The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
73
|
sequence length |
318
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structure length |
305
|
Chain Sequence |
b'RHLIFSRFRPISVFREANEDESGFTCCAFSARERFLMLGTCTGQLKLYNVFSGQEEASYNCHNSAITHLEPSRDGSLLLTSATWSQPLSALWGMKSVFDMKHSFTEDHYVEFSKHSQDRVIGTKGDIAHIYDIQTGNKLLTLFNPDLANNYKRNCATFNPTDDLVLNDGVLWDVRSAQAIHKFDKFNMNISGVFHPNGLEVIINTEIWDLRTFHLLHTVPALDQCRVVFNHTGTVMYGAMLQSPFGSSFRTFNATDYKPIATIDVKRNIFDLCTDTKDCYLAVIENQGSMDALNMDTVCRLYEVG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis of Clade-specific Engagement of SAMHD1 (Sterile alpha Motif and Histidine/Aspartate-containing Protein 1) Restriction Factors by Lentiviral Viral Protein X (Vpx) Virulence Factors.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein VPRBP
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| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Viral protein/vpx-binding protein
|
| total genus |
73
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| structure length |
305
|
| sequence length |
318
|
| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature |
ec
2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase. |
| pdb deposition date | 2015-04-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 7 Propeller | Methylamine Dehydrogenase; Chain H | YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3OL2 A; 3AL8 B; 1A0R B; 2OK6 A; 2P9S C; 2H14 A; 3C5M A; 3OKY A; 5AMS A; 4CZX A; 2IWF A; 4JXM A; 3AL8 A; 4J8B A; 5EMJ B; 5SXM A; 3UVL A; 4OWR A; 3SFZ A; 4GGC A; 3UVN A; 4LGN A; 3CFV A; 2IUP A; 3SBQ A; 3RRM C; 1PI6 A; 3EI3 A; 4HDJ A; 3B7F A; 4J77 A; 4A0A B; 2W18 A; 5FXY A; 4J79 A; 4E54 B; 2H9N A; 5CXB B; 3I8E A; 5EM2 B; 3UVM A; 3BWS A; 4PXW A; 2AH1 A; 1N6F A; 3RN1 D; 3ZWL B; 3AFC A; 4ZOX A; 4FWW A; 5EMM B; 2P9N C; 4I79 A; 3I7O A; 2AH0 A; 2I0T A; 5HE1 B; 1NR0 A; 1R5M A; 3IKO A; 2HYE A; 2Z2P A; 4H5J A; 4IMM A; 