4Z0UA

Rnase hi/ssb-ct complex
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Interaction with Single-stranded DNA-binding Protein Stimulates Escherichia coli Ribonuclease HI Enzymatic Activity.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli o139:h28
molecule tags Hydrolase/peptide
total genus 49
structure length 155
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2015-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4z0uA00
1Z26A 3C6UA 4CF2A 4OPJA 3TANA 3MEEA 1D8YA 1HYZA 4AHTA 3NGZA 4E7LA 3AVCA 1D9FA 2KTQA 3M8PA 2YKNA 1SL1A 3MEDA 2XHBA 2OYQA 1QE1A 1BI4B 2ZE2A 5K14A 4F4KA 1WSIA 3OYAA 4E89A 3OYBA 4AILC 4RW9A 3KIOA 4WE1A 1UA1A 4M3ZA 2PYJA 4OKKA 1WSJA 4Z0UA 3K58A 3CQ8A 4CIGA 4O0JA 3SNNA 1VRTA 1HPZA 4L8RB 3QESA 2IAJA 4B08A 2G8WA 1LAWA 3KJVA 2X74A 1RT2A 3HP9A 1TAUA 1VSFA 2XRIA 1VSMA 3AVNA 2G8HA 3NBPA 1YVUA 3AA2A 4HUGA 1X9MA 3PO5A 1D5AA 2HHTA 4Z4IA 4E7JA 3H08A 4EP4A 4FJ7A 1REVA 1EKEA 4CE9A 5HRNA 3E01A 4CHOA 1CZ9A 4CJVA 4DF8A 4CJ5A 1NJYA 3V1OA 4I2QA 4KV8A 1FXXA 1J5OA 2RF2A 2A1RA 2BGGA 1KVBA 2WOMA 1TK0A 3NF7A 3SUPA 1I3AA 3OYJA 4AHCA 1L3SA 1BHLA 5CZ1A 3OYEA 2FC0A 3IAYA 2IS3A 3V1QA 1IKWA 3SJJA 4JLHA 1JLFA 4RG8A 3VN5A 3SV3A 4C8LA 1UWBA 1Y97A 4DTNA 3NF8A 3DLBA 1B92A 1JKHA 4G1QA 3LAMA 2OZMA 4BWMA 4CGJA 3C94A 3L2UA 3SZ2A 1WSFA 2X6SA 1HQUA 3CM6A 4YFUA 3V9UA 3AVKA 3PX6A 1U4BA 4W5TA 1RDAA 4ID1A 4CGIA 3V1RA 4W5RA 4J2DA 3RR8A 5EU7A 3TR8A 4B9UA 4Z4FA 4N47A 4E7KA 3VQEA 4K8XA 4KAZA 4ZTJA 4BDPA 3SPYA 1TL1A 1TKXA 3L3UA 3MXJA 2XY6A 3K5NA 3SQ4A 3PO4A 1BIUA 4FZZA 4CGDA 3OYLA 1WSHA 1NKCA 2BDPA 1JLQA 1JL1A 2KW4A 2ZD1A 3KK2A 1VRUA 4CHZA 3AVIA 3SYZA 2DFEA 1RDCA 1XHZA 3VQ8A 4DG1A 4Y1CA 4CJWA 4HCBA 4KO0A 1WAJA 3RTVA 3V9WA 2QKKA 