4YOXA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 in complex with poly-dt
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLNSTLGGIEVRKLDESTIDALQISDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITSKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 69
structure length 226
sequence length 229
chains with identical sequence C, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yoxA00
4YOYA 4O8UA 4YOVA 5CHIA 4YORA 4YOUA 4YOTA 4YOWA 4YOXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UA0A 2YCHA 2IIRA 4WCEL 4DCHA 3T1YK 3ZX2A 3RWUA 1NGFA 3VA0A 2HNYA 2QTDA 4Q5VA 3C0BA 1Q86O 4DTNA 1S1UA 1SL2A 2PZSA 1NK4A 3WEEB 4KFBA 4DQIA 2A42A 1IBKK 3O6WA 4K0KK 4BRKA 1JLAA 4Z4IA 4DTPA 3MEEA 5AQYA 1VSDA 1XWLA 3C6TA 3HZ6A 5AQIA 1WSIA 4CZJA 2VGNA 3HXMA 4IOCL 4BRGA 4CESA 4BC2A 3UKUA 4ISGA 3VEXA 4DQPA 3SAFA 4DQQA 4GV9A 2HOEA 5KPTA 5MLCQ 3CFRA 1MWMA 4I2QA 3SUPA 4OPHA 1BOTO 3AARA 2PFUA 1K6YA 2P5OA 5LMUK 1S9GA 3AVKA 3VQAA 2BTFA 1LOTB 1VQKN 1RT2A 4OKJA 3SCXA 2WC9A 5C10A 1XI1A 1HPMA 3L4IA 3CM6A 5J2NA 3QNNA 4W5QA 4PKGA 2OTLN 3V1OA 1IO2A 1Q9XA 3SQ2A 1NG9A 4WQ5C 3O9SA 4CJPA 5J1EA 4DF8A 2BH1A 1ATNA 4JD2A 4FLXA 2NRTA 4XH5A 4CEFA 1YITN 3QDKA 4DV1K 4PL8A 4LF5K 3LP1A 3VEOA 2HNDA 5HOOA 1T3VA 4N5SA 1RNHA 3CQXA 3PO5A 4OKEA 3OS0A 3NVMA 4FZYA 3KKRA 4PQUA 2I5JA 2HMIA 3CD6N 4YOYA 3AVHA 4CK3A 2P5GA 2GELA 2RPIA 4NXMK 3QFUA 1NK9A 4DSFA 3H6EA 3AVAA 2G8KA 5AQPA 3AVBA 4JKGB 1C0GA 5JS1A 3EY1A 4F3OA 3AO3A 2F8SA 4FVUA 2W40A 3DRSA 4CEEA 3T3FA 2RKIA 1NKCA 3D45A 3MDQA 3FGUA 5BPLA 4RG8A 1VQPN 2PY5A 4ZHRA 4O8KA 1NJXA 4A59A 1WSHA 4IEEA 3HPOA 4C8KA 3G25A 2XY7A 2QWPA 4YOXA 3QEIA 2GTDA 2W42A 4CGFA 5AZIA 1JLBA 1NOZA 4OLBA 3MN6A 4IO8A 3ZETA 3AAQA 1JCEA 2VQFK 3RRGA 3BUZB 4Y1DA 2AP1A 1IG8A 4Z4EA 3ZX3A 3ZSZA 2NRHA 1DTTA 1DKGD 1WBBA 3GL1A 3KTQA 4DSIA 4JI8K 4GW6A 2D1KA 4BE2A 3O4WA 4N76A 4CEDA 3I8DA 4FWRA 4F2RA 3ULEA 3G10A 4CF8A 1P8ZA 2IVPA 1LCUA 5HBMA 1XUPO 4DLEA 3CMEN 4ZTJA 4I2PA 5DM6L 3UIQA 3G71N 5HRRA 1OH8A 3T1HK 4JS4A 1QSLA 3HRGA 2YHYA 