4YOPA

Crystal structure of hen egg-white lysozyme
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Native sulfur/chlorine SAD phasing for serial femtosecond crystallography
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4yopA00
1GBWA 1IWYA 1XSFA 2YBMA 1JISA 1XEKA 1IWUA 3WXTA 1LPIA 5I4WA 4RDSA 2D6BA 4YF2A 2ZYCA 1A2YC 1LJFA 3P68A 4HPIA 4ML7A 4G49A 4NGWA 3TXBA 5HNCA 5KY1A 3TMXA 2W1XA 4N0JA 1Z55A 1B7LA 1B7SA 1HSWA 2Y8PA 4PPOA 1GF9A 5KJ9A 1BWJA 2MEEA 1GB7A 2ZNWY 4WLDA 3VWOA 4B4JA 4DT3A 1BB4A 1E8LA 1JUGA 4G9SA 4I0CA 4WLTA 1WQPA 1GB3A 4H9EA 3A95A 132LA 3CB7A 1JKAA 3A8ZA 5D5FA 2HEBA 4LFXA 1IP6A 2LHMA 1BGIA 4LYOA 1GF7A 1NBYC 1GAZA 3EMSA 4HPEA 1GHLA 1GBXA 3EO5A 2Z18A 3ULRA 1FLYA 1HMKA 2DQJY 1QSWA 3QE8A 1LHLA 1YAOA 1WTNA 2BLXA 1CNSA 4PGJB 5EBHA 4WMGA 1LSDA 1OUEA 1IR7A 2LYOA 3LZTA 1I56A 5IDDA 1DPWA 1LJIA 5C6LA 4HTQA 5LVGA 3RU5A 5LVJA 2BQCA 4H1PA 2BQDA 4XJFA 3J6KA 2Z2EA 1IY3A 3B0OA 1C7PA 1B5WA 1LMCA 2DQCY 1IWZA 4OWAA 3J4GA 4WM2A 1D0LA 1TBYA 2ZQ4A 1B7QA 3BKHA 4GCBA 3OK0A 1LJKA 5FEKA 4NWHA 4XENA 4W94A 5LIOA 1KXWA 1ZMYL 4HP0A 3WXUA 1B0DA 1GFRA 3AGIA 1QQYA 4GCEA 4WM4A 1LYZA 3AZ4A 4DDAA 3B0IA 1HFYA 1IP5A 4TX7A 3WU8A 3M18B 1GAYA 1RCMA 1B5ZA 3E3DA 1LZ4A 2DQDY 3EBAB 4TSBA 3N9CA 4DD3A 1KXXA 1LJJA 1EL1A 4G4BA 4QEQA 5I4XA 1LHJA 4U3XB 4B49A 2BQIA 4H9CA 1IP2A 4NGVA 2MECA 1LMAA 4NSJA 4DWXA 4QGZA 4BAPA 1G7LC 5ILCA 3IJUA 4AGAA 1LSZA 1GF6A 3AGGG 1B5VA 1GE1A 1B7NA 1LSMA 4OWEA 1IIZA 1F6RA 4WLXA 4UWUA 4WL7A 1LJ3A 1LSAA 2Z12A 2BQJA 2DQIY 1IOTA 2MEHA 3CT1A 3W6EA 1B2KA 3P64A 2B5ZA 1DI4A 2I25L 134LA 1O23A 2CJLA 1GE3A 1G7IC 1GDXA 1C46A 1WQMA 2YVBA 1BWIA 3D3DA 4LYTA 1IOCA 1JIYA 3FE0A 2G4PA 1T3PA 2HEDA 3IWRA 1LZRA 4B1AA 2BQLA 2HU3A 1FKVA 1GF5A 2BQGA 4KL7A 1BB6A 3TXKA 5IELA 3W6CA 1LSCA 1LSBA 4OWBA 3A91A 1XEJA 2D4KA 2NWDX 3HFMY 1LJ4A 1LTMA 