3SVW D; 3J81 g; 4JD2 C; 2YNO A; 5B4W A; 5I5I A; 3EU7 A; 2H9P A; 4GQ2 P; 4ERZ A; 5FLX g; 2J57 G; 2Z2O A; 3SBP A; 3UVK A; 2I0S A; 1SQJ A; 3KRX B; 4A09 B; 3F3F A; 3EI2 A; 3E0C A; 4JSN C; 4JSV C; 4A2L A; 5CYK B; 3V9F A; 2HJB A; 3J80 g; 2CO0 C; 3AH8 B; 4PNK B; 2YNN A; 4J73 A; 5K1C C; 4L3H D; 1XHM A; 4E5Z B; 4L1Q D; 1GP2 B; 5EML B; 2BBK H; 5FKS A; 1SHY B; 3VGZ A; 4PBY A; 5I5J A; 3FM0 A; 3SMR A; 5CXC B; 3MKQ A; 4PSW B; 3IIW A; 1K32 A; 4A0B B; 3DXM C; 4CI1 A; 4KFM B; 4O1Q D; 1JMX B; 2PM7 B; 5IJ8 E; 4FA1 D; 5KDO B; 4U1E I; 1OMW B; 5IGQ A; 2P9K C; 3U4Y A; 1GXR A; 3SWS D; 4ERQ A; 2G99 A; 3EI4 A; 2TRC B; 2G9A A; 4QRJ A; 2B5L A; 4CY5 A; 1JMZ B; 5FKT A; 2BCJ B; 4J82 A; 2H6K A; 2IUV A; 3JRO A; 2CN2 A; 3EG6 A; 4D0K A; 2CN3 A; 3IJ0 A; 3BG1 A; 1ERJ A; 5EAM A; 5HQG A; 2QC5 A; 4O9D A; 3I7N A; 4BL0 A; 2PBI B; 2CO0 A; 4QL1 A; 3SBR A; 3MXX A; 4GMB A; 3RN0 D; 4ZOY A; 3EWE A; 3IIY A; 3DSM A; 2AQ5 A; 4ES0 A; 2CNX A; 4CI8 A; 4K3J B; 5GSA A; 1PGU A; 4J0X A; 4U7A A; 3SXT D; 3SLE D; 1PEV A; 4FA4 D; 2P9U C; 1YFQ A; 3PXT D; 3UR4 A; 4XYI A; 3EI1 B; 4ZOZ A; 4LG8 A; 3BG0 A; 3GRE A; 2P9L C; 4GQB B; 3OW8 A; 4GM8 A; 2OVQ B; 4OZU A; 4J81 A; 5THA A; 5HE0 B; 3FRX A; 1QNI A; 2HKR A; 4PSX B; 4A0A A; 4E54 A; 4UI9 R; 5IC7 A; 5CXB A; 1P22 A; 5EM2 A; 4H5I A; 4PC0 A; 4QT8 A; 1JOF A; 2HJ4 A; 4K3I D; 4JT5 C; 3I8C A; 1K8K C; 3MZL A; 3EMH A; 1TYQ C; 4MK0 B; 5H17 A; 5IJ7 E; 2AGY A; 3PSL A; 2XU7 A; 3CFS B; 3PVU B; 2B5M A; 3C99 A; 5GXH A; 2OIZ A; 1GOT B; 5TEE A; 5H14 A; 5C9Z B; 3VH0 A; 3IJC A; 3SN6 B; 2YMU A; 5EAP A; 4A09 A; 5I5M A; 5C2V B; 4O3T B; 3IJ1 A; 4GGD A; 4L9O A; 2I3T A; 5HYN B; 4ESG A; 5CYK A; 1L0Q A; 1XKS A; 4JSP C; 2Q7Q A; 3RLM D; 4A08 B; 3I89 A; 4TZ4 A; 3V5W B; 1B9Y A; 1XIP A; 1NEX B; 4E5Z A; 2AGX A; 5H1M A; 3I7H A; 4GM9 A; 2GNQ A; 1U4C A; 2YNP A; 5TDH B; 2I0R A; 4QQE A; 3I2N A; 2YBA A; 3KRW B; 2OK4 A; 3DWL C; 2PM6 B; 3V7D B; 3SCY A; 3N0E A; 5EAR A; 5CXC A; 4CI2 A; 5AJA A; 3W15 A; 3NVX A; 3JB9 L; 