4Z0UA

Rnase hi/ssb-ct complex
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interaction with Single-stranded DNA-binding Protein Stimulates Escherichia coli Ribonuclease HI Enzymatic Activity.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli o139:h28
molecule tags Hydrolase/peptide
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 49
structure length 155
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2015-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4z0uA00
4FVMA 2HVIA 1BIUA 3PX6A 4CK1A 5C42A 5E41A 4BWJA 3KK2A 4FJLA 3WNFA 3RR7A 4OGEA 1NOZA 3OYBA 1XI1A 4Z4EA 2HHXA 4FW2A 3SJJA 3LALA 4FJMA 3AO1A 4KREA 3SPZA 1B92A 1SKWA 5J1EA 1QSSA 4HCCA 3T1AA 1XWLA 4FJIA 3KKRA 1Q9XA 5JS2A 1TAQA 4FM0A 1U04A 4CHZA 3DOKA 4G1QA 3C94A 4J2EA 3TAEA 3MXMA 4CHYA 1WLJA 2AJQA 1WSJA 3RMDA 2OPSA 1ASVA 3OY9A 3SV4A 4B8CA 2E6MA 3UIQA 3E01A 3KLEA 3CFOA 3MEGA 1TVRA 1S9GA 1ZBUA 4CEEA 3V6DA 3ZSXA 4KHUA 4K8ZA 3OYKA 4DSKA 4AHTA 2BE2A 1WAFA 2IDOA 3TAFA 4MQ3A 3TI0A 3AO2A 3O4NA 1D5AA 1RT5A 4Z4HA 4M42A 4BDZA 4CJVA 4N5SA 5CZ1A 5SZTA 3F73A 4O5BA 3D0PA 2PZSA 4M3ZA 1K6YA 3AVKA 3O3FA 3OYCA 4C8OA 4KHWA 4CEDA 3G0ZA 4F4KA 3K5NA 5HROA 4CJPA 1JLEA 1SKRA 4BDYA 1JKHA 1NK0A 1LAWA 1VSIA 3QNNA 4DSJA 2OPQA 3LDSA 4O55A 4CHOA 5EU7A 1YTUA 2GBZA 2DY4A 1NJYA 3LPTA 5DK5A 4RW7A 1LWCA 4KFBA 1G15A 4M3WA 4KTWA 4CECA 3OVNA 2RF2A 1L5UA 3NGYA 4CGIA 4CJEA 2G8VA 1RDAA 3DLHA 4FJGA 3VQAA 1WSFA 3SNNA 4DFPA 4DQRA 1WSEA 3SI6A 2RKIA 1R0AA 4FJ5A 4C8KA 3KKSA 3MXJA 3U3GA 4IKFA 2NUBA 4CJQA 4E0DA 3OYFA 2RN2A 2B5JA 1JLGA 5HRNA 2KW4A 3D45A 2QK9A 4W5NA 3DLRA 3I0SA 2D0CA 2Z1JA 3BGRA 4O44A 3PX0A 4H4MA 1VSMA 3CG7A 4LSLA 4NYFA 5J2QA 3JYTA 3OYHA 3L2QA 4RW9A 2A1RA 2G8UA 3DI6A 2ETJA 1DTQA 