The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
105
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sequence length |
267
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structure length |
266
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Chain Sequence |
EIRQNEKISYRIEGPFFIIHLINPDNLNALEGEDYIYLGELLELADRNRDVYFTIIQSSGRFFSSGADFKGIAKAQGDDTNKYPSETSKWVSNFVARNVYVTDAFIKHSKVLICCLNGPAIGLSAALVALCDIVYSINDKVYLLYPFANLGLITEGGTTVSLPLKFGTNTTYECLMFNKPFKYDIMENGFISKNFNMPSSNAEAFNAKVLEELREKVKGLYLPSCLGMKKLLKSNHIDAFNKANSVEVNESLKYWVDGEPLKRFRQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of yeast peroxisomal Delta (3), Delta (2)-enoyl-CoA isomerase complexed with acyl-CoA substrate analogues: the importance of hydrogen-bond networks for the reactivity of the catalytic base and the oxyanion hole.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Isomerase
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c)
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| molecule keywords |
3,2-trans-enoyl-CoA isomerase
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| total genus |
105
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| structure length |
266
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| sequence length |
267
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature |
ec
5.3.3.8: Delta(3)-Delta(2)-enoyl-CoA isomerase. |
| pdb deposition date | 2015-04-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00378 | ECH_1 | Enoyl-CoA hydratase/isomerase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3L3S A; 1UYT A; 3IBB A; 3HLN 1; 4OG1 A; 4F47 A; 3T3W A; 5MGB A; 4HC8 A; 4WYO B; 1TG6 A; 5KDR B; 1O8U A; 3ZWC A; 5DKP A; 1EF9 A; 3DOR A; 3KTK A; 4ELX A; 4JJT A; 2D3T A; 3R9S A; 4ASI A; 4YLH A; 4FNB A; 3ZWA A; 5INI A; 1EY3 A; 1FC7 A; 2F9Y A; 3H0J A; 1Q52 A; 2FW2 A; 5DU8 A; 4IZB A; 3HE2 A; 1UYR A; 3FF6 A; 2EJ5 A; 1UYS A; 4JVT A; 3H81 A; 4QIJ A; 3V5E A; 5KDR A; 4IZC A; 1FCF A; 2J5S A; 3BF0 A; 4U1A A; 2ZL3 A; 1UYV A; 2ZL2 A; 2UZF A; 1HNU A; 4JOT A; 5DTP A; 4JCR A; 1WDM A; 4ZU2 A; 1K32 A; 1UIY A; 4QFE A; 3OME A; 4OLQ A; 1HNO A; 1N6D A; 4NNQ A; 2F9I B; 3FDU A; 3TVU A; 3TLF A; 3HP0 A; 3R9T A; 3R6H A; 1DUB A; 3K50 A; 2PPY A; 4I4Z A; 5E0N X; 3SWX A; 3TZ3 A; 3R9Q A; 4JWV A; 3LKE A; 3KTH A; 3BPP A; 4JYJ A; 2VSU F; 