2AGW A; 4A0B A; 4EWR A; 5FQD A; 3DXK C; 4YVD A; 3L4M D; 1RI6 A; 3RFH A; 1MG3 A; 2IUR A; 3N0D A; 5IGO A; 3P4F A; 4CI3 A; 1S4U X; 4FAV D; 3JRP A; 3I7K A; 1N6D A; 3I7P A; 2HES X; 4X61 B; 5GXI A; 3K27 A; 3C75 H; 4ERY A; 1B9X A; 2XL2 A; 4ZN4 A; 3L4O D; 3OL2 B; 4Z8L A; 4BH6 A; 2H68 A; 4CZV A; 4J8G A; 3RMZ D; 2YB8 B; 3F3P A; 3A0F A; 4O45 A; 5TEF A; 3MKS B; 3OKY B; 3NVN A; 1VYH C; 4PBZ A; 2UZX B; 4J84 A; 4FHL A; 2I3S A; 3JPX A; 4N14 A; 3OTT A; 3RSE C; 3DM0 A; 3EI3 B; 4XYH A; 2H6N A; 2AGZ A; 4ZOV A; 3UKR C; 4R7A B; 3EI1 A; 2AGL A; 2IWK A; 4CY3 A; 3C9C A; 2EBS A; 4A7J A; 4GQ1 A; 4FB1 D; 4CZY A; 3JAM g; 5GMK n; 2J56 H; 5A2Q g; 1SQ9 A; 5EAL A; 5HE3 B; 4GGA A; 4X60 B; 4AEZ A; 2CE9 A; 1PBY B; 4AOW A; 3F3G A; 4JT6 C; 3SJL D; 4A2M A; 2H9M A; 2XL3 A; 2Z2N A; 3NVQ A; 5IT9 g; 5C2W B; 5FA5 B; 5HE2 B; 4Y7R A; 3JZN A; 2PM9 B; 1OLZ A; 2B5N A; 3VA6 A; 2H9L A; 3EI2 B; 5K19 A; 5TF2 A; 5FKR A; 3I7L A; 5EMK B; 4CY2 A; 4O3U B; 2IAA A; 1FWX A; 2PM9 A; 4LG9 A; 4X3E A; 4XEI C; 3PVW B; 4IA9 A; 2GC7 A; 4GZ8 A; 4L3G D; 3JZG A; 4JSX C; 3OKT A; 4D6V A; 2QXV A; 3GFC A; 1TBG A; 1MDA H; 2J55 H; 3ULE C; 3AL9 A; 3MZK A; 2H3X A; 3RFG A; 2OVR B; 4FA9 D; 4A08 A; 2IUQ A; 4A11 B; 2HKM A; 2B4E A; 5AFU 3; 2CE8 A; 3K26 A; 3MMY A; 1U2V C; 3CIK B; 3JZH A; 3FGB A; 4FAN D; 3ORV D; 3EI4 B; 4J78 A; 4A11 A; 3OKW A; 1GG2 B; 1MG2 A; 3PSC B; 2H13 A; 2P9P C; 4J86 A; 2XYI A; 4FA5 D; 2H6Q A; 2OJY A; 2P9I C; 3PE7 A; 2OVP B; 3UKU C; 4X63 B; 3PXW D; 4J87 A; 4G56 B; 3ODT A; 1N6E A; 2UZY B; 2O9K A; 4CC9 A; 4Y5R D; 1JJU B; 4BUJ C; 3UVO A; 2MTA H; 2H47 A; 3PXS D; 2GC4 A; 4NSX A; 3SHF A; 2HXC A; 4GM3 A; 3HFQ A; 4CY1 A; 5JWZ A; 4J0W A; 5FKQ A; 1Q47 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5M5R A; 3OL2 A; 3AL8 B; 2QR5 A; 1A0R B; 2OK6 A; 2P9S C; 2H14 A; 3C5M A; 3OKY A; 5AMS A; 2HU8 A; 4CZX A; 1UOQ A; 2IWF A; 4JXM A; 3AL8 A; 4J8B A; 5EMJ B; 5SXM A; 3UVL A; 4OWR A; 3SFZ A; 3EQ7 A; 4GGC A; 3UVN A; 2JKX A; 3CFV A; 