4ZENA

Structure of gan1d, a putative 6-phospho-beta-galactosidase from geobacillus stearothermophilus, in complex with 6-phospho-beta-galactose
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
474
structure length
474
Chain Sequence
HLKPFPPEFLWGAASAAYQVEGAWNEDGKGLSVWDVFAKQPGRTFKGTNGDVAVDHYHRYQEDVALMAEMGLKAYRFSVSWSRVFPDGNGAVNEKGLDFYDRLIEELRNHGIEPIVTLYHWDVPQALMDAYGAWESRRIIDDFDRYAVTLFQRFGDRVKYWVTLNEQNIFISFGYRLGLHPPGVKDMKRMYEANHIANLANAKVIQSFRHYVPDGKIGPSFAYSPMYPYDSRPENVLAFENAEEFQNHWWMDVYAWGMYPQAAWNYLESQGLEPTVAPGDWELLQAAKPDFMGVNYYQTTTVEHNPPDGVGEGVMNTTGKKGTSTSSGIPGLFKTVRNPHVDTTNWDWAIDPVGLRIGLRRIANRYQLPILITENGLGEFDTLEPGDIVNDDYRIDYLRRHVQEIQRAITDGVDVLGYCAWSFTDLLSWLNGYQKRYGFVYVNRDDESEKDLRRIKKKSFYWYQRVIETNGAEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
publication title Structure of Gan1D, a putative 6-phospho-beta-galactosidase from Geobacillus stearothermophilus, in complex with 6-phospho-beta-galactose
rcsb
molecule keywords Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
total genus 192
structure length 474
sequence length 474
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.85: 6-phospho-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4zenA00
2YDRA 3UETA 3GNRA 2EXOA 1E4LA 3ZQ9A 2WWDA 1H1NA 1GW1A 4XB3A 3ZJ7A 1EO7A 2GFTA 1B90A 4GKLA 2BHYA 3T09A 3QGVA 2J47A 3AIBA 1R86A 1ISZA 2HISA 4HZ7A 3VMOA 2OWWA 1UD3A 3I3DA 4NRRA 3TTYA 1QI4A 2PWDA 3IAPA 1H4PA 3K4AA 4U3AA 3N18A 3OGSA 1BLIA 3AQUA 3D5HA 3PTKA 1E6QM 1IZJA 4PTVA 2Z1SA 2FH8A 3WQVA 3WDJA 2J62A 3TTSA 2ZX7A 1WDPA 3ZR5A 4HP5A 1UWRA 2XFYA 1W9VA 3VKKA 1W9PA 3K4DA 4GO8A 3SCPA 5CQ1A 1E0XA 1OIMA 2Y8KA 3RIKA 1M03A 3RJXA 1ISWA 1CYGA 2W63A 4Q7NA 1R7OA 4D6FA 2XVLA 1GQJA 3WUFA 5JBFA 1MQPA 2DT0A 3VNZA 1GHRA 1E3ZA 1B1YA 6A3HA 4P7NA 2FDMA 2B31A 1LJYA 4AIOA 3CGTA 3U7BA 4IM4A 1DWJM 1B3YA 3VDAA 1B30A 2ZX6A 2XIIA 4UOJA 2PBOA 2V5CA 4B3LA 1UR8A 2DSUA 2VCBA 1QVBA 3OLIA 1UA3A 1V3HA 2D20A 