4YOYA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 in complex with poly-dt and mg2+ ion
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
b'MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLNSTLGGIEVRKLDESTIDALQISDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITSKS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 63
structure length 226
sequence length 229
chains with identical sequence C, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yoyA00
4YOYA 4YOWA 4YOXA 4YOVA 4YORA 4O8UA 4YOTA 5CHIA 4YOUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XHZA 4KB1A 2QXLA 2ZWHA 3ZT2A 1Z05A 4ZTJA 4CVNE 4E0DA 5CZ2A 1S22A 4N47A 5KQ8A 4FW2A 4DQPA 4EHTA 2OTLN 3QBWA 1R59O 1HNXK 4OX9K 2Q3SA 3VQDA 1RBUA 4CJKA 2OPRA 2P9PB 4FWRA 3D2FA 3QBXA 2O8FA 3DJCA 3V1RA 4BRAA 1XNQK 3TAFA 1OVQA 4QOZB 2KTQA 4DSLA 5AQYA 4ELTA 2F96A 4NO7A 4FZXC 3L4IA 4DLGA 5KPZA 1NGCA 2PBDA 3LDNA 5AJ3K 4WFBL 3OYFA 1YF5L 4X62K 2VQEK 3TAPA 3VEXA 1HUXA 2E1ZA 3UKUA 2FBXA 3NGZA 4BC2A 4EHUA 2UUBK 2P9SB 4CECA 1RCHA 3OJSA 1JLEA 1MU2A 3QEXA 1RT3A 5AQIA 2XY6A 5KPRA 4JKCA 2BUPA 2Z1HA 1UA0A 3M8SA 4WF9L 4H0XB 4OKKA 3VN5A 3HI0A 3PO4A 4CEZA 3G4SN 3ULDA 3CFOA 5KQDA 1WAFA 3HXMA 3C6HA 3P38A 1RT1A 2V51B 2O8FB 3AA3A 3AGKA 1TL1A 4JKGA 1BIUA 2AJQA 3O9UA 4CEQA 1ASVA 1LW0A 1KC8O 4QS7A 4NCBA 4JS5A 2QA4N 2Q36A 2ITMA 3DMJA 4DTSA 4DSFA 1JL1A 3CG7A 4CJWA 2HVIA 1LWCA 4JKEA 3VQ8A 1VSDA 3UKUB 4LF5K 3CETA 2QKKA 5JMVA 1L3TA 3EY1A 1GOCA 3EZWA 3QIOA 4CCHA 4BR9A 4JRPA 1RBSA 2CGLA 3V9XA 4B1YB 4JN4A 1ILYA 5J2NA 3SQ1A 4W5NA 3CM5A 4B9SA 5CE3A 4BACA 3TSPA 3HK2A 4OPKA 3MWTA 2P5OA 4PL7A 3HSTB 1SAZA 4JKGB 4PWDA 4FWQA 4DV7K 3QDKA 3A8YA 3DOKA 1B9FA 4CFBA 4CI6A 1RTDA 3JYTA 4IEIA 4IOCL 4IFYA 4KHNA 4B3OA 5BN9A 4PL8A 4H4OA 3CPWM 2IVNA 3CJAA 4HUGA 4CJTA 1ZXOA 2KLAA 4CD3A 4W5OA 1IH7A 