4LGN A; 4JHN A; 2IUP A; 3SBQ A; 3RRM C; 1PI6 A; 3EI3 A; 4HDJ A; 3B7F A; 4J77 A; 4A0A B; 2W18 A; 5FXY A; 4J79 A; 1O6G A; 4E54 B; 1C9I A; 2H9N A; 5CXB B; 2VZ3 A; 3I8E A; 5EM2 B; 3UVM A; 3BWS A; 4PXW A; 2AH1 A; 1N6F A; 3RN1 D; 3ZWL B; 3AFC A; 4ZOX A; 4FWW A; 3O4G A; 3ZE0 A; 5EMM B; 1GOF A; 3K72 A; 2P9N C; 1QFS A; 4I79 A; 2HU5 A; 3I7O A; 5E6U A; 2AH0 A; 2I0T A; 5HE1 B; 1NR0 A; 1R5M A; 3IKO A; 4O02 A; 2HYE A; 2Z2P A; 4H5J A; 4IMM A; 4NC4 A; 3SVW D; 3J81 g; 4JD2 C; 2YNO A; 5B4W A; 5I5I A; 3EU7 A; 2H9P A; 4GQ2 P; 1UOO A; 4ERZ A; 5FLX g; 2J57 G; 2Z2O A; 3SBP A; 3UVK A; 2I0S A; 3IUM A; 1SQJ A; 3KRX B; 4A09 B; 3F3F A; 3EI2 A; 3FCS A; 3E0C A; 4JSN C; 4BP9 A; 4JSV C; 4A2L A; 5CYK B; 5C92 A; 3V9F A; 2HJB A; 3J80 g; 2CO0 C; 3AH8 B; 3MUO A; 4PNK B; 2YNN A; 4J73 A; 5K1C C; 4L3H D; 1XHM A; 4E5Z B; 4L1Q D; 1GP2 B; 5EML B; 2BBK H; 5FKS A; 3VI3 A; 1SHY B; 4RE6 A; 3VGZ A; 4PBY A; 5I5J A; 1QFM A; 3FM0 A; 4D9S A; 3SMR A; 5CXC B; 3MKQ A; 4PSW B; 3IIW A; 1GOG A; 1K32 A; 2VDK A; 4A0B B; 1T2X A; 3DXM C; 4CI1 A; 4KFM B; 4O1Q D; 1JMX B; 2PM7 B; 5IJ8 E; 4FA1 D; 1BPO A; 5KDO B; 4U1E I; 1OMW B; 5FFG A; 5IGQ A; 2P9K C; 5E6R A; 3U4Y A; 1GXR A; 3SWS D; 4ERQ A; 2G99 A; 3EI4 A; 3O4I A; 4AMZ A; 2TRC B; 2G9A A; 4QRJ A; 2B5L A; 4CY5 A; 1JMZ B; 5FKT A; 1I2M B; 2BCJ B; 4J82 A; 1VZ2 A; 2H6K A; 2IUV A; 3JRO A; 2CN2 A; 3EG6 A; 4D0K A; 2CN3 A; 3IJ0 A; 1VZ3 A; 3BG1 A; 1ERJ A; 5EAM A; 5HQG A; 2QC5 A; 4O9D A; 3I7N A; 4BL0 A; 2PBI B; 2VDM A; 2CO0 A; 4Z7Q A; 4QL1 A; 3SBR A; 3MXX A; 4GMB A; 3RN0 D; 2VDQ A; 4ZOY A; 3V4P A; 3EWE A; 3IIY A; 1E8M A; 3DSM A; 4DNU A; 3QI0 A; 2AQ5 A; 4ES0 A; 2CNX A; 4CI8 A; 2VDO A; 4K3J B; 1H2W A; 5GSA A; 2BKL A; 1PGU A; 4J0X A; 4Z7O A; 3IUQ A; 3NID A; 4U7A A; 3SXT D; 3IUJ A; 3SLE D; 1PEV A; 4FA4 D; 2P9U C; 1YFQ A; 3PXT D; 3UR4 A; 4XYI A; 2VZ1 A; 3EI1 B; 4ZOZ A; 3V4V A; 4LG8 A; 3BG0 A; 3GRE A; 2P9L C; 1H2X A; 4GQB B; 3OW8 A; 4GM8 A; 2OVQ B; 4BCC A; 4QAM A; 4OZU A; 4J81 A; 5THA