4YOVA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 in complex with poly-da
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLNSTLGGIEVRKLDESTIDALQISDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITSKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 66
structure length 226
sequence length 229
chains with identical sequence C, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yovA00
4O8UA 4YOXA 4YOWA 4YOUA 4YOTA 4YORA 5CHIA 4YOVA 4YOYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5F2RA 1WBBA 4HCCA 1ZBFA 4JKBA 3ZEUA 5KPTA 3JSMA 2P9LA 2FXUA 4KREA 4CE9A 3AO3A 1JLGA 1VQPN 1JCEA 4NLBA 3O3HA 5KI6A 3J81O 5AQOA 3ZETB 1OH7A 3VQDA 3MEGA 4CGHA 1YITN 3O4WA 5CHIA 2E1YA 2F96A 5JMVA 4DLEA 4CGGA 3NH1A 4MLEA 1IG8A 3TAGA 3THVA 3SLCA 4YOUA 3CIPA 5T7BA 3M3ZA 2O8DA 3B6PA 1HYSA 2E2NA 3MCPA 3THWA 3DRRA 1BCMA 3D7EO 1EETA 5AQPA 2Z1HA 1HQEA 3VQCA 4JRPA 3U8XA 3M6GA 3CFRA 1WAFA 4CEBA 4N56A 5FLXO 3D2EB 2Z1IA 3PUFA 3K58A 2D5RA 1NK6A 2HMPA 5TKWA 4B1YB 4EP5A 1QVGM 1IKXA 2ZWHA 1D5AA 4DMNA 3GE1A 4FLYA 3MCAB 4A62A 2Z1JA 4B3SK 2D4WA 2VG5A 2BH1A 4IJNA 4IDKA 1JXEA 1VHXA 3OW2M 5J1EA 3HSTB 2FBTA 4NCBA 3VQ9A 4PKIA 1P90A 3ISNC 4I6MB 3QO9A 3LAMA 4FCYA 1Q18A 2YV0X 4CEFA 1CZAN 1N32K 4GW6A 1XC3A 3OYEA 3OYIA 3M8RA 4C8KA 1DGKN 5M1FA 2GELA 2QA4N 1JLBA 1YXQA 4JI3K 3JXUA 2R7YA 3THYB 2ZE2A 3OYFA 4CJPA 3D2FA 1LW2A 3ZCMA 4BR4A 3LDNA 4M45A 1JCFA 5FROA 5HOOA 1GLBG 5BRFA 5CYQA 3NBPA 3U3GA 4BRDA 4F2RA 4C8OA 3R8EA 1EWRA 2QWNA 1A5XA 1YVUA 3P31A 4BRKA 4H0PA 4KHSA 4M7YA 5AQMA 4LF5K 4CJ4A 3THXB 3KK2A 4K43A 3I8DA 3KTQA 3E1YA 2KLAA 1VQ6N 4JKGA 4FWRA 4CEZA 4JYAK 2GTDA 4YDUC 3CPWM 4RCHA 4DB3A 3CCUN 4KHYA 1LCUA 3WNHA 1S6PA 2QWMA 3VN5A 3D0PA 1EQYA 4YOXA 3QEPA 2W6LA 4CF8A 2Z1GA 3MECA 3T1HK 1U47A 3M8SA 4DHYA 1HR0K 1QQOA 4O5FA 4EZ9A 1IKVA 3MK6A 3QMLA 4AHRA 2WC9A 3KLEA 3CC2N 1ATRA 1KAZA 1A5VA 4FJHA 4BWJA 3EKUA 3EZ5A 2E88A 4G1QA 2KQ2A 3VQ4A 3CCJN 3UKUB 3ENHA 4DR4K 5AQRA 3C7NB 2QWLA 1S22A 3KD1E 3AVAA 2O8EB 5AQJA 3HVRA 5LJVA 4IG0A 2RN2A 2QWPA 2P9PB 1YAGA 1IBLK 4AM7A 2Q31A 3E01A 