4YZ2 | Genus

Total Genus 194

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	194
sequence length	657
structure length	655
Chain Sequence	TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFEKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Sialidase NanC
molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptococcus pneumoniae
total genus	194
structure length	655
sequence length	657
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date	2015-03-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02012	BNR	BNR/Asp-box repeat
A	PF02973	Sialidase	Sialidase, N-terminal domain
A	PF13088	BNR_2	BNR repeat-like domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.220.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Intramolecular trans-sialidase; domain 3	Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3	4yz2A03
2.60.120.200	Mainly Beta	Sandwich	Jelly Rolls	Jelly Rolls	4yz2A01
2.120.10.10	Mainly Beta	6 Propeller	Neuraminidase	Neuraminidase	4yz2A02

1NSCA 2AYHA 3ZSMA 1F8EA 5GJ6A 3W58A 1SFYA 2UU8A 4FP2A 1DQ1A 2A6XA 1CN1A 4F83A 1IKQA 4YGDA 1OFSA 5F5QA 4GA9A 3OJBA 2W52A 3POWA 2ZKNA 1NNAA 1KQRA 2W68A 5HCBA 3AYCA 3H71A 4P9XA 3QCWA 4DRVA 3B01A 4MZAA 1V3CA 1GZ9A 4NO4A 4R9BA 1AJKA 2VW1A 2Q5TA 3WDWA 1GKBA 3SITA 2HTQA 2A3YA 1EPWA 3O0VA 3OBTA 4YGCA 1CR7A 1SLTA 1PZ8A 2NYYA 2WT2A 4R9DA 3GVJA 1AF9A 4YFWA 3WG1A 1SLLA 3D12A 4WA4A 1JYCA 1W1XA 2YA7A 1QF3A 3ATGA 3AP7A 1GZWA 3N35A 3SNMA 2HT5A 2F13A 4Y20A 1LEMA 4XBLA 4D69A 1KDMA 1LOAA 2YA8A 2D6OX 2D44A 2GN3A 4XE9A 1W20A 2R0HA 3CYEA 4GZWA 2CWMA 3RG0A 4FPEA 3HN1A 1GV9A 4GALA 1ULDA 5EWSA 4YG6A 3C2UA 4B7NA 1E8UA 2WNEA 2C5DA 1YXWA 3A72A 1LOFA 4WV8A 3A71A 1IVDA 4XJZA 2P3JA 3D6EA 5JOWA 4Y1VA 1L7HA 3BOPA 4MX0A 3JUUA 3SANA 4FPHA 2JKBA 1A78A 1PZ7A 2DU0A 1G9DA 3M2MA 2ARBA 3AZWA 3UJOA 3ZXKA 1JXNA 3WG4A 3TI8A 1SCSA 5KXEA 1LOEA 4AVSA 5DZGA 3WUDA 3RQ0A 1QGLA 1PZ9A 1TEIA 2A3XA 4RL7A 1B09A 4BQ1A 1RINA 3GNEA 5GZGA 5HUNA 1DLLA 4M3CF 3AJYA 3INBA 1LHUA 1YI7A 5EYYA 4DPNA 2A70A 3VKFC 