4YW4A

Streptococcus pneumoniae sialidase nanc
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Neuraminidase C
publication title Crystal structure of a novel sialidase
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 198
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw4A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw4A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw4A02
3O9JA 1Z50A 1LTEA 4XZPA 2D6MA 1Q8OA 2A5ZA 4K3YA 1FV2A 1N3OA 4BQ1A 2YDTA 4XJWA 2OVUA 2ZB5A 3QCWA 2CWMA 4K20A 1VCJA 4FQZA 2V5YA 2BERA 1IKPA 4FVVA 2YA5A 3AX4A 1EURA 1IS6A 4J9TA 3BIWE 2VK7A 2F0ZA 1A4QA 4QN7A 1MS3A 2YA8A 1SBFA 1JW6A 2R1BA 1MVEA 3B7EA 1UKGA 5T55A 3WDXA 2VK6A 1A78A 4B7MA 5GZCA 2A6ZA 1V3BA 3O12A 3B9CA 3SH3A 4M3CB 3WCRA 1I1EA 4M3CE 1H30A 2GDFA 1S0JA 1EPWA 1LHVA 1IVEA 3FLPA 3K3AA 1C57A 1V6KA 4YM2A 5E8AA 3ATGA 1AX0A 4YGBA 2BZDA 1BYHA 3AZYA 1C4RA 4HL0A 4FPCA 2E7TA 4GB1A 1NNCA 3W09A 3TAYA 1KJRA 1WUVA 2FMDA 4XHXA 5CNAA 1L7FA 1C1FA 3SALA 2GMPA 3HR9A 2GNDA 4Y1YA 1W0PA 5IK5A 1CN1A 3VKOA 4Y1VA 2QWEA 2XZKA 4FOWA 4QN6A 1RIRA 4CPOA 3M3EA 4XDQA 4XYXA 3AYEA 2NYYA 5EWSA 2EAKA 1KRIA 1XOGA 4GZPA 4Y24A 3CL0A 2HTYA 1SNTA 1GICA 3M3OA 3LSDA 4XJ9A 1J1TA 2ZGUA 3USUB 2C5DA 2A6YA 3NV4A 2R0HA 3OJBA 3IPVA 4GZXA 2D3SA 2DTWA 3MW4A 1BXHA 3OYWB 4L8QA 2Q5TA 2DYCA 3WUCA 3GVKA 4DQAA 4XIKA 1S0DA 1LGBA 1V3DA 2YA7A 2F12A 1ENQA 1CPNA 4Y20B 4UW6A 1G8WA 4FOYA 3AZXA 1S0IA 2HTQA 1INWA 2QWJA 4Q1RA 4XJUA 4MWLA 2P37A 2CTVA 3R05A 1LECA 4HZYA 1HLCA 2D44A 1SCSA 4LBLA 4X47A 2VY0A 2A7AA 2WSVA 4C1XA 4M4UA 1GKBA 3T2TA 1LGCA 3WVJA 3IM0A 2ZA9A 1DYPA 1DFQA 1LCLA 2GNMA 4K1JA 1S0GA 1VAVA 3D11A 4TYSA 1ULCA 5GZGA 1CIWA 2OUJA 5F9TA 4XHBA 1WW5A 3NV1A 4MWYA 3GNEA 2P3JA 4BLIA 5T52A 1GNZA 2AEPA 4XILA 2EALA 1GZWB 4QN5A 2GNBA 4HANA 4YFWA 3H0OA 4HZZA 5GLWA 3B69A 5DZEA 4YG0A 3N7LA 2WNEA 3A72A 4XXAA 5T5LA 3VKFC 2JDZA 2D6KA 1BZWA 1VIWB 1DQ0A 5CB7A 2PHRA 2W08A 4WZFA 