3SV4A 2VWJA 4E7IA 1M1KO 4E7HA 1NGIA 2OPRA 2QW9A 4DTOA 4KHUA 3FGUA 5HP1A 2I7PA 3RSEA 3IG1A 4NB4A 1S72N 4K8XA 3FZKA 1NBWA 4JRQA 1ZYQA 1X9JA 4LF9K 3QICA 3VEZA 3TSPA 2Q2RA 3V4IA 3I8BA 3O08A 3BUZB 3LDLA 3SMSA 4JKCA 1BHLA 1VSEA 4QS7A 1BCOA 1S6QA 3I0RA 3K9KA 3OYLA 4FM2A 4FWNA 1T05A 3VEXA 3V1RA 4B3MK 1VQMN 3BZKA 4AILC 1SS6A 4HWIA 4CF2A 4CJUA 3LDSA 3VQ6A 4Z4IA 3ZT0A 3O1BA 2GBZA 4PKHA 5AQLA 3H6EA 4CZHA 1VK0A 4CGJA 2VQFK 3T1YK 1XQSC 1UA0A 4JLHA 1NGCA 3QEIA 3VA0A 4CGDA 1BA1A 4QS9A 5BR9A 3O4QA 3K2PA 4LSLA 4CBUA 4BQLA 1B9DA 3QB0A 4CK3A 4WE1A 4BWMA 3CCVN 1XC9A 3O9TA 1BL3A 4FWOA 1NJZA 4A2AA 3VA3A 3VGKA 5JLHA 5BPNA 2HF4A 1MWKA 3G10A 3O80A 1BGXT 2VYPA 3BY5A 3SUQA 1BI4B 2XY8A 4FZYA 4JD2B 4MFBA 3E9OA 4FWPA 4CF0A 1HKCA 2YX6A 4M41A 1NJWA 4CZEA 1BUPA 4IBNA 3CCLN 2FBXA 3IMXA 4B3OA 3DLLL 3FE1A 4JEPA 4ELUA 2Y1JA 4JHDA 1ZBUA 3QNOA 4O0JA 3SNNA 1WN7A 3R9PA 1SKSA 4BC5A 1HPZA 1Z26A 1S5JA 4E3SA 3QESA 2GEMA 1KVBA 3OS0A 1NK0A 2OA8A 2O8CA 3DRSA 2YJEA 5FPEA 1U04A 3QBWA 3AAQA 1JXBA 3RRHA 2D0BA 3MMVA 4MO5A 2HBKA 2NLXA 1NOZA 3MXMA 4CFBA 1GOAA 3NHGA 2NRHA 1NM1A 3LM9A 4IG3A 4FLWA 3HJFA 3IS9A 4CD1A 4FJGA 4F8RA 5BN8A 4O4GA 5JS1A 4WQ5A 5FPDA 1TAQA 4ID5A 4BRLA 4CJTA 5KGXA 4DSLA 3ZT3A 1DLOA 4DSIA 3KJVA 3V81A 1N6QA 1M90O 3F73A 4DFPA 5I9EB 1HYVA 1VQKN 1NGGA 5GIOA 3P1GA 3BF1A 3RMAA 3L4QA 3N4QA 4YOVA 4DG1A 4CJVA 3EL2A 3FZMA 1Z6RA 3TANA 3MAQA 3VF6A 2NRWA 2RPIA 3R6MA 4IO9L 1R59O 1T6CA 3TTCA 2EWSA 1HKGA 4ICLA 3CM6A 3ZSQA 3ENBA 3SZ2A 1Q82O 3NFAA 2DPNA 5FDLA 1JLCA 3CMAN 4EIAA 3CCQN 4JKFA 2HNYA 3SQ0A 1VRUA 2PFUA 3KIOA 2P9IB 4OGEA 3S3MA 2HHXA 3WUHA 1U6ZA 4CHPA 4IEIA 3KLHA 3VQ7A 4JK8A 1QTMA 4KHWA 1WSIA 4CD3A 3ZT4A 2QEXN 4HHTA 2OZSA 2NRRA 3I33A 2XHBA 1J5EK 4FW2A 3WNGA 4BVOA 3QBXA 4CESA 1C1CA 2D0CA 4ELVA 1SV5A 1QSSA 5CY4A 3H46O 2LSNA 1QZ6A 1VAZA 4PY5A 2A1SA 3MXIA 4DV6K 1NKEA 4BRIA 1VQON 4C8NA 3KWGA 3D2FB 3I55N 4BC3A 3DM2A 1KSPA 2YHAA 4K41A 4KAZA 4CZJA 5C12A 4H5TA 4FJ7A 5KGWA 3WXIA 4YOWA 4NCAA 1QE1A 3IUCA 1LAWA 1U45A 1IV0A 4X64K 3VQEA 4NYNA 4WQ4C 3LWLA 4AHCA 2QTDA 1EP4A 5H1SQ 1VSJA 3FZFA 4X62K 