1GZCA 2B8HA 1U0AA 2VU9A 4XHXA 4AGVA 1SLAA 4QN7A 3D11A 4YZ3A 1Z78A 2ZGRA 3N7MA 1I3HA 1BJQA 3V64A 2UURA 2PHUA 4JRAA 4KS5A 2EXJA 2CYFA 4BLJA 3ASIA 2A6YA 1N1VA 4XXPA 2XZKA 3ALWA 2F12A 1LGNA 1MS0A 4KS2A 3B3QE 1NXD1 3R4SA 2YROA 3UL2A 1NCDN 4B7MA 4DQAA 3NSSA 3VV1A 1H9PA 2DTWA 1VIWB 2ZHKA 2CL2A 3OPZA 1LHNA 3JU4A 4M00A 2R49A 2DUPA 4MC7A 3R05A 5T50A 1W6PA 1W0OA 2PHTA 4WVWA 3WUCA 3ILRA 1BZWA 1GNHA 4UW4A 1S0JA 1FATA 2ZGUA 2FMDA 1AVBA 1UN1A 1V3EA 4Q2FA 4Q6KA 2EIGA 2JD4A 2HYKA 1Z4ZA 4KBBA 4P9YA 2YXSA 5DZEA 5DUXA 4AWDA 4YGEA 4K1KA 1WD3A 4JF7A 1DZQA 1F31A 3O0WA 1Z4VA 1BQPA 2TEPA 1C4RA 3JU9A 3N7KA 1WW4A 2ZGOA 3Q9OA 4FOQA 3O5SA 1N1TA 4WA3A 3M3EA 3USUA 3ZSJA 2P3KA 2ES3A 4GZXA 1CJPA 1SLCA 1AZDA 1Z0HA 1QNYA 1DBNA 2YZ4A 3H6JA 3FLPA 5AVAA 1W6QB 1YIFA 2G4IA 1DYPA 4YM0A 1QU0A 3K38A 1V0EA 4XBNA 4XIKA 1V6MA 1V0ZA 3T1EA 3V0AB 2SLIA 4K1HA 4GEZA 1EURA 2BATA 5H9PA 4FZHA 4LBQD 2OUJA 2QWFA 1Z4WA 2DVFA 1LENA 5IK4A 1A8DA 2YV8A 5CBLA 1LHWA 4Y22B 2EXKA 2NP0A 2F0ZA 1F8BA 3WNXA 2YA5A 1SO7A 3A0KA 2W39A 4XJQA 1LTEA 3OY8B 2F25A 1JOJA 1G8WA 3PVNA 3IMNA 4XBQA 2Z42A 1X50A 3H73A 4WEGA 4Y1UA 2D43A 2NM1A 3B7EA 3O9JA 4M4UA 1W21A 4MWQA 1DQ5A 4GZQA 4CPMA 1WCQA 1FV3A 2UWCA 2ZGQA 5B2DA 2CY6A 1WD4A 3I8TA 2EXHA 1NLSA 3IPVA 3M3QA 4LBNA 1VAMA 3NN9A 1FNYA 2KM2A 4C1XA 2F10A 3CL2A 4MWXA 4FPYA 3WG3A 4GWNA 1F8CA 1V2IA 5HUGA 4PQ9A 3ZYRA 1WW7A 3O0XA 1W6MB 2D7FA 1DQ6A 2AREA 2ZABA 1AX0A 2ZHNA 3SISA 1USXA 1GYKA 2VW2A 3OYWA 1B9TA 4MJVA 3AXEA 4HZVA 1C1FA 5T5OA 2DURA 2D6PA 1Q8SA 2WSUA 3PMEA 2ZBJA 4FPOB 3ZVXA 5L73A 4BLIA 1FV2A 1RITA 1HQLA 3AZXA 1G7YA 2BZDA 1Q56A 3SH4A 3IN9A 1CQ9A 3FUOA 1E8VA 1FNZA 3RSJA 1LULA 4KS4A 1BKZA 3V0BB 5F9TA 2YA6A 5IT6A 3UJQA 1JYIA 1V6LA 4K1ZA 1DQ4A 1V3DA 4FOVA 1YYNA 5GZCA 1LU2A 7NN9A 1MR5A 3SH5A 4YW1A 1NNCA 4M3CB 1AXKA 2WQZC 4U36A 4GZTA 4WEFA 3MW2A 3ILFA 2HTVA 3TI6A 5HCAA 3TAYA 1RIRA 4GDJA 5JYYA 1ENSA 3TIBA 3TI5A 1NMBN 1S1AA 2NMNA 2PHWA 3KM5A 1SBDA 4GB1A 1AX1A 1FAYA 4GXLA 2RKCA 3VKNA 4JCKA 1WW5A 1FYUA 2DYCA 4XHBA 3AP4A 5GZEA 4AYUA 4Z8BA 5M1ZA 3MEPA 2ERFA 4RA0A 2LTNA 