4YZ5A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with 3-sialyllactose
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
657
structure length
656
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative neuraminidase
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 194
structure length 656
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz5A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz5A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz5A02
3FFZA 3ALWA 3H71A 1DZQA 3AYEA 3OY8B 2WKKA 1IOAA 2WT2A 2ZMLA 1UKGA 1W6PB 4I30A 1GKBA 2GN7A 4FP2A 5T5LA 4B7NA 3WHUA 3TI8A 3O12A 1B9SA 1XOGA 3POYA 4KS1A 4JCKA 1V3EA 4UW5A 4PBOA 4MWJA 1V3BA 4FPEA 1GNHA 1G9AA 4JRAA 2CNAA 4XJ8A 2ZGOA 2A3XA 3K38A 4YG6A 2VUAA 2P2KA 1IS5A 5T5OA 5GJ6A 3WZ1A 4CPZA 1V2IA 3SNMA 1LHOA 4XJ9A 3IN9A 3OPZA 1WUVA 2YA7A 2ERFA 2G4IA 3CL0A 3D12A 2QWFA 3MW3A 5DUWA 3PVNA 1DIMA 3IMNA 4Q26A 1Q8PA 3SH4A 2E6VA 3TI4A 2DVBA 4XTPA 1ENQA 5CA6A 2NP0A 3N7KA 1BJQA 4DFSA 2A70A 5JDBA 1DBNA 4CPLA 4GXLA 1LHVA 2P3JA 2F10A 1ONAA 3M1HA 1S0FA 4D69A 1AX0A 1MS5A 2WSUA 5IK5A 2DU1A 5JOWA 5DUVA 1NMAN 4WEGA 3K3AA 1UZYA 2AREA 3CKZA 2YDPA 1EPWA 2ZGTA 4HL0A 3SLIA 3R4UA 1V3DA 1V0FA 1WD4A 1IVBA 1W6OA 5FREA 2DVDA 2ZA9A 4Q8LA 2AENA 4GKYA 2QWKA 3AZWA 1QOSA 2OUHA 1LGBA 1A14N 2E7TA 2GMMA 4GEZA 5HUMA 1WD3A 2ZABA 3W58A 1AXZA 5M1ZA 3NV1A 1N47A 4QN6A 1SBEA 4L8QA 4MWUA 5HX0A 4XXPA 5F9TA 1MVQA 1LESA 1OFSA 1WCQA 2XB6C 4FPYA 2EAKA 1EUSA 1LOFA 3NSSA 2PHTA 5IK4A 3WNXA 3R4SA 1KJRA 5DZFA 4YGEA 4X49A 2DYCA 3AJZA 5JYYA 5HUKA 3T1EA 3ALXA 1S0DA 2VU9A 2XCYA 1AXKA 1N1VA 2Z42A 1S0JA 1IKQA 4LBQB 3LSDA 2ZKNA 1GBGA 1MS1A 4WA4A 4CZSA 1H9PA 4XJAA 2UWAA 1NCCN 1W21A 2VWDA 2ZHLA 1RITA 1LECA 2HTVA 1AVBA 4YW2A 3SISA 3ZXEA 5H9QA 1GNZA 4FPFA 2ZZJA 1G86A 1F9KA 4GZTA 1LENA 5B2CA 4TZDA 2HT8A 2F27A 1JOJA 1E8VA 2HT7A 2D44A 3ZXKA 3QCWA 4RL7A 4KS3A 4YZ3A 4GJTA 2R1BA 4YZ5A 1NSCA 4GA9A 1IVDA 1E8TA 1VCUA 1KRIA 