4Z4XA

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20d25n with open flap
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLNTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Conformational variation of an extreme drug resistant mutant of HIV protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4z4xA00
3FNUA 5E5JA 5OZAA 3WZ6A 3R0YA 3FNSA 4DV9A 1SDVA 5P0XA 5P5AA 4GJ7A 2OAHA 5P8GA 4YD4A 5P8OA 4FM7A 5P80A 3HDKA 5P2UA 4Y5EA 2FMBA 2BPVA 2FDEA 1FB7A 4YHQA 1B5FA 3S85A 1T7IA 1PFZA 4Y4AA 1APVE 3PI0A 3S8IA 3SA3A 4TRWA 4NPTA 3EKXA 5P4OA 4OBGA 3U71A 3QP0A 2FGUA 4JPCA 3OQFA 4QJ7A 2ANLA 3TPJA 1ODWA 2OHUA 2V13A 3NU9A 4K9HA 5P8AA 3MSKA 4Y51A 1GNNA 4FAFA 4IVTA 5P5FA 5CLMA 5P7FA 5P6KA 4EHCA 4JPEA 5OZ0A 2CEJA 5BWYA 2XFKA 2AOJA 2OHLA 1LYWA 3IN4A 5P4ZA 3QAAA 1WBMA 3G70A 4KUPA 4DJPA 4GYEA 2ZJHA 5DQ1A 1FMUA 1MRWA 3EM4A 3MSJA 5AH7A 5P4QA 2XFIA 2V16C 5P5DA 4AMTA 4B72A 3OXVA 5P0KA 5ISKA 3BHEA 5P77A 2PSGA 4J0ZA 4CPQA 1HVJA 3PSGA 5P8MA 1EPNE 3KFRA 5P64A 5OZ3A 3SKGA 5P4TA 2ZJIA 1IBQA 2NXLA 3D1YA 5P3BA 1EPME 5P2BA 5P0CA 4CPWA 5P24A 5P0EA 2JE4A 5P7VA 4ZPEA 3H0BA 1DPJA 5P6EA 3IVHA 4LXAA 4FSLA 4FM6A 5P5TA 1EC3A 1HPVA 4Y36A 4YOBA 2IENA 4OBZA 3UFLA 5P5GA 3RTNA 1SDUA 4ACXA 3NU5A 3RSVA 2HPFA 5P8QA 4RVXA 5P1VA 2IS0A 3PCZA 1EPRE 2VIEA 3GI4A 5P3IA 1ZPAA 5T4SA 3BXSA 2IEOA 5P89A 3MSLA 1A30A 5P2SA 3S43A 3S53A 2I4UA 5P2OA 2VA5A 4CPRA 1ZBGA 4Q1WA 4Y37A 1FQ7A 5P1CA 2I0DA 4GIDA 3OQ7A 1NPAA 3UQUA 5OZSA 4Y3JA 3D20A 1W51A 5P82A 1GVUA 3NDXA 1PSNA 4EPJA 3FX5A 3PBZA 5P68A 2O4SA 5P3YA 2AOEA 3IN3A 5KQFA 3VSXA 4AUCA 5P6DA 4CP7A 1LS5A 1IDBA 3L5BA 5P02A 5P5EA 3D91A 1D4IA 2WF2A 3QVCA 4Y3YA 5HE4A 3EKWA 2J9KA 5P2ZA 5P3JA 2R5PA 4J0PA 1YTJA 5E5KA 5PEPA 3SABA 5OZ2A 4HZTA 5P6WA 3O99A 5P2YA 5P6MA 1HVCA 5P4UA 