4YX7C

Complex of spao(spoa1,2) and orgb(apar)::t4lysozyme fusion protein
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
196
structure length
196
Chain Sequence
GPVDMLKNIPIPSPLSPVEGILIKRKTLERYFSINIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Protein transport
molecule keywords Surface presentation of antigens protein SpaO
publication title A common assembly module in injectisome and flagellar type III secretion sorting platforms.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium (strain lt2 / sgsc1412 / atcc 700720)
total genus 61
structure length 196
sequence length 196
chains with identical sequence F
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4yx7C00
195LA 213LA 1L10A 223LA 3SB5A 237LA 1OWZA 3HTFA 3L2XA 205LA 112LA 225LA 1L17A 5I14A 1P36A 181LA 159LA 220LA 3CDQA 3HTGA 1L27A 138LA 113LA 1C66A 256LA 1C6MA 1QS5A 3DN0A 1C63A 1EPYA 248LA 1L14A 1L76A 1SSYA 1G1WA 1C6KA 1KNIA 3HUQA 3FI5A 1L30A 125LA 1JQUA 1L41A 212LA 1L80A 1L18A 1QTZA 219LA 1SWYA 245LA 1SWZA 1C6PA 1L85A 3K2RA 2B74A 1QTCA 3JR6A 178LA 155LA 1L75A 1QTVA 4ARMB 1C61A 1L22A 3SN6R 1L63A 107LA 3HT7A 4EKQA 4PK0A 1L08A 1L06A 1QTDA 1LWKA 1L68A 4ARJA 1LGWA 1L19A 3CDOA 1QUDA 236LA 3HDEA 4DJHA 3GUIA 2O79A 4ARMA 108LA 1L49A 4LDEA 129LA 4W53A 4YXAC 1LYHA 1OWYA 3HH4A 4W52A 3C82A 3G3XA 156LA 4EJ4A 1L04A 2Q9DA 1L86A 2OE7X 1L98A 1LGXA 1CU3A 1KW5A 4YX7C 1LI2A 244LA 1G0PA 3HU8A 1QT6A 1L23A 1PQDA 229LA 2OEAX 1L59A 255LA 2RB2X 149LA 4GBRB 3SBAA 4E97A 1C6NA 1C6DA 1L31A 192LA 3L64A 3LZMA 4W57A 1K28A 1C6IA 1QTBA 3VW7A 1QT5A 141LA 1L11A 2B72A 4EKRA 1L64A 1L71A 231LA 1ZURA 104LA 1L40A 1C68A 2B6WA 3SB9A 1C6AA 4W59A 1C6QA 228LA 2QARC 3DN8A 127LA 259LA 196LA 186LA 3FADA 1C6GA 160LA 1QSBA 2B6TA 1D2WA 234LA 170LA 1L97A 3OE9A 3F8VA 1L72A 2B6ZA 3C7WA 1LYFA 2RAZX 1KY1A 151LA 1KW7A 3SB8A 1LLHA 1P7SA 2LCBA 2HUMA 144LA 1L35A 182LA 3HDFA 3HTBA 261LA 3SBBC 4I7LA 1LW9A 1CX7A 4S0WA 1L70A 1P5CA 4W51A 218LA 1CU2A 3DN6A 2O7AA 246LA 1L73A 1CV3A 1JTMA 1T8GA 183LA 1C67A 1G0MA 2RH1A 243LA 2RBRA 2LC9A 3DN3A 3GULA 1L01A 1L42A 161LA 1L15A 1L90A 254LA 1C65A 1L69A 1L50A 1QTHA 3GUJA 1L00A 3V2YA 4EPFA 1LYIA 2CUUA 1L66A 1B6IA 3DNAA 148LE 3OE0A 1L0KA 163LA 5LZMA 1CVKA 4W56A 190LA 