3CM5A 2HVHA 4DTOA 4I9LA 1LW2A 1QE1A 1ZBFA 4OKJA 2BDPA 1KFDA 3P83D 4F2SA 4F8RA 4K8XA 2GV9A 1VSJA 1W9HA 3FFIA 4DTSA 3P1GA 3WNEA 1QHTA 4LY7A 4RW4A 3OYLA 1YVUA 3H08A 2OPRA 3HVRA 2IOCA 4CERA 1YTAA 3NH0A 4AHUA 1ZBLA 1TKDA 4B9SA 1CZBA 1RDDA 4LH5A 3ALYA 3ZSQA 1O1WA 1CZ9A 5KRTA 1FKPA 1HYSA 4E19A 3ZT2A 3VA3A 1LWEA 3TAQA 4CGGA 1A5WA 2HHSA 4CJRA 1JL1A 2E4LA 2WOMA 4CIFA 4AILC 1IG9A 2G8KA 1D8YA 3VQ8A 3T3FA 1ZBHA 3NFAA 1VRUA 3SPYA 4B9LA 3V4IA 3VQ5A 3VQ7A 1YT3A 4CF8A 4E7LA 3L8BA 4HVJA 1HQEA 3NAEA 2G8FA 2QXFA 3AVBA 5J2MA 3ASMA 3QLHA 4FLTA 4GVMA 4OPKA 1RBRA 4CGDA 3KLFA 4DLEA 5J2NA 4DQIA 3TWHA 4DTXA 1QS4A 1IKYA 3LP3A 1I39A 4M3RA 4DLGA 4B9UA 1KVCA 3KK3A 2OZSA 4M3TA 1IH7A 3LWMA 5FRNA 1SV5A 3A2FA 1EKEA 4KRFA 3O3HA 4C8NA 3LP0A 3NGZA 1TL3A 3KK1A 2XY6A 3M8RA 1UA0A 3G10A 4OGCA 2X78A 3TAMA 4C8LA 3L3VA 1LAVA 4CK3A 4J2DA 3VQEA 4R5PA 3BDPA 1RT1A 5HRRA 3SQ4A 4KI4A 3VA0A 1JLCA 1L3VA 3KLHA 1T8EA 3C6TA 3VQPA 4FJNA 4FYDA 2ITGA 4N56A 3B6OA 1VSDA 2FBXA 1L3TA 4B3OA 3LP2A 4Y1DA 1KVBA 1KCFA 1MU2A 2IS3A 3C95A 3LAMA 4CGJA 3EYZA 3KD1E 1S9EA 3NBPA 3WNGA 4AHCA 3KLGA 3K2PA 3P5JA 3DOLA 1BGXT 4CF9A 3VQ4A 1S5JA 3OYNA 1U4BA 4FXDA 1HYZA 2QKKA 3RR8A 4W5TA 1BISA 4BE2A 4E1MA 2W42A 3MECA 4DU1A 1X9MA 1NK6A 3QIPA 4CF1A 2FC0A 4I7FA 3V1RA 4FM1A 1S1XA 2F8SA 4OKKA 3AVHA 1J54A 3QINA 4KHSA 1TAUA 3AV9A 4IG3A 5HLFA 1BIZA 5FROA 2PYJA 4B8AB 3RWUA 2QKBA 1RTHA 4E7KA 1DLOA 2OPPA 4CEFA 1T05A 4QCLA 1A5XA 1BQNA 4JRPA 3ZSYA 4AHVA 4DTUA 4F3TA 3K5OA 3CM6A 3V9XA 5SWMA 3K5LA 1EX4A 1XHZA 1WAJA 1GOBA 1RT7A 2DFEA 4FK2A 3EZ5A 2YKMA 1XC9A 3S3MA 1ZBIA 1SKSA 3HO1A 4PA1A 4ZHRA 3NGIA 1ASWA 1JLQA 1REVA 1VRTA 1NJXA 3V81A 4BWMA 2YHBA 4OLAA 4KO0A 3OJSA 4J2BA 2KFNA 3CFPA 1KFSA 3V1QA 2HNDA 1IKXA 2R7YA 3ZSOA 1D9FA 4DFJA 