1WKRA 5OZFA 1IIQA 1LEEA 1HVLA 5P7UA 3KMYA 3BGCA 5P5VA 1EPPE 5SY2A 3OY4A 4EQJA 1MTRA 3GI5A 3HAUA 5P74A 5P6ZA 4JOOA 1MERA 3MWSA 4FRSA 5P00A 1MT7A 3GW5A 4EXHA 1SIPA 1T3RA 3IAWA 3FKTA 1HWRA 5P1NA 2RSPA 4KE1A 2G69A 3L59A 3L38A 5P1HA 2VA6A 4Y47A 2FDPA 4B1CA 2F3EA 4UPJA 4EJLA 1NSOA 2AOHA 4RZ1A 2I4QA 2QZWA 2B8LA 4Z4XA 2B7FA 3OUDA 1FQ6A 5OZOA 3SFCA 1LYAA 1MVPA 2VA7A 4LAPA 5P0ZA 3PM4A 5IVRA 3RVIA 4YD6A 4Y4BA 5FIVA 3ECGA 3MXDA 3KA2A 1XE5A 3TPRA 4GJ8A 4YD5A 2QZLA 5P6XA 1YX9A 3UDMA 5P0FA 4Y3FA 1FEJC 3CIBA 2OHRA 3WB4A 5P8TA 5P4EA 4ZLSA 5OZ7A 1FQ4A 4FRJA 2IGXA 1SMRA 5P0UA 5P1MA 5P15A 5P6JA 5P0PA 4CPTA 2P3BB 2AVOA 5P6HA 1MEUA 2QMFA 5OZ4A 4DJXA 4I0FA 3LZVA 3D3TA 2IRZA 3U7SA 4I10A 1T6GA 5P6YA 3EXOA 5IE1A 3IA9A 2Q64A 4ZSMA 5P34A 5P54A 2BKTA 5P4GA 1UH8A 2QU2A 5P7RA 5P3EA 3CMSA 3INFA 3SA5A 1HSGA 5P43A 3T6IA 3UFNA 1KJFA 5I3WA 5P1GA 3PCWA 3PMYA 3TH9A 4NJSA 1NPVA 2UY0A 1ZSFA 4Y53A 5P5BA 5HTZA 4QJ8A 4RYGA 4DQBA 2HIZA 5P0MA 4L7JA 1FIVA 5P2LA 5P4XA 5P3AA 1T6EX 2ZHSA 3UDRA 2FDDA 5P1ZA 2WF4A 4TVHA 2R38A 2WJOA 3OADB 1KJHA 2H6SA 5P6TA 5P4JA 2G1NA 3N4LA 5P4NA 4J17A 5P39A 2WKZA 2QHCA 5P4WA 5P8EA 5OYRA 3PJ6A 5P3OA 1IVPA 3O9LB 5P22A 4Y4UA 4FRIA 5P05A 4TRZA 2CEMA 5P85A 3VF7A 1BWBA 5P30A 3R1GB 1ZAPA 5P78A 4JECA 4FS4A 5C9BA 1LYBA 5P25A 1ODXA 2V11C 3CKTA 1HXWA 1HOSA 3VF5A 2PK5A 5P32A 4NPUA 4EJ8A 4H3JA 2WEBA 5P5RA 4ER2E 4TVGA 3PB5A 1VIJA 5OZDA 2G24A 3Q70A 2VNNA 3SA7A 3CYWA 2QI7A 3NWQA 3OHHA 2R43A 4Y3GA 1TZSA 3ZKMA 5P5UA 2RKFA 5P4CA 2HPEA 2ZHRA 5P8IA 5SZ9A 5OYUA 4J1KA 1F34A 5P4RA 4I0DA 3CICA 1EBYA 2QMDA 2OHTA 2Q55A 2I1AA 5COOA 4B78A 4Y5NA 3SACA 4B70A 1HIIA 3FSMA 4XX4A 1RNEA 1MUIA 3NU6A 2F8GA 5B18A 4AZYA 5P5LA 5P0IA 5F00A 4PZXA 3OU1B 4RGHA 6FIVA 4L7GA 1BXOA 1GVXA 5P1RA 3ZPUA 3AIDA 1DP5A 3IVIA 5P6IA 4OD9A 