4ZPFA

Bace1 in complex with 8-(3-((1-aminopropan-2-yl)oxy)benzyl)-4-(cyclohexylamino)-1-(3-fluorophenyl)-1,3,8-triazaspiro[4.5]dec-3-en-2-one
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
389
structure length
371
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Methyl-substitution of an iminohydantoin spiropiperidine beta-secretase (BACE-1) inhibitor has a profound effect on its potency.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 371
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zpfA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zpfA02
1BDLA 3D1ZA 1MRWA 5P4GA 2BB9A 2ER9E 5P7DA 5P27A 4OBGA 4J0YA 3O9DA 3O99A 3WB4A 5P1WA 3JW2A 1ME6A 3CKTA 4I0FA 1MTBA 5OZZA 1BAIA 5P2AA 1PFZA 4CPTA 4OBDA 1FG8C 3TPLA 5OZ5A 1M0BA 4RCDA 5HDUA 4J0VA 4Y43A 4YBIA 3NR6A 3LIVA 5P1AA 2AZ8A 5OYXA 3TTPA 3NUJA 2ER0E 3R4BA 4NPUA 5P7LA 5P0WA 5OZYA 5P5DA 1BV7A 3D1YA 5OZ2A 1B6MA 3O9HA 4D83A 3LIZA 3FX5A 3R1GB 1E81E 2G1NA 1T3RA 3UQXA 1HOSA 1DAZC 1LF4A 5P3QA 4APRE 5P1UA 4DJXA 4J55A 4Y4ZA 1SDUA 2F81A 2PWCA 4RVXA 5P78A 1AJVA 5P8FA 1SIPA 5OZWA 3FNUA 1HXWA 5P3CA 4J0TA 4TVHA 2OHNA 5P76A 3UHLA 3HD8A 3LINA 4OD9A 4CPUA 3O9GA 2VA6A 3K4VA 4I10A 4RGHA 2PMAA 3GGUA 4ZSMA 3NSHA 4R95A 5P6YA 5P1OA 2QZXA 4K8SA 4DJPA 3NDWA 2QHYA 3SKFA 4Q5MA 5P1HA 5EZZA 2ZJJA 3RSVA 1C6YA 2J9JB 1QBUA 1MT7A 1HRNA 3QRMA 5P71A 5P8HA 1IZEA 2Q5KA 2PH8A 1K6TA 3O9LA 2FIVA 2RKGA 5P6LA 4LHHA 3I6OA 5P6CA 3PGIA 4JP9A 5P7TA 3HW1A 2HB2A 4I1CA 2RKFA 3NU6A 3SACA 5P26A 4Y3EA 6APRE 1HTFA 2Z54A 5OZGA 1FFIC 2ASIA 5HCOA 3GI4A 1GNOA 2P3BB 1LF3A 3UDPA 2NTRA 1HVLA 5P8MA 9HVPA 2XYEA 2G22A 3TPJA 2PH6A 2OHPA 1PSAA 3EKYA 3CYXA 5P22A 5OZ9A 5DQ2A 4OBKA 2NXMA 5P2QA 3INEA 2FDEA 4DFGA 4Y36A 2JYSA 3T11A 1BWBA 1Z8CA 1YTHA 1A8KA 1EBKC 3EL4A 3H0BA 2ZJKA 5BWYA 4FSLA 2V10C 1MESA 4Y4WA 5P0SA 