4YKKA

Mnemiopsis leidyi ml032222a iglur lbd d-serine complex
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
NLIGRHLRLGSVEEQPFMFFATEGCEGNDCWSGMVNDMVVKLSEDLGFTYEYIQPDDRKFGALNKTTNEWNGMIRDLLDDKTDMIAIDLSTNSARKSAIDYSFPFMDAGIKAVVKGEGTTLNQVLELLDQDKYKWGVIGSRHPETLLKTHRDSRYSRLVDEGVELKDLNHAIETLRGGLFVFIDEGPVLAHNLISDCDVFSVGEEFQSFEYAFGLPKDSPYKSLIDSHLLKFREEGFIDILWEKWSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
source organism Mnemiopsis leidyi
publication title Glycine activated ion channel subunits encoded by ctenophore glutamate receptor genes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ML032222a iGluR
total genus 78
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ykkA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ykkA02
3IO4A 1B6HA 5LOMA 2H98A 4N13A 4HTGA 1B32A 1YTVA 4PFUA 4KPTA 1AOVA 1MY1A 2REJA 3TODA 4R75A 1Y4TA 5I56A 4IY5A 2PYYA 3Q25A 1QKBA 4ISUA 3O6GA 1SW4A 3DP8A 1N76A 1NH8A 4P0IA 1MDQA 5AA2A 3UIFA 1I6QA 3H6TA 1A40A 2O68A 4IO4A 3FD3A 3ZSFA 3SKPA 4GLIA 5JEIA 4LZ8A 4ELPA 1B52A 1CB6A 2R9JA 4L17A 2R6GE 3FJMA 3H7MA 1MXVA 3QXMA 4LVQA 3HN0A 4F18A 3OEMA 4DCXA 1B51A 3HO7A 2FNCA 3ZKKA 1XS5A 3THIA 4GIZA 3FVNA 1PBQA 1LAGE 5I84A 5FHOA 4G4PA 1Z7NE 1MXYA 4YB6A 4X9TA 4ESXA 4N07A 1EZ9A 4FATA 4YU0A 3PMXA 1LB8A 3R6UA 4GWOA 2ZYOA 4YKJA 2VD3A 1GVCA 2V3TA 1JEUA 4QSDA 3SETA 2QS2A 4QFPA 1IXIA 1FQCA 2NVUB 1A8EA 2DQVA 2HAUA 4U4XA 4EDPA 2X26A 4QSCA 2VGQA 3RT8A 1B46A 4XKRA 4FAJA 1M5EA 3IAZA 1USYE 1MH4A 1MM6A 4K3FA 1Q1KA 1B5JA 3B6TA 3R7XA 4YAHX 3SEXA 3BFTA 3TUSA 3M8UA 2B3BA 4F1VA 4G8MA 2CMOA 2QS1A 2RF1A 3ONMA 1OMPA 3SEVA 1MY2A 3W15C 1LGBC 4G8NA 2Y7RA 5H8QB 3OSRA 5FTHA 3KN7A 4MLQA 4F2OA 4KYEA 3RNNA 1SYHA 2E0SA 5H8HB 4ECFA 1LLSA 3MVXA 2RCAA 1MXXA 1ZLQA 2XX8A 1FTJA 2RINA 2VOZA 1VFEA 