4G4HA 1LMTA 1HEQA 4W96A 4B0DA 4HV1A 1ZVYB 4NSIA 4LT2A 4CFOA 1LHIA 4WO9A 1G7JC 4NHSA 4YEOA 5E4PA 4YEMA 2D4JA 3ATNA 4H93A 1GE0A 3LZ2A 4J0LA 1AKIA 153LA 4C3WA 4DD0A 3W6FA 1B9OA 1LZ8A 3A96A 1HENA 2EIZC 3LYTA 2FBDA 2XJWA 2FBBA 2Z39A 5LYZA 1B7RA 4HJYA 4R0FA 1CJ9A 1LZYA 1WVVA 1SLYA 2G4QA 1GBZA 4H8YA 2ZWBA 1REZA 5DN4A 1PS5A 3G3BB 4N1EI 4RW2A 4R6CA 1BQLY 2H9KA 2ZIJA 4H9BA 1IEEA 3A93A 1LHKA 4XJDA 1B7OA 1JPOA 4GCCA 5FDJA 3WVYA 4H8XA 5KXWA 3CSZA 5FCPA 1UC0A 1EQ5A 5DLAA 5LAFA 3P66A 2H5ZA 3TXGA 3OJPA 1IR8A 1VDTA 3AB6A 1REXA 4H9FA 1GD6A 1YAPA 4IATA 5I53A 3WW5A 1CKGA 4LYZA 2XBSA 1GDWA 1TDYA 3AJNA 4FDYA 4J1AA 4LYCA 4X3BA 1QUTA 1QSAA 2HU1A 5KXNA 1LSYA 4PJ2C 3TXDA 5LVKA 1IC7Y 1GEVA 1GF8A 4KPMA 2EPEA 1HEMA 1J1PY 2LYMA 1NWGA 4GCDA 1UUZC 5M1YA 1YAMA 1UIFA 1J1OY 1B7PA 1C43A 1FLWA 1QDRA 3CSQA 1YROA 3A67Y 4NG1A 2D91A 3TXHA 1XFPL 4GN3A 1LYSA 4OWCA 1OUHA 4II8A 1YKYX 4M6DA 1LJGA 5KKJA 1LAAA 4ETAA 1IC4Y 4BAFA 2HEEA 4XADA 1IWVA 1D6PA 1KXYA 1YL0X 1GFVA 4D9ZA 1IWWA 3A6BY 4PHIA 2HUBA 2Z38A 1B7MA 1KIQC 4HTKA 4NHTA 2BQFA 2FYCA 4IJ4A 1HMLA 4LFPA 1LKRA 1GFGA 5FHWA 1GFAA 2W1YA 3ZEKA 1ZV5L 1LZSA 3SP3A 1GFUA 1IC5Y 1OP9B 4B4IA 3TXFA 4ET9A 2N5ZA 4N1CC 3P65A 1UIAA 5HMVA 4WM6A 5HNLA 1XGPC 4WO6A 4WLYA 3HBEX 5AMYA 4N9RA 3WUMA 2CWIA 3A94A 1GBYA 1YIKA 1QDTA 2BQKA 3N9EA 5C6IA 2BAAA 1NHEA 1D9UA 4HSFA 5DL9A 3W6DA 5IHGA 4CFPA 4DYGA 3ATOA 3CQLA 1B5XA 1GPQC 4NFVA 1GFEA 2ZIKA 4GN5C 3GXRA 4YENA 1DI3A 2W1MA 1DKJA 1FKQA 2MEDA 5LVIA 1D0KA 3CSRA 4Z41A 1J1XY 3CT5A 1YILA 3LHMA 2I26L 2BQOA 1UIGA 3HBDA 5F9XA 4B4EA 2A7FA 5KXTA 5LA8A 1XGQC 3WMKA 2PC2A 4H90A 5KXRA 1NDGC 4ANRA 2LZTA 1BVKC 1GF4A 1LCNA 1LMOA 1B5UA 1W6ZA 2YBNA 1OUCA 1UACY 2DQHY 207LA 1LZDA 2CDSA 2HECA 4TSCA 5KXMA 1D6QA 5FSTA 3A90A 1JKBA 4XYYA 5F14A 1B5YA 2Z2FA 1GFTA 4N8ZA 4XJIA 3WULA 1F10A 1GEZA 2HEAA 3CT0A 4IASA 1KIRC 