4YYJA

Crystal structure of brd9 bromodomain bound to a butyryllysine peptide
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
101
structure length
101
Chain Sequence
STPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Protein binding
molecule keywords Bromodomain-containing protein 9
publication title A Subset of Human Bromodomains Recognizes Butyryllysine and Crotonyllysine Histone Peptide Modifications.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 37
structure length 101
sequence length 101
chains with identical sequence B, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4yyjA00
5I89A 2RNWA 5ENEA 4LRGA 5HQ6A 5HCLA 5CFWA 4QYDA 4HBWA 4UYFB 4CUQA 4N4IA 4BW1A 5E3GA 4LC2A 5CTLA 5LJ1A 4NYXA 5ENHA 5F25A 4QC1A 4NRAA 5D25A 4IR5A 4LZRA 4QEWA 3Q2FA 5HM0A 4O7BA 4UIXA 4WHWA 5HELA 4UITA 5ENGA 5AMFA 4UYDA 2E3KA 4HXMA 3LJWA 5DFBA 5HJCA 4PS5A 5II1A 4WHUA 4YBSA 2L84A 3D7CA 5K29A 5HFQA 4RVRA 5KO4A 5H1VA 4NYWA 4QC3A 4O78A 4TZ8A 4XUAA 5DKCA 2YELA 5FE5A 4A9IA 5CUEA 3P1DA 5ACYA 5EPSA 5F63A 3P5OA 3UW9A 2LSPB 4PCEA 5JI8A 4OGIA 4IOQA 2DVVA 4Z1SA 5E9YA 1F68A 3G0JA 4NYVA 4O70A 5D3RA 4TZ2A 3U5KA 5C8GA 5FFVA 4YAXA 5JWMA 4A9JA 3Q2EA 4HXSA 5F2PA 5HRVA 4TYLA 5EQ1A 5E3DA 5EPRA 4A9OA 2OSSA 5E9MA 5C7NA 5I7XA 2YEMA 3IU5A 3P1FA 5D3LA 5IBNA 4QEVA 5CUCA 5CZGA 5EK9A 4LYIA 4E96A 4N4GA 5C85A 5BT5A 5F61A 5F3AA 5C87A 2RFJA 5CQTA 2NXBA 4AKNA 5A5NA 5FE1A 4LDFA 5D3JA 5CP5A 3UV2A 4TU4A 5KHMA 5DYUA 4DONA 5H1TA 5I88A 3AADA 5FE9A 5LKZA 4BW4A 5FH6A 4YYIA 2GRCA 5D3TA 4IR4A 4QSUA 4IOOA 4A9LA 5EICA 5HRWA 4BJXA 2L85A 4N4HA 2YYNA 4YATA 5F1LA 5TB6A 5I1QA 2DVRA 2R0YA 5KTUA 4UYEA 5A5RA 5FE2A 5E9VA 4NR9A 3MULA 3S91A 2D9EA 5A85A 4YY4A 5E9KA 5HRXA 5ENFA 3O33A 5C89A 5FFYA 4O75A 4Z6IA 5F62A 5COIA 5FH7A 5ENCA 5EU1A 4HBXA 4Z1QA 2G4AA 4MEQA 2YQDA 3MQMA 5D0CA 4HXPA 4PTBA 3I3JA 4UIZA 4O71A 3UVWA 5ENIA 5DY7A 4KV1A 2RNXA 3P1CA 5H85A 5D26A 5CUAA 5HQ5A 3ZYUA 3U5LA 5CQ3A 3UVXA 2R0SA 4TT6A 4NR6A 3QZSA 4TS8A 4A9NA 1X0JA 5DKHA 4XUBA 2RS9B 5F60A 3HMHA 4MEPA 