5IAIA 2VD2A 2G93A 1N7WA 3HPIA 3TFLA 1XOCA 4DE8A 4DIGA 1RYXA 3FJGA 3C4MA 3PPOA 2Y7WA 5DVFA 3LBSA 3TAJA 3A3CA 3C35A 2I49A 1R9LA 1WVJA 1OVBA 4ESWA 1QUJA 4YKPA 4R74A 1PC3A 1JQFA 5FTIA 3RN8A 2XXWA 2XHDA 2UYEA 3PU5A 4BDNA 1IEJA 4ZE9A 3VFJA 4QFKA 3K6VA 1B3GA 3K0VA 4ZEFA 4JWYA 3V83A 5I58A 2P2AA 2P1SA 3RUMA 4XIGQ 1MQIA 1TFDA 2NOOA 3CFLA 2RC7A 2OJTA 3PUZE 4NF8B 1DSNA 1RYOA 2QMWA 4LQ2A 5CRYA 1M5BA 1F9BA 1QVSA 2QMXA 1Y4CA 1OLCA 1B5IA 3Q28A 4PQJA 1LSTA 4ZEBA 2I58A 4AB5A 3I6VA 3K1NA 3TPAA 2PBWA 3IOUA 4XKPA 3G7WA 4R2BA 1ZTYA 2E1SA 1UIVA 1Z7ME 2HZKA 4NWDA 3CI8A 4JB7A 4O3CA 2PT2A 4BDQA 1N84A 1FTMA 1S9TA 3N6UA 3HSTA 2V3QA 4ONYA 3RTFB 3L6HA 1LFIA 4HW8A 3Q27A 5H8SA 3UK4A 3L6GA 1D9VA 1YPNA 3Q29A 1PDAA 4H8IA 2XX9A 2V3UA 3S4UA 1NNKA 1B0LA 3LSXA 5AA3A 3H6VA 5ITPA 1KWHA 1LB9A 1LCTA 2AL5A 1URDA 3HCQA 3OO9A 4MLVA 3LSWA 4QF9A 3IOWA 3OEKA 3IOTA 3Q26A 2ONKE 4MBPA 3IOVA 4F2QA 4E0WA 3OOAA 4F3BA 5AA4A 3E13X 4AB6A 3UA8A 3LSFB 1NKXA 1D3KA 3A3UA 4KCCA 4TQUQ 3IJOB 1MXWA 3HHGA 2V25A 4ELRA 2Z23A 3CVGA 3O2AA 1IXGA 1CE2A 4JXIA 3KSXA 3C9HA 2O6AA 3MBPA 2D5WA 2ZMBA 3T9VA 4ZZEA 1A8FA 1MM7A 2A5TA 5KCJA 2XXRA 5CM6A 4RJZA 1IQ7A 1Y3NA 4R9FA 3JV9A 3PUWE 3G3JA 1P1QA 2UVJA 1UTBB 4EF2A 5HM4B 2XD2A 3QSLA 3MQ9A 3RTWB 4QFNA 3S2VA 4Z0IA 1ATGA 3HV1A 4F19A 4F22A 4JDFA 1JW1A 3E3KA 1LCFA 1M5DA 3R26A 3GLBA 2V93A 1US4A 1TXFA 3FXQA 2GFEA 1NFTA 2DSFA 3K02A 1XVYA 4HCYA 3N5LA 4NWCA 2Y84A 4PP0A 3PUVE 4I8CA 2DE3A 4PETA 4X1DA 3MJNA 1O64A 1URGA 3TQWA 4R72A 2Q9TA 1SD3A 1IXHA 1R9QA 2ONSA 1I6AA 2D3IA 2NXOA 3UP9A 3I3VA 4ZEIA 3B6QA 1I69A 2DXYA 3CSGA 3D4GA 1URSA 3V5AA 3MWBA 2ONRA 5BWJA 2VP1A 2XXIA 3IJXB 2Z22A 3OENA 3ILTB 1N0TA 3V89B 1R1NA 2PX1A 1UTBA 3PV0E 3QAXA 3TTLA 4YMAA 1NNFA 1ELJA 3K6UA 4G2ZA 2DXRA 4WEPA 2DP8A 3O9PA 1MDP1 1PBPA 4R6HA 3TTRA 1HSLA 1AH5A 