5AQJA 2A40A 4LH4A 1TKDA 3LZIA 2A41A 3ZYYX 3DRRA 4JRQA 1NK9A 4ELUA 1EQYA 3HVTA 3O08A 4BGAA 4NYNA 2CGKA 2V7ZA 4MQ3A 4B8AB 1DTTA 3OYHA 1K8AO 1J5OA 3MCAB 2BDPA 4GV9A 4Y1CA 2R7YA 4YHHK 2O8BA 2Q97A 3J81O 4CEAA 4EAHD 3DRSA 3HP9A 3U4LA 3NBPA 4JD2A 2JWKA 5KPTA 4AHTA 3KZBA 3LL3A 4CHPA 3CERA 4MDAA 4BRQA 4DFJA 4LFAK 3CJCA 3K9KA 1WUAA 3IFRA 1TK5A 4JI4K 1LAWA 1GLJO 4JAXA 4R5PA 4H5VA 3H08A 1RBTA 5EVZA 3ZETA 3O9SA 4A2BA 4YORA 4DTPA 1GOAA 3OBYA 3AVJA 3MX2A 3O4NA 2Q0RA 5I9EB 3U8XA 3A5NC 5BR8K 1VQ5N 4BVOA 1S6QA 3SBGA 4FL9A 3ISNC 4FVUA 3CJ1A 1S9EA 3UB5A 4CGDA 1D4XA 4N5SA 2YJEA 5AQVA 4BR4A 2YNGA 2O8BB 3OYDA 4DQ8A 4CZFA 4PY5A 3VGKA 1BA0A 2IS3A 1KVCA 4JNEA 1N34K 1JLAA 2E2OA 4V19S 2GUPA 4CJEA 3CIPA 1D9FA 3KLIA 4FJLA 5FROA 1CLQA 3ZETB 2FXUA 4B9VA 3C65A 4NCGA 1IKVA 4OVLA 1VQPN 3CYMA 2QEXN 1TUYA 3NHGA 2VYPA 5JICA 1D8YA 3L2VA 4MLEA 4CZIA 1LW2A 3I33A 1QSSA 4DG1A 3VQBA 2V52B 2A3ZA 1S3XA 2YCHA 2YNFA 2KFNA 4DWIA 3NVMA 2OA8A 3RSEA 1NWKA 5GIPA 4CHNA 3J8AA 5AR0A 4M7XA 1T8EA 5CY4A 3AAPA 2HHWA 1VSFA 3O1BA 2NRXA 2G8KA 1TAQA 4Z4CA 1HNVA 1HJOA 1WNSA 3A0IX 3EE9A 3BY5A 3SPZA 1E4FT 2YNHA 4E1NA 1RDWX 5BPNA 3TU5A 1WSIA 3DWLA 3LDQA 4CF1A 2VGMA 4IG3A 4KTZA 3IDHA 1JCGA 4JKBA 3CM6A 1BG3A 3AGRA 4PHTX 3DLHA 1U2VA 1NGEA 1SQKA 2QWPA 3HTVA 1QTMA 4IOXA 5EX5A 2G8VA 4WQ5A 3A5LC 3BDPA 3U3GA 4A61A 3DLLL 2A6AA 3E66A 1NKBA 4DV0K 4RTFD 2O4IA 3RSEB 3AO2A 1S9GA 3SBTA 3VQAA 3I8DA 4WYBA 2YV0X 5M1QA 5AFUH 4JYAK 5CR4A 3E01A 3P4IA 3VENA 1W9HA 3HPHA 2HMPA 1VQ9N 5LMUK 2F8TA 1RTHA 4E3SA 3KVGA 1IG9A 2ZD1A 5C10A 4PUOA 2YJFA 4M3YA 1NGHA 3EO3A 1U4BA 3UIQA 1ASWA 3WXLA 1HYZA 1G15A 4FK0A 1VSHA 1SL0A 4JK9A 1E4GT 1C0GA 2HBLA 3M5RA 3CCEN 1BO5O 1L3VA 4DQRA 4DR4K 4F4KA 4B9MA 4O8UA 1UOCA 3DI6A 4DQQA 4RW6A 4RG8A 2G8WA 3SPYA 2XY5A 3DLRA 4JKHA 3AA2A 4LFBK 3DLGA 1JJ2M 5F1XA 3OS2A 3OTOK 2ITGA 4HTLA 