2Q35 A; 4NEK A; 4HNK A; 3RST A; 1NZY B; 3QXI A; 3KQF A; 4FB8 A; 4JCT A; 3ZWB A; 2F9I A; 3HRX A; 1XNY A; 3TVW A; 4L6W A; 4WZ8 B; 5FUS A; 3QWD A; 3TT6 A; 1PJH A; 3JU1 A; 4K3W A; 1XNV A; 2ZL4 A; 3QMJ A; 5FIF A; 3T8A A; 2J5G D; 1J7X A; 3Q0J A; 5C9G A; 3WG5 A; 2IEX A; 3GLM A; 1OD2 A; 1NZY A; 4L8K A; 1ON3 A; 4FJW D; 2Q34 A; 4KD6 A; 4EML A; 3P5M A; 5DUC A; 5DZK H; 3H0U A; 2W3P A; 3STA A; 2CE3 A; 3NJD A; 1MJ3 A; 1RJM A; 3P2L A; 5DZK A; 3MFM A; 3H0Q A; 3DJA A; 1WDL A; 3U9R B; 3PEA A; 3HIN A; 2VSS A; 1WDK A; 3VIV A; 1OD4 A; 1SG4 A; 5JBX A; 3Q1T A; 5ING A; 5CTB A; 4K2N A; 4ZDD A; 1XO6 A; 4U19 A; 3ZW8 A; 3G64 A; 3Q0G A; 3OC7 A; 4B3J A; 1DCI A; 3V5I A; 3M6N A; 4ZDB A; 2X58 A; 4U0G A; 2CBY A; 5DL1 A; 4JCQ A; 4RYF H; 1N6E A; 3GF3 A; 1JXZ A; 3TDC A; 4FN8 A; 3GMA A; 1VRG A; 5INF A; 4RYF A; 3ST9 A; 1Y7O A; 3ZW9 A; 4FZW C; 4RCN A; 2Q2X A; 2WTB A; 2ZQR A; 1RJN A; 2GTR A; 3QXZ A; 3IAV A; 5IKL B; 5G1R A; 1YG8 A; 5DU6 A; 3T89 A; 4Q1I A; 3PZK A; 1SZO A; 2VSU C; 2A7S A; 2FBM A; 1K39 A; 2F6I A; 3KTJ A; 4WCZ A; 3R0O A; 3LAO A; 2VSS E; 4ZDE A; 1WZ8 A; 2NP9 A; 4MXI A; 4QII A; 4ELS A; 2ZQQ A; 5DU4 A; 3QKA A; 4JCS A; 1EF8 A; 3I47 A; 4EMM A; 1Q51 A; 4OMR A; 3ISA A; 2VSU A; 3PGQ A; 4FND A; 4KNP A; 4U0H A; 4K29 A; 2FZS A; 4ELW A; 3QK8 A; 2PBP A; 5DTW A; 2X24 A; 2PG8 A; 2QQ3 A; 2VRE A; 4I42 A; 3T8B A; 3TT7 A; 3H02 A; 3GF7 A; 3RSI A; 4JYL A; 2J5G A; 1X0U A; 5CTC A; 3P85 A; 2VSS F; 1FC6 A; 5G1S A; 2ZL0 A; 5E0S H; 3KTI A; 4B3I A; 3KTG A; 4GHN A; 3MYB A; 4KWB A; 5E0S A; 3PE8 A; 3Q7H A; 2VX2 A; 1PIX A; 3M6M A; 4MI2 A; 5DUF A; 3K8X A; 3T88 A; 4JFC A; 4U0G H; 4GM2 A; 2DEO A; 3BEZ A; 4ZDF A; 3TRR A; 2A7K A; 2VSU E; 4I52 A; 4U18 A; 4DI1 A; 3TV5 A; 5KJP A; 4B3H A; 3N6R B; 4LK5 A; 2J5I B; 2J5I I; 4IZD A; 4G2R A; 4KPK A; 1ON9 A; 2A81 A; 1YG6 A; 4EMP A; 3IB9 A; 3GKB A; 3QYR A; 1XX4 A; 3MOY A; 1HZD A; 1FC9 A; 2DUB A; 4Z0M A; 2HW5 A; 3MT6 A; 5G1Q A; 1XNW A; 3QRE A; 4Q0G A; 3OT6 A; 1N6F A; 3NJB A; 3RRV A; 5C90 A; 1W2X A; 2BZR A; 4JSB A; 2F6Q A; 2C8T A; 4MOU A; 1TYF A; 4FN7 A; 2J5I A; 4FZW A; 4ZDC A; 2F9Y B; 3U9T B; 3SLL A; 3U9S B; 5JBW A; 3H0S A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3L3S A; 1UYT A; 3IBB A; 3HLN 1; 4OG1 A; 4F47 A; 3T3W A; 3BPT A; 5MGB A; 4HC8 A; 4WYO B; 1TG6 A; 5KDR B; 1O8U A; 3ZWC A; 5DKP A; 1EF9 A; 3DOR A; 3KTK A; 4ELX A; 4JJT A; 2D3T A; 3R9S A; 4ASI A; 