4YOVA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 in complex with poly-da
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLNSTLGGIEVRKLDESTIDALQISDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITSKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/dna
source organism Pyrococcus horikoshii
publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
total genus 66
structure length 226
sequence length 229
chains with identical sequence C, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yovA00
4YOUA 4YOVA 4YOTA 4O8UA 5CHIA 4YOXA 4YOYA 4YOWA 4YORA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M63C 3DXKB 2OANA 1RGIA 4L3QA 4DTSA 2ETJA 3K5OA 4YNQA 2HHSA 4CGIA 2EWSA 2V7YA 4B9LA 2WUSA 3O9RA 4FJ9A 4BRHA 3TAMA 4K8ZA 4EIAA 5C12A 2GUPA 1ZYQA 4KTZA 1QS4A 3LM9A 2FXUA 4E3SA 1DEJA 1SQKA 1XNQK 2GTDA 2HHHK 3ID8A 5M1KA 3KK7A 1VQ8N 3KWGA 3ZSYA 4KHPK 3HPOA 3J81O 5C0YA 1I39A 5BPNA 1NGIA 4PKGA 1QQNA 1HKGA 5F2RA 1N5YA 3SBTA 1NOYA 1EKEA 2E6MA 1L5UA 4BACA 3BF3A 4V19S 4OJRA 5KGXA 1HPMA 3TAEA 2QXFA 4FWMA 1Q81O 3VN5A 2O8BA 4AH9A 2E1YA 3P38A 4FZYA 2HBKA 1KAXA 1RNHA 2QWLA 3KLFA 3CCVN 1VQ9N 4CD3A 4ILGB 5AQIA 2KFNA 2V7ZA 4AHCA 3MX5A 5HOOA 4HCBA 5JVHL 3VTHA 5IT9O 1S1VA 2OTJN 5M1PA 3HSCA 4DHYA 2DFHA 1TKXA 1K6YA 2NRRA 3OVNA 4DV7K 1VHXA 3DLRA 4FWOA 3NFAA 3L2RA 2FC0A 4BQZA 2E2NA 1IBMK 2P9UA 4M3WA 3TAQA 1D9DA 3T3FA 2RPIA 4WQ5A 4BR0A 5C42A 1JKHA 2QW9A 4DFMA 1VRUA 2O8BB 2ZJRL 4CECA 3NVKA 3V9WA 1E3MA 1C0MA 4Z4IA 5HROA 3M8SA 1VAZA 4H0VB 4ISGA 4NYNA 1XC3A 4Z4GA 3DLBA 3QERA 2HOEA 4R79A 3VQ4A 4FO0A 1LCUA 4FZZA 4BRCA 3PO5A 1Z26A 4CHZA 1CLQA 4DUZK 1BA0A 1NK5A 1ATNA 2W41A 1YAGA 2P9UB 3QBXA 3HT3A 4M3UA 3OA9A 3L2WA 3ZSWA 3MN7A 2FF3B 3C6HA 5ELZA 1JXEA 1F21A 2VGNA 3VOVA 1RT7A 2IIRA 3IFRA 4CJLA 4BWJA 3PX0A 3VESA 3CCMN 3CJ7A 1VQ5N 3S9HA 1NWKA 4DB3A 1WSJA 2HHTA 3FZFA 2D4WA 