5IGLA 3JVMA 4A9EA 5A5QA 5BT3A 5IGMA 4NQNA 4OUFA 5KTXA 5FE8A 4ZW1A 5ETBA 4QNSA 5LVQA 2RO1A 4O7AA 3HMFA 4YBTA 3TLPA 5FG5A 4HXLA 3GG3A 4CFKA 2YEKA 3DWYA 5F1HA 4HXRA 4Q0OA 4HBVA 5I40A 5D3SA 4YYHA 4PKLA 5DFCA 3LQIA 4A9MA 4KV4A 4UYFA 4MR5A 4NRCA 5IGKA 4O7EA 4UIWA 4NR5A 4O72A 4CUPA 5LUUA 2H60A 5CQ7A 3UV4A 5EWVA 4NXJA 5TCMA 4TU6A 5AMEA 5ENJA 4NUEA 4O77A 3JVLA 4ALHA 5BT4A 3NXBA 4HXKA 1EQFA 4J0RA 5DLZA 5LJ0A 4MR6A 4O76A 4BHWA 1E6IA 2FSAA 4UIYA 5L98A 2WP1A 1JSPB 4QUUA 5CPEA 5CGPA 4QBMA 5A5SA 3MB4A 4QSVA 4CLBA 4O7FA 5I83A 4YYDA 3U5PA 5CRZA 3O34A 4F3IA 4NS5A 4Q0NA 4MR3A 5ENBA 5HFRA 4WIVA 4CUTA 5CUBA 5CQ6A 5AD2A 4QYLA 5IGNA 3MUKA 5E0RA 4QSQA 4UYGA 4CL9A 4QR4A 4N4FA 4MENA 5EI4A 4NR4A 4QR3A 3LQJA 5EWCA 5EVAA 4XYAA 2MJVB 5DYCA 5H1UA 5CUDA 5EISA 4CFLA 5AD3A 5CUGA 1WUGA 4HXNA 4A9HA 1ZS5A 3S92A 5FH8A 2YDWA 2DVQA 4N3WA 2D82A 2WP2A 2RNYA 5D3PA 4CURA 4UYHA 5EPBA 5EGUA 4XY8A 3AQAA 5FG4A 3U5OA 5EM3A 3SVFA 3UVDA 5HLSA 5EP7A 5G4RA 1WUMA 5EA1A 3P1EA 4QZSA 2KTBB 4QSSA 4TT4A 5D7XA 2I7KA 3JVJA 3LQHA 3ONIA 4ALGA 3U5NA 4LZ2A 5FE7A 5DFDA 5DYXA 4O74A 5L97A 5LJ2A 4QSWA 5D3NA 4GPJA 4NR8A 4QSRA 4XY9A 4LZSA 4Z6HA 5E74A 5HENA 4J0SA 5LKXA 4YY6A 4NUDA 5I29A 4YYNA 4LR6A 4A9FA 5IIDA 5I86A 4NRBA 4PY6A 4LYWA 5FFWA 5FE3A 5CQ8A 4YYMA 4MEOA 5FBXA 3O37A 4QSPA 4ZQLA 4C67A 4NUCA 5E9LA 5A83A 4YH3A 2L5EA 4A9KA 3FKMX 2YW5A 4CUUA 5FE0A 4HXOA 3MXFA 4J3IA 4FLPA 5F36A 3DAIA 4MR4A 4UIVA 4BW2A 3IU6A 4TT2A 5FE6A 5DBMA 2OUOA 4TQNA 5CY9A 4TTEA 5A81A 5CS8A 5KU3A 5A5OA 4QSTA 5L96A 3LXJA 5E73A 5KTWA 5E9IA 5HEMA 1JM4B 4OGJA 4YABA 4QB3A 4PCIA 2E7NA 3JVKA 5DKDA 5DW2A 5FG6A 5LKTA 4YYGA 5CQ5A 3RCWA 5J0DA 4QR5A 5F5ZA 5C4QA 4YH4A 3U5MA 4O7CA 3QZVA 2R0VA 4YADA 2N9GA 2DVSA 4HBYA 4QEUA 5CQ4A 2DWWA 5EWHA 2F6NA 5IG6A 5A7CA 4IR6A 4J1PA 2E7OA 5II2A 3SVGA 3MB3A 4IR3A 5FB0A 4YC9A 4YBMA 2DATA 4C66A 4Z93A 4Y03A 4ZC9A 4LYSA 4QSXA 5I80A 4X2IA 3UV5A 3U5JA 4QY4A 2F6JA 5FB1A 3QZTA 5EWDA 3O35A 3HMEA 3G0LA 3UVYA 5L8TA 3SVHA 5CRMA 5I7YA 5DW1A 5EV9A 5D3HA 5LVRA 2R10A 4IORA 5CU8A 5L8UA 5DX4A 