4YYDA

Crystal structure of brd9 bromodomain bound to a crotonyllysine peptide
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
101
structure length
101
Chain Sequence
TPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Protein binding
molecule keywords Bromodomain-containing protein 9
publication title A Subset of Human Bromodomains Recognizes Butyryllysine and Crotonyllysine Histone Peptide Modifications.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 35
structure length 101
sequence length 101
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4yydA00
5II2A 4QEVA 4NYWA 5LKTA 5ENEA 2F6NA 5FE6A 2DVSA 5LKXA 4OGJA 4UIZA 4NR4A 5LVQA 5FFWA 5FG6A 4A9KA 5BT5A 4NRBA 4YYGA 3S91A 5I89A 5KU3A 5E9MA 3AADA 5D3TA 3UV2A 4YABA 3P1EA 5EA1A 3S92A 4YBMA 3O36A 4UYDA 3MB4A 3AQAA 3QZTA 4TZ8A 3UVYA 5HEMA 5FDZA 5A81A 5BT3A 3P1FA 2WP2A 4N4HA 4XUAA 5TCMA 4CLBA 2I7KA 2RFJA 4NYXA 4BHWA 4UIYA 5FG4A 5AD2A 4TZ2A 5DYUA 2NXBA 5J0DA 4LYWA 4O75A 2YDWA 5DFDA 5I40A 2N9GA 2MJVB 5E9LA 3ZYUA 4A9IA 5A7CA 4CUQA 5KO4A 2R0VA 5E7DA 4QUTA 5CUCA 3IU5A 4YH4A 4XUBA 4O7CA 4FLPA 4AKNA 5C7NA 5C8GA 4IR4A 4Z93A 5IGNA 4UYGA 3MXFA 4TYLA 4MR6A 2GRCA 4NR5A 5KTUA 4LZ2A 2RNYA 2YEKA 3LQJA 5D25A 4TT6A 5CU8A 2R0YA 4Q0NA 5HLSA 5A83A 4HXSA 5D7XA 2DVRA 3MULA 4YADA 4NRCA 5A5SA 5FE5A 3JVMA 5KHMA 5DYCA 2G4AA 4N3WA 4BW4A 1E6IA 4BW3A 5I7XA 2YELA 4N4IA 5E9KA 5JI8A 4NRAA 4QEWA 5AMEA 3LXJA 4UYEA 5L96A 5D3PA 4A9JA 2D82A 4NS5A 5HJCA 5D3LA 2F6JA 5EI4A 5FH7A 4O7FA 2RO1A 5EGUA 5FE1A 4MEPA 5DFBA 5L98A 4NR6A 3LQIA 4LRGA 5FE4A 1N72A 4KCXA 5CQ6A 5ETDA 3MQMA 5D26A 5LJ0A 5CQ3A 5HFQA 5CS8A 4QC3A 2OUOA 5FB1A 5HRXA 4CUTA 3U5JA 5CQ8A 5D3RA 5DLXA 4BJXA 4YK0A 4PCEA 4C66A 5FE2A 3U5OA 5D0CA 5EICA 5G4SA 3UV4A 5EVAA 4NQMA 5LKUA 5L8TA 4J0SA 4A9LA 3MB3A 5HFRA 5FE8A 4Z1SA 4QZSA 4QSQA 5CUGA 4MEQA 4IR6A 4QSPA 4HBXA 4IR3A 2RI7A 4QYDA 4Z6HA 5FH6A 5A85A 1WUGA 4QSSA 3I3JA 5HQ7A 4YBTA 4CFLA 4QSRA 3MUKA 5DKHA 5EWHA 5I7YA 5H1TA 2E7OA 4TS8A 4QC1A 4YYKA 2R0SA 5ENFA 3HMHA 5CQ4A 4CURA 