3SABA 2QZLA 3OADA 2BPZA 4FCOA 5P1CA 3ZKXA 1F34A 5P1PA 5P46A 3EL9A 2NXLA 4ACXA 4EJDA 2WL0A 5P2KA 1B5FA 1T6EX 5OZ8A 4Y3TA 1EAGA 3O9AA 4WTUA 2G1RA 1XN2A 3LIYA 4J1EA 2G21A 4OBZB 5AH8A 5P5OA 5P7CA 5P3IA 4DJRA 1ZAPA 4MC1A 5P0YA 5P75A 3VG1A 1SGZA 5P3XA 2AVQA 1LYAA 3BRAA 4QJ6A 1D4JA 5P04A 5ISKA 4I0ZA 4OC6B 2FXDA 4K4QA 3SPKA 3OOZA 5P5HA 1FQ5A 5P73A 5OZSA 1SBGA 2O4NA 5P10A 3EKWA 4Y3NA 3OWNA 1E80E 5P3SA 1CZIE 5IVTA 5AH6A 4APEA 4AA9A 4A6BA 3UQWA 4DQFA 3U7SA 3BHEA 1EBYA 5DR4A 1FQ7A 3KT2A 3ZPTA 4Y3RA 5P2MA 2ZJHA 3GGAA 4Y5NA 5P31A 5I3YA 3OXVA 1LYBA 1HVSA 3OAGB 4HEGA 2ER7E 4EHCA 3TPPA 4LXMA 5P20A 4HVPA 3BGBA 1FLHA 5P1EA 5P56A 5P3TA 1FEJC 1FMXA 3QN8A 1GKTA 4L1AA 5I3XA 1MT9A 5OZJA 1XE6A 4CPRA 1GNMA 2UPJA 4Y3JA 3OGPA 3WZ8A 1AIDA 4NJUA 2R3TA 5P6WA 4CP7A 2Q64A 4H3JA 1W5XA 3UPJA 2FDDA 2IRZA 4LXKA 2VKMA 4K4PA 1NH0A 4X2LA 5OZEA 1E5OE 1AM5A 1FG6C 2OHLA 5P2JA 3SFCA 3VV6A 2H6SA 5F00A 2OHQA 5P40A 3CKPA 3PMYA 2I4QA 2F3FA 5AHBA 4HE9A 1IDAA 3UFLA 1SMRA 5FIVA 2HPEA 4Y51A 4DVFA 2O4LA 5P5SA 1PPLE 1BWAA 3EKPA 1QBTA 3KDDA 1Z1RA 2IEOA 3OU4B 3EMYA 5P5RA 4Y4UA 1IVPA 1K6CA 3NDUA 4FRKA 5P68A 4GB2A 5OZ3A 2BPYA 4S1GA 3M9FA 4R92A 1M4HA 4EXHA 4Y37A 4R5NA 2OHSA 2QMDA 4Y3QA 2G20A 2WEAA 4Y54A 5P5VA 3QRVA 5OYYA 4CPWA 2FNSA 3U6AA 4PHVA 5C9FA 3VSXA 3SA4A 5P7AA 3L5DA 1YTGA 5OZRA 5P15A 5P38A 5P30A 3MSLA 2VJ7A 4RYCA 3PVKA 1HXBA 1GNNA 5P3VA 3I25A 2UXZA 2B7FA 3EL0A 3QBFA 5P5XA 5P7UA 1CPIA 4IVTA 3S8IA 5P39A 5KQYA 4YHQA 2JJJA 3BXSA 4YOBA 5OYZA 5P5MA 5P0RA 4LXAA 5P3YA 5P4UA 4LC7A 1EPRE 1ODXA 5P8SA 5P53A 3HAUA 3PI0A 2BKTA 3SA7A 1K1TA 4AZYA 3OUDA 4EPJA 2QI3A 4ZPGA 2QZWA 4ACUA 1SDVA 5C9BA 1SIVA 1ZLFA 3PWRA 4H3GA 5P3KA 3KMXA 2AVOA 3VEUA 1YTIA 2QMFA 1HWRA 3OQFA 2H6TA 1ER8E 3D91A 5P12A 3WZ6A 4Y3PA 3OU3A 1K2BA 5AH7A 3JVYA 2APRA 2I4VA 1APTE 3CMSA 4FRIA 4LP9A 2VIYA 2V00A 5P88A 