3GUPA 142LA 115LA 1P2LA 1PQKA 2ANVA 1P37A 184LA 1P64A 4W55A 6LZMA 1L02A 1C6TA 1L39A 1LI3A 1OV5A 4DAJA 4YXCA 2O4WA 1L24A 1L03A 2RBPA 191LA 172LA 1C6EA 1D9WA 1C6BA 1L57A 1P56A 1L96A 224LA 2RBNA 1QT8A 242LA 1L95A 1G0QA 2RBOA 2Q9EA 3HH6A 3PBLA 2F47A 139LA 4W54A 3G3VA 1L56A 185LA 3C8QA 3NY9A 198LA 1T8FA 3RZEA 4I7TA 177LA 2NTHA 1C60A 2NTGA 4W58A 7LZMA 1LGUA 3C8RA 103LA 1L45A 1SSWA 1D3NA 3DN4A 1P2RA 3HH3A 4I7PA 3RUNA 1L54A 4ZPUA 3EMLA 147LA 128LA 252LA 3F9LA 1ZYTA 1L74A 1DYCA 227LA 1QSQA 1TLAA 4AQNA 1L09A 1T8AA 3V2WA 1L16A 199LA 1LYGA 2HUKA 1G07A 3G3WA 187LA 3DN2A 1L12A 4EKSA 1PQOA 1G0KA 260LA 4I7QA 232LA 1L48A 1L82A 2ANXA 1DYDA 1L99A 2B6XA 230LA 4LDLA 2QB0B 114LA 247LA 1ZWNA 209LA 2B73A 1OYUA 2B7XA 1LWGA 1L67A 1L84A 1XJTA 1CUQA 1JTNA 1QUGA 215LA 201LA 3C7ZA 119LA 1LPYA 176LA 3HUKA 169LA 3CDTA 4EPIA 1L55A 4I7OA 130LA 3CDVA 222LA 1D3MA 1L43A 102LA 126LA 1D3FA 3DMZA 1C6JA 3GUMA 1G0LA 131LA 1DYBA 1L92A 1L94A 2RAYX 1CUPA 1C6HA 4ARQB 1CU5A 1L89A 1OVHA 146LA 4LZMA 120LA 1L20A 4I7NA 2B70A 197LA 4ARLA 3DMVA 1L62A 4K5YA 2OE9X 3OE6A 1L38A 1L53A 2RBQA 1PQJA 1G1VA 1CTWA 216LA 257LA 3OE8A 4ARQA 110LA 3FA0A 3C7YA 4I7MA 3ODUA 1XJUA 226LA 2HULA 2RB1X 4PJZA 167LA 1L93A 3C81A 1L88A 253LA 1DYFA 1L25A 2F2QA 3C8SA 143LA 168LA 2OTZX 3HUAA 1LYJA 152LA 174LA 1D3JA 4EKPA 1L47A 1L0JA 3HT8A 4EXMA 166LA 1CX6A 1L32A 200LA 3NYAA 3HWLA 3C80A 1C62A 3QAKA 3D4SA 137LA 189LA 188LA 1L77A 1LYDA 210LA 1CU6A 1L60A 1L83A 1QUOA 1T6HA 2Z6BA 1L07A 3GUNA 3HT6A 1L91A 4IAPA 3UONA 1DYAA 1XEPA 1SX2A 221LA 249LA 3SB7A 1L36A 1QUHA 173LA 2RB0X 1L29A 1G0JA 3DMXA 1P46A 3SB6A 1CV5A 1L33A 3PDSA 2OTYX 118LA 1D2YA 157LA 1LI6A 1CV4A 164LA 1LYEA 1OVKA 2B75A 1CV1A 2RBSA 250LA 2LZMA 1L51A 211LA 1P6YA 1C6FA 238LA 2OU0X 1NHBA 1L28A 4I7SA 1L26A 1QT3A 241LA 1QT7A 3GUOA 2OU8A 122LA 1I6SA 217LA 3NY8A 1L44A 4ARPA 4I7JA 1OVJA 1G06A 1L58A 251LA 1G0GA 3HTDA 1L52A 1OV7A 2F32A 1PQIA 3GUKA 123LA 1L81A 165LA 235LA 258LA 4OO9A 1L87A 140LA 1P3NA 1C69A 162LA 1CU0A 1T97A 4DKLA 175LA 4GRVA 3HU9A 3C83A 145LA 1L13A 1L05A 1C6LA 1QS9A 3HT9A 1PQMA 1QT4A 2L78A 239LA 1DYGA 214LA 233LA 1KS3A 4LDOA 1DYEA 2OE4X 1C6CA 240LA 2IGCA 3DN1A 1C64A 4I7KA 150LA 158LA 111LA 1L21A 262LA 1L79A 2OU9A 2A4TA 1KY0A 1L34A 