4YX7C

Complex of spao(spoa1,2) and orgb(apar)::t4lysozyme fusion protein
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
196
structure length
196
Chain Sequence
GPVDMLKNIPIPSPLSPVEGILIKRKTLERYFSINIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Protein transport
source organism Salmonella typhimurium (strain lt2 / sgsc1412 / atcc 700720)
publication title A common assembly module in injectisome and flagellar type III secretion sorting platforms.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Surface presentation of antigens protein SpaO
total genus 61
structure length 196
sequence length 196
chains with identical sequence F
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4yx7C00
2OU0X 1C6FA 1OV5A 3DMZA 4I7LA 3DN6A 1LWKA 1L28A 3SB8A 126LA 1L97A 1OWZA 3SN6R 4EKPA 1G0JA 4I7MA 3SB6A 1L46A 1G0GA 1KS3A 3HT8A 3PBLA 1ZYTA 1L57A 1KY1A 2CUUA 4PJZA 196LA 4AQNA 1C6LA 1P36A 1L29A 1L21A 1CU3A 1L50A 1LW9A 243LA 1OYUA 3FA0A 1L77A 2RBPA 1DYCA 241LA 1CTWA 1L64A 191LA 1QTCA 1LYFA 148LE 4I7PA 3HDEA 1L39A 231LA 3F9LA 4W52A 1L81A 2RBSA 2OE7X 1P64A 216LA 4I7QA 4W54A 224LA 1JTMA 248LA 1C6KA 4YXCA 3DN1A 180LA 251LA 189LA 4EJ4A 1C68A 3HU8A 223LA 3DN3A 3V2WA 1T8GA 254LA 1L85A 3HT7A 233LA 1C6PA 1L95A 1L27A 2NTHA 2A4TA 1C6EA 146LA 195LA 1L99A 1T8AA 3EMLA 4DAJA 4ARQB 1OVHA 1QT8A 175LA 4W57A 3C81A 234LA 4LDLA 1QT6A 2OTYX 4I7KA 2OU9A 1D3NA 230LA 2O4WA 3GUMA 2HUMA 3OE9A 188LA 138LA 1C6DA 219LA 1XJTA 3CDTA 1L22A 1QT7A 1LI6A 1CUQA 210LA 3CDVA 166LA 1L17A 1JTNA 1C6HA 1L20A 1QT4A 1QT3A 2HULA 250LA 1L41A 3GUNA 1L14A 214LA 104LA 1L94A 1OWYA 1L13A 215LA 3DN4A 3RZEA 1L05A 1L10A 109LA 1C6JA 1QUOA 1L09A 3CDQA 1L69A 255LA 3HU9A 4S0WA 1KNIA 3VW7A 177LA 1CV4A 1TLAA 7LZMA 3HH4A 1L89A 144LA 3D4SA 1C64A 3DMXA 3C8SA 3L64A 3G3XA 171LA 1LI3A 1C6TA 206LA 1OVJA 102LA 209LA 3GULA 3L2XA 221LA 1L90A 1L79A 1QTZA 147LA 4DKLA 1C6MA 1CV6A 236LA 232LA 1L34A 137LA 4W51A 1L61A 1XEPA 1L19A 168LA 240LA 157LA 3NY8A 1L04A 1L40A 1C62A 161LA 4ARLA 2IGCA 1L23A 115LA 260LA 2RBOA 3FADA 3DN2A 1L68A 1L31A 1SSYA 2B6ZA 3ODUA 1L98A 1L88A 1P3NA 3F8VA 1C6AA 222LA 1T97A 1C6BA 1QTBA 1D3MA 1EPYA 4GRVA 1SWYA 190LA 1L42A 3HUQA 253LA 1C65A 1L47A 164LA 3G3VA 3DMVA 1C6CA 