4YOAA

Crsystal structure hiv-1 protease mdr769 l33f complexed with darunavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVFEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title The L33F darunavir resistance mutation acts as a molecular anchor reducing the flexibility of the HIV-1 protease 30s and 80s loops.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yoaA00
4J1EA 2IENA 8HVPA 4K4RA 5P5CA 4IVSA 2G1SA 1K6TA 1HVIA 3OQAA 5P32A 4LXAA 2B60A 4GJCA 6UPJA 3OQ7A 1JLDA 3OXWA 4Y3AA 5P8GA 1BVEA 1HTGA 2FLEA 4Y3XA 3PI5A 2QZXA 4HDFA 5P0WA 1EPRE 2B7FA 1MSMA 5EZZA 3O9DA 4AZYA 1SMEA 4KE1A 5P2MA 3VCMA 4DVFA 3GGUA 5OZ4A 2PH6A 4A4QA 1EBWA 2AZCA 3LZVA 3O9LA 2WL0A 1ZP8A 1HSGA 5P3LA 4N00A 1DP5A 3TL9A 3UDPA 4NPTA 4F76A 3HZCA 5P89A 5OZLA 4JOOA 4F75A 1HIHA 1TW7A 2G1YA 3AIDA 3S85A 3RSXA 3WZ7A 2WF1A 5P6OA 1QS8A 3OUDB 3O9CA 2ZDZA 1HSIA 5OZAA 3HD8A 4Y56A 5HDVA 3DCRA 2PYNA 1KJHA 3Q5HA 3O9BA 3TLHA 4F73A 5P3AA 2HS1A 3EKVA 1HEGE 1YTGA 5JODA 3G72A 9HVPA 3UFLA 4NPUA 2QMDA 5P8HA 2ZJKA 1XE5A 1G0VA 5T4SA 4OBZA 3I2LA 1UH7A 5P23A 5P5RA 2WEDA 3C9XA 2Q54A 3OAGA 2BPZA 2QI0A 1EC2A 1MESA 2RKFA 4RYCA 4RVIA 1ODWA 2AVQA 3JVYA 4J0ZA 3EM6A 1BILA 2F81A 2G1NA 4MC2A 5OZ0A 2HB2A 5P3WA 1GNMA 1B11A 2V00A 1EBKC 1EPPE 2Q64A 1MT8A 3PBDA 5OYXA 2G21A 2BPXA 1OD1A 2G24A 4ZSPA 3KN0A 1APWE 1NSOA 5P3XA 3ZKIA 4B70A 4Y5PA 4Y3PA 3DOXA 2ZYEA 4I0DA 5P27A 2OHPA 5P1QA 5P7VA 2QZKA 5P0AA 3EL4A 2G1RA 3KT2A 1RPIA 4J1KA 2IEOA 4HDPA 2QZWA 5P4YA 3WZ8A 3QPJA 5P8BA 5ER1E 4Y4GA 4Y47A 4GJ8A 3FKTA 3OXVA 5P7BA 2PH8A 1F34A 3ZPTA 1MVPA 3RSVA 5P2NA 1UH9A 4YA8A 3UFNA 3IVIA 5OZHA 2OHMA 5KR0A 5DGUA 3RU1A 5OZ8A 2AVVA 1M0BA 1SIVA 2VJ7A 2WEAA 5OZFA 3EM4A 5IVSA 4UPJA 2H6TA 4RCDA 5P6NA 5P1XA 4BELA 5P5QA 4I8WA 4AA9A 4BEKA 2WKZA 5P0GA 2AQUA 5P4CA 4DQEA 