4YOYA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 in complex with poly-dt and mg2+ ion
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLNSTLGGIEVRKLDESTIDALQISDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITSKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 63
structure length 226
sequence length 229
chains with identical sequence C, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yoyA00
4YORA 4YOUA 5CHIA 4O8UA 4YOXA 4YOVA 4YOWA 4YOYA 4YOTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BGBA 1D8YA 4BRKA 4R5PA 3VQEA 4CZLA 1BCMA 4CJFA 4JV5K 1S3XA 3DXMB 4A5AA 4KTWA 1GOCA 3VEOA 2QXFA 1HUXA 3H45C 3NCIA 5JVGL 4OVLA 4FWSA 1EWQA 3A5NC 4CZFA 3MCAB 1TYQA 1WSJA 2QW9A 2P9LA 3O9QA 4CZKA 4FLVA 4FJLA 3V9ZA 1T05A 3MWPA 2UU9K 2OZMA 4CIGA 1KAZA 4CGDA 4CBWA 4DUYK 1RDWX 2D0PA 4ZTFA 1RT7A 2EX3A 3R3LA 2QKKA 2Z1GA 1JCEA 2NZTA 1ASUA 5DK5A 3IUCA 4CJ4A 4GMJB 4CJQA 4EP4A 1Q9YA 4G9ZA 1HX1A 3KLHA 3ZX2A 2GWKA 1JL1A 3EZWA 2I7PA 1F21A 1NGJA 3ZETB 1P90A 3AVGA 3F73A 2VG7A 2FLOA 3P39A 1UA0A 4IG0A 1EKEA 2G8WA 2OZSA 3O4NA 3I33A 1QZ6A 3C7NB 1QQOA 4CCHA 4E89A 1CLQA 5KRSA 3H6EA 3HK2A 3EKSA 1IV0A 5HRNA 3OYDA 4FO0A 4Z4CA 4CEAA 3UB5A 1HKCA 4CEFA 1GLEG 5SWMA 3ULDA 4N47A 4W5TA 1QSSA 4M3YA 1KLMA 4OKKA 3VQAA 1NGHA 4FSVA 4E1NA 4WQ4C 3WNHA 1NJIO 3BF3A 3DLLL 1U49A 2ZF5O 4DSJA 1XC9A 1N6QA 1ILYA 1XC3A 3OTOK 4PY5A 3IMXA 3O1WA 1TVRA 1EP4A 2E6MA 4JI2K 2HW3A 3RWUA 1OVYA 1RDBA 2YJFA 5KPRA 1ITGA 1HQUA 3AVBA 2O8FB 4JKHA 4ISGA 3HJFA 3EE8A 4C8OA 4AM6A 1BI4B 1D9DA 2PY5A 3SUPA 3ZSXA 2F8SA 4W5QA 3D0PA 3CCLN 1NKBA 4KPYA 2O8BA 2FBTA 3LZIA 4I9LA 3OBYA 4DV2K 4AF1A 1ZBSA 2GUIA 3LAKA 3IG1A 5CYQA 1NWKA 3ALYA 4WCEL 2YNIA 3D6RA 5JLHA 3V4IA 4IOXA 3WNGA 4DTNA 4MO5A 3SLCA 3SMSA 2QWNA 3THVA 4Z4IA 2UXDK 1NK7A 3G0ZA 4RW4A 3AAPA 3NH0A 3U6FA 1M90O 3ZYYX 1QQCA 1VQ5N 3ATUA 4H03B 4OPKA 3TPQA 4KHQA 1IKVA 5CYMA 1LWFA 2F4VK 3OJSA 4A5BA 3VESA 5J1EA 1Z26A 1CZBA 3ASMA 4GNIA 1Q8IA 2ZE2A 3O5BA 5F2RA 2IAJA 1FK9A 3DM2A 2W6KA 4Y1CA 5SZTA 4BROA 2NUBA 2W6LA 3EN9A 4MLHA 3M6GA 2ASPA 4O55A 