1WNSA 2DFEA 3HZ6A 3THVA 3RSEA 1ATSA 3OYMA 1TVRA 3RMAA 1WN7A 2F7TA 4LH4A 3TSUA 4DS5A 3AV9A 5K14A 4ELVA 3AO5A 2WFBA 4B9NA 3V4IA 1JLAA 2G8HA 4XH1A 3FE1A 1QHAA 2O8EA 2D0AA 3I56N 2FBYA 1QQCA 3BY5A 3LP2A 4CF8A 4ISEA 2ZJPL 1KVBA 1SKSA 1T3VA 3QNOA 5AQQA 4DSFA 4B3OA 2HHWA 1RDAA 5MLCQ 1QHTA 2JLEA 4O5BA 4LF8K 1HYSA 4DS4A 3M3ZA 3C7NA 3R9PA 5KI6A 4RCHA 4JS5A 3B6PA 4A2AA 5AJ3K 3M8QA 1A5WA 2Q3SA 4J2BA 1RDUA 4CEFA 4CBXA 3TANA 5LL6Z 2XRIA 4LF9K 3FR0A 2AJQA 4C23A 4BR5A 1YXQA 1IBKK 1X3NA 4CJWA 1SKWA 3OYCA 2UUBK 4WE1A 4B9QA 3U3YA 4H0PA 2DTUA 3TTFA 4J2EA 4JI0K 2F9TA 1RT3A 4QS7A 4JYAK 3VEWA 3WQUA 4F3OA 1C0FA 3VPZA 3C7NB 3MMVA 2UYTA 3ZSXA 3CJAA 3VGLA 3NE6A 5TKWA 3CMEN 3KIOA 1JLBA 4W5TA 1WBBA 1IBLK 1EXQA 3PIOL 3IRXA 4KHYA 5KRTA 4NO7A 4G1QA 1NJWA 4JI7K 2O8DB 2PAVA 2X6SA 2W6LA 4EZ6A 4K8XA 2I5JA 5KPZA 4ZTJA 5HP1A 3LM2A 3M6GA 3SQ2A 1HNVA 4X66K 2GWKA 4GV6A 3F9MA 1OH8A 1RBTA 2NNWA 2AA4A 5FRNA 4PY5A 4KI6A 4YDUC 4CZMA 5BN8A 4CJ5A 4CEZA 1NGFA 3VQBA 4MLHA 1RFQA 4CZFA 3Q7BA 3SV4A 3QEXA 4FJNA 3A2FA 3L2QA 3GL1A 4I9QA 3EO3A 3R6MA 4FWRA 3VQEA 4CD1A 1X3MA 4NLBA 1RTDA 1N8RO 4F4KA 1QTMA 1C6VA 2A41A 4BRMA 1KFSA 4JRPA 1HLUA 3HVTA 1CZ9A 3TARA 4B1WB 4FJ5A 3PLAA 4KKOA 3M8RA 5AQXA 5CZ2A 1GLAG 3CC4N 1L3SA 3PSIA 3J7AP 2O8FA 1X1PA 3AO2A 3SMSA 1JCFA 2IAJA 1WUAA 5KPRA 2P5OA 3U9ZA 3E1YA 2E6LA 4FLXA 4IEIA 1HQUA 3VF4A 2P9KA 3Q7CA 1GOBA 3VEZA 5FPDA 3W3DA 5GAEP 3O8MA 1NKCA 2YJFA 3LDLA 4CERA 1J53A 4YORA 2DY4A 3EE9A 1Z6RA 3QEIA 3C6TA 3CJBA 2Z1HA 1NMNA 3HVRA 2A1RA 1K8AO 4E7HA 1EQYA 3CCSN 4DF4A 1W9HA 2UU9K 3ZSOA 2UUCK 3DAWA 1VQ4N 3WXMB 1RDDA 4LH5A 1N6QA 4HTUA 3QIOA 4GY2B 2GX9A 3K9JA 3W0LA 3BGRA 1LAWA 4PL8A 4C8NA 1XMQK 2YHWA 5AQNA 4H5NA 5KTQA 3EYZA 4CK1A 1EO1A 2IVOA 2D0OA 2GBZA 3RMCA 3NGZA 4PKHA 2BDPA 5AQUA 4RTFD 3NDKA 4RW4A 3PV8A 4DLEA 2CH5A 1RBUA 3VQCA 5BRHA 2Y1JA 3WEEA 1M1KO 1VSFA 3QINA 2YNFA 4IFEA 4B3SK 