1X9WA 2IOCA 3HPOA 5KGWA 3NCIA 3PX4A 3TAEA 2ETJA 4FW1A 2XO7A 1TAQA 2VWJA 3SUQA 3S9HA 1SKSA 4DFMA 3O3GA 1HJRA 1DTQA 4FYDA 1VSDA 4DQQA 3WNFA 4MQ3A 3ZT0A 3NH1A 4GMJB 3THVA 3KLGA 4PWDA 2XY5A 3VQBA 3QEPA 1A5WA 2ATQA 1QHTA 3AO2A 4CJRA 4C8KA 2DTUA 2KFZA 1L3TA 1LV5A 3P83D 4KFBA 2HNDA 1ZBLA 3LALA 5T7BA 5CYQA 4FJLA 3ZSZA 3VQ4A 3LP3A 4FLXA 4GVMA 1LW0A 4DS4A 4CJEA 4FLZA 5KRSA 1ZBIA 3V9ZA 1C0TA 4CK2A 3VQQA 2Z1IA 4DTPA 4N56A 4C8MA 2X78A 4FJ8A 4CF9A 4FK0A 4FJ9A 2KZMA 1Q9XA 2YHAA 3RWUA 3HJFA 1RT5A 3OYDA 1B9DA 5I42A 1XWLA 3DOKA 4O4GA 2P51A 4M3TA 4M3WA 3IG1A 4B9LA 1MU2A 4KTZA 1IH7A 2HHUA 4DSFA 1ZYQA 2HMIA 1SKWA 4FJXA 1BCOA 4CERA 1JLGA 3VQAA 4F3OA 4NCGA 3IRXA 3PY8A 3OS1A 3WNHA 3B6OA 3WNGA 3KLFA 5KRTA 1DTTA 4CHNA 3TARA 1U45A 4Z4HA 3U6FA 1W9HA 1TK8A 3EYZA 4DU1A 2IGIA 4AHUA 4CJLA 3SV4A 1DLOA 3ZSQA 3EY1A 4FLTA 3V9XA 3F9KA 4B9VA 4ELTA 4KTQA 4PUOA 1BISA 1KLMA 3QNOA 3MEGA 4N41A 4M3YA 1S1WA 4M41A 4B9MA 3IS9A 4ELVA 3ZSWA 3NH0A 2YNFA 3DOLA 4JS4A 4DSLA 4GW6A 3MAQA 3QIPA 4CJFA 3KK3A 1CXUA 3RMCA 1NK0A 3C6TA 4KRFA 3DMJA 3O3FA 3SQ1A 3QEVA 3VQ5A 3ZT1A 1VSHA 3OYMA 3QNNA 1VK0A 4DQRA 3BDPA 5I3UA 3JYTA 2E4LA 4KTWA 3KLIA 3HPGA 4FLWA 3VA3A 2YNIA 2FBVA 4IFYA 3K59A 4EZ9A 1UOCA 4UQGA 3QLHA 5JS2A 4KB0A 3KLHA 3D45A 1LW2A 4Y1DA 4BE1A 1HYVA 1GOAA 4W5NA 1NOZA 4JRPA 3CFPA 3QO9A 5CY4A 1NOYA 4CF0A 1HMVA 4IKFA 2VG5A 1EXQA 3L3VA 2HHWA 1RT3A 4BWJA 3ZCMA 2HHSA 2F8SA 3QETA 1VSJA 4QAGA 4AHRA 4FCYA 4KI6A 1G15A 3ZSOA 2DY4A 4N5SA 3HVTA 5DK5A 4JS5A 2BANA 4J2AA 5D3GA 1SKRA 1HRHA 4K8ZA 1R0AA 3QEWA 4LD0A 3OS0A 1T03A 2YKMA 3T3FA 4FXDA 4H4OA 4DS5A 4M42A 2WONA 4DFJA 1RBSA 2GV9A 1LWEA 4ZTFA 4N76A 1IO2A 1CZBA 1HNIA 2Q3SA 3M8RA 1VSLA 3G0ZA 5J2MA 1D9DA 1VSIA 5KI6A 3L2QA 1RCHA 4FJ5A 2HVHA 