1IS6A 1G9CA 3T1MA 1IVEA 3FLTA 5CNAA 1UPSA 1O4YA 6NN9A 2ZHLA 5CB7A 2HTUA 1L7GA 1WBFA 1SLIA 1N3PA 4MWUA 4GZPA 1CONA 4XYXA 4HANA 1V0FA 4UW5A 4BM8A 3W09A 2QWCA 3BTAA 4WA5A 2JJ6A 2ZGSA 1YO8A 1W6OA 1JN2P 1LOBA 4ISQA 1IS5A 3DUIA 2VXRA 4I00A 3WVJA 3WDYA 5JMCA 4PBPA 5HCFA 1MS8A 3N3HA 2H0BA 1F9KA 4LBJA 2GNMA 2F26A 2RHPA 4QNPA 5SV8A 1INYA 2A6ZA 3LSDA 1LECA 2AGSA 1LHVA 2NZ9A 5E89A 4HZYA 2D6LX 1I1EA 4IQPA 1SNTA 1CPMA 4DS0A 4UF7A 4FPGA 1L7FA 1W6QA 1URXA 4MWYA 3MW4A 1QOOA 4FQ4A 1N1YA 3B69A 3M1HA 3KQRA 4LBOA 1W8OA 1NMAN 1VCJA 2ZB6A 4YW5A 1INVA 2PHFA 1MS3A 1INWA 4K21A 4WVVA 1CIWA 1ULGA 2JE9A 1MACA 4X6KA 1LGBA 2WT0A 3D4KA 1IVGA 1KITA 4HZZA 2D3PA 2EF6A 4MWJA 4PF5A 5KXBA 2YY1A 1WUVA 2CNAA 2C9AA 4FOYA 2C4LA 1MS1A 4GWMA 1WLDA 3WOGA 5KXDA 3PJQA 1NSDA 5DG1A 1OQ1A 1IVCA 2A71A 4NCSA 3NV3A 4MJUA 3A4UA 4Y24A 3O9KA 3ZXFA 1H9WA 1LEDA 1ZM1A 4BMEA 2DVGA 3AZYA 3WV6A 1QKQA 2A5ZA 2GMPA 1UMZA 1W6NA 2NMOA 3BODA 1AXYA 2HTRA 3VKMA 4MZEA 3ZXJA 4KS3A 2ZHMA 1WLWA 1GZWB 1Y7BA 2D3SA 4P14A 3MPPG 4Y20B 3BIWE 1DQ2A 1QOSA 4H52A 5JDBA 4B7QA 1LJ7A 4R9AA 4BBWA 1D0HA 4M3CE 2QWJA 3CL0A 3ZXLA 5GM0A 4XTMA 1MWEA 1SCRA 2OW4A 4TZDA 1G9FA 3B00A 4LBQA 3O12A 1XOGA 5DUWA 4QN4A 2JE7A 1IS4A 1KDKA 1IVBA 4Q27A 1SLBA 4NC5A 3NWKA 3SILA 1H30A 5T55A 4CZSA 5T5LA 1E8TA 3N7JA 4X49A 2F24A 3DGTA 3TIAA 3BEQA 5JOXA 2A6VA 3ALXA 5EYXA 5JOZA 2DVDA 5LK5A 4YM3A 4P9WA 4AGGA 4U2AA 1JBCA 1XQNA 2ZZJA 3AX4A 3TI4A 2B7YA 2C4AA 1INHA 1QDCA 2F11A 4OZXA 1MVQA 1HLCA 3ZXEA 4M3CA 3AK0A 4XJAA 4FOWA 3ZSKA 2E6VA 2GNDA 1DIMA 2VUAA 2ENRA 2DWRA 5NN9A 2GN7A 1DGLA 1ONAA 1ZA4A 4XMIA 3CNAA 3GVLA 2ZGPA 4MWRA 3AP5A 2EXIA 3WCRA 4YZ1A 1Z50A 1SBFA 2ZGMA 4W65A 2HT7A 2ZACA 4YFZA 2ZMKA 1F8DA 1INFA 2DVBA 2R16A 5T52A 2AR6A 1UX6A 4Y26A 3K3AA 2ZGTA 1VCUA 4R9CA 2ZMNA 4BMBA 1INXA 2DTYA 3W59A 4B7RA 1CESA 4GZSA 3A0NA 1V6NA 3AFKA 5GZFA 1W6PB 3T2TA 3WCSA 1UAIA 4HZWA 3M3OA 3NV4A 3HR9A 4XJUA 3N7LA 4Q8LA 2W38A 1S0CA 1MS9A 1QNWA 3T1LA 5GLZA 3ILNA 1LOCA 4YZ4A 2AUYA 2VSKA 1MS4A 2QWKA 2DU1A 1QDOA 4M01A 2VH9A 5IK5A 4J9TA 1ENQA 4MYEA 2XB6C 3PVOA 