4ZEPA

Structure of gan1d, a 6-phospho-beta-galactosidase from geobacillus stearothermophilus, in complex with 6-phospho-glucose
Total Genus 189
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
189
sequence length
474
structure length
474
Chain Sequence
HLKPFPPEFLWGAASAAYQVEGAWNEDGKGLSVWDVFAKQPGRTFKGTNGDVAVDHYHRYQEDVALMAEMGLKAYRFSVSWSRVFPDGNGAVNEKGLDFYDRLIEELRNHGIEPIVTLYHWDVPQALMDAYGAWESRRIIDDFDRYAVTLFQRFGDRVKYWVTLNEQNIFISFGYRLGLHPPGVKDMKRMYEANHIANLANAKVIQSFRHYVPDGKIGPSFAYSPMYPYDSRPENVLAFENAEEFQNHWWMDVYAWGMYPQAAWNYLESQGLEPTVAPGDWELLQAAKPDFMGVNYYQTTTVEHNPPDGVGEGVMNTTGKKGTSTSSGIPGLFKTVRNPHVDTTNWDWAIDPVGLRIGLRRIANRYQLPILITENGLGEFDTLEPGDIVNDDYRIDYLRRHVQEIQRAITDGVDVLGYCAWSFTDLLSWLNGYQKRYGFVYVNRDDESEKDLRRIKKKSFYWYQRVIETNGAEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
publication title Structure of Gan1D, a 6-phospho-beta-galactosidase from Geobacillus stearothermophilus, in complex with 6-phospho-glucose
rcsb
molecule keywords Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
total genus 189
structure length 474
sequence length 474
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.85: 6-phospho-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4zepA00
2YKKA 1QOXA 5HPOA 3RCNA 3MUIA 1PBGA 1K9DA 1KQZA 4Z2GA 4MADA 4HMCA 1HJUA 3FAWA 3AHVA 3CMJA 2WXDM 2VURA 3CIVA 4PMYA 4BCEA 1PJ9A 1ZJBA 2CHOA 5BRQA 4CCDA 1KGWA 2WCGA 1V02A 2E9LA 3OGSA 4LQ1A 3AIVA 1HKJA 5HOSA 1CGUA 4OOZA 1KGXA 1H0GA 1PIFA 4A4AA 1E5JA 3VDCA 4MAZA 4EE9A 1EQCA 3TP4A 3OIHA 2FHFA 1WP6A 3WF4A 4ZFMA 3L4XA 3M6DA 1F4HA 2DT1A 4EK7A 2ZUMA 1WDPA 1HN1A 3PZVA 1CGXA 4GI9A 1LG2A 2DH3A 1V3HA 3WEOA 2O9TA 4R27A 2XFFA 4LGXA 4CUCA 2WSKA 1YQ2A 2O9RA 5FIPA 5LYRA 1FHLA 3T2PA 2YOCA 4GZEA 4N0RA 4WSKA 3T0DA 3CZEA 4P8XA 5FKYA 3WQ5A 3UEQA 3FW6A 