1RBTA 3F9KA 1IKVA 3LAKA 3HP9A 4DF4A 4DTNA 1HJRA 4FZZA 3L3UA 3SCXA 4DTPA 4KKOA 4CJFA 3RMAA 4H8KA 4KV8A 4BE1A 2YV0X 4Z4GA 4LD0A 4Z4CA 1Z26A 2WONA 5KI6A 4N41A 2YHAA 2IC3A 1Q9YA 4CJ4A 3HPGA 3HL8A 1RDCA 3KD5E 1RT2A 4OJRA 3WNHA 4NYNA 3VQBA 1UA1A 2HHWA 1ITGA 1Q8IA 3HP6A 4FLVA 4CEQA 4NCAA 3OYIA 4KHQA 3AA2A 1HNIA 2Q3SA 4PQUA 1I3AA 1EP4A 3CYMA 4ID1A 1FXXA 3QESA 2HMIA 3PX4A 4CEAA 4O4GA 2RPIA 4CIEA 2GUIA 3NHGA 4AHSA 4E1NA 3OYGA 3L2UA 1C1BA 4RW8A 4CE9A 3M8SA 4CJKA 2F96A 4DG1A 3ZSRA 4CEZA 4FLXA 2Y1IA 2HNYA 1RTDA 1T03A 1N5YA 4DFKA 1C1AA 4CFCA 3SQ2A 1J9AA 1TV6A 3TAGA 3HYFA 1W0HA 3MXIA 1TK5A 1KSPA 2G8HA 4CEBA 4Z4IA 3TABA 3THVA 3LZIA 1HNVA 1U48A 3U6FA 4CF2A 2G8WA 3ZSZA 2JLEA 1EETA 5K14A 4ZTFA 2VWJA 1NK4A 1S1VA 2KTQA 1S1UA 2VG5A 3AA3A 3ITHA 2YNHA 4M3YA 4ELVA 4JS5A 3L2VA 4ELUA 4KTQA 5HP1A 4ID5A 3AO5A 1X9WA 1FK9A 4NCGA 3AVIA 3HPHA 4XIUA 1D9DA 4PY5A 4N47A 2Y1JA 3HM9A 3I8DA 4CK2A 4FJKA 3QEVA 2KFZA 4CF0A 3HXMA 1VSEA 4RW6A 3PV8A 1JL2A 1C0TA 2Z1GA 5KGXA 4DQQA 3SUNA 3S9HA 1UAXA 1T7PA 4DQPA 3NF8A 4CIGA 4E7IA 1NKBA 1NJZA 3AA4A 4CHQA 3K58A 4I2QA 3L2WA 3I0RA 3EY1A 4LSNA 3RMCA 4DQSA 2P5OA 4HCBA 3OYMA 2XY5A 1HPZA 3MAQA 4M3UA 3QEPA 5KRSA 4O0IA 3IRXA 3ZSVA 1HQUA 3O3GA 4DF8A 4E3SA 3ZCMA 2E6LA 4CFDA 1TGOA 3V9ZA 3HPOA 2HHQA 1VSFA 2JGUA 2KQ2A 3K57A 3SUPA 2LSNA 1QTMA 4FJHA 1SL0A 4BDPA 4QOZB 2O4IA 2VG7A 4DSIA 2Z1HA 3ULDA 3ZT4A 1ASUA 4CFBA 4OLBA 4MFBA 3IAYA 1BI4A 3ISNC 3NF9A 4DTJA 4B9MA 2I5JA 3NCIA 2EHGA 2HB5A 4CHNA 2P5GA 5HBMA 3NH2A 1TKTA 2BANA 4O0JA 1RT6A 4FLUA 1JLAA 4F2RA 4C8MA 4DTRA 4ZTJA 4PWDA 4B9NA 4B9VA 3VN5A 4EZ9A 4JS4A 3QEWA 2D5RA 1NK8A 3OYJA 2Z1IA 4DU3A 4KAZA 3OS2A 1RBUA 4FK0A 1NKCA 3DRPA 1DTTA 2DFFA 4DFMA 1RILA 2DFHA 3TANA 2OZMA 3HK2A 1KLNA 4EP5A 3M8PA 