4W55A 103LA 127LA 2B6TA 3SB5A 163LA 4ARPA 1L56A 3GUKA 158LA 3SBAA 3HUAA 1XJUA 1QTHA 3C7YA 3C82A 218LA 4YXAC 3GUOA 229LA 2LC9A 181LA 2HUKA 205LA 3C8RA 139LA 1SWZA 111LA 1PQDA 1G0QA 1G1VA 1L60A 199LA 1L70A 1WTHA 262LA 2B73A 2L78A 3GUPA 198LA 1LYIA 1LYJA 225LA 1CX7A 192LA 1ZWNA 6LZMA 1L36A 1L76A 3PDSA 2B6YA 1G06A 201LA 1LGUA 1L06A 2F47A 1G07A 1C6GA 1L07A 4I7SA 1CV5A 1CV0A 1KW5A 3HT9A 169LA 1L84A 1LYEA 2RB2X 1JQUA 2RH1A 1L87A 1L66A 167LA 3C8QA 1C63A 1L0KA 4ARMA 1C67A 1L51A 228LA 2RAYX 1QUHA 1K28A 1L37A 227LA 3DKEX 186LA 119LA 3HH5A 1QUDA 128LA 1B6IA 4W53A 156LA 3SBBC 160LA 1CUPA 1L59A 1LGWA 257LA 2ANVA 2QARC 1CU2A 1L45A 1L91A 3C7WA 244LA 3HDFA 2B7XA 1QUGA 1L0JA 122LA 3CDRA 155LA 4LDOA 4PK0A 1G0LA 1L35A 3DNAA 5I14A 1L82A 162LA 1DYBA 1L71A 3HH6A 1L08A 1DYAA 1ZURA 4LZMA 4ARJA 1L33A 2NTGA 197LA 1P56A 4I7JA 1D2YA 112LA 1CX6A 1L73A 2F2QA 113LA 130LA 176LA 3C7ZA 1C61A 3HT6A 1DYEA 1P46A 235LA 1L52A 1L18A 3OE0A 239LA 4EKSA 141LA 1DYGA 1D9WA 4IAPA 1SSWA 140LA 247LA 1L63A 1OV7A 1D2WA 220LA 1LGXA 1L62A 4K5YA 1L96A 1L15A 3QAKA 2OTZX 1L03A 1LYDA 123LA 213LA 3V2YA 1QTVA 1LYGA 1SX7A 187LA 170LA 1L65A 1OVKA 3C80A 1L25A 118LA 2Q9DA 1PQJA 1C66A 4W58A 1P2LA 1CU5A 1CV1A 1L01A 3DN8A 1NHBA 3FI5A 1L48A 5LZMA 184LA 249LA 108LA 114LA 1L30A 2QB0B 143LA 1CU6A 3HTGA 1L32A 2LZMA 185LA 211LA 131LA 1PQKA 1L72A 256LA 1L55A 1P5CA 237LA 174LA 1I6SA 1L86A 1L93A 3HTBA 1L43A 1L24A 1CVKA 1LWGA 4I7RA 110LA 4I7NA 129LA 4OO9A 151LA 1KW7A 1DYDA 1C6IA 1P37A 261LA 2OE9X 1L00A 4EPIA 2B75A 1LLHA 3HUKA 1QSQA 1L75A 4W59A 1L92A 1L53A 4W56A 1C6NA 4GBRB 1G0PA 3JR6A 1QS5A 1P7SA 1G0MA 258LA 2O7AA 1LYHA 242LA 1L12A 3G3WA 2B74A 159LA 1L58A 238LA 4DJHA 120LA 2RB1X 1QSBA 3C83A 4EXMA 1C6QA 217LA 4LDEA 1L26A 2O79A 2B70A 2RBNA 3HH3A 4ZPUA 1PQOA 2LCBA 252LA 3DN0A 1PQIA 1L83A 259LA 125LA 3CDOA 2Z6BA 3GUIA 4YX7C 1QTDA 1C60A 1D3FA 1L44A 1L11A 2F32A 3NY9A 2ANXA 3UONA 1L49A 3RUNA 173LA 2Q9EA 2B6WA 2RAZX 4I7TA 142LA 3GUJA 149LA 3SB7A 226LA 4EKRA 4I7OA 1L02A 1G0KA 145LA 1G1WA 1L54A 2B6XA 183LA 1CU0A 165LA 1LPYA 3HTFA 246LA 2OE4X 1D3JA 2RB0X 178LA 2RBRA 2OEAX 150LA 152LA 1P2RA 1PQMA 1DYFA 4EPFA 1L74A 3HWLA 3HTDA 182LA 1C69A 1L67A 200LA 1KY0A 1QS9A 1LI2A 212LA 3OE6A 1SX2A 107LA 