3T1LA 4GKYA 4NCSA 5CBLA 4K1ZA 3SILA 4D8SA 5H9PA 3WUDA 4CTEA 4AVSA 5FRAA 2WT2A 4R9BA 1F8BA 3CYEA 1W21A 3V0BB 1AJKA 4XJ8A 2F27A 1B9SA 2ZGQA 4NN9A 3N36A 2DVDA 4LBQD 3AJYA 4Q8LA 2WSUA 3FUOA 2PELA 2YZ4A 3RQ0A 3WDTA 2D3RA 2YY1A 1QDOA 1D0HA 5F5QA 2NMOA 4PCRA 4KS3A 3WDVA 2W39A 3WDWA 2F24A 1AJOA 1SBDA 2KM2A 1JUIA 1A8DA 4FPJA 3N7JA 2ES3A 1SLBA 4MWUA 1KDKA 1Z4WA 1DIMA 1NCAN 3WHUA 4K1IA 1WLDA 4DS0A 2EXIA 5DUWA 2A3WA 3O0VA 1IVGA 1QNYA 1ZA4A 2F11A 1GZCA 1UZYA 4U2AA 4CRQA 4P9WA 2ARBA 3ILFA 1W6PB 3CKZA 3AXDA 4GWMA 1PZ9A 3MW3A 4YGCA 2HTWA 4UW5A 4X4AA 3D6EA 5CA6A 4WEGA 3K39A 3M3QA 4QNPA 1W1XA 4HIZA 5DG1A 3W58A 1NMBN 1LU2A 4K1YA 1LOFC 3ALXA 4WA4A 2CL2A 5GALA 3AP7A 4P9YA 5DUXA 1INGA 4CPLA 4DRVA 1QNWA 3JU4A 1WLCA 2DVAA 1GNHA 1DQ1A 3TB0A 2ZGOA 5EYXA 1F8EA 1CVNA 1LOFA 1OKQA 3O9KA 4P14A 4AGRA 4ISRA 2FHRA 3FFZA 4B7RA 2TEPA 3PVOA 1DBNA 3VKNA 1KJLA 1OFSA 1Z4XA 4M00A 2HT8A 5SV8A 4PBOA 3RG0A 1AXZA 1S0EA 5JDBA 2LTNA 1UX6A 1UAIA 1W6MB 2YV8A 1E8UA 3PVEA 3ZSMA 4CPMA 1LHOA 2P34A 1DIWA 2PHTA 1O4YA 2DVBA 2CY6A 1CR7A 1GV9A 3PMEA 3V65A 5B2DA 1W6OA 4I30A 3AJZA 4GXLA 1KITA 2GMEA 1SLCA 2RHPA 4XBLA 1F5FA 1V0ZA 1W8NA 4NOTA 1SLTA 1YXWA 5JYYA 3L2YA 4I00A 1QF3A 1FAYA 3ENRA 3POYA 4JCKA 4GZQA 1TEIA 1Z78A 1UZZA 4XOGA 4WA3A 2NP0A 1LOGA 3VV1A 4M3MA 4CZSA 2WKKA 1W20A 1PZ8A 5HUNA 4CPYA 1AX1A 3V64A 3HN1A 3ALWA 1SCRA 4TZDA 2F13A 2HTRA 4NC5A 1NCCN 1ULGA 1UPSA 2JE9A 3TIBA 2HTVA 1W6QA 2RKCA 3ZPYA 1IOAA 1MR5A 4XMAA 1Q8SA 1VALA 3IPVB 5T54A 3ZXJA 4GZSA 1EUUA 1FV3A 2VW2A 6NN9A 1G86A 2D3PA 4CPZA 1F31A 3BTAA 5HCAA 1HDKA 5IK4A 1V6LA 5H9SA 4Z8BA 4YW4A 3AK0A 4MZEA 3INBA 2C4AA 3GVJA 2OUHA 4MC7A 1ULFA 2PHXA 2XCYA 5HUKA 1DYKA 3KM5A 1W0OA 1WD4A 3WCSA 3JU9A 2QWKA 5KXBA 3WZ1A 2GALA 4FPYA 5JOZA 4M4NA 4XJQA 3SNMA 1V6JA 1XOEA 4MWWA 5GZEA 2AGSA 3M1HA 3OBTA 2ARXA 2SBAA 3VUOA 4YLZA 4FP2A 1N1SA 2WQZC 4Q1PA 2A6WA 1S0BA 3V0AB 1USRA 3CL2A 1FYUA 2WT0A 2HU4A 2E51A 1SFYA 1V6IA 2ZACA 