4HZ8A 2D20A 4PMZA 1ZB5A 4PMNA 3SEPA 3VD4A 3OZOA 1CXHA 4AXNA 2GJRA 2ZICA 1JIBA 3G6LA 4OOUA 1FH9A 1JD9A 1NARA 2XVGA 1EH9A 2GDVA 3O9NA 1FH7A 3AHYA 3GYCA 3WBAA 5FD0A 1OSEA 2JF7A 1E71M 1SMAA 3AIWA 4HPGA 3VDBA 4TTGA 4H2CA 2WZIA 1Q6CA 1E55A 2VZVA 4B3LA 2ZUVA 4E8DA 4BS0A 1DP0A 1E4MM 3SCPA 2YBTA 3PTMA 2ZX7A 2B31A 1H3GA 4W8AA 5M3WA 5IHRA 1BLIA 1QNQA 2FGLA 5I79A 2UY2A 3DYOA 5A1AA 1NOFA 4QFUA 4FK9A 3ZO9A 1JF6A 4MJ2A 4AEFA 5CSUA 1J0KA 1GJUA 1BSIA 5HXMA 3VGDA 1TUXA 1G5AA 5I77A 2WPGA 2VR4A 4D6EA 3GZAA 5AYIA 1DWIM 2Y8VA 1OGGA 1CZ1A 3GBEA 4B15A 2QMJA 4KGLA 5LA2A 5BXSA 4JZ5A 3AI0A 2D1ZA 4A3HA 1E43A 1UWIA 1KQYA 3WUEA 1UR8A 2UWFA 2CBVA 3WH8A 2F2HA 1LL7A 3WUFA 3U5UA 1VJSA 5E70A 3KEHA 3KZSA 1E0WA 3CLWA 4PMOA 4F66A 1BYAA 1CLVA 2G3MA 3VUPA 1V6YA 2IXUA 3BC9A 4HMDA 1UWRA 4FMVA 3BSGA 2WC3A 1JYXA 4TXEA 1ZS2A 1NP0A 1WDQA 5I2UA 1W2VA 1GUVA 2VZTA 3AHZA 4PMUA 4OUEA 4TVCA 2WB5A 2WVVA 4MTVA 3AIQA 1PZ3A 4AW7A 3BAJA 2BHZA 1KGUA 4LX4A 4FLRA 3WELA 2Y2WA 5CZKA 2X2YA 3ARZA 4MNKA 1DWHM 2YA1A 2WMFA 2WHKA 3VIJA 5A6LA 3N18A 5A6JA 1JZ8A 1DEDA 1W9DM 2FHBA 5BXTA 1HL8A 2ZXBA 2Y4SA 2ZXAA 4AY1A 1GOQA 3N9KA 2J7FA 3SCQA 5A2AA 1M01A 4P7NA 1GVIA 2X0HA 4W86A 3VX1A 5HPCA 3NSMA 2G4FA 2J75A 3ZR5A 1CGWA 3MV01 4PBGA 1E6NA 4MNLA 2JEQA 4W87A 4HU0A 4IPLA 2WVSA 3G6MA 1JZ5A 4AD0A 4GO9A 2DT2A 4PTMA 1LL6A 3ZSTA 5CPSA 4YN5A 3AICA 3VTRA 2D23A 2C0HA 4AZ7A 4QDMA 4OBSA 1UUQA 1CWYA 1QW9A 5EMYA 3CH9A 2PWDA 4D6IA 5A8QA 3L4VA 4AD5A 1EHAA 1W1TA 1XGZA 3BAYA 3ARTA 4W84A 5C8BB 1QHZA 1WAWA 4UR9A 3WQ6A 5I23A 2BXZA 2RGMA 1V6VA 3IJ8A 1H41A 3VILA 2VRQA 2BY3A 3IJ9A 4DWSD 2D0GA 2XIIA 1ISWA 4KH2A 3DYMA 2JALA 4UFLA 2WANA 2D24A 3SCTA 1RD6A 1KXHA 1CLXA 3WQ8A 4JFSA 3W27A 1JL8A 3LPOA 3AZRA 1ITXA 1JDDA 1LLOA 3VGGA 3PZNA 1MW2A 2PC8A 3A4XA 3GH5A 4L4PA 1KXTA 2PWEA 2XFYA 2X05A 3VMNA 5AY7A 