4YOVA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 in complex with poly-da
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLNSTLGGIEVRKLDESTIDALQISDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITSKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
source organism Pyrococcus horikoshii
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 66
structure length 226
sequence length 229
chains with identical sequence C, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yovA00
5CHIA 4YOVA 4O8UA 4YOUA 4YOXA 4YOYA 4YOTA 4YORA 4YOWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RWTA 4BY9C 1KFSA 4ILJA 3T69A 3EY1A 4JK8A 5BPMA 4KFBA 3FLCO 4KO0A 4YOVA 3WXLA 4ILHA 4PUOA 1X9MA 4BGAA 4KPYA 1B9DA 1HYVA 2YCHA 3OS0A 4DKWA 2NRZA 3O9SA 1J5EK 2YHBA 2KTQA 4IZ9A 3HPOA 1S9EA 3SBGA 1B9FA 4IDKA 3ZSZA 4KTQA 4W5TA 1SL1A 1RDAA 1WLJA 3S3NA 4BROA 4OKJA 2NLXA 1X9JA 5I42A 1HYZA 2V52B 3CYMA 4ZTJA 4RW4A 1K8KB 4AM7A 1NJIO 4LC9B 4A2BA 1C1AA 3CCRN 1RT7A 3CM6A 5GAEP 2GUIA 5KPTA 3SAFA 3MN6A 4DTJA 3VEYA 1IBKK 1NJXA 1O1WA 2YJFA 5GIOA 1GOBA 1NGAA 5CZ2A 1NK5A 3OYEA 3QBWA 2YNHA 1HYSA 3L4QA 3RMBA 4CBUA 3PSFA 4H5VA 3HP9A 3V81A 4DV4K 2V7YA 1IBLK 4CJQA 4GKJK 5LJVA 4CGGA 2DTUA 5EOYA 1VQPN 4DSLA 4KH6A 4X66K 3KTQA 1WBDA 1S1UA 3A8YA 3TANA 3BZKA 3PV8A 2YJEA 3O08A 2HVIA 5M1PA 2VGMA 3J7AP 5CZ1A 4DLEA 3MAQA 3LPUA 3G4SN 1BIZA 1NKCA 4GMJB 3U8XA 1T05A 4H03B 3GBTA 4B3SK 1S1WA 2ATQA 4CHOA 1ITGA 4X65K 4YY3K 4IG0A 1GLDG 3L2VA 4QS9A 3VMFB 2UXCK 1DGKN 3TTFA 1W7AA 3L8BA 3QNOA 2RE2A 2OPPA 4N5SA 3OTOK 3AVCA 4C8LA 2GV9A 3SAGA 3SQ1A 1S72N 3HYFA 1UWBA 4JD2A 2HNDA 2GUPA 3J7YP 1Q82O 2HB5A 3VQEA 4E7JA 4DTSA 1HUXA 2ETJA 1SS6A 3FGUA 1NJZA 2CGJA 4FLYA 4DF4A 3O3FA 2ZJQL 4O55A 5AQLA 2A6AA 3OJUA 1QVGM 3L4IA 3O4WA 1X9SA 1XC9A 4CW7B 2E2NA 1S1XA 3MN5A 2D0OA 4BQZA 5AQQA 4CD3A 1Z26A 4BR7A 3V6DA 3PX6A 3LM9A 2P1JA 1SAZA 1NGIA 3EE9A 3QERA 2NRVA 2HBLA 4FLXA 1K73O 3VTHA 3LANA 1N33K 1XMQK 1EWQA 4M3YA 3G71N 4B8AB 5FRNA 3NF9A 4FWSA 3RSEB 2P9KB 1E4FT 