4KFBA 1MDUB 5CZ1A 4ILJA 3KLFA 2CGKA 2FSNA 5K14A 3FZHA 3VEOA 4UY8O 3S3NA 4FJ9A 3OA9A 1LW0A 3CCMN 3CD6N 4Y1DA 4B3RK 2QXLA 3DXMA 2P9KA 4FL9A 1XHXA 1RT3A 3KVGA 2GUPA 4DV4K 3G0ZA 4H5WA 1RBVA 4RW6A 3VGMA 4FWLA 4DS4A 3D45A 4KKOA 2KZMA 3V9XA 1VSHA 1RTHA 1X9SA 4FWQA 2HMIA 4QS8A 4H0TB 5AQXA 1JLAA 4N41A 3WXKA 2XY7A 1UWBA 3HT3A 2PY5A 2O8FB 1Z25A 3LP0A 5C2DA 1S1TA 4MDBA 2QXFA 5AQFA 4CBXA 1VSIA 4CEAA 2O4IA 4EFHA 5KPZA 1JKHA 4ID1A 3TAEA 1ILYA 3WNEA 3O9UA 4XH5A 3C6HA 4FJKA 3QERA 4H03B 4I7FA 2OZMA 4U67L 1TKTA 1HYZA 4DF8A 2P9SA 3G6EN 4I9QA 1YIJN 4BQZA 3SAHA 2O8BA 1K8KA 1G15A 4J2DA 3UKRB 1RCHA 3OYNA 4FVMA 4YDUA 3VETA 4M42A 4M7XA 4JI5K 1CLQA 2E2QA 3OYMA 4JKEA 3F5TA 4XH1A 4I9LA 2YHXA 1MWMA 1H1VA 3F9KA 3H3OB 2X78A 1WUAA 3H45C 2PYJA 1GLAG 4CFDA 4NXMK 4ISFA 3ZSRA 3E9LA 3RMCA 3CERA 3ZSWA 4DSKA 1TYQB 2P9UB 3TSQA 2G8UA 4E1NA 2E6LA 4FLUA 3T3FA 4O8KA 2AJQA 4JS4A 3N4PA 4NYFA 2VQEK 4CHZA 1S3XA 3AVKA 3OJUA 1RDCA 1GLCG 4DV1K 4KTZA 1IO2A 4BRFA 5CZ2A 1DTTA 4CHYA 1X9WA 3DXKB 4FJIA 3LDQA 3AVBA 5C10A 5HRNA 3PSFA 1N33K 3MN7A 1U2VB 1HNZK 4YFUA 4K8ZA 2NRXA 1D9FA 4BR2A 1RDUA 1L3UA 4NO7A 2UYTA 3AA4A 2D0AA 3DJCA 4IFYA 4Y0WA 3V9SA 2OPSA 3VF2A 1XHZA 1J5OA 3HPHA 2OANA 3OBYA 1JLFA 1NMNA 3C6AA 5AJ3K 4BDYA 2B5JA 3HSCA 4TSXA 3DWLA 1NGBA 3NVKA 3TSUA 1TUYA 5AQVA 2XRIA 3IKMA 3LAKA 2O8CB 4ZTFA 3U3YA 3NDKA 1TVRA 3TAFA 1QHAA 1TAUA 4NCGA 4BRMA 2ASOA 2UUAK 2QWQA 3AAPA 3RVCA 1NK4A 4OJRA 4IKFA 4CJ7A 5AR0A 3OYDA 4M63C 4FK2A 4DR6K 1D9DA 4FWMA 2CH6A 1NGAA 3HPOA 5CR4A 4DFMA 1XMQK 4DV0K 4FM0A 2P9NA 5TKYA 3OJSA 2VCPA 4B8CA 3ULEB 3LZIA 2ATQA 4DLGA 5MLCQ 1XMOK 2ITGA 1X3NA 3H08A 1LOTB 1QQNA 4CEQA 1RT5A 3K59A 4BR7A 1EKEA 1ZC6A 2P5GA 5KPRA 4RW4A 3PLAA 2F7TA 4FO0A 3DLKA 4WFBL 4CIEA 5M1OA 2PAVA 2X74A 2E20A 1BA0A 1W0HA 1ASWA 4BR0A 4CEDA 4E1MA 4B9UA 5BRDA 4FYDA 3VESA 4FJ8A 5AZIA 5BREA 2HBMA 1IJJA 4LF6K 4B9MA 5M1NA 1QZ5A 1ASUA 1W97L 1HRHA 3NGYA 5DMRA 2YNHA 1YHQN 1BDGA 4A59A 4B3TK 4CCHA 1KCFA 3FR0A 2KFNA 1JJ2M 3CJ9A 3LANA 4DV2K 1UA1A 4MDAA 3P5JA 3PX0A 3BZCA 1VSMA 3AO1A 2GV9A 4XEIA 3P38A 4EP4A 4MQ3A 4Z4HA 