4NIJA 1IP1A 3MGWA 3N9AA 1G7HC 4BADA 5F16A 154LA 3GXKA 4NGIA 1UICA 1YANA 1FLQA 1AM7A 4NGJA 1IX0A 5APCA 1HEPA 1UIEA 3FI7A 1BHZA 1IVMA 1GF3A 1FDLY 1LSGA 4ZEEA 5LYMA 1HF4A 1GB0A 1IWXA 1INUA 1LZCA 4NGZA 5HQ1A 3LYZA 5JENB 1XEIA 1QUSA 1PZYA 5KXSA 5LVHA 2W1LA 4HJVA 4NGKA 4OOTA 5I4YA 3A6CY 2DQAA 1N4FA 1GB5A 5KXXA 1VAUA 5KXYA 3K3TA 4GCFA 4XJGA 3A92A 1IOSA 4WOAA 1OUDA 4DDBA 1WQRA 1HHLA 1LZ9A 3AZ5A 4DD1A 4HV2A 5F81A 1JWRA 1ALCA 4OOOA 3TMUA 4E3UA 3WPKA 1GB6A 1H6MA 2DQFC 1NMMA 1OUJA 1DI5A 4QY9A 1CKDA 1AZFA 1HFXA 1WVUA 2DQGY 4N5RA 4HTNA 4NHQA 3RT5X 4G4CA 4L41A 1I1ZA 5FELA 1DPXA 1HEOA 1NDMC 4NGOA 4WG7A 3T36A 1DQJC 1LZEA 4LT0A 1JKDA 4MCKA 1SQ2L 3B72A 1LZ5A 1OUBA 1LZGA 2YSSC 2ZILA 3W6BA 4YM8A 1FBIX 1TCYA 1KIPC 1LSNA 3HBHA 2CGIA 5KXPA 3WYHA 4WM1A 1VDSA 4BS7A 4ETDA 3A34A 1NQIA 1LZ6A 3TXEA 2YBIA 4CGEA 3RZ4A 4DD9A 1RE2A 4NY5A 1WTMA 2IHLA 5LAGA 4ETEA 1QTEA 2C8OA 1RI8B 4TUNA 1HSXA 1LMQA 1OQMA 1GWDA 1WQQA 1NF5A 1LKSA 5J7CA 2YBJA 2A7DA 4LT1A 1WQNA 4XJBA 4TTDA 2H9JA 1A4VA 5K7OA 1JKCA 1H87A 1OUGA 1JJ1A 1TEWA 1HC0A 1LZ1A 1LZNA 1F6SA 4OW1A 1TAYA 4PRQA 5APDA 5F9UA 5LXWA 4AXTA 2YDGA 1BVXA 1IORA 4LYMA 2ZYPA 3AW7A 4GLAA 1VEDA 3IJVA 4NWEA 2D4IA 1CJ6A 1V7SA 4NG8A 3RW8A 4YOPA 1GFJA 3M3UA 4DC4A 3A3RX 1AT6A 4ET8A 5L9JA 1HELA 1XGUC 3B0KA 1T6VL 3G3AB 4TWSA 5LYTA 4LYBA 1VFBC 1DXJA 4UWVA 1BB5A 4CJ2A 4EMNA 1YQVY 4ZIXA 8LYZA 2VB1A 5APEA 1CKFA 4Z98A 3TMWA 2BQNA 1JTPL 4MR1A 4GN4A 1C08C 2HTXA 2DQEY 6LYTA 1F0WA 1LJEA 1LSEA 1LHHA 1W08A 3A3QA 3LYMA 3QNGA 2ZQ3A 1IP3A 1GXXA 5E9RA 1JITA 3TXIA 3WH1A 9LYZA 1CKCA 2BPUA 1I20A 1LHMA 1QIOA 5HMJA 4QDNA 7LYZA 1DZBX 1BWHA 3AZ7A 1GB9A 4CHXA 1MLCE 1LYOA 2MEGA 1IO5A 4MSTA 1OUAA 2XBRA 2BLYA 4RLMA 1IR9A 4H9AA 1MELL 2Z37A 4J1BA 3WU9A 4OWHA 4LGKA 3KAMA 1GFHA 1LJNA 1LZAA 1WQOA 1JJ0A 1RJCB 2F4AA 1GF0A 2DKVA 5D5CA 1LZBA 1XGTC 3LN2A 