3RMDA 2ZJRL 4KH6A 3BGRA 4B1WB 2YKMA 3RVCA 5MLCQ 4H5WA 4BR2A 1NGFA 2ZJPL 3K5NA 4FSVA 4FOIA 2HHQA 4KTWA 1CXQA 3D45A 3AO3A 1XUPO 5J2MA 4DV1K 2X74A 3RTVA 5M1OA 2WFBA 1NLVA 4AH9A 2GTDA 2KZMA 3ATUA 3VESA 1VAZA 2E8AA 1KQSM 5JLHA 5F2RA 4CJPA 4YOUA 2WTUA 1HNWK 4H0VB 3VQCA 4BRFA 4YOVA 4KO0A 4CK2A 2VWKA 3LM2A 1C0TA 4CIFA 1W0HA 3EKUA 2W6KA 4BRPA 4C1NK 2UUAK 1VQ6N 4DTXA 3PIPL 3MEGA 4ZHRA 4FCYA 3AVGA 3VEWA 3HZ6A 4BY9C 3G10A 3ATVA 1Y97A 2B4JA 4A5BA 3ZSRA 1RDAA 3QMLA 3HSCA 4B9UA 2X6NA 5I3UA 3KTQA 2D1KA 4F2SA 1NJWA 3ZX3A 2NRWA 5C24A 4E7IA 3ZSWA 4JK7A 5LJWA 2FC0A 1KVBA 4PKHA 4O4GA 3J80O 2D0BA 3OYEA 3HT3A 4FLWA 3EEQA 4DKWA 2E2PA 4JI8K 3RMBA 4C23A 3VETA 1GLBG 2NUBA 1ATSA 3V9SA 2HBMA 3CJ9A 1SV5A 1SUQA 1YITN 4C8MA 4J2AA 3R9PA 2OYQA 3L4QA 3SQ4A 4FWNA 1LV5A 2RKIA 4FYDA 1A5WA 2VQFK 4FLZA 4OLBA 3ZX0A 1SS6A 3TSQA 4JV5K 5AQLA 3KK3A 5C25A 3L2UA 4DFMA 3AO4A 2UXDK 4U7BA 2IDOA 1HKBA 2NRVA 4FPBA 3KWIA 2QK9A 1E3MA 4CJSA 1FXXA 4B1VA 5I42A 5BPMA 4FWSA 2YHWA 1M1KO 3SQ0A 3E1YA 4F3OA 2FF6A 3FZMA 4O55A 5GAHP 1VRTA 2QWQA 1NMDA 5JVGL 1HMVA 1VSIA 4CJ5A 5AQNA 1VSLA 4CGHA 1WSGA 3PX0A 4W5RA 4CBWA 1HPZA 1T03A 3CCLN 1TAUA 1A5VA 3SUPA 4KB0A 4E89A 3F2KA 4BRLA 3TR8A 3NCIA 4Z4EA 4FPAA 5JVHL 2P9PA 4X65K 4ZTFA 3IUCA 5SZTA 1Y64A 3MXMA 1C0UA 1EKEA 5D3GA 5FRNA 2Z1GA 1KAZA 1TVRA 4Z4FA 3CPEA 4CZHA 4Z4GA 4B3RK 4J2BA 2HW3A 5BRFA 4HWIA 4L8RB 4H5NA 1U49A 1ZBFA 3QEVA 1X3MA 2OCEA 3KLEA 4FZZA 1LOTB 1UA1A 1TYQA 1FKPA 4XIUA 3MAQA 2P9SA 4BE1A 3K59A 2D0OA 4KH4A 3LZJA 2YHYA 2JWLA 5KGXA 3OA9A 2NRRA 4C1NI 1QS4A 2KHOA 4IEEA 3F9MA 3PX4A 3AA4A 5GINA 3OYKA 2JGUA 4BG8A 3GG4A 1RFQA 1Q81O 3QICA 3WXJA 1VQKN 5CZ1A 5DMRA 4DTOA 1M90O 1T6DA 4DB3A 1R0AA 4IKFA 1TKZA 1HYVA 4DMNA 1QSYA 1ZBUA 5HBMA 2HHTA 1W7AA 4HUFA 3SMSA 4CZMA 3BZCA 4BRDA 4XH4A 3TI0A 3VERA 3FFIA 5J1EA 5AZIA 3B6PA 1KSPA 1TYQB 1RTJA 1VQ8N 