4MB5A 3EDFA 2EPLX 1QI3A 3GH4A 2VRJA 4PUEA 1NWSA 4H7VA 4W7WA 1EDTA 2JEQA 5FL1A 5BRQA 2DEPA 2XPKA 1E56A 4UFIA 3TONA 4J3VA 2VZOA 4PMNA 5FOOA 1DWIM 2VX4A 1EHNA 2Y8VA 2WHLA 1CDGA 4JFTA 1CXEA 1FA2A 2YA2A 1JAKA 4PTWA 3KL3A 2CPUA 1K9FA 3RMEA 2X8RA 1D3CA 4CUCA 1G01A 1JD9A 4UQAA 1VIWA 1BQCA 2C8NA 2EJ1A 5GNYA 3AMLA 5DT5A 1KB3A 4P8WA 1LG2A 1K9DA 2ZWYA 1VJSA 2WPGA 3PZNA 3DYPA 1US2A 1WB0A 3SCRA 2OSWA 1W91A 4P8UA 3AYSA 2XJ7A 1SMDA 1G0CA 5I2UA 1OGGA 4CU7A 1WDQA 2UY5A 5E0CA 1U2YA 4AD3A 4JFUA 1QI5A 3IK2A 1FP9A 4ZXLA 1AQMA 3PZTA 4H8UA 3S6TA 4H41A 4ML4A 4UFJA 4UFKA 1I75A 2XUCA 4LQ1A 2J7GA 3WFZA 2CBJA 2VX7A 4FF5A 1M04A 1E0WA 1BTCA 2RGLA 1DWHM 1XYFA 2WC7A 3NIYA 2WAGA 2YIHA 4KGJA 3POHA 1E15A 4GQRA 2VQTA 2DSVA 3AICA 1CEOA 3PZQA 3WUGA 3WY1A 4X0VA 3VIJA 1U33A 2J75A 4WF7A 3ZJKA 2J7CA 2VC9A 1B3ZA 1VB9A 1TR1A 4X0NA 4ZFMA 3RJYA 4YPJA 5IHRA 2Q8XA 1MQQA 1JL8A 4U2YA 1OGBA 4HU8A 4ZE4A 1UUQA 1WDSA 3IJ9A 2VTFA 2XYLA 2GSJA 2J74A 3BSGA 2ZUSA 3WQ4A 4CCDA 2BXZA 3IANA 1HL9A 3N15A 1MXGA 1M53A 4A3HA 1FHDA 5E6ZA 3L4YA 3B9EA 1DP0A 1H3GA 1H49A 1V03A 3WDHA 3OZOA 3VIFA 1VFFA 1TMQA 2J7FA 1GORA 4OOUA 3WN6A 3NJ3A 1PBGA 4EAMA 3WQ6A 3QR3A 1O6IA 4UFLA 4AIUA 3AIVA 4MNKA 2CIPA 3KZSA 1WKYA 4F79A 2JEPA 3CZGA 2XVKA 3WD4A 5DFAA 1SFSA 5AYIA 3T2PA 3GXMA 7A3HA 1HL8A 2O9RA 4M56A 3SUTA 3I3BA 4ZXOA 4E4PA 1XH2A 1W9DM 1QW9A 5D9NA 1CXFA 3EDKA 3UR7A 4W8LA 1OBAA 1MXDA 2GDVA 1VJZA 2D0GA 3A4WA 3AS0A 1UH4A 3W81A 3SCUA 5I77A 5EBAA 1WNOA 3NUKA 3BMVA 2VUYA 5M3WA 3WF2A 2OYMA 3EDDA 1GOWA 4JCMA 2XFRA 4P7OA 5C70A 4MNJA 2O92A 3WF3A 4XV0A 5AC5A 1VFOA 1XSIA 4BCEA 4F9DA 1W9XA 3BAYA 1ZL1A 4J3UA 1XC6A 1P6WA 4J27A 1JZ7A 4UZUA 2ZOXA 1E43A 3MKKA 2V3FA 2WNWA 2VZUA 3AHZA 1E5JA 1GQIA 4YHEA 5I0DA 1PIFA 4CKQA 2DQXA 2E3ZA 2DSZA 1UQZA 3CUIA 2VCAA 1ITXA 3VNYA 2XWEA 1QBAA 4Z2LA 5F7UA 1V3IA 4PRWA 4FK9A 1W32A 1D7FA 3OLGA 4BQ3A 2XVNA 2WWCA 4PMZA 4CD8A 3SCWA 4UCFA 2VX6A 5CSYA 2WVSA 5D8ZA 2W61A 1F4HA 5GQBA 1TUXA 4RE2A 4RE4A 5E09A 1OIFA 