1DQ1A 3V0AB 1QOTA 5IK7A 1Z4WA 2PHFA 2R1DA 3B69A 5GLTA 4Y1UA 1D2SA 5E89A 2CMLA 3CL2A 2DTYA 2GDFA 1PZ8A 1V3CA 4Q27A 2YROA 3ILFA 4QN5A 4XJQA 1INHA 4F83A 4Y20A 1WLCA 5HCAA 2W5OA 4W65A 4DPNA 4CPNA 3ZSKA 2P34A 5IT6A 1GZWA 5DXDA 3VKMA 5GZFA 2SBAA 5HCBA 1DYPA 4X4AA 2AR6A 1G9CA 5E88A 4LBLA 1N1SA 3SH3A 1APNA 2H0BA 2YV8A 1LU1A 3AYAA 1WW5A 3CNAA 5H9PA 2P3KA 1DQ2A 3AZYA 2B8HA 1SLBA 3K37A 1HLCA 2JE7A 4QN3A 5GZCA 5DZEA 4HZZA 4M3CE 4UW3A 1CR7A 1IS4A 2HU4A 1IVFA 1W6MB 3TIBA 4MWXA 5L73A 4GZWA 4M00A 1EUUA 1SLCA 1DHKB 1HKDA 1MZ5A 3FLRA 1WW4A 2TEPA 4BPZA 4ISQA 4Y26A 3TICA 3OYWA 3AZXA 2PHWA 1INYA 4FJ6A 3LSEA 4FPJA 2HTYA 2VW2A 1Z0HA 1CJPA 3VKOA 1HDKA 4MWQA 2F24A 4LBJA 2X9MA 1W0OA 3RSJA 4M3CA 3ASIA 3WDTA 1V6IA 3WDVA 3NN9A 2HTQA 2DURA 1NNAA 4GB1A 3VUOA 3JUUA 1A78A 1WBLA 2E7QA 3GALA 4D8SA 2D7FA 1JXNA 2FMDA 2VK7A 5EXOA 1WBFA 3M3QA 5KXEA 5HUNA 4BLIA 1LOFC 4M4VA 3NV4A 4WZFA 2BERA 4YW4A 1AJKA 5JOZA 2HU0A 6NN9A 4K21A 2ZGMA 3TIAA 4FVKA 2HTUA 1WLWA 1JUIA 1JYIA 2WLQA 1IKPA 2A6YA 4RA0A 1YRZA 3O0WA 2YXSA 1SACA 4MZEA 3RQ0A 1W20A 3FLTA 1Y7BA 2EIGA 7NN9A 1ULGA 1S0BA 2ZHNA 2ZGLA 3N35A 5FRAA 4SLIA 1F8DA 1SLIA 4K20A 4P9YA 1SCSA 2VW1A 1Z4ZA 1AF9A 3UK9A 1GANA 2F13A 4FP3A 1JBCA 2A6WA 1KITA 4GWNA 1Z4VA 3V0BA 4K1IA 2D3RA 2QWCA 1X50A 1SLLA 1SBDA 5SV8A 4CPYA 2DUQA 4MWWA 5GLWA 4HZYA 4WVWA 2GNTA 4K3YA 3OYWB 1FV2A 1JN2P 1A8DA 3TI6A 4GDJA 3WG2A 1MS4A 1Q8SA 4Y22B 3A72A 1O4ZA 1DYKA 2GMPA 5KXBA 2F12A 2I2SA 2GMEA 4Y24A 4ITCA 2JECA 4WEFA 4LBNA 2VSKA 4YM0A 4QNPA 1DILA 1JW6A 3SH5A 3M3OA 5DUXA 4K1YA 2AH2A 2HYKA 2C4LA 4FQZA 1FNYA 2RKCA 1GZCA 4MC7A 1YO8A 4PQ9A 4AGVA 3I8TA 1CVNA 4B7JA 4MZAA 3AP7A 1JYCA 4ZKTB 4KS5A 1S0GA 4AVSA 3ENRA 4DRVA 1MS8A 1V6LA 3A0NA 2D3SA 3AP6A 4MYEA 1YYNA 2OUJA 5T54A 1IVEA 1SO7A 1Q8QA 1LHUA 4TYSA 2YA5A 2A7AA 2P3IA 3RRDA 3V64A 2OW4A 2HTRA 4JC1A 3SILA 2VK5A 2CWSA 1NMCA 3UL2A 4NOTA 4XJRA 2F25A 3B7EA 3USUA 4YW5A 1F31A 5JLVA 3BEQA 4Q1RA 1MZ6A 2NN8A 4CTEA 