4YW1A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with neu5ac and neu5ac2en following soaking with 3'sl
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Neuraminidase C
total genus 196
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw1A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw1A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw1A02
3IPVB 2D6PA 4YZ2A 3T1MA 1I1EA 4UF7A 1G86A 2W20A 4HZZA 3R4SA 5GZDA 3SILA 1AJKA 3OY8A 2ES3A 5GZEA 3N7MA 1BJQA 3TIAA 3A4UA 3MW4A 4WZFA 1NNAA 2ARBA 1NMBN 2QWAA 4KS1A 1GZCA 1DFQA 4AYUA 1Z4VA 2W5OA 1UX6A 1ZM1A 3W58A 2UU8A 1KJRA 2AH2A 4FPCA 5T50A 4Y1YA 1EUUA 1V6MA 3M3QA 4PF5A 4U2AA 1ULEA 1V6JA 3ZXJA 3IMNA 1N3PA 4QN6A 1JBCA 1S0FA 3SH5A 3VV1A 2H0BA 1NLSA 2DWRA 3FUQA 4YZ4A 4L8QA 1IS5A 1QOTA 2D6NA 4C1WA 5KXCA 4FPLA 4GB1A 4JCKA 1QNYA 5KXDA 1F8BA 1V3CA 5IK8A 3RG0A 4BLJA 4YGCA 3POYA 1F31A 2EF6A 2SBAA 1W6MB 5HUMA 1NCBN 1LHNA 2C4AA 4XMAA 1Q8QA 2W52A 2QWDA 1W0PA 1KITA 1SBDA 2BQPA 1LOFC 4NCSA 1S0JA 2D6LX 2WT2A 1GZWA 1YO8A 1HKDA 5JOZA 4GEZA 1G9DA 2BF6A 1ULDA 4Z8BA 5HUGA 1WCQA 4DRRA 4TYSA 2F27A 4Q1PA 4KS2A 2RHPA 2A6ZA 5DG1A 1V6OA 1S0EA 4SLIA 2AR6A 2JJ6A 1UKGA 5T5OA 1LU2A 1QGLA 1S0GA 3FUOA 3WZ1A 3ILNA 3K36A 3WDYA 3CKZA 1QOOA 4B7JA 2DU1A 2GMEA 2E7TA 1SLCA 4QN7A 2ZGLA 2WLQA 1S0CA 1QDCA 3ZYRA 1X50A 4GZTA 1NNCA 1LULA 3A0KA 4ZXKA 1IOAA 3VKFC 3K37A 4P14A 3N7LA 1RINA 4TZDA 2ERFA 1EPWA 2EXJA 2YXSA 4Q8LA 4R9AA 3T1LA 2D3RA 4AGRA 1MZ5A 3NV4A 4BM8A 1N3OA 3NWKA 2NM1A 4GDIA 5EYXA 1ONAA 1LEDA 3GALA 2WT0A 1WBLA 2P3KA 3VUOA 4YW1A 2P34A 1JHNA 1W6NB 2ZGPA 1CN1A 4LBJA 1USXA 2NN8A 1G9AA 4LBOA 1W6QA 1SLIA 5CNAA 1W6PB 2XB6C 4XJAA 4WEFA 4UW5A 2BZDA 2NP0A 1S0BA 3PJQA 4MC7A 2HTQA 1RIRA 1EUSA 1SLAA 2SILA 1GSLA 3D11A 4X49A 1SBEA 4FOYA 4C1XA 2UWCA 4FPJA 2WT1A 2NZ9A 4M00A 3OJBA 2PHUA 3AXEA 4KBBA 5GLUA 2ZGKA 4XZPA 3TAYA 3AZWA 2HU0A 1AX1A 2DUPA 2BATA 1NNBA 2ZHKA 2YA4A 3POSA 2F13A 2YZ4A 