3KLIA 1RT4A 2YNIA 1BHLA 1SUQA 2BGGA 3IG1A 1J53A 3ZT3A 5T7BA 2P1JA 1CLQA 4IBNA 3V9SA 1NJWA 3AVCA 1WSHA 3V1OA 3ZT0A 1Z25A 3SUQA 4M41A 4FW1A 5KGWA 2HHTA 1VSKA 4B08A 3RTVA 1KRPA 4Q5VA 1XHXA 4IDKA 1N6QA 3AO3A 4CEOA 3RMBA 4DS5A 1UWBA 4EP4A 4DWIA 4FLYA 1L3UA 1GOAA 4E89A 1KVAA 1TK8A 1RTJA 1TK0A 2XRIA 2P51A 3NF7A 3DLEA 4W5OA 4CGHA 3HT3A 1X9SA 3SV3A 3AVFA 3AVLA 4CJWA 4YNQA 4F3OA 1RBSA 4M3XA 4DS4A 1Y97A 2X74A 3L2RA 4FLWA 4Y1CA 1JLBA 2YNFA 3S3NA 3OS0A 4FM2A 1BL3A 1LV5A 5JS1A 1C6VA 3DRSA 3KJVA 1NK7A 4EZ6A 3LWLA 3QNOA 4FJXA 4FLZA 4HHTA 1B9DA 1NOYA 4CJ5A 3PY8A 1S6PA 3TARA 3CQ8A 1EXQA 2ATQA 3VQQA 3LP1A 4KHYA 4CJTA 1FKOA 1LW0A 3VQDA 5DMRA 1S1WA 2HNZA 3T19A 3LZJA 4FZYA 4J2AA 1NK9A 4AH9A 3ZT1A 4YFUA 3HVTA 4M45A 3NH1A 4DSEA 3SQ1A 1TKZA 1VSHA 4RG8A 1WNSA 1CXUA 5I3UA 1C0MA 2FBTA 3OYDA 4OVLA 2D0AA 3CFRA 5KTQA 1F21A 1JXEA 4CGFA 4DU4A 2DTUA 4BACA 4Q0BA 1TL1A 3DRRA 4JLHA 3LPUA 1JLFA 1BQMA 2IAJA 3AO4A 4ICLA 3TAPA 4KTZA 5CYMA 3SYZA 2ZD1A 4W5QA 3OYAA 2XO7A 2VG6A 4FJ9A 3DM2A 4JRQA 3S3OA 4HTUA 5D3GA 1BCOA 2VWKA 4FK4A 2FBYA 1KLMA 1ZYQA 2HW3A 4W5RA 2KZMA 4I9QA 1HMVA 4TSXA 2YKNA 1WSGA 4Z0UA 1QSYA 1U49A 4B9TA 4L8RB 3SQ0A 3U3YA 1L3SA 4DMNA 1SL2A 2KZZA 1NK5A 4FCYA 3ZSWA 1VK0A 1CXQA 1RTIA 3NDKA 3OS1A 3RRHA 1KTQA 4IFYA 1RDBA 4AHRA 1HYVA 2OA8A 3SUOA 1RNHA 3LANA 3QETA 1RT3A 3MEEA 1VSLA 2YNGA 4Z4FA 2HHUA 4IFVA 2A1SA 3V9WA 1SL1A 4CCHA 3SZ2A 2G8IA 4KI6A 1C0UA 4FJ8A 1TKXA 3OJUA 2B4JA 1X1PA 1S1TA 3QEIA 3VQ9A 2XY7A 4HUEA 4WE1A 3DYAA 3PO4A 3DMJA 2F8TA 4GMJB 2HHVA 2EX3A 1WN7A 4HUGA 3MEDA 4KPYA 1U47A 3DLGA 4CFAA 3C6UA 4QAGA 3AVGA 3O4QA 4HUFA 4DTMA 3RRGA 1IKWA 4KB1A 5C25A 1A5VA 3AVJA 3TR8A 4BE0A 2XHBA 5CYQA 4CHPA 3V9UA 3QO9A 2X6SA 4N76A 3PO5A 1S6QA 1GOCA 4UQGA 1RCHA 1B9FA 5C24A 