2FBXA 4L3QA 3TWHA 5FPDA 1WLJA 3LWLA 1HX1A 1JJ2M 4DV7K 4E1JA 4CZEA 4FZZA 1C0FA 2CGKA 2HMPA 4JI3K 1N8RO 3AGRA 2A5XA 4KHWA 1VSMA 3VQDA 3I0RA 4JI7K 1GOCA 3NBPA 3ALYA 3AO4A 2FXUA 4JLHA 4B3TK 4FJMA 4XH1A 1WUAA 4M3ZA 2WUSA 5HROA 1ASWA 4R79A 4GV3A 4CFBA 5F0XA 4BGAA 3CCEN 4QS8A 4HCBA 3L3UA 1ASVA 3VF6A 3K5LA 1D9FA 3QERA 1WBDA 3QIOA 4FJ7A 3RMAA 4BC5A 3VGMA 3CCMN 2YI1A 3HSTB 3A5MC 2QKKA 4BGBA 2P9IB 1U2VB 2KW4A 4IXCA 5KI6A 1TKTA 3H46O 3LM2A 2YJFA 2O8EB 4BE0A 4AHTA 3LDQA 1LWEA 4CF1A 4BWMA 3S3MA 2UUAK 2V52B 1N33K 2HBJA 4CHQA 3CJBA 4KBOA 1ZXOA 2ASMA 3CM5A 4DTMA 4CEBA 4OO1J 3R8EA 4Y0WA 3MN5A 3VQ5A 1ATSA 1TV6A 1NNEA 4IG3A 4JI1K 4CBUA 3LM9A 2P1JA 4H0VB 4DSLA 2G8FA 3HO1A 3NF6A 3U8XA 3A8YA 3C6UA 3ID6A 5AQUA 4MLHA 4GVMA 2Y1JA 2PAVA 4BRMA 1UOCA 3WNGA 4M3XA 4JN4A 4CBWA 4B3OA 4KB1A 3L2WA 1C0TA 4M45A 2P9LA 4KREA 1HKCA 1LAWA 4FJLA 3VA3A 4EHUA 4OPJA 2FBYA 4FL9A 4BR2A 3QLHA 1JL1A 4DMNA 1BQMA 5EX5A 4B1VA 1OVQA 3EN9A 1N6QA 3KWIA 4EFHA 1B9FA 4MLEA 1I3AA 2DFFA 1ILYA 3LPTA 4JI6K 3LWMA 1WSGA 1NGBA 3IAYA 4BREA 5DM7L 2E2OA 1BIUA 4A2BA 1BO5O 4DB3A 2HBKA 1JCFA 2J4RA 5KRSA 4J2DA 3M5RA 5HRNA 3IFRA 1SKWA 3NGIA 1UWBA 3RR8A 3B6PA 3IS9A 1TKXA 4G9ZA 2P51A 1S1XA 3QETA 1U49A 5FPEA 4JI2K 3E9PA 4YY3K 2P9NA 4GV6A 1VQ8N 1HKBA 3O80A 3PSFA 1A5VA 4B8AB 1WAJA 1SZ2A 4RW7A 4M63C 4H0XB 4B1ZA 3OYKA 5HRSA 4A61A 4H5NA 3NFAA 5SWMA 1ITGA 3S9HA 2HF4A 4NYFA 4AHCA 4E3SA 3D7EO 1WN7A 1Y97A 4NYNA 1BCOA 4H8KA 3K0SA 1ZC6A 2BE2A 1X3NA 4H03B 1D9DA 2IVNA 2OCEA 4MDBA 5GIOA 3WT0A 3C95A 1RT7A 1CLQA 4ICLA 1VSHA 4J2AA 4BQLA 2A3ZA 4W5OA 4I6MB 1VHXA 1KQSM 2JLEA 4EHTA 2RHKA 4JKHA 3EE8A 3U9DA 3VOVA 3OYIA 5E26A 3O8MA 4CGGA 3LDOA 3CJCA 3FZHA 2D0CA 2KKZA 4DR3K 1TGOA 1S5JA 3NH0A 1W7AA 1RGIA 4DSJA 4RWTA 1NGEA 4O0IA 2E1ZA 4X62K 5AQFA 4WFAL 3THYA 3J80O 4JS5A 4CHNA 4FYDA 2O8BB 4A5BA 4N56A 3P4IA 3OJSA 3D0PA 4LH4A 4CF9A 5AFUA 1T6DA 3KHYA 4CEAA 4M3RA 4LF7K 3LAKA 2BUPA 5BRHA 1C1AA 4FOEA 1HNZK 1GOAA 3A5OC 3HYFA 3THWA 4LF9K 1YAGA 1XC9A 5LY3A 3QBXA 4JYAK 5KGWA 3PO4A 3ITHA 3ZSYA 3KLIA 2B6AA 