3RSJA 2R49A 2EALA 1CIWA 1FNZA 3QLQA 1YIFA 3B7EA 4MJUA 1AJOA 2WKKA 3B9CA 3OGGA 3UK9A 4IQPA 1MS1A 3SH4A 1JW6A 1LCLA 1KQRA 2HT5A 1VAMA 3AZXA 2QWBA 1BXHA 3GVKA 3O9JA 1SLLA 2DTYA 5L73A 3INAA 3RMXA 2X9MA 2B8HA 1IVFA 1W0OA 4BOWA 1A78A 4Q26A 2GNTA 1LEMA 1V6NA 3AP9A 5SV8A 5BYNA 2XG3A 1LOFA 1PZ7A 3MEPA 1ENRA 2ZGNA 3CYEA 3R05A 2R0HA 1O4ZA 2GMPA 4MWVA 3IKWA 4Y1UA 1UPSA 4XYXA 4MWRA 4R9CA 4GXLA 3NV2A 1V3BA 1DYPA 4U36A 2VW0A 4BMBA 1TEIA 5H9SA 2EXHA 2D6MA 1IVGA 2ZACA 1R1ZA 3AP6A 3RMYA 1IVCA 1A4QA 4YZ5A 1INHA 1W6OB 3M3OA 4FQZA 3WVJA 4M3CE 4B7RA 1H9WA 3H73A 1E8TA 1V3DA 1INGA 3PVEA 5KXEA 3WOGA 1ULGA 2QWJA 4BQ1A 3USUA 2AREA 2ZHMA 1CONA 4FQ4A 1VALA 5JYYA 3WHUA 2XCYA 2ZGSA 4UW4A 1WBFA 5GZCA 2OUHA 1L7HA 1C57A 2QWFA 1GNHA 4PQ9A 3N36A 2F0ZA 1VLNA 4FOVA 1JXNA 4AWDA 1MR5A 4FPKA 1NSCA 4NC5A 3N35A 4GZWA 1DIWA 4MZEA 4OZXA 3DUIA 2W38A 3U4XA 3AFKA 2OUJA 1BKZA 2QWCA 1MVEA 1FX5A 1WLWA 2CMLA 1LOGA 2YDTA 5JDBA 3V0AB 2ZBJA 1A8DA 1AXYA 4B7QA 4AGGA 2JE9A 2W5NA 3WLUA 2QWIA 3KM5A 3WDVA 5DZEA 1QKQA 2VW2A 2A3YA 1GANA 3WDUA 1SBFA 4RA0A 4MWYA 5GM0A 4Q27A 2E6VA 1Q8OA 2PHXA 4K1ZA 4CZSA 3INBA 5GLVA 4XMIA 2NMOA 3MW2A 5GALA 3SALA 3M1HA 4CPYA 3DGTA 2I2SA 5JOXA 1Z4YA 1O4YA 4PBOA 2HYKA 2V73A 4XBLA 4ISQA 1V0FA 2GNBA 2UURA 4HL0A 3AYEA 3WUDA 2DURA 5E88A 1CR7A 2A6VA 3Q9OA 1UMZA 5F9TA 3AJZA 3WNXA 5B2CA 1J1TA 4Y24A 3RRDA 2ZABA 1E8UA 4YG3A 3W09A 1B09A 1SLBA 3SH3A 1WLDA 4XXAA 3TIBA 3H6JA 1LENA 3D6EA 3AP5A 1Z4WA 1LOCA 3WG2A 3WHTA 5CAZA 2ZB6A 1KDMA 1IKQA 2ZA9A 3HR9A 4MYEA 1F9KA 1FYUA 5CA6A 1LHOA 1VIWB 3AYAA 1LHWA 1GBGA 1D2SA 1W8OA 4YGEA 1PZ9A 2GN3A 2A3XA 1N1YA 5JOWA 3BEQA 4Q2FA 1XQNA 3V65A 4DQAA 1HDKA 4XOGA 2D6OX 3M3EA 4FPOB 3K38A 3TI4A 1QMJA 3LSDA 2LTNA 4XBQA 2R0FA 2P2KA 2DUQA 4GZPA 3IN9A 4FOQA 3M2MA 1DQ4A 5DUXA 4MWJA 1YXWA 1V0ZA 4GJTA 5IK5A 1LOEA 3HN1A 4RL7A 3FLTA 4KS5A 2A71A 4Y22A 5DZGA 3I8TA 2F10A 4GZXA 2VK7A 3SISA 4FPHA 4Y20A 4CPNA 2F26A 2ZMNA 1ULFA 