2B60A 4J5JA 2JJIA 1HVCA 5DQ4A 4YCTA 3BVAA 3ZPUA 2R5QA 3APRE 4D8CA 4HA5A 5HU0A 2QI0A 5DGWA 5DQ5A 5JODA 1G6LA 5P8GA 3GI6A 1QDMA 2IKOA 5OZPA 5P6PA 3FIVA 4J17A 3ZMGA 3OHFA 5OZIA 4Y4AA 5P6ZA 1B6KA 1IZIA 3SA8A 2AOHA 1NPAA 3LIXA 3OTYA 5P3DA 4B05A 3HDKA 3PMUA 4WY1A 2AOEA 5P6BA 3PWWA 1NPWA 1IBQA 5P2CA 1APWE 5P4NA 2HB4A 5P6NA 5P1MA 3TNEA 3SA3A 3DCRA 1T6GA 5P5BA 3G72A 4GJ5A 3EM3A 1XL2A 2QCIA 3DOXA 1YTJA 4JECA 4I8WA 4TVGA 1G2KA 2P3AA 1DIFA 5P2NA 5P63A 4ZSPA 1YM4A 5P8DA 3T7QA 3PHVA 3KF0A 3OXCA 3URJA 3L5EA 5CLMA 1FGCC 4Y4EA 5P4WA 4Y39A 4Y58A 1HTRB 3VFBA 3Q3TA 5P2FA 1ENTE 3RTMA 4J1CA 1IZHA 6UPJA 3ZKSA 4COEA 3IN4A 4BFBA 5P4BA 5PEPA 3NDTA 3C9XA 4BELA 4QJ2A 1AXAA 3ER5E 5P33A 3KT5A 2G26A 4KE1A 1RPIA 5P5TA 2QHZA 5P3RA 2I4XA 1GVVA 1ZP8A 3BVBA 5OYRA 5OZ1A 3ZLQA 5DGUA 2CEMA 4ZE6A 3MSKA 4I12A 3L5CA 3DUYA 5HE4A 5P5JA 3MWSA 4D89A 5OYVA 2WJOA 1HIIA 4ER1E 5DR7A 1LYWA 1HIHA 3MXEA 2QI1A 5OYWA 1BIMA 1EPNE 3UQUA 5P87A 3LITA 4Y3YA 2OHTA 5P3BA 5P8AA 1YM2A 1UPJA 2AVMA 3NUOA 4AUCA 4Q1NA 1HTGA 3HLOA 5KQZA 3UQRA 2PK5A 3UFNA 2PSVA 5P6SA 3HZCA 5OZVA 5JG1A 2BBBA 3OXWA 1PSOE 1B5FB 1C6XA 5P52A 4DUSA 1IVQA 3L58A 3S85A 1HVJA 4I0IA 1ODYA 3UF3A 5IVQA 2PYNA 1RNEA 5P8RA 2FGVA 4EWOA 5HVPA 5KR2A 4Y35A 2VIJA 5KQFA 3S2OA 2AZBA 3GGXA 5OZNA 5P4IA 3L59A 2PYMA 1TSUA 1HVIA 5P16A 2WF1A 5P08A 3I2LA 5SY3A 5HCTA 1W51A 3A2OA 5P89A 2IS0A 3K5DA 3PWMA 5P8KA 2ZDZA 5P5ZA 5P42A 2BPWA 1BILA 3OOTA 4XX4A 1IDBA 5P6XA 3KDBA 5P0NA 1XL5A 1K6VA 1HSGA 5P6QA 3VFAA 1TCXA 3ZKGA 5P0PA 1ZJ7A 3CYWA 5P2TA 2HM1A 1HBVA 1MERA 1ZBGA 5P7JA 5P50A 4L7HA 3UQPA 3BUHA 5P2LA 5P4SA 4ZSQA 5P7IA 3B80A 1SDTA 3VF7A 3WB5A 2ZHSA 3UDYA 3VYFA 2OHRA 4GJAA 1MUIA 5JFPA 5P6OA 5P5FA 2NMYA 3NWQA 2NMZA 2QI4A 1QBSA 2ZHTA 1HVRA 4QJ7A 5P2BA 2QP8A 5OZDA 3O9CA 4QJ9A 3FSMA 5OYSA 5P83A 1EC2A 5P03A 3PRSA 5P18A 3VF5A 5OZQA 4HDPA 5E5JA 