3WEEB 3HXMA 2B6AA 4DS5A 4JS5A 2FF3B 3SQ2A 4JK7A 4ELTA 4KTWA 1K8AO 1L3TA 5C42A 3P39A 2YCHA 2HHVA 2V7ZA 3M8QA 1UAXA 1KRPA 4BC2A 1S1VA 2JWLA 4ILGB 2YKNA 3SPYA 3HK2A 4OVLA 4M3WA 2A1RA 2FC0A 4WFAL 3WXMB 1K73O 2HF3A 1NK9A 1QHTA 1WBDA 3J7ZO 1NKCA 4ZHRA 3PV8A 5AQNA 2FF6A 4O8UA 5LMUK 4H0XB 4FJJA 4W5RA 4FPAA 1KAYA 3AO5A 3IDHA 4DV5K 2DTUA 4IFVA 1OH8A 4BACA 4DQIA 4B9VA 3VEYA 1Y64A 1NGEA 4JKDA 4DUYK 3U4LA 3SV3A 3MN9A 4LFBK 2E4LA 4FOIA 2KTQA 4DWIA 1B9FA 4CW7B 1QS4A 4KTQA 3CI5A 5AZJA 2ZJRL 3M8PA 1KXPA 3VENA 2Q0RA 4E7LA 2D0OA 4AQYK 1C6VA 1EWQA 3OYAA 4AF1A 5AQKA 3AGRA 4LY7A 4FW1A 3ULDA 3ZX2A 2E6MA 3DAWA 3OYKA 2UXBK 3KK7A 1IH7A 4BRNA 4B1VA 3VMFB 1NJIO 1N36K 4CJLA 4KV8A 4K42A 3PSIA 3K5MA 3O9QA 5EY4A 3HOSA 1BIZA 1ASVA 1VQ5N 4KRFA 5J2PA 1IKWA 4OPKA 3CQ8A 4OLBA 3KK3A 5J2NA 4PKGA 3EEQA 1K6YA 2GUIA 2JWKA 3FLCO 4B1XB 1Q9XA 1BWFO 5FRNA 2UUCK 2WFBA 4B9SA 4CJEA 2X6SA 4CEOA 1QQCA 3DRPA 3LDOA 1JLQA 1MA9B 4CK1A 3CFOA 4LH5A 2ZGYA 3ZETA 4RW8A 4CI6A 3CMEN 3O3GA 3QEWA 2G8KA 4OX9K 1Z05A 3V6DA 3WT0A 1T44A 4W5TA 1BU6O 2FBVA 4KI4A 3GDQA 3L8BA 3IRXA 4E19A 4GKJK 2P9SB 3RR8A 1T03A 3RR7A 4H0OA 4IO8A 4C8MA 1K8KB 3ZSVA 3HZ6A 4W5NA 3IFRA 2X6NA 1CZBA 4Q0BA 2DY4A 3ZSOA 1LWFA 1WLJA 1T6DA 4OLAA 2W40A 4DR2K 1FKPA 4B9QA 1SL2A 1U48A 2WUSA 4DUZK 3ZSYA 1QSLA 4BRHA 4DU1A 4ISEA 4DU3A 2YJFA 3AVIA 3NGIA 5AQGA 3HM9A 4BE0A 3D2EA 4HCBA 1C1BA 2XO7A 1EO1A 1WB9A 4FJ5A 1XNRK 4JI2K 4KHQA 4WYBA 4KHPK 3OHRA 4KBOA 4GVMA 1IKYA 1P8ZA 3SBTA 3HOTA 4IOCL 3CETA 3Q7CA 1L5UA 1V4TA 4Z4EA 3ZEUB 2P9LB 4CFAA 3ZYYX 4J2AA 3NF9A 4B9LA 4OGCA 4I6MA 3SK3A 4YORA 2UU9K 3MN6A 4BG8A 1WSHA 1I3AA 4O5BA 1YI2N 4CVNE 5FPNA 3SYZA 5JVGL 2EHGA 3A2FA 1TKDA 1VRTA 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3OVNA 4F2SA 2KW4A 3QETA 1BOTO 4B1WB 5HRPA 1HJOA 4FOEA 4BGAA 4KPYA 3V9ZA 3L2QA 3L6QA 1RGIA 4KB1A 3QFPA 4N47A 5M1QA 1WSFA 4E7KA 4K25A 2NRZA 1UOCA 4CZGA 1FK9A 3K0SA 1BQMA 3JS6A 3DOLA 3ID8A 2VGNA 3U9DA 3I56N 1ZBLA 4DU4A 2DFFA 1OH6A 5J2QA 3O3FA 2HVIA 2YHYA 3ASMA 4M3ZA 1WAJA 3HPGA 5EXWA 4UQGA 1G99A 3NH2A 3BGRA 3VQPA 1NJYA 4R79A 