5AZIA 4FM1A 3RMAA 1C1CA 1VRTA 3D2EA 5LJVA 3OYMA 4BWMA 1NGFA 4CESA 1GOBA 3QO9A 3TARA 4CGJA 2IC3A 3E66A 4DR2K 3HVTA 4WYBA 3M8SA 3WNFA 4BY9C 4CHZA 1I94K 3LP1A 4DV5K 2V7ZA 4LSNA 4O8KA 3DJCA 2A42A 1KQSM 4E7HA 3AY9A 1XI1A 1GLCG 3K9JA 4UY8O 1U4BA 1YJNN 3ZEUA 3RRHA 5E41A 3LPUA 1NG9A 1N33K 1IJJA 4KHSA 5GADP 1VSLA 1A5VA 4W5RA 3H08A 1U2VA 1VK0A 1V4TA 4QS8A 4NXMK 4O4GA 3V9WA 1RTIA 2PYJA 3AVNA 3L2UA 4M3WA 1RTDA 1RBSA 2EWSA 4BRLA 4F8RA 1YAGA 3A2FA 3AVLA 1I3AA 2X78A 1JXEA 2P9UB 4LF7K 4FL9A 2WONA 1HRHA 3L3VA 4CEZA 3OS1A 4DV7K 4DTSA 2XY6A 3RMDA 1WAFA 5FPEA 3V6DA 3LDNA 2X6NA 4RW8A 4F9OA 3OYIA 1NM1A 5GAGP 3QBWA 3HXMA 3WQUA 4NB4A 3FE1A 4AHRA 3ZSYA 3OYFA 3M8QA 3U8XA 2P9IB 4DR3K 4DV6K 4A57A 1S9GA 4KI6A 3OS2A 2QWLA 4C23A 1QQNA 3IKMA 2HVIA 2KZMA 2NRTA 3CCMN 3TAFA 3VQ5A 2HBMA 3VQPA 4W5OA 2ETJA 2OYQA 4CF9A 3DXKA 4B1ZA 5KPZA 3O9UA 3GG4A 1SAZA 4M3TA 4FJ7A 2FF3B 3HYFA 2P51A 2P9KB 1QHTA 2XY7A 3KIOA 3ENBA 5F1XA 5AQZA 3F9KA 2HHUA 1YF5L 1BDGA 3SQ4A 1N8RO 4HHTA 4KHPK 4IEEA 3QEXA 2O8CB 1LWEA 4WFAL 4FM2A 2ZJQL 2PAVA 3SUQA 4AHCA 4DV0K 1VSDA 5A2QO 4CK2A 3F9MA 4PKIA 3C95A 4CJPA 4CZMA 5LMNK 2FC0A 3S3OA 4BR9A 2E2QA 4F4KA 1Y64A 1P8ZA 5KI6A 3KLEA 3LPTA 1WNSA 4MO4A 2VWJA 4FWQA 2P9SA 3OJUA 5HBMA 5M1NA 3UE5A 4A2AA 5KTQA 3VOVA 5C10A 4JI3K 4JKCA 5ADXA 3JYTA 2KFNA 3ULEA 1B92A 3PSFA 3TR8A 1VHXA 4KH5A 1VQ9N 2A1SA 1ATNA 2YV0X 3G10A 3H3NO 4XEIA 4FJJA 1S22A 4JKDA 4DQSA 4JAXA 3HTVA 1HKBA 2P9PA 1K73O 2IVNA 2ZJRL 2RF2A 1TK5A 5HLFA 5J2NA 3VQCA 3AGRA 1Q9XA 1ZXOA 2Q31A 5CZ1A 4LF9K 3A8YA 4DFKA 1UOCA 4RTFD 5AR0A 4DV1K 1SL2A 4DU3A 1YTUA 3SQ2A 4FK4A 5C2FA 3TAMA 1WUAA 3MECA 2EHGA 3H1QA 4I6MA 3UKRB 3RSEB 4JK8A 2HHQA 3MX5A 5M1FA 1TAQA 3VEXA 5TKYA 4OLBA 3MEDA 3LDPA 4M3UA 1HNXK 1BQNA 1XMOK 5E26A 1XHXA 4FJGA 1LW0A 4M42A 4G1QA 1D5AA 3UKUA 4KB1A 2F9WA 3OY9A 4BG8A 3BF1A 3QDKA 3AO5A 4OGEA 1NK9A 1HLUA 2OPRA 4X64K 4BE0A 1YUWA 3L2VA 4H0OA 1IKXA 4FVUA 1S6QA 3PX0A 5DMRA 1KAXA 4M45A 4H5RA 5JS1A 5IT9O 1KVBA 3QETA 3MXIA 2NLXA 1MWKA 3B6PA 3VTHA 3R6MA 4CJRA 4BRCA 3V1QA 3VQQA 2BUPA 5TKWA 3QEIA 1HNVA 1HJRA 