2OU8A 3LZMA 1T6HA 1P6YA 4E97A 3NYAA 3OE8A 1L38A 3SB9A 3K2RA 1L16A 172LA 1CV3A 2B72A 4EKQA 1L80A 1T8FA 4ARQA 2RBQA 245LA 1QT5A 4ARMB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DQDY 1LPIA 3DN6A 1EL1A 1B7RA 193LA 1HNLA 2W1YA 1HEQA 3ZVQB 1GEVA 3AZ6A 1D0KA 4TTDA 4XENA 3J4GA 2A7FA 3HT8A 4HP0A 1REMA 2BQIA 1V7SA 1KY1A 2CUUA 1C6LA 1P36A 4NSIA 1L29A 3EMSA 5LYMA 1CU3A 5KXPA 1BB7A 1OYUA 4ZEEA 1GB6A 2RBPA 1QTCA 5DL9A 4TSCA 3WU9A 1WVVA 1L39A 2D6BA 2AUBA 1OUJA 1H87A 2PC2A 2D4IA 224LA 4W54A 4HV1A 1G7HC 1DI4A 4ETAA 2BQDA 3CSQA 1O23A 1B0DA 2MEBA 3J6KA 2DKVA 1T8GA 1GB0A 3A92A 1RFPA 1LOZA 1C6PA 1HENA 2NTHA 2A4TA 4GN5C 195LA 4ZIXA 3LYMA 4ARQB 1QT8A 4W57A 3C81A 234LA 1J1PY 1QTEA 1XGTC 3GUMA 2HUMA 5F9XA 1BB4A 2CWIA 2DQIY 1QT7A 210LA 2FYCA 3CDVA 3HBHA 1L20A 2G4PA 1L41A 250LA 2ZILA 1JJ1A 3MGWA 1G7IC 3RZEA 3DN4A 109LA 3RNXA 1HFXA 4S0WA 3VW7A 1KNIA 4H92A 3WPLA 3HH4A 1C64A 4G9SA 5F9UA 3F6ZA 4H94A 153LA 1GFGA 206LA 102LA 2BQCA 3P4ZA 1IIZA 2HU3A 5F14A 2ZQ4A 1IY4A 137LA 4RW2A 1LJIA 1FN5A 3WL2A 168LA 3NY8A 157LA 5I4XA 1L40A 2XBSA 3TXFA 2YBNA 1BB5A 4C3WA 1XGRC 4KT3A 3TMXA 1L98A 3TXGA 3T6UA 1IOSA 1T97A 1NWGA 1GB9A 3TXBA 4GRVA 1F0WA 1L42A 4LZTA 3HUQA 1BVXA 2H5ZA 4DYGA 1C65A 1L47A 207LA 5ILCA 1B5VA 1C6CA 3WMKA 1IVMA 2YSSC 4NHSA 2F4AA 127LA 1LSZA 4ARPA 4EOFA 2CGIA 3VWOA 3HUAA 1QTHA 3C82A 1B5ZA 1B7PA 1NQIA 4XN6A 205LA 1OUBA 3C8RA 1LTMA 4WO9A 139LA 1SWZA 2B5ZA 1PQDA 5L3HA 1G0QA 1G1VA 1GF4A 1HMLA 2B73A 1DPXA 4ETDA 198LA 1LYIA 3M18B 3RU5A 5B59A 1HC0A 1YKYX 5HMVA 2HU1A 3T36A 1L76A 2B6YA 1LGUA 1L06A 1KW5A 3QE8A 169LA 1UUZC 2RB2X 1T6VL 2IFFY 1QSWA 4WM1A 1L0KA 4ARMA 5J7CA 228LA 2Z12A 1QUHA 1XEJA 1K28A 4DDBA 1NDGC 1QUDA 1GF0A 1NBYC 3SBBC 2YBLA 160LA 4LT1A 1BHZA 1L59A 4QEQA 257LA 2QARC 1CU2A 1L45A 1L91A 3OJPA 244LA 2BQFA 3HDFA 2ZYCA 1JKDA 1UIHA 4Z46A 4N1CC 162LA 3P64A 3WPKA 2HEFA 1LMNA 5KKJA 1IOCA 4QY9A 1CX6A 4DDAA 1KXWA 4ANRA 2F2QA 1GF3A 1C61A 1LYOA 2EIZC 1UACY 4J1BA 4DDCA 1C7PA 239LA 3AW6A 1IR8A 3W6FA 1D9WA 1UIEA 1WQQA 1SSWA 3RT5X 1LJGA 1D2WA 4LYTA 1IP2A 3EO5A 4XADA 4A7DA 5L9JA 5AMYA 1LYDA 5ILFA 4DD0A 1GXV2 3AW7A 1SX7A 1L65A 4WM6A 5KY1A 1RJCB 1PQJA 4DC4A 3A6CY 1P2LA 3WVYA 1JKAA 4NGVA 4NSJA 5A3ZA 1L48A 3AJNA 249LA 1CU6A 1GE0A 3WUNA 4PPOA 