA 3PVCA 5EOWA 3G5QA 1H84A 4B64A 1L9EA 2RGHA 4UP3A 2FJAA 1PXBA 3AE4A 3UKHA 1OJAA 3G5RA 4A5LA 4UDQA 4B68A 3T37A 3F8RA 4TLZA 4J57A 1TYPA 3CNJA 2VVLG 3FG2P 4NEVA 2AR8A 2VZ2A 1ZKQA 1VDCA 3L8KA 5FS7A 1Q9IA 2YVFA 1SEZA 1NHQA 2BC0A 2WEUA 2H89A 3IHGA 3KU9A 3KA7A 1IUWA 1O5WA 2CULA 4BJYA 3AE6A 4BK3A 2YG5A 4IVMB 1FCDA 4A65A 2EQ9A 5KOXA 2BA9A 1GRGA 2C67A 3ZDNA 3RP8A 2WQYA 4MNNA 4LU6A 1F8WA 1B5QA 3GD3A 4OVIA 5EBKA 3M12A 2EQ8A 3ALMA 3DH9A 2WDQA 1E1MA 2E1MA 3FIMB 4K8DA 2O9ZA 1GTEA 2C76A 1EL7A 4B67A 1TDKA 1HYUA 4B1BA 1D4CA 4FDCB 3IF9A 3UTGA 3K7TA 4H4VA 1LQTA 2GRTA 2NVKX 4HB9A 1YQ4A 4H2NA 3K30A 4Y4LA 4B65A 5BULA 1CJCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G0FA 4IS0A 2OALA 3TKQA 3GSTA 14GSA 2ON5A 4JZQA 4YSHA 3P90A 3DEXA 3DK8A 2C0GA 3F4TA 3TRPA 4UDPA 4O7HA 1YEPA 3GRXA 1UN2A 2YV7A 4GXZA 1IYHA 4OPIA 4MZBA 11GSA 4YWOA 4NXIA 3LEFA 3T2YA 3VPQA 1M7TA 3LYKA 2OBKA 2XPEA 2RGJA 1K4QA 3AE5A 3RHCA 3VQRA 4A9WA 2DJJA 6GSXA 3FHKA 1FOHA 3DK9A 1KTEA 4U2LA 3QDNA 3II4A 4TM3A 1Z7RA 3TJBA 4I6XA 3T0KA 5EVOA 4CNKA 2PUKC 3QSMA 4II3A 4TR1A 2YWMA 1DNCA 6GSTA 2Q0LA 3CIRA 3IRAA 4IJIA 4U8LA 4F0CA 1SENA 2X64A 4EC0A 1D4EA 1DBYA 2WDVA 2YM2A 1YY7A 3CGDA 4HUAA 3ME8A 3ZFLA 4GQFA 1HQOA 1E6BA 4EKZA 3KP9A 3FRCA 3PR8A 2XDOA 2E7PA 3K8NA 4EMWA 3GL3A 2IL3A 4V1Ap 2DSAA 2LEGA 3C1RA 2Z9SA 4J33A 4YSZA 1U88A 5GSNA 2BK3A 4YQMA 3EVIA 2ARDA 5JCUA 1T7PB 3P4SA 2VVMA 3GX0A 4PNGA 3CMMA 3ZVJD 1T4YA 3MSZA 2JBVA 4WR5A 3CNTA 3FYGA 2G2QA 1XXUA 1D5TA 1A23A 2WU2A 1FECA 2YLRA 1GTIA 1WE0A 4KCEA 1TU8A 3UJ1A 1ELIA 5FMHA 4A7AA 1BYEA 3DRNA 2MBSA 5HQPA 2DKHA 1YZXA 4FYCA 2WGRA 2WOVA 3VRAA 3I9V2 5HHFA 1PJ7A 2W0HA 1LVLA 1A0RP 2YWLA 1G6WA 5JCMA 3EYTA 4XHMA 4MPGA 4WCTA 5U25A 3UOYA 5ELGA 3NK1X 3A5WA 5HR1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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