1NGEA 1U45A 2GEMA 1T6CA 3QMLA 1G15A 1NK9A 4KHQA 1ZXOA 2RKIA 1XUPO 5SZTA 1HYZA 4W5NA 3TAFA 3DI6A 4CK2A 5HBMA 3LDNA 4FZXC 3OYFA 2B4JA 4KB1A 3THXA 5M1FA 4KAZA 1ILYA 3SUQA 4Z4EA 3ZX2A 2WONA 1NJYA 1NLVA 3T19A 1RDBA 1RT5A 2VG7A 1BCOA 4CJPA 5AFUA 4ID1A 2NRHA 4AHVA 2WTUA 3NAEA 5FRMA 3KK3A 2OZMA 1KAZA 4DTMA 3T1YK 3WEEB 4GV3A 3AA5X 4GV9A 5M1NA 1B9DA 2G8VA 2VQFK 3U4LA 1ITGA 2FSJA 2IC3A 3FFKB 4CGFA 4YHHK 4LFAK 1TUYA 5T7BA 1NU0A 1ZBLA 2HHQA 4FJGA 3QNNA 2NZTA 1YITN 3HJFA 2W40A 4FWSA 2YNHA 4RW8A 3THXB 1U49A 1GLFO 3QFUA 4W5QA 1TYQA 2ATQA 4ELTA 3SV3A 3TSQA 4DV2K 4NCBA 4LFBK 2E2QA 4O0JA 4Z4HA 4FVUA 1CXUA 2E2OA 5C10A 2UXBK 4E19A 5AZJA 3JS6A 3HPHA 2FF6A 1IKWA 1TV6A 1OH6A 4OPJA 2I7PA 2DPNA 2GUIA 2IOCA 1ZBFA 1LWFA 2XY6A 3MWPA 4BRFA 4HWIA 3DXMA 4FJHA 5EY4A 5EX5A 4FXDA 3WXKA 3OYDA 3MXJA 1N36K 4R5PA 2IVPA 1BDGA 3AVIA 3ZCMA 4QOZB 1GLEG 3S41A 3ASMA 4CHQA 3D6RA 1N34K 5J2MA 4B3TK 1W0HA 4JEPA 1TYQB 4JS4A 5BR8K 2HHXA 1U6ZA 3SJJA 3WNFA 1RBRA 3QFPA 4E1MA 3LP0A 4CEBA 3OYAA 3KD1E 4Y1DA 4DR7K 1SZ2A 5AZJB 1BUPA 2D5RA 4I9LA 5LMUK 4AM6A 4CGDA 4BE1A 3SLCA 3LPUA 4FPAA 2G8WA 3CFPA 3HSTB 5KQDA 3EN9A 3BF1A 3A8YA 3LDPA 4O4GA 4DFKA 4J2DA 1D5AA 2YNGA 4E7KA 2A3ZA 4CJEA 4CJUA 3DXMB 3F2KA 5HRSA 1ZBIA 4JNEA 3O3HA 3C95A 2QI2A 4E0DA 4FLZA 2YKNA 4RW9A 4H4MA 1YJNN 2RN2A 5HL7L 1SV5A 5LMNK 3ENHA 1TKTA 1KD1O 4FPBA 4FJXA 4BROA 3PSFA 1JCEA 3NF7A 3ZEUA 4PKIA 4YDUA 1I3AA 3EE8A 1NKEA 1DTTA 1Y97A 4C1NI 1JLCA 3AVJA 4JKEA 4FM2A 4WFNL 1SL1A 4CZGA 4IKFA 1HYVA 3MN5A 4C8MA 1R0AA 1SKRA 4FJKA 5I9EB 3KZBA 4E7JA 1VRTA 2QTDA 4CGJA 4YOTA 2O4GA 4WQ4C 4CIGA 3K59A 4DR6K 1P90A 1BIZA 4DQ8A 3NBPA 1J54A 4JKGA 1QSLA 4BRIA 4BR9A 3SQ1A 2EHGA 2QKBA 2I7NA 3VQ9A 1VQPN 4JK8A 3ZEUB 4Z4FA 4CJ3A 5FPNA 5GIPA 3JAMO 3TWHA 2X6NA 4CHOA 4AHRA 2QEXN 3H3OB 1NJXA 3L2UA 3SCXA 2HSTA 1ZBHA 2XY8A 4F3TA 1JLFA 4B08A 1X9WA 4DTPA 3N4QA 2PY5A 1YJWN 4JI5K 1QZ6A 