4U4SA 5CC2A 1TT1A 5FHMA 2XX7A 3KBRA 4U21A 3FV1A 1H76A 2HQ0A 4ZECA 1MPBA 2P0SA 3MUQA 3CSBA 3OO7A 4NTLA 4UACA 1VSOA 1Y3PA 3GXAA 1B7UA 3QYTA 2ZYKA 3EF7A 5I57A 3MP6A 3H4ZA 2I0BA 5F1QA 1DPPA 3S9NC 2YPNA 4C1TA 4G68C 3O6HA 5AE4A 4AQ4A 5H8NA 2OWTA 3V8XB 4KCDA 1TWYA 2ABHA 4BDRA 1MY0A 2XXTA 3UORA 3MPKA 3U94A 1JVYA 1UTHB 1AMFA 3TCGA 2ZNTA 4OQOA 2QL3A 1Y20A 2I4CA 5M2VA 1Y1MA 1SDXA 2XXHA 3DP6A 3LUYA 5HBCA 5DYHA 5KZTA 1N7XA 2KLFA 3N6TA 4FEBA 5DT6A 4GXAA 4M1VA 5B7DA 4P11A 4U1OA 4PFWA 2UYFA 3FXRA 3RGYA 3CG3A 3KOSA 1DTGA 3E4RA 3TKDA 4H65A 1B3HA 2IA4A 1TFAA 4MFIA 3MVZA 3CRBA 5K2YA 5I58B 2AYSA 4XKQA 3W9WA 1HSJA 2AIXA 2DE2A 4DCYA 4RXLA 4NEDA 3T9XB 5ICTA 2H25A 3H6UA 5CMKA 1FQFA 2O1MA 3G3KA 4R2FA 1JVXA 4FECA 1B5HA 1ZMGA 1DPEA 4OZ9A 2CZLA 3KEIA 2UVHA 5EYFA 2Q88A 1JW5A 4RPOA 3S9EA 2G29A 2DOJA 1D9YA 4YB5A 1LFHA 2UXAA 1FTOA 1FCKA 3LR1A 4GL0A 1UTHA 1USYH 5CMMA 1GTKA 1ZKBA 2HXWA 4LONB 4IGTA 4KR5A 4YICA 3T66A 1O7TA 1DOTA 4Q5TA 4WXJA 5BUUA 4H1XA 2RC9A 4F3GA 1LAXA 2IEEA 4I1DA 2HAVA 5ELVA 3FJ7A 1YAEA 3MVYA 4GF8A 1R6ZA 2REGA 4KHZE 1QW0A 1JEVA 4F39A 3IX1A 4IO2A 2F35A 1O63A 1SVXB 2V84A 4GD5A 2UVGA 3WAFA 3B7DA 1SW1A 3DLNA 2NWJA 3KJ7A 3TTMA 3EHSA 3TQLA 4OFOA 3EPEA 4ZEKA 1LBCA 1XT8A 3PGFA 3IR1A 3H6WA 4OFLA 3EQ1A 1B4HA 1MQJA 3FVOA 2QS4A 4GQOA 5CBSA 4R9GA 3DP4A 3TCFA 1N04A 3M3FA 3IORA 1H43A 1B3FA 4BDMA 5AA4B 4FEDA 4JWOA 4U1ZA 4QSEA 2ALUA 4FORA 4EQBA 4M4GA 1P1UA 4OERA 4KI0E 4KFQA 2O51A 2NUVA 4Q0CA 3K6WA 2Q2AA 5I2KB 2X7PA 4ND9A 4G68B 3SEYA 4XKNA 1B05A 2DS9A 2A5TB 4IB2A 5J1DA 3IL1B 3OSQA 5KCJB 1T0KA 1FQBA 3W9VA 2LAOA 3GZGA 1GV8A 4DZ1A 1H44A 1MY4A 4X1BA 3WAEA 4BDLA 3N94A 3H03A 3LSLA 4IGRA 4NE4A 5HPQA 1N3XA 1BLFA 5DTBA 1BKAA 2F7AA 1PB7A 4KYSA 1FQAA 2QRYA 2Y7KA 1SQYA 4R6YA 4LZ7A 1ZJLA 1LBBA 3VE1B 4X48A 4JWXA 2DVZA 5A5XB 2ZNUA 