3VF2A 4IFVA 3NCIA 1S6QA 5KRTA 5M1NA 5C12A 3UKUB 3QBWA 4DS4A 4WF9L 1S3XA 3FR0A 4CE9A 3F9MA 2EX3A 2E5LK 4IDKA 1KCFA 4FJXA 1ZBUA 3CPEA 1KC8O 2ITGA 3LZIA 4DLGA 3NF8A 4IFEA 4WQ4A 4XIUA 1EQYA 3MEGA 1RTJA 2PYJA 4H4OA 3DXMB 1M1KO 3IRXA 3DWLA 4B1WB 2QEXN 2HHHK 2PYLA 4H5RA 3D2FA 1NK5A 3ZT1A 1D8YA 3OA9A 2X78A 4JAXA 5I42A 2VCPA 1QZ5A 1JCGA 4LF8K 3OS2A 3SNNA 4CZGA 2HBLA 1SL1A 3KK7A 4XEIA 5HP1A 4JD2B 1H1VA 2V51B 1BU6O 3QFPA 3AO1A 2D0OA 5CE3A 5GINA 1Z26A 4BQZA 1NGGA 1NGIA 2D4WA 3TR8A 4JKBA 2VGMA 2O8CA 3CJ1A 4O0JA 5TKYA 3E01A 1MU2A 3BDPA 4FM0A 4M3YA 3I8BA 3J81O 4QOZB 2ZE2A 1KFDA 4FLUA 3E9LA 2E2QA 2UUCK 3O5BA 2O4GA 4B9SA 1O13A 3BF1A 2QW9A 4DR2K 2OA8A 4LD0A 4JI5K 4HUEA 4E89A 3L4QA 2B5JA 3OJUA 3V9UA 1HPZA 4B9TA 4DQ8A 4LFCK 5CZ2A 4WYBA 3IMXA 2BANA 2XY8A 3ZEUA 3ISNC 1Z05A 2A6AA 2XRIA 5AQHA 3MK6A 4CFDA 5AZIB 3TTCA 2HHVA 1A5WA 4CJFA 4DTUA 3MN9A 4TSXA 1JL2A 4JNEA 4E1MA 4OX9K 1IJJA 4X66K 2Y1IA 5CYQA 2E2NA 1IH7A 3B6OA 5ELZA 3TU5A 4JKAA 3SUQA 3CJ9A 1OVYA 4IZ9A 4O4GA 3Q7BA 1VQ4N 4FWLA 3J7ZO 2FF6A 3ULEB 4CVNE 1S22A 3MCAB 1TKZA 4CHOA 1EP4A 5JMVA 2QK9A 4C8MA 2JWKA 1N34K 3P38A 1WB9A 1T7PA 1EO1A 3CYMA 2E20A 4FW2A 3AA3A 1S72N 1TUUA 3ZCMA 3L8BA 1EKEA 1U04A 3F2KA 4DV2K 3VQ4A 4K43A 3CG7A 4JKCA 5BRFA 1QVGM 3U9ZA 2HBMA 5GAGP 4NO7A 3D2EA 3HVRA 1ZBIA 2IDOA 4FWNA 4F4KA 2YX6A 3CI5A 3A5NC 1GLLO 3AAPA 4FJ8A 1P90A 3GBTA 1RDAA 2Z1GA 4CEZA 4AQYK 3DM2A 1R59O 2HNZA 4M3WA 4FO0A 4FLVA 3I55N 4FZXC 1TYQA 4DUYK 3H3NO 3KJVA 1RBVA 3CQYA 2UXCK 1S1WA 1VSJA 3OYBA 4ILGB 3H1VX 5AQXA 4B9UA 1E4FT 2Q0RA 1SAZA 3MXJA 3O9TA 1XHXA 4AM6A 4O5FA 3VQ8A 1TK0A 3KWGA 3UKRA 1U47A 1LWCA 4FK0A 3QMLA 5TKWA 1S1TA 5AQZA 4B9LA 2D5RA 3EO3A 3CCUN 2P9SB 3O3HA 1QVFM 4M3TA 3K9JA 4DF4A 3LDSA 1HNIA 2JWLA 3WXMB 1V4SA 4C8NA 1GLEG 4AHUA 1Z6RA 5M1KA 3SUNA 1K9MO 3HK2A 1IKYA 1WAFA 5ADXA 4FLTA 5FDLA 4I9QA 3OYHA 2HVIA 4J8FA 5AZJB 4IOXA 2UUBK 4FW1A 5BPNA 4PUOA 1QE1A 1VQ5N 4CEQA 2HF3A 4BRIA 1NBWA 4JK7A 4E1NA 3K57A 4OVLA 3NMUA 3ENOA 4HTLA 3RSEA 3ZT2A 3FFKB 3O9UA 2Q36A 4MFBA 4M41A 5C15A 1S6PA 4IO9L 