4YOYA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 in complex with poly-dt and mg2+ ion
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLNSTLGGIEVRKLDESTIDALQISDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITSKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
total genus 63
structure length 226
sequence length 229
chains with identical sequence C, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yoyA00
4YOWA 4YOXA 5CHIA 4YOTA 4YOVA 4O8UA 4YORA 4YOUA 4YOYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O4GA 4E7LA 4NO7A 4DTXA 2JLEA 1L3VA 1O1WA 5HRRA 2RN2A 4CEAA 1VQ9N 5B8HA 4CFDA 2Q31A 3LDLA 5DMRA 2YI1A 4IG0A 3BDPA 4FM1A 4E19A 5KRSA 3L2UA 3RSEB 2E6LA 1FK9A 1VRUA 3BGRA 3M8QA 3QETA 1NJIO 1RFQA 2FLOA 1I94K 1RBRA 4DU4A 2D4WA 3G71N 1T6CA 4CIFA 3GE1A 3OBWA 1S1XA 1KAXA 4IZ9A 4MO5A 4A61A 3LAMA 1WUAA 4E7JA 1NGAA 3H3OB 2CGJA 5C12A 3AGRA 1C1BA 2Q2RA 2AP1A 3O3HA 3TI0A 1ZBUA 1NGJA 3D2EB 1EQYA 3S41A 2QK9A 5BPLA 4JKAA 1ITGA 4NCGA 2X6NA 4FLXA 3C7NA 5JLFA 3OS2A 2CGKA 4BRKA 4CHNA 2E1ZA 3I56N 5HRNA 1JKHA 3L0QA 4H03B 2NRXA 4C8NA 1GLBG 4CK3A 3VTIA 4FWPA 1N32K 1JCGA 2G8FA 3ENOA 5GINA 3ZT1A 3HXMA 4EIAA 3BF1A 1MWKA 4B08A 1K6YA 1LW2A 2FSKA 3L3VA 5AQQA 4M3WA 3SBGA 3J7AP 3EZ5A 1X3MA 1LWCA 3AVGA 2WTUA 2NRWA 4KO0A 2HMPA 4CJQA 3CCSN 1HNVA 5BR8K 3QLHA 2QWRA 1QE1A 4B9SA 4CF9A 5BRFA 4GV9A 4FO0A 1VQON 2WUSA 4BREA 4FWQA 4N76A 4DTSA 1SUQA 3ZT4A 4F3OA 2E8AA 5AZJA 2A41A 3P1GA 1BUPA 5AFUA 2KZMA 1TVRA 4CEQA 4FWNA 3WUHA 5C2FA 1OVYA 1Q9YA 2NRTA 3UB5A 3VTHA 1U47A 1JXEA 3VESA 2IDOA 4LH5A 2NRHA 4AF1A 3RMDA 2UUAK 1J5OA 1VSFA 4H4MA 4CFCA 4U7BA 2O8FB 1XUPO 3EY1A 1T44A 3MN5A 3DOLA 3SJHA 4Z4FA 1JLCA 3O9QA 3WT0A 2ASOA 3PIPL 2HB5A 4M7YA 4X64K 3LWMA 3DXKB 3O4QA 4IFYA 4EFHA 4W5TA 3H1QA 3SJJA 3NVKA 1BA1A 3O80A 3PSFA 2QWPA 3NF9A 4KHNA 2VQFK 2GEMA 4AQYK 1ZXOA 2DFHA 2KLAA 4M42A 3VQBA 1LAWA 1R0AA 4I9QA 4CF2A 3CJ9A 3AA3A 4B1VA 2F7TA 4FWOA 3K5OA 3H08A 1BISA 1Q9XA 3ZLJA 2DFEA 4EZ9A 4DFPA 5HOOA 3QBWA 4FW2A 4N5SA 4DG1A 1BQNA 4OLAA 1Q81O 1NM1A 5A2QO 1OH8A 5EX5A 3HK2A 4YOWA 