4OVJA 3GBAA 4R73A 2DWIA 2A5SA 4POXA 2O69A 5KDTA 3EHUA 3C32A 2OBGA 3IB2A 2QSXA 2W7YA 2Q8JA 2HEUA 3FUZA 3U93A 5I2KA 2YLNA 3PPQA 5H8FA 4G68A 1OQHA 4KQPA 3TZAA 3O97A 1XHYA 3K1MA 2M8CA 5DVIA 3MW0A 1P1NA 3UN6A 4IO3A 5K2XA 3M3LA 3G3IA 4EF1A 1BTJA 1WODA 1UIUA 4HCWA 2O1LA 2O7IA 5I2NB 2Y7IA 3K1PA 1JNFA 4C0RA 1IITA 4PFTA 4THIA 2QJEA 3QIMA 2DWJA 3VXBA 4EQ9A 3MZ1A 1B1HA 1ZBMA 3TCHA 1B1XA 3SERA 2QPQA 2OWSA 1B3EA 1NMUA 4OXVA 1GGGA 4RK2A 3MZ9A 1L5TA 4GRKA 5I57B 5L9SA 2ZYMA 2F97A 3SDFA 3O28A 4H67A 3PPRA 3USDA 2THIA 4JBZA 5A5XA 2DE4A 2Y7PA 2I48A 3O66A 1VE4A 2OK2A 4ZS9A 2XXPA 3FATA 3TTNA 1B0HA 4H8JA 4NF4B 5H8NB 1EZPA 2F36A 2O84X 4U2RA 4GL8A 4LUBA 2I4BA 2O7UA 4P0GA 4DXCA 3ZS6A 3OO8A 1B4ZA 3HHFA 1QUKA 4RY1A 5EHSA 4C1UA 1AIVA 4ELQA 4N6PA 4RPNA 2F7CA 3TEPA 1M5FA 1NH7A 3KSJA 2RKMA 5FHNA 1MPDA 4BDOA 1XVXA 1OVTA 3K00A 4YMBA 5I2NA 2XXXA 1A54A 2R71A 5L9MA 3PD8A 1MY3A 3BBRA 5CBRA 3JZJA 5JTYA 4F3SA 5DEXA 3VXCA 3OXNA 4F29A 4OETA 2ZNSA 4QHQA 4OENA 3CFXA 5L8DA 3O6IA 5TP9B 2RCBA 4QRZA 3TELA 4F31B 4U22A 3H3GA 4O3AA 3OELA 5TU0A 4PE5B 3C33A 3CR9A 4Q8RA 4H0WA 1QKAA 3ODBA 3K01A 4XTCQ 4NF5A 4EQ7A 3E9XA 3C34A 5B70A 1QJMA 3K4UA 2ESNA 1B9JA 3VVDA 1MH3A 4BLAA 3FIRA 2DYXA 4NF4A 1Y1ZA 1JW4A 3B6WA 5I59A 3EN3A 4OEVA 2FA7A 4UA8A 4OHNA 5TPAB 1JETA 1P1OA 1VFDA 3OO6A 1EZOA 2OCUA 5CMCA 4H5FA 3VLWA 2F6PA 1A7LA 3IO6A 3KN3A 4JSOA 2I3WA 3QUJA 3CG1A 1P99A 1B40A 4FJPA 2F34A 1MPCA 3T93B 4OMBA 4OTEA 1H45A 3MZBA 1B2HA 1POTA 4LZ5A 1B7HA 1AL3A 3QUFA 2F5XA 4NF6B 2FYIA 4MH5A 3U1OA 5TP9A 4TLMB 4YKKA 1OLAA 4OYVA 4YZZA 2H5YA 4POWA 3C36A 4PFYA 1MRPA 4RYAA 3FVGA 3N26A 2ZXTA 4RA1A 4YB7A 3T96B 3SESA 1Y9UA 3S9LC 1FTLA 2GH9A 3IB1A 3RPWA 1SW2A 3F11A 2B3FA 2XXYA 1ANFA 4TOZA 2PT1A 5TPAA 3I5OA 3MC2A 3M3KA 4WKMA 4MF3A 3MP1A 1OIBA 3PUYE 1N3WA 5F7VA 2WKYA 3PMWA 