3AVBA 4CF1A 1HJOA 4JKHA 2IOCA 2P9UB 3C6UA 3I0RA 3J80O 3LDOA 3VN5A 3I33A 1U45A 3MN9A 3MX2A 1P8ZA 4IEEA 5C24A 4BC4A 1EX4A 1NNEA 1IG9A 2NRHA 1IKYA 3ZSWA 4C8OA 1QHAA 3OYDA 1SKSA 1OVYA 1N5YA 1ILYA 4XH5A 3WXMB 4XH4A 3CQ8A 1GLBG 4Z4EA 1YHQN 3EE8A 2HHUA 3EZWA 1N8RO 1NJYA 4FZYA 3DXMB 4Z4FA 4DSEA 5F0XA 2OANA 2PYLA 1DT9A 2HNZA 5BRDA 2HMIA 4QOZB 3VQ8A 2F8TA 1VSLA 4CGJA 3MWPA 2IAJA 1BA0A 1JLBA 3LWMA 4Z0UA 1W9HA 1KTQA 4HHTA 1X3MA 1NK4A 3LWLA 1ATRA 3T19A 4OLAA 4N47A 4KRFA 1D9DA 1FKPA 3SUQA 3H08A 1RDWX 3DRPA 4F2RA 4CIGA 1U48A 2E8AA 3SZ2A 5JMVA 2Q36A 4CZEA 5JLHA 4I7FA 2D0BA 3TSUA 3MX5A 3I56N 4CD1A 3ID8A 1ASWA 5M1FA 4Z4GA 3ZSQA 3C7NA 3CG7A 4X62K 4BREA 1MWMA 3DLEA 1GLFO 1NGEA 2D0CA 4BRFA 3D2EA 3AV9A 3DOKA 1QZ6A 2FXUA 1VSMA 4IWVA 5FRMA 4U7BA 3O9TA 4B3RK 4E0DA 3PIOL 3M5RA 4YOWA 3THVA 2Q2RA 3P39A 3RRGA 3PUFA 2WFBA 2ZWHA 4FW2A 4DG1A 2O8BA 3QIPA 4CJ4A 1NK8A 3SQ4A 1YVNA 3B6OA 3ZLJA 5SZTA 3AA5X 1IH7A 4K42A 4H0TB 3ATUA 3LP2A 4B1YB 1XWLA 3AA3A 3QESA 4DQ8A 3K5NA 3VETA 4DU1A 4I9LA 4W5OA 3QNNA 2QM1A 3AARA 3AVFA 2F4VK 4CJUA 3HOSA 2AJQA 3FR0A 4BQLA 3F5TA 4LFBK 3KD5E 2XY8A 2P9SB 2W41A 3CJ1A 4PL8A 4FJLA 4JD2B 5B8HA 4BRDA 1DTQA 1TAQA 1VQ8N 4DTUA 3R1XA 1GOCA 2OTJN 4I6MA 4CHZA 2A3ZA 4B1VA 1XI1A 1UA0A 5CE3A 2ZM6K 3VQQA 4BRCA 2JGUA 3D2FA 4CVNE 3V9XA 3SJJA 3MN7A 3HSTB 1IBMK 3LP3A 2OTLN 1LWCA 2HHTA 3BGRA 3ULDA 3P31A 3P5JA 2X78A 4JHDB 4DQRA 4JLHA 2X74A 4F4KA 1I3AA 4B9LA 1YJNN 2Q31A 4DU4A 1N32K 2GWKA 3T7ZA 3F73A 1ASVA 2GEMA 4B9QA 3SK3A 4CEOA 4OJRA 3TSPA 1MDUB 1NK6A 4JNEA 4H5TA 2XO7A 3AA2A 4BRQA 3IUCA 3KLGA 1YI2N 2D1KA 3UIQA 1Y97A 1EQYA 3VQ4A 5E26A 4CGHA 4M3ZA 4JI5K 4JK9A 3KLFA 3QEPA 1VQ9N 1RBVA 4CEDA 5C42A 3IS9A 4RW6A 3NGYA 4BACA 5K14A 4CJTA 3D6RA 3VQ9A 3CCQN 4H0XB 2CH6A 3CC4N 1HKCA 1NMNA 2O8DA 3LAMA 4ILGB 1KAYA 4FJGA 1O13A 1JLFA 3SPYA 4OKKA 2IC3A 2VWBA 5SWMA 4CFDA 5A2QO 3CF5L 3E01A 4YNQA 1TK5A 3AVGA 5LL6Z 4Z94A 1HNVA 4BVOA 3J81O 1GLLO 1XMOK 3OW2M 5EXWA 4N76A 3QDKA 1C6VA 4HTLA 4KH4A 1QQOA 1NBWA 5DM7L 3DLHA 4HUFA 3RMCA 2QWPA 1LOTB 