2YNGA 5J1EA 1U2VA 4IOAL 4BGBA 1XC9A 3AAPA 4JK8A 4BQLA 3BP8A 4ILHA 1YT3A 4WCEL 1T05A 2HNYA 1C0GA 4I6MA 2GV9A 2W40A 4QAGA 3V1QA 1RGIA 4DR6K 4O55A 1RBTA 1X9WA 3ID8A 4BR2A 5GAGP 1DTQA 4BRDA 3VGMA 3JS6A 1YVUA 1BDGA 4M3ZA 2O8BA 2E2QA 4JI0K 4EP5A 3CD6N 1JLGA 4A62A 1K8KA 1RTIA 4E3SA 3DJCA 1IKWA 3PLAA 2OPSA 2KQ2A 3R6MA 1EXQA 2LSNA 2UYTA 4DSJA 1BI4A 4DR7K 4LSLA 2D0BA 2D0PA 2FSNA 1K8AO 3DLHA 4Z4GA 5I9EB 5BREA 3F9KA 4CJFA 2VYPA 5D3GA 4BE2A 4JKEA 3JXUA 3THYB 4CF1A 1TYQB 3CERA 4BRGA 5C15A 1D9DA 3WEEB 2YV0X 3L2QA 2YCHA 2B5JA 3E66A 3TABA 4Z4IA 1GOAA 1KTQA 2OZMA 3QICA 4F9OA 4ELUA 4CGFA 3MXMA 1NK6A 1HYSA 2YJEA 4LF5K 4DFJA 1ZC6A 2IIRA 3LZIA 4E1JA 2F4VK 4NB4A 4BRLA 4FWRA 3ALYA 3DLLL 2UXCK 2KTQA 2QWMA 3OY9A 1HYZA 4CESA 1Q82O 3KKSA 3L6QA 1DEJA 1FXXA 1V4TA 3QEWA 1RILA 4JKCA 4FLZA 3RMBA 5DM7L 4PQUA 3M8SA 3SQ2A 4KTWA 3O5BA 4KB1A 3C0BA 1VK0A 1BWFO 2ZWHA 1IKXA 4FJGA 3CCVN 3A2FA 3ZETB 1U6ZA 2G8UA 5FPEA 1NJYA 4FWLA 3HL8A 4DLEA 5JMVA 3K9KA 2E6MA 3DWLA 4BC3A 4H0XB 3AGKA 3WNHA 1GLAG 1KCFA 1OVQA 4H0PA 3KK1A 2HHSA 2HBLA 2OANA 2Z1JA 3CCRN 3E9LA 3ZT2A 3OJUA 3UE5A 1MU2A 3VF6A 3AO3A 4AHUA 1N34K 3HP9A 1S1WA 5J2QA 1FJGK 4NYNA 4PUOA 4ID1A 2G8HA 3AVCA 4H4OA 4CFAA 1NGDA 4NCAA 1WB9A 4B1XB 1VQKN 1ZBHA 3DXMA 1VQ6N 1NMNA 4DQ8A 5HRSA 3ITHA 1W9HA 4JI4K 2P9LB 4JS5A 1WSIA 2OYQA 4PKIA 4DSFA 4EHUA 2QM1A 4LD0A 2IC3A 4UQGA 3A5NC 4DUYK 1LAVA 4LF8K 1YTUA 5J2NA 3V1OA 3DLEA 2D5RA 4M3YA 4PA1A 1JLQA 4CI6A 4YOVA 5KGWA 2A3ZA 4OPAA 3K58A 1WBDA 3VF4A 1J54A 3DXMB 1WOQA 1DT9A 3U3GA 4B1ZA 4OGEA 1RT6A 4KH4A 3ZCMA 3IS9A 4EZ6A 3GL1A 3QO9A 3SAHA 5C25A 5IWAK 5LL6Z 1SZ2A 4EHTA 1C0FA 5C10A 2E2OA 1IKYA 5JICA 4QCLA 1YIJN 3AVKA 4Y0WA 2BANA 3DLGA 4IJNA 4CVNE 1UA1A 4JEPA 1HKCA 3AVMA 3O4WA 5JS1A 1QSSA 2RE2A 3OYIA 3CFRA 1BL3A 5SWMA 3TAQA 4JRPA 4JYAK 1S3XA 3OYBA 3VQ4A 3DRPA 4CJ3A 1NK7A 4GY2B 4DSIA 5AQNA 1KXPA 1VQ4N 3NCIA 3E9OA 3V9SA 5LY3A 4QS8A 5C24A 3CFOA 2FBTA 4BR0A 3UKRA 4A59A 2QEXN 1S1UA 4CZIA 4XIUA 1RDCA 5AZIB 1VSKA 2GWJA 3E9PA 3MN7A 4CIEA 5HRPA 3AVBA 3C6HA 1FKPA 1B9DA 3CCEN 4B3RK 4X65K 1JLBA 2HNDA 3EEQA 5AZJB 