4YXAC

Complex of spao(spoa1,2 semet) and orgb(apar)::t4lysozyme fusion protein
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
196
structure length
168
Chain Sequence
GPVDMLKNIPIPSPLSPVEGILIKRKTLERYFSINIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Protein transport
molecule keywords Surface presentation of antigens protein SpaO
publication title A common assembly module in injectisome and flagellar type III secretion sorting platforms.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium (strain lt2 / sgsc1412 / atcc 700720)
total genus 48
structure length 168
sequence length 196
chains with identical sequence F
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4yxaC00
1L40A 1L21A 2OTYX 131LA 137LA 2B74A 1XEPA 3DMZA 157LA 3SBAA 4LDEA 3GUIA 3FA0A 243LA 1PQMA 1QUGA 175LA 2O79A 2F2QA 1L60A 3CDOA 1L43A 197LA 1L96A 163LA 3DN0A 1D3FA 2F32A 1L32A 1PQOA 1C63A 4W58A 3DKEX 3C8RA 1L54A 3GUOA 3NY9A 3HT7A 1P46A 1CX6A 180LA 1SWYA 1C6JA 108LA 1C66A 2RBNA 1L99A 129LA 6LZMA 1C6KA 4I7KA 4I7OA 1G07A 182LA 1SSYA 3HH3A 3QAKA 2B6YA 1L39A 1L50A 1XJTA 4I7TA 2CUUA 4OO9A 1L87A 1L00A 3HDEA 156LA 146LA 2OU9A 1DYDA 3LZMA 170LA 4W54A 1L05A 1SSWA 261LA 3HT8A 1ZWNA 3C81A 103LA 3C8SA 4I7QA 4W56A 1C6TA 1CU2A 3GUMA 155LA 1QUHA 3D4SA 1L52A 213LA 3SB8A 1KW5A 3G3WA 110LA 174LA 130LA 1L28A 4W53A 1D3MA 2B73A 1DYBA 125LA 3RUNA 1L77A 1C6BA 1CU6A 1L04A 3DN2A 1OWZA 3CDTA 2NTGA 169LA 120LA 2QARC 3G3XA 216LA 1G1VA 3DN4A 1QSQA 162LA 189LA 252LA 3C7WA 1L46A 3L2XA 1L48A 3HWLA 4EJ4A 2OU0X 1LGUA 1P7SA 1T8FA 1QUDA 1JTNA 1L10A 1DYGA 1LLHA 1C6EA 1L22A 1LW9A 5I14A 2RB2X 1KNIA 3FADA 3G3VA 1D9WA 1QS9A 4ARJA 148LE 4EKRA 1D3NA 1L61A 1QTDA 128LA 1DYCA 2B6WA 2IGCA 1KY0A 3HTGA 221LA 164LA 1T8GA 223LA 1L82A 4W55A 4I7MA 3CDQA 3OE8A 1L92A 1CV4A 2NTHA 1L42A 4AQNA 4K5YA 1C6GA 1DYEA 3VW7A 3C7YA 242LA 1G06A 1L35A 102LA 1C61A 233LA 1L68A 1C6LA 145LA 1LPYA 2OE7X 1L38A 147LA 172LA 1L11A 1QTZA 1C67A 3OE6A 205LA 3DN6A 1DYFA 3GUNA 1L47A 231LA 3HU9A 4ARQA 1CU3A 2RBOA 3DN1A 3K2RA 4I7LA 253LA 2OE9X 1P37A 1EPYA 1L45A 1SX7A 3SB6A 254LA 1L36A 1L86A 190LA 187LA 1QS5A 2LCBA 4LDOA 1PQIA 1L20A 3DN3A 1OWYA 3GUKA 1QUOA 4ARPA 2B6TA 4ARMB 235LA 4EKSA 1P64A 2RBPA 249LA 2RH1A 2OU8A 