4FJMA 3K2PA 4FZXC 4FJHA 2GUIA 1ASVA 1J54A 4PQUA 4FJKA 4M3UA 3PUFA 3WNEA 1RT6A 3ZT2A 2RN2A 4Q0BA 4DTOA 3QEIA 2XY8A 1XHXA 2VG6A 2ZQBA 3AVJA 4E3SA 3TABA 2Z1HA 4O5BA 3DLKA 3VQ9A 1RT1A 3VA0A 3DLHA 3DRPA 1U48A 1BI4A 1EP4A 1GOBA 5DMRA 3OYHA 4I2PA 4CHPA 1J53A 4DMNA 4LSNA 4RW6A 4HUEA 5J2PA 4CF1A 3LP0A 4CEFA 3DM2A 5HRPA 4FJGA 3ULDA 4CGFA 3AO5A 3S3OA 4KHWA 2ITGA 4CJQA 2RPIA 3LPTA 2YNGA 2F8TA 4IG3A 1TKDA 4DSIA 4OPKA 3VQDA 4H4MA 1KRPA 1A5VA 3NF6A 4FVMA 4CGHA 1ASWA 2EHGA 2FBXA 2X6NA 3NE6A 2G8VA 2PZSA 4ELUA 3LANA 3OYGA 3JSMA 1JL2A 4B3OA 3DRSA 1W0HA 1U49A 4KREA 5J1EA 4PY5A 1TVRA 2Z1JA 1K6YA 1S1XA 2HVIA 1JLEA 5HRRA 5SZTA 2OPPA 1HNVA 4CJ3A 3NDKA 2OPSA 3BGRA 3SQ2A 3MECA 1TL3A 4DFPA 2QKBA 1SL0A 4OLAA 1RBVA 5E41A 3ZSXA 1C1AA 1YT3A 4DF4A 3SCXA 1NK7A 2OA8A 1S5JA 2PYLA 3TI0A 4OKJA 3ASMA 3C95A 3AO4A 5HRSA 1BQMA 3NH2A 1N6QA 4CJ4A 5J2QA 1C0UA 1C0MA 4F2SA 1FKPA 4I9LA 4CCHA 1CLQA 4FLVA 4H8KA 3FFIA 1RNHA 4CECA 3AVBA 4CEQA 4LY7A 3SQ0A 2RKIA 3ZT3A 2LSNA 2D0BA 4DTXA 5FRMA 2D5RA 3G10A 4BACA 2FBYA 4Q5VA 1X9SA 2HHVA 3EZ5A 1JLAA 4CIFA 4DSKA 4HCCA 3U3YA 1Z25A 4DFKA 4C8NA 4M3XA 2W42A 3K5MA 1U47A 5CYMA 1KTQA 4FM1A 3TAFA 3HK2A 3ZSVA 1NK5A 3KKRA 2D0CA 2B6AA 4Z4GA 4O0IA 2YV0X 3F73A 3V81A 2OZSA 3ITHA 4O44A 1T8EA 1JXBA 3KD5E 3ISNC 4EZ6A 4CEBA 1KFSA 4EP5A 1KCFA 4HTUA 5FDLA 3LWLA 1EX4A 4OGEA 5HLFA 1KSPA 2B5JA 1BCMA 3QEXA 4DWIA 4O55A 3L2WA 1XI1A 4PA1A 1Q9YA 3HVRA 1JLCA 1KVCA 2VWKA 3NF9A 4CK1A 3QERA 3V4IA 1JLBA 4DU3A 3S3NA 4HVJA 2O4GA 1NJZA 3OYFA 1IKVA 4FJIA 4LH4A 4CJTA 4FK4A 3DLRA 3DLEA 4ICLA 2OPRA 4CF8A 4DLEA 1KFDA 3AVLA 2VG7A 3I0SA 4DSEA 3SUOA 2HNZA 4MFBA 4DTJA 1RILA 1A5XA 4CHQA 3LDSA 2Y1JA 4AH9A 3RMAA 1BL3A 4KPYA 3PX0A 1LWFA 4OJRA 4CFDA 4E1NA 3TAQA 4DQPA 3AA3A 