5DZFA 3DGTA 3ZYPA 3AP4A 4FVKA 5JVVA 3A0NA 5DG2A 1QU0A 1Q56A 4QN3A 2XZJA 4YW2A 4ATEA 4GZWA 4LBQB 3K37A 3MPPG 5GLUA 1V6MA 3USUA 5T5PA 2V73A 5IK7A 1ULEA 2BF6A 1JN2P 1A14N 4UW4A 3FLRA 5AVAA 2WT1A 2UWBA 4YW1A 3R4SA 3WG4A 1HQWA 3AP9A 3OYWA 2ZGPA 1EUTA 4KS5A 1GZ9A 1LGNA 2W5OA 3K36A 5GLVA 3OPZA 1MWEA 1HQLA 3U4XA 3WG3A 3T1EA 2P3KA 3C2UA 4B7NA 4Y20A 4PQ9A 2W5NA 3H71A 3OY8A 2UWAA 2UURA 2F28A 2VXRA 1N47A 3ILNA 1MS8A 4B7QA 2QWBA 2WLQA 1BQPA 3AZWA 3GALA 5IK8A 2D6LX 5JOWA 2ZZJA 1H9WA 2A3YA 2QWGA 1SBEA 4FZHA 1IS3A 2D6NA 4LBKA 1SLIA 4BMBA 3SH5A 5T5JA 1QOTA 1XQNA 4MZAA 2HTUA 5JOYA 2C4LA 3CNAA 4AWDA 4GKXA 1INXA 1FX5A 1G9BA 2ZMNA 1NSBA 1LU1A 1AX2A 4UF7A 1U0AA 1MZ5A 1LHWA 2SILA 3ZSJA 3IKWA 4XJRA 5B2CA 2HYKA 1YO8A 1Y7BA 1Z4ZA 2I2SA 1NMAN 1WCQA 3AYAA 4Q26A 2ZBJA 5IT6A 2HT7A 3RSJA 1HKDA 1F9KA 1AXKA 2DU0A 4PF5A 4MWQA 2W68A 3ZXEA 4YZ4A 5JOXA 1S1AA 5M1ZA 4JF7A 1CONA 2A71A 2VW1A 1AF9A 1URXA 2BQPA 4F83A 4Y1ZA 2JE7A 1SACA 1N3PA 3AZVA 1SLLA 1V2IA 2YROA 1NCBN 2D7FA 2F26A 1MS9A 3D12A 1B09A 1B9VA 1LHNA 3APBA 3ASIA 1QGLA 3FBYA 4FPKA 1A4GA 4MWRA 3W59A 1G7YA 4ATFA 2LALA 2H0BA 2UU8A 1NLSA 4YZ5A 2A6XA 2EF6A 4JC1A 1N1VA 5KXDA 2JD4A 4YZ1A 4U36A 2W38A 4R9CA 1VLNA 4H55A 1G9DA 5EYYA 4YGEA 4K21A 2VWDA 2GN7A 2DU1A 3LSEA 4FOVA 2GN3A 3ZXFA 4LBJA 5HUGA 2ENRA 1W6NB 1WW7A 2A75A 4Q6KA 2D43A 3T1MA 5HX0A 1NMCA 4GDIA 1BJIA 4Y22B 1O4ZA 2P2KA 4FJ6A 5CAZA 2YA4A 2DURA 2B8HA 4FPEA 4H53A 3TICA 3FUQA 4K1KA 3NV3A 4ITCA 2VH9A 3LCPA 1JXNA 4YM0A 4DGRA 1IS5A 4MWJA 2ERFA 1LOEA 3N7MA 3WDYA 2F25A 2QWAA 1CESA 2R49A 1W6OB 1VAMA 4H52A 3WV6A 1MS1A 1W6PA 2EIGA 2ZGLA 1G9CA 4JRAA 2E53A 1NNBA 2QWHA 1E8VA 2DWRA 4MX0A 1LOBA 1G9FA 2QWDA 3AP5A 5HCFA 4RL7A 1UN1A 2VVZA 3ZYRA 4MWXA 1X50A 2ZHLA 2AYHA 3WOGA 4ZXKA 1V3CA 1DQ5A 2EXHA 1JOJA 1FNYA 1QKQA 2R16A 3O0WA 4BPZA 3ZSKA 3NV2A 1F8DA 4Q27A 2CNAA 2VW0A 4DPNA 2E6VA 3A71A 4YFZA 1V0FA 4K1HA 2CMLA 4YG3A 3UL2A 4XJAA 3MW2A 4AGVA 1W6QB 3PVNA 