171LA 1SX7A 206LA 1CV0A 3DKEX 180LA 109LA 1L65A 1L37A 1L61A 1CV6A 4I7RA 1L46A 1WTHA 3HH5A 3CDRA 2B6YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YAQA 213LA 4LYOA 3HTFA 1ZMYL 5I14A 1P36A 3GXRA 4NGVA 1F0WA 1HEOA 138LA 3N9EA 3LYOA 3B6LA 113LA 3RT5X 1JTTL 1QS5A 248LA 1L76A 1IEEA 2DQIY 2DQAA 3HUQA 125LA 1JQUA 212LA 4H9CA 1L18A 1ZV5L 1IP1A 1T3PA 4ML7A 4ANRA 1GE2A 1QTVA 1YL1X 1WTNA 1CJ6A 1LOZA 2HTXA 1GAYA 2DQCY 1L06A 2BQEA 3WULA 1UA6Y 1L68A 5C6IA 4ARJA 1LGWA 3B0IA 1JJ0A 3GUIA 2O79A 4NGWA 1YKYX 3W6DA 1MELL 1LYHA 3EO5A 1VDPA 1GE4A 1Z55A 1MLCE 1IP5A 1L86A 1T6VL 4CFPA 1UBZA 1LI2A 2DQJY 3HU8A 1ZVHL 4DYGA 4NSHA 4WM4A 3WXTA 3AGHA 1LPIA 2OEAX 3RU5A 1JWRA 4GBRB 3SBAA 2H5ZA 1LMPA 4GN5C 4YOPA 3L64A 3AZ6A 3A6CY 3QY4A 1NKHA 1H6MA 2B72A 4Z41A 1LSFA 1B7PA 1L71A 3TXIA 104LA 1CKCA 5AMYA 1DKJA 4NSJA 1G7HC 259LA 2FYDA 3D3DA 4HV2A 1FLUA 1TEWA 2HEEA 1H87A 3F8VA 4II8A 2F30A 3RNXA 1D9UA 1KY1A 4ZIXA 3J4GA 4BAFA 144LA 182LA 3HDFA 3HTBA 3WL2A 4MSTA 1PS5A 4HPEA 1GBSA 1L70A 3DN6A 9LYZA 5KXWA 5LYTA 1CV3A 2CDSA 2LC9A 1GD6A 3GULA 1L01A 1L15A 1L90A 254LA 1LCNA 4B4IA 1C45A 1L50A 1IC5Y 4WL6A 1L66A 4GCCA 1B6IA 1GFTA 5A3EA 4DDBA 5LZMA 1XEKA 3GUPA 142LA 2B5ZA 1PQKA 1I56A 4NWHA 5LVJA 1W08A 1N4FA 6LZMA 4L41A 4C3WA 4W96A 4DAJA 153LA 1L24A 4NGKA 1REXA 4MCKA 3A95A 1QTEA 1C6BA 4GN3A 224LA 1I20A 2RBNA 1QT8A 1L95A 4XYYA 2F47A 4W54A 1GE1A 1IOSA 5I4XA 3C8QA 185LA 1JJ3A 1AT6A 4M4OA 4NG8A 2ZILA 4N1EI 3A3RX 3D9AC 4NHSA 103LA 1SSWA 3DN4A 1D3NA 4I7PA 1P2RA 4PPOA 5B06A 4B0DA 2D6BA 1GFJA 3CSQA 2WARA 1D6QA 1GB5A 252LA 3TMUA 4NG1A 2BQJA 1OUFA 2EQLA 1L74A 1DYCA 1CKHA 1OQMA 2W1LA 199LA 5F14A 1LZNA 2D4IA 4U3XB 187LA 1PQOA 1NQIA 232LA 1L48A 1GWDA 4PRQA 2B6XA 1LMAA 1LSPA 1ZVYB 4TWSA 4LT1A 2B7XA 1YL0X 4EMNA 6LYTA 4J1BA 1GFEA 1QUGA 1B5XA 1XGPC 2YBNA 2G4NA 3K3TA 4G4BA 1LJNA 3IJUA 4I7OA 3CDVA 2IHLA 126LA 1LHKA 2ZNXY 1TDYA 3GUMA 131LA 2Z38A 1DYBA 4H94A 1CUPA 4ARQB 4LZMA 120LA 4I7NA 2BQBA 4ARLA 3HBEX 3AB6A 1HMKA 2DQGY 4K5YA 1DI5A 4H9BA 5II3A 1OP9B 1RFPA 3OE8A 4ARQA 1UCOA 1DXJA 1J1OY 2NWDX 194LA 1XSFA 1GB9A 1KIRC 3B72A 2F2QA 4WM6A 1BGIA 1FDLY 1LJEA 4LYCA 2OTZX 3HUAA 1BB7A 2HEDA 3HT8A 1YKZX 3NYAA 3QE8A 2ZWBA 137LA 1EQ5A 1QUOA 1T6HA 2Z19A 3LZ2A 2Z6BA 3GUNA 4J7VA 1GF3A 1B7LA 249LA 