3P4IA 3VQ5A 3TTDA 5E41A 5LJWA 3NE6A 2FBYA 3CJ7A 3RSEB 4CJSA 1J53A 2I7NA 4O0IA 2OYQA 1Q8IA 1RTIA 1BI4A 3AO4A 1TL1A 3V9UA 3L4IA 4JD2A 4DKWA 4PQUA 2IVNA 3O9SA 1S1XA 2RHKA 3MX2A 2KFZA 4KH4A 4KO0A 4FXDA 4AM6A 3ZX3A 3OYJA 3NGZA 2DFHA 3K57A 3CYMA 1S9EA 5JICA 1TUUA 1HJRA 1VSKA 3TARA 4CJKA 3T1AA 1YJNN 3SAGA 2KKZA 3GBTA 4J2EA 1IBKK 2G8WA 1HQUA 4AHVA 1NLVA 4CJWA 1XWLA 4B1UB 3MXJA 1RT1A 3LPUA 1J54A 1C0UA 3RMDA 4IEEA 1NK8A 2IVPA 2WBNA 3VTIA 3MX5A 1QVFM 4A5BA 5HRRA 1YUWA 3O6WA 5ADXH 3C95A 4CEEA 1HNWK 5GAEP 5AQIA 4DQRA 3HP6A 3IAYA 4PHTX 3HM8A 4DV7K 1DEJA 5AQQA 2UXDK 2A40A 5GAHP 3PIOL 3H1VX 3UE5A 1OVYA 2IAJA 3C6TA 3ID6A 2G8HA 1TV6A 2NRTA 2D0PA 4DTJA 1E3MA 3TPQA 3PO5A 3ZSXA 3AARA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4O8U A;  4YOX A;  4YOW A;  4YOU A;  4YOT A;  4YOR A;  5CHI A;  4YOV A;  4YOY A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5F2R A;  1WBB A;  4HCC A;  1ZBF A;  4JKB A;  3ZEU A;  5KPT A;  3JSM A;  2P9L A;  2FXU A;  4KRE A;  4CE9 A;  3AO3 A;  1JLG A;  1VQP N;  1JCE A;  4NLB A;  3O3H A;  5KI6 A;  3J81 O;  5AQO A;  3ZET B;  1OH7 A;  3VQD A;  3MEG A;  4CGH A;  1YIT N;  3O4W A;  5CHI A;  2E1Y A;  2F96 A;  5JMV A;  4DLE A;  4CGG A;  3NH1 A;  4MLE A;  1IG8 A;  3TAG A;  3THV A;  3SLC A;  4YOU A;  3CIP A;  5T7B A;  3M3Z A;  2O8D A;  3B6P A;  1HYS A;  2E2N A;  3MCP A;  3THW A;  3DRR A;  1BCM A;  3D7E O;  1EET A;  5AQP A;  2Z1H A;  1HQE A;  3VQC A;  4JRP A;  3U8X A;  3M6G A;  3CFR A;  1WAF A;  4CEB A;  4N56 A;  5FLX O;  3D2E B;  2Z1I A;  3PUF A;  3K58 A;  2D5R A;  1NK6 A;  2HMP A;  5TKW A;  4B1Y B;  4EP5 A;  1QVG M;  1IKX A;  2ZWH A;  1D5A A;  4DMN A;  3GE1 A;  4FLY A;  3MCA B;  4A62 A;  2Z1J A;  4B3S K;  2D4W A;  2VG5 A;  2BH1 A;  4IJN A;  4IDK A;  1JXE A;  1VHX A;  3OW2 M;  5J1E A;  3HST B;  2FBT A;  4NCB A;  3VQ9 A;  4PKI A;  1P90 A;  3ISN C;  4I6M B;  3QO9 A;  3LAM A;  4FCY A;  1Q18 A;  2YV0 X;  4CEF A;  1CZA N;  1N32 K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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