3HAWA 1A8KA 3CIDA 1DMPA 2A1EA 4FCOA 3PSUA 5P7AA 3UDNA 3QIHA 4HVPA 3UPJA 1BDQA 1BAIA 4R8YA 5IVQA 4Y3WA 5DQ2A 3VYEA 2FLEA 2QHZA 4EXGA 1BVGA 5P1SA 3I2LA 5OYZA 1QDMA 5DR7A 5P29A 3ER5E 1FLHA 2AZCA 2FXEA 2SAMA 3UQWA 5EZXA 2Q15A 3OU4A 1TCXA 4QJ2A 5P6NA 5P04A 4NJUA 1YTHA 5P27A 4H3IA 3VF3A 4DFGA 3EKPA 2BPZA 1OEWA 1BDLA 1HVHA 1BDRA 3JVYA 5P31A 2WEDA 1APTE 3LNKA 4LXKA 1D4KA 3U6AA 3JVWA 5P60A 4EP3A 5TOLA 5P2DA 1B6JA 3DCKA 4K4RA 4Z22A 3S2OA 3SM2A 3VV8A 1C6ZA 2PK6A 2G26A 3BGBA 3O9IA 1K6VA 2OHMA 1EPQE 4D83A 2P3DA 5P6OA 5OZXA 2OHQA 5DR3A 2NXMA 5HDVA 5P7XA 3T3CA 2QAKA 5P0AA 5P76A 1FFIC 1AJXA 1META 3DV5A 4JP9A 3EMYA 1DAZC 2IKOA 3LZUA 5DR0A 3KF0A 1FG8C 5OZUA 2QNNA 1BV7A 3BC4A 3TNEA 2QI1A 4ZE6A 4I11A 4Y3DA 2ZJLA 5JG1A 5P2EA 3WSJA 4F76A 4QJ6A 5P4MA 3ZPTA 5P7IA 4Q1NA 5I70A 5P72A 4I0HA 5P1WA 1OHRA 2JJJA 5P12A 1Q9PA 5OZVA 5P5PA 5P2VA 1E80E 5P2FA 3UDKA 5P1UA 3ZMGA 3T7QA 3ZL7A 5I3YA 5P14A 1J71A 1K1TA 2F81A 3BUGA 3WZ7A 5P3CA 4LXMA 3EBZA 1IZDA 3UHLA 3UDYA 5SY3A 4MC2A 5OZPA 3NDWA 1HIVA 1AM5A 3PGIA 4PHVA 1WBKA 3INDA 5P6VA 4Y41A 3OGPA 5P51A 1QRPE 4Y3EA 5P36A 3NUJA 5P2IA 3NLSA 5P10A 4APEA 1CMSA 4M8YA 4FE6A 2AVVA 5P0GA 4NKKA 4RYCA 4DJRA 3QI1A 3KT5A 5P7SA 1HVKA 5P20A 5P3DA 3D1ZA 2HS1A 2VIZA 3UDQA 4I8WA 2HS2A 4DJYA 2ZHVA 3NU4A 2Q54A 3LIQA 1EPOE 5IVSA 2JXRA 5OZCA 4FSEA 1Z1HA 5ENKA 5P17A 3UQPA 4M8XA 3VSWA 4RVJA 3L5FA 5P3XA 3A2OA 4EQ0A 2AZ8A 2G22A 1HPXA 2AVMA 5KQZA 4Y5KA 4Y9WA 5P7BA 1PROA 4I12A 5P6FA 3KDCA 5P1OA 3O9CA 4EWOA 5AH6A 4Y3QA 5P4DA 2G27A 1K2CA 1HPSA 4U7QA 2FS4A 4B00A 2G1SA 4YD3A 2PH8A 5P7OA 3LIXA 3OUCA 4RRNA 4R91A 4RCDA 4COEA 2Z54A 3CKRA 3URLA 5P47A 3OUBA 4PPHA 1SH9A 3PI5A 1EEDP 5OZZA 3WZ8A 1QS8A 4DQHA 2WL0A 5HCOA 4GJCA 5OYXA 4OBKA 2ER6E 2J9JA 2ZJJA 2O4KA 1FQ8A 2PQZA 3L5DA 2RMPA 2G1OA 1MRXA 