1XEPA 221LA 3FE0A 1QUHA 2FBDA 1G0JA 1LZYA 1NWGA 1CV5A 1KXWA 2VB1A 3PDSA 1LI6A 1CV1A 5ILFA 250LA 4UWNA 3AW7A 211LA 1LMCA 5K7OA 238LA 2OU0X 135LA 1L28A 1LYOA 4QGZA 4NGZA 241LA 3GUOA 4CHXA 3NY8A 1L44A 4I7JA 1BWJA 1F6RA 2F32A 2ZNWY 1REMA 5IDDA 2A7DA 123LA 165LA 235LA 4OO9A 1LSBA 1B5ZA 1GEZA 4B49A 5KXMA 4W94A 1QS9A 1GEVA 3WW5A 239LA 1DYGA 214LA 4OWCA 1NMMA 1C6CA 1C64A 1UIHA 3VWOA 150LA 2XJWA 111LA 1JKDA 1KY0A 1L34A 2D4JA 171LA 1LJ4A 2ZYCA 2Z37A 1CV0A 1JEFA 3DKEX 4HTNA 5KXSA 4H1PA 1L37A 4KT3A 1B5YA 4XJIA 4WM5A 2B6YA 2F4GA 3WXUA 3P66A 4WO6A 5LAFA 1OWZA 3L2XA 1B0DA 1XGRC 225LA 3KAMA 1UC0A 4YM8A 220LA 3CDQA 1L27A 1WQMA 1HEQA 4H9IA 4HV1A 256LA 1GBOA 4Z98A 4NHQA 3DN0A 5IHGA 1C63A 3TXHA 1L14A 1XFPL 3FI5A 1C43A 1HSXA 1L80A 219LA 4C5FA 1SWZA 1C6PA 1LJGA 3K2RA 5HMVA 1JTOL 1C61A 2PC2A 3CB7A 1GF8A 1L08A 1QTDA 3A3QA 4ETAA 1IVMA 1QUSA 4DD2A 4XJBA 3W6EA 4DJHA 4D9ZA 5DL9A 1IP6A 1L49A 4TUNA 1D0MA 1QIOA 133LA 2C8PA 5APFA 2Q9DA 3TMVA 5JENB 3G3AB 1KW5A 4TSBA 1LAAA 1GF7A 4DWXA 3HFMY 5FDJA 3LZTA 255LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YAQ A;  213L A;  4LYO A;  3HTF A;  1ZMY L;  5I14 A;  1P36 A;  3GXR A;  4NGV A;  1F0W A;  1HEO A;  138L A;  3N9E A;  3LYO A;  3B6L A;  113L A;  3RT5 X;  1JTT L;  1QS5 A;  248L A;  1L76 A;  1IEE A;  2DQI Y;  2DQA A;  3HUQ A;  125L A;  1JQU A;  212L A;  4H9C A;  1L18 A;  1ZV5 L;  1IP1 A;  1T3P A;  4ML7 A;  4ANR A;  1GE2 A;  1QTV A;  1YL1 X;  1WTN A;  1CJ6 A;  1LOZ A;  2HTX A;  1GAY A;  2DQC Y;  1L06 A;  2BQE A;  3WUL A;  1UA6 Y;  1L68 A;  5C6I A;  4ARJ A;  1LGW A;  3B0I A;  1JJ0 A;  3GUI A;  2O79 A;  4NGW A;  1YKY X;  3W6D A;  1MEL L;  1LYH A;  3EO5 A;  1VDP A;  1GE4 A;  1Z55 A;  1MLC E;  1IP5 A;  1L86 A;  1T6V L;  4CFP A;  1UBZ A;  1LI2 A;  2DQJ Y;  3HU8 A;  1ZVH L;  4DYG A;  4NSH A;  4WM4 A;  3WXT A;  3AGH A;  1LPI A;  2OEA X;  3RU5 A;  1JWR A;  4GBR B;  3SBA A;  2H5Z A;  1LMP A;  4GN5 C;  4YOP A;  3L64 A;  3AZ6 A;  3A6C Y;  3QY4 A;  1NKH A;  1H6M A;  2B72 A;  4Z41 A;  1LSF A;  1B7P A;  1L71 A;  3TXI A;  104L A;  1CKC A;  5AMY A;  1DKJ A;  4NSJ A;  1G7H C;  259L A;  2FYD A;  3D3D A;  4HV2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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