1NQ6A 4H8UA 2OWCA 4BQ4A 3GH7A 1E5NA 1GCYA 2J7HA 1W3JA 5A8PA 3F4VA 1WO2A 2JE8A 1OWQA 1UA7A 5A6BD 1E56A 4AZBA 2NT1A 4UFJA 1XRVA 4E2OA 2J7DA 4V27A 2VRKA 1E3ZA 4KWUA 1B31A 4H8HA 2DEPA 1EHNA 2WHMA 1FHDA 1GOIA 4S3KA 3RM9A 5GNZA 1E1EA 3K1DA 4LPCA 1UH4A 3N17A 3SCRA 3U57A 1NP2A 3WD4A 5BXRA 4ACZB 3L2MA 4UFMA 1KXQA 3ARWA 1B1YA 4W85A 5FL1A 4HU8A 4FLOA 2J74A 2AAAA 4U5IA 4BQ5A 2OYLA 4DUVA 4P7RA 2YA2A 1ISXA 3MMUA 5F7UA 3RILA 3W26A 3AS1A 2ZIDA 2CEQA 2XVPA 4PTVA 3WFZA 2JFEX 1W1PA 3TTQA 1HJVA 2EPMX 2A3CA 2FH8A 2JIEA 3T0BA 4M24A 4U3CA 3AMDA 4FLQA 1V6UA 4PEEA 2XJ7A 4AZCA 1E6SM 1JFXA 3PHAA 4W8BA 1UWUA 1LQ0A 1ECEA 3DHUA 1VF8A 1SMDA 4EKJA 3VD5A 1GQLA 2BY2A 1MQPA 5IFTA 1WB0A 2CKRA 4W7VA 1HJWA 1PAMA 3MUAA 3EDEA 4JHOA 5GNXA 2V3GA 5D9NA 3NIYA 4QLLA 3SUSA 4XUYA 1GOOA 5A94A 4NF7A 4W8LA 2Z1SA 4D72A 1HKKA 3OG2A 5TD4A 4JCLA 3NDZA 1WDRA 2DT3A 2V5CA 3NSXA 4GI8A 2AMGA 5A6AA 2E9MA 3WFLA 2FH6A 3EMZA 1UR9A 2VL4A 3W6MA 1BYCA 1R85A 5CLWA 3HN3A 3BAWA 1HIZA 4D6GA 3VMOA 1VEPA 3BMWA 3BCDA 2PWGA 3GXFA 4LYPA 2BVTA 1JG9A 2XWEA 4JAWA 3ALFA 3MS8A 4L4OA 1V0LA 4Z2KA 4CD6A 4K68A 2YLAA 3WH5A 1E6RA 5I0DA 4DWSB 3VM7A 1ITCA 1QI3A 2EPLX 3WD2A 4KRUA 2NSXA 1JGIA 3WNKA 1G1YA 3ZJ8A 4FF5A 1RH9A 1UWTA 3CUJA 4NI3A 2WYSA 5DFAA 5EFDA 1XH0A 5DT5A 4GZIA 1HF6A 4PSPA 2J78A 2V3EA 3VOCA 4WSJA 1ZBVA 2WMHA 4W7WA 3GXIA 4J3TA 3VM5A 1ZBCA 3FHAA 5GQBA 1UR0A 1EOKA 4HOWA 2YDQA 4V28A 1O6IA 1H5VA 3OBAA 1DWAM 1WZLA 1OM0A 1IV8A 2A3EA 1CPUA 3PZOA 5GPRA 2GK1A 2VT0A 4HMEA 1FOBA 4A3YA 3CZKA 3VKKA 4DM2A 4IPNB 4ATLA 2JIWA 4ML4A 1UQZA 1SR0A 1JZ7A 4ZXOA 2CXGA 3IAQA 3WNLA 2PBOA 5FOOA 1WZAA 3OGRA 4MB3A 3PBGA 5IXEA 1KB3A 4AISA 4AYSA 2J8FA 3O6AA 2DSVA 2E40A 2ZX5A 3OZPA 3VIIA 1LG1A 4D6JA 2WKGA 3F5KA 1JD7A 3LMYA 9CGTA 2DT0A 3BGAA 2OWXA 2XPKA 4P8WA 2EXOA 1OGSA 1CENA 4C7GA 1QNRA 2ZXQA 4BQ3A 