4FJ7A 1LWFA 1RBVA 2IGIA 3AA5X 3IS9A 4CESA 3JSMA 3NE6A 5CZ2A 3QEXA 3KTQA 3VQCA 3AVAA 4I2PA 2XY8A 5HRPA 3K5MA 4E7JA 2FBVA 3NF6A 4CJ3A 4DSFA 3QIOA 2OYQA 1WSIA 1QQCA 3KIOA 3VQ6A 4KB0A 4OPJA 5HRSA 3B6PA 3DLKA 4LH4A 3K59A 4ELTA 4PUOA 4FJJA 1IO2A 1HRHA 4CJUA 4H4OA 2X6NA 5I42A 3HJFA 3PUFA 1BCMA 4GW6A 3DLBA 5FRMA 5CY4A 3OYEA 1NKEA 4OKEA 4CJSA 1BI4B 4FZXC 4KHNA 2D0BA 1UOCA 4E7HA 3AVMA 4CJLA 1U45A 1J5OA 1C1CA 2PYLA 1JXBA 2O4GA 3AVNA 3HSTB 4IG0A 5FDLA 1QSLA 2PY5A 2B6AA 3M8QA 5J2PA 3QERA 4NCBA 2ZE2A 2ZQBA 4DSLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QVGM 1Z05A 3WNFA 4Z4EA 3LALA 2DPNA 3SPZA 4DHYA 1B92A 1NBWA 1NM1A 1XMQK 4C1NK 1QSSA 4IZ9A 2WC9A 4BRGA 2E5LK 4CBXA 5BRFA 2OPSA 3SV4A 2E6MA 1M1KO 5FLXO 3KLEA 4KHUA 3IDHA 4K8ZA 2YJEA 3OYKA 4AHTA 2BE2A 4YY3K 4B1VA 3AO2A 3E9LA 5CZ1A 5SZTA 3D0PA 4M3ZA 2PZSA 2Q1NA 3G0ZA 5HROA 1NK0A 1LAWA 4DR3K 3QNNA 4O55A 1XNQK 5EU7A 5TKWA 3S41A 1LWCA 4KFBA 4KTWA 2RF2A 1YJWN 2G8VA 2V51B 3GDQA 4DQRA 4DR4K 3SI6A 5EX5A 4FJ5A 4C8KA 3KKSA 3U3GA 2B5JA 3SAHA 1QQNA 4NLCA 3DLRA 4O44A 4LSLA 5J2QA 3JYTA 3ZETA 1ATNA 1SQKA 3OYHA 3WT0A 2A1RA 3THYB 3DI6A 1JCEA 3O6WA 1QE1A 5BPLA 2O8FA 1VSJA 1W9HA 2UUBK 3WNEA 3H1QA 1VQNN 1YVUA 4DUZK 3H08A 4ISGA 2UU9K 4B9SA 1TKDA 1VQLN 3ZSQA 4DR6K 1HPMA 5KRTA 3M5RA 3TAQA 1LWEA 1TUUA 1CZAN 4CJRA 2E4LA 2WOMA 3VQ8A 3T3FA 3NFAA 3SPYA 3V4IA 3VQ5A 4MDAA 4E7LA 3NAEA 5J2MA 3IMXA 4GVMA 4OPKA 3PSIA 3THYA 3TWHA 1YAGA 1QS4A 1I39A 3VGKA 1SS6A 1ATRA 2KLAA 2ZJQL 4KRFA 4IWVA 3R8EA 4GY2B 3NGZA 1TL3A 4DUYK 3EZWA 4C8LA 2J4RA 3A5OC 3F5TA 2P9KA 3BDPA 3VTIA 1JLCA 3KLHA 4V19S 4FJNA 4X66K 3B6OA 1QVFM 5AR0A 1KCFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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