3ZOVA 4NJVA 2QD7A 3TPLA 5KR0A 3BRAA 2RENA 2VNMA 5P0JA 3TOFA 4DQFA 2PWCA 4J1EA 3S7MA 5SXNA 7UPJA 2RKGA 1UH7A 4Y3HA 3HZCA 5COPA 3SAAA 3OU1A 3HVGA 3PWMA 2PYMA 1HTGA 4D8CA 2Q11A 3R4BA 4YBFA 3OU3A 4GJDA 3KN0A 5P1AA 2VS2A 1A9MA 2UXZA 4GB2A 3APRE 5OZJA 4Y5CA 4HE9A 5P1BA 2P3AA 4Y5MA 4ER4E 3SPKA 3G6ZA 1EC1A 3OAGB 4RVIA 1QBTA 3L3AA 5P5SA 1T7KA 3QN8A 5P4PA 2ZHTA 3QRVA 1HSIA 1QBRA 2AOGA 4F75A 5P70A 7HVPA 1W5WA 2UPJA 4EJDA 1W5YA 4L6BA 2OHSA 2IQGA 4DJUA 3UQXA 4S1GA 4ER1E 2F80A 4B1EA 1HRNA 1EAGA 2NTRA 3SO9A 5BS4A 5I3VA 4YE3A 1D4SA 2BKSA 5OZMA 1TCWA 1ME6A 5P56A 1K6PA 5P1FA 5P87A 2VJ9A 3HD8A 3OXXA 5P5NA 2G1RA 2QMGA 1APWE 3OXCA 5HDXA 1PPLE 2WECA 3PBDA 2NXDA 1M4HA 3VYFA 1GNMA 4NJTA 2HB4A 4Y3XA 4YDFA 2IKUA 3MXEA 2R9BA 4I0JA 4Y4GA 4E43A 4GMIA 4L1AA 1MSNA 4OBDA 1KZKA 1PSOE 3UDJA 3LINA 1HXBA 3SKFA 2WF3A 1C70A 3SLZA 5P45A 1B5FB 4R93A 3EL0A 3VEUA 5JFUA 3NDUA 5P8RA 2R8NA 1BV9A 2BBBA 5P57A 2R3TA 5OZNA 3NUOA 5AH8A 5DR1A 5P5XA 5P0QA 4HDPA 3VFBA 2AZ9A 4N00A 5P3FA 3C9XA 4Y3ZA 4DJOA 5P37A 2F3KA 3K5CA 5P8PA 3FIVA 4B0QA 4Y56A 2PMAA 3GGUA 5OYYA 2R5QA 1LYWB 1SMEA 3T11A 1PPME 3VLAA 3EL4A 2ER9E 1SDTA 2NNKA 5P88A 1G0VA 3K4VA 1M0BA 3I25A 4GJ9A 4DQEA 1ZSRA 5P65A 1YM4A 4LL3A 5P1IA 5P8SA 5P7WA 3TPPA 4CPSA 2I4DA 1XL2A 5P61A 4Y5LA 5P58A 1C6XA 3SA9A 4F73A 1AIDA 1NH0A 4Q1YA 5OZ9A 3KFPA 4LC7A 3PWRA 4Y4JA 2BB9A 2XYFA 1G2KA 4Y4TA 5P62A 1BVEA 2HC0A 5P86A 4DVFA 3L5CA 2NMYA 4RRSA 4CMSA 3LZYA 5ENMA 1HEFE 2FXDA 2H6TA 3EM6A 5P66A 4OBZB 3LZSA 5KR2A 1W50A 5P2HA 4Y3MA 3HBOA 3TOGA 3SA6A 4J1CA 2FGVA 1C6YA 2AIDA 2ZGAA 3B80A 5P5OA 3OTYA 5P5YA 2FNTA 1TW7A 5P0OA 3O9HA 3APPA 5P5WA 1XN2A 3NDTA 4ZPGA 4RLDA 5P40A 4J1IA 1IZHA 1MT8A 1AXAA 1KJGA 4H3GA 5HCTA 2AOCA 4BFDA 3QBFA 4L7HA 5P1DA 5P55A 3K5FA 1E5OE 2V00A 3HW1A 3LPKA 4KB9A 3VLBA 