3PSUA 3IN4A 3L58A 3LHGA 5HU1A 4Y5EA 1MTBA 4M8XA 1HVLA 5OZ9A 4H3JA 1MERA 2CEMA 4QJ2A 3F9QA 5P1EA 4Y3JA 5P2YA 4RRNA 4GJBA 4L7HA 5P1HA 3S43A 5P1SA 4J17A 2HPEA 3KMXA 3GGVA 4KB9A 5P0PA 3NYGA 3OQFA 5P5AA 3AUPA 4RLDA 5OYYA 2BBBA 4I0ZA 2QI1A 1BAIA 2RENA 4AMTA 2AODA 5P30A 4Y3MA 3LPIA 3KA2A 4U7QA 4LXKA 3I7EA 3OOTA 3SACA 5P6YA 3ZMGA 1HPOA 5P0YA 3O9LB 4FRSA 5P3SA 4PYVA 2CEJA 5P2IA 5P6EA 7HVPA 5P2RA 4JECA 3OXXA 3L5FA 2G22A 3INHA 2XFKA 1AVFA 5P0RA 1SGZA 2P3BA 3I25A 1EPOE 5UPJA 4ZE6A 2FGUA 4FM8A 1D4LA 5OZZA 4Y48A 5COOA 5P63A 2OHLA 5E5JA 4Y53A 5P1WA 5P1PA 4OBZB 3KFRA 5P0FA 2ZHRA 5AHAA 1FEJC 3OAGB 2QI5A 2FIVA 5P1YA 2ZHUA 3BHEA 3R4BA 5P0NA 4KUPA 4OBKA 1GVWA 3WSJA 4MC1A 1APUE 3KFNA 4IVTA 5KAOA 5P4HA 2HM1A 5P6FA 5P79A 1META 3CKPA 5P5EA 3WB5A 1T7IA 3EXOA 2O4PA 1HTEA 2NXDA 4YD4A 4Y4XA 5P35A 3NUOA 5P1TA 1BWBA 3UQPA 5P3PA 4RCFA 5P31A 4B05A 3UQXA 5P4ZA 3EMYA 4D89A 5P66A 4H3IA 2QI6A 3MSKA 3EL0A 4EHCA 4YHQA 4A6BA 5P3CA 5P7PA 4WTUA 4FAFA 3BRAA 3FSMA 5P7HA 2Q5KA 4NJTA 2V12C 3D1ZA 2NMYA 4ZSMA 5OZUA 2V16C 4EJKA 2BB9A 2JJJA 5P3DA 3NU4A 3CIBA 1IIQA 2QAKA 4FCOA 3U71A 4DJWA 2QMGA 1YTIA 3PWWA 3OGPA 1LYBA 4PHVA 5OYRA 3O9IA 5P1DA 3K5CA 3L5DA 1IBQA 1YT9A 5P2EA 3OU4A 5P44A 4FRKA 1E80E 1G6LA 4APRE 4K8SA 5P0OA 5P5IA 1YX9A 1RV7A 1W6IA 4K9HA 2Q55A 5P2LA 5HVPA 5CONA 1Z1RA 1GVUA 1RQ9A 3OK9A 3D1XA 5P7MA 5P5GA 4J1CA 4I0FA 5P7RA 1HXWA 4Y4EA 3VF7A 2V11C 3UTLA 1IVQA 4I0IA 4LC7A 3HAUA 2ER7E 5COPA 4OBFA 4I8ZA 3S43B 3VG1A 2EWYA 2I0DA 1K2BA 2ZHVA 2BQVA 4OC6A 4YBFA 1G35A 3QROA 2BKTA 4K4PA 2FS4A 4PPHA 2APRA 3PWMA 2AVMA 2V0ZC 5P74A 4Y35A 1AM5A 4TRZA 3L38A 4B78A 3OUAA 3ZKQA 1BVGA 4CP7A 2FDPA 1SIPA 5P04A 5P4DA 3SLZA 3PCWA 3NU5A 1C6YA 5P8JA 2J9JA 2JXRA 5AH9A 4NJVA 3O9EA 4Y4AA 2IQGA 3SA8A 3TPLA 1GNNA 4HE9A 4LL3A 5P3EA 1ER8E 4CPUA 3UPJA 