3AISA 3WN6A 4AEEA 1MW0A 1QNPA 3O2LA 1CXEA 3LPGA 2GSJA 1GONA 3PZQA 1BTCA 2WHJA 2DGAA 4TUFA 3A4AA 1ZBWA 3VD9A 4F8XA 2J25A 3MO4A 2RGLA 3TTYA 3K4AA 3SUTA 4DWSC 1O7AA 2IUZA 1R87A 3MSGA 4WK9A 2V38A 3D3AA 3WD3A 1JZ4A 4P7OA 1WZKA 3WL1A 1ISVA 3L4WA 1C8YA 1GNXA 3WQ4A 2GJXB 3AJ7A 1N82A 4S3JA 3W28A 2XVNA 4WIWA 5LA0A 3RO8A 1KWKA 2ZWZA 5BWFA 1CIUA 3QHOA 1K6AA 3WF0A 1E6ZA 1E4NA 2CPUA 3K8LA 4CVUA 1EO7A 1HJQA 3MUY1 2FHCA 1QNOA 1C7TA 2D2OA 2CESA 3DHPA 3T08A 3KL0A 1B2YA 5JBFA 1EDGA 2NT0A 1UR4A 3WEZA 3WEMA 4D6HA 3NDYA 3OLDA 2WBGA 1CDGA 5CLTA 2J7CA 4W7UA 3N04A 5ECUA 4EANA 3GNRA 3W81A 1DTUA 1CBGA 4Z2IA 3SCNA 1CNVA 1FFRA 3RMEA 2VR5A 2CBIA 5BCAA 1VRXA 1BGGA 4CN6A 2J77A 1MFVA 4UQ9A 1J0HA 3GNOA 4HA3A 1OINA 1X6NA 2EQDA 1J11A 2A3AA 3PZTA 2W91A 5DF0A 3ZT5A 1WKYA 3FN9A 4KGJA 1TE1A 2FGZA 3W38A 4PMXA 1NWRA 2QF8A 4CU7A 4GPNA 1BF2A 1SFSA 5AC5A 5BXPA 3CUFA 1JZ3A 3ZJKA 1GORA 2VZOA 3N11A 3NCOA 1C3FA 4D6DA 1ODZA 3FHQA 3CPUA 4QLJA 2YL9A 1UQYA 2VVSA 2BHYA 3MMWA 4CVWA 1W9XA 1UH3A 2YL5A 4UCFA 1WNOA 1VBUA 3MKKA 3VIMA 5A8MA 4QLKA 8A3HA 2D3NA 3A4WA 4HOZA 4URIA 3CHCA 2WBKA 2VJXA 2VMFA 3KWXA 4JCMA 3N13A 2W92A 1M53A 1US2A 3NJ3A 2ZUWA 4JKLA 1UKPA 3UG3A 3WF2A 4UOQA 2XGIA 1OIMA 1VENA 4HA1A 3SIMA 1MW3A 5EFFA 4CGTA 4AMCA 1PIGA 3VPLA 2VNCA 1UOKA 3AOFA 5KEZA 2BXYA 4AZGA 1UKTA 3EYPA 4UOZA 1B9ZA 2DSWA 2WMGA 1W1VA 2JEPA 1E4LA 2YLLA 4JKKA 1ZJAA 4WKFA 3UG5A 3GM8A 4MB4A 4UOJA 1ZL1A 2W66A 1UR1A 4M8UA 2V5DA 2XSBA 1EIBA 3SUUA 3MSDA 1I75A 1S46A 1NOUA 2X0YA 3APGA 1NOWA 3KL3A 4QAWA 1PPIA 4JHZA 4C7DA 4D6CA 2QMKA 2WMKA 2AOSA 1BHGA 3VD3A 5CPQA 3AMGA 3WMCA 1C93A 3BMVA 1B3YA 1FH8A 1GPFA 2VCBA 3RPMA 2A3HA 1PX3A 1V0KA 2G8ZA 3GNPA 4UQBA 4B16A 1QHPA 1CGTA 1I1WA 1TG7A 2ZUUA 3GDBA 1E40A 2CCRA 2CITA 3U5YA 2ZOXA 5LA1A 3QOMA 3EDJA 3E1F1 1XD0A 1EO5A 1XCWA 3JUGA 3MV11 1GZJA 