3K36A 4XHXA 1W1XA 1SLAA 1LULA 2D6OX 3WG4A 1OKQA 4FOQA 3ZXFA 1UX6A 1Z4YA 4YW3A 4XBQA 1USRA 1USXA 3D6EA 1YIFA 2ZGUA 1S1AA 4FPHA 4MX0A 3H0OA 4XYXA 1EURA 4U36A 5CAZA 4K1HA 3ZXJA 2VH9A 5HUGA 3I4IA 2R0FA 2ZMNA 4PCRA 1B9TA 3N36A 4Y1XA 1V6NA 1C4RA 1ZA4A 1FX5A 2ZHKA 1D0HA 1U0AA 1QDCA 2DWRA 3AP5A 3D5OA 2CY6A 1XOEA 2R0HA 1OQ1A 4R9BA 1BQPA 1DQ4A 3V65A 4YG3A 2OVUA 3WDXA 3T1LA 1VAMA 2EXKA 4XILA 2CTVA 2YZ4A 4NCSA 1G9BA 3APBA 1QNYA 5T5PA 1QGLA 1V0ZA 4B7MA 1NNCA 1R1ZA 1J1TA 1SBFA 2NZ9A 1C1FA 4FVVA 1DLLA 3R05A 4DS0A 3POSA 1AX1A 2ZGSA 4M3CF 2W08A 3JU4A 1Z78A 3FLPA 2JDZA 2C9AA 3OBRA 3B3QE 1V6JA 2F29A 3WDWA 1URXA 3USUB 1WW7A 3WUDA 1HQWA 3MEPA 4I00A 3UJOA 1NCDN 3M3CA 4PBPA 1VALA 4MWLA 4HZXA 4QN4A 5LK5A 1W6NA 3RS6A 4YZ4A 3AX4A 3AJYA 5T50A 3IM0A 2ZGQA 3O0VA 3WUCA 3B01A 4P14A 3SITA 1UAIA 2LALA 3OJBA 1W6OB 1G9DA 3KQRA 4MWVA 2BQPA 4BMBA 2P37A 4BLJA 2D6MA 4FPLA 4YLZA 1I1EA 4GZQA 1QU0A 3VV1A 5GZGA 3PVOA 4UW4A 1DQ5A 5H9SA 4WA3A 4YZ1A 2JE9A 2F11A 2JJ6A 4YZ2A 2QWEA 2WSVA 5T5JA 5GZEA 2WJSA 2HTWA 4NO4A 1ENRA 1KDMA 1QMJA 3W59A 4LBMA 4M4NA 1CIWA 5H9RA 1W8NA 1MR5A 1DQ6A 3RG0A 4AVVA 3U4XA 3WOGA 1DFQA 1N3QA 3GVKA 2BATA 1N3OA 1NSDA 3O9JA 2SIMA 1GV9A 3TAYA 1MWEA 2E53A 4WV8A 4H52A 2Q5TA 2EXIA 1NMBN 2D6NA 3TI5A 4FOVA 4HIZA 4U2AA 4Y1VA 1SNTA 4KS4A 1FNZA 2QWHA 2NMOA 2DVFA 2PHRA 3B9CA 3AP4A 1G7YA 1EUTA 1LOCA 2R49A 3A4UA 4R9AA 1UMZA 2D43A 1NXD1 2W52A 1ULFA 2ZGPA 2AEPA 3NV2A 5GLUA 1V00A 2AYHA 4MJUA 4FOWA 3QLQA 2F26A 4Q2FA 4FPOB 5DG2A 3OY8A 3WDYA 4MWRA 4IQPA 1VIWB 1W6PA 1NSBA 2GN3A 2AEQA 2A3YA 4XBNA 2A6XA 2B7YA 3AZVA 1E8UA 1L7HA 1KDKA 3PMEA 4Y20B 3ZPYA 3A71A 3CYEA 5E8AA 2ZGKA 2A5ZA 1VCJA 2BZDA 2ZBJA 3AXDA 1GZWB 2UU8A 1GICA 3N3HA 1IS3A 4CPMA 4JF7A 4WVVA 2ZGRA 1YI7A 4FPGA 2KM2A 4K1ZA 4Q8KA 2JD4A 1KQRA 3WHTA 4R9CA 1C1LA 4P9XA 1FAYA 1L7FA 1LODA 2V73A 2SLIA 2CL2A 3VKNA 1PZ7A 4GZPA 2NMNA 4XZPA 3K39A 1GLHA 2GNDA 1LEDA 1DGLA 1NLSA 1AXYA 4BM8A 1UL9A 4K1KA 4B7QA 4YM2A 4KBBA 