1RT7A 4R5PA 5JS1A 1LWCA 1RTHA 4W5OA 1VSKA 1X1PA 3M8SA 2R7YA 3OYIA 1LAVA 2B4JA 3AVFA 3LZIA 3I8DA 3A2FA 4OVLA 1EETA 1RDBA 1WN7A 2NUBA 4DTMA 4FLUA 4KI4A 1S9GA 3AVMA 1YTAA 3NGYA 4CEEA 1S1VA 3KK1A 2HW3A 4CK3A 1QTMA 1RBRA 1UAXA 4DU4A 2P5GA 4CEDA 5SWMA 3OY9A 2G8KA 3SI6A 4KHQA 3AA4A 4KB1A 2F96A 3AA5X 4E0DA 3B6PA 4ZHRA 4CIEA 1FK9A 5KTQA 5J2NA 1IG9A 1RTDA 2G8UA 2P5OA 5FRNA 3AO1A 3K5OA 4E7HA 1HQEA 1TKZA 3OYNA 1TK5A 4CESA 4CEOA 4I7FA 4W5QA 3MXMA 1QQCA 1RDDA 2A1SA 2I5JA 3CM5A 3LWMA 2JGUA 3M8QA 4RW8A 1IKYA 3QIOA 3OJSA 3T1AA 3OVNA 4B9SA 2QK9A 1TGOA 1IKXA 3NFAA 1RTJA 3MXIA 2FBTA 4KKOA 4NYNA 3OJUA 1NK8A 2G8FA 3ZSRA 4BDZA 3L2RA 4J2BA 1WLJA 4B9TA 2JLEA 3AVAA 4FM2A 1UA0A 1NK4A 3HPHA 4NYFA 5CZ2A 3T19A 3VQCA 1TV6A 4FJNA 3RMBA 3AVGA 5HROA 2KZZA 4CJPA 3ZT4A 1RBUA 3P1GA 3LZJA 3U3GA 5HP1A 2HHXA 4DTUA 1GOCA 2HB5A 5HBMA 3VQPA 5C42A 1NKEA 2P1JA 4YNQA 4JRQA 1C6VA 1NJWA 4CJSA 3P5JA 3V9SA 4I9QA 1S6QA 3RMDA 4OLBA 4LH5A 3K57A 4B8AB 2EX3A 3QINA 1CXQA 4KHUA 4HHTA 3HP6A 1U04A 4IFVA 1NKBA 2OPQA 4AHVA 4DTSA 4M45A 3NAEA 1B9FA 5C24A 4NCAA 4E19A 1S6PA 4RW4A 4NCBA 3HL8A 2YHBA 3HXMA 3K5LA 3CFRA 2IDOA 4DTRA 3AO3A 4CGGA 4HUFA 4DLGA 1HYSA 1KVAA 3RRHA 1BQNA 1C1BA 4IDKA 4CJUA 4CEZA 3HM9A 4QOZB 2KFNA 4KHYA 1S1UA 4B8CA 3VQ6A 2IC3A 4RW7A 3CFOA 3O3HA 1QS4A 2HHQA 3LP1A 3O4QA 2E6MA 4KHSA 4XIUA 2O4IA 2BE2A 4B9NA 3TAPA 5C25A 3KD1E 1BIZA 1ITGA 1WAFA 4TSXA 3L2VA 1NK9A 3DI6A 2PY5A 1WSEA 2AJQA 1VSEA 2E6LA 3LPUA 3S3MA 3SPZA 4F2RA 3AV9A 4DQSA 4IG0A 4DQIA 3SUNA 3CYMA 4QCLA 3CG7A 3HYFA 4CHYA 3NGIA 1TKTA 1S1TA 2DFHA 2XY7A 4J2EA 1ZBHA 1I39A 3KKSA 3KTQA 3DYAA 4KHNA 2GBZA 1ZBFA 4FM0A 4FZYA 4OKEA 1QSSA 3DLGA 4IBNA 3NHGA 1SL2A 4DSJA 3D0PA 3OYKA 1L3UA 2D0AA 3VQ7A 4BE0A 1XC9A 4F3TA 1RBTA 