1S3XA 1L3TA 4WFBL 5GIOA 3VERA 2YKMA 3CJCA 4JKGB 1BI4A 1SUQA 3CJ9A 2G8FA 1YF5L 2AP1A 2UXCK 3CMAN 2ITGA 3C0BA 4KO0A 4O55A 1TL3A 4ISFA 4EP4A 4ZHRA 3VQ8A 3RWUA 3AVLA 4K25A 3UKRA 4N76A 4H8KA 1Q82O 3QEPA 2P9LA 3NGYA 1Q9XA 2CGLA 4H0YB 3SZ2A 2OPRA 1YT3A 2RF2A 3F5TA 4ELUA 5M1QA 4IXCA 3QB0A 4CFAA 3LP1A 3G0ZA 2QWOA 2H3GX 2HHUA 4RW7A 4DUYK 4KV8A 3P39A 1J5EK 2OPQA 1U2VA 4OGCA 1SAZA 4DU1A 3LDSA 1LW2A 4KHUA 1Q7YO 1XMOK 4JI6K 4CFCA 1BI4B 4DSKA 1YTAA 2QKKA 3TPQA 1YTUA 1NGHA 4DU3A 3UKRB 3J7ZO 4IOAL 3MAQA 4CF1A 4DR3K 1VSLA 2FSNA 1YHQN 5E41A 1MU2A 1RT4A 3H08A 1BL3A 2VGMA 1WAJA 2NRZA 1JLQA 1U2VB 4FLVA 1BCMA 4BC5A 3H46O 4FK2A 1C0TA 3CCLN 4MLEA 1VQMN 4LFCK 3HYFA 3FFIA 3O80A 1YJ9N 5JICA 4DQRA 1UAXA 1C0UA 3UB5A 1RTIA 4DTNA 4WFAL 2G8IA 3NF8A 4M45A 1N33K 1SS6A 4I2QA 2CGKA 1KFDA 3H3NO 4I2PA 3DYAA 3NMUA 3LWMA 3HM9A 2YHAA 3LL3A 3HOTA 2W6KA 4BDPA 4BRNA 3CD6N 3ID6A 3O3GA 3VQAA 3VEYA 3SUPA 4CK3A 2QWRA 2QWNA 2B5JA 4NYFA 3L4QA 3RTVA 2QWQA 1FXXA 2HBJA 4KREA 1S22A 1S9GA 5J2QA 1ASWA 1SL0A 3HI0A 3A5MC 1S1TA 4BC3A 1UA0A 3THYA 3CC7N 2ASPA 2HNDA 4B8AB 3JSMA 4LD0A 3WT0A 3ISNC 1L3VA 1HUXA 1GOCA 1YVNA 3VGMA 1YVUA 4Z0UA 1QE1A 1IKYA 2P9SA 3CQ8A 5FPEA 2Q2RA 3F9KA 4DMNA 2X78A 3AVBA 5J2NA 1O1WA 4KHNA 3D45A 4KH5A 4CZKA 3P4IA 4H0OA 1RBVA 5JLHA 1YI2N 2YJEA 3AARA 4M7XA 4DTXA 4BG9A 5AR0A 3QETA 4CZIA 3WXJA 3ALYA 3V81A 3AA4A 4LSNA 3LWLA 3EY1A 1KRPA 4JI3K 4EFHA 3THYB 5C2FA 4MQ3A 2QM1A 4PWDA 1Z05A 5C25A 4B1UB 3RSEB 4BR2A 3SPYA 3GE1A 1BQMA 4DQPA 3NH0A 3M8PA 4H0TB 3S3MA 4JK9A 1NJZA 4DWIA 3O08A 1RILA 4GW6A 3KKSA 5BPLA 2O8EB 1BQNA 4JRQA 1C1AA 4FL9A 4MDBA 3CM6A 1S5JA 2A6AA 4B8CA 4XH4A 1HNXK 5JS2A 4CJVA 3ZT0A 4JKHA 3V1OA 4KH6A 1DGKN 4FJJA 4CJ7A 1J5OA 5FPMA 4JI1K 5AQJA 5AQWA 1K9MO 2UXDK 5SWMA 1K73O 1C1BA 3SUNA 4JLHA 2OPSA 2BUPA 4OPKA 1K8KA 5CYMA 2VQEK 3QEVA 4HUGA 3DRPA 5I3UA 4BC2A 1MWKA 4H4OA 4KHSA 1W7AA 3ITHA 