3KMXA 3RTMA 4R95A 1HVRA 4Y5BA 5P7PA 5P35A 1AZ5A 3CKPA 1EBWA 3I7EA 2QI5A 5DPZA 2O4LA 1IZIA 1XL5A 3F9QA 5P03A 1AVFA 3O9BA 2P3CA 3JW2A 5P81A 4XX3A 1HTFA 3EC0A 5P50A 3BUFA 5OZRA 2APRA 1BXQA 2QD8A 4HA5A 5P8KA 2AOIA 3L58A 4DUSA 1SBGA 3VCMA 5P23A 3D1XA 2B8VA 4J1FA 5JFPA 2WEZA 1B6KA 4Y5GA 2VJ7A 3QVIA 1CPIA 3R2FA 5P5IA 1ZLFA 1MPPA 5KQYA 4DQGA 2HB3A 1XN3A 5P4FA 4DJWA 4CPXA 3OHFA 4Y50A 1HBVA 2VIYA 5P13A 2O4NA 4D88A 1HSHA 5P3RA 5P1YA 2ZYEA 4YCKA 1FQXA 3HVPA 4I0EA 5P3GA 5P1LA 4WTUA 3EL5A 3NYGA 2PYNA 2BQVA 5HU1A 1M43A 4Y6MA 3OK9A 5P26A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3FNU A;  5E5J A;  5OZA A;  3WZ6 A;  3R0Y A;  3FNS A;  4DV9 A;  1SDV A;  5P0X A;  5P5A A;  4GJ7 A;  2OAH A;  5P8G A;  4YD4 A;  5P8O A;  4FM7 A;  5P80 A;  3HDK A;  5P2U A;  4Y5E A;  2FMB A;  2BPV A;  2FDE A;  1FB7 A;  4YHQ A;  1B5F A;  3S85 A;  1T7I A;  1PFZ A;  4Y4A A;  1APV E;  3PI0 A;  3S8I A;  3SA3 A;  4TRW A;  4NPT A;  3EKX A;  5P4O A;  4OBG A;  3U71 A;  3QP0 A;  2FGU A;  4JPC A;  3OQF A;  4QJ7 A;  2ANL A;  3TPJ A;  1ODW A;  2OHU A;  2V13 A;  3NU9 A;  4K9H A;  5P8A A;  3MSK A;  4Y51 A;  1GNN A;  4FAF A;  4IVT A;  5P5F A;  5CLM A;  5P7F A;  5P6K A;  4EHC A;  4JPE A;  5OZ0 A;  2CEJ A;  5BWY A;  2XFK A;  2AOJ A;  2OHL A;  1LYW A;  3IN4 A;  5P4Z A;  3QAA A;  1WBM A;  3G70 A;  4KUP A;  4DJP A;  4GYE A;  2ZJH A;  5DQ1 A;  1FMU A;  1MRW A;  3EM4 A;  3MSJ A;  5AH7 A;  5P4Q A;  2XFI A;  2V16 C;  5P5D A;  4AMT A;  4B72 A;  3OXV A;  5P0K A;  5ISK A;  3BHE A;  5P77 A;  2PSG A;  4J0Z A;  4CPQ A;  1HVJ A;  3PSG A;  5P8M A;  1EPN E;  3KFR A;  5P64 A;  5OZ3 A;  3SKG A;  5P4T A;  2ZJI A;  1IBQ A;  2NXL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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