4DJHA 1L81A 1QTBA 247LA 227LA 245LA 2B72A 4YX7C 1L51A 1G0GA 1L63A 4EXMA 238LA 1L73A 1LYHA 1T8AA 229LA 2HUMA 1L49A 200LA 1JQUA 260LA 122LA 1L19A 1L18A 4PK0A 138LA 2OE4X 3HH4A 3HUQA 1L23A 1C6CA 115LA 3SBBC 1P5CA 1ZYTA 1P36A 113LA 4EKQA 4YXCA 1L44A 258LA 244LA 1LGWA 2QB0B 1L85A 1L02A 149LA 1D2WA 176LA 1QSBA 206LA 201LA 3CDRA 3HDFA 3HUAA 4ARLA 1P56A 3NYAA 4I7SA 1G1WA 1LWGA 199LA 1C64A 1L09A 255LA 1CV3A 1LYEA 1C6FA 2HUKA 1CTWA 167LA 1CU5A 1LWKA 191LA 239LA 3C7ZA 237LA 4EPFA 4YXAC 1L31A 1L83A 1PQDA 1PQKA 3PBLA 3SB5A 3F8VA 3CDVA 1L72A 4S0WA 168LA 1LYGA 165LA 1KS3A 114LA 1OYUA 1L66A 1C6MA 1T6HA 3PDSA 173LA 4IAPA 185LA 209LA 3SB7A 1TLAA 1CV6A 1QTHA 1L89A 211LA 3HTBA 4LZMA 184LA 1C68A 141LA 177LA 1L75A 3DMVA 1C6IA 4GBRB 4W57A 4EPIA 1JTMA 1QTVA 1L98A 2F47A 2L78A 158LA 1L03A 123LA 3L64A 4I7PA 3V2WA 1ZURA 3UONA 228LA 2OEAX 2Z6BA 2RBQA 111LA 4I7JA 139LA 2RBSA 241LA 1G0LA 196LA 152LA 1CV5A 1CV0A 3C82A 2RBRA 195LA 1L67A 1L27A 4PJZA 1OV5A 224LA 1OVJA 222LA 4LDLA 2RB1X 5LZMA 160LA 1CX7A 1G0PA 3C8QA 118LA 1L30A 4DAJA 1LYDA 1L56A 1LI2A 1KW7A 1P6YA 1QT4A 4GRVA 1OVHA 1CU0A 4W59A 218LA 2A4TA 1L41A 1D3JA 3ODUA 256LA 1NHBA 1L95A 1LYIA 1PQJA 1WTHA 4W52A 104LA 126LA 1T97A 3DMXA 1L06A 4ZPUA 1L59A 4I7RA 2O4WA 1QT8A 3SB9A 1K28A 1B6IA 1L57A 1L76A 1C6PA 140LA 1QT7A 2B75A 2ANVA 3GUJA 2B6XA 2B6ZA 1L71A 1LYFA 127LA 109LA 1G0JA 2LZMA 1CUPA 230LA 262LA 1L0JA 1CUQA 1LI6A 1L24A 198LA 1L64A 251LA 2OTZX 1L65A 1L74A 151LA 1L93A 2HULA 3C83A 1LI3A 226LA 4ARMA 1L90A 2RB0X 4E97A 1L01A 3NY8A 4I7NA 3HT9A 1L34A 1L84A 1C6QA 2B7XA 259LA 1C69A 1C6HA 257LA 1L94A 248LA 159LA 1L26A 1SX2A 232LA 3DN8A 3RZEA 107LA 150LA 1G0KA 1DYAA 1L12A 1OVKA 1CV1A 2RAZX 1KY1A 3HTFA 144LA 1L55A 4EKPA 3HU8A 240LA 1P2LA 1L29A 1L14A 3OE9A 246LA 236LA 1L97A 1CVKA 3JR6A 1SWZA 2LC9A 1L07A 1P2RA 3F9LA 1OV7A 1P3NA 1QTCA 171LA 188LA 1L0KA 1L62A 166LA 1C65A 1L58A 1L37A 2Q9EA 3GULA 1LGXA 2RAYX 3OE0A 250LA 1LYJA 2ANXA 1G0QA 1C62A 214LA 1L91A 3HTDA 3FI5A 1L88A 1QT3A 234LA 7LZMA 1C6DA 1L13A 220LA 161LA 112LA 1D2YA 4ARQB 3V2YA 1L17A 1L80A 1G0MA 3SN6R 1C6AA 3HUKA 1XJUA 1QT6A 217LA 219LA 1L08A 3DNAA 2B70A 3HH5A 2O7AA 178LA 4W51A 1L69A 142LA 2Q9DA 1L33A 1L53A 1C60A 212LA 1L70A 1L25A 186LA 4DKLA 1L79A 210LA 