4DV4K 1TK8A 1RBUA 4E7KA 1BL3A 3H1VX 5AJ3K 1V4SA 2Q97A 4CD3A 3O4WA 3L4IA 3HPGA 5JICA 4DF4A 2E4LA 2OCEA 3CG7A 3FZLA 4DTMA 5C12A 4WF9L 4BACA 2YKMA 3PUFA 4DFJA 2DFHA 1CZAN 4ICLA 3VQ9A 3TSUA 2VQFK 1C0TA 3VGKA 2CGKA 3CJBA 2ZD1A 3BZKA 4YOTA 4NLBA 1NGEA 3VEZA 3CI5A 3VF4A 4B3TK 3HP6A 3SNNA 4FK0A 1VQ8N 1LAVA 5I42A 3QB0A 2GUPA 4B1YB 3HM8A 4YORA 4DQ8A 2V51B 2G8VA 1DTTA 2A1RA 1MA9B 4PL8A 1TAUA 1TUUA 2UYTA 1TL1A 1XUPO 3P31A 4FJMA 4H8KA 2ASMA 4HCCA 3ENOA 4OGCA 1GLAG 4CZHA 1YVUA 1FJGK 4E7LA 2FF6A 1J6ZA 4C1NK 4BRGA 4FJNA 4OPJA 3LDSA 1E3MA 1IBLK 3TAPA 4KTQA 1BU6O 1NGCA 3CCJN 3TI0A 4YDUA 3CERA 5AQMA 4BC3A 4JKAA 4LF5K 4CF1A 4NYFA 3G71N 1W9HA 3DXMA 4IDKA 4YY3K 4IFYA 2GV9A 3DI6A 3DLRA 2GEMA 2Q0UA 4CE9A 2Z1HA 1CXQA 2O8EB 3NF8A 3EY1A 4FYDA 1GLBG 3KVGA 4I9QA 2P5OA 2RE2A 3C94A 4DG1A 4FWNA 3FZHA 3L2RA 2KZZA 2HBLA 1C1AA 3CM6A 4Z0UA 3LDQA 4CF8A 4KO0A 1KXPA 3HOTA 4NO7A 4BDPA 2NRXA 4F2RA 2KKZA 3T3FA 1GLDG 4M7YA 4ILGB 1WSFA 4R79A 3CD6N 4IDHA 3TAEA 1BOTO 1NK5A 1L3VA 1YVNA 5GAHP 3KJVA 3OYEA 4O8UA 3ZT4A 3E9OA 3ENHA 4H5WA 3SAFA 3TTFA 4CFDA 1TKXA 4BDYA 1LW2A 4ELVA 5C0YA 3C65A 3CMAN 2P9NB 2OPQA 4IOAL 3ITHA 2WUSA 4BR4A 5EXWA 4LFBK 4DMNA 2P1JA 1S5JA 2D1KA 3C7NA 4JKGB 4B08A 3ZSQA 3VGLA 4CFBA 4FW1A 3CJCA 5FRNA 3OYNA 4BG9A 1WSEA 3P83D 3FZMA 4X66K 3MN9A 4RWTA 4I2PA 1U04A 2HNZA 4H0PA 2YHBA 1C0GA 3LM9A 3LP3A 2B6AA 2G8HA 1QE1A 4B1UB 1JLEA 3VETA 2IS3A 1TKTA 4C8NA 3SV4A 1Z05A 4FCYA 4CJ5A 3OYBA 4IG3A 1T6CA 1T7PA 1VRUA 2A5XA 1BWFO 3AO1A 1RBTA 4E19A 3J81O 4QS7A 4K25A 3D2FB 1RT6A 1ZYQA 3NBPA 4DS4A 3AA5X 4IBNA 2O8FA 3VERA 3OS0A 1OVQA 2R7YA 4DS5A 4BC2A 5M1QA 1BI4A 4LH5A 4Q0BA 3QERA 4PQUA 2HMPA 4EP5A 1HNIA 4CIFA 4GKJK 4M7XA 3LZJA 4XH4A 3QICA 3RMBA 3VQ8A 3DOLA 3HVRA 2YNFA 4Y0WA 3QNOA 3THYB 4JKEA 3TWHA 2WBNA 2PBDA 4WQ5A 2BE2A 1TK0A 1J9AA 3K5LA 2Z1IA 3VF6A 2QWOA 3NMUA 5T7BA 1NGIA 3THXB 4CK3A 1WSGA 1VSEA 4EZ6A 2Q1NA 2QWQA 4B9UA 2FBYA 3MCPA 5EOYA 4A62A 1HNZK 2AA4A 3CJAA 1HKGA 1QQMA 5AQGA 2AJQA 1NK0A 4NCBA 1B9DA 3SCXA 4DR6K 2HHVA 1KVAA 4CHNA 2G8KA 1UWBA 3P4IA 3ATVA 4EIAA 4CF0A 4CHQA 3HZ6A 