3VGEA 4KWUA 4L4OA 3THDA 3WQ8A 3KL0A 3WD0A 1V02E 4PUDA 3MUIA 4MJ2A 1N82A 3L4TA 4L4PA 2CBIA 5A6AA 4U33A 2CETA 5DF0A 2PF0A 1BVNP 2XTKA 3I3EA 4IPNB 1JAEA 4UZSA 3N11A 1KBBA 3WF4A 4AD4A 5CPSA 3W53A 3BCDA 4K68A 1W3JA 1H2JA 3F5JA 4JCLA 1FH7A 2XHYA 3AIEA 1KGUA 1RPKA 2GVYA 3GNOA 4BA0A 4DWSC 1GVYA 3HJEA 1RP8A 2CCRA 2G3IA 4U3CA 2NT0A 4KRUA 4WJXA 2OYKA 1PX8A 1VEOA 1HVXA 1L0PA 4MB1A 1KXHA 3S2CA 2BHZA 4B16A 4AWEA 1BG9A 1CIUA 1UZ1A 2GJRA 4UQEA 1KXVA 2X1IA 4ATDA 1HJQA 1MFVA 4CU8A 1VF8A 5C71A 3L4UA 1UA7A 2ZX9A 5D9OA 1BHGA 3W6MA 2W5FA 2YL5A 4PN2A 1E4IA 3SCNA 5HBFA 1NARA 5I3DA 1OSEA 2DT3A 2OWXA 2AMGA 3KWXA 5E0FA 2XM1A 2VURA 1JFXA 2QPUA 1QI2A 5LA2A 1KCKA 4J3XA 2BV9A 1X1NA 4V2XA 5TD4A 3U7VA 3VGFA 1QHOA 4TX8A 2VRKA 8CGTA 3VMNA 4OZOA 3VGGA 4TOQA 2ZE0A 1VEPA 4GINA 1CGVA 2WK2A 4A4AA 5CG0A 3ZMRA 3VIIA 2BS9A 4AYSA 1GOQA 2O9OA 5E9AA 2D2OA 3G6LA 4ATWA 4HMEA 1JGIA 4PMYA 3VIHA 4Z2JA 3ZT5A 2TAAA 3CMJA 3K8LA 3CZ8A 1HJWA 4AIEA 4HOZA 4M24A 4W5UA 1FHLA 2A3CA 2J8GA 2DGAA 2WHJA 1K6AA 1RH9A 3TTQA 3DYOA 2WYSA 5A95A 2J25A 1XD0A 1JDCA 4DUXA 3FXYA 2DDXA 3GXDA 4H2CA 2PBGA 1ISXA 4PMVA 4W93A 3OBAA 1JZ2A 3BLKA 2E40A 1E6RA 4M80A 1EXPA 1QNOA 2WCGA 3GH7A 1AVAA 3ARTA 3W6LA 2X2YA 1R7AA 1JZ3A 1XSKA 3ZT6A 4CN1A 5CZKA 5FL0A 2HVMA 2Z1KA 2XSAA 1OCQA 3B8SA 4D6IA 4XZWA 1CGWA 1UKTA 1WZKA 3VGHA 1EQCA 4M81A 4MTVA 3WL1A 5D9MA 3M46A 4AZ6A 3MUY1 1TCMA 4WLCA 1J10A 1MFUA 1UG6A 2IXVA 1CXKA 4CN6A 2ZWZA 1E6NA 1M7XA 1HXJA 4HZ8A 4ZE5A 4LPCA 3AIRA 1ZBVA 3VM7A 1CBGA 1B0IA 1MVYA 5DT7A 3CMGA 3WQWA 1ZBCA 2FHFA 1CWYA 2XVPA 4TTGA 3SUUA 2V3GA 4HU0A 1PZ3A 1TVPA 3WF0A 1NH6A 4JL2A 2J77A 3W28A 4FLOA 3CZEA 1L8NA 3FNDA 1I1WA 3EMZA 5KEZA 5BWFA 3WEZA 2G3JA 1LQ0A 1TVNA 2ZXBA 3SCVA 3UEQA 3SUSA 2J7DA 1HX0A 3ARRA 1DTUA 4U5IA 3CZLA 1OINA 4PEEA 1FFQA 1CGYA 3FN9A 3T0DA 5GPRA 1QI0A 1YHTA 3CTTA 1HIZA 3ECQA 2YL9A 3KEHA 2OWCA 3IAQA 4P8VA 1CNVA 1WDRA 2C7FA 3AYRA 1G9HA 5JUVA 3W38A 1ZU8A 4M8UA 2ZUWA 2D24A 2BY2A 1B2YA 1ZJAA 1V3MA 