1B9VA 2SIMA 1YYNA 2P3JA 3O0XA 4BBWA 3NV3A 4ITCA 4YM3A 3ALXA 3AZZA 4XTMA 1BZWA 3WV6A 1ULCA 2QWHA 4X6KA 2ZKNA 1QNWA 4K1YA 1U0AA 4ATEA 4J9TA 1Q8VA 4XJWA 3WCRA 1VCUA 3IPVA 1GICA 2QWGA 1AF9A 3CL0A 3OYWB 1Z4XA 4XTPA 5KXBA 4QN4A 1MS0A 2YDPA 3D4KA 2Q5TA 2QWKA 1F5FA 4X4AA 1N1TA 3V0BB 4CPOA 4HZVA 4WEGA 2BERA 5IK4A 3AX4A 1UZYA 3WDTA 2ZGTA 4MWUA 2HTWA 1NMAN 1DGLA 1GKBA 2DVFA 2YA6A 5HCBA 5H9QA 3VKNA 1MS8A 4YW4A 3BIWE 4MWXA 4X47A 2ZHLA 2R1BA 3WG3A 1DLLA 4B7MA 2F12A 4YFWA 1DQ5A 3L2YA 2W08A 2CWSA 3ZYPA 2YA8A 1LOAA 2AYHA 5GZFA 3ZVXA 2YA5A 4ZKTB 4Y1ZA 3TICA 1NCAN 4YZ3A 1WCSA 3I4IA 2AEQA 1W6MA 3USUB 3N3HA 1A3KA 2VUAA 5T52A 4XJ8A 4LBQD 3O9KA 1G9CA 4XJRA 2GNMA 3A0NA 1B9SA 3FFZA 4XHXA 4XJQA 3N7JA 3W59A 2ZGQA 1DQ0A 1C1FA 1HLCA 3NV1A 2YV8A 3AXDA 1L7FA 1LHUA 3O0VA 5IUQA 2PHFA 1IS3A 2HU4A 5HCAA 4ASMB 4DS0A 2OW4A 4MX0A 2NYYA 1UZZA 4M01A 4XIOA 1D0HA 1RITA 2AUYA 1V6KA 4WV8A 2VSMA 2D43A 1Z50A 4GWNA 4M3CA 1WD3A 1KRIA 4FZHA 3AYCA 2AGSA 1IVEA 2ZGOA 3T1EA 4K1IA 2DVDA 2F24A 4I30A 4K1KA 5GZGA 3IM0A 3ENRA 2A6XA 1QF3A 2D7FA 3OY8B 2HTRA 4XE9A 3ZSMA 2JDZA 1W20A 5DUWA 4FVKA 3O12A 1XOEA 2VSKA 4K21A 1SFYA 2F11A 2R16A 2QWEA 1V2IA 2HT7A 2NMNA 1FNYA 5H9PA 4D8SA 1CPNA 4LBQA 1JYIA 4AVSA 1H9PA 4XJUA 4WA3A 2VY0A 1DHKB 1DZQA 2CNAA 2P37A 1SO7A 4Y1VA 1KJLA 1IS4A 1LHVA 3ILFA 5E8AA 4YLZA 1NSBA 1Q56A 1AX0A 1QU0A 4HIZA 4KS3A 3BOPA 1Z0HA 1B9TA 3H0OA 1CJPA 1CVNA 1NCDN 3WUCA 4MZAA 3TI6A 3JU9A 1OFSA 2ENRA 3ASIA 3WDXA 2VVZA 3MW3A 2KM2A 4FPFA 1S0DA 1W6NA 2F28A 3SITA 4AVVA 2XZIA 2A5ZA 3B3QE 3ZSLA 2VW1A 3R4UA 4HZWA 4BPZA 4K20A 4FOWA 4K1JA 1L7GA 4D69A 4MJVA 2CWMA 4QNPA 1I3HA 2HT8A 1GZWB 1BYHA 2FHRA 2E51A 6NN9A 1SCSA 2E53A 1Z4ZA 4YG0A 1G9FA 2ZAAA 2JE7A 3QCWA 4Y1XA 2ZB5A 1SACA 2ARXA 4CPMA 2JECA 1LU1A 3AZYA 3NSSA 3ZPYA 3ZXKA 3BODA 4XHBA 3LCPA 1E8VA 1Z78A 1LJ7A 4Y22B 2A75A 4LBKA 1FV3A 1G8WA 4YZ1A 2F25A 1N3QA 4XJ9A 1AXZA 4PCRA 2DYCA 5E89A 2C9AA 2OVUA 1IS6A 1LOBA 