2GALA 1B09A 1WW6A 5CB7A 1LOGA 3AYCA 4AVTA 1IS6A 1N1TA 4XOGA 2QWBA 5JOYA 5DG1A 1XQNA 2UWCA 2PHXA 4FPKA 4M3CB 2YMZA 4QN7A 4KS2A 5F5QA 3POWA 2C4AA 4ATEA 1LTEA 3AYDA 5GALA 1W8OA 1Z4XA 3PVEA 2DVAA 3MPPG 1H9WA 4C1XA 1LOAA 3ZVXA 4XMIA 2DVGA 3GVLA 3WG1A 3WDUA 5JVVA 1W0PA 5KXDA 4YG0A 4GZOA 4YFWA 2A3WA 1GSLA 1VLNA 1GZ9A 3AZZA 2SILA 1LGNA 1JHNA 3BODA 4FZHA 2GNBA 3ILNA 4H53A 4ISRA 2R16A 4AGGA 4J9TA 1F8BA 1MS9A 1L7GA 4FOYA 2ZHMA 3BOPA 4YW1A 1DQ0A 1G8WA 4BQ1A 1S0IA 1INWA 3ZXLA 1FATA 4YM1A 4AYUA 1UPSA 2CWMA 3WCRA 3KM5A 4FQ4A 4CPOA 1CONA 3INAA 3ZSMA 4BBWA 2UWBA 5GZDA 3WV6A 3V0BB 2F28A 4LBQA 1ULCA 1F5FA 4WA5A 1LU2A 5DUUA 2WT1A 3H73A 4ZXKA 2D6PA 1MS0A 1NCAN 1B9VA 1AX2A 3BIWE 3M2MA 1S0CA 3ILRA 1LHWA 2WNEA 1CPMA 1NCBN 4XJUA 4YGCA 4M01A 4C1WA 4YGDA 2EXHA 1MS3A 1NN2A 1BKZA 1CQ9A 4YM3A 4UF7A 2PHUA 2AUYA 3L2YA 4Y1YA 2ENRA 3MW4A 2XZIA 4GKXA 3RMYA 3V0AA 3ZYPA 5GM0A 1Q8VA 4YFZA 2ARXA 4DRRA 3AP9A 2RHPA 2D6LX 2DUPA 3T1MA 4LBQD 4X47A 5KXCA 4Z8BA 4MWYA 3LCPA 4XBLA 3IKWA 2ES3A 5B2DA 3AFKA 5JOXA 1QDOA 3O0XA 4OZXA 2XZJA 2YY1A 5CBLA 1BXHA 1N1YA 2V5YA 2W68A 3ZSJA 2YDTA 1AJOA 2XZKA 5DZGA 4XIKA 2ARBA 2D6KA 3T2TA 2DUOA 2ZAAA 4GWMA 1SLTA 2D3PA 2EALA 2A6VA 1ZM1A 1INVA 4Q6KA 1V0EA 1G9FA 1F8EA 4GZXA 4XIOA 1W6MA 2WT0A 4NN9A 2ZMKA 1I3HA 2W5NA 4ATFA 1VAVA 5IUQA 1INFA 1Q8OA 1FV3A 3HMYA 2YA4A 3TI3A 1YXWA 5CNAA 4CRQA 4Q1PA 2ZGNA 2ZB6A 4NC5A 3INBA 2QWIA 2VK6A 3FUQA 4DGRA 3VKFC 2VVZA 3FUOA 3OBTA 1A4QA 2EXJA 4YGBA 3ZSLA 3M3EA 4DQAA 3W09A 2ZB5A 1CN1A 2VW0A 4UW6A 5HCFA 1ENSA 2DV9A 1LEMA 1DIWA 2NM1A 1QF3A 3BTAA 3B00A 1QKQA 1Q56A 1V6OA 5EYXA 3WVJA 2YA6A 3WG3A 1F8CA 2AGSA 1PZ9A 5AVAA 3TB0A 3IPVA 1C57A 5T52A 1O4YA 2FHRA 1N3PA 1BYHA 1FYUA 3AXEA 1SCRA 3MW2A 4HANA 4Y1ZA 4BMEA 1TEIA 4AGRA 3D4KA 4M4UA 1QOOA 1INGA 4B7RA 3HN1A 2QWDA 3UJQA 2GNMA 1BJIA 1W6QA 1CESA 1LOBA 3DGTA 2A75A 2LTNA 2W39A 4ASMB 3NWKA 1RIRA 4M3MA 3D11A 4LBKA 4LBOA 2A71A 4XXAA 1LHNA 1ULEA 2BF6A 1INXA 4GZSA 1CPNA 