1JJ2M 3VF2A 4H5VA 1TUUA 1DTQA 3FLCO 3OS2A 1HPZA 3KJVA 4BGAA 2CGJA 5AQGA 2HNZA 3SMPA 3IS9A 1KLMA 3IG1A 2GELA 3CHWA 1BG3A 3EEQA 4WYBA 3ZT4A 4BRPA 4N56A 2Q0UA 3RMBA 4IWVA 4Y0WA 1LWEA 4FJLA 1C1CA 4JI4K 3E9OA 2HF3A 3HL8A 1H1VA 4F9OA 1HKBA 1BHLA 2IGIA 2Y1IA 2KLAA 3E01A 1KXPA 1U48A 3AGKA 4BWMA 5GAGP 1K8KB 4GKJK 1VSKA 2O4IA 1EX4A 3IKMA 5EU7A 4HTLA 4FLTA 4DV6K 1U47A 3CI5A 4MO4A 4NCGA 3ZT1A 3FZMA 5AQOA 5A2QO 2E4LA 3R1XA 3HXMA 3RR8A 2P9PA 4FM1A 2ASMA 3C65A 4IDKA 4CI6A 1VSEA 5C2DA 3L2VA 4DV1K 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOU A;  4YOV A;  4YOT A;  4O8U A;  5CHI A;  4YOX A;  4YOY A;  4YOW A;  4YOR A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4M63 C;  3DXK B;  2OAN A;  1RGI A;  4L3Q A;  4DTS A;  2ETJ A;  3K5O A;  4YNQ A;  2HHS A;  4CGI A;  2EWS A;  2V7Y A;  4B9L A;  2WUS A;  3O9R A;  4FJ9 A;  4BRH A;  3TAM A;  4K8Z A;  4EIA A;  5C12 A;  2GUP A;  1ZYQ A;  4KTZ A;  1QS4 A;  3LM9 A;  2FXU A;  4E3S A;  1DEJ A;  1SQK A;  1XNQ K;  2GTD A;  2HHH K;  3ID8 A;  5M1K A;  3KK7 A;  1VQ8 N;  3KWG A;  3ZSY A;  4KHP K;  3HPO A;  3J81 O;  5C0Y A;  1I39 A;  5BPN A;  1NGI A;  4PKG A;  1QQN A;  1HKG A;  5F2R A;  1N5Y A;  3SBT A;  1NOY A;  1EKE A;  2E6M A;  1L5U A;  4BAC A;  3BF3 A;  4V19 S;  4OJR A;  5KGX A;  1HPM A;  3TAE A;  2QXF A;  4FWM A;  1Q81 O;  3VN5 A;  2O8B A;  4AH9 A;  2E1Y A;  3P38 A;  4FZY A;  2HBK A;  1KAX A;  1RNH A;  2QWL A;  3KLF A;  3CCV N;  1VQ9 N;  4CD3 A;  4ILG B;  5AQI A;  2KFN A;  2V7Z A;  4AHC A;  3MX5 A;  5HOO A;  4HCB A;  5JVH L;  3VTH A;  5IT9 O;  1S1V A;  2OTJ N;  5M1P A;  3HSC A;  4DHY A;  2DFH A;  1TKX A;  1K6Y A;  2NRR A;  3OVN A;  4DV7 K;  1VHX A;  3DLR A;  4FWO A;  3NFA A;  3L2R A;  2FC0 A;  4BQZ A;  2E2N A;  1IBM K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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