2I7PA 3GOIA 3TAQA 1NGFA 3NDKA 4JV5K 3U6FA 3C95A 2KHOA 4FPAA 3M8PA 4H0VB 2KZZA 1E4GT 1C0MA 2P5GA 4HTUA 4DQPA 1RTIA 3S41A 2W40A 4M3XA 1YAGA 3C7NB 1X3NA 4AHSA 4WQ5A 5AQKA 4EZ6A 3CI5A 2GTDA 4KI4A 5C2DA 4FJMA 2P9PA 4K25A 4EHTA 1NGCA 4B9SA 3LZJA 1QTMA 4CZIA 5JS2A 5BR9A 3CCJN 4LF9K 2G8HA 5E84A 4JRQA 3TARA 4YOTA 2OPSA 2O8BB 3HSCA 4KB1A 4N41A 1NU0A 1XC3A 1BHLA 2UUAK 3GDQA 5HROA 4CHQA 2O8EA 4EFHA 4Z4CA 1KRPA 1M1KO 3OYFA 4F2SA 1JJ2M 3WT0A 1NKEA 1FKOA 3O5BA 3NMUA 1D8YA 3EKUA 3K0SA 2A5XA 2NRTA 4RW8A 3OYJA 1K6YA 3HPHA 5C15A 4DTNA 2UU9K 2OZMA 4CZFA 2FF6A 3T1AA 3AVNA 3CPEA 3OVNA 4FM2A 4DUYK 3AGRA 1WB9A 3RMDA 1NLVA 3E9PA 1EO1A 2YX6A 1N34K 5KQDA 4I6MB 3A5OC 3AVLA 3TAEA 3SV4A 1BIUA 3DYAA 4RCHA 4LF5K 4FVUA 4HCBA 3IDHA 4KKOA 3AVHA 3QO9A 1BUPA 4FK0A 3OBWA 3D2FB 2HF3A 2RF2A 2HW3A 3BP8A 4ID5A 1QZ5A 4C23A 2QTDA 4CK1A 4DS4A 1VAZA 4Q0BA 4CF8A 2HVHA 4IFVA 4ISFA 4BRGA 1ATSA 3KWGA 2HHQA 1JCGA 4B9NA 4HVJA 5KPRA 3RR8A 3TAGA 5AQIA 1BL3A 3OYKA 3HK2A 2LSNA 2O8CB 1BCMA 3OYGA 1B92A 2KKZA 2V51B 2ZF5O 1VSIA 2IGIA 1C0FA 3ZX0A 2XY5A 1SKRA 4O5BA 4CGFA 3HI0A 1TKZA 2E20A 2QA4N 1ZBHA 3CQYA 3SQ0A 1GLAG 3SV3A 1I94K 2HBJA 4H5WA 1ZBLA 4C8MA 2GWJA 3HJFA 3NF6A 1OVQA 4CJKA 5J2PA 1ESVA 3RSEA 2FBTA 5AQPA 1M90O 1L3UA 5AQJA 4NCAA 3L0QA 5AZJB 1RNHA 2ZD1A 3V1OA 1Q81O 2O8DB 1Z6RA 3D0PA 3QEWA 5T7BA 2WONA 5CHIA 3SAHA 2ASPA 2Q97A 4O8KA 3FZMA 3OYIA 4IO9L 2YNFA 1S22A 4CHPA 4BC2A 3DXMA 1HRHA 2ZGYA 2EWSA 3I8BA 4IKFA 1A5VA 2FSNA 3U9ZA 2H3GX 4JYAK 3KLHA 1VQLN 3T1YK 3CJ7A 3NAEA 1TK0A 4DSIA 3SQ2A 4AHVA 4CJSA 4C1NK 3TWHA 3CCVN 4DR2K 3KKSA 4JKFA 1IKXA 2WOMA 4DQIA 1R0AA 2VG6A 3DM2A 2P9PB 1U4BA 2YNIA 2P51A 1BI4A 3SYZA 4CEFA 4G1QA 4PY5A 1Y64A 3QMLA 1RT5A 3KVGA 4BRAA 4NXMK 1D9FA 4K8XA 2BGGA 5BN8A 3QLHA 1JL1A 4EHUA 5KTQA 3DAWA 1X9WA 3TAPA 1JXBA 4Y0WA 3ZSYA 5C2FA 1J6ZA 4FWNA 1Q7YO 4M63C 2O8EB 3O3GA 3R3LA 4A57A 4FOIA 3O4NA 3H3OB 1VSKA 4C8KA 2G8VA 5IT9O 2JWLA 1RFQA 1RT2A 4LF7K 3G0ZA 4FK2A 3A2FA 3G10A 3EYZA 3MXMA 5AQZA 5M1QA 3UE5A 3C94A 1IKWA 4BC5A 5E41A 3AO5A 3WQTA 