1OKQA 1ZA4A 4JC1A 4YGDA 1WUVA 1DYKA 1CPMA 3B01A 4R9DA 3A72A 3ILRA 4GZOA 4FJ6A 3WDWA 4K1HA 2ZHNA 2GN7A 2ZMKA 1MACA 2AENA 5FREA 4CRQA 1NN2A 2WNEA 3K3AA 2TEPA 1QDOA 2HTUA 4GDJA 1V0EA 4M4UA 3D5OA 5DUVA 3OPZA 5T5PA 2ZZJA 5JMCA 1INYA 4YM2A 3RQ0A 5LK5A 5HUKA 5EWSA 2ZGUA 1IVBA 3B00A 1WW7A 2D3PA 4YG6A 2DUOA 1V6IA 4DFSA 1GLHA 5GLWA 2GDFA 1VAVA 1JYCA 1F8CA 5DG2A 4LBLA 1W6QB 1W6OA 4P9XA 4Q8KA 2YMZA 3APBA 4MWQA 1GV9A 3WG1A 5F5QA 1LGCA 2F29A 2EIGA 2P3IA 3V64A 3PVNA 4UW6A 1NCCN 3CNAA 1AVBA 1WD4A 2CYFA 1INFA 1UL9A 1MS5A 4MWWA 2VK5A 1S1AA 1OQ1A 2A70A 4GZSA 1IVDA 1BQPA 3AP7A 3GNEA 1F8EA 4ATFA 2EXIA 4H55A 1EUTA 2DVGA 1URXA 1GZ9A 3B69A 4HZYA 3MPPG 1SLTA 4WVVA 3AZVA 2DVBA 1N1SA 4I00A 4M3MA 4XXPA 5GLTA 4H52A 1DQ1A 4B7NA 3VKOA 3V0AA 1H30A 3ZSJA 1G9BA 1FAYA 1INXA 3GVLA 2C4LA 4FP3A 3JUUA 3POWA 3T2TA 4PBPA 1UAIA 3PVOA 4M3CB 2YA7A 1LTEA 4WA5A 3VKLA 1PZ8A 4YW3A 3ZXEA 5HUNA 2GALA 5T55A 1WW5A 2ZGRA 3O0WA 1EURA 4BLIA 3OBRA 1A14N 5JLVA 4P9WA 1Q8PA 1DQ6A 2PHWA 1YI7A 2A6YA 5GJ6A 3FLPA 3K39A 5M1ZA 1LODA 1C1LA 4FVVA 1V6LA 5JOYA 4XDQA 3H71A 3H72A 3HMYA 5H9RA 4K3YA 1S0IA 1C4RA 4LBQB 2A3WA 2V5YA 4CPLA 2EXKA 4YW2A 5AVAA 2XZJA 4JRAA 4AGVA 4HANA 4LBNA 5FRAA 4Y26A 1N1VA 4WA4A 5EYYA 4CTEA 1MS9A 1Q8SA 1LGNA 2B7YA 5HX0A 2YROA 3PMEA 2VH9A 3O5SA 5IK7A 4XIKA 5IT6A 2GNDA 3WG4A 7NN9A 4DRVA 1ENQA 4Q1RA 4YW5A 4YM1A 4XBNA 4NOTA 2G4IA 1MS4A 2CY6A 4KS4A 4GA9A 3D12A 2A6WA 4W65A 1ENSA 3UJOA 3FBYA 4DGRA 2XZKA 4LBMA 5T5JA 5NN9A 3UJQA 4F83A 2RKCA 4WVWA 1N47A 1INWA 1MZ6A 5DXDA 2GMMA 2ZMLA 3AJYA 3WCSA 3SANA 2PHRA 4XJZA 1AXKA 2AEPA 1SCRA 2D44A 2UWAA 2R1DA 3A71A 1FATA 1KDKA 4FPYA 4YM0A 5DUUA 1MVQA 3TI8A 1DIMA 4GALA 1LECA 1GNZA 4M4NA 2HTVA 4P9YA 2LALA 2JD4A 3SNMA 2WSUA 1NXD1 1NSDA 1HQWA 1MS3A 5DZFA 3BTAA 4Q6KA 1USRA 2YY1A 1DQ2A 1SNTA 1QOSA 2SLIA 1IKPA 2PELA 4BMEA 4QN3A 1JUIA 4YFZA 3KQRA 2DTWA 2WSVA 3OYWA 1W8NA 2W68A 2D6KA 4H53A 4GWMA 5EXOA 1JOJA 3GVJA 1W21A 