3POCA 4UTFA 1BYAA 5AYBA 2XGIA 2CITA 3WNLA 5AC4A 4TVDA 3MMDA 5IDIA 2BFGA 1VAHA 1W3HA 3RDKA 4PMQA 2VOTA 3SCTA 4HMDA 2CERA 1HP4A 4U5KA 1IT0A 3AHXA 4QAWA 4AZGA 1LL7A 4QCFA 3VOCA 1B31A 2OYLA 2ZUVA 4R27A 1QNQA 2WVVA 5A6KA 2QMJA 1V6WA 3RCNA 1GOIA 3N1AA 4DWSD 1C7SA 4X9YA 1XYZA 4S3KA 2E0PA 3ALFA 3A6OA 7TAAA 3BH4A 1UR9A 2XVGA 4Y7EA 1A47A 1CECA 5I24A 1PPIA 4AD2A 3WL0A 5D8WA 1V3LA 1HP5A 4URIA 1QW8A 2EPOA 2RGMA 1UZ4A 3AXIA 3HU7A 3AHTA 2C0HA 1GONA 1Q6GA 2EO7A 2ESCA 3W24A 2CXGA 4BQ4A 3FHAA 4HZ6A 2YA1A 4GIAA 3AIUA 3A3HA 1JF6A 4FLSA 3VIOA 4PMXA 3GM8A 1E6XM 1UWIA 5DEZA 3W0KA 2VVSA 3WMSA 1HJUA 3WF1A 2WVUA 3QOKA 3NDZA 4LYRA 1AQHA 1EGZA 2YOCA 1S46A 1VRXA 2CBUA 3II1A 1LL6A 1GZJA 4AMCA 4LXFA 2EPNA 1UKSA 5A3HA 2WZIA 5A6BD 4E8CA 4KH2A 4WKFA 4CD5A 3CUGA 3VU2A 3AHVA 5A6JA 1U30A 2GK1B 3OLDA 1MYRA 2XFFA 1ISYA 2WKGA 3NSNA 4Q22A 1C91A 1W3LA 3SUVA 2D23A 1DWFM 3GDBA 4MAVA 1XD1A 3LMYA 3GNPA 4WK9A 3LPGA 3VIGA 3VIKA 3L4ZA 4HPGA 4MPKA 3O9NA 5E70A 2J7HA 3AS2A 2WBKA 4AY1A 1CXIA 2GJXB 2DPEA 4TVCA 1JIBA 3O6AA 2IXUA 2V5DA 2VZTA 4S3JA 3AJ7A 5A8MA 3UG5A 2PI6A 3WH7A 2W66A 3B9DA 4QP0A 4P7LA 1V3KA 4J7RA 4P8XA 3VX0A 1KWKA 1J0KA 4QFUA 3MV01 4IPLA 4PYSA 2DIEA 3U5YA 2WC4A 1NP0A 1YQ2A 2WMKA 1EA9C 5A8PA 2VT0A 3KL5A 5FKYA 3ARVA 2DSKA 4JAWA 4LYPA 4RL3A 2FHCA 3AISA 1ZS2A 2AAAA 2CBVA 1BYBA 1H41A 2Y4SA 4JIEA 4W5ZA 3PZ9A 1UD6A 5A2BA 2VO5A 1WPCA 1J0JA 1CGUA 3N9KA 1JI1A 5A8OA 4PMUA 1CGXA 1H0GA 3T08A 4JZ5A 2F61A 1CZ1A 3VIPA 3W26A 3W4RA 1HN1A 4FLQA 3BMWA 1VBUA 5A2AA 3VD9A 9CGTA 5GNXA 1B3VA 3VPLA 3W27A 3ZR6A 4BS0A 1LWJA 1JZ4A 4GQQA 5IXEA 3GYCA 1UH3A 4UFMA 1W2PA 1ODZA 1JZ5A 1ESWA 2J4GA 4HA4A 2CHOA 3GBEA 1W1TA 1MW0A 3AZRA 4EANA 5ABEA 3VD3A 4AZCA 2OSXA 3L4XA 1UKOA 4Z2IA 4W89A 3THCA 2WLYA 3L4WA 3TOPA 5KZ6A 1KQYA 2OLHA 2WMJA 4P7RA 2PC8A 3ARXA 3EDJA 2WVVB 2J79A 5BXPA 3ARWA 4Z2GA 1UR2A 1UD2A 3M6DA 5A94A 4LGXA 1V02A 2JF6A 4HMCA 3PN8A 1V0NA 4NSBA 2ZXAA 5BXRA 2VJXA 5LYRA 3W82A 3WH9A 2X0YA 3T0BA 3GXFA 3OA5A 