4CUSA 2RI7A 5DYAA 3O36A 5A5PA 2DKWA 5G4SA 5A82A 2OO1A 5EWWA 4YYJA 5D24A 5FDZA 2I8NA 4YK0A 5E7DA 5DLXA 4BW3A 4YYKA 5HQ7A 4NQMA 3K2JA 5ETDA 4KCXA 5FE4A 4NR7A 5LKUA 5L99A 4QUTA 5CQAA 4UIUA 1N72A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I89A 2RNWA 5ENEA 4LRGA 5HQ6A 5HCLA 5CFWA 4QYDA 4HBWA 4UYFB 4CUQA 4N4IA 4AKGA 4BW1A 5E3GA 4LC2A 5CTLA 5LJ1A 4NYXA 5ENHA 5F25A 4QC1A 4NRAA 5D25A 4IR5A 4LZRA 4QEWA 3Q2FA 5HM0A 4O7BA 4UIXA 4WHWA 5HELA 4UITA 5ENGA 5AMFA 4UYDA 2E3KA 4HXMA 3LJWA 5DFBA 5HJCA 4PS5A 5II1A 4WHUA 4YBSA 2L84A 3D7CA 5K29A 5HFQA 4RVRA 5KO4A 5H1VA 4NYWA 1PUOA 4QC3A 4O78A 4TZ8A 4XUAA 5DKCA 2YELA 5FE5A 4A9IA 5CUEA 3P1DA 5ACYA 5EPSA 5F63A 3P5OA 3UW9A 2LSPB 4PCEA 5JI8A 4OGIA 4IOQA 2DVVA 4Z1SA 5E9YA 1F68A 3G0JA 4NYVA 4O70A 5D3RA 4TZ2A 3U5KA 5C8GA 5FFVA 4YAXA 5JWMA 4A9JA 3Q2EA 4HXSA 5F2PA 5HRVA 4TYLA 5EQ1A 5E3DA 5EPRA 4A9OA 2OSSA 5E9MA 5C7NA 5I7XA 2YEMA 3IU5A 3P1FA 5D3LA 5IBNA 4QEVA 5CUCA 5CZGA 5EK9A 4LYIA 4E96A 4N4GA 5C85A 5BT5A 5F61A 5F3AA 5C87A 2RFJA 5CQTA 2NXBA 4AKNA 5A5NA 5FE1A 4LDFA 5D3JA 5CP5A 3UV2A 4TU4A 5KHMA 5DYUA 4DONA 5H1TA 5I88A 3AADA 5FE9A 5LKZA 4BW4A 5FH6A 4YYIA 2GRCA 5D3TA 4IR4A 4QSUA 4IOOA 4A9LA 5EICA 5HRWA 4BJXA 2L85A 4N4HA 2YYNA 4YATA 5F1LA 5TB6A 5I1QA 2DVRA 2R0YA 5KTUA 4UYEA 5A5RA 5FE2A 5E9VA 4NR9A 3MULA 3S91A 2D9EA 5A85A 4YY4A 5E9KA 5HRXA 5ENFA 3O33A 5C89A 5FFYA 4O75A 4Z6IA 5F62A 5COIA 5FH7A 5ENCA 5EU1A 4HBXA 4Z1QA 2G4AA 4MEQA 2YQDA 3MQMA 5D0CA 4HXPA 4PTBA 3I3JA 4UIZA 4O71A 3UVWA 5ENIA 5DY7A 4KV1A 2RNXA 3P1CA 5H85A 5D26A 5CUAA 5HQ5A 3ZYUA 3U5LA 5CQ3A 3UVXA 2R0SA 4TT6A 4NR6A 3QZSA 4TS8A 4A9NA 1X0JA 5DKHA 4XUBA 2RS9B 5F60A 3HMHA 4MEPA 5IGLA 3JVMA 4A9EA 5A5QA 5BT3A 5IGMA 4NQNA 4OUFA 5KTXA 5FE8A 4ZW1A 5ETBA 4QNSA 4AI6A 5LVQA 2RO1A 4O7AA 3HMFA 4YBTA 3TLPA 5FG5A 4HXLA 3GG3A 4CFKA 2YEKA 3DWYA 5F1HA 4HXRA 4Q0OA 4HBVA 5I40A 5D3SA 4YYHA 4PKLA 5DFCA 3LQIA 4A9MA 4KV4A 4UYFA 4MR5A 4NRCA 5IGKA 4O7EA 4UIWA 4NR5A 4O72A 4CUPA 5LUUA 2H60A 5CQ7A 3UV4A 5EWVA 4NXJA 5TCMA 4TU6A 5AMEA 5ENJA 4NUEA 4O77A 