2DVAA 1DILA 4UW3A 3ZXFA 1UN1A 3TB0A 3V0BA 2CL2A 3CL2A 2HTYA 3AP4A 1HQLA 2WJSA 1W1XA 3UL2A 3AYDA 3AK0A 4YGBA 1BJIA 1WW6A 1G7YA 2DV9A 4GZQA 3SLIA 2VWDA 1V3EA 2VK6A 2A7AA 3N7KA 1V00A 2CTVA 5B2DA 3VKMA 3JU4A 1AX2A 5T54A 4JF7A 4HZXA 1FV2A 4XILA 2PHTA 4GKYA 2E7QA 3ZSKA 3NN9A 5CB7A 1W6PA 2D3SA 3FLRA 3M3CA 3OBTA 4M3CF 1DBNA 4NN9A 4M4VA 1XOGA 4MWLA 1GYKA 1Y7BA 3ALWA 1LESA 4ISRA 1JN2P 1F8DA 4NO4A 2VU9A 1A4GA 3LSEA 5T5LA 4QN5A 1CQ9A 2EAKA 5CBLA 2Z42A 4FPGA 3ZXLA 4CPZA 1CESA 3C2UA 1VCJA 1INVA 1LGBA 1NMCA 1APNA 1WW4A 2VXRA 5HCFA 3TI5A 4DPNA 4R9BA 3RS6A 5GLZA 1YRZA 4Y20B 1WLCA 2JKBA 2W39A 2C5DA 2WQZC 2UWBA 3ATGA 4FPEA 1AZDA 1MWEA 5JVVA 2DU0A 4GKXA 4FP2A 2FMDA 4AVTA 3TI3A 2ZGMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IPVB 2D6PA 2J1VA 3VD3A 4YZ2A 1J84A 4Q4V1 3IDBB 3T1MA 3T4HB 3CZUA 1I1EA 4ZS3A 4HVOA 2GVVA 4UF7A 3ZFFA 4YYOA 1G86A 2FP9A 3WP5A 2W20A 4A6OA 2WN3A 1NZCA 3PTYA 1UU4A 1ZZCA 1RUH2 3IIIA 3R4SA 1RUG1 1JYWA 1ZGKA 4V2WA 4HZZA 3WN7A 5GZDA 3THDA 1OUSA 3D82A 3SILA 4NIGA 1AJKA 3OY8A 4IGQA 4IMBA 2ES3A 5GZEA 3N7MA 1MEC2 1VBA2 2XLFA 5JUVA 1BJQA 4NPLA 3GGLA 1H6XA 2QE3A 3A4UA 3TIAA 3MW4A 1OVPA 1YI9A 2BBAA 4BDVB 4WZFA 1NNAA 4QGLA 2ZEXA 2LW8A 5CFDA 3T4VA 1OF3A 4NROA 4RQPA 4AFDA 4EZHA 1CQ1A 3R6SA 2ARBA 2IXCA 4KBZA 4E27A 4E4HA 2JDAA 1NMBN 3ZFGC 3KWVA 2BU9A 3T0AA 2QWAA 5FJHA 4KS1A 5CAZA 2YUEA 1IHMA 1NCQA 2LM3A 1GZCA 1Z7S2 4K3UA 1DFQA 4AYUA 4XUQA 1Z4VA 2W5OA 4ZONA 1XJAA 2W94A 1UX6A 1ZM1A 2WQ4A 3W58A 2UU8A 1KJRA 2AH2A 1NE4A 4BB3A 4FPCA 5F6KA 4CU6A 1ZZ6A 4IE4A 1BBT3 4ARXA 5JR7B 2GU9A 2LRPA 1EUUA 4Y1YA 5T50A 1V6MA 4GMP0 3RGBA 3ZYGA 5F7UA 4NAMA 1VRH1 2ZJCA 4ZU4A 5JZGB 5SV5A 4PWZA 2RR11 1ND3B 1Y4WA 2R32A 5FYVA 3M3QA 5LZ6A 4PF5A 1DU3D 4QMAA 4U2AA 1ULEA 1V6JA 4OI2A 3WF0A 3IMNA 3ZXJA 5I93A 1N3PA 4WM7C 4QN6A 1B35C 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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