4YLH A; 4FNB A; 3ZWA A; 5INI A; 1EY3 A; 1FC7 A; 2F9Y A; 3H0J A; 1Q52 A; 2FW2 A; 5DU8 A; 4IZB A; 3HE2 A; 1UYR A; 3FF6 A; 2EJ5 A; 1UYS A; 4JVT A; 3H81 A; 4QIJ A; 3V5E A; 5KDR A; 4IZC A; 1FCF A; 2J5S A; 3BF0 A; 4U1A A; 2ZL3 A; 1UYV A; 2ZL2 A; 2UZF A; 1HNU A; 4JOT A; 5DTP A; 4JCR A; 1WDM A; 4ZU2 A; 1K32 A; 1UIY A; 4QFE A; 3OME A; 4OLQ A; 1HNO A; 1N6D A; 4NNQ A; 2F9I B; 3FDU A; 3TVU A; 3TLF A; 3HP0 A; 3R9T A; 3R6H A; 1DUB A; 3K50 A; 2PPY A; 4I4Z A; 5E0N X; 3SWX A; 3TZ3 A; 3R9Q A; 4JWV A; 3LKE A; 3KTH A; 3BPP A; 4JYJ A; 2VSU F; 2Q35 A; 4NEK A; 4HDT A; 4HNK A; 1NZY B; 3RST A; 3QXI A; 3KQF A; 4FB8 A; 4JCT A; 3ZWB A; 2F9I A; 3HRX A; 1XNY A; 3TVW A; 4L6W A; 4WZ8 B; 5FUS A; 3QWD A; 3TT6 A; 1PJH A; 3JU1 A; 4K3W A; 1XNV A; 2ZL4 A; 3QMJ A; 5FIF A; 3T8A A; 2J5G D; 1J7X A; 3Q0J A; 5C9G A; 3WG5 A; 2IEX A; 3GLM A; 1OD2 A; 1NZY A; 4L8K A; 1ON3 A; 4FJW D; 2Q34 A; 4KD6 A; 4EML A; 4NAR A; 3P5M A; 5DUC A; 5DZK H; 3H0U A; 2W3P A; 3STA A; 2CE3 A; 3NJD A; 1MJ3 A; 1RJM A; 2YJG A; 3P2L A; 5DZK A; 3MFM A; 3H0Q A; 3DJA A; 1WDL A; 3U9R B; 3PEA A; 3HIN A; 2VSS A; 1WDK A; 3VIV A; 1OD4 A; 1SG4 A; 5JBX A; 3Q1T A; 5ING A; 5CTB A; 4K2N A; 4ZDD A; 1XO6 A; 4U19 A; 3ZW8 A; 3G64 A; 3Q0G A; 3OC7 A; 4B3J A; 1DCI A; 3V5I A; 3M6N A; 4ZDB A; 2X58 A; 4U0G A; 2CBY A; 5DL1 A; 4JCQ A; 4RYF H; 1N6E A; 3GF3 A; 1JXZ A; 3TDC A; 4FN8 A; 3GMA A; 1VRG A; 5INF A; 4RYF A; 3ST9 A; 1Y7O A; 3ZW9 A; 4FZW C; 4RCN A; 2Q2X A; 2WTB A; 2ZQR A; 1RJN A; 2GTR A; 3QXZ A; 3IAV A; 5IKL B; 5G1R A; 1YG8 A; 5DU6 A; 3T89 A; 4Q1I A; 3PZK A; 1SZO A; 2VSU C; 2A7S A; 2FBM A; 1K39 A; 2F6I A; 4J2U A; 3KTJ A; 4WCZ A; 3R0O A; 3LAO A; 2VSS E; 4ZDE A; 1WZ8 A; 2NP9 A; 4MXI A; 4QII A; 4ELS A; 2ZQQ A; 5DU4 A; 3QKA A; 4JCS A; 1EF8 A; 3I47 A; 4EMM A; 1Q51 A; 4OMR A; 3ISA A; 2VSU A; 3PGQ A; 4FND A; 4KNP A; 4U0H A; 4K29 A; 2FZS A; 4ELW A; 3QK8 A; 2PBP A; 5DTW A; 2X24 A; 2PG8 A; 2QQ3 A; 2VRE A; 4I42 A; 3T8B A; 3TT7 A; 3H02 A; 3GF7 A; 3RSI A; 4JYL A; 2J5G A; 1X0U A; 5CTC A; 5HUQ A; 3P85 A; 2VSS F; 1FC6 A; 5G1S A; 2ZL0 A; 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2EJ5 A; 1UYS A; 4JVT A; 3H81 A; 4QIJ A; 3V5E A; 5KDR A; 4IZC A; 1FCF A; 2J5S A; 3BF0 A; 4U1A A; 2ZL3 A; 1UYV A; 2ZL2 A; 2UZF A; 1HNU A; 4JOT A; 5DTP A; 4JCR A; 1WDM A; 4ZU2 A; 1K32 A; 1UIY A; 4QFE A; 3OME A; 4OLQ A; 1HNO A; 1N6D A; 4NNQ A; 2F9I B; 3FDU A; 3TVU