4YOYA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 in complex with poly-dt and mg2+ ion
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLNSTLGGIEVRKLDESTIDALQISDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITSKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
total genus 63
structure length 226
sequence length 229
chains with identical sequence C, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yoyA00
5CHIA 4YOTA 4O8UA 4YOUA 4YOXA 4YOWA 4YOVA 4YORA 4YOYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VPZA 1GLJO 4KV8A 3DI6A 4FWNA 5KGXA 4N5SA 4JI5K 4M3RA 3IS9A 3A5LC 4JHDB 2WOMA 4CZLA 2QEXN 3VF4A 3MCPA 3AA2A 1HPZA 2QWPA 3DWLA 3ID6A 1VHXA 1M90O 3AA4A 4C8KA 1EXQA 3MWTA 3WEEA 4C1NK 2GTDA 3IMXA 4CEQA 3HOTA 4O5FA 3KLIA 3CCMN 5SZTA 2OYQA 4DWIA 4F8RA 1RT6A 2I7PA 4DV7K 4K0KK 3NGIA 1IG8A 3S3MA 3LDSA 3L4QA 4H0TB 5DM6L 3PV8A 5GIPA 5BRDA 2ZJPL 4DS4A 3QESA 3CJAA 3H3NO 3C94A 1YJWN 4JRQA 3ALYA 4CGGA 3KLEA 2QKKA 4QS9A 4NYFA 3O4WA 4E3SA 1RBSA 1KSPA 3AVFA 5A2QO 3PX6A 4B3RK 4NCGA 1C6VA 4M3UA 4Y0WA 5AQRA 2JLEA 2YI1A 4LFAK 3ULDA 1GLAG 1T6DA 3LP1A 2HF3A 1GLCG 3V1OA 3H08A 4FLYA 4HWIA 1RGIA 3QEXA 3NH0A 1NGEA 4CZHA 1HYZA 4BR0A 1S1UA 4E7JA 1U48A 3MN9A 2XO7A 4B1UB 1UA1A 3KK1A 3KWGA 4MDAA 4O5BA 1B9DA 4DV1K 4QS8A 3SAHA 3VGLA 3ENOA 1ASWA 1IH7A 2BTFA 5CZ1A 1NGAA 5DK5A 3K5LA 1T7PA 1EX4A 1S1TA 2P9PA 5ADXH 2BDPA 3HI0A 3CCLN 3HBTA 3VQ7A 3QETA 4HUGA 1UOCA 3CMEN 1KC8O 4C8LA 3L0QA 5T7BA 5FPNA 1VQLN 2PBDA 1NGFA 3RRHA 3QEWA 1QQCA 3MWPA 4LD0A 4XIUA 4GMJB 1SZ2A 3BF1A 3C0BA 1TAUA 2A1RA 4FLWA 4OPJA 4YORA 3UB5A 4OKJA 2FSKA 5KI6A 1BISA 1NM1A 3ZLJA 2XY5A 4FZXC 4FXDA 1VSMA 3CCRN 3NE6A 3O8MA 3TSUA 4CFDA 3DOLA 4JS5A 1NK6A 4DTRA 1VQ6N 1VQ9N 5AQJA 1VQKN 4FWLA 4HHTA 4CHOA 1L5UA 3LWLA 4BRCA 2UU9K 5C12A 1HJOA 4FJ7A 3VQCA 1S3XA 2KTQA 2KFNA 2HHWA 3NGZA 3TWHA 5LJVA 4DS5A 4KTZA 1I94K 4DR2K 2DFEA 4BRIA 5C25A 4KHNA 3ATVA 5BN9A 3M3ZA 2HBKA 2NLXA 1FKPA 2E6MA 3K9JA 4B3OA 2F4VK 1BA1A 1OH7A 3TSQA 3CC4N 2QM1A 2OZSA 1X9JA 2E2NA 5AQFA 1Q9XA 