4DXBA 4F1UA 1YCJA 3G3HA 3OMBA 3PD9A 3TMGA 1UQWA 2D21A 3SEUA 4NMYA 4I62A 3U72A 1MG1A 1US5A 1LAFE 4DXUA 2Q2CA 1P1WA 2Z8EA 1VR5A 1IIWA 3S9MC 3FV2A 1SYIA 3FGSA 2PMSA 2HCAA 3RQTA 3CIJA 4DDDA 4NF6A 3K2DA 5AA2D 1IXCA 3PPPA 3KOTA 3QK6A 4I9DA 1Q35A 2X7QA 5ITOA 3IB0A 3IK6B 1PB8A 3JYRA 3GBBA 1A55A 3PUXE 4IO5A 3K6XA 4HS7A 1SBPA 3LC8A 3T9HB 3EHTA 2OLBA 4GVOA 3VDFA 3PPNA 3G3GA 5H8QA 3BFUA 4QFLA 5H8HA 5DVJA 4LQ5A 4XXUA 2I6EA 3TDJA 2I0CA 2H4IA 2HZLA 1OQGA 2QS3A 1XC1A 1FQEA 4IY6A 2RC8A 5KDTB 2VHAA 5CMBA 2XXUA 5AA1A 1B58A 3T22A 4KD5A 2AL4A 3MPLA 2B65A 1LAHE 5H8FB 2Z8FA 3RY3A 3ZKLA 3VVEA 1NNTA 4EXLA 2BJJX 2XXQA 3KFMA 3MVWA 4OESA 3TTKA 4DLDA 1GR2A 1M5CA 5ICQA 5ISUA 4OFJA 4YKIA 2F8DA 4LA9A 4RNSA 3ECRA 2XXVA 1DTZA 3KN8A 4ZE8A 3OD7A 3KGCA 1B7ZA 3FXUA 4O3BA 4G77A 2DVCA 4H6DA 2GRVA 1II5A 1SI0A 1DMBA 3U92A 4IO7A 4F1YA 3P7IA 3VLUA 4NF8A 3MAMA 1MQGA 2DWHA 1FW0A 1PB9A 5L9OA 4ZZAA 3AXFA 5EHMA 1IUDA 1QULA 2F78A 3VVFA 1S7YA 2GHAA 3D4CA 4TLLB 4ELOA 1EU8A 4R6KA 1QUIA 4GOTA 3MP8A 4RK9A 4Z7EA 4QFOA 1NNPA 2ANJA 2DWAA 3KG2A 5CI5A 4GXSB 3O29A 4E0XA 1POY1 2Q89A 5IKBA 4JSDA 4EUOA 2OZZA 2UVIA 1FTKA 2PVUA 1LFGA 3BKIB 2F6GA 1SW5A 1D4NA 4KYDA 1BIYA 1MXZA 2XD3A 1BP5A 3C31A 3VV5A 2Z8DA 3H06B 3PMVA 1ZU0A 1B3LA 3RT6B 3DM0A 2H99A 3KZGA 3FASA 5JTYB 1MXUA 4EXKA 5DEXB 5I56B 1S50A 1EH3A 1MQHA 1MQDA 4ZDMA 1MS7A 1Y3QA 4Q30B 2GHBA 1PEBA 1ZIUA 3FVKA 1RKMA 5AA2B 3CFZA 3RLFE 1HSEA 1WDNA 1H3DA 4LATA 3A09A 3FZVA 3U8QA 1NL5A 3ILUB 4ZEDA 4GFRA 4G8HA 1FQDA 4OEUA 3SEWA 4NF5B 4F3PA 1A99A 1SI1A 2I3VA 3UGWA 3G3FA 4OWDA 5JK4A 4LP2B 4FIMA 2F7BA 4U23A 2YJPA 5I59B 4IO6A 3T9UA 1J1NA 3DELB 3VLVA 4H5GA 2HFBA 1I6BA 4WEDA 3KJTA 2H9BA 1IZ1A 2ZYNA 4FE8A 3TYHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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