1LF2A 2IDWA 1PPKE 4EYRA 1Z8CA 3PVKA 4QLHA 5P4BA 5I3YA 2P3BB 2ER0E 1TSUA 4COEA 1BBSA 2VNNA 4XXSA 2QMPA 5P6IA 3IXKA 2R5QA 3UDRA 4FRIA 2I4VA 4FIVA 5CLMA 5P2FA 4Y4DA 1FF0C 4TRYA 3EL1A 5P65A 3EM3A 5P5SA 3QVIA 3OY4A 2Q11A 1XN3A 1TCWA 4Z50A 3UDYA 5P4UA 2R9BA 1EPQE 2UXZA 5P8SA 1ZJ7A 3UDMA 1WBKA 3PB5A 1YM2A 2WF2A 2P3AA 2IGYA 3NXEA 5P00A 1FMXA 3D3TA 2RMPA 3SAAA 4GJDA 4Y3RA 1M4HA 3PLLA 3U6AA 5IVTA 1YTJA 1NPAA 5P67A 5P43A 1RNEA 1APTE 4XX4A 1MRWA 4I0EA 2A4FA 4J5JA 3DCKA 5P6QA 3LITA 2F80A 3CYWA 1PPLE 4QGIA 5DR7A 5OYUA 2G20A 4B72A 3FNUA 5P6AA 1SGUA 2IGXA 2G69A 2QD7A 3CKRA 5P20A 3UDHA 3OHHA 2H6SA 5P7QA 1HVKA 4Y9WA 5OZEA 2WF4A 3K1WA 5P6RA 4J1HA 5P2DA 2PK5A 5P7UA 2F8GA 2FXDA 3DJKA 1BV9A 3PEPA 2HB4A 5P6MA 2R5PA 2I4XA 4DQBA 1K1UA 5E5KA 1LYBB 5DR1A 3ZL7A 3QBHA 4DV9A 1K2CA 2ZJMA 4DQCA 1GVVA 3OU4B 4B0QA 2QI3A 4DI2A 5HCOA 4OD9A 5P4IA 1YM4A 5DR3A 3HVPA 1ZSRA 5P33A 3IXJA 4J55A 2AOEA 5JG1A 4Q1YA 5HTZA 1SH9A 3TPJA 3RTHA 4H1EA 5OYTA 3KF0A 5HU0A 1QDMA 3TH9A 4CMSA 4I0JA 5P7EA 1B6PA 4JPEA 3HBOA 1A30A 5P84A 5J25A 3SM2A 2RSPA 2QI4A 5P54A 4FLGA 1QBTA 5P8TA 2VJ9A 1IZDA 1EBYA 1ZPAA 5P12A 5DR4A 3LINA 5P38A 4LAPA 5P4GA 5P6SA 5PEPA 4DPFA 4Y50A 1HOSA 2OHQA 2VIYA 5OZ6A 4Y5CA 3U7SA 3BXRA 1E81E 5P1GA 5AH8A 5P1AA 5OZSA 4OC6B 5P6DA 5P14A 5C9BA 2AIDA 2PK6A 2NXMA 1IZIA 5P3IA 3ZPSA 2B7ZA 2HC0A 1AAQA 1HVHA 3CYXA 2R43A 1LYAA 1B6JA 2XFJA 1G2KA 3IXOA 2PQZA 3RTNA 5IVRA 4ZSRA 1W50A 5P8FA 5P8MA 4OBDA 3S56A 5P4NA 1KJGA 5P81A 2J9JB 2BPWA 3S53A 3INFA 2ZGAA 1HXBA 5P4LA 5P29A 2WEZA 2NR6A 1W6HA 2RKGA 1W5VA 5P50A 5P4PA 5P85A 3T3CA 3VLBA 2HS2A 4FSEA 1MUIA 1C6ZA 2PWRA 3VLAA 4AUCA 2SAMA 2FGVA 3BUFA 3DK1A 4K4QA 3CIDA 5P1MA 2G94A 3R0YA 2CENA 2ZJNA 5P02A 2VIJA 4Y57A 3PSGA 1FGCC 4Y6MA 3S7LA 2Q3KA 5P3RA 5B18A 2NTRA 2UPJA 5P1LA 5P3NA 1D4HA 3VF5A 