A; 3TLF A; 3HP0 A; 3R9T A; 3R6H A; 1DUB A; 3K50 A; 2PPY A; 4I4Z A; 5E0N X; 3SWX A; 3TZ3 A; 3R9Q A; 4JWV A; 3LKE A; 3KTH A; 3BPP A; 4JYJ A; 2VSU F; 2Q35 A; 4NEK A; 4HDT A; 4HNK A; 1NZY B; 3RST A; 3QXI A; 3KQF A; 4FB8 A; 4JCT A; 3ZWB A; 2F9I A; 3HRX A; 1XNY A; 3TVW A; 4L6W A; 4WZ8 B; 5FUS A; 3QWD A; 3TT6 A; 1PJH A; 3JU1 A; 4K3W A; 1XNV A; 2ZL4 A; 3QMJ A; 5FIF A; 3T8A A; 2J5G D; 1J7X A; 3Q0J A; 5C9G A; 3WG5 A; 2IEX A; 3GLM A; 1OD2 A; 1NZY A; 4L8K A; 1ON3 A; 4FJW D; 2Q34 A; 4KD6 A; 4EML A; 4NAR A; 3P5M A; 5DUC A; 5DZK H; 3H0U A; 2W3P A; 3STA A; 2CE3 A; 3NJD A; 1MJ3 A; 1RJM A; 2YJG A; 3P2L A; 5DZK A; 3MFM A; 3H0Q A; 3DJA A; 1WDL A; 3U9R B; 3PEA A; 3HIN A; 2VSS A; 1WDK A; 3VIV A; 1OD4 A; 1SG4 A; 5JBX A; 3Q1T A; 5ING A; 5CTB A; 4K2N A; 4ZDD A; 1XO6 A; 4U19 A; 3ZW8 A; 3G64 A; 3Q0G A; 3OC7 A; 4B3J A; 1DCI A; 3V5I A; 3M6N A; 4ZDB A; 2X58 A; 4U0G A; 2CBY A; 5DL1 A; 4JCQ A; 4RYF H; 1N6E A; 3GF3 A; 1JXZ A; 3TDC A; 4FN8 A; 3GMA A; 1VRG A; 5INF A; 4RYF A; 3ST9 A; 1Y7O A; 3ZW9 A; 4FZW C; 4RCN A; 2Q2X A; 2WTB A; 2ZQR A; 1RJN A; 2GTR A; 3QXZ A; 3IAV A; 5IKL B; 5G1R A; 1YG8 A; 5DU6 A; 3T89 A; 4Q1I A; 3PZK A; 1SZO A; 2VSU C; 2A7S A; 2FBM A; 1K39 A; 2F6I A; 4J2U A; 3KTJ A; 4WCZ A; 3R0O A; 3LAO A; 2VSS E; 4ZDE A; 1WZ8 A; 2NP9 A; 4MXI A; 4QII A; 4ELS A; 2ZQQ A; 5DU4 A; 3QKA A; 4JCS A; 1EF8 A; 3I47 A; 4EMM A; 1Q51 A; 4OMR A; 3ISA A; 2VSU A; 3PGQ A; 4FND A; 4KNP A; 4U0H A; 4K29 A; 2FZS A; 4ELW A; 3QK8 A; 2PBP A; 5DTW A; 2X24 A; 2PG8 A; 2QQ3 A; 2VRE A; 4I42 A; 3T8B A; 3TT7 A; 3H02 A; 3GF7 A; 3RSI A; 4JYL A; 2J5G A; 1X0U A; 5CTC A; 5HUQ A; 3P85 A; 2VSS F; 1FC6 A; 5G1S A; 2ZL0 A; 5E0S H; 3KTI A; 4B3I A; 3KTG A; 4GHN A; 3MYB A; 4KWB A; 5E0S A; 3PE8 A; 3Q7H A; 2VX2 A; 1PIX A; 3M6M A; 4MI2 A; 5DUF A; 3K8X A; 3T88 A; 4JFC A; 4U0G H; 4GM2 A; 2DEO A; 3BEZ A; 4ZDF A; 3TRR A; 2A7K A; 2VSU E; 4I52 A; 4U18 A; 4DI1 A; 3TV5 A; 5KJP A; 4B3H A; 3N6R B; 4LK5 A; 2J5I B; 2J5I I; 4IZD A; 4G2R A; 4KPK A; 1ON9 A; 2A81 A; 1YG6 A; 4EMP A; 3IB9 A; 3GKB A; 3QYR A; 1XX4 A; 3MOY A; 1HZD A; 1FC9 A; 2DUB A; 4Z0M A; 2HW5 A; 3MT6 A; 5G1Q A; 1XNW A; 3QRE A; 4Q0G A; 3OT6 A; 1N6F A; 3NJB A; 3RRV A; 5C90 A; 1W2X A; 2BZR A; 4JSB A; 2F6Q A; 2C8T A; 4MOU A; 1TYF A; 4FN7 A; 2J5I A; 4FZW A; 4ZDC A; 2F9Y B; 3U9T B; 3SLL A; 3U9S B; 5JBW A; 3H0S A;
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