1KXQA 3AIQA 3K8MA 4PTXA 4MB4A 1ZJBA 4R5EA 1NWRA 4UNIA 1UQYA 3AMKA 5HDRA 1H0IA 1Y7VA 2JE8A 2VZSA 3WUEA 1E55A 3MANA 3WBEA 1Q6CA 1BAGA 4P7QA 4D6GA 1TZ7A 3E1F1 4JFVA 5A1AA 5ECUA 2WANA 1C7TA 3UERA 4DM1A 1EH9A 4W8AA 2WMGA 3WNOA 1JZ8A 4AEFA 5HPCA 1LG1A 4U2ZA 2DH2A 1CLXA 5M03A 3QOMA 3HN3A 3OZPA 1NOWA 4W84A 3UCQA 4CD4A 2WZEA 1H11A 3CBWA 1V0MA 1BF2A 1J11A 1PAMA 3ZM8A 2JALA 1E5NA 1J12A 4PBGA 3ZSTA 4JFWA 2WMFA 1GOMA 5FCZA 2FHBA 3K8KA 1KR1A 4HTYA 4MB3A 1A3HA 1SR0A 4NRSA 1KGWA 4QLLA 1D2KA 2CHNA 3AHYA 1H09A 4AEEA 3A47A 2FGLA 4V27A 1UKQA 3PZVA 2WM0A 1KFWA 3NSMA 3AIWA 1J0ZA 3VMPA 3F5KA 3PZOA 3WNPA 3UESA 2YLLA 3AZTA 2BVYA 4V28A 4GZIA 2G3NA 4DWSA 1NOFA 5CPTA 4ZENA 2VQUA 3L4VA 1RP9A 2VR4A 1E73M 4GI9A 1WO2A 4FMVA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2YDR A;  3UET A;  3GNR A;  2EXO A;  1E4L A;  3ZQ9 A;  2WWD A;  1H1N A;  1GW1 A;  4XB3 A;  3ZJ7 A;  1EO7 A;  2GFT A;  1B90 A;  4GKL A;  2BHY A;  3T09 A;  3QGV A;  2J47 A;  3AIB A;  1R86 A;  1ISZ A;  2HIS A;  4HZ7 A;  3VMO A;  2OWW A;  1UD3 A;  3I3D A;  4NRR A;  3TTY A;  1QI4 A;  2PWD A;  3IAP A;  1H4P A;  3K4A A;  4U3A A;  3N18 A;  3OGS A;  1BLI A;  3AQU A;  3D5H A;  3PTK A;  1E6Q M;  1IZJ A;  4PTV A;  2Z1S A;  2FH8 A;  3WQV A;  3WDJ A;  2J62 A;  3TTS A;  2ZX7 A;  1WDP A;  3ZR5 A;  4HP5 A;  1UWR A;  2XFY A;  1W9V A;  3VKK A;  1W9P A;  3K4D A;  4GO8 A;  3SCP A;  5CQ1 A;  1E0X A;  1OIM A;  2Y8K A;  3RIK A;  1M03 A;  3RJX A;  1ISW A;  1CYG A;  2W63 A;  4Q7N A;  1R7O A;  4D6F A;  2XVL A;  1GQJ A;  3WUF A;  5JBF A;  1MQP A;  2DT0 A;  3VNZ A;  1GHR A;  1E3Z A;  1B1Y A;  6A3H A;  4P7N A;  2FDM A;  2B31 A;  1LJY A;  4AIO A;  3CGT A;  3U7B A;  4IM4 A;  1DWJ M;  1B3Y A;  3VDA A;  1B30 A;  2ZX6 A;  2XII A;  4UOJ A;  2PBO A;  2V5C A;  4B3L A;  1UR8 A;  2DSU A;  2VCB A;  1QVB A;  3OLI A;  1UA3 A;  1V3H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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