4AGGA 5FREA 4XE9A 5L73A 4LBMA 1L7GA 1S0FA 4WA5A 3AYDA 3RRDA 3QLQA 1KDMA 5GM0A 3O0XA 2ZHMA 4MWVA 3NSSA 4M01A 7NN9A 3KQRA 3B01A 2ZHNA 4XTMA 3UJOA 3ZVXA 1W6MA 1Q8QA 3A0KA 2W20A 1Q8VA 4HZWA 4BM8A 5GZDA 2E7QA 1INHA 5JMCA 2NM1A 1QMJA 3NWKA 4ASMB 2X9MA 2OW4A 4ZKTB 1V3EA 1GBGA 3TIAA 4SLIA 2AR6A 3JUUA 2DV9A 1YI7A 2DUQA 2AENA 4YZ2A 2XB6C 2ZMKA 1OQ1A 1W8OA 2HU0A 3AXEA 3OBRA 4GDJA 4FPHA 3PJQA 3D4KA 1LULA 2AUYA 4MJUA 4YG6A 2F10A 2B7YA 1JHNA 1ENSA 4M3CA 1DHKB 1DGLA 2HT5A 1Z0HA 1V00A 4GA9A 1IVDA 1RINA 4FP3A 3H73A 3OGGA 3SANA 3HMYA 1INVA 3VKMA 2YXSA 4KS1A 3NN9A 1CQ9A 2QWCA 2VSKA 3H6JA 4X6KA 1WW6A 1NCDN 2ZGTA 1FATA 1E8TA 1BKZA 4YW3A 1MS4A 4KBBA 4BLJA 1INYA 4XMIA 3AZZA 1LEMA 1IVCA 1D2SA 5GJ6A 4FPFA 4M4VA 3O5SA 4KS2A 2AEQA 4X49A 3WDUA 1CJPA 2PHUA 4R9AA 2JECA 3ZXLA 2UWCA 1N3QA 4WV8A 5HUMA 2R1DA 5H9QA 4OZXA 4FPLA 1AXYA 2NMNA 1IVFA 4GALA 2XZIA 3UK9A 3WLUA 1INFA 2QWIA 3TI5A 3OY8B 1NN2A 1Z4VA 5DXDA 2W52A 1NSCA 1Q8PA 4DFSA 1QOOA 2ZB6A 3SH4A 1I3HA 1JYIA 1YIFA 4LBNA 2R0FA 2ZAAA 1LJ7A 5E88A 4XBQA 4BMEA 4MJVA 3N3HA 1F8CA 4XXPA 2DVGA 2VSMA 3TI3A 5EXOA 4CPNA 4Y26A 4AYUA 1YRZA 2ZGNA 1USXA 4ISQA 4HZVA 3ZXKA 5T50A 3RS6A 5DZGA 3V0AA 2PHFA 4DRRA 1WLWA 4YGDA 3BOPA 5HCBA 3B3QE 2DVFA 1NNAA 1FNZA 5H9RA 4XTPA 1LESA 1WD3A 1GANA 3RMXA 4P9XA 1WCSA 2ZGMA 4LBQA 4AVVA 4R9DA 4YM1A 3TI6A 2AH2A 1CPMA 1L7HA 3WG1A 4RA0A 5DUUA 3IMNA 1YYNA 4HZXA 1MZ6A 3SITA 4YZ3A 2GNTA 2ZABA 5GZFA 1UMZA 5NN9A 3TI4A 2DUOA 4WVWA 3INAA 1LODA 1ULDA 5BYNA 1WW4A 5GLTA 1SLAA 3GVLA 4D69A 5KXCA 2DTYA 2VK5A 3M2MA 3WG2A 3FLTA 2BATA 4FQ4A 3I8TA 2A6VA 2D6PA 4BOWA 2AREA 2C9AA 4W65A 4QN4A 3ILRA 1MS5A 1GZWA 1N1YA 1NXD1 1S0CA 4PBPA 1B9TA 2P3IA 3H72A 1A3KA 5GLZA 1UL9A 1ONAA 1V6OA 3MEPA 1DQ2A 2YA6A 4GZTA 4MYEA 1WBFA 4FPGA 2SIMA 3I4IA 3BODA 1N1TA 3A4UA 1LEDA 3AYCA 1H9PA 1DQ4A 1Z4YA 1R1ZA 3POWA 3AP6A 1NSDA 3RMYA 2JJ6A 4XJZA 3Q9OA 1DILA 2PHWA 4NO4A 4FPOB 4XBNA 1DQ6A 4Q8KA 3R4UA 2Z42A 2VU9A 2ZKNA 