3ZSVA 3CCSN 2Z1JA 5AQQA 4KTQA 2F7TA 2HB5A 3D6RA 3L2VA 1HNXK 1TUYA 4Z4CA 2E88A 1IKWA 4EZ6A 4FLYA 3BZCA 4BVPA 4CJUA 2Q31A 3LP3A 5EXWA 4YDUA 4DV3K 3DOKA 1QTMA 5C0YA 3HP6A 1NWKA 4E0DA 3GDQA 3TSUA 5J2QA 3OS1A 3R3LA 5JICA 1D4XA 2OPPA 2YNIA 4CHPA 4CGJA 3MN7A 3K5MA 4CJWA 2KZZA 1LV5A 2Q1NA 3ZSOA 1OKJA 4KAZA 5IWAK 1YI2N 3BP8A 1KD1O 5LJVA 3AVFA 3WQUA 3SQ4A 4CIEA 4BC4A 5KQDA 3AY9A 4KH4A 1LW0A 1HUXA 3EE9A 5LL6Z 3T7ZA 1EWRA 2VWBA 1MDUB 2NUBA 5EVZA 4CK2A 3V6DA 2CGJA 1VSLA 3OW2M 3OTOK 3ULDA 4GNIA 2P9NB 4FCYA 1E4GT 1KXPA 5AQVA 5JVGL 5F1XA 5BR8K 3VETA 4F3TA 3ASMA 3RMBA 4W5RA 1U6ZA 1HQUA 4E7KA 1BA0A 4WFNL 2ZJPL 2I7PA 4B1UB 1TL3A 3P31A 1IBMK 4EIAA 4B9NA 3J7YP 1SKRA 1BDGA 3CJAA 3OYLA 3MCPA 2NLXA 4M3UA 4K42A 4YNQA 4J2BA 4H0OA 5AQNA 4QS7A 2VG5A 3M3ZA 4WQ5A 4X64K 3I56N 3QESA 3TARA 4OJRA 4AM7A 2P9KA 2HHSA 3SLCA 3VEZA 3E9OA 3ZX0A 5FPMA 4BG8A 3HI0A 4FJNA 3C7NB 4HTUA 4GKKK 4CGDA 1XNRK 2WBNA 3B8AX 2GX9A 4KPYA 2A41A 3CJ7A 1X1PA 3DJCA 4RTFD 4FWPA 4FOIA 3F5TA 2P9PA 3G6EN 4A57A 4AF1A 3VQEA 1YTAA 2Q0UA 3SPYA 4OLAA 2X6NA 1NU0A 4GMJB 4DU1A 5BPMA 1YUWA 3TPQA 3C6AA 5KPRA 3EKUA 2GV9A 5EU7A 3H1QA 4M42A 3LDPA 1VQMN 3A2FA 4KHYA 5KTQA 2A40A 5C2DA 3K5NA 2VWJA 4DV5K 3TANA 3WNEA 4BRDA 4Y1CA 4KB0A 4E7JA 2WONA 1RDUA 1V4TA 2IGIA 2W6KA 4BWJA 2QWMA 2Z1IA 2O8FB 1JLQA 4C23A 4I9LA 4FM2A 4JHDB 3CF5L 2DTUA 2Z1HA 2W41A 3NDKA 3JXUA 4CJTA 3AA5X 4Z4GA 2KLAA 4JK9A 3O08A 2RN2A 3J8AA 3CC4N 1TK8A 5CHIA 4Z4FA 1MA9B 1QHAA 5C25A 2ZJRL 4DUZK 3SV4A 3HOSA 1KTQA 4BR7A 4ELTA 4JKDA 3A5LC 3EL2A 3CFOA 2CH5A 3TTDA 3FE1A 1ZYQA 2ZQBA 1S9EA 4DFKA 3V81A 4IG0A 2DFHA 4FJ9A 3VQQA 3DRRA 5JLHA 3CHWA 2O8CB 1RT5A 4IFYA 4DTJA 3K5OA 2E6LA 4GVEA 3RTVA 3QIPA 3ZSXA 3OVNA 3CQ8A 1T6CA 3G0ZA 3FZFA 5JS2A 1WSJA 1RBTA 4PKIA 4ELUA 3E1YA 1L3UA 4PY5A 2O4IA 3OYMA 2UYTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOY A;  4O8U A;  4YOV A;  5CHI A;  4YOR A;  4YOU A;  4YOT A;  4YOW A;  4YOX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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