4NEBA 1CJ7A 2X0AA 2WARA 4RW1A 3TXJA 1ZVHL 3W3EA 4KT3A 1GFKA 4NSHA 3WL2A 2YBHA 5DM9A 3LYOA 1JTTL 3RNXA 4DD2A 2F30A 1UBZA 1GBSA 3ZVQB 1CKHA 1JSFA 1C10A 193LA 4NHIA 3AZ6A 2LZ2A 3T6UA 4DD7A 5DN5A 1FN5A 1UIHA 1P2CC 1CJ8A 1UA6Y 1GXV2 194LA 6LYZA 3D9AC 1GBOA 4H91A 5II3A 4WM3A 1C45A 2BQEA 1V7TA 133LA 2BQAA 1IY4A 4M4OA 2BQMA 1LYYA 2GV0A 2MEBA 3AGHA 3WUAA 4NGYA 1HNLA 4J7VA 2HEFA 1VDPA 2Z19A 2MEAA 5C6JA 4ZFPA 2FYDA 4NGLA 2YBLA 1LSFA 1UIBA 3WW6A 2LYZA 4RLNA 4DDCA 5B07A 3WVXA 3ZVQA 4NSGA 3B6LA 2I6ZA 4Z3MA 208LA 3WPLA 2XTHA 1EQEA 4H9IA 1IP4A 1GE2A 1AT5A 4H92A 4LZTA 4Z46A 1G7MC 4ETCA 4A7DA 2IFFY 2MEFA 3EXDA 1LJHA 1YKXX 3QY4A 4WG1A 4FJRA 2F2NA 1GB8A 5LA5A 1DKKA 1LZTA 3P4ZA 2G4NA 1UIDA 5KXLA 1JJ3A 1IOQA 2DBTA 1REYA 4H9HA 1YL1X 1UCOA 5B1FA 1LMPA 4O34A 1LMNA 5B06A 5B1GA 1EQ4A 5T3FA 3TMVA 1JTOL 5ILFA 5LINA 1FLUA 5KKIA 4H94A 4PRUA 4H8ZA 5B05A 5A3ZA 4XJHA 1HEWA 1D0MA 1HFZA 3BKVA 1IP7A 5HLLA 1BB3A 1IWTA 4GLVA 1JSEA 1OUIA 2BQHA 3AYQA 4EOFA 2AUBA 4HJZA 5B59A 2Q0MX 1JHLA 1YKZX 1RFPA 4UWNA 1GE4A 4WL6A 5I5QA 4P2EA 2RSCA 5APFA 5I54A 1JEFA 1YAQA 135LA 1GB2A 3WPJA 5KXOA 2EKSC 2C8PA 1VATA 2BQBA 2F4GA 1REMA 1NKHA 1HERA 4NHPA 4WM5A 2MEIA 1XGRC 1QTKA 1BB7A 3WU7A 1LSPA 3AW6A 3WUNA 5KXZA 5L3IA 5L3HA 1LOZA 1OUFA 2ZNXY 5A3EA 2EQLA 4ETBA 1NBZC 1VDQA 5KXKA 4XN6A 4C5FA 4I8SA 4KXIA 3W6AA 3F6ZA 4LT3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GBWA 2YBMA 1C62A 3OE8A 1A2YC 3P68A 3TXBA 216LA 164LA 1QT8A 2OU0X 2W1XA 4N0JA 1HSWA 3HTBA 1QTBA 2Q9EA 4GBRB 2ZNWY 4WLDA 1G1VA 1JUGA 3RZEA 3A95A 1JKAA 3A8ZA 1IP6A 2LHMA 4HPEA 1GAZA 238LA 1GBXA 2Z18A 1FLYA 200LA 1YAOA 1L97A 1SSYA 1IR7A 1L12A 104LA 3OE9A 1DPWA 1LJIA 4HTQA 5LVGA 2OU8A 3GUJA 2BQDA 3J6KA 1CU2A 1C7PA 4I7NA 1B5WA 2DQCY 1D3FA 225LA 3J4GA 1TBYA 2ZQ4A 3BKHA 4GCBA 4EKQA 201LA 5LIOA 1KXWA 1ZMYL 3WXUA 224LA 