225LA 3C80A 119LA 1L16A 215LA 3EMLA 181LA 1I6SA 3HT6A 192LA 143LA 183LA 1C6NA 3HH6A 1L15A 3GUPA 1QT5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZYA 1L21A 1IC4Y 131LA 4LDEA 1PQMA 175LA 4OW1A 3CSZA 2HU3A 1LZBA 3C8RA 1CX6A 2YBIA 4KT3A 1FLQA 4GLAA 1C6JA 108LA 4TSCA 1YAMA 6LZMA 1C6KA 4I7KA 4MSTA 3OJPA 5LAGA 1G07A 1HEWA 3IJUA 1GF4A 1B5ZA 3WW6A 4I7TA 3WVYA 5F9XA 1L87A 3B72A 1HEOA 1B2KA 1DYDA 3RNXA 208LA 2G4PA 3AZ6A 4OWCA 1CU2A 4NGYA 3A93A 2ZQ3A 1GPQC 213LA 3SB8A 1D9UA 2Z39A 110LA 174LA 4W53A 5KJ9A 1GFVA 1H6MA 1D3MA 5KXOA 3W6EA 4RLMA 3TXFA 4H90A 2W1XA 4ET8A 1QQYA 1JTOL 1L77A 1VEDA 1CU6A 1L04A 5LVKA 2NTGA 5D5FA 5JENB 3A90A 3G3XA 4ZFPA 4TSBA 2Z18A 4XADA 1LGUA 1CJ7A 1T8FA 4WO6A 1QUDA 4E3UA 3TXGA 1JTNA 1L10A 5LYZA 1LLHA 1L22A 1LW9A 1VDTA 2RB2X 1QS9A 148LE 2I6ZA 128LA 5F16A 2IGCA 3HTGA 3ZVQA 2H9KA 2F4AA 1GF6A 4I7MA 4WM1A 5KXMA 2ZIJA 3OE8A 1NBZC 4WM2A 1HEPA 3AZ7A 242LA 4XJFA 4M4OA 1C6LA 2YDGA 3N9AA 1BWHA 1GXXA 1L11A 1GDXA 5LYMA 1A4VA 3WUNA 4C3WA 2MEBA 2FYCA 1IP4A 4X3BA 2CWIA 2RBOA 4J1AA 2OE9X 5B05A 1P37A 3SB6A 3J4GA 1MELL 1L20A 5AMYA 1LZSA 1REXA 4ARPA 4ARMB 2D4JA 5KXNA 4EKSA 1P64A 2RH1A 4RW2A 247LA 4WG1A 4N8ZA 1LJ3A 2N5ZA 1YKYX 1DPWA 5FHWA 4YX7C 1L51A 2YSSC 1L63A 5T3FA 4DWXA 1L49A 1VFBC 4XENA 5B1FA 1C45A 138LA 1GF9A 3SBBC 3CSQA 4H1PA 3B0IA 1UIGA 1L85A 1L02A 1D2WA 5C6IA 3HDFA 3AZ5A 5KY1A 1C10A 5HLLA 1LWGA 1HENA 1CV3A 1FLWA 1GB5A 1I1ZA 1HC0A 2HEBA 4EPFA 4PGJB 1EQEA 3F8VA 3CDVA 1TBYA 4CFPA 1OYUA 3ZVQB 1LZAA 1VDSA 3PDSA 3QY4A 1LSFA 1TLAA 211LA 4LZMA 1BB4A 1LSZA 5DL9A 141LA 1L75A 1C6IA 1JTTL 1QTVA 4H8XA 3WULA 2F47A 2L78A 5A3EA 2W1LA 1L03A 5LA5A 123LA 1LJHA 4I7PA 1ZURA 3UONA 1GE3A 228LA 4UWNA 1WQRA 2Z6BA 1LSBA 1VATA 3B0OA 2LYZA 5KXKA 1JKAA 195LA 1L27A 1AKIA 1GB2A 1OVJA 5L3IA 222LA 4LFPA 160LA 1YQVY 4IJ4A 1IP6A 3C8QA 2Q0MX 1YROA 1GDWA 4W59A 2A4TA 3N9CA 2EQLA 1D3JA 1LMOA 3ODUA 256LA 1DPXA 1NHBA 1WTHA 1PQJA 4W52A 5F14A 1IVMA 1GBXA 1LYSA 4KL7A 4I7RA 1IWWA 2BQHA 3WMKA 1L57A 1L76A 3A94A 4NG1A 1XGRC 4LT3A 2ANVA 5LVGA 1LYFA 109LA 1G0JA 1C46A 4LYBA 1LI6A 1L24A 4QY9A 198LA 1L65A 2HULA 5KXXA 4DD3A 1L01A 1GF8A 1L34A 1L84A 1REZA 2B7XA 1H87A 2F30A 1LSDA 3DN8A 1SX2A 4EOFA 4HP0A 4NHTA 3RZEA 4EMNA 4MCKA 1GFGA 4N1EI 1LZEA 2RAZX 1PS5A 1L55A 