5IDIA 1MXDA 4IM4A 3VGFA 1RPKA 2G3IA 2WWCA 5D9MA 2ZUTA 4GXPA 5EBAA 2WW5A 4U2ZA 4E8CA 2DIJA 3GXMA 4D71A 5AC4A 3AMCA 3ARXA 1OIFA 2OYMA 4WLCA 2VVNA 2J7EA 4MDPA 4X0NA 4W5ZA 2YL6A 1US3A 3L4TA 3BAXA 2BNJA 4Q7NA 2QPSA 1LWHA 2EO7A 1CYGA 2YDSA 4F79A 4HP5A 3KE0A 2CHNA 1VBRA 1XD1A 5HDRA 4UQEA 2X8RA 3K4DA 2VZSA 1BGAA 1OB0A 4BA0A 4RE4A 2HVMA 1JF5A 1OD0A 1YHTA 5E09A 2D0FA 3OLGA 3RJYA 4M56A 1UD3A 3AROA 3SCWA 1E3XA 2G3JA 2OLHA 5JIPA 3D5HA 1BYDA 4M80A 2YDRA 1XSJA 3F5LA 5I78A 6TAAA 2WZEA 2VRJA 1F4AA 3AS3A 2YBUA 2VC9A 1CECA 1UD4A 1E72M 2PB1A 5GNYA 1MFUA 1GW1A 3CHDA 1BG9A 2QV4A 3M07A 5C71A 2Z1KA 4CN1A 3W24A 3CTTA 4TOQA 3M46A 2VX4A 1HKIA 1TA3A 3EMCA 1VEMA 2VQTA 4ZE5A 1MXGA 3B8SA 2VX6A 1GJWA 4CD7A 2VI0A 4JFVA 5A6KA 1W3HA 4ACYA 2WMIB 2E9BA 5JIWA 3QGVA 1DWGM 5E6ZA 5CQ1A 4TVDA 3BXWA 1E0VA 1OD8A 4J27A 2DPEA 4PTWA 2XWDA 1NH6A 1XYFA 1V03A 4AIUA 3AYSA 4IUGA 3BAIA 2XTKA 1GVYA 2XYLA 4N42A 2ZUNA 5A95A 4NSBA 2QHAA 4XZWA 1HXJA 2A3BA 1E1FA 1W2PA 1V3MA 3W37A 1U33A 3BSHA 2E8YA 1W9UA 4W5UA 2CIPA 5A3HA 5JBEA 4C7FA 1LF1A 3A6OA 4Q22A 3MANA 5JBDA 1UG6A 1MQRA 2GDUA 4QCFA 3NYDA 1TVPA 2UY4A 2XHYA 3DYPA 3VDAA 4TX8A 4V2XA 1A47A 1G01A 2VO5A 4ZENA 1NWSA 3NUKA 1OT2A 5DMYA 1CEOA 1JYVA 4OKDA 1UZ1A 3AXHA 4PMRA 5E9AA 4CCCA 5FCZA 4J3UA 5E0FA 2EPKX 3BAKA 1KFWA 4MB1A 1R7AA 5ABHA 3I3DA 5A8NA 1QVBA 1KBBA 3WY1A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2YKK A;  1QOX A;  5HPO A;  3RCN A;  3MUI A;  1PBG A;  1K9D A;  1KQZ A;  4Z2G A;  4MAD A;  4HMC A;  1HJU A;  3FAW A;  3AHV A;  3CMJ A;  2WXD M;  2VUR A;  3CIV A;  4PMY A;  4BCE A;  1PJ9 A;  1ZJB A;  2CHO A;  5BRQ A;  4CCD A;  1KGW A;  2WCG A;  1V02 A;  2E9L A;  3OGS A;  4LQ1 A;  3AIV A;  1HKJ A;  5HOS A;  1CGU A;  4OOZ A;  1KGX A;  1H0G A;  1PIF A;  4A4A A;  1E5J A;  3VDC A;  4MAZ A;  4EE9 A;  