1Z26A 4BC4A 4H0VB 5GAEP 3V6DA 3LP3A 1KVCA 4RG8A 3VEWA 4FM2A 1BCOA 1WSGA 4Z4HA 3ZX2A 4YOTA 2EX3A 3HT3A 3V9ZA 4B1UB 4DF8A 3J7ZO 2Z1GA 2IGIA 5KGXA 3ZSQA 1HLUA 3QEXA 1IG8A 3QINA 4GVMA 1S72N 1ATSA 3CCQN 4ICLA 3HZ6A 1QZ6A 3HVRA 3MX2A 3V9XA 3D2EA 4JKHA 3NF7A 4G1QA 1W7AA 4B9LA 1ZBIA 4E89A 3LL3A 1J9AA 5CYMA 4FLVA 3CMEN 3EO3A 3LDPA 1TK8A 1J5EK 4HTUA 1VQLN 4GV3A 3P31A 1TKXA 1G15A 1SL1A 4JI7K 3LDOA 2WOMA 1S6PA 4F8RA 3A5OC 2UXDK 5FPNA 3U6FA 1NGFA 5CZ1A 5M1QA 2Q3SA 4C8OA 2F9WA 1SAZA 2VWJA 4YNQA 1VRTA 3VOVA 4CGIA 4CBXA 1VQNN 4DUZK 1I3AA 4B3SK 1T03A 3AVJA 3IDHA 3KWIA 2W6LA 2VG5A 3IG1A 3CHWA 3P39A 4OVLA 4DTMA 4LY7A 3F5TA 1KLNA 2Y1JA 2DPNA 3UKRB 1OH7A 2QA4N 1E4GT 1HMVA 3B6OA 5I42A 4J2DA 2E2NA 2QWLA 1YAGA 1C1CA 3U3YA 5AQFA 4CGDA 1BO5O 1KVAA 1U45A 1U49A 4H5VA 3KD5E 5J2MA 1V4SA 3ENHA 4E1NA 5AJ3K 4K8XA 3LP1A 4B9NA 5CHIA 1IBLK 4I2PA 3TU5A 3P83D 4FVMA 2O8DA 3O1WA 4FPAA 3KLHA 1DKGD 1L3TA 3LZJA 4FWSA 3SZ2A 5I3UA 3AA5X 4WQ4A 4L8RB 3LAKA 5FPDA 2F9TA 2QTDA 2XY5A 2NZTA 1VQ5N 3SUNA 4C8LA 4B9QA 3CCMN 1ASVA 3PO5A 2RF2A 4TSXA 4E7IA 3QESA 4DSEA 3KLIA 3CQXA 4FJ8A 1NLVA 1QHAA 4XH4A 4FZZA 1KFDA 2KKZA 3MWTA 3G10A 4A2AA 3THVA 1QTMA 2A5XA 4HVJA 1RT4A 1HPZA 2O8EB 3TARA 1JLFA 1XC3A 3K0SA 4PKHA 4CERA 1EX4A 4M3UA 1EO1A 3L4IA 3MX5A 4GKJK 1Z6RA 4K43A 3NH0A 3CF5L 4GMJB 1RCHA 3HPHA 2DFFA 1WSFA 3MECA 2OPQA 4FLUA 3D6RA 3CM6A 4CJ5A 4DCHA 2QXFA 3RRGA 1KAYA 3V81A 3BF3A 4BC2A 2YNHA 4GNIA 4FSVA 3OYAA 1NU0A 4B9UA 3TAFA 5F1XA 1IH7A 3HI0A 4RTFD 3CJCA 4H5NA 3KJVA 2FF3B 2O8CA 1VSDA 2BGGA 3C95A 3UIQA 4BRIA 3QEPA 3G0ZA 3AARA 4B9TA 3SQ4A 2A40A 3HPGA 1SKRA 2ZM6K 3C94A 3K5LA 4FJXA 4F2RA 3BUZB 4ISEA 4DMNA 2E20A 3MDQA 4CJRA 1WNSA 4DR2K 1TV6A 3T69A 3VQ8A 4DHYA 1NK9A 1RTJA 3VQ5A 1YVNA 5BN8A 4ZTFA 3M8PA 3DRSA 2UUCK 1H1VA 3BZKA 3ISNC 4QS9A 4BC5A 1HQEA 1D9FA 2D0CA 2GX9A 3ZT3A 2O4IA 2WBNA 3LM9A 5GADP 3CC2N 4DWIA 3OS0A 4DB3A 3SBTA 4YDUC 3ZSOA 3A8YA 5C0YA 3NF6A 4CEFA 2P9SB 5CY4A 1G99A 2XY7A 3H45C 3O9TA 3T3FA 3D2FA 4DTPA 4ELTA 2Q1NA 1OH6A 2HBKA 4K41A 3IFRA 3CJ7A 1W2BM 2O8CB 3J81O 1UWBA 4CZHA 2ITGA 2HHQA 1HNZK 