5M1YA 240LA 1LZ9A 2HEDA 236LA 3P64A 1L97A 3JR6A 3W6AA 1P3NA 171LA 2WARA 3GULA 1LGXA 1XGQC 4YEMA 1LMAA 1G0QA 1I56A 2I25L 4ETDA 234LA 1D2YA 3A34A 3TMVA 1TAYA 3QNGA 3SN6R 1QSAA 1QDRA 1GFTA 1XJUA 1JIYA 217LA 4OWBA 4DQ7A 2O7AA 3AW7A 4W51A 1L69A 3LYTA 1L53A 1JKBA 212LA 1J1PY 5KXYA 1L79A 4NSIA 225LA 3C80A 1L16A 1BB6A 181LA 1I6SA 1GWDA 1B7PA 2BLYA 143LA 1F6RA 3FA0A 1L40A 4PRQA 1GB3A 2VB1A 1UIBA 2MEEA 2OTYX 137LA 2B74A 1EL1A 1XEPA 1RCMA 3DMZA 4HJVA 3AGHA 3GUIA 2EKSC 243LA 3CB7A 1O23A 1GFKA 4Z98A 3CDOA 1L43A 4II8A 3A92A 1DKJA 1C63A 1JSFA 2MEHA 3NY9A 4WLTA 2HEEA 3T36A 3G3AB 1BQLY 4NSJA 1IORA 3WU7A 182LA 1GFUA 4H9CA 1L50A 1LJJA 1LJNA 4OO9A 5HMJA 1B7SA 3HDEA 1DI4A 2OU9A 2D91A 3TXDA 3LYOA 3LZMA 170LA 4W54A 261LA 3EMSA 3HT8A 1J1XY 4LYTA 4I7QA 1IIZA 1C6TA 4ETAA 1N4FA 1DZBX 5C6LA 1L52A 5FCPA 1IWXA 3G3WA 1LJFA 4P2EA 1DYBA 1QUSA 3DN2A 4R6CA 1OWZA 4H9BA 2QARC 1CNSA 216LA 1QSQA 4N0JA 2LHMA 1TDYA 3HWLA 5KXRA 2OU0X 7LYZA 1LZCA 4DDCA 1WQNA 1KNIA 4ARJA 1LSGA 5KKIA 1L61A 1QTDA 1DYCA 1CJ8A 1KY0A 207LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LZY A;  1L21 A;  1IC4 Y;  131L A;  4LDE A;  1PQM A;  175L A;  4OW1 A;  3CSZ A;  2HU3 A;  1LZB A;  3C8R A;  1CX6 A;  2YBI A;  4KT3 A;  1FLQ A;  4GLA A;  1C6J A;  108L A;  4TSC A;  1YAM A;  6LZM A;  1C6K A;  4I7K A;  4MST A;  3OJP A;  5LAG A;  1G07 A;  1HEW A;  3IJU A;  1GF4 A;  1B5Z A;  3WW6 A;  4I7T A;  3WVY A;  5F9X A;  1L87 A;  3B72 A;  1HEO A;  1B2K A;  1DYD A;  3RNX A;  208L A;  2G4P A;  3AZ6 A;  4OWC A;  1CU2 A;  4NGY A;  3A93 A;  2ZQ3 A;  1GPQ C;  213L A;  3SB8 A;  1D9U A;  2Z39 A;  110L A;  174L A;  4W53 A;  5KJ9 A;  1GFV A;  1H6M A;  1D3M A;  5KXO A;  3W6E A;  4RLM A;  3TXF A;  4H90 A;  2W1X A;  4ET8 A;  1QQY A;  1JTO L;  1L77 A;  1VED A;  1CU6 A;  1L04 A;  5LVK A;  2NTG A;  5D5F A;  5JEN B;  3A90 A;  3G3X A;  4ZFP A;  4TSB A;  2Z18 A;  4XAD A;  1LGU A;  1CJ7 A;  1T8F A;  4WO6 A;  1QUD A;  4E3U A;  3TXG A;  1JTN A;  1L10 A;  5LYZ A;  1LLH A;  1L22 A;  1LW9 A;  1VDT A;  2RB2 X;  1QS9 A;  148L E;  2I6Z A;  128L A;  5F16 A;  2IGC A;  3HTG A;  3ZVQ A;  2H9K A;  2F4A A;  1GF6 A;  4I7M A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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