4WM4A 1C6AA 1C6NA 1C6EA 1NHBA 2OE4X 1IP5A 3C7ZA 2DQDY 4DD3A 4QEQA 5I4XA 1P37A 1OVKA 3EMLA 2BQIA 4NGVA 1QS5A 2RBPA 1B5VA 1B7NA 1LSMA 4UWUA 3HWLA 3HU8A 1IOTA 3SB6A 2B6YA 3P64A 1LYGA 1L76A 1O23A 1GE3A 2YVBA 1BWIA 3FE0A 2HEDA 3IWRA 1C6KA 1OVHA 1LSCA 4OWBA 3A91A 3HFMY 1LJ4A 4W96A 1L89A 4HV1A 4NHSA 5E4PA 4YEMA 4ZPUA 3C83A 4H93A 153LA 1L77A 2O7AA 1LZ8A 3LYTA 1L53A 1L45A 1SLYA 3GUPA 1PS5A 3G3BB 4N1EI 4H9BA 1JPOA 4GCCA 220LA 1L11A 1QT3A 1EQ5A 1OWYA 1GD6A 3FI5A 1TDYA 4J1AA 213LA 4EKSA 187LA 120LA 3HH6A 2F32A 148LE 3HT6A 3TXDA 1GEVA 1HEMA 1L63A 1L57A 1PQOA 1QDRA 1OV7A 1XFPL 4OWCA 1T8FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GBW A;  1IWY A;  1XSF A;  2YBM A;  1JIS A;  1XEK A;  1IWU A;  3WXT A;  1LPI A;  5I4W A;  4RDS A;  2D6B A;  4YF2 A;  2ZYC A;  1A2Y C;  1LJF A;  3P68 A;  4HPI A;  4ML7 A;  4G49 A;  4NGW A;  3TXB A;  5HNC A;  5KY1 A;  3TMX A;  2W1X A;  4N0J A;  1Z55 A;  1B7L A;  1B7S A;  1HSW A;  2Y8P A;  4PPO A;  1GF9 A;  5KJ9 A;  1BWJ A;  2MEE A;  1GB7 A;  2ZNW Y;  4WLD A;  3VWO A;  4B4J A;  4DT3 A;  1BB4 A;  1E8L A;  1JUG A;  4G9S A;  4I0C A;  4WLT A;  1WQP A;  1GB3 A;  4H9E A;  3A95 A;  132L A;  3CB7 A;  1JKA A;  3A8Z A;  5D5F A;  2HEB A;  4LFX A;  1IP6 A;  2LHM A;  1BGI A;  4LYO A;  1GF7 A;  1NBY C;  1GAZ A;  3EMS A;  4HPE A;  1GHL A;  1GBX A;  3EO5 A;  2Z18 A;  3ULR A;  1FLY A;  1HMK A;  2DQJ Y;  1QSW A;  3QE8 A;  1LHL A;  1YAO A;  1WTN A;  2BLX A;  1CNS A;  4PGJ B;  5EBH A;  4WMG A;  1LSD A;  1OUE A;  1IR7 A;  2LYO A;  3LZT A;  1I56 A;  5IDD A;  1DPW A;  1LJI A;  5C6L A;  4HTQ A;  5LVG A;  3RU5 A;  5LVJ A;  2BQC A;  4H1P A;  2BQD A;  4XJF A;  3J6K A;  2Z2E A;  1IY3 A;  3B0O A;  1C7P A;  1B5W A;  1LMC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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