4Z22A 3VV8A 3S56A 2JE4A 5OYTA 2VNNA 2I4UA 2QD7A 3RTNA 4K9HA 5P6FA 5P0OA 5P81A 3D20A 5P0KA 2R9BA 1Q9PA 2J9KA 1K2CA 2G24A 5P6GA 4B77A 1UH9A 5EZXA 4JOOA 2HS1A 3UDJA 2Z4OA 3KDCA 3UDNA 6FIVA 1D4HA 4NJTA 1ZPKA 3S43B 5P8EA 4RVIA 2B7ZA 3MSJA 5P11A 5P4QA 5P8CA 5P1KA 5P2UA 3O9IA 5P4CA 1W5YA 5OZMA 2O4KA 5P3FA 5OZBA 5P7NA 5P7PA 3EKVA 5ER2E 5HE5A 3PB5A 1D4YA 4GJ6A 5P5AA 3TOFA 5OZFA 3MXDA 5AHAA 3EKTA 5P0IA 2BQVA 4ZSRA 3O9FA 3GI5A 4Y4DA 1A8GA 2CEJA 1G35A 4FM8A 3ZKNA 4Y3ZA 4RCEA 2R43A 4B1CA 4DJWA 5DR8A 1UH7A 5T4SA 3NXEA 4GMIA 4RRNA 1AZ5A 2XYFA 2UY0A 1OHRA 4K4RA 1KZKA 2J9JA 5P7XA 3HAWA 5P01A 5P58A 4DPIA 5OZCA 2OF0A 2QI6A 4UPJA 1HIVA 5P1SA 1AJXA 5P6HA 4H1EA 1APUE 4B78A 5P67A 4EYRA 4NKKA 5B18A 2P3DA 2QHCA 4CKUA 1W6IA 1FQ4A 3SLZA 2QNNA 1Z1HA 4YCYA 1FQ6A 1META 4NJSA 1WBMA 2G94A 4KUPA 3SM1A 4DQGA 4Y3HA 3K1WA 2P3BA 4FGXA 2WF4A 4U8WA 1DW6C 1FQXA 4PEPA 4FIVA 1FF0C 3QAAA 4ZEAA 4QJAA 1A94A 3SQFA 1HPOA 5P3HA 4Y45A 3NU3A 4I0DA 5IE1A 4Y4XA 5P0CA 3SAAA 5P25A 5DPZA 2PC0A 4ZPFA 3L5BA 5P61A 4Y53A 1MVPA 5P6EA 5P74A 1HEGE 1C70A 5P1RA 5P6VA 3NLSA 5UPJA 3VCMA 2VIZA 1SH9A 5P6AA 4YD3A 5P55A 4R91A 3UDKA 3G70A 1FMUA 2ZHUA 3JVWA 5E5KA 4Y48A 5P82A 5P32A 4DJUA 3D1XA 3VYEA 5P3WA 4OBZA 3Q5HA 5P84A 4DQBA 2FXEA 4U7VA 4EP2A 4A4QA 5P1QA 3IN3A 2QI5A 4F75A 5KR8A 4J1HA 5P0BA 1YG9A 2O4SA 2PWRA 5P5CA 4PZWA 4EXGA 1HPVA 4Y4GA 1ZSFA 5P6IA 2NNKA 1LV1A 3ECGA 1OEXA 4YD4A 1T7JA 5IS4A 2BKSA 4EP3A 2IGYA 2V13A 3BC4A 3LPIA 4YOAA 5AGZA 5P5YA 2I1AA 2BPVA 1AAQA 3S54A 2AZCA 4TRWA 5P0MA 3PBDA 5P62A 3DCKA 5P5QA 2FNTA 3IXJA 3RSXA 2WF2A 5KOQA 1EBWA 4N00A 3RVIA 3EBZA 4Y3WA 5OZ6A 5P8NA 1VIJA 3TPRA 5P6UA 5P6RA 5P4VA 5P7GA 1NPVA 5P06A 5P7RA 3UCBA 3K5CA 5P4AA 4YCKA 5P0ZA 1GVUA 4Y5CA 4EJ8A 4XXSA 5P64A 4Y3MA 3QS1A 3OAGA 3QI1A 3LPJA 3QPJA 5JFUA 5CONA 4LAPA 1BVGA 4F74A 4DJYA 3DV1A 5I70A 3QP0A 