4XKXA 1LYWA 4Y5AA 3IGBA 4CPTA 4L1AA 2VA7A 1HVCA 1ZSFA 4ACXA 5P2JA 5P52A 1DIFA 1T6EX 3TPPA 3VV7A 2VIEA 3RVIA 2P8HA 1GKTA 1LF4A 1WBMA 2R3TA 2OHRA 5P77A 3L5BA 5P22A 2J9KA 3APRE 5P3KA 5P86A 4NJSA 4I0HA 3GI5A 5P5BA 3HVGA 4ZPEA 3OQKA 4Y3FA 5P39A 3SFCA 4S1GA 5P75A 3N4LA 3O9GA 1MTRA 4L7GA 3PGIA 3JW2A 4Y4BA 3LIYA 4A6CA 2NPHA 2HAHA 4NJUA 5P4XA 4Y5LA 1UH8A 5P7KA 4EWOA 3O9AA 3EKTA 1GVTA 5P1UA 2WF0A 3K4VA 4OBJA 5P83A 1APVE 5P69A 2NNKA 3QN8A 4OD9B 1PSNA 1IVPA 5DR0A 5P3BA 5P7YA 1FG6C 2BPVA 4X7IA 4F74A 2G26A 3RTMA 4X2LA 4Z4XA 1SDTA 1FQXA 5P1ZA 4GJ7A 3VUCA 1FG8C 5HE5A 2WECA 1IZEA 1QBRA 5P0EA 1D4JA 5P36A 2OHUA 1EPNE 5DQ2A 5P0CA 5ENKA 1PSAA 5P80A 5P40A 4QJ8A 1BIMA 4Y37A 3R2FA 2OHSA 5DPZA 4EJLA 5P7GA 4KE0A 2I0AA 3I6OA 3Q3TA 5P7SA 5P49A 5P7ZA 5P8VA 3QRVA 1HVSA 5P1OA 3OOZA 1XL5A 3OTSA 5JFUA 1BDLA 5P7DA 2AOHA 5P2GA 2O4SA 5P3VA 3MXEA 3BVBA 7UPJA 4L6BA 1W5XA 4ZPFA 1LYAB 1B6LA 4RCEA 3GGAA 3IVHA 5P6UA 3UCBA 2AOGA 5OZMA 5P8NA 6FIVA 5BWYA 3SA6A 2B8VA 5P7OA 2OAHA 3UF3A 5P4KA 4Y3DA 4Y4ZA 3VYEA 5P8UA 1Z1HA 5P4TA 3KYRA 3NU3A 1XL2A 5P8KA 4D83A 4FM6A 1LS5A 2MIPA 2WF3A 1EBZA 4EQ0A 5P5FA 5P71A 5OZ7A 4CPSA 1HVRA 5HE7A 5HD0A 1HSHA 3SQFA 5IVQA 5P5YA 4D8CA 3EL9A 3SA9A 5EZXA 2F3EA 5P1KA 1NPWA 4CKUA 5P25A 4Q1NA 5OZJA 3SPKA 1BXQA 2OHTA 3ECGA 3ZKNA 1LYWB 2P83A 3PWRA 5P2SA 4H3GA 2O4LA 2VA6A 4L1AB 4EP3A 5OYWA 4QJ9A 5P09A 1UPJA 2XYFA 4QJAA 3GI0A 3NU9A 5P59A 3I8WA 3KDBA 2I4WA 3KM4A 4R8YA 4RZ1A 1HTFA 5P5TA 5P0JA 3KDCA 3K4VC 5ENMA 4BFBA 5HCTA 1D4SA 1ZPKA 3UHLA 1BXOA 2ER9E 5P2HA 5OZBA 1XE6A 5P03A 4DJUA 3MXDA 2AZ8A 5JFPA 3NWXA 1HHPA 3FV3A 4XX3A 2QMFA 5P1BA 1J71A 1IDAA 1FMBA 4I1CA 1FFIC 3ZKGA 1E5OE 4YD6A 2F3FA 1KJ4A 5OZYA 4Y43A 2HIZA 5BRYA 2V13A 5ISKA 5P1FA 2NMZA 5P6JA 5P05A 4D85A 3GI4A 5OZCA 4R93A 2FNTA 5P47A 2F3KA 2AZBA 