4WHUA 3G0JA 5IGKA 4YBSA 5CQ7A 5JWMA 5ENIA 5H1UA 5KTWA 1JSPB 5A5OA 5F62A 5F63A 5DYXA 3JVJA 4J3IA 5E3DA 2LSPB 5F1HA 4NUDA 4HBVA 5A5QA 5EK9A 5FG5A 5I80A 4QSWA 4XY9A 5FE3A 3UVWA 5FH8A 2YW5A 4LYIA 5HM0A 4LC2A 5CRMA 5ENBA 3NXBA 2DWWA 2RNXA 4A9OA 4ALGA 5IIDA 4QR5A 5CZGA 5ENHA 4YATA 5HRVA 2L85A 1EQFA 4TTEA 4A9EA 3HMEA 5HQ6A 4N4FA 1ZS5A 5E73A 4BW2A 4A9NA 3SVGA 5HENA 4QUUA 4QY4A 5EM3A 4UYFB 5HCLA 4XYAA 5DLZA 3JVKA 4TU4A 5L8UA 5LUUA 4YYMA 5CUAA 5ENGA 4YYDA 4Z6IA 4J1PA 5C4QA 3QZSA 2D9EA 3RCWA 3U5PA 4O7EA 4QSXA 5FB0A 5ETBA 4PS5A 3Q2FA 5CQTA 5A5NA 3P1DA 5C89A 3O34A 2RS9B 4IOQA 4MENA 4IORA 3DAIA 3IU6A 5ACYA 4WHWA 4LZRA 1WUMA 4Q0OA 2WP1A 3U5LA 5COIA 5FE0A 5F25A 4QR3A 4QSVA 5E0RA 4ZC9A 4NYVA 5IBNA 3P5OA 4QEUA 2YEMA 5CY9A 5IGLA 5L99A 2H60A 4O70A 5I86A 4O7AA 5II1A 3HMFA 3UW9A 4ALHA 5G4RA 5IGMA 4OGIA 4QSTA 5K29A 5D3HA 5DW2A 5IG6A 4HBWA 4UITA 4CL9A 3QZVA 5L97A 4MR4A 4QNSA 4ZW1A 3FKMX 5A5PA 5FE7A 4XY8A 4YY4A 4NR8A 5HQ5A 5CQAA 5DBMA 4TQNA 5CQ5A 4UIWA 4HXKA 5BT4A 5DYAA 3O33A 4A9HA 2E3KA 5AMFA 3SVHA 5CUDA 5F1LA 3UV5A 2OO1A 4YAXA 5DX4A 5TB6A 1X0JA 1JM4B 4O74A 4MR5A 2RNWA 4HXPA 5FBXA 4Y03A 5CUBA 5EQ1A 3GG3A 4MR3A 5CUEA 4YY6A 5CTLA 5ENCA 4NR9A 5DW1A 5E3GA 5LJ2A 4UYFA 5FFVA 4NUCA 4KV1A 4O77A 4NXJA 4CUUA 4GPJA 4YYJA 4PKLA 4J0RA 3ONIA 3G0LA 5LKZA 4YYHA 3K2JA 5C87A 4O71A 5CGPA 4CUPA 4LDFA 5D3JA 4RVRA 2DVVA 5F3AA 5FFYA 1F68A 3LJWA 4O7BA 5LJ1A 5DY7A 3TLPA 5E74A 4NQNA 4A9MA 4MEOA 3LQHA 4YYNA 4WIVA 2L5EA 5E9VA 4C67A 5H85A 5HRWA 2OSSA 2I8NA 2R10A 4IOOA 4PY6A 5EPSA 5F5ZA 4HXRA 3DWYA 3Q2EA 3P1CA 5EU1A 3SVFA 4O78A 5DFCA 4YH3A 5KTXA 3UVXA 4ZQLA 5F2PA 5EPBA 2DVQA 4PCIA 4YYIA 4TT2A 4LZSA 4X2IA 3D7CA 5ENJA 2KTBB 4HXMA 5CRZA 4QR4A 2DATA 3JVLA 5E9YA 4YC9A 5F60A 4E96A 4QSUA 2L84A 4O72A 5I88A 4UIVA 3U5NA 4TT4A 5D3NA 5EWWA 5EP7A 4Z1QA 3UVDA 5DKDA 4CFKA 4PTBA 5AD3A 4QBMA 4OUFA 4LYSA 3U5KA 5CFWA 5DKCA 5H1VA 4CUSA 4TU6A 2YYNA 5C85A 5EWCA 4HXLA 4HXOA 4QYLA 4HBYA 5F61A 4IR5A 5LVRA 5CPEA 5FE9A 4UYHA 4F3IA 4LR6A 5D3SA 5EWDA 5EISA 4HXNA 5E9IA 4UIXA 