4Q1YA 3WZ7A 2Q15A 2Q63A 3R0YA 5P7HA 3FNTA 2QNQA 2ZE1A 2PQZA 5HU1A 5P2VA 5P1ZA 2WHHA 4DPFA 1MTRA 3URIA 3QRSA 5P3JA 1NSOA 2QD6A 5P79A 1FIVA 4J0ZA 2ZJNA 1EPPE 2NNPA 5OYUA 1LYWB 5OYQA 2QZKA 1W5WA 2ZJLA 5P8JA 1HPSA 2WF0A 1J71A 4TRYA 5P0UA 5P3NA 1B6LA 5DR1A 4HDBA 1LF2A 2G1OA 3KYRA 2Q54A 2V16C 5P24A 4GJ9A 2SAMA 4Y3FA 5P80A 1TQFA 5P0XA 5P17A 5P48A 4EJKA 5P4DA 1KJFA 1W50A 5HDXA 2IKUA 1XN3A 3QROA 4FSEA 4CPQA 5P3PA 3G6ZA 4FE6A 4ER4E 2ZJIA 4DQHA 5P0JA 5P86A 5P69A 1HSIA 3S53A 5P4JA 5KQXA 5P1YA 2AOGA 5P1NA 5P8PA 5P4MA 3HBOA 3O9BA 4OD9B 5P4RA 4GJ7A 3DJKA 2WF3A 3RU1A 4BFDA 3FKTA 3LZSA 5P8IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BDL A;  3D1Z A;  1MRW A;  5P4G A;  2BB9 A;  2ER9 E;  5P7D A;  5P27 A;  4OBG A;  4J0Y A;  3O9D A;  3O99 A;  3WB4 A;  5P1W A;  3JW2 A;  1ME6 A;  3CKT A;  4I0F A;  1MTB A;  5OZZ A;  1BAI A;  5P2A A;  1PFZ A;  4CPT A;  4OBD A;  1FG8 C;  3TPL A;  5OZ5 A;  1M0B A;  4RCD A;  5HDU A;  4J0V A;  4Y43 A;  4YBI A;  3NR6 A;  3LIV A;  5P1A A;  2AZ8 A;  5OYX A;  3TTP A;  3NUJ A;  2ER0 E;  3R4B A;  4NPU A;  5P7L A;  5P0W A;  5OZY A;  5P5D A;  1BV7 A;  3D1Y A;  5OZ2 A;  1B6M A;  3O9H A;  4D83 A;  3LIZ A;  3FX5 A;  3R1G B;  1E81 E;  2G1N A;  1T3R A;  3UQX A;  1HOS A;  1DAZ C;  1LF4 A;  5P3Q A;  4APR E;  5P1U A;  4DJX A;  4J55 A;  4Y4Z A;  1SDU A;  2F81 A;  2PWC A;  4RVX A;  5P78 A;  1AJV A;  5P8F A;  1SIP A;  5OZW A;  3FNU A;  1HXW A;  5P3C A;  4J0T A;  4TVH A;  2OHN A;  5P76 A;  3UHL A;  3HD8 A;  3LIN A;  4OD9 A;  4CPU A;  3O9G A;  2VA6 A;  3K4V A;  4I10 A;  4RGH A;  2PMA A;  3GGU A;  4ZSM A;  3NSH A;  4R95 A;  5P6Y A;  5P1O A;  2QZX A;  4K8S A;  4DJP A;  3NDW A;  2QHY A;  3SKF A;  4Q5M A;  5P1H A;  5EZZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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