1VQPN 4RW6A 3L6QA 3O3HA 3O6WA 2XHBA 1NGBA 4M3RA 4DB3A 3KD5E 2GBZA 1HR0K 3WT0A 3P5JA 3MDQA 2QK9A 3CETA 4BRNA 4FLWA 1NJYA 2FSNA 2F8TA 3AA4A 2Q36A 2BH1A 5JLFA 1JXBA 3JAMO 1NLVA 4CZIA 3OYKA 2HMIA 4BC4A 4J2AA 4J2EA 3O9SA 1H1VA 2E5LK 4CZJA 4BRDA 5BRFA 1ESVA 4NCGA 2E88A 1VSHA 2JLEA 2PZSA 1HPZA 2O4IA 4QAGA 4JKBA 1IG8A 4EAHD 5AFUA 4DSEA 5F0XA 3R8EA 3CFOA 5B8HA 1MDUB 5CHIA 2ZJPL 5BRDA 4FJ5A 2P5GA 1L5UA 2P9UA 1ATRA 3Q7CA 4FLUA 1U45A 1YJ9N 4M63C 4CF2A 3LWLA 5KPTA 3VTIA 4U67L 1Q18A 3LAMA 3WUHA 4CGIA 4N5SA 3M5RA 3KLGA 2D0CA 5ADXH 1W7AA 4H0XB 4BRPA 1YI2N 5FPNA 3MMVA 2P9IA 3DAWA 4FOEA 2YHAA 3WQTA 4JI8K 3DLBA 3T7ZA 3SYZA 5BREA 3W3DA 4JK9A 3HBTA 4ID1A 3DOKA 3RRGA 1D9FA 4XH1A 4CEBA 5E84A 4LSLA 4IFEA 2D0AA 4BC5A 3T1HK 4H4OA 1VAZA 3M8RA 3THWB 3PX4A 1DTQA 2P9KA 1RT1A 3IRXA 3DWLA 1B9FA 1OH8A 2DFFA 3N4PA 1KSPA 5AQLA 1FW6A 1CXUA 1VQON 2O8CA 2IVOA 1QHAA 4EHTA 4JI0K 5JS2A 4FJ8A 2RPIA 1QVGM 3NH1A 1G15A 1KRPA 3DLEA 3BDPA 2DTUA 2AP1A 4DTPA 4HUEA 3V9SA 1TL3A 2IIRA 1S6PA 2I7NA 5AQYA 1NK8A 3A0IX 4KRFA 4H5TA 3AVMA 5AQQA 4EHUA 4IJNA 3LWMA 3PV8A 2FSKA 4KHWA 5BPNA 2XO7A 1T3VA 1EETA 3JXUA 1EQYA 1E4FT 1KC8O 4PUOA 1TKZA 4PHTX 3SI6A 4CZEA 4FJKA 2KW4A 2QXLA 3ZT0A 3IFRA 3MXMA 3FFIA 1NJXA 1OH5A 4CJEA 3U4LA 3NFAA 3L8BA 4CHYA 4RW7A 4B1VA 3K59A 2A40A 2QM1A 3KK1A 4M3ZA 3V81A 2O8DB 1G99A 3A5MC 4B1XB 4IEIA 1J5OA 3NVKA 4LH4A 3SPZA 3C6AA 3DRPA 4FPAA 2ZGZA 2DPNA 2E1ZA 1YITN 1RILA 4BVOA 1XMQK 3O3GA 1HJOA 1S1VA 2DY4A 3SMPA 4UQGA 3CCSN 4JKFA 4XIUA 1J53A 3V9XA 2NRRA 4MDBA 3UKRA 1YT3A 3KZBA 4DU1A 2YNHA 3RSEA 3NH2A 5AQWA 4BRAA 5AQHA 2E6LA 3CM5A 1RDUA 2NRZA 3MK6A 2BDPA 4DR1K 3N4QA 1HYVA 2QTDA 2UUBK 5GINA 1KFDA 5BPLA 4IO9L 1RT2A 4QOZB 1SL0A 4JI1K 1WBDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOR A;  4YOU A;  5CHI A;  4O8U A;  4YOX A;  4YOV A;  4YOW A;  4YOY A;  4YOT A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BGB A;  1D8Y A;  4BRK A;  4R5P A;  3VQE A;  4CZL A;  1BCM A;  4CJF A;  4JV5 K;  1S3X A;  3DXM B;  4A5A A;  4KTW A;  1GOC A;  3VEO A;  2QXF A;  1HUX A;  3H45 