1EUSA 3V0BA 4BBWA 4C1WA 2EXKA 4YM3A 1MS0A 4IQPA 4UW3A 4GJTA 1GSLA 4WVVA 2GMMA 1LENA 1JBCA 3M3CA 2CWSA 1QOSA 2QWFA 2JKBA 1LOAA 2EXJA 2NZ9A 1APNA 3ZSLA 2DUPA 3DUIA 2ZGKA 4WEFA 3K38A 1IVBA 3SLIA 2G4IA 5DUVA 4XIOA 4AVTA 4GWNA 3TI8A 4KS4A 4FOQA 2CYFA 4Q2FA 3SISA 2YDPA 4M3CF 1ZM1A 3IN9A 2A3XA 3N7KA 1G9AA 5T5OA 3POSA 2WJSA 3BEQA 3WNXA 1KQRA 1QDCA 1AVBA 4YW5A 5LK5A 5JLVA 4GZOA 1LHUA 2NN8A 3B00A 1WBLA 1JYCA 1IS4A 5IUQA 4Y1UA 4GEZA 3D5OA 1BJQA 1GLHA 1GYKA 2ZGSA 1ENRA 1DZQA 2ZMLA 3N35A 1VCUA 2A70A 1V0EA 3AFKA 1AZDA 4LBOA 2XG3A 5KXEA 2SLIA 1LOCA 4B7JA 1W6NA 1MACA 2F29A 3VKLA 1MVQA 2YMZA 2VUAA 1V6NA 3WHTA 2ZHKA 3UJQA 2D6OX 1SO7A 4Y1XA 5E89A 1DLLA 4Y22A 1IKQA 1PZ7A 1RITA 2ZGRA 1C1LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ASJ3 1RUG1 2KR2A 3TOJA 1RWIA 1Z50A 3O9JA 1LTEA 3NNFA 5A70A 1HV0A 4XZPA 3WW4A 2D6MA 4B7KA 3FW0A 1ODNA 5J1XA 4TLGA 3THDA 5FO7B 1XYPA 3JZVA 1J3PA 1Q8OA 1RC6A 2A5ZA 4K3YA 2J1RA 3CQOA 1FV2A 1N3OA 3H8UA 4BQ1A 4BXSV 4XJWA 1HB4A 3A22A 2YDTA 2P3YA 4C90A 3PU8A 1W39A 2YC4A 5DAPA 4PDWB 5C9AB 5DDJ2 1BMV1 2OVUA 3V56A 1POV0 2ZB5A 3H1WA 3QCWA 1OLQA 4Q4V2 4QX3A 2CWMA 3GBWA 3VD5A 3H8OA 4FSJA 4K20A 5IVEA 4GH4C 1VCJA 2BGOA 4FQZA 4QPWA 1ASJ1 3CDZB 1R093 3A9HA 3QOPA 1VBC1 2BERA 2V5YA 3E6BA 1IKPA 5BNQA 1CAWA 1KFUL 4FVVA 4BQ5A 4Q4W2 1CIYA 2YA5A 3AX4A 2LM3A 4E4DX 1EURA 1IS6A 2D97A 1X9TA 4A2UA 1NX9A 4LE4A 2YPJA 2BVBA 4J9TA 4BQ2A 3BIWE 1PX4A 2VK7A 2QZ3A 3ZFFB 3VZOA 5C3PA 2AZ5A 2VUDA 1AYM1 3HPNA 3PURA 4CEYB 2RS32 4QWNA 5LEJA 1GP4A 2DCJA 1B35C 3K3OA 4HZFA 2AC1A 1J83A 1DZRA 2E31A 4HN0A 1A4QA 2F0ZA 3UETA 1MS3A 5KHJA 4QN7A 2VZPA 4D7YA 4AVAA 2YA8A 1SBFA 4E8CA 5KWRA 1YLLA 5FZ0A 1JW6A 3BCWA 2Q1ZB 1Q3EA 4GH4A 4JTOA 5J96B 5F37A 2WOZA 1EV11 2R1BA 1DU3D 1MVEA 4IEVA 1JUHA 3B7EA 2GHSA 2BGCA 4HK9A 4OMCA 4EWEA 2VZSA 2VQAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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