4DONA 4NUEA 5I83A 5A5RA 5EPRA 2DKWA 4QB3A 3U5MA 4N4GA 4O76A 5HELA 4KV4A 2YQDA 5I1QA 3O35A 4BW1A 4NR7A 5D24A 5A82A 5EV9A 5CP5A 2FSAA 5I29A 3O37A 2E7NA 5EWVA 4UIUA 4A9FA 5F36A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5II2A 4QEVA 4NYWA 5LKTA 5ENEA 2F6NA 4AKGA 5FE6A 2DVSA 5LKXA 4OGJA 4UIZA 4NR4A 5LVQA 5FFWA 5FG6A 4A9KA 3VKHA 5BT5A 4NRBA 4YYGA 3S91A 5I89A 5KU3A 5E9MA 3AADA 5D3TA 3UV2A 4YABA 3P1EA 5EA1A 3S92A 4YBMA 3O36A 4UYDA 3MB4A 3AQAA 3QZTA 4TZ8A 3UVYA 5HEMA 5FDZA 5A81A 5BT3A 3P1FA 2WP2A 4N4HA 4XUAA 5TCMA 4CLBA 2I7KA 2RFJA 4NYXA 4BHWA 4UIYA 5FG4A 5AD2A 4TZ2A 5DYUA 2NXBA 5J0DA 4LYWA 4O75A 2YDWA 5DFDA 5I40A 2N9GA 2MJVB 5E9LA 3ZYUA 4A9IA 5A7CA 4CUQA 5KO4A 1PUOA 2R0VA 5E7DA 4QUTA 5CUCA 3IU5A 4YH4A 4XUBA 4O7CA 4FLPA 4AKNA 5C7NA 5C8GA 4IR4A 4Z93A 5IGNA 4UYGA 3MXFA 4TYLA 4MR6A 2GRCA 4NR5A 5KTUA 4LZ2A 2RNYA 2YEKA 3LQJA 5D25A 4TT6A 5CU8A 2R0YA 4Q0NA 5HLSA 5A83A 4HXSA 5D7XA 2DVRA 3MULA 4YADA 4AKIA 4NRCA 5A5SA 5FE5A 3JVMA 5KHMA 5DYCA 2G4AA 4N3WA 4BW4A 1E6IA 4BW3A 5I7XA 2YELA 4N4IA 5E9KA 5JI8A 4NRAA 4QEWA 5AMEA 3LXJA 4UYEA 5L96A 5D3PA 4A9JA 2D82A 4NS5A 5HJCA 5D3LA 2F6JA 5EI4A 5FH7A 4O7FA 2RO1A 5EGUA 5FE1A 2EJNA 4MEPA 5DFBA 5L98A 4NR6A 3LQIA 4LRGA 5FE4A 1N72A 4KCXA 5CQ6A 5ETDA 3MQMA 5D26A 5LJ0A 5CQ3A 5HFQA 5CS8A 4QC3A 2OUOA 5FB1A 5HRXA 4CUTA 3U5JA 5CQ8A 5D3RA 5DLXA 4BJXA 4YK0A 4PCEA 4C66A 5FE2A 3U5OA 5D0CA 5EICA 5G4SA 3UV4A 5EVAA 4NQMA 5LKUA 5L8TA 4J0SA 4A9LA 3MB3A 5HFRA 5FE8A 4Z1SA 4QZSA 3VKGA 4QSQA 5CUGA 4MEQA 4IR6A 4QSPA 4HBXA 4IR3A 2RI7A 4QYDA 4Z6HA 5FH6A 5A85A 1WUGA 4QSSA 3I3JA 5HQ7A 4YBTA 4CFLA 4QSRA 3MUKA 5DKHA 5EWHA 5I7YA 5H1TA 2E7OA 4TS8A 4QC1A 4AI6A 4YYKA 2R0SA 5ENFA 3HMHA 5CQ4A 4CURA 4WHUA 3G0JA 5IGKA 4YBSA 5CQ7A 5JWMA 5ENIA 5H1UA 5KTWA 1JSPB 5A5OA 5F62A 5F63A 5DYXA 3JVJA 4J3IA 5E3DA 2LSPB 5F1HA 4NUDA 4HBVA 5A5QA 5EK9A 5FG5A 5I80A 4QSWA 4XY9A 5FE3A 3UVWA 5FH8A 2YW5A 4LYIA 5HM0A 4LC2A 5CRMA 5ENBA 3NXBA 1ZKRA 2DWWA 2RNXA 4A9OA 4ALGA 5IIDA 4QR5A 5CZGA 5ENHA 4YATA 5HRVA 2L85A 1EQFA 4TTEA 4A9EA 