1IBMK 3MXIA 1ZYQA 3QICA 3J80O 4LF4K 4CJSA 4I6MB 3HVRA 1LW0A 2XY8A 4PA1A 4DV5K 5HBMA 3VF6A 4PKHA 4DR1K 1C0GA 4DQQA 4CIEA 3SQ2A 4O8UA 3TI0A 3AVCA 1U4BA 4MLEA 3AVLA 3MCAB 5LMNK 5C24A 3L2RA 3TTCA 4HVJA 1SV5A 4B1VA 1WSEA 3CD6N 4LC9B 4B9SA 2OPPA 2QXFA 2YNIA 3LANA 4B9VA 1GLFO 3CETA 3TSPA 4YY3K 4F2RA 2FBXA 3KLHA 3WXMB 4YOTA 3BUZB 1EWQA 4IJAA 1RT7A 3LP3A 3L2UA 2O8FA 3WEEB 2HNDA 3VGMA 3HP6A 4J2EA 1WBBA 1P8ZA 3LDOA 4Z4IA 2HVIA 3KLFA 3SV4A 4FO0A 4Y1DA 4DR7K 2Q36A 3I33A 1TYQB 3H6EA 4KRFA 4A57A 4MDBA 3K59A 3VA0A 4FWPA 4B9QA 3LP2A 4PHTX 1YF5L 1VSIA 1OH8A 3SMSA 3THYB 1WSGA 1WSIA 2PZSA 3SUQA 3U9DA 1L3VA 5IT9O 4CF2A 4JI0K 1DEJA 4RW4A 3OS0A 4JKDA 3D6RA 4BC5A 4O44A 4AQYK 3LM9A 3G4SN 5JVHL 1LAWA 4YOXA 2E5LK 3QMLA 1Y97A 4B1ZA 4MFBA 4K8ZA 4ICLA 4KO0A 4X62K 1V4TA 4GKJK 4EFHA 1WAFA 2QWQA 4W5RA 3S3OA 4BC3A 4MLHA 2IAJA 4BG8A 4OPHA 1JLCA 3SK3A 1VRUA 4XEIA 4Z4CA 2UYTA 4KI4A 1JLQA 3I56N 4HUFA 4DUZK 1VSKA 2YNFA 1I3AA 3SQ1A 2X78A 2DY4A 4ZHRA 4CZIA 5AQHA 4KH5A 1LW2A 3A5NC 4BR5A 2NRRA 4KHPK 1SQKA 2Z1JA 1NK9A 1NK8A 1YI2N 2P9PB 3SAFA 4RW9A 4HTUA 1HX1A 4JI7K 4EIAA 2RN2A 3BP8A 4CHQA 3QBXA 3V9ZA 3VQ8A 3PLAA 2UUCK 1HMVA 3T3FA 3OJSA 4JKGB 1RDWX 5FPMA 3LZIA 1RBVA 3HOSA 5J2PA 2VWBA 4U7BA 3P83D 4BRAA 3J8AA 3LP0A 3VEYA 2B4JA 2YHXA 4FJLA 4FLTA 1NJYA 3U3YA 3D7EO 4E89A 5GAEP 1K8AO 5M1KA 2P9IA 2NRVA 2QXLA 4FWKA 5E84A 3OA9A 1U6ZA 3SLCA 4OPAA 3PX0A 3WXKA 3WNFA 3RMDA 3FE1A 3SCXA 2P9LA 3VOVA 3L2WA 1TUYA 3HYFA 4BWJA 3NH1A 3ITHA 2HHQA 5C2FA 5IWAK 1QSSA 5AQNA 1NMNA 2O8DA 1TKZA 4F9OA 3CPEA 1VQ4N 3O5BA 4CFBA 2PY5A 5FRNA 3T69A 1IKXA 3OYJA 4G1QA 4W5OA 2CGJA 4G9ZA 3O80A 4CEBA 3ZETB 4R5PA 4OX9K 3V4IA 3KTQA 1KAXA 1XMQK 2Q2RA 3NGYA 2Z1HA 4CZMA 5EVZA 1ZBIA 4KFBA 3W0LA 3F73A 4CFCA 1L3UA 2E1YA 1VSEA 4Z4HA 1HLUA 2VWKA 4Z94A 4CJKA 4ISEA 3EZWA 3OW2M 2HHVA 4ILGB 3J7ZO 4WQ4A 1D4XA 4H0PA 3HK2A 3NF6A 1EWRA 2YV0X 3SUOA 4IFYA 1X9MA 5FLXO 1Q86O 4M42A 4CFAA 3CCSN 1Z26A 5AQUA 2UXBK 1XNQK 4B3MK 2QWNA 4CEAA 4CJUA 4KAZA 1NJZA 3ULEB 3NH2A 1KAZA 4CK3A 1WN7A 5AQKA 1QVFM 3JSMA 1ZXOA 5ADXA 