4C8OA 4ILGB 2KFZA 1TV6A 4FLXA 5C0YA 3V9WA 3SQ2A 3VTHA 4DFPA 4GV6A 5AQHA 2FSNA 1QZ6A 2YNIA 4O8KA 3FZKA 3ULEA 3H3OB 1BGXT 4Z4HA 3WEEA 2VGNA 2YI1A 1B9DA 5JS1A 3Q7CA 4RW9A 5HL7L 1WSEA 5HP1A 4KPYA 1ZBHA 1NU0A 1IKXA 1OVYA 2UXBK 4CEDA 4F9OA 3QEWA 2QI2A 4CFCA 3O3FA 3K5OA 5GIOA 5AZIB 1XMQK 1QSLA 4DR7K 3V4IA 1ESVA 3SI6A 1QZ5A 4Q0BA 1VHXA 2W40A 2F7TA 5E84A 3DXMA 3VQ5A 5IT9O 2IC3A 3CCVN 3ALYA 3KLHA 1RT6A 3H3NO 4LC9B 4MO4A 5GAGP 3OYIA 2HHSA 3QINA 3ULEB 4FM1A 5F0XA 4JI0K 4KFBA 3DRPA 3AO1A 4LF9K 3WEEB 1YUWA 5LY3A 4CJ7A 2F4VK 3LWMA 2X78A 4IFEA 4KHQA 3OYGA 4H4MA 3AAQA 1CZ9A 1V4TA 4FJXA 5SWMA 3TAGA 4KHUA 4FJ7A 3VQEA 1NGJA 3M8QA 1KLNA 3CCQN 4DSJA 4WE1A 1HKCA 3LDLA 1L3UA 1X9SA 1GLLO 3NF6A 4AQYK 1F21A 4I2PA 4FJ9A 3TAEA 4ICLA 3WXKA 3RR8A 3H1VX 4BE0A 3DXMB 4U67L 1VQMN 4C8LA 2GELA 3KK7A 1CZAN 4FJHA 4DU3A 3AVLA 2RPIA 5HRSA 4N41A 4F3TA 3THYA 1KFDA 5GADP 2ZE2A 1NGDA 1YVNA 2NLXA 2FSJA 4M3RA 4DV2K 3MN5A 5KGWA 4BVPA 4WFAL 3VQ9A 3LP3A 2YKNA 2OPQA 3VGMA 2HMIA 2QXFA 4AM6A 3A5MC 5LMNK 4GKJK 4M7YA 3J7AP 3LDOA 1VQLN 4F8RA 1VQNN 2GBZA 3AVCA 3D6RA 3SV3A 1Q8IA 2LSNA 5AQUA 4CBXA 3LPUA 4BRGA 5HROA 1IJJA 4BREA 3ITHA 5HRNA 3CC2N 3B6OA 3F73A 2KW4A 5CHIA 2CH5A 1RGIA 2CGJA 1N36K 4A2AA 1OH8A 1X9MA 4WQ5C 3OBWA 3ID8A 3THYB 5HLFA 3JXUA 4CFDA 5KTQA 1XC9A 1I3AA 2Y1IA 3TTDA 1JCEA 4FM0A 1ATRA 5AQXA 3V9ZA 4KHWA 1REVA 3B8AX 1HNZK 1N6QA 3WQUA 4DLEA 1DGKN 3ENBA 2E88A 3JS6A 4A62A 5AQZA 3OVNA 4CERA 3MEDA 3R1XA 3HM9A 3A5OC 4RWTA 3NGYA 1VRUA 4GY2B 4M3WA 4OGCA 3TTCA 2QTDA 2OZMA 1TUUA 4DR6K 4AHSA 3O6WA 5BN8A 4AHCA 1BOTO 1BWFO 3NFAA 4FWMA 2KQ2A 3LDPA 3AY9A 4CF0A 4DR1K 3U9ZA 5ELZA 4BRMA 4M3ZA 4CW7B 3CXCM 5HOOA 5LL6Z 3E9OA 1RDDA 3H46O 2PFUA 2A5XA 2FF3B 4KH5A 3IG1A 1RT2A 2WOMA 4GW6A 4RCHA 2RHKA 2IVOA 3ZCMA 2KZZA 4YDUA 1G99A 2DY4A 4B08A 3L3VA 2ZJQL 3T19A 3TARA 3W0LA 1GLFO 2HNZA 