A; 5HE0 B; 4DNV A; 3FRX A; 1VE6 A; 3GC3 B; 1QNI A; 2HKR A; 4PSX B; 4A0A A; 4E54 A; 4UI9 R; 5IC7 A; 5CXB A; 1P22 A; 5EM2 A; 4MMY A; 4H5I A; 4PC0 A; 4QT8 A; 3O4H A; 1JOF A; 2WQ8 A; 2HJ4 A; 4K3I D; 4JT5 C; 3I8C A; 1K8K C; 3MZL A; 3ZE1 A; 1E5T A; 3EMH A; 1E8N A; 1TYQ C; 4MK0 B; 5H17 A; 5IJ7 E; 4NEN A; 2AGY A; 3PSL A; 2XU7 A; 3CFS B; 3PVU B; 2B5M A; 3C99 A; 5GXH A; 1GOH A; 2OIZ A; 1GOT B; 5TEE A; 5H14 A; 5C9Z B; 3VH0 A; 3IJC A; 3SN6 B; 2YMU A; 5EAP A; 4A09 A; 5I5M A; 1U8C A; 4O3T B; 3IJ1 A; 5C2V B; 4GGD A; 4L9O A; 4NAA A; 2I3T A; 5HYN B; 4ESG A; 5CYK A; 2EID A; 1L0Q A; 1XKS A; 5M5S A; 4JSP C; 2Q7Q A; 3RLM D; 3ZDY A; 4A08 B; 3I89 A; 4TZ4 A; 3MVD K; 3V5W B; 1UOP A; 1B9Y A; 1XIP A; 1NEX B; 1YR2 A; 3O4J A; 4E5Z A; 2AGX A; 3FCU A; 2VDL A; 3I7H A; 5H1M A; 4GM9 A; 3EQ8 A; 2GNQ A; 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4GQ1 A; 4FB1 D; 4L1M A; 4CZY A; 3JAM g; 5GMK n; 2J56 H; 5A2Q g; 1SQ9 A; 5EAL A; 5HE3 B; 4GGA A; 4X60 B; 4AEZ A; 2CE9 A; 2VDR A; 1O6F A; 1PBY B; 4AOW A; 3F3G A; 4JT6 C; 3SJL D; 1VE7 A; 4A2M A; 2H9M A; 2XL3 A; 2Z2N A; 3NVQ A; 5IT9 g; 5C2W B; 4IRZ A; 5FA5 B; 5HE2 B; 4Y7R A; 5HDB A; 3JZN A; 4UM9 A; 2PM9 B; 1OLZ A; 2B5N A; 3VA6 A; 2H9L A; 3EI2 B; 5K19 A; 3KCI A; 5TF2 A; 1H2Z A; 4NBM A; 5FKR A; 3I7L A; 5EMK B; 4CY2 A; 3K71 A; 4O3U B; 2IAA A; 1FWX A; 2XZG A; 2PM9 A; 4LG9 A; 1A12 A; 4X3E A; 3PVW B; 4IA9 A; 2GC7 A; 4GZ8 A; 4L3G D; 4XEI C; 3T3M A; 3JZG A; 4JSX C; 1JV2 A; 3OKT A; 4D6V A; 2QXV A; 3GFC A; 1H2Y A; 1TBG A; 1MDA H; 2J55 H; 3ULE C; 3AL9 A; 3MZK A; 2H3X A; 3RFG A; 2OVR B; 4FA9 D; 4A08 A; 3EQ9 A; 2IUQ A; 4BCD A; 3ZE2 A; 4A11 B; 2HKM A; 3IUL A; 2B4E A; 5AFU 3; 1K3I A; 4G1E A; 2CE8 A; 3K26 A; 3MMY A; 5M61 A; 2VC2 A; 1JTD B; 3MUN A; 1U2V C; 3CIK B; 3JZH A; 3FGB A; 4FAN D; 3ORV D; 3EI4 B; 2QZP A; 4J78 A; 4A11 A; 3VI4 A; 3OKW A; 1GG2 B; 4AN0 A; 1MG2 A; 3PSC B; 2H13 A; 2EIE A; 2P9P C; 4J86 A; 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