1EQC A;  3TP4 A;  3OIH A;  2FHF A;  1WP6 A;  3WF4 A;  4ZFM A;  3L4X A;  3M6D A;  1F4H A;  2DT1 A;  4EK7 A;  2ZUM A;  1WDP A;  1HN1 A;  3PZV A;  1CGX A;  4GI9 A;  1LG2 A;  2DH3 A;  1V3H A;  3WEO A;  2O9T A;  4R27 A;  2XFF A;  4LGX A;  4CUC A;  2WSK A;  1YQ2 A;  2O9R A;  5FIP A;  5LYR A;  1FHL A;  3T2P A;  2YOC A;  4GZE A;  4N0R A;  4WSK A;  3T0D A;  3CZE A;  4P8X A;  5FKY A;  3WQ5 A;  3UEQ A;  3FW6 A;  4HZ8 A;  2D20 A;  4PMZ A;  1ZB5 A;  4PMN A;  3SEP A;  3VD4 A;  3OZO A;  1CXH A;  4AXN A;  2GJR A;  2ZIC A;  1JIB A;  3G6L A;  4OOU A;  1FH9 A;  1JD9 A;  1NAR A;  2XVG A;  1EH9 A;  2GDV A;  3O9N A;  1FH7 A;  3AHY A;  3GYC A;  3WBA A;  5FD0 A;  1OSE A;  2JF7 A;  1E71 M;  1SMA A;  3AIW A;  4HPG A;  3VDB A;  4TTG A;  4H2C A;  2WZI A;  1Q6C A;  1E55 A;  2VZV A;  4B3L A;  2ZUV A;  4E8D A;  4BS0 A;  1DP0 A;  1E4M M;  3SCP A;  2YBT A;  3PTM A;  2ZX7 A;  2B31 A;  1H3G A;  4W8A A;  5M3W A;  5IHR A;  1BLI A;  1QNQ A;  2FGL A;  5I79 A;  2UY2 A;  3DYO A;  5A1A A;  1NOF A;  4QFU A;  4FK9 A;  3ZO9 A;  1JF6 A;  4MJ2 A;  4AEF A;  5CSU A;  1J0K A;  1GJU A;  1BSI A;  5HXM A;  3VGD A;  1TUX A;  1G5A A;  5I77 A;  2WPG A;  2VR4 A;  4D6E A;  3GZA A;  5AYI A;  1DWI M;  2Y8V A;  1OGG A;  1CZ1 A;  3GBE A;  4B15 A;  2QMJ A;  4KGL A;  5LA2 A;  5BXS A;  4JZ5 A;  3AI0 A;  2D1Z A;  4A3H A;  1E43 A;  1UWI A;  1KQY A;  3WUE A;  1UR8 A;  2UWF A;  2CBV A;  3WH8 A;  2F2H A;  1LL7 A;  3WUF A;  3U5U A;  1VJS A;  5E70 A;  3KEH A;  3KZS A;  1E0W A;  3CLW A;  4PMO A;  4F66 A;  1BYA A;  1CLV A;  2G3M A;  3VUP A;  1V6Y A;  2IXU A;  3BC9 A;  4HMD A;  1UWR A;  4FMV A;  3BSG A;  2WC3 A;  1JYX A;  4TXE A;  1ZS2 A;  1NP0 A;  1WDQ A;  5I2U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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