1Q8PA 1GBGA 4DFSA 2X9MA 3K39A 4XMAA 3ZPYA 1JUIA 3B9CA 2F29A 2R1BA 1GSLA 3FUQA 1A4QA 3USUB 3K36A 1NCAN 5IUQA 1LESA 2YDPA 3FBYA 1WLCA 4K3YA 3WHUA 4KS1A 1LOGA 2WSVA 2CTVA 4Y1YA 4FPJA 3TB0A 3GALA 4HL0A 4K20A 3ENRA 5HUKA 1NCBN 5H9RA 4LBMA 3WDVA 2BERA 4XIOA 2VK6A 2XCYA 1W8NA 1S0EA 4DGRA 1AXZA 5DZFA 1F5FA 1GNZA 4ATFA 2D6NA 4CPZA 1HDKA 4X47A 3RS6A 4YLZA 1NMCA 1LCLA 5GALA 3D5OA 1AJOA 2VW0A 5DUVA 1VAVA 3AYDA 4YG3A 3NV1A 1S0DA 1B9VA 1AX2A 2CWSA 2SBAA 2ZAAA 2YMZA 1NSBA 4GDIA 4CPOA 1MVEA 2VK7A 5JVVA 1Q8OA 2VK5A 1MZ6A 5EXOA 1CVNA 4YW3A 2EALA 2A6WA 5FRAA 2GMEA 3AXDA 1S0FA 4L8QA 5T54A 3IPVB 2PELA 3RRDA 4ZXKA 4BOWA 4NOTA 2OUHA 1UZZA 3HMYA 5E88A 1NCCN 3WLUA 1G86A 2WKKA 3OBRA 1S0IA 1Q8VA 4FJ6A 2F28A 1S0GA 1XOEA 3M3CA 1APNA 3INAA 2D3RA 3QLQA 1JW6A 4I30A 3AJZA 2BF6A 4XJ9A 1NNBA 3WDXA 4YM1A 4BPZA 2PHRA 4CPNA 1EUUA 2HU4A 1USRA 3OYWB 2VSMA 4ZKTB 1S0BA 1O4ZA 4B7JA 1LU1A 3V65A 2WT1A 2P3IA 3APBA 2YDTA 5HX0A 4GJTA 1V6JA 5E8AA 4GKXA 5DG2A 2HT8A 2F27A 1A4GA 1KRIA 1LOFC 4PBOA 2AEQA 2GNTA 2XZIA 1IVFA 3VKOA 3POYA 2YA4A 4M3MA 1N47A 3V0AA 1Z4XA 5BYNA 4K1YA 1UZYA 2A3WA 4C1WA 4CPLA 2W08A 4Q8KA 4YM2A 4AGRA 4K1JA 3POSA 3ZYPA 5GZDA 2QWIA 2VVZA 3K37A 5GLWA 3I4IA 5CA6A 1Q8QA 2LALA 4Y22A 2W5OA 5CAZA 2ZA9A 5JOYA 2D6KA 4XOGA 4FPKA 4XILA 5GLVA 1DIWA 2PHXA 3OY8A 3H72A 2HTWA 4XJWA 2QWEA 1D2SA 2A75A 5IK7A 5FREA 4GKYA 1IOAA 3AYAA 3N36A 2R0FA 5JLVA 5T5JA 1DHKB 3AYEA 3WG2A 2E51A 1IS3A 1OKQA 2W5NA 4NN9A 1ULFA 1HQWA 2EAKA 1Z4YA 4UW6A 2GDFA 4WZFA 2P2KA 1V3BA 5IK8A 4DRRA 4QN3A 2W20A 2WLQA 4MWVA 2QWHA 1N1SA 4UW3A 3L2YA 3WHTA 1W6OB 4FQZA 3TICA 2GMMA 4FPCA 1C57A 1W6MA 5B2CA 2AENA 1WW6A 1QMJA 4XXAA 2E53A 1A3KA 2UWAA 4HZXA 3WDTA 3H0OA 4FP3A 3LCPA 3FLRA 1V6IA 1FX5A 1LHOA 4FVKA 1MS5A 1LGCA 1LODA 1N3OA 3FFZA 1MZ5A 2AEPA 2ZGLA 1YRZA 2E7QA 1V00A 4ATEA 3IM0A 4SLIA 2ARXA 5H9QA 4ASMB 4XZPA 1SBEA 1V6KA 1BYHA 1DFQA 4QN5A 4YZ5A 4AVVA 3U4XA 3WDUA 2SILA 4XJ8A 3GVKA 2DVAA 4PCRA 1JHNA 5T5PA 2JECA 1EUSA 1G9BA 2QWDA 1R1ZA 4LBKA 5DXDA 3V0BA 2R1DA 4MWLA 2SIMA 2P34A 4D8SA 1BXHA 1ULCA 5GLUA 2GALA 1GANA 