3HMEA 5HQ6A 4N4FA 1ZS5A 5E73A 4BW2A 4A9NA 3SVGA 5HENA 4QUUA 4QY4A 5EM3A 4UYFB 5HCLA 4XYAA 5DLZA 3JVKA 4TU4A 5L8UA 5LUUA 4YYMA 5CUAA 5ENGA 4YYDA 4Z6IA 4J1PA 5C4QA 3QZSA 2D9EA 3RCWA 3U5PA 4O7EA 4QSXA 5FB0A 5ETBA 4PS5A 3Q2FA 5CQTA 5A5NA 3P1DA 5C89A 3O34A 2RS9B 4IOQA 4MENA 4IORA 3DAIA 3IU6A 5ACYA 4WHWA 4LZRA 1WUMA 4Q0OA 2WP1A 3U5LA 5COIA 5FE0A 5F25A 4QR3A 4QSVA 5E0RA 4ZC9A 4NYVA 5IBNA 3P5OA 4QEUA 2YEMA 5CY9A 5IGLA 5L99A 2H60A 4O70A 5I86A 4O7AA 5II1A 3HMFA 3UW9A 4ALHA 5G4RA 5IGMA 4OGIA 4QSTA 5K29A 5D3HA 5DW2A 5IG6A 4HBWA 4UITA 4CL9A 3QZVA 5L97A 4MR4A 4QNSA 4ZW1A 3FKMX 5A5PA 5FE7A 4XY8A 4YY4A 4NR8A 5HQ5A 5CQAA 5DBMA 4TQNA 5CQ5A 4UIWA 4HXKA 5BT4A 5DYAA 3O33A 4A9HA 2E3KA 5AMFA 3SVHA 5CUDA 5F1LA 3UV5A 2OO1A 4YAXA 5DX4A 5TB6A 1X0JA 1JM4B 4O74A 4MR5A 2RNWA 4HXPA 5FBXA 4Y03A 5CUBA 5EQ1A 3D1DA 3GG3A 4AKHA 4MR3A 5CUEA 4YY6A 5CTLA 5ENCA 4NR9A 5DW1A 5E3GA 5LJ2A 4UYFA 5FFVA 4NUCA 4KV1A 4O77A 4NXJA 4CUUA 4GPJA 4YYJA 4PKLA 4J0RA 3ONIA 3G0LA 5LKZA 4YYHA 3K2JA 5C87A 4O71A 5CGPA 4CUPA 3D1BA 4LDFA 5D3JA 4RVRA 2DVVA 5F3AA 5FFYA 1F68A 3LJWA 4O7BA 5LJ1A 5DY7A 3TLPA 5E74A 4NQNA 4A9MA 4MEOA 3LQHA 4YYNA 4WIVA 2L5EA 5E9VA 4C67A 5H85A 5HRWA 2OSSA 2I8NA 2R10A 4IOOA 4PY6A 5EPSA 5F5ZA 4HXRA 3DWYA 3Q2EA 3P1CA 5EU1A 3SVFA 4O78A 5DFCA 4YH3A 5KTXA 3UVXA 4ZQLA 5F2PA 5EPBA 2DVQA 4PCIA 4YYIA 4TT2A 4LZSA 4X2IA 3D7CA 5ENJA 2KTBB 4HXMA 5CRZA 4QR4A 2DATA 3JVLA 5E9YA 3ERRA 4YC9A 5F60A 4E96A 4QSUA 2L84A 4O72A 5I88A 4UIVA 3U5NA 4TT4A 5D3NA 5EWWA 5EP7A 4Z1QA 3UVDA 5DKDA 4CFKA 4PTBA 5AD3A 4QBMA 4OUFA 4LYSA 3U5KA 5CFWA 5DKCA 5H1VA 4CUSA 4TU6A 2YYNA 5C85A 5EWCA 4HXLA 4HXOA 4QYLA 4HBYA 5F61A 4IR5A 5LVRA 5CPEA 5FE9A 4UYHA 4F3IA 4LR6A 5D3SA 5EWDA 5EISA 4HXNA 5E9IA 4UIXA 4DONA 4NUEA 5I83A 5A5RA 5EPRA 2DKWA 4QB3A 3U5MA 4N4GA 4O76A 5HELA 4KV4A 2YQDA 5I1QA 3O35A 4BW1A 4NR7A 5D24A 5A82A 5EV9A 5CP5A 2FSAA 5I29A 3O37A 2E7NA 5EWVA 4UIUA 4A9FA 5F36A
chains in the Genus database with same CATH topology
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