1BA1A 4UQGA 4H5NA 3MXIA 4FWMA 1RBUA 3MDQA 4YOUA 2I7NA 4FVMA 1X1PA 5GAHP 1KVBA 2CGLA 3SCXA 4AHUA 3M8QA 3NF7A 4CJFA 1KC8O 2UUCK 4A2AA 3ULEB 3VOVA 2KLAA 1HNZK 2P9SA 3U9DA 2O4GA 3CD6N 3JS6A 3KZBA 3OYAA 3LL3A 4JS5A 1LAVA 4WQ4A 3W3DA 1QSSA 2WUSA 4CEZA 4LSNA 1QS4A 2HOEA 5BRHA 4IOXA 1IV0A 1OKJA 3VQPA 5AR0A 4FJ8A 2QKBA 3OYCA 4OGCA 2HNYA 4KHQA 3GL1A 4E3SA 3NFAA 2VQFK 1C1CA 3ASMA 3L6QA 3OHRA 4FJKA 2E2QA 2AP1A 4BVPA 3VQBA 1K9MO 3OA9A 3CETA 3NVMA 1TL3A 2QXFA 3CJAA 4JHDA 4DR6K 3VERA 4FLWA 3VEZA 1IKVA 5JLFA 4CF9A 1VQNN 3QB0A 3VF2A 4DTXA 3HBTA 3THWA 1G15A 3VENA 1VSFA 2RN2A 3LM2A 2X6SA 1TAUA 1WAFA 4DUZK 5I3UA 1Z05A 4UY8O 1UA1A 1YVUA 3L2UA 3L2QA 3A5NC 4K41A 1C0GA 5M1NA 3CC7N 5GIPA 1YUWA 3ITHA 4CZHA 4DTRA 4KHNA 4CEAA 3CCUN 2A1SA 4PKIA 1T8EA 4EIAA 1VQ7N 1WSIA 4I9QA 2OPQA 3C6AA 5BREA 1DKGD 5AQOA 4FWPA 3N4PA 1KD1O 2ASOA 4CBXA 2P5OA 5AQGA 1TYQA 1BGXT 3LPTA 5M1KA 2BDPA 4WQ5C 4KHWA 4WCEL 3W0LA 1VQKN 4O0JA 3FZKA 5HRPA 4OO1J 3I0SA 1RDUA 4RG8A 1HNIA 2FBXA 3RR7A 3M3ZA 4EZ9A 3E9OA 4JKGB 1NK0A 3HVRA 3MEGA 4FM1A 3HO1A 3M8SA 3LAKA 1Z25A 3ZSXA 1WSHA 4DCHA 4JKDA 5GINA 5FDLA 4DS5A 4JKCA 1BI4B 4DFPA 3AVJA 5GADP 2F9WA 3SMSA 3V1QA 4JN4A 1GOAA 3VGKA 2XHBA 2HHSA 3MXJA 5EY4A 5J2MA 4LF8K 3VQCA 1QE1A 3DLBA 3IKMA 2ITGA 2E2OA 3I8DA 5EU7A 1HX1A 1NKBA 4M7XA 2CGKA 1VRUA 2HBKA 2A41A 4JKBA 2KZMA 2FLOA 1J9AA 2ZGZA 3JYTA 4OPHA 4HUGA 4FSVA 2FC0A 3WEEB 4A5AA 4K8ZA 2GX9A 4FK4A 3O6WA 3ZSRA 5HP1A 4JI7K 2O4IA 1XHXA 2D0PA 4B3OA 3E66A 1EXQA 1QQNA 3AVMA 4JI0K 5AQWA 1VQMN 1Q18A 4FWRA 4O4GA 1N6QA 2A40A 3HP6A 3H45C 3RWUA 4LY7A 1SL0A 4J2EA 4DFKA 2EHGA 4KI6A 4M7YA 3LDLA 3MEDA 4BWJA 3TABA 1ZBIA 2FBYA 1YT3A 3HRGA 3KKRA 4BRNA 3CMAN 3PX0A 5FLXO 3V1RA 3CFRA 1RCHA 1S1TA 2BE2A 4KBOA 3HVTA 1IJJA 4IXCA 2I5JA 3O9QA 3H46O 2NRWA 3AO4A 3UKRB 1LV5A 1F21A 1WAJA 4FWKA 5HOOA 4XIUA 2VQEK 1BISA 3CJBA 2F96A 1S9GA 4BRMA 4IOAL 1CLQA 4DV0K 5AQSA 3NCIA 2OPRA 5LJWA 4J8FA 2G8FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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