2G8UA 4B3TK 3TABA 3P38A 2NRTA 1VSLA 2XY6A 4YHHK 2KHOA 5AFUH 3SQ0A 4RTFD 4RWTA 2Z1GA 3GBTA 3TTFA 4DTNA 1RT5A 2E2PA 3UKUA 4FJ8A 4YDUA 4K25A 2RE2A 4FJKA 1MA9B 2P9SB 4ZTFA 1NLVA 2ZD1A 4LSLA 3V9UA 1TGOA 4IG3A 3ZT4A 4CHZA 1KRPA 3K5MA 3QINA 2E1ZA 2ASPA 1YTUA 3CJ7A 5KRSA 5TKWA 3JYTA 3K2PA 4B8AB 3LWMA 3TR8A 4DTOA 1C1BA 1BDGA 5BPMA 4UY8O 3L2VA 1WAJA 4I2PA 4BREA 2G8FA 2H3GX 5C15A 2WFBA 2R7YA 4JS4A 4JLHA 4HUEA 4CHYA 4KB0A 3T7ZA 3V81A 3WUHA 4RG8A 1YAGA 3HO1A 1RT2A 1KLNA 4CJ7A 3LAMA 3PIPL 1BOTO 1LV5A 3H45C 5KGWA 3DXMA 4H5RA 1HR0K 2IS3A 1WSFA 2FC0A 4ILJA 3PO5A 4KBOA 3ZT3A 4WFAL 1KVBA 3T1HK 2Q0RA 3CQ8A 3THVA 4DQIA 4KTWA 3M1FA 2KFZA 1O1WA 4R79A 3HJFA 1FXXA 1BI4B 1HQUA 1VSDA 3IKMA 1IO2A 1BQMA 1JXEA 4C8OA 1LWEA 2BE2A 3O9SA 3RSEA 3T1AA 1SL0A 4DFKA 1YIJN 2GUPA 3AA5X 3HM8A 4CHNA 3K5OA 4CF8A 1RT1A 4WFBL 1HKCA 3GG4A 4CERA 1LWFA 3WQUA 4LF8K 3DJCA 3CQXA 4FWRA 3ZSWA 2HNYA 3KZBA 5HLFA 1VSJA 2QTDA 5I42A 1KQSM 3NMUA 3CI5A 4C23A 3LPTA 3UKRA 1NNEA 1JLAA 2YHYA 3AO1A 5JICA 1TK5A 2RF2A 3MN6A 4KHYA 1BCOA 2P9NB 4FJ9A 3VF2A 1SKWA 3HL8A 2YKNA 4IEEA 3WNHA 2YJFA 2ATQA 5AJ3K 4CGIA 2A5XA 4YDUC 2XHBA 1LOTB 1S72N 5C2DA 3ZSXA 1A5WA 3H1QA 1R0AA 1T3VA 4CZEA 4N56A 5JS1A 4JKGA 5BPLA 4BE0A 2Q97A 3QERA 3CC2N 3O9RA 4L3QA 4BRDA 4FZZA 2O8FB 2HF4A 1H1VA 1YVNA 3IDHA 1QS4A 4JI2K 4FM2A 5FROA 3VTIA 4CJWA 3VQDA 2HOEA 3DXKB 1VQ5N 1GOCA 5AQPA 3MMVA 2ETJA 1BI4A 1E3MA 4WF9L 4DSJA 3D2EA 4E19A 3D2FB 3CFPA 3PO4A 4I2QA 4GY2B 2HHXA 3AO2A 4KHSA 4RW8A 5AR0A 1CXQA 4NO7A 1U2VB 4NLCA 3VQ6A 1EO1A 3HZ6A 3MK6A 3AVIA 4FCYA 1RCHA 3AGKA 3EEQA 3H3OB 2FXUA 3CIPA 4JD2A 5BR8K 4CZFA 1KFSA 2G8IA 4H5VA 4JI6K 3VQAA 4BRMA 4CW7B 1GLBG 4CEDA 4HCCA 3AGRA 5DM7L 2I5JA 2O8BA 2HBMA 3LALA 3OHRA 2YHBA 4BRQA 1D8YA 4L8RB 4WQ5A 4BVPA 4YOUA 2V7ZA 3MN5A 3IUCA 1XNRK 3KLGA 2ITMA 1A5VA 4WFNL 4DG1A 5JLHA 2O4GA 3VERA 5C10A 4DLGA 2P1JA 1MU2A 1RNHA 4DLEA 3ZCMA 4Q0BA 4DR5K 4BRNA 3UE5A 3DMJA 4JKEA 4B9MA 5HRPA 2NRHA 4JK8A 1V4SA 3TARA 3CC7N 3P39A 3SBTA 3AAPA 3CM6A 4NLBA 1SS6A 1M1KO 4B9TA 3FFKB 5JMVA 1W7AA 4DU4A 3OJUA 