3VYFA 3D91A 5P88A 2Q63A 4DJYA 1XN2A 5P6WA 4Y3ZA 4Y3YA 3T11A 1T7KA 4Y4JA 2PSGA 3D20A 5SY3A 1OEWA 2IRZA 5P3TA 3BVAA 1FQ5A 3QRSA 1EPME 1SDUA 3DM6A 5P8PA 3PSYA 4DUSA 3BXSA 5P6PA 1EEDP 4ZSQA 5P0MA 1FQ6A 3APPA 5P57A 3ZLQA 3Q6YA 2WHHA 1EC0A 4DQFA 5P2UA 1CZIE 2JYSA 4I10A 4HA5A 5OZ1A 4YCYA 3TPRA 5OYSA 2G1OA 5P2ZA 3UQWA 3LZUA 5P7WA 4ER4E 1ZAPA 1DPJA 3M9FA 5P4OA 1GVXA 3PCZA 5P68A 1Q9PA 4PEPA 1VIKA 5P0ZA 3VF3A 1ENTE 2O40A 1SP5A 2IS0A 3SKFA 4ZEAA 2R38A 4HZTA 1N49A 5KOQA 4EXGA 1FLHA 4DJXA 5DQ1A 2JJIA 3EKPA 3UDKA 4Y39A 2Q15A 2A1EA 4FAEA 4HVPA 2VIZA 1F7AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J1E A;  2IEN A;  8HVP A;  4K4R A;  5P5C A;  4IVS A;  2G1S A;  1K6T A;  1HVI A;  3OQA A;  5P32 A;  4LXA A;  2B60 A;  4GJC A;  6UPJ A;  3OQ7 A;  1JLD A;  3OXW A;  4Y3A A;  5P8G A;  1BVE A;  1HTG A;  2FLE A;  4Y3X A;  3PI5 A;  2QZX A;  4HDF A;  5P0W A;  1EPR E;  2B7F A;  1MSM A;  5EZZ A;  3O9D A;  4AZY A;  1SME A;  4KE1 A;  5P2M A;  3VCM A;  4DVF A;  3GGU A;  5OZ4 A;  2PH6 A;  4A4Q A;  1EBW A;  2AZC A;  3LZV A;  3O9L A;  2WL0 A;  1ZP8 A;  1HSG A;  5P3L A;  4N00 A;  1DP5 A;  3TL9 A;  3UDP A;  4NPT A;  4F76 A;  3HZC A;  5P89 A;  5OZL A;  4JOO A;  4F75 A;  1HIH A;  1TW7 A;  2G1Y A;  3AID A;  3S85 A;  3RSX A;  3WZ7 A;  2WF1 A;  5P6O A;  1QS8 A;  3OUD B;  3O9C A;  2ZDZ A;  1HSI A;  5OZA A;  3HD8 A;  4Y56 A;  5HDV A;  3DCR A;  2PYN A;  1KJH A;  3Q5H A;  3O9B A;  3TLH A;  4F73 A;  5P3A A;  2HS1 A;  3EKV A;  1HEG E;  1YTG A;  5JOD A;  3G72 A;  9HVP A;  3UFL A;  4NPU A;  2QMD A;  5P8H A;  2ZJK A;  1XE5 A;  1G0V A;  5T4S A;  4OBZ A;  3I2L A;  1UH7 A;  5P23 A;  5P5R A;  2WED A;  3C9X A;  2Q54 A;  3OAG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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