C;  3NCI A;  5JVG L;  4OVL A;  4FWS A;  1EWQ A;  3A5N C;  4CZF A;  3MCA B;  1TYQ A;  1WSJ A;  2QW9 A;  2P9L A;  3O9Q A;  4CZK A;  4FLV A;  4FJL A;  3V9Z A;  1T05 A;  3MWP A;  2UU9 K;  2OZM A;  4CIG A;  1KAZ A;  4CGD A;  4CBW A;  4DUY K;  1RDW X;  2D0P A;  4ZTF A;  1RT7 A;  2EX3 A;  3R3L A;  2QKK A;  2Z1G A;  1JCE A;  2NZT A;  1ASU A;  5DK5 A;  3IUC A;  4CJ4 A;  4GMJ B;  4CJQ A;  4EP4 A;  1Q9Y A;  4G9Z A;  1HX1 A;  3KLH A;  3ZX2 A;  2GWK A;  1JL1 A;  3EZW A;  2I7P A;  1F21 A;  1NGJ A;  3ZET B;  1P90 A;  3AVG A;  3F73 A;  2VG7 A;  2FLO A;  3P39 A;  1UA0 A;  4IG0 A;  1EKE A;  2G8W A;  2OZS A;  3O4N A;  3I33 A;  1QZ6 A;  3C7N B;  1QQO A;  4CCH A;  4E89 A;  1CLQ A;  5KRS A;  3H6E A;  3HK2 A;  3EKS A;  1IV0 A;  5HRN A;  3OYD A;  4FO0 A;  4Z4C A;  4CEA A;  3UB5 A;  1HKC A;  4CEF A;  1GLE G;  5SWM A;  3ULD A;  4N47 A;  4W5T A;  1QSS A;  4M3Y A;  1KLM A;  4OKK A;  3VQA A;  1NGH A;  4FSV A;  4E1N A;  4WQ4 C;  3WNH A;  1NJI O;  3BF3 A;  3DLL L;  1U49 A;  2ZF5 O;  4DSJ A;  1XC9 A;  1N6Q A;  1ILY A;  1XC3 A;  3OTO K;  4PY5 A;  3IMX A;  3O1W A;  1TVR A;  1EP4 A;  2E6M A;  4JI2 K;  2HW3 A;  3RWU A;  1OVY A;  1RDB A;  2YJF A;  5KPR A;  1ITG A;  1HQU A;  3AVB A;  2O8F B;  4JKH A;  4ISG A;  3HJF A;  3EE8 A;  4C8O A;  4AM6 A;  1BI4 B;  1D9D A;  2PY5 A;  3SUP A;  3ZSX A;  2F8S A;  4W5Q A;  3D0P A;  3CCL N;  1NKB A;  4KPY A;  2O8B A;  2FBT A;  3LZI A;  4I9L A;  3OBY A;  4DV2 K;  4AF1 A;  1ZBS A;  2GUI A;  3LAK A;  3IG1 A;  5CYQ A;  1NWK A;  3ALY A;  4WCE L;  2YNI A;  3D6R A;  5JLH A;  3V4I A;  4IOX A;  3WNG A;  4DTN A;  4MO5 A;  3SLC A;  3SMS A;  2QWN A;  3THV A;  4Z4I A;  2UXD K;  1NK7 A;  3G0Z A;  4RW4 A;  3AAP A;  3NH0 A;  3U6F A;  1M90 O;  3ZYY X;  1QQC A;  1VQ5 N;  3ATU A;  4H03 B;  4OPK A;  3TPQ A;  4KHQ A;  1IKV A;  5CYM A;  1LWF A;  2F4V K;  3OJS A;  4A5B A;  3VES A;  5J1E A;  1Z26 A;  1CZB A;  3ASM A;  4GNI A;  1Q8I A;  2ZE2 A;  3O5B A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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