4WQ5A 4LH4A 4B9VA 3DLBA 2VWBA 3LWLA 3OW2M 4FOIA 2PFUA 1YJNN 1S9EA 4FLYA 1UAXA 4FPBA 3RWUA 4XEIA 2P9PB 3I0SA 3TTCA 3KWGA 3CPEA 3VQPA 2Q97A 4K25A 4M41A 4CJEA 1Q86O 2YHBA 3DAWA 5HL7L 3CJ1A 3VA3A 1NJWA 3CC7N 2GUIA 3SMPA 4FK0A 2KFZA 2IS3A 1A5WA 1Q8IA 5BPNA 3MXIA 1GLFO 1O13A 2NRRA 4Y1CA 3THXA 4X62K 4KTZA 3M6GA 1QQNA 2NRVA 4AHCA 4CEZA 3O3FA 3QERA 3JYTA 3DOKA 2BE2A 1VHXA 3PO4A 4I2QA 3M8RA 4DU1A 3AO5A 1YITN 3OYDA 4W5RA 2FC0A 4DKWA 3F73A 1JL1A 3BEXA 1ZBLA 3DLRA 2QWOA 4ILGB 4BG8A 2QW9A 5AQTA 4ISFA 3SLCA 4HUFA 3U9DA 2HF3A 3SUOA 3LANA 3F2KA 3ULDA 4CGGA 4JK9A 2XO7A 1XHXA 3VEOA 1YF5L 4WFAL 1BIUA 1NBWA 4EP4A 5AQUA 1SKSA 4DQSA 4IKFA 2A42A 3TWHA 4O0IA 3MAQA 1EP4A 3L2RA 3KK7A 4IOXA 3THXB 2A1SA 4U67L 4CGHA 4CGJA 3VETA 1RTDA 3KIOA 4DS5A 3THYA 1SKWA 4KHQA 4DV0K 2ZD1A 5GAHP 5HP1A 3RR8A 4CF8A 3MWPA 3ZYYX 5AQPA 4JRQA 3AO1A 4DR3K 1ILYA 4KHWA 1TKDA 4LFAK 3NAEA 1ATNA 5HROA 2HHHK 2YHXA 4DS4A 4Z0UA 4F3TA 3Q7BA 4E1MA 5GIOA 3TANA 4DFKA 4GVEA 2GUPA 3W0LA 4FW1A 4LC9B 5KRTA 3OYNA 4N41A 4M3TA 1YHQN 1T3VA 3VF2A 4CZKA 3H6EA 5AR0A 2G8KA 2NLXA 5ADXH 3IAYA 2OPPA 1YUWA 4I6MB 2IVOA 1QVGM 3D7EO 3CC4N 1HNIA 3HSCA 2E4LA 3RRHA 1NKBA 5K14A 1DLOA 3LP0A 3ZSZA 5KPZA 3SCXA 4M7XA 3EKSA 3FLCO 4BQZA 3TAGA 1KVBA 4JKFA 4HCBA 1MWMA 2NUBA 1CZAN 1TKZA 1X3NA 5EXWA 2O8EA 1M1KO 3VEVA 4W5QA 3JAMO 4PKGA 4CBWA 1L3SA 2BUPA 1RT5A 1E3MA 3CIPA 1NJXA 4OKEA 4JKGB 4BRMA 2A6AA 2PYLA 3SPZA 4JKGA 1D5AA 1JJ2M 1LW0A 1MA9B 1RT7A 2I7PA 4JI5K 2OPRA 2ZGYA 5FRNA 1W97L 3WNGA 4AM6A 1XWLA 3KKRA 1NKCA 4H0TB 4B1YB 1BA0A 3NH2A 4KV8A 5AQZA 3O1BA 4IO9L 3TSQA 3T1AA 1A5XA 3ZETA 3VQAA 5EVZA 4OO1J 1TAQA 1WSHA 4L3QA 4M3XA 4KPYA 2WC9A 4IFEA 3A0IX 2WFBA 3SK3A 4BRQA 1M90O 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3WXKA 3AO4A 4BDZA 2EWSA 3V1RA 3WEEA 4DR1K 1JLAA 3ZT0A 4BDYA 3SMSA 1NK8A 4BR7A 4MLHA 2BTFA 4H8KA 1VAZA 1RDWX 4YY3K 3CQYA 3I8DA 1U04A 5AZIA 2ZGZA 1T6DA 3N4QA 4KBOA 4DV4K 4CHOA 2XY6A 5CE3A 2IVPA 5KPTA 1NJZA 2OZSA 1RBSA 1TUYA 4Z94A 3C6AA 2HHWA 4DV3K 3FE1A 3GDQA 4WYBA 2IOCA 4JHDB 4CK1A 3JSMA 4BWMA 3KK3A 4BRNA 1IG9A 5EU7A 