3RR7A 3PV8A 4Z4EA 4E7IA 1YTUA 2Z1GA 3ZSYA 1ZBUA 1SV5A 1BGXT 1T05A 4C8OA 3TAGA 3UIQA 4FW2A 4M3RA 1QSYA 1J9AA 4Z4CA 1RTIA 1F21A 4FK2A 3I0RA 1ASUA 4CEAA 1RT4A 1S9EA 1L3VA 1QSLA 3LAKA 3LP2A 1Q8IA 1WNSA 2YNHA 4CJKA 4FJJA 4BE2A 3AVHA 3OYCA 5FROA 1FKOA 2KQ2A 4ID5A 4CFBA 2G8IA 4CFCA 3OS2A 3TWHA 1C1CA 3V6DA 1O1WA 2HNYA 3DRRA 2Y1IA 4F8RA 3HSTB 3KLEA 4BDYA 1KLNA 3HO1A 3RRGA 3ALYA 5KGXA 1L5UA 2DFFA 4OGCA 3TAMA 4FLYA 1SUQA 4LSLA 4CFAA 3HT3A 3L8BA 1JXEA 1WSGA 2QXFA 4AHSA 3O4NA 1NK6A 1T7PA 1N5YA 1NJXA 4E1MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Z26A 3TANA 4OPJA 1D8YA 3MEEA 4V19S 1XNQK 2CGKA 3KZBA 3M8PA 5EX5A 1SL1A 2OYQA 4BR2A 3H6EA 3OYAA 4E89A 3OYBA 2QWRA 1CZAN 3MMVA 2DPNA 1HNZK 2ZGYA 3WXLA 4EAHD 1HPZA 3VF6A 4WFBL 5JLFA 2Q0RA 3KJVA 4DUYK 1VSFA 1YVUA 1KAXA 4E7JA 3S41A 3E01A 4DF8A 3BF1A 1P90A 3N4QA 3UKUA 1NJYA 4CI6A 4I2QA 3O9TA 1J5OA 4DR7K 3NF7A 3ZETB 1I3AA 1NLVA 1BHLA 1D4XA 3IAYA 1RDUA 3SJJA 4JLHA 4K42A 4JKDA 4JI8K 3CJBA 3VN5A 3SV3A 3H3NO 1VAZA 4ILGB 3NF8A 4DTNA 1B92A 1FJGK 1JKHA 1HNXK 3LAMA 2OZMA 3VEXA 3THXB 3L2UA 2GEMA 4DB3A 1HQUA 3CM6A 3A5LC 3V9UA 5DM6L 1U4BA 3G6EN 3CHWA 2OTLN 5EU7A 1HUXA 4K8XA 4KAZA 4PKGA 3VPZA 1T3VA 3L3UA 3SQ4A 1KAZA 2PAVA 4NLBA 2BDPA 1VRUA 3AVIA 4BRAA 3CCSN 2QI2A 4Y1CA 4DG1A 4YORA 4CJWA 3DLLL 1WAJA 2E2QA 5CHIA 5MLCQ 3VOVA 3NCIA 3TAEA 3SUQA 2VWJA 3S9HA 4CZIA 1HJRA 5GAEP 4O8KA 5JLHA 4FYDA 1VSDA 5JICA 1VQPN 4MQ3A 1S3XA 3ZT0A 3THVA 2P9SB 2FXUA 3QEPA 4X64K 3AO2A 1QHTA 4KFBA 2W41A 2HNDA 3LALA 4CZFA 4A61A 1NGAA 4GVMA 4DS4A 4FLZA 2FF6A 5AR0A 4CK2A 3VQQA 4N56A 2X78A 4B1UB 4FJ9A 3HJFA 1EWQA 3EKUA 1B9DA 3MWTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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