3JVLA 4ALHA 5BT4A 3NXBA 4HXKA 1EQFA 4J0RA 5DLZA 5LJ0A 4MR6A 4O76A 4BHWA 4AKIA 1E6IA 2FSAA 4UIYA 1ZKRA 5L98A 2WP1A 1JSPB 4QUUA 5CPEA 5CGPA 4QBMA 5A5SA 3MB4A 4QSVA 4CLBA 4O7FA 3ERRA 5I83A 4YYDA 3U5PA 5CRZA 3O34A 4F3IA 4AKHA 4NS5A 4Q0NA 4MR3A 5ENBA 5HFRA 4WIVA 4CUTA 5CUBA 5CQ6A 5AD2A 4QYLA 5IGNA 3MUKA 5E0RA 4QSQA 4UYGA 4CL9A 4QR4A 4N4FA 4MENA 5EI4A 4NR4A 4QR3A 3LQJA 5EWCA 5EVAA 4XYAA 2MJVB 5DYCA 5H1UA 5CUDA 5EISA 4CFLA 5AD3A 5CUGA 1WUGA 4HXNA 4A9HA 1ZS5A 3S92A 5FH8A 2YDWA 2DVQA 4N3WA 2D82A 2WP2A 2RNYA 5D3PA 4CURA 4UYHA 5EPBA 5EGUA 4XY8A 3AQAA 5FG4A 3U5OA 5EM3A 3SVFA 3UVDA 5HLSA 5EP7A 5G4RA 1WUMA 5EA1A 3P1EA 4QZSA 2KTBB 4QSSA 4TT4A 5D7XA 2I7KA 3JVJA 3LQHA 3ONIA 4ALGA 3U5NA 4LZ2A 5FE7A 3D1DA 5DFDA 5DYXA 4O74A 5L97A 5LJ2A 4QSWA 5D3NA 4GPJA 4NR8A 4QSRA 4XY9A 4LZSA 4Z6HA 5E74A 5HENA 4J0SA 5LKXA 4YY6A 4NUDA 5I29A 4YYNA 4LR6A 4A9FA 5IIDA 5I86A 4NRBA 4PY6A 4LYWA 5FFWA 5FE3A 5CQ8A 4YYMA 4MEOA 5FBXA 3O37A 4QSPA 4ZQLA 4C67A 4NUCA 5E9LA 5A83A 4YH3A 2L5EA 4A9KA 3FKMX 2YW5A 4CUUA 5FE0A 4HXOA 3MXFA 4J3IA 4FLPA 5F36A 3DAIA 4MR4A 4UIVA 4BW2A 3IU6A 4TT2A 5FE6A 5DBMA 2OUOA 4TQNA 5CY9A 4TTEA 5A81A 5CS8A 5KU3A 5A5OA 4QSTA 5L96A 3LXJA 5E73A 5KTWA 5E9IA 5HEMA 1JM4B 4OGJA 4YABA 4QB3A 4PCIA 2E7NA 3JVKA 5DKDA 5DW2A 5FG6A 5LKTA 4YYGA 5CQ5A 3RCWA 5J0DA 4QR5A 5F5ZA 5C4QA 4YH4A 3U5MA 4O7CA 3QZVA 2R0VA 4YADA 2N9GA 2DVSA 4HBYA 4QEUA 5CQ4A 2DWWA 5EWHA 2F6NA 5IG6A 5A7CA 2EJNA 4IR6A 4J1PA 2E7OA 5II2A 3SVGA 3MB3A 4IR3A 5FB0A 4YC9A 4YBMA 2DATA 4C66A 4Z93A 4Y03A 4ZC9A 4LYSA 4QSXA 5I80A 4X2IA 3UV5A 3U5JA 4QY4A 2F6JA 5FB1A 3QZTA 5EWDA 3O35A 3HMEA 3D1BA 3G0LA 3UVYA 5L8TA 3SVHA 5CRMA 5I7YA 5DW1A 5EV9A 5D3HA 5LVRA 2R10A 4IORA 5CU8A 5L8UA 5DX4A 4CUSA 2RI7A 5DYAA 3O36A 5A5PA 2DKWA 5G4SA 5A82A 2OO1A 5EWWA 4YYJA 5D24A 5FDZA 2I8NA 4YK0A 5E7DA 5DLXA 4BW3A 4YYKA 5HQ7A 4NQMA 3K2JA 5ETDA 4KCXA 5FE4A 4NR7A 3VKGA 5LKUA 5L99A 3VKHA 4QUTA 5CQAA 4UIUA 1N72A
chains in the Genus database with same CATH topology
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