2FBDA 131LA 5I5QA 4Z41A 4Z98A 4NGOA 1JTOL 174LA 1I6SA 1FDLY 1JSEA 1L43A 1WQPA 4RDSA 1LWGA 4I7RA 4DWXA 1KW7A 1WQOA 1P37A 1IWVA 2XJWA 1BWHA 3ULRA 1IP7A 1JJ0A 3N9AA 1G0PA 4GCDA 3N9CA 1L12A 2B74A 159LA 238LA 4DJHA 1REYA 4LYMA 1QSBA 1I1ZA 3BKHA 4LDEA 1IWUA 2LZTA 4N5RA 4ZPUA 4N8ZA 2LYZA 194LA 1PQIA 2DBTA 3CDOA 1LSNA 4GCBA 1LSEA 208LA 2F32A 3CSRA 1GAZA 3UONA 1L49A 1JISA 173LA 1XGPC 5L3IA 4UWUA 3E3DA 149LA 226LA 4ML7A 2ZYPA 1G1WA 1CU0A 2RB0X 4H9AA 178LA 5E9RA 1ZV5L 1FLUA 4YEMA 5LYZA 5I53A 3HWLA 182LA 1VDTA 1GXXA 1KY0A 2HEAA 212LA 3OE6A 2DQCY 4WM3A 1LZ8A 4MSTA 4LFXA 2BQOA 2Z2FA 2OU8A 4WM2A 1SQ2L 1T6HA 2MEAA 1B7LA 3K2RA 5HNLA 1TCYA 5I54A 2I26L 3W6BA 1T8FA 4ARQA 4H9FA 2ZQ3A 4ARMB 1QIOA 4DD7A 4GCEA 1LZCA 3AZ7A 1C6FA 1WQMA 6LYTA 3WPJA 1LWKA 3SB8A 126LA 4P2EA 1UIGA 1KIRC 5LA8A 1LHMA 1YKXX 1KS3A 1XEIA 3PBLA 3A96A 4I8SA 1L50A 1LW9A 1C46A 3FA0A 3TXIA 241LA 1CTWA 1OUDA 2BQKA 1LZBA 4I7PA 3HDEA 4OOTA 4H8YA 4BS7A 1YIKA 3WXUA 4D9ZA 231LA 4CGEA 4NSGA 2LYMA 1L81A 1IP4A 5C6JA 2OE7X 216LA 4C5FA 4YOPA 1JTMA 251LA 2ZNXY 3DN3A 254LA 2MEEA 4M6DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2DQD Y;  1LPI A;  3DN6 A;  1EL1 A;  1B7R A;  193L A;  1HNL A;  2W1Y A;  1HEQ A;  3ZVQ B;  1GEV A;  3AZ6 A;  1D0K A;  4TTD A;  4XEN A;  3J4G A;  2A7F A;  3HT8 A;  4HP0 A;  1REM A;  2BQI A;  1V7S A;  1KY1 A;  2CUU A;  1C6L A;  1P36 A;  4NSI A;  1L29 A;  3EMS A;  5LYM A;  1CU3 A;  5KXP A;  1BB7 A;  1OYU A;  4ZEE A;  1GB6 A;  2RBP A;  1QTC A;  5DL9 A;  4TSC A;  3WU9 A;  1WVV A;  1L39 A;  2D6B A;  2AUB A;  1OUJ A;  1H87 A;  2PC2 A;  2D4I A;  224L A;  4W54 A;  4HV1 A;  1G7H C;  1DI4 A;  4ETA A;  2BQD A;  3CSQ A;  1O23 A;  1B0D A;  2MEB A;  3J6K A;  2DKV A;  1T8G A;  1GB0 A;  3A92 A;  1RFP A;  1LOZ A;  1C6P A;  1HEN A;  2NTH A;  2A4T A;  4GN5 C;  195L A;  4ZIX A;  3LYM A;  4ARQ B;  1QT8 A;  4W57 A;  3C81 A;  234L A;  1J1P Y;  1QTE A;  1XGT C;  3GUM A;  2HUM A;  5F9X A;  1BB4 A;  2CWI A;  2DQI Y;  1QT7 A;  210L A;  2FYC A;  3CDV A;  3HBH A;  1L20 A;  2G4P A;  1L41 A;  250L A;  2ZIL A;  1JJ1 A;  3MGW A;  1G7I C;  3RZE A;  3DN4 A;  109L A;  3RNX A;  1HFX A;  4S0W A;  3VW7 A;  1KNI A;  4H92 A;  3WPL A; 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