4AVTA 4CRQA 3OGGA 4CPYA 2HU0A 4YZ2A 2DUQA 1DYKA 2HTYA 1N3QA 1BJIA 5H9SA 5GLTA 3RMYA 5DUUA 2ZMLA 2XG3A 2FHRA 4M4VA 2AH2A 4M4NA 2VY0A 3VKLA 3ZSLA 3WZ1A 4H53A 2A7AA 4MWWA 2P37A 1J1TA 4FPFA 1GLHA 1HKDA 1GICA 1KJLA 2NN8A 1V6OA 2GNBA 4Q1RA 2CMLA 4GZOA 3MW3A 1KJRA 1QOTA 2OVUA 2QWBA 4FVVA 2BQPA 1WCSA 2XZJA 4K1IA 3AP9A 4ISRA 3RMXA 1VALA 1W6NB 4H55A 1SACA 3AZVA 1INGA 2ZGNA 1DQ0A 1A14N 5KXCA 4Y1ZA 4YG0A 1DILA 4FPLA 3SLIA 1CPNA 3VUOA 3TI3A 3UK9A 4Y1XA 4XDQA 2D6MA 2DV9A 2WJSA 1G9AA 2QWAA 2ZGKA 2QWGA 1B9SA 3IKWA 3CKZA 1EUTA 3SALA 1IKPA 4HIZA 4Q1PA 2UWBA 1W0PA 2DUOA 4LBQB 2E7TA 3PVEA 2V73A 4X4AA 3AZZA 1UL9A 4XJRA 4Q26A 4QN6A 4TYSA 2I2SA 1WBLA 4ITCA 1C1LA 3NV2A 3AP6A 2V5YA 4YW2A 4YW4A 2JDZA 2VWDA 5HUMA 1ENRA 3SH3A 2ZB5A 4CTEA 1VLNA 4XTPA 4YGBA 4JC1A 1UKGA 4LBLA 1ULEA 3R4UA 1NN2A 3LSEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1NSCA 4LKSA 5FXWA 3J8F2 2AYHA 2YB7A 2WS91 3LOIA 1BK1A 4P5YA 4XUNA 3ZSMA 1F8EA 2J1AA 5A7OA 1GUIA 3IWZA 3HNYM 3R4DB 4I0BA 4P9LA 5GJ6A 5FPBA 3W58A 4CYDA 3PMSA 1SFYA 1RHI1 1F8VA 4ZGCA 2UU8A 4FP2A 3OOXA 4QPYA 5GTQA 1VBD1 1DQ1A 2A6XA 4QGLA 4AHXA 2V09A 1R083 4AQ2A 1JYNA 3ZOIA 1HRI3 1CN1A 4F83A 1IKQA 2VTXA 4UBHA 1W9YA 2MHFA 3R0RA 5A3UA 4YGDA 3B7MA 3LEKA 1OFSA 3MICA 4I0WB 4EE2A 3T09A 2ET7A 1DYOA 3ETPA 4HOOA 5F5QA 4GA9A 3OJBA 3II7A 2W52A 5LBBA 3POWA 4Q4Y2 3WF4A 1EP0A 2ZKNA 2VOKA 1NNAA 4QB6A 1D4M2 4GNCA 5LRSA 3CJIC 2XBO3 1KQRA 3WQ0A 2OZJA 4CSWA 2JG9A 5C8WA 5BNPB 3J7LA 3VD4A 2Q30A 3U11A 4NMIA 2GH2A 2W68A 4URTA 3T3YA 4FTSA 5HCBA 1DGWX 5FQ0A 1W8HA 3H71A 3AYCA 3BTXA 3ES1A 4P9XA 5FZ1A 1I5ZA 3QCWA 4QKNA 3FHIB 1C3HA 2F4PA 4MZUA 1WCDJ 2VCCA 5GKAC 4E2QA 1VBC1 2XH6A 3N9OA 1VBB1 5K0UA 4DRVA 3B01A 3M8LA 4MZAA 1V3CA 4D6RA 1RVF3 2OPKA 3KD4A 3RYPA 3QD6A 4TN7A 1GZ9A 4FFIA 4KWUA 4XFHA 5JI7A 1NPEA 4QT6A 4NO4A 4AVAA 5AC91 4R9BA 1AJKA 1DGRA 2VW1A 4I01A 4HSLA 4ET7A 4GAZA 1WMFA 2Q5TA 2QQPA 2J42A 1J1LA 2O1QA 3J9SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4YZ2A

Total Genus

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