1XHXA 3IAYA 1MWMA 5ADXA 3G25A 3SCXA 1NKCA 3QNOA 2CH6A 1NG9A 4AHVA 2QWNA 4LF4K 4M63C 2HF3A 2ASMA 3WNGA 1W2BM 1N8RO 2F8SA 4DF8A 4DTRA 1NK6A 3KLGA 3JSMA 4CEEA 2HHXA 3ID6A 2WBNA 5BPLA 3NGIA 4B1XB 2I7NA 3P1GA 1RDCA 4BQZA 4DS5A 1DLOA 5AQFA 2DFFA 2FBTA 4CHYA 1NMNA 3PY8A 1VQ7N 1FJGK 3HJFA 3L2QA 3CCMN 4BRKA 3M8PA 2VG6A 4L3QA 1YVUA 4CHOA 2UUCK 3DLKA 1NGBA 3WXMB 3G0ZA 4OJRA 2F9WA 5TKYA 1J5EK 5HRRA 3LAMA 1VQ4N 2WC9A 1SZ2A 4N56A 3SJJA 4GVEA 1NK5A 1EP4A 4BRNA 4TSXA 5LJVA 1WN7A 4YOWA 1JXBA 3LP1A 4EP4A 4BC4A 1ZBSA 3QESA 4PA1A 4FJNA 3GE1A 3AVFA 3VEYA 1C1CA 1HX1A 4XH5A 1WOQA 1TKXA 1RNHA 4M41A 4FWOA 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2HBKA 5IWAK 4OO1J 1IBLK 2NRZA 1XC3A 3L8BA 4BDZA 2PAVA 4CJ3A 4FLYA 1EETA 1H1VA 4E1JA 1JKHA 1BI4B 2D0PA 4IJNA 1BL3A 3ZT4A 3BEXA 1N33K 2GUIA 4IBNA 2IGIA 3PUFA 4B3MK 4KHPK 4CBUA 1MA9B 1K9MO 3OYAA 2P9UA 3NDKA 4BDYA 3U6FA 3QNNA 4IOAL 4CJUA 1OKJA 5E26A 5GAEP 4CJQA 2KKZA 5CYQA 1X3NA 4PKGA 5C2DA 4KI4A 2NRHA 2P9LB 3OYNA 3MN9A 1WBBA 4OPHA 3WT0A 3G6EN 3MEEA 1LWEA 1D5AA 3TWHA 1KRPA 1KAXA 3SYZA 4FK2A 2O8EA 3VF4A 4ID1A 3AVHA 2ASPA 3TANA 1BDGA 3N4PA 4H0YB 4BGBA 1YJNN 3RRHA 3MECA 3HO1A 2HNYA 3HM8A 3HP6A 1QHAA 2PYJA 4B8CA 2GX9A 2P5GA 3AVNA 3QFPA 3EN9A 4NLBA 1WLJA 4MO5A 4WQ4A 1J6ZA 3WNFA 3ZT1A 4J2DA 3PX6A 2P9UB 1HYSA 4NCAA 5AQPA 1QE1A 1T3VA 1S1TA 4KAZA 4M3TA 3KWGA 3HOTA 1YTUA 1YT3A 3CQYA 4ILJA 5HRPA 3I55N 3R6MA 4IDHA 1A5XA 2OTJN 5BRDA 4KBOA 4BC5A 1ZYQA 3NH2A 1B92A 2G8UA 3R3LA 2BH1A 3KIOA 4BR0A 5DM6L 2O8EB 2Z1IA 1C1AA 5A2QO 4DV3K 1LWFA 4OGEA 4IZ9A 2XY8A 3ZSXA 1N32K 3T7ZA 4FZYA 1BCOA 4JKDA 4YFUA 1UWBA 3O1WA 3K2PA 3RR7A 1QQNA 3V9UA 1HQEA 2RF2A 1MWKA 3WQTA 4CJLA 2QWRA 3EYZA 3QLHA 4R79A 1NBWA 1YI2N 3CI5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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