3MN9A 1XMQK 4H5RA 3WNFA 4FJLA 1XQSC 3TR8A 3NBPA 5GIPA 2P9KB 4DFMA 3QNNA 4KH5A 5ELZA 4XH1A 3QNOA 4WF9L 3CFPA 4AM7A 4EAHD 1BIZA 3PIOL 4Z4EA 1A5VA 2RKIA 5KQ8A 2ZJRL 2ZE2A 1TYQA 4IFVA 4B1WB 4NXNK 3NGZA 4FL9A 1CXUA 2V51B 4HUEA 4IJAA 2HHUA 2YKNA 2YHYA 3VENA 5M1KA 3OTOK 4FOEA 3SQ0A 3ASMA 4K0KK 1VQ8N 4DV5K 3RR7A 1N6QA 4JKBA 5TKYA 1S5JA 1I39A 4CHQA 3W3DA 3BZCA 1T7PA 2UUBK 1Z05A 1XHZA 3SQ1A 1HNXK 1NMDA 2FF6A 2VG6A 4CEDA 3NDKA 4LF7K 2QKBA 4KI6A 4CHYA 4E7KA 4OX9K 2VQEK 1NGIA 3I33A 3K9JA 4RWTA 2B4JA 1NGGA 4DF4A 1NGCA 3S9HA 3MCAB 5C2DA 4K8ZA 1BI4B 3HTVA 1RDAA 3FZMA 2R7YA 1BCMA 4MQ3A 1KLMA 4RW8A 1ZBFA 4CW7B 4MLEA 4FK2A 5AQGA 4BRPA 2HHTA 1NK4A 1WN7A 3EZWA 4JD2A 3SPYA 1C0TA 3FGUA 4YOXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOW A;  4YOX A;  5CHI A;  4YOT A;  4YOV A;  4O8U A;  4YOR A;  4YOU A;  4YOY A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4O4G A;  4E7L A;  4NO7 A;  4DTX A;  2JLE A;  1L3V A;  1O1W A;  5HRR A;  2RN2 A;  4CEA A;  1VQ9 N;  5B8H A;  4CFD A;  2Q31 A;  3LDL A;  5DMR A;  2YI1 A;  4IG0 A;  3BDP A;  4FM1 A;  4E19 A;  5KRS A;  3L2U A;  3RSE B;  2E6L A;  1FK9 A;  1VRU A;  3BGR A;  3M8Q A;  3QET A;  1NJI O;  1RFQ A;  2FLO A;  1I94 K;  1RBR A;  4DU4 A;  2D4W A;  3G71 N;  1T6C A;  4CIF A;  3GE1 A;  3OBW A;  1S1X A;  1KAX A;  4IZ9 A;  4MO5 A;  4A61 A;  3LAM A;  1WUA A;  4E7J A;  1NGA A;  3H3O B;  2CGJ A;  5C12 A;  3AGR A;  1C1B A;  2Q2R A;  2AP1 A;  3O3H A;  3TI0 A;  1ZBU A;  1NGJ A;  3D2E B;  1EQY A;  3S41 A;  2QK9 A;  5BPL A;  4JKA A;  1ITG A;  4NCG A;  2X6N A;  4FLX A;  3C7N A;  5JLF A;  3OS2 A;  2CGK A;  4BRK A;  4CHN A;  2E1Z A;  3I56 N;  5HRN A;  1JKH A;  3L0Q A;  4H03 B;  2NRX A;  4C8N A;  1GLB G;  4CK3 A;  3VTI A;  4FWP A;  1N32 K;  1JCG A;  2G8F A;  3ENO A;  5GIN A;  3ZT1 A;  3HXM A;  4EIA A;  3BF1 A;  1MWK A;  4B08 A;  1K6Y A;  1LW2 A;  2FSK A;  3L3V A;  5AQQ A;  4M3W A;  3SBG A;  3J7A P;  3EZ5 A;  1X3M A;  1LWC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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