5NN9A 1A3KA 3SANA 1W6NB 4HZWA 1LOEA 4XMAA 5JMCA 4FPCA 5GLVA 4Y22A 2W38A 2QWJA 3RMXA 1KJLA 4PF5A 4HZVA 2XG3A 1LJ7A 1BZWA 3VKLA 4XJWA 3WCSA 2VSMA 1RINA 1GYKA 4H55A 4P9WA 3WLUA 1V6KA 1SFYA 1S0EA 1UN1A 3OGGA 3JU9A 3HR9A 1NNBA 1UZZA 3GVJA 1IVCA 1Z50A 3PJQA 1WCSA 2YA8A 1HQLA 1IVGA 3NV3A 2WQZC 5EWSA 2QWGA 4GALA 2VXRA 4XHBA 2E51A 4XTMA 1MVEA 3IPVB 1WLDA 2VY0A 1AZDA 4GDIA 3FBYA 1MACA 4R9DA 4XE9A 2DTWA 3H72A 2ZACA 4XJZA 3Q9OA 2W20A 1LGCA 5BYNA 3H6JA 2HT5A 5T55A 3O9KA 1QNWA 4XDQA 3AK0A 4X6KA 3DUIA 3N7JA 3ATGA 1W6QB 2DU0A 3SALA 2PELA 2JKBA 3A0KA 3C2UA 1H30A 1LCLA 3N7LA 2C5DA 3O5SA 2F0ZA 5GLZA 2QWAA 2A6ZA 1ULDA 3GNEA 3N7MA 3ZYRA 4K1JA 2UURA 2EF6A 4AWDA 1A4GA 5EYYA 2CYFA 1V6MA 5IK8A 4MJVA 4BOWA 2NYYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RDQA 3OUIA 1ODMA 4LXLA 5L7OC 2ZX1A 4URAA 1RUE3 3FFZA 3H71A 3O1OA 1O3RA 3ALWA 4LORA 5CFDB 5J36A 1DZQA 3AYEA 1CAWB 1KS4A 3OY8B 3I2JA 1YEWA 4EE2A 1H8TB 4D3WA 1REEA 5C70A 4Q4Y3 1CIYA 2WKKA 2J1EA 3KV5A 4GB33 1IOAA 1XSQA 5EHDA 1J59A 2WT2A 2ZMLA 2RS52 1UYZA 1QJY1 2P17A 1UKGA 4RS5A 1W6PB 5KHJA 4BQ2A 1F4AA 3GXUA 5JIUA 3B02A 3KSCA 4I30A 4OHXA 1GKBA 2GN7A 4Z82A 5LW9A 2ZTNA 3S8VA 4FP2A 2JG8B 4RR3A 5T5LA 1AHSA 4RGGA 2W8BA 4EQVA 1ZRIA 3WHUA 4COYA 4MX3A 4CSWA 3TI8A 4B7NA 3O12A 4C1YA 4NR1A 1W8FA 2CGPA 4PLNA 1H4GA 3I59A 4C0HA 4WZCA 5CADA 1B9SA 1XOGA 3VN4A 4RN5A 3POYA 2C0ZA 2VC9A 3S6PA 4KS1A 1FOD3 4JCKA 4H2AA 5FP8A 4JV4A 1V3EA 3B94A 4UW5A 5LA1A 4PBOA 4LIVA 4A6SA 2B42B 1UXXX 2RR11 4MWJA 2E26A 1V3BA 3KQ4B 3VL8A 3DPRB 2QVSB 4W6YA 3GBGA 4FPEA 1ZBA2 1AUYA 2W95A 5B2GB 2VECA 3MPBA 1GNHA 2IXHA 3AMMA 4N43C 4P9JA 1G9AA 4JRAA 3S5QA 1STMA 2CNAA 3CIHA 4XJ8A 2ZGOA 3JQXA 2A3XA 3K4ZA 4AK3A 4DMIA 5DQ0A 4K8RB 3K38A 5FZBA 1RUC2 3ROUA 4D0QA 3VBUC 4YG6A 5FKBA 3OGJA 2VUAA 2P2KA 1IG3A 4Y5Z0 1IS5A 5T5OA 5GJ6A 3ZXGA 3S5AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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