4JK7A 1O13A 2F9WA 3CM5A 2UXDK 4DSIA 1E4GT 3M8PA 4F4KA 3CCVN 3MEGA 1SKRA 5CYMA 4DV4K 3DRRA 3NF9A 2QWRA 4FLVA 5HRSA 4DSEA 4FM1A 3L3VA 1NGCA 2Y1IA 1DGKN 4CJFA 2BH1A 4FK2A 4CGFA 3QO9A 4CJTA 1BCMA 2KQ2A 3KD1E 3OYMA 3M6GA 3CCJN 3ZEUA 1K8KB 4B8CA 3CJCA 4KH4A 3QIPA 5DMRA 4H4OA 5FDLA 1NJIO 1QSYA 1ZBHA 1X3MA 3CQYA 4KH6A 1G15A 4CESA 2HNZA 5F2RA 3AY9A 4F3TA 4IEIA 4DQPA 3OYCA 2W6KA 4C8NA 1TK8A 1NKBA 2CGLA 3SNNA 2NZTA 5GAGP 2FSJA 4DFPA 3F2KA 4O55A 3ZSQA 4AHCA 4J2DA 2GX9A 1XHXA 2Q3SA 2HHSA 1QTMA 4AHUA 2IIRA 2DPNA 3OBYA 5M1QA 1L3SA 5JLFA 1RBRA 1T05A 3LDNA 1ZBLA 1WSHA 3IG1A 3SUNA 4BACA 5KPZA 2PYLA 3NDKA 2CH5A 3A2FA 3I0RA 2Z1IA 3O1BA 1ESVA 5M1FA 1OH5A 4FW2A 2AA4A 3AO3A 4IJNA 2W41A 3I0SA 3CJ9A 4LF6K 5C0YA 4DUYK 4IZ9A 3K57A 2E2QA 2XY7A 4W5QA 5HP1A 3MEDA 2D0BA 1NGDA 2Y1JA 3HM9A 4FJGA 1BUPA 1QQMA 4WE1A 2OANA 4I7FA 3SAGA 2HB5A 4ISFA 2VCPA 3AO5A 3BZKA 4XH4A 5AQXA 2EX3A 2W6LA 1D9FA 1JL1A 3L3UA 4FJMA 4IBNA 3AO4A 2WUSA 5FPDA 3ZT0A 3QB0A 1NK4A 2VG7A 3HT3A 4ELUA 1GLDG 4F3OA 3T1YK 1S6QA 3CG7A 3O3FA 2UUBK 1WOQA 3ENHA 4JKCA 3QIOA 2P5GA 3SJJA 2B5JA 3VEXA 3PSFA 4Y1CA 1KFDA 1DKGD 1A5XA 1U49A 3G71N 1C0FA 3CMAN 4DFJA 3P4IA 4PWDA 3OS1A 3VQ4A 4WQ5C 3A5MC 2HBJA 2F8TA 5AQVA 4FJIA 4FJHA 4OGEA 2O8EA 2ZE2A 4K41A 1IKVA 3DYAA 4BRFA 5H1SQ 3MAQA 2LSNA 1W0HA 4GVEA 3OS2A 2D1KA 1BGXT 2GWJA 1RILA 2E8AA 2OPRA 2UXCK 3SJHA 2NRZA 3SBGA 3KK3A 2P9IB 4I6MA 1WLJA 4DTJA 4DF8A 4CK1A 4CJLA 2IDOA 1BHLA 1YHQN 5HROA 2CH6A 4FOEA 3BGRA 4I9QA 3NHGA 3IRXA 4O0IA 1HNWK 4M41A 2Q31A 1T44A 4IOXA 1NOZA 3EO3A 3E01A 3THXB 1S1WA 4CZKA 1GOAA 5HRRA 4YOYA 3KHYA 1LWCA 4BVOA 3OYDA 1GOBA 1TV6A 4DV6K 1Q81O 2A42A 3BY5A 3KIOA 4AHSA 3D45A 4DTMA 1SAZA 3BF3A 4CEOA 2YCHA 4KTQA 4Q5VA 3I8DA 5F0XA 3K9KA 3CJ1A 4OJRA 1T8EA 3U4